Peptide microarray
پیپٹائڈ مائکرواری (جسے عام طور پر پیپٹائڈ چپ یا پیپٹائڈ ایپیٹوپ مائکرواری بھی کہا جاتا ہے) پیپٹائڈز کا ایک مجموعہ ہے جو ٹھوس سطح، عام طور پر شیشے یا پلاسٹک کی چپ پر ظاہر ہوتا ہے۔ پیپٹائڈ چپس کا استعمال حیاتیات، طب اور فارماکولوجی کے سائنس دانوں کے ذریعہ عام طور پر پروٹین پروٹین کے تعاملات کی بائنڈنگ خصوصیات اور فعالیت اور حرکیات کا مطالعہ کرنے کے لیے کیا جاتا ہے۔ بنیادی تحقیق میں، پیپٹائڈ مائکرواریوں کو اکثر انزائم (جیسے کنیز، فاسفیٹیز، پروٹیز، ایسیٹیل ٹرانسفرس، ہسٹون ڈیسیٹیلس وغیرہ) کو پروفائل کرنے کے لیے استعمال کیا جاتا ہے۔ )، اینٹی باڈی ایپیٹوپ کا نقشہ بنانے یا پروٹین بائنڈنگ کے لیے کلیدی باقیات تلاش کرنے کے لیے۔ عملی ایپلی کیشنز میں سیرومارکر کی دریافت، بیماری کے بڑھنے کے دوران انفرادی مریضوں کے مزاحیہ مدافعتی ردعمل کو تبدیل کرنے کی پروفائلنگ، علاج معالجے کی نگرانی، مریض کی درجہ بندی اور تشخیصی آلات اور ویکسین کی ترقی شامل ہیں۔ اصول پیپٹائڈ مائیکرو ایریز کا جانچ کا اصول ایلیسا پروٹوکول سے ملتا جلتا ہے۔ پیپٹائڈز (کئی نقلوں میں دسیوں ہزار تک) شیشے کی چپ کی سطح سے جڑے ہوتے ہیں جو عام طور پر خوردبین سلائیڈ کے سائز اور شکل کے ہوتے ہیں۔ اس پیپٹائڈ چپ کو براہ راست مختلف حیاتیاتی نمونوں جیسے صاف شدہ انزائمز یا اینٹی باڈیز، مریض یا جانوروں کے سیرا، سیل لائسیٹس کے ساتھ انکیوبیٹ کیا جا سکتا ہے اور پھر لیبل پر منحصر فیشن کے ذریعے پتہ لگایا جا سکتا ہے، مثال کے طور پر، ایک بنیادی اینٹی باڈی کے ذریعے جو باؤنڈ پروٹین یا ترمیم شدہ سبسٹریٹس کو نشانہ بناتا ہے۔ کئی دھونے کے مراحل کے بعد مطلوبہ خاصیت کے ساتھ ایک ثانوی اینٹی باڈی (جیسے۔ اینٹی آئی جی جی ہیومن/ماؤس یا اینٹی فاسفوٹائروسین یا اینٹی مائیک) لگایا جاتا ہے۔ عام طور پر ثانوی اینٹی باڈی کو فلوروسینس لیبل کے ذریعے ٹیگ کیا جاتا ہے جس کا پتہ فلوروسینس اسکینر کے ذریعے لگایا جا سکتا ہے۔ لیبل پر منحصر پتہ لگانے کے دیگر طریقوں میں کیمیلومینسینس، کلورمیٹرک یا آٹوڈیگرافی شامل ہیں۔ لیبل پر منحصر جائزے انجام دینے کے لیے تیز اور آسان ہوتے ہیں، لیکن غلط مثبت اور منفی نتائج کو جنم دینے کا خطرہ ہوتا ہے۔ حال ہی میں، سطح پلازمون گونج (ایس پی آر) سپیکٹروسکوپی، ماس سپیکٹرومیٹری (ایم ایس) اور بہت سے دوسرے آپٹیکل بائیوسینسروں سمیت لیبل سے پاک پتہ لگانے کو انزائم کی سرگرمیوں کی ایک وسیع رینج کی پیمائش کے لیے استعمال کیا گیا ہے۔ پیپٹائڈ مائیکرو ایریز پروٹین مائیکرو ایریز کے مقابلے میں کئی فوائد دکھاتی ہیں: ترکیب میں آسانی اور لاگت توسیعی شیلف استحکام ایپیٹوپ کی سطح پر بائنڈنگ ایونٹس کا پتہ لگانا، یعنی۔ پیپٹائڈ ترتیب کے لیے لچکدار ڈیزائن پھیلانے والا ایپیٹوپ (یعنی۔ ترجمہ کے بعد کی تبدیلیاں، ترتیب کا تنوع، غیر قدرتی امینو ایسڈ۔) اور متحرک کیمسٹری اعلی بیچ سے بیچ کی تولیدی صلاحیت پیپٹائڈ مائیکرو آرے کی پیداوار پیپٹائڈ مائیکرو آرے ایک پلینر سلائیڈ ہے جس پر پیپٹائڈز نظر آتے ہیں یا براہ راست سطح پر ان سیٹو ترکیب کے ذریعے جمع ہوتے ہیں۔ جبکہ پائے جانے والے پیپٹائڈز کو کوالٹی کنٹرول سے گزرنا پڑتا ہے جس میں ماس سپیکٹرومیٹر تجزیہ اور توجہ مرکوز کرنا شامل ہوتا ہے اور یہ واحد مصنوعی بیچ کا نتیجہ ہوتا ہے، سطح پر براہ راست ترکیب شدہ پیپٹائڈز بیچ ٹو بیچ تغیر اور محدود کوالٹی کنٹرول آپشنز کا شکار ہو سکتے ہیں۔ تاہم، چپ پر پیپٹائڈ کی ترکیب دسیوں ہزار پیپٹائڈز کی متوازی ترکیب کی اجازت دیتی ہے جو کم ترکیب کے اخراجات کے ساتھ بڑی پیپٹائڈ لائبریریاں فراہم کرتی ہے۔ پیپٹائڈز مثالی طور پر کیموسیلیکٹو بانڈ کے ذریعے ہم آہنگی سے جڑے ہوتے ہیں جو انٹرایکشن پروفائلنگ کے لیے اسی سمت کے ساتھ پیپٹائڈز کی طرف لے جاتے ہیں۔ کچھ متبادل طریقہ کار غیر مخصوص کوولینٹ بائنڈنگ اور چپکنے والی حرکت پذیری کو بیان کرتے ہیں۔ تاہم، جوڑی کے چکروں کی ضرورت سے زیادہ تعداد کے مسئلے پر قابو پانے کے لیے لیتھوگرافک طریقوں کا استعمال کیا جا سکتا ہے۔ لیزر پرنٹنگ کے ذریعے مائیکروچپ پر پیپٹائڈ صفوں کی مشترکہ ترکیب بیان کی گئی ہے، جہاں روایتی ٹھوس مرحلے والے پیپٹائڈ کی ترکیب کیمسٹری کے ساتھ مل کر ایک ترمیم شدہ رنگین لیزر پرنٹر استعمال کیا جاتا ہے۔ امینو ایسڈ ٹونر ذرات کے اندر متحرک ہوتے ہیں، اور پیپٹائڈز چپ کی سطح پر مسلسل، مشترکہ تہوں میں چھاپے جاتے ہیں۔ جوڑی کے رد عمل کے آغاز پر ٹونر کا پگھلنا اس بات کو یقینی بناتا ہے کہ امینو ایسڈ کی ترسیل اور جوڑی کا رد عمل آزادانہ طور پر انجام دیا جا سکتا ہے۔ اس طریقہ کار کا ایک اور فائدہ یہ ہے کہ ہر امینو ایسڈ کو الگ سے تیار اور صاف کیا جا سکتا ہے، اس کے بعد اسے ٹونر کے ذرات میں سرایت کیا جا سکتا ہے، جو طویل مدتی ذخیرہ کرنے کی اجازت دیتا ہے۔ پیپٹائڈ مائکرواریوں کی ایپلی کیشنز پیپٹائڈ مائکرواریوں کو مختلف قسم کے پروٹین-پروٹین تعاملات کا مطالعہ کرنے کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے، خاص طور پر جن میں ماڈیولر پروٹین سب اسٹرکچر شامل ہوتے ہیں جنہیں پیپٹائڈ ریکگنیشن ماڈیول کہا جاتا ہے یا، عام طور پر، پروٹین انٹرایکشن ڈومینز۔ اس کی وجہ یہ ہے کہ اس طرح کے پروٹین کے ذیلی ڈھانچے مختصر لکیری نقشوں کو پہچانتے ہیں جو اکثر بائنڈنگ پارٹنر کے مقامی طور پر غیر ساختہ علاقوں میں بے نقاب ہوتے ہیں، جیسے کہ تعامل کو پروب کے طور پر پیپٹائڈز اور تجزیہ کے طور پر پیپٹائڈ ریکگنیشن ماڈیول کے ذریعے ان وٹرو ماڈل کیا جا سکتا ہے۔ زیادہ تر اشاعتیں مدافعتی نگرانی اور انزائم پروفائلنگ کے تناظر میں مل سکتی ہیں۔ امیونولوجی اینٹی جینز یا پورے پروٹیومز میں امیونو ڈومیننٹ علاقوں کی نقشہ سازی سیرمارکر دریافت کلینیکل ٹرائلز کی نگرانی اینٹی باڈی کے دستخطوں کی پروفائلنگ اور ایپیٹوپ میپنگ اینٹی باڈیز کو غیر جانبدار کرنے والے انزیم پروفائلنگ تلاش کرنا یتیم انزائموں کے لیے سبسٹریٹس کی شناخت معروف انزیم سبسٹریٹس کو بہتر بنانا سگنل ٹرانسڈکشن کے راستوں کا پتہ لگانا آلودہ کرنے والے انزائم کی سرگرمیوں کا پتہ لگانا اتفاق رائے کی ترتیب اور کلیدی باقیات کا تعین پیچیدہ تجزیہ اور نتائج کی تشخیص کے اندر پروٹین پروٹین کے تعاملات کے لیے سائٹس کی شناخت ڈیٹا تجزیہ اور نتائج کی تشخیص ہر مائیکرو آرے تجربے کا سب سے اہم حصہ ہے۔ مائیکرو ارے سلائیڈز کو اسکین کرنے کے بعد، اسکینر ٹیگ شدہ امیج فائل فارمیٹ (*. tif) میں 20 بٹ، 16 بٹ یا 8 بٹ عددی امیج ریکارڈ کرتا ہے۔ . tif-امیج اسکین شدہ مائیکرو ارے سلائیڈ پر ہر فلوروسینٹ اسپاٹ کی تشریح اور مقدار کو قابل بناتا ہے۔ یہ مقداری ڈیٹا ماپا بائنڈنگ واقعات یا مائیکرو ارے سلائیڈ پر پیپٹائڈ ترمیم پر شماریاتی تجزیہ انجام دینے کی بنیاد ہے۔ معلوم شدہ اشاروں کی تشخیص اور تشریح کے لیے پیپٹائڈ اسپاٹ (تصویر میں نظر آنے والا) اور متعلقہ پیپٹائڈ ترتیب کی تقسیم کی جانی چاہیے۔ مختص کرنے کے لیے ڈیٹا عام طور پر جینپیکس ارے لسٹ (. gal) فائل میں محفوظ کیا جاتا ہے اور پیپٹائڈ مائیکرو ارے کے ساتھ فراہم کیا جاتا ہے۔ . gal-فائل (ایک ٹیب سے الگ کی گئی ٹیکسٹ فائل) کو مائیکرو ارے کوانٹیفیکیشن سافٹ ویئر ماڈیولز کا استعمال کرتے ہوئے کھولا جا سکتا ہے یا ٹیکسٹ ایڈیٹر کے ساتھ پروسیس کیا جا سکتا ہے (مثال کے طور پر۔ نوٹ پیڈ) یا مائیکروسافٹ ایکسل۔ یہ "گیل" فائل اکثر مائیکرو ارے بنانے والے کے ذریعہ فراہم کی جاتی ہے اور یہ ان پٹ ٹی ٹی ایس ٹی فائلوں اور روبوٹس میں بنائے گئے ٹریکنگ سافٹ ویئر کے ذریعے تیار کی جاتی ہے جو مائیکرو ارے مینوفیکچرنگ کرتے ہیں۔ حوالہ جات حیاتیاتی تکنیکیں اور اوزار امیونولوجی مائکرواریز پروٹین کے طریقے