Genotyping by sequencing
جینیاتی ترتیب کے میدان میں، ترتیب کے ذریعے جینو ٹائپنگ، جسے جی بی ایس بھی کہا جاتا ہے، جینو ٹائپنگ اسٹڈیز انجام دینے کے لیے سنگل نیوکلیوٹائڈ پولیمورفزم (ایس این پی) کو دریافت کرنے کا ایک طریقہ ہے، جیسے جینوم وائڈ ایسوسی ایشن اسٹڈیز (جی ڈبلیو اے ایس)۔ جی بی ایس جینوم کی پیچیدگی اور جینوٹائپ کے متعدد ڈی این اے نمونوں کو کم کرنے کے لیے پابندی والے انزائموں کا استعمال کرتا ہے۔ ہضم ہونے کے بعد، پی سی آر کو ٹکڑوں کے پول کو بڑھانے کے لیے انجام دیا جاتا ہے اور پھر جی بی ایس لائبریریوں کو اگلی نسل کی سیکوینسنگ ٹیکنالوجیز کا استعمال کرتے ہوئے ترتیب دیا جاتا ہے، جس کے نتیجے میں عام طور پر تقریبا 100 بی پی سنگل اینڈ ریڈز ہوتے ہیں۔ یہ نسبتا سستا ہے اور پودوں کی افزائش نسل میں استعمال ہوتا رہا ہے۔ اگرچہ جی بی ایس پابندی سائٹ سے وابستہ ڈی این اے سیکوینسنگ (آر اے ڈی-سی کیو) طریقہ کار سے ملتا جلتا نقطہ نظر پیش کرتا ہے، لیکن وہ کچھ ٹھوس طریقوں سے مختلف ہیں۔ میتھڈز جی بی ایس ایس این پی کی دریافت اور نقشہ سازی کے لیے ایک مضبوط، آسان اور سستی طریقہ کار ہے۔ مجموعی طور پر، یہ نقطہ نظر اعلی تنوع میں پابندی والے انزائموں (آر ای) کے ساتھ جینوم کی پیچیدگی کو کم کرتا ہے، موثر ہائی تھرو پٹ، انتہائی ملٹی پلیکسڈ سیکوینسنگ کے لیے بڑے جینوم پرجاتیوں کو۔ مناسب آر ای کا استعمال کرتے ہوئے، جینوم کے تکراری علاقوں سے بچا جا سکتا ہے اور نچلے کاپی والے علاقوں کو نشانہ بنایا جا سکتا ہے، جس سے جینیاتی طور پر انتہائی متنوع پرجاتیوں میں صف بندی کے مسائل کو کم کیا جا سکتا ہے۔ اس طریقہ کو سب سے پہلے ایلشائر اور دیگر نے بیان کیا تھا۔ (2011)۔ خلاصہ یہ ہے کہ زیادہ سالماتی وزن والے ڈی این اے کو ایک مخصوص آر ای کا استعمال کرتے ہوئے نکالا اور ہضم کیا جاتا ہے جس کی وضاحت پہلے جینوم کے بڑے تکراری حصے میں کثرت سے کاٹ کر کی جاتی تھی۔ اپیکی سب سے زیادہ استعمال ہونے والا آر ای ہے۔ اس کے بعد بارکوڈ اڈاپٹرز کو چپچپا سروں پر لگا دیا جاتا ہے اور پی سی آر میں اضافہ کیا جاتا ہے۔ اگلی نسل کی ترتیب کی ٹیکنالوجی انجام دی جاتی ہے جس کے نتیجے میں تقریبا 100 بی پی سنگل اینڈ ریڈز ہوتے ہیں۔ خام ترتیب کے ڈیٹا کو فلٹر کیا جاتا ہے اور عام طور پر بروس وہیلر الائنمنٹ ٹول (بی ڈبلیو اے) یا بوٹی 2 کا استعمال کرتے ہوئے حوالہ جینوم سے منسلک کیا جاتا ہے۔ اگلا مرحلہ سیدھے ٹیگز سے ایس این پیز کی شناخت کرنا اور مختلف کوریج، گہرائی اور جینو ٹائپک اعدادوشمار کے لیے تمام دریافت شدہ ایس این پیز کو اسکور کرنا ہے۔ ایک بار جب بڑے پیمانے پر، پرجاتیوں کی وسیع پیمانے پر ایس این پی کی پیداوار چل جاتی ہے، تو نئے ترتیب شدہ نمونوں میں معروف ایس این پیز کو فوری طور پر کال کرنا ممکن ہے۔ جب ابتدائی طور پر تیار کیا گیا تو، جی بی ایس کے نقطہ نظر کو ہائی ریزولوشن مکئی کی نقشہ سازی کی آبادی (آئی بی ایم) اور اوریگون وولف بارلی (او ڈبلیو بی) کی نقشہ سازی کی آبادی سے ڈبل ہیپلوئڈ (ڈی ایچ) بارلی لائنوں سے ریکومبیننٹ ان بریڈ لائنوں (آر آئی ایل) میں تجربہ اور توثیق کی گئی۔ جی بی ایس لائبریری کی تعمیر کے دوران 96 آر ای (اے پی کے آئی) تک ہضم شدہ ڈی این اے کے نمونوں کو اکٹھا کیا گیا اور بیک وقت ان پر کارروائی کی گئی، جس کی جانچ جینوم اینالائزر II (ایلیومینا، انکارپوریٹڈ) پر کی گئی۔ مجموعی طور پر، مکئی میں 25,185 بائیلیلک ٹیگز کی نقشہ سازی کی گئی، جبکہ جو میں 24,186 سیکوینس ٹیگز کی نقشہ سازی کی گئی۔ ایک واحد ڈی ایچ لائن (او ڈبلیو بی 3003) کا استعمال کرتے ہوئے جو جی بی ایس مارکر کی توثیق نے حوالہ مارکر اور نقشہ شدہ جی بی ایس ریڈز کے درمیان 99 فیصد معاہدہ دکھایا۔ اگرچہ جو میں مکمل جینوم ترتیب کا فقدان ہے، لیکن جی بی ایس کو ترتیب ٹیگ کی نقشہ سازی کے لیے حوالہ جینوم کی ضرورت نہیں ہے، حوالہ نمونے لینے کے جینو ٹائپنگ کے عمل کے دوران تیار کیا جاتا ہے۔ حوالہ جینوم کی عدم موجودگی میں ٹیگز کو متبادل جینیاتی تجزیہ کے لیے غالب مارکر کے طور پر بھی مانا جا سکتا ہے۔ ملٹی پلیکس جی بی ایس سکیمنگ کے علاوہ، گمشدہ ایس این پیز کے الزام میں جی بی ایس کی لاگت کو مزید کم کرنے کی صلاحیت ہے۔ جی بی ایس ایک ورسٹائل اور لاگت سے موثر طریقہ کار ہے جو کسی بھی نوع کے جینوم کی کان کنی کو اس کے جینوم ڈھانچے کے پیشگی علم کے بغیر اجازت دے گا۔ مزید دیکھیں پابندی سائٹ سے وابستہ ڈی این اے مارکر حوالہ جات جینیات بائیوٹیکنالوجی ڈی این اے ترتیب