Protein fold class
سالماتی حیاتیات میں، پروٹین فولڈ کلاسز پروٹین ترتیری ساخت ٹوپولوجی کے وسیع زمرے ہیں۔ وہ پروٹین کے ان گروہوں کو بیان کرتے ہیں جو ایک جیسے امینو ایسڈ اور ثانوی ساخت کے تناسب کا اشتراک کرتے ہیں۔ ہر کلاس میں متعدد، آزاد پروٹین سپر فیملی ہوتے ہیں (یعنی۔ لازمی طور پر ایک دوسرے سے ارتقاء سے متعلق نہیں ہیں)۔ عام طور پر تسلیم شدہ کلاسیں پروٹین کی چار بڑی کلاسیں جن پر عام طور پر دو اہم ڈھانچے کی درجہ بندی کے ڈیٹا بیس (ایس سی او پی اور سی اے ٹی ایچ) متفق ہیں۔ آل-α آل-α پروٹین ساختی ڈومینز کی ایک کلاس ہے جس میں ثانوی ڈھانچہ مکمل طور پر α-ہیلسیس پر مشتمل ہوتا ہے، جس میں دائرے پر چند الگ تھلگ β-شیٹس کی ممکنہ رعایت ہوتی ہے۔ عام مثالوں میں بروموڈومین، گلوبن فولڈ اور ہومیوڈومین فولڈ شامل ہیں۔ آل-β آل-β پروٹین ساختی ڈومینز کی ایک کلاس ہے جس میں ثانوی ڈھانچہ مکمل طور پر β-شیٹس پر مشتمل ہوتا ہے، جس میں دائرے پر چند الگ تھلگ α-ہیلسیس کی ممکنہ رعایت ہوتی ہے۔ عام مثالوں میں ایس ایچ 3 ڈومین، بیٹا پروپیلر ڈومین، امیونوگلوبلین فولڈ اور بی 3 ڈی این اے بائنڈنگ ڈومین شامل ہیں۔ α + βα + β پروٹین ساختی ڈومینز کی ایک کلاس ہے جس میں ثانوی ڈھانچہ α-ہیلسیس اور β-اسٹرینڈز پر مشتمل ہوتا ہے جو ریڑھ کی ہڈی کے ساتھ الگ الگ ہوتے ہیں۔ اس لیے β-تار زیادہ تر مخالف متوازی ہوتے ہیں۔ عام مثالوں میں فیرڈاکسن فولڈ، ربنیوکلیز اے، اور ایس ایچ 2 ڈومین شامل ہیں۔ α/βα/β پروٹین ساختی ڈومینز کی ایک کلاس ہے جس میں ثانوی ڈھانچہ ریڑھ کی ہڈی کے ساتھ متبادل α-ہیلسیس اور β-اسٹرینڈز پر مشتمل ہوتا ہے۔ اس لیے β-تار زیادہ تر متوازی ہوتے ہیں۔ عام مثالوں میں فلاووڈوکسن فولڈ، ٹی آئی ایم بیرل اور لیوسین سے بھرپور ریپیٹ (ایل آر آر) پروٹین جیسے ربونوکلیز انفیکٹر شامل ہیں۔ اضافی کلاسیں میمبرین پروٹین میمبرین پروٹین حیاتیاتی جھلیوں کے ساتھ تعامل کرتے ہیں یا تو اس میں ڈال کر، یا باہمی طور پر منسلک لپڈ کے ذریعے جڑے ہوئے ہوتے ہیں۔ وہ گھلنشیل گلوبولر پروٹین، ریشے دار پروٹین، اور بے ترتیب پروٹین کے ساتھ پروٹین کی عام اقسام میں سے ایک ہیں۔ وہ تمام جدید ادویاتی ادویات کے 50 فیصد سے زیادہ کا ہدف ہیں۔ یہ اندازہ لگایا گیا ہے کہ زیادہ تر جینوم میں موجود تمام جینوں میں سے 20-30% جھلی پروٹین کو انکوڈ کرتے ہیں۔ اندرونی طور پر بے ترتیب پروٹین اندرونی طور پر بے ترتیب پروٹین میں ایک مقررہ یا ترتیب شدہ تین جہتی ساخت کی کمی ہوتی ہے۔ آئی ڈی پیز مکمل طور پر غیر ساختہ سے لے کر جزوی طور پر تشکیل شدہ حالتوں کے ایک سپیکٹرم کا احاطہ کرتے ہیں اور ان میں بے ترتیب کنڈلی، (پہلے سے) پگھلے ہوئے گلوبولز، اور لچکدار لنکرز کے ذریعے جڑے ہوئے بڑے ملٹی ڈومین پروٹین شامل ہیں۔ وہ پروٹین کی اہم اقسام میں سے ایک ہیں (گلوبولر، ریشے دار اور جھلی پروٹین کے ساتھ)۔ کنڈلی کنڈلی پروٹین کنڈلی کنڈلی پروٹین بیرونی سیلولر میٹرکس میں شامل لمبے، اگھلنشیل ریشے بناتے ہیں۔ بہت سے اسکلیروپروٹین سپر فیملی ہیں جن میں کیریٹن، کولیجن، ایلسٹن، اور فائبرائن شامل ہیں۔ اس طرح کے پروٹین کے کرداروں میں تحفظ اور مدد، مربوط ٹشو، ٹینڈن، ہڈیوں کے میٹرکس اور پٹھوں کے ریشہ کی تشکیل شامل ہے۔ چھوٹے پروٹین چھوٹے پروٹین میں عام طور پر ایک ترتیری ڈھانچہ ہوتا ہے جسے ڈائیسلفائیڈ برج (سسٹین سے بھرپور پروٹین)، دھاتی لگینڈ (دھاتی بائنڈنگ پروٹین)، اور یا ہیمی جیسے کوفیکٹرز کے ذریعے برقرار رکھا جاتا ہے۔ ڈیزائن شدہ پروٹین متعدد پروٹین ڈھانچے عقلی ڈیزائن کا نتیجہ ہیں اور فطرت میں موجود نہیں ہیں۔ پروٹین کو شروع سے ڈیزائن کیا جا سکتا ہے (ڈی نووو ڈیزائن) یا کسی معروف پروٹین کی ساخت اور اس کی ترتیب (جسے پروٹین کا نیا ڈیزائن کہا جاتا ہے) پر حساب شدہ تغیرات بنا کر۔ عقلی پروٹین ڈیزائن کے نقطہ نظر پروٹین کی ترتیب کی پیش گوئیاں کرتے ہیں جو مخصوص ڈھانچوں میں جوڑ دیں گے۔ ان پیش گوئی شدہ ترتیبات کو پھر تجرباتی طور پر پیپٹائڈ کی ترکیب، سائٹ سے چلنے والی میوٹیجینیسیس، یا مصنوعی جین کی ترکیب جیسے طریقوں کے ذریعے درست کیا جا سکتا ہے۔ پروٹین سپر فیملی ایس سی او پی ڈیٹا بیس کیتھ ڈیٹا بیس ایف ایس ایس پی ڈیٹا بیس حوالہ جات پروٹین فولڈز بھی دیکھیں۔