Endogenous retrovirus
اینڈوجینس ریٹو وائرس (ای آر وی) جینوم میں اینڈوجینس وائرل عناصر ہیں جو قریب سے ملتے جلتے ہیں اور ریٹو وائرس سے حاصل کیے جا سکتے ہیں۔ وہ جبڑے والے ریڑھ کی ہڈی والے جانوروں کے جینوم میں وافر مقدار میں ہوتے ہیں، اور وہ انسانی جینوم کے 5-8% پر مشتمل ہوتے ہیں (% 1 کے کم تخمینے)۔ ای آر وی عمودی طور پر وراثت میں ملنے والی پرووائرل ترتیب اور ٹرانسپوسن نامی جین کی ایک قسم کا ذیلی طبقہ ہے، جسے عام طور پر پیک کیا جا سکتا ہے اور جین کے اظہار اور ضابطے میں اہم کردار ادا کرنے کے لیے جینوم کے اندر منتقل کیا جا سکتا ہے۔ تاہم ای آر وی میں زیادہ تر ٹرانسپوسن افعال کی کمی ہوتی ہے، عام طور پر متعدی نہیں ہوتے ہیں اور اکثر ریٹرو وائرل ریپلیکیشن سائیکل کے عیب دار جینومک باقیات ہوتے ہیں۔ میزبان خلیے کے نیوکلیئر جینوم میں ان کے انضمام اور ریورس ٹرانسکرپشن کی وجہ سے انہیں جرم لائن پرووائرس ریٹرو ایلیمنٹس کے طور پر ممتاز کیا جاتا ہے۔ محققین نے تجویز کیا ہے کہ ریٹرو وائرس ایک قسم کے ٹرانسپوسن سے تیار ہوئے ہیں جسے ریٹرو ٹرانسپوسن کہا جاتا ہے، جو ایک کلاس I عنصر ہے۔ یہ جین تبدیل ہو سکتے ہیں اور جینوم میں کسی دوسرے مقام پر جانے کے بجائے وہ خارجی یا پیتھوجینک بن سکتے ہیں۔ اس کا مطلب یہ ہے کہ تمام ای آر وی ریٹو وائرس کے ذریعے داخل ہونے کے طور پر شروع نہیں ہوئے ہوں گے لیکن یہ کہ کچھ ریٹو وائرس میں جینیاتی معلومات کا ذریعہ ہو سکتے ہیں جن سے وہ ملتے جلتے ہیں۔ جب وائرل ڈی این اے کا انضمام جرم لائن میں ہوتا ہے، تو یہ ای آر وی کو جنم دے سکتا ہے، جو بعد میں میزبان آبادی کے جین پول میں طے ہو سکتا ہے۔ تشکیل ریٹرو وائرس کی نقل کے چکر میں میزبان خلیے کے جوہری جینوم میں وائرل جینوم کی ڈی این اے کاپی کا اندراج ("انضمام") شامل ہوتا ہے۔ زیادہ تر ریٹرو وائرس سومیٹک خلیوں کو متاثر کرتے ہیں، لیکن جراثیمی خلیوں (خلیات جو انڈے اور سپرم پیدا کرتے ہیں) کا کبھی کبھار انفیکشن بھی ہو سکتا ہے۔ شاذ و نادر ہی، ریٹرو وائرل انضمام جرم لائن سیل میں ہو سکتا ہے جو آگے چل کر ایک قابل عمل جاندار میں تبدیل ہو جاتا ہے۔ یہ جاندار داخل شدہ ریٹرو وائرل جینوم کو اپنے جینوم کے ایک لازمی حصے کے طور پر لے جائے گا-ایک "اینڈوجینس" ریٹرو وائرس (ای آر وی) جو اس کی اولاد کو ایک نئے ایلیل کے طور پر وراثت میں مل سکتا ہے۔ بہت سے ای آر وی اپنے میزبانوں کے جینوم میں لاکھوں سالوں سے برقرار ہیں۔ تاہم، ان میں سے زیادہ تر نے میزبان ڈی این اے کی نقل کے دوران غیر فعال تغیرات حاصل کر لیے ہیں اور اب وہ وائرس پیدا کرنے کے قابل نہیں ہیں۔ ای آر وی کو جزوی طور پر جینوم سے ایک ایسے عمل کے ذریعے بھی نکالا جا سکتا ہے جسے ریکومبنیشنل ڈیلیشن کے نام سے جانا جاتا ہے، جس میں نئے مربوط ریٹرو وائرسوں کو پھیلانے والے یکساں ترتیبات کے درمیان دوبارہ ملاپ کے نتیجے میں وائرل جینوم کے اندرونی، پروٹین کوڈنگ والے علاقوں کو حذف کیا جاتا ہے۔ جنرل ریٹرو وائرس جینوم تین جینوں پر مشتمل ہوتا ہے جو اس کے وائرل جینوم کے حملے، نقل، فرار اور پھیلاؤ کے لیے اہم ہوتے ہیں۔ یہ تین جین گیگ (وائرل کور کے لیے ساختی پروٹین کے لیے انکوڈز)، پول (ریورس ٹرانسکرپٹیز، انٹیگریز، اور پروٹیز کے لیے انکوڈز)، اور این وی (وائرس کے بیرونی حصے کے لیے کوٹ پروٹین کے لیے انکوڈز) ہیں۔ یہ وائرل پروٹین پولی پروٹین کے طور پر انکوڈ کیے جاتے ہیں۔ اپنے لائف سائیکل کو انجام دینے کے لیے، ریٹرو وائرس میزبان خلیے کی مشینری پر بہت زیادہ انحصار کرتا ہے۔ پروٹیز وائرل پولی پروٹین کے پیپٹائڈ بانڈز کو خراب کرتا ہے، جس سے علیحدہ پروٹین فعال ہوتے ہیں۔ نیوکلئس میں داخل ہونے سے پہلے میزبان خلیے کے سائٹوپلازم میں وائرل آر این اے سے وائرل ڈی این اے کی ترکیب کے لیے ریورس ٹرانسکرپٹیس افعال۔ انٹیگریز میزبان جینوم میں وائرل ڈی این اے کے انضمام کی رہنمائی کرتا ہے۔ وقت گزرنے کے ساتھ، ای آر وی کا جینوم نہ صرف پوائنٹ میوٹیشن حاصل کرتا ہے، بلکہ دوسرے ای آر وی کے ساتھ شفل اور ریکومبائن بھی کرتا ہے۔ این وی کے لیے ایک سڑی ہوئی ترتیب والے ای آر وی کے پھیلنے کا امکان زیادہ ہو جاتا ہے۔ جینومک ارتقاء میں کردار اینڈوجینس ریٹرو وائرس جینوم کی تشکیل میں فعال کردار ادا کر سکتے ہیں۔ اس شعبے میں زیادہ تر مطالعات انسانوں اور اعلی پریمیٹس کے جینوم پر مرکوز ہیں، لیکن دوسرے ریڑھ کی ہڈی والے جانور، جیسے چوہے اور بھیڑ کا بھی گہرائی سے مطالعہ کیا گیا ہے۔ لانگ ٹرمینل ریپیٹ (ایل ٹی آر) سیکوینس جو ای آر وی جینومز کے ساتھ ہوتے ہیں اکثر متبادل پروموٹروں اور بڑھانے والوں کے طور پر کام کرتے ہیں، اکثر ٹشو مخصوص اقسام تیار کرکے ٹرانسکرپٹوم میں حصہ ڈالتے ہیں۔ اس کے علاوہ، ریٹرو وائرل پروٹین کو خود نئے میزبان افعال کی خدمت کے لیے منتخب کیا گیا ہے، خاص طور پر تولیدی اور نشوونما میں۔ ہومولوگس ریٹرو وائرل ترتیبات کے درمیان دوبارہ ملاپ نے جین کی تبدیلی اور جینیاتی تغیرات کی نسل میں بھی اہم کردار ادا کیا ہے۔ مزید برآں، ریٹرو وائرل ترتیبات کے ممکنہ طور پر مخالف اثرات کی مثال میں، ریپریسر جین ان کا مقابلہ کرنے کے لیے مشترکہ طور پر تیار ہوئے ہیں۔ تقریبا 90 فیصد اینڈوجینس ریٹرو وائرس سولو ایل ٹی آر ہوتے ہیں، جن میں تمام اوپن ریڈنگ فریم (او آر ایف) کی کمی ہوتی ہے۔ مکمل ریٹرو وائرل ترتیبات سے وابستہ سولو ایل ٹی آر اور ایل ٹی آر کو میزبان جینوں پر نقل شدہ عناصر کے طور پر کام کرنے کے لیے دکھایا گیا ہے۔ ان کے عمل کی حد بنیادی طور پر پروٹین کوڈنگ جینوں کے 5 'یو ٹی آر میں داخل ہونے سے ہوتی ہے ؛ تاہم، وہ 70-100 کے بی دور تک کے جینوں پر عمل کرنے کے لیے جانے جاتے ہیں۔ ان عناصر کی اکثریت ان کے متعلقہ جینوں میں احساس کی سمت میں داخل کی جاتی ہے، لیکن ایل ٹی آر کے اینٹی سینس کی سمت میں کام کرنے اور پڑوسی جینوں کے لیے دو طرفہ پروموٹر کے طور پر کام کرنے کے ثبوت ملے ہیں۔ کچھ معاملات میں، ایل ٹی آر جین کے بڑے پروموٹر کے طور پر کام کرتا ہے۔ مثال کے طور پر، انسانوں میں اے ایم وائی 1 سی کے پروموٹر علاقے میں ایک مکمل ای آر وی تسلسل ہوتا ہے ؛ متعلقہ ایل ٹی آر ہاضمہ انزائم امیلیز کا تھوک مخصوص اظہار فراہم کرتا ہے۔ نیز، بائل ایسڈ-سی او اے کے لیے بنیادی پروموٹر: امینو ایسڈ این-ایسیل ٹرانسفرس (بی اے اے ٹی)، جو بائل میٹابولزم میں لازمی انزائم کے لیے کوڈ کرتا ہے، ایل ٹی آر اصل کا ہے۔ ہو سکتا ہے کہ سولو ای آر وی-9 ایل ٹی آر کے داخل ہونے سے ایک فعال اوپن ریڈنگ فریم تیار ہوا ہو، جس کی وجہ سے انسانی قوت مدافعت سے متعلق جی ٹی پیس جین (آئی آر جی ایم) کی دوبارہ پیدائش ہوئی ہو۔ ای آر وی کے اندراج کو بھی جین میں براہ راست انضمام کے ذریعے متبادل اسپلیس سائٹس پیدا کرنے کے لیے دکھایا گیا ہے، جیسا کہ انسانی لیپٹن ہارمون رسیپٹر کے ساتھ، یا اپ اسٹریم ایل ٹی آر کے اظہار سے کارفرما ہے، جیسا کہ فاسفولیپیس اے-2 جیسے پروٹین کے ساتھ ہوتا ہے۔ تاہم، زیادہ تر وقت، ایل ٹی آر بہت سے متبادل پروموٹروں میں سے ایک کے طور پر کام کرتا ہے، جو اکثر تولیدی اور نشوونما سے متعلق ٹشو مخصوص اظہار پیش کرتا ہے۔ در حقیقت، ایل ٹی آر سے فروغ پانے والے ٹرانسکرپشن کے معلوم متغیرات میں سے 64 ٪ تولیدی بافتوں میں ظاہر ہوتے ہیں۔ مثال کے طور پر، جین CYP19 ایرومیٹیز P450 کے لیے کوڈ کرتا ہے، جو ایسٹروجن کی ترکیب کے لیے ایک اہم انزائم ہے، جو عام طور پر زیادہ تر ممالیہ جانوروں کے دماغ اور تولیدی اعضاء میں ظاہر ہوتا ہے۔ تاہم، پرائمیٹس میں، ایل ٹی آر سے فروغ پانے والا ٹرانسکرپشنل ویرینٹ نال کو اظہار فراہم کرتا ہے اور حمل کے دوران ایسٹروجن کی سطح کو کنٹرول کرنے کا ذمہ دار ہوتا ہے۔ مزید برآں، نیورونل اپوپٹوسس انفیکٹو پروٹین (این اے آئی پی)، جو عام طور پر وسیع پیمانے پر پھیلا ہوا ہے، میں ایچ ای آر وی-پی خاندان کا ایل ٹی آر ہوتا ہے جو ایک پروموٹر کے طور پر کام کرتا ہے جو خصیوں اور پروسٹیٹ کو اظہار فراہم کرتا ہے۔ دیگر پروٹین، جیسے نائٹرک آکسائڈ سنتھس 3 (این او ایس 3)، انٹرلیوکن-2 ریسیپٹر بی (آئی ایل 2 آر بی)، اور ایسٹروجن کی ترکیب کا ایک اور ثالث، ایچ ایس ڈی 17 بی 1، بھی متبادل طور پر ایل ٹی آر کے ذریعے منظم کیے جاتے ہیں جو پلکینٹل اظہار فراہم کرتے ہیں، لیکن ان کے مخصوص افعال ابھی تک معلوم نہیں ہیں۔ تولیدی اظہار کی اعلی ڈگری کو اس طریقہ کار کے بعد کا اثر سمجھا جاتا ہے جس کے ذریعے انہیں اینڈوجینائز کیا گیا تھا۔ تاہم، یہ جرم لائن ٹشوز میں ڈی این اے میتھیلیشن کی کمی کی وجہ سے بھی ہو سکتا ہے۔ پلیسینٹل پروٹین کے اظہار کی بہترین خصوصیت والی مثال متبادل طور پر فروغ شدہ میزبان جین سے نہیں بلکہ ریٹرو وائرل پروٹین کے مکمل شریک انتخاب سے آتی ہے۔ ریٹرو وائرل فیوزوجینک این وی پروٹین، جو میزبان خلیے میں وائریون کے داخلے میں کردار ادا کرتے ہیں، نے ممالیہ نال کی نشوونما پر اہم اثر ڈالا ہے۔ ممالیہ جانوروں میں، برقرار این وی پروٹین جسے سنسیٹین کہتے ہیں، سنسیٹیوٹروفوبلاسٹس کی تشکیل اور افعال کے لیے ذمہ دار ہوتے ہیں۔ یہ ملٹی نیوکلیئٹڈ خلیات بنیادی طور پر غذائیت کے تبادلے کو برقرار رکھنے اور جنین کو ماں کے مدافعتی نظام سے الگ کرنے کے لیے ذمہ دار ہیں۔ یہ تجویز کیا گیا ہے کہ اس فنکشن کے لیے ان پروٹینوں کے انتخاب اور فکسشن نے ویویپارٹی کے ارتقاء میں اہم کردار ادا کیا ہے۔ اس کے علاوہ، ای آر وی اور ان کے متعلقہ ایل ٹی آر کے اندراج میں انٹر کروموسومل لوکی میں وائرل ترتیبات کے درمیان دوبارہ ملاپ کی وجہ سے کروموسومل دوبارہ ترتیب دینے کی صلاحیت ہوتی ہے۔ یہ دوبارہ ترتیبات جین کی نقلوں اور حذفیوں کو متاثر کرنے کے لیے دکھائی گئی ہیں جو بڑی حد تک جینوم پلاسٹکٹی میں حصہ ڈالتی ہیں اور جین فنکشن کی حرکیات کو ڈرامائی طور پر تبدیل کرتی ہیں۔ مزید برآں، عام طور پر ریٹرو ایلیمنٹس بڑی حد تک تیزی سے تیار ہونے والے، ممالیہ مخصوص جین خاندانوں میں رائج ہیں جن کا کام بڑی حد تک تناؤ اور بیرونی محرکات کے ردعمل سے متعلق ہے۔ خاص طور پر، انسانی کلاس I اور کلاس II ایم ایچ سی جین دونوں میں دیگر ملٹی لوکس جین خاندانوں کے مقابلے میں ایچ ای آر وی عناصر کی زیادہ کثافت ہوتی ہے۔ یہ دکھایا گیا ہے کہ ایچ ای آر وی نے بڑے پیمانے پر ڈپلیکیٹڈ ڈپلیکن بلاکس کی تشکیل میں اہم کردار ادا کیا ہے جو جینوں کے ایچ ایل اے کلاس 1 خاندان کو تشکیل دیتے ہیں۔ مزید خاص طور پر، ایچ ای آر وی بنیادی طور پر ان بلاکس کے درمیان بریک پوائنٹس کے اندر اور درمیان کے علاقوں پر قابض ہیں، جس سے پتہ چلتا ہے کہ کافی نقل اور حذف کرنے کے واقعات، جو عام طور پر غیر مساوی کراس اوور سے وابستہ ہوتے ہیں، ان کی تشکیل میں سہولت فراہم کرتے ہیں۔ ان بلاکس کی نسل، جو امیونوہاپلوٹائپ کے طور پر وراثت میں ملی ہے، اینٹی جینز کی ایک وسیع رینج کے خلاف حفاظتی پولیمورفزم کے طور پر کام کرتی ہے جس نے انسانوں کو دوسرے پرائمیٹس کے مقابلے میں فائدہ پہنچایا ہو۔ نال کی خصوصیت مختلف انواع کے درمیان بہت ارتقائی الگ اعضاء ہونے کی وجہ سے ای آر وی بڑھانے والوں کے مشترکہ انتخاب کے نتیجے میں تجویز کی گئی ہے۔ ریگولیٹری میوٹیشنز، جینوں میں تغیرات کے بجائے جو ہارمونز اور نمو کے عوامل کے لیے انکوڈ کرتے ہیں، پلاسینٹل مورفولوجی کے معروف ارتقاء کی حمایت کرتے ہیں، خاص طور پر چونکہ ہارمون اور نمو کے عنصر جینوں کی اکثریت حمل کے جواب میں ظاہر ہوتی ہے، نہ کہ پلاسینٹل نشوونما کے دوران۔ محققین نے چوہے اور چوہے کے درمیان نال کی نشوونما کے ریگولیٹری منظر نامے کا مطالعہ کیا، جو دو قریب سے متعلق انواع ہیں۔ یہ چوہا ٹرافوبلاسٹ سٹیم سیلز (ٹی ایس سی) کے تمام ریگولیٹری عناصر کی نقشہ سازی اور ماؤس ٹی ایس سی میں ان کے آرتھولوگس سے ان کا موازنہ کرکے کیا گیا تھا۔ ٹی ایس سی کا مشاہدہ اس لیے کیا گیا کیونکہ وہ جنین کے نال میں پیدا ہونے والے ابتدائی خلیوں کی عکاسی کرتے ہیں۔ ان کی ٹھوس مماثلتوں کے باوجود، بڑھانے والے اور دبے ہوئے علاقے زیادہ تر انواع سے متعلق تھے۔ تاہم، زیادہ تر پروموٹر سیکوینس ماؤس اور چوہے کے درمیان محفوظ کیے گئے تھے۔ اپنے مطالعے کے اختتام پر، محققین نے تجویز پیش کی کہ ای آر وی نے پلیسینٹل گروتھ، امیونوسوپریشن، اور سیل فیوژن کی ثالثی کے ذریعے پرجاتیوں کے مخصوص پلیسینٹل ارتقاء کو متاثر کیا۔ سیلولر میکانزم کا استحصال کرنے والے ای آر وی کی ایک اور مثال پی 53 ہے، جو ایک ٹیومر سپریسر جین (ٹی ایس جی) ہے۔ ڈی این اے نقصان اور سیلولر تناؤ پی 53 راستے کو جنم دیتا ہے، جس کے نتیجے میں سیل اپوپٹوسس ہوتا ہے۔ ترتیب کے ساتھ کرومیٹن امیونوپریسیپیٹیشن کا استعمال کرتے ہوئے، تمام پی 53 بائنڈنگ سائٹس کا تیس فیصد چند پرائمیٹ مخصوص ای آر وی خاندانوں کی نقول کے اندر واقع تھا۔ ایک مطالعہ نے تجویز کیا کہ اس سے ریٹرو وائرس کو فائدہ ہوتا ہے کیونکہ پی 53 کا طریقہ کار نقل کی تیزی سے شمولیت فراہم کرتا ہے، جو میزبان خلیے سے وائرل آر این اے کے باہر نکلنے کا باعث بنتا ہے۔ آخر میں، میزبان ڈی این اے کے جینیاتی علاقوں میں ای آر وی یا ای آر وی عناصر کا داخل ہونا، یا ان کی نقل شدہ شکلوں کا حد سے زیادہ اظہار، مثبت اثرات کے مقابلے میں نقصان دہ اثرات پیدا کرنے کی بہت زیادہ صلاحیت رکھتا ہے۔ جینوم میں ان کی ظاہری شکل نے ایک ارتقاء پسند متحرک تخلیق کیا ہے جس نے ریپریسر جینوں کی نقل اور توسیع کو بڑھایا ہے۔ اس کی سب سے واضح مثال ممالیہ جینوموں میں ٹینڈم زنک-فنگر جینوں کی تیزی سے نقل اور پھیلاؤ شامل ہے۔ زنک-فنگر جین، خاص طور پر وہ جن میں کے آر اے بی ڈومین شامل ہوتا ہے، ریڑھ کی ہڈی والے جینومز میں اعلی کاپی نمبر میں موجود ہوتے ہیں، اور ان کے افعال کی حد نقل کے کرداروں تک محدود ہوتی ہے۔ تاہم، ممالیہ جانوروں میں یہ دکھایا گیا ہے کہ ان جینوں کی تنوع نئی ریٹرو وائرل ترتیبات یا ان کی نقل کو دبانے کے لیے ان کی اینڈوجینس کاپیوں کے جواب میں متعدد نقل اور فکسشن کے واقعات کی وجہ سے تھی۔ بیماری میں کردار ریڑھ کی ہڈی والے جینوم میں پائے جانے والے ای آر وی کی اکثریت قدیم ہوتی ہے، تغیر کے ذریعے غیر فعال ہوتی ہے، اور اپنے میزبان پرجاتیوں میں جینیاتی فکسشن تک پہنچ جاتی ہے۔ ان وجوہات کی بناء پر، غیر معمولی حالات کے علاوہ ان کے میزبانوں پر منفی اثرات پڑنے کا انتہائی امکان نہیں ہے۔ اس کے باوجود، پرندوں اور غیر انسانی ممالیہ پرجاتیوں بشمول چوہوں، بلیوں اور کوالوں کے مطالعے سے یہ واضح ہے کہ چھوٹے (یعنی حال ہی میں مربوط) ای آر وی کا تعلق بیماری سے ہو سکتا ہے۔ ممالیہ جانوروں کے جینوم میں فعال ای آر وی کی تعداد کا ان کے جسم کے سائز سے منفی تعلق ہے، جو کینسر پیتھوجینسیس کے ذریعے پیٹو کے پیراڈوکس میں شراکت کا مشورہ دیتا ہے۔ اس کی وجہ سے محققین نے انسانی کینسر اور آٹو امیون بیماری کی کئی شکلوں میں ای آر وی کے لیے ایک کردار کی تجویز پیش کی ہے، حالانکہ حتمی شواہد کا فقدان ہے۔ اعصابی عوارض انسانوں میں، ای آر وی کو ایک سے زیادہ سکلیروسیس (ایم ایس) میں شامل ہونے کی تجویز کی گئی ہے۔ ایم ایس اور ای آر وی ڈبلیو ای 1، یا "سنسیٹن"، جین کے درمیان ایک مخصوص تعلق، جو ای آر وی کے اندراج سے حاصل ہوتا ہے، اس بیماری کے مریضوں میں "ایم ایس سے وابستہ ریٹرو وائرس" (ایم ایس آر وی) کی موجودگی کے ساتھ رپورٹ کیا گیا ہے۔ انسانی ای آر وی (ایچ ای آر وی) کو بھی اے ایل ایس اور نشے میں ملوث کیا گیا ہے۔ 2004 میں یہ اطلاع دی گئی کہ شیزوفرینیا کے شکار لوگوں کے سیرا میں ایچ ای آر وی کے اینٹی باڈیز زیادہ تعدد میں پائے گئے۔ مزید برآں، حالیہ آغاز شیزوفرینیا والے لوگوں کے دماغی ریڑھ کی ہڈی کے سیال میں ریٹرو وائرل مارکر، ریورس ٹرانسکرپٹیز کی سطح ہوتی ہے، جو کنٹرول مضامین سے چار گنا زیادہ ہوتی ہے۔ محققین ایچ ای آر وی اور شیزوفرینیا کے درمیان ممکنہ تعلق کو دیکھنا جاری رکھے ہوئے ہیں، جس میں شیزوفرینیا کو جنم دینے والے انفیکشن کے اضافی امکان کے ساتھ۔ امیونٹی ای آر وی کو نہ صرف بیماری پیدا کرنے والے تعلقات کے ذریعے بلکہ قوت مدافعت کے ذریعے بھی بیماری سے منسلک پایا گیا ہے۔ طویل ٹرمینل ریپیٹس (ایل ٹی آر) میں ای آر وی کی تعدد ممکنہ طور پر وائرل موافقت سے متعلق ہے تاکہ امیونٹی سگنلنگ راستوں سے فائدہ اٹھایا جا سکے جو وائرل ٹرانسکرپشن اور نقل کو فروغ دیتے ہیں۔ 2016 میں کی گئی ایک تحقیق میں انٹرفیرونز کے ذریعے متاثر جین ریگولیشن نیٹ ورک کے ذریعے میزبان میں مربوط قدیم وائرل ڈی این اے کے فوائد کی تحقیقات کی گئی، جو پیدائشی قوت مدافعت کی ایک شاخ ہے۔ یہ سائٹوکائنز وائرل انفیکشن کا سب سے پہلے جواب دینے والی ہوتی ہیں اور مہلک خلیوں کے لیے امیونو سرویلنس میں بھی اہم ہوتی ہیں۔ ای آر وی کے سی آئی ایس-ریگولیٹری عناصر کے طور پر کام کرنے کی پیش گوئی کی جاتی ہے، لیکن بعض جسمانی افعال کے لیے اس کے زیادہ تر انکولی نتائج اب بھی نامعلوم ہیں۔ ایسے اعداد و شمار موجود ہیں جو انسانی انٹرفیرون ردعمل کے ضابطے میں ERVs کے عمومی کردار کی حمایت کرتے ہیں، خاص طور پر انٹرفیرون گاما (IFNG) کے لیے۔ مثال کے طور پر، انٹرفیرون سے متحرک جین سی ڈی 14 + میکروفیجز میں سگنل ٹرانسڈیوسر اور ٹرانسکرپشن 1 (ایس ٹی اے ٹی 1) اور/یا انٹرفیرون ریگولیٹری فیکٹر (آئی آر ایف 1) کے ایکٹیویٹر سے جڑے ای آر وی کے ساتھ بہت زیادہ افزودہ پائے گئے۔ ایچ ای آر وی انسانی پیدائشی قوت مدافعت کے ردعمل کو تشکیل دینے میں بھی مختلف کردار ادا کرتے ہیں، کچھ ترتیبات نظام کو متحرک کرتے ہیں اور دیگر اسے دبا دیتے ہیں۔ وہ خارجی ریٹرو وائرل انفیکشن سے بھی حفاظت کر سکتے ہیں: وائرس جیسی نقل پیٹرن ریسیپٹرز کو چالو کر سکتی ہے، اور پروٹین فعال ریٹرو وائرس میں مداخلت کر سکتے ہیں۔ ایچ ای آر وی-کے (ایچ ایم ایل 2) سے ایک گیگ پروٹین کو ایچ آئی وی گیگ کے ساتھ ملاتے ہوئے دکھایا گیا ہے، جس کے نتیجے میں ایچ آئی وی کیپسڈ کی تشکیل کو نقصان پہنچتا ہے۔ جین ریگولیشن ایک اور تجویز کردہ خیال یہ تھا کہ ایک ہی خاندان سے تعلق رکھنے والے ای آر وی نے ریگولیشن کے ایک ہی نیٹ ورک میں متعدد جینوں کو بھرتی کرنے میں کردار ادا کیا۔ یہ پایا گیا کہ ایم ای آر 41 عناصر نے ایس ٹی اے ٹی 1 بائنڈنگ سائٹس کے قریب واقع جینوں میں اضافی بے کار ریگولیٹری اضافہ فراہم کیا۔ طب میں کردار پورسین اینڈوجینس ریٹو وائرس انسانوں کے لیے، پورسین اینڈوجینس ریٹو وائرس (پی ای آر وی) ایک تشویش کا باعث بنتا ہے جب زینو ٹرانسپلانٹیشن میں پورسین ٹشوز اور اعضاء کا استعمال کرتے ہوئے، زندہ خلیوں، ٹشوز، اور اعضاء کو ایک نوع کے جاندار سے مختلف پرجاتیوں کے جاندار میں منتقل کیا جاتا ہے۔ اگرچہ خنزیر عام طور پر عملی، مالی، حفاظت اور اخلاقی وجوہات کی بناء پر انسانی اعضاء کی بیماریوں کے علاج کے لیے سب سے موزوں عطیہ دہندگان ہوتے ہیں، لیکن اس سے پہلے پی ای آر وی کو میزبان جینوم میں ضم ہونے اور اولاد میں منتقل ہونے کی وائرل صلاحیت کی وجہ سے خنزیروں سے نہیں ہٹایا جا سکتا تھا، سال 2017 تک، جب ایک لیب نے سی آر آئی ایس پی آر-سی اے ایس 9 کا استعمال کرتے ہوئے سور کے جینوم سے تمام 62 ریٹرو وائرس کو ہٹا دیا۔ کراس پرجاتیوں کی منتقلی کے نتائج غیر دریافت شدہ ہیں اور ان میں خطرناک صلاحیت موجود ہے۔ محققین نے اشارہ کیا ہے کہ پی ای آر وی کے ذریعے انسانی بافتوں کا انفیکشن بہت ممکن ہے، خاص طور پر امیونوسپریسڈ افراد میں۔ امیونوسپریسڈ حالت ممکنہ طور پر وائرل ڈی این اے کی زیادہ تیز اور مضبوط نقل کی اجازت دے سکتی ہے، اور بعد میں انسان سے انسان میں منتقلی کے مطابق ڈھالنے میں کم دشواری ہوگی۔ اگرچہ عطیہ دہندہ کے اعضاء/بافتوں میں موجود معلوم متعدی پیتھوجینز کو پیتھوجین سے پاک ریوڑ کی افزائش نسل کے ذریعے ختم کیا جا سکتا ہے، لیکن عطیہ دہندہ میں نامعلوم ریٹرو وائرس موجود ہو سکتے ہیں۔ یہ ریٹرو وائرس اکثر عطیہ دہندہ میں پوشیدہ اور غیر علامتی ہوتے ہیں، لیکن وصول کنندہ میں فعال ہو سکتے ہیں۔ اینڈوجینس وائرس کی کچھ مثالیں جو انسانی خلیوں کو متاثر کر سکتی ہیں اور کئی گنا بڑھ سکتی ہیں وہ بابون (بی اے ای وی)، بلیوں (آر ڈی 114)، اور چوہوں سے ہیں۔ پی ای آر وی کی تین مختلف کلاسیں ہیں، پی ای آر وی-اے، پی ای آر وی-بی، اور پی ای آر وی-سی۔ پی ای آر وی-اے اور پی ای آر وی-بی پولی ٹروپک ہیں اور انسانی خلیوں کو وٹرو میں متاثر کر سکتے ہیں، جبکہ پی ای آر وی-سی ماحولیاتی ہے اور انسانی خلیوں پر نقل نہیں کرتا ہے۔ کلاسوں کے درمیان بڑے فرق این وی پروٹین کے ریسیپٹر بائنڈنگ ڈومین اور لانگ ٹرمینل ریپیٹس (ایل ٹی آر) میں ہیں جو ہر کلاس کی نقل کو متاثر کرتے ہیں۔ PERV-A اور PERV-B ڈسپلے LTRs جو U3 خطے میں دہرائے گئے ہیں۔ تاہم، پی ای آر وی-اے اور پی ای آر وی-سی ریپیٹ لیس ایل ٹی آر دکھاتے ہیں۔ محققین نے پایا کہ کلچر میں پی ای آر وی نے فعال طور پر اپنے ایل ٹی آر کے دہرائے جانے والے ڈھانچے کے مطابق ڈھال لیا تاکہ میزبان خلیے کی بہترین نقل کی کارکردگی سے میل کھاسکے۔ اپنے مطالعے کے اختتام پر، محققین نے یہ نتیجہ اخذ کیا کہ ریپیٹ لیس پی ای آر وی ایل ٹی آر ریپیٹ ہاربرنگ ایل ٹی آر سے تیار ہوا ہے۔ یہ ممکنہ طور پر انسرشنل میوٹیشن سے ہوا تھا اور ایل ٹی آر اور این وی/این وی پر ڈیٹا کے استعمال کے ذریعے ثابت ہوا تھا۔ یہ خیال کیا جاتا ہے کہ ریپیٹ لیس ایل ٹی آر کی نسل وائرس کے موافقت کے عمل کی عکاسی کر سکتی ہے، جو ایک بیرونی طرز زندگی سے ایک اندرونی طرز زندگی میں تبدیل ہو سکتی ہے۔ 1999 میں کئے گئے کلینیکل ٹرائل اسٹڈی میں 160 مریضوں کے نمونے لیے گئے جن کا مختلف زندہ سور کے بافتوں کے ساتھ علاج کیا گیا اور 97 فیصد مریضوں میں مستقل پی ای آر وی انفیکشن کا کوئی ثبوت نہیں دیکھا گیا جن کے لیے پی ای آر وی کے سلسلے کو بڑھانے کے لیے پی سی آر کے لیے کافی مقدار میں ڈی این اے دستیاب تھا۔ تاہم اس مطالعے میں کہا گیا ہے کہ ماضی سے متعلق مطالعات انفیکشن کے حقیقی واقعات یا اس سے وابستہ طبی علامات کو تلاش کرنے تک محدود ہیں۔ اس نے قریب سے نگرانی کی جانے والی ممکنہ آزمائشوں کا استعمال کرنے کا مشورہ دیا، جو ممکنہ کراس پرجاتیوں پی ای آر وی ٹرانسمیشن کا زیادہ مکمل اور تفصیلی جائزہ اور پی ای آر وی کا موازنہ فراہم کرے گا۔ ہیومن اینڈوجینس ریٹرو وائرس (ایچ ای آر وی) انسانی جینوم کے ایک اہم حصے پر مشتمل ہے، جس میں تقریبا 98,000 ای آر وی عناصر اور ٹکڑے 5-8% بناتے ہیں۔ 2005 میں شائع ہونے والی ایک تحقیق کے مطابق، نقل کرنے کے قابل کسی بھی ایچ ای آر وی کی نشاندہی نہیں کی گئی تھی۔ سبھی عیب دار دکھائی دیتے ہیں، جن میں بڑے حذف یا بکواس تغیرات ہوتے ہیں (ایچ ای آر وی-کے کے لیے درست نہیں)۔ اس کی وجہ یہ ہے کہ زیادہ تر ایچ ای آر وی محض اصل وائرس کے نشانات ہیں، جو لاکھوں سال پہلے مربوط ہوئے تھے۔ 100, 000 جینوم پروجیکٹ کے حصے کے طور پر ایچ ای آر وی انضمام کا تجزیہ جاری ہے۔ 2023 کے ایک مطالعے سے پتہ چلا ہے کہ ایچ ای آر وی غیر فعال حالتوں سے بیدار ہو سکتا ہے اور بڑھاپے میں حصہ ڈال سکتا ہے جسے اینٹی باڈیز کو غیر جانبدار کرکے روکا جا سکتا ہے۔ انسانی اینڈوجینس ریٹرو وائرس اصل میں اس وقت دریافت ہوئے جب انسانی جینومک لائبریریوں کو کم سختی کے حالات میں جانوروں کے ریٹرو وائرس سے تحقیقات کا استعمال کرتے ہوئے یا وائرس کے سلسلے سے مماثلت کے ساتھ اولیگونیوکلیوٹائڈز کا استعمال کرتے ہوئے اسکرین کیا گیا۔ درجہ بندی HERVs کی درجہ بندی جانوروں کے ریٹرو وائرس سے ان کی ہم آہنگی کی بنیاد پر کی جاتی ہے۔ کلاس I سے تعلق رکھنے والے خاندان ممالیہ گاماریٹرو وائرس (ٹائپ سی) اور ایپسیلونریٹرو وائرس (ٹائپ ای) کی ترتیب میں ملتے جلتے ہیں۔ کلاس II سے تعلق رکھنے والے خاندان ممالیہ بیٹریٹرو وائرس (ٹائپ بی) اور ڈیلٹریٹرو وائرس (ٹائپ ڈی) سے ہم آہنگی ظاہر کرتے ہیں۔ کلاس III سے تعلق رکھنے والے خاندان جھاگ والے وائرس سے ملتے جلتے ہیں۔ تمام کلاسوں کے لیے، اگر ہومولوجیز گیگ، پول اور این وی جین میں اچھی طرح سے محفوظ دکھائی دیتی ہیں، تو انہیں ایک سپر فیملی میں گروپ کیا جاتا ہے۔ کلاس I کے مزید خاندان موجود ہیں۔ خاندانوں کا نام خود کم یکساں انداز میں رکھا جاتا ہے، جس میں ایک بیرونی ریٹرو وائرس، پرائمنگ ٹی آر این اے (ایچ ای آر وی-ڈبلیو، ایچ ای آر وی-کے)، یا کچھ پڑوسی جین (ایچ ای آر وی-اے ڈی پی)، کلون نمبر (ایچ ای آر وی-ایس 71)، یا کچھ امینو ایسڈ موٹف (ایچ ای آر وی-ایف آر ڈی) کی بنیاد پر ناموں کا مرکب ہوتا ہے۔ ایک مجوزہ نام کا مقصد بعض اوقات پیرا فائیلیٹک معیارات کو صاف کرنا ہے۔ ابتدا انسانی ارتقاء کے دوران کسی وقت، ایچ ای آر وی کے خارجی پروجینیٹرز نے خود کو جراثیمی لائن خلیوں میں داخل کیا اور پھر میزبان کے سیلولر میکانزم کا استعمال اور استحصال کرتے ہوئے میزبان کے جینوں کے ساتھ نقل کیا۔ ان کی الگ جینومک ساخت کی وجہ سے، ایچ ای آر وی کو امپلیفیکیشن اور ٹرانسپوزیشن کے بہت سے دوروں کا نشانہ بنایا گیا، جو ریٹرو وائرل ڈی این اے کی زیادہ وسیع تقسیم کا باعث بنتا ہے۔ اس کے باوجود، وائرس کا ایک خاندان انسانوں اور چمپینزی کے انحراف کے بعد سے فعال رہا ہے۔ یہ خاندان، جسے ایچ ای آر وی-کے (ایچ ایم ایل 2) کہا جاتا ہے، ایچ ای آر وی عناصر کا 1 فیصد سے بھی کم بنتا ہے لیکن یہ سب سے زیادہ مطالعہ شدہ عناصر میں سے ایک ہے۔ اس بات کے اشارے ہیں کہ یہ پچھلے چند لاکھ سالوں میں بھی فعال رہا ہے، مثال کے طور پر، کچھ انسانی افراد دوسروں کے مقابلے میں ایچ ایم ایل 2 کی زیادہ کاپیاں رکھتے ہیں۔ روایتی طور پر، ایچ ای آر وی کی عمر کا تخمینہ ایچ ای آر وی کے 5 'اور 3' ایل ٹی آر کا موازنہ کرکے کیا جاتا ہے ؛ تاہم، یہ طریقہ صرف مکمل لمبائی والے ایچ ای آر وی کے لیے متعلقہ ہے۔ ایک حالیہ طریقہ، جسے کراس سیکشنل ڈیٹنگ کہا جاتا ہے، ایچ ای آر وی کے اندراج کی عمر کا اندازہ لگانے کے لیے ایک واحد ایل ٹی آر کے اندر تغیرات کا استعمال کرتا ہے۔ یہ طریقہ HERV کی عمر کا اندازہ لگانے میں زیادہ درست ہے اور اسے کسی بھی HERV کے اندراج کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے۔ کراس سیکشنل ڈیٹنگ کا استعمال یہ تجویز کرنے کے لیے کیا گیا ہے کہ HERV-K (HML2) کے دو ارکان، HERV-K106 اور HERV-K116، پچھلے 800,000 سالوں میں فعال تھے اور یہ کہ HERV-K106 نے جدید انسانوں کو 150,000 سال پہلے متاثر کیا ہو سکتا ہے۔ تاہم، ایچ ای آر وی-کے (ایچ ایم ایل 2) خاندان کے معروف متعدی ارکان کی عدم موجودگی، اور شائع شدہ انسانی جینوم ترتیب کے اندر مکمل کوڈنگ صلاحیت والے عناصر کی کمی، کچھ لوگوں کو بتاتی ہے کہ اس وقت خاندان کے فعال ہونے کا امکان کم ہے۔ 2006 اور 2007 میں، فرانس اور امریکہ میں آزادانہ طور پر کام کرنے والے محققین نے ایچ ای آر وی-کے (ایچ ایم ایل 2) کے فعال ورژن کو دوبارہ تخلیق کیا۔ HERV پروٹین کا اظہار HERV-K کا اظہار، جو کہ HERV کا ایک حیاتیاتی طور پر فعال خاندان ہے، نال میں پائے جانے والے پروٹین پیدا کرتا ہے۔ مزید برآں، ایچ ای آر وی-ڈبلیو (ای آر وی ڈبلیو-1) اور ایچ ای آر وی-ایف آر ڈی (ای آر وی ایف آر ڈی-1) کے لفافے جینوں کا اظہار سنکیٹن پیدا کرتا ہے جو سیل سیل فیوژن کو متاثر کرکے پلاسینٹوجینیسیس کے دوران سنکیٹیوٹروفوبلاسٹ سیل پرت کی نسل کے لیے اہم ہیں۔ ہیوگو جین نامکمل کمیٹی (ایچ جی این سی) نقل شدہ انسانی ای آر وی کے لیے جین کی علامتوں کی منظوری دیتی ہے۔ فنکشنل امپیکٹ MER41.AIM2 ایک HERV ہے جو AIM2 (میلانوما 2 میں غیر حاضر) کی نقل کو منظم کرتا ہے جو غیر ملکی سائٹوسولک ڈی این اے کے سینسر کے لیے انکوڈ کرتا ہے۔ یہ AIM2 کے لیے بائنڈنگ سائٹ کے طور پر کام کرتا ہے، جس کا مطلب ہے کہ یہ AIM2 کی نقل کے لیے ضروری ہے۔ محققین نے یہ بات سی آر آئی ایس پی آر/کاس 9 کا استعمال کرتے ہوئے ہیلا خلیوں میں MER41.AIM2 کو حذف کرکے ظاہر کی تھی، جس کی وجہ سے ترمیم شدہ ہیلا خلیوں میں اے آئی ایم 2 کی ناقابل شناخت نقل کی سطح پیدا ہوئی۔ کنٹرول سیل، جن میں اب بھی MER41.AIM2 ERV موجود تھا، کا مشاہدہ عام مقدار میں AIM2 نقل کے ساتھ کیا گیا۔ قوت مدافعت کے لحاظ سے، محققین نے یہ نتیجہ اخذ کیا کہ انفیکشن کے لیے سوزش کے ردعمل کے لیے MER41.AIM2 ضروری ہے۔ خارجی وائرسوں کے ذریعے فعال ہونا کافی شواہد سے پتہ چلتا ہے کہ ایچ ای آر وی وائرل انفیکشن کے ذریعے دوبارہ فعال ہو سکتے ہیں، جیسے: 1) ریٹرو وائرس-ہیومن امیونو ڈیفیشینسی وائرس ٹائپ-1 (ایچ آئی وی-1)، ہیومن ٹی-لمفوٹروپک وائرس 1 (ایچ ٹی ایل وی-1) ؛ 2) آر این اے وائرس-انفلوئنزا اے وائرس، ہیپاٹائٹس سی وائرس (ایچ سی وی)، سیویر ایکیوٹ ریسپریٹری سنڈروم کورونا وائرس-2 (ایس اے آر ایس سی او وی-2) ؛ 3) ڈی این اے وائرس-ہرپس سمپلیکس وائرس ٹائپ-1 (ایچ ایس وی-1)، ایپسٹین-بار وائرس (ای بی وی)، ہیومن سائٹومیگالو وائرس (سی ایم وی)، کاپوسی سرکوما سے وابستہ ہرپس وائرس (کے ایس ایچ) مزید مطالعات سے پتہ چلتا ہے کہ ٹرانس ایکٹیویشن کا طریقہ کار اہم ای بی وی لیٹ جین ٹرانس ایکٹیویٹر، ای بی این اے-2 کے اظہار پر منحصر ہے۔ گہرائی سے تجزیہ نے تصویر کو مکمل کیا جس میں ای بی وی لیٹنٹ میمبرین پروٹین ایل ایم پی-2 اے کی شناخت ایچ ای آر وی-کے 18 ٹرانس ایکٹیویشن کے لیے ایک مضبوط امیدوار کے طور پر کی گئی۔ ایچ ای آر وی-کے 18 میں بھی سپر اینٹیجن سرگرمی کی اطلاع دی گئی ہے (یعنی۔ پولی کلونل ٹی اور بی سیل ایکٹیویشن ان کے اینٹیجن رسیپٹر کی خاصیت سے قطع نظر)۔ یہ بھی دکھایا گیا ہے کہ ای بی وی جی پی 350 پروٹین کے ان وٹرو بائنڈنگ کی وجہ سے بی خلیوں، مونوسیٹس، میکروفیجز اور ایسٹروسیٹس میں ایم ایس آر وینو اور سنسیٹن-1 کی سرگرمی ہوتی ہے-وہ خلیات جو ایک سے زیادہ سکلیروسیس کے پیتھوجینسیس میں شامل ہوتے ہیں۔ مونوسیٹس، خاص طور پر میکروفیجز میں ان کی تفریق کے بعد، EBVgp350 کے لیے سب سے زیادہ ذمہ دار دکھائی دیتے ہیں، جو B cells.This کے مقابلے میں HERV-Wenv کی اور بھی زیادہ سطح کا اظہار کرتے ہیں، یہ ایک اور مطالعہ کے ساتھ مطابقت رکھتا ہے، جس سے یہ ظاہر ہوتا ہے کہ متعدی مونو نیوکلیوسیس کے دوران EBV نے خون کے خلیوں کی دیگر اقسام کے مقابلے مونوسیٹس میں HERV-W/MSRV کے اظہار کی سب سے مضبوط سرگرمی کو فروغ دیا۔ لاکھوں سالوں سے ریڑھ کی ہڈی والے جانوروں کے جینوم میں ضم ہونے کے باوجود، ای آر وی بیرونی وائرس اور میزبان جینوم کے درمیان ایک درمیانی مرحلے کی نمائندگی کرتے ہیں۔ یہ تجویز کیا جاتا ہے کہ ایچ ای آر وی سے ماخوذ پروٹین اور پیپٹائڈز کے لیے امیونولوجیکل رواداری تھائمس اور بون میرو میں ایچ ای آر وی کے ایپیجینیٹک سائلنسنگ کی وجہ سے نامکمل ہے، جو تمام ایچ ای آر وی مخصوص ٹی اور بی خلیوں کو حذف کرنے سے روکتا ہے۔ اس کے ثبوت کے طور پر، ای آر وی سے ماخوذ اینٹی جینز کے ساتھ غیر انسانی پریمیٹس کی حفاظتی ٹیکوں نے مضبوط پولی فنکشنل سائٹوٹاکک ٹی سیل رسپانس کے ساتھ ساتھ ہائی اینٹی باڈی ٹائٹرز کو بھی نصب کیا۔ فائیلوجنیٹک مطالعات کے مطابق، انسانی جینوم میں موجود 30 ایچ ای آر وی خاندانوں میں، ایچ ای آر وی-کے (ایچ ایم ایل-2) عناصر جو حال ہی میں مربوط ہوئے ہیں، سب سے زیادہ برقرار اور حیاتیاتی طور پر فعال شکلیں ہیں۔ HERV-K env اور HERV-H env، جو ٹیومر سے وابستہ اینٹیجنز کی ایک نئی کلاس سمجھی جاتی ہے، مختلف قسم کے کینسر کے مریضوں میں مضبوط سائٹوٹوکسک ٹی سیل ردعمل کو فروغ دینے کے لیے پائی گئی ہے۔ نیوکلک ایسڈ کی پیدائشی مدافعتی سینسنگ کی سطح پر، اینڈوجینس ریٹرو وائرس سے حاصل کردہ سنگل اسٹرینڈڈ آر این اے (ایس ایس آر این اے) اور ڈبل اسٹرینڈڈ آر این اے (ڈی ایس آر این اے) کو پیٹرن ریکگنیشن ریسیپٹرز (پی آر آر) کے ذریعے پہچانا جاتا ہے۔ ایس ایس آر این اے کو ٹول نما ریسیپٹرز ٹی ایل آر-7 اور ٹی ایل آر-8 کے ذریعے محسوس کیا جا سکتا ہے، جس کے نتیجے میں محرک ڈنڈریٹک خلیات (ڈی سی) اور میکروفیجز کے ذریعے آئی ایف این-α کا سراو ہوتا ہے، جو ایچ آئی وی-1 سے حاصل کردہ ایس ایس آر این اے کے لیے مشاہدہ کیا گیا تھا۔ ڈی ایس آر این اے سب سے زیادہ امیونوجینک نیوکلک ایسڈ پیتھوجین سے وابستہ مالیکیولر پیٹرن (پی اے ایم پی) میں سے ایک ہو سکتے ہیں، کیونکہ وہ عام حالت میں خلیوں میں نہیں پائے جاتے ہیں۔ ایچ ای آر وی سے ماخوذ ڈی ایس آر این اے کو ٹی ایل آر-3، آر آئی جی-I اور ایم ڈی اے 5 کے ذریعے پہچانا جا سکتا ہے۔ آر آئی جی-I اور ایم ڈی اے 5 کو ٹائپ I آئی ایف این رسپانس کو متاثر کرنے کے لیے جانا جاتا ہے۔ جب ڈی این اے میں دوبارہ نقل کیا جاتا ہے، تو ریٹرو وائرس کو انٹرفیرون جینز (سی جی اے ایس-ایس ٹی آئی این جی) کے چکور جی ایم پی-اے ایم پی سنتھس-محرک کے ذریعے محسوس کیا جا سکتا ہے، جس کی وجہ سے نیوکلیئر فیکٹر-کپا بی (این ایف-کے بی) اور آئی ایف این ریگولیٹری فیکٹر 3 (آئی آر ایف 3) کو چالو کیا جاتا ہے، جو بدلے میں ٹائپ I آئی ایف این ردعمل کو متحرک کرتا ہے۔ ڈی ایس ڈی این اے کو آئی ایف این-ریگولیٹری عوامل (ڈی اے آئی) کے ڈی این اے پر منحصر ایکٹیویٹر کے ذریعے بھی محسوس کیا جا سکتا ہے۔ ڈی این اے: آر این اے ہائبرڈ کو ٹی ایل آر-9 کے ذریعے پہچانا جا سکتا ہے۔ پی آر آر کے ذریعے نیوکلک ایسڈ کی پہچان وائرل انفیکشن کے خلاف لڑنے کے لیے ایک بہت ہی موثر حکمت عملی فراہم کرتی ہے، ساتھ ہی ساتھ میزبان کو سیلف نیوکلک ایسڈ کو پہچاننے اور آٹو امیونٹی کے فروغ کے امکان کی وجہ سے خطرے میں ڈالتی ہے۔ حیرت کی بات نہیں کہ ایچ ای آر وی کا تعلق مختلف آٹو امیون اور سوزش کی بیماریوں سے پایا گیا ہے، جیسے کہ ایک سے زیادہ سکلیروسیس، امییوٹروفک لیٹرل سکلیروسیس (اے ایل ایس)، سسٹمیٹک لیوپس erythmatosus (ایس ایل ای)، ریومیتھائڈ گٹھیا (آر اے)، Sjögren سنڈروم (ایس ایس)۔ پروٹین کی سطح پر، ٹی ایل آر اور بعض ایچ ای آر وی پروٹین کے درمیان براہ راست تعامل دکھایا گیا ہے۔ مثال کے طور پر، ایچ ای آر وی-ڈبلیو این وی کی سطحی اکائی (جسے ملٹیپل سکلیروسیس سے وابستہ ریٹرو وائرل عنصر (ایم ایس آر وی) این وی بھی کہا جاتا ہے) کو ٹی ایل آر 4 اور سی ڈی 14 سے منسلک پایا گیا، جس سے آئی ایل-1β، آئی ایل-6، اور ٹی این ایف اے سمیت سوزش سے متعلق سائٹوکائنز کی پیداوار کو فروغ ملتا ہے۔ HERV-W Env انسانی ڈینڈریٹک خلیوں میں پختگی کے عمل کو متحرک کر سکتا ہے، جس سے انہیں Th1 جیسی قسم کے Th سیل تفریق کی حمایت کرنے کی صلاحیت حاصل ہوتی ہے۔ امیونولوجیکل مطالعات نے ایچ آئی وی سے متاثرہ افراد میں ایچ ای آر وی کے خلاف ٹی سیل کے مدافعتی ردعمل کے کچھ شواہد دکھائے ہیں۔ یہ مفروضہ کہ ایچ آئی وی ایچ آئی وی سے متاثرہ خلیوں میں ایچ ای آر وی کے اظہار کو جنم دیتا ہے، اس تجویز کا باعث بنا کہ ایچ ای آر وی اینٹیجنز کو نشانہ بنانے والی ویکسین خاص طور پر ایچ آئی وی سے متاثرہ خلیوں کو ختم کر سکتی ہے۔ اس نئے نقطہ نظر کا ممکنہ فائدہ یہ ہے کہ ایچ آئی وی سے متاثرہ خلیوں کے سروگیٹ مارکر کے طور پر ایچ ای آر وی اینٹیجنز کا استعمال کرتے ہوئے، یہ بدنام زمانہ متنوع اور تیزی سے تبدیل ہونے والے ایچ آئی وی اینٹیجنز کو براہ راست نشانہ بنانے میں موجود دشواری کو دور کر سکتا ہے۔ ای آر وی کی خصوصیت کے لیے تکنیکیں مکمل جینوم سیکوینسنگ مثال: ایک چینی نژاد منی پگ آئسولیٹ، پی ای آر وی-اے-بی ایم، کو اس کی جینیاتی تغیر اور ارتقاء کو سمجھنے کے لیے مکمل طور پر اور مختلف نسلوں اور خلیوں کی لکیروں کے ساتھ ترتیب دیا گیا تھا۔ نیوکلیوٹائڈ متبادل کی مشاہدہ شدہ تعداد اور مختلف جینوم ترتیبات کے درمیان محققین کو ایک تخمینہ عمر کا تعین کرنے میں مدد ملی کہ پی ای آر وی-اے-بی ایم کو اس کے میزبان جینوم میں ضم کیا گیا تھا، جو کہ یورپی نژاد خنزیروں کے الگ تھلگ ہونے سے پہلے ارتقائی عمر کا پایا گیا تھا۔ کرومیٹن امیونوپریسیپیٹیشن ود سیکوینسنگ (CHIP-SEQ) اس تکنیک کا استعمال ہسٹون کے نشانات کو تلاش کرنے کے لیے کیا جاتا ہے جو پروموٹروں اور بڑھانے والوں کی نشاندہی کرتے ہیں، جو ڈی این اے پروٹین، اور دبے ہوئے علاقوں اور ٹرائی میتھیلیشن کے لیے بائنڈنگ سائٹس ہیں۔ ماؤس سومیٹک خلیوں میں ای آر وی کی خاموشی کو برقرار رکھنے کے لیے ڈی این اے میتھیلیشن کو اہم دکھایا گیا ہے، جبکہ ہسٹون کے نشانات جنین اسٹیم خلیوں (ای ایس سی) اور ابتدائی ایمبریوجینیسیس میں اسی مقصد کے لیے اہم ہیں۔ ایپلی کیشنز فائیلوجینیز کی تعمیر کیونکہ زیادہ تر ایچ ای آر وی کا کوئی کام نہیں ہوتا ہے، منتخب طور پر غیر جانبدار ہوتے ہیں، اور پرائمیٹ جینومز میں بہت زیادہ ہوتے ہیں، وہ آسانی سے ربط کے تجزیے کے لیے فائیلوجنیٹک مارکر کے طور پر کام کرتے ہیں۔ ان کا استحصال انضمام سائٹ پولیمرفزم یا آرتھولوگس کے ارتقا پذیر، پرووائرل، نیوکلیوٹائڈ ترتیبات کا موازنہ کرکے کیا جا سکتا ہے۔ انضمام کب ہوا اس کا اندازہ لگانے کے لیے، محققین نے ہر مخصوص لوکس پر سالماتی ارتقاء کی شرح تلاش کرنے کے لیے ہر فائیلوجنیٹک درخت سے فاصلے کا استعمال کیا۔ یہ بھی مفید ہے کہ ای آر وی بہت سی انواع کے جینوموں سے مالا مال ہیں (یعنی۔ پودے، کیڑے مکوڑے، مولسک، مچھلی، چوہے، گھریلو پالتو جانور، اور مویشی) کیونکہ اس کا اطلاق مختلف قسم کے فائیلوجنیٹک سوالات کے جوابات کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے۔ پرووائرس کی عمر اور انواع کی علیحدگی کے واقعات کے ٹائم پوائنٹس کو نامزد کرنا یہ مختلف ارتقائی ادوار سے مختلف HERV کا موازنہ کرکے پورا کیا جاتا ہے۔ مثال کے طور پر، یہ مطالعہ مختلف ہومینائڈز کے لیے کیا گیا تھا، جن میں انسانوں سے لے کر بندروں اور بندروں تک شامل تھے۔ پی ای آر وی کے ساتھ ایسا کرنا مشکل ہے کیونکہ اس میں بہت زیادہ تنوع موجود ہے۔ مزید تحقیق ایپیجینیٹک تغیرات محققین ایپیجینیٹک ریلیز اور انسانی بیماری کے ساتھ ان کی ممکنہ وابستگی اور جین ریگولیٹری نیٹ ورکس کی خصوصیات کو تلاش کرنے کے ذریعے غیر فعال ٹرانسپوزیبل عناصر کے دوبارہ فعال ہونے کا مطالعہ کرنے کے لیے انفرادی ایپیجنومز اور ٹرانسکرپٹومز کا تجزیہ کر سکتے ہیں۔ زینو ٹرانسپلانٹیشن کے امیونولوجیکل مسائل ہائپر ایکیوٹ ریجیکشن (ایچ اے آر) پر قابو پانے کے ایک موثر طریقے کے بارے میں بہت کم جانا جاتا ہے، جو کہ ڈونر اپیتھیلیم پر گیلیکٹوسیل-الفا 1-3 گیلیٹوسیل (الفا-گیل) اینٹیجنز کو پہچاننے والے زینوریکٹو اینٹی باڈیز کے ذریعے شروع کی گئی تکمیل کو چالو کرنے کے بعد ہوتا ہے۔ جین تھراپی میں ایچ ای آر وی کے خطرے کے عوامل کیونکہ ریٹرو وائرس ایک دوسرے کے ساتھ اور دیگر اینڈوجینس ڈی این اے کے سلسلے کے ساتھ دوبارہ مل سکتے ہیں، اس لیے جین تھراپی کے لیے یہ فائدہ مند ہوگا کہ وہ ممکنہ خطرات کا پتہ لگائیں جو ایچ ای آر وی کا سبب بن سکتے ہیں، اگر کوئی ہوں۔ نیز، ایچ ای آر وی کی دوبارہ جوڑنے کی اس صلاحیت کو ریٹرو وائرل ویکٹرز میں ایچ ای آر وی کے سلسلے کو شامل کرکے سائٹ کی سمت میں انضمام کے لیے ہیرا پھیری کی جا سکتی ہے۔ ایچ ای آر وی جین کا اظہار محققین کا خیال ہے کہ ایچ ای آر وی جینوں کے ذریعے انکوڈ کردہ آر این اے اور پروٹین کو سیل فزیولوجی اور پیتھولوجیکل حالات میں پوٹیٹو فنکشن کے لیے تلاش کیا جانا چاہیے۔ ترکیب شدہ پروٹین کی حیاتیاتی اہمیت کو مزید گہرائی سے بیان کرنے کے لیے اس کی جانچ کرنا سمجھ میں آئے گا۔ ایوین سارکوما لیوکوسس وائرس (اے ایس ایل وی) اینڈوجینس وائرل عنصر اینڈوجینی (حیاتیات) ای آر وی 3 ایچ ای آر وی-ایف آر ڈی افقی جین ٹرانسفر جاگسیکٹے شیپ ریٹو وائرس (جے ایس آر وی) کوالا ریٹو وائرس (کو آر وی) ماؤس میمری ٹیومر وائرس (ایم ایم ٹی وی) میورین لیوکیمیا وائرس (ایم ایل وی) اور زینوٹروپک میورین لیوکیمیا وائرس سے متعلق وائرس (ایکس ایم آر وی) پیلیورولوجی حوالہ جات مزید پڑھنے کے بیرونی روابط ایچ ای آر وی ڈی-ہیومن اینڈوجینس ریٹو وائرس ڈیٹا بیس سالماتی حیاتیات سوائن کی بیماریاں غیر کوڈنگ ڈی این اے