BioLinux
بائیو لینکس ایک اصطلاح ہے جو لینکس پلیٹ فارم پر بائیو انفارمیٹکس سافٹ ویئر تک رسائی کو آسان بنانے میں شامل مختلف منصوبوں میں درج ذیل میں سے ایک یا زیادہ طریقوں کا استعمال کرتے ہوئے استعمال ہوتی ہے: مکمل نظام کی فراہمی بائیو انفارمیٹکس سافٹ ویئر کے ذخائر کی فراہمی معیاری تقسیم میں بائیو انفارمیٹکس پیکجوں کا اضافہ بائیو انفارمیٹکس سافٹ ویئر کے ساتھ لائیو ڈی وی ڈی/سی ڈیز شامل کیے گئے کمیونٹی بلڈنگ اور سپورٹ سسٹم اب لینکس سسٹم اور دیگر یونائسز دونوں پر اسی طرح کے مقاصد کے ساتھ مختلف منصوبے ہیں، اور ان میں سے ایک انتخاب ذیل میں دیا گیا ہے۔ کینیڈین بائیو انفارمیٹکس ہیلپ ڈیسک نیوز لیٹر میں ایک جائزہ بھی ہے جس میں لینکس پر مبنی کچھ منصوبوں کی تفصیلات ہیں۔ پیکیج کے ذخائر ایپل/میک بہت سے لینکس پیکیجز میک او ایس ایکس کے ساتھ مطابقت رکھتے ہیں اور ایسے کئی منصوبے ہیں جو میک او ایس ایکس چلانے والے کمپیوٹر پر منتخب لینکس پیکیجز (بشمول بائیو انفارمیٹکس سافٹ ویئر) کو انسٹال کرنا آسان بنانے کی کوشش کرتے ہیں۔ (ماخذ؟) BioArchLinux BioArchLinux ذخیرہ آرک لینکس اور آرک لینکس پر مبنی تقسیم کے لیے 3,770 سے زیادہ پیکجوں پر مشتمل ہے۔ ڈیبین ڈیبین بہت سے تعلیمی اداروں میں استعمال ہونے والا ایک اور بہت مقبول لینکس ڈسٹری بیوشن ہے، اور کچھ بائیو انفارمیٹکس کے ماہرین نے اس ڈسٹری بیوشن کے لیے ڈیب فارمیٹ میں اپنے سافٹ ویئر پیکجز دستیاب کرائے ہیں۔ ریڈ ہیٹ پیکیج کے ذخائر عام طور پر لینکس کی تقسیم کے لیے مخصوص ہوتے ہیں جو بائیو انفارمیٹشین استعمال کر رہا ہے۔ بائیو انفارمیٹکس کے کام میں لینکس کی متعدد قسمیں رائج ہیں۔ فیڈورا تجارتی ریڈ ہیٹ سسٹم کا آزادانہ طور پر تقسیم شدہ ورژن ہے۔ ریڈ ہیٹ کارپوریٹ دنیا میں بڑے پیمانے پر استعمال ہوتا ہے کیونکہ وہ تجارتی مدد اور تربیتی پیکیجز پیش کرتے ہیں۔ فیڈورا کور ریڈ ہیٹ کا ایک کمیونٹی سپورٹڈ مشتق ہے اور یہ ان لوگوں میں مقبول ہے جو ریڈ ہیٹ کا نظام پسند کرتے ہیں لیکن انہیں تجارتی مدد کی ضرورت نہیں ہے۔ بائیو انفارمیٹکس ایپلی کیشنز کے بہت سے صارفین نے فیڈورا کے ساتھ کام کرنے کے لیے ڈیزائن کردہ آر پی ایم (ریڈ ہیٹ کا پیکیج فارمیٹ) تیار کیا ہے، جسے آپ ممکنہ طور پر ریڈ ہیٹ انٹرپرائز لینکس سسٹمز پر بھی انسٹال کر سکتے ہیں۔ دیگر تقسیمات جیسے منڈریوا اور ایس یو ایس ای آر پی ایم کا استعمال کرتے ہیں، لہذا یہ پیکیجز ان تقسیمات پر بھی کام کر سکتے ہیں۔ سلیک ویئر سلیک ویئر کم استعمال شدہ لینکس ڈسٹری بیوشن میں سے ایک ہے۔ یہ ان لوگوں میں مقبول ہے جو لینکس آپریٹنگ سسٹم کا بہتر علم رکھتے ہیں اور جو دستیاب مختلف جی یو آئی پر کمانڈ لائن کو ترجیح دیتے ہیں۔ پیکیجز ٹی جی زیڈ یا ٹی جی ایکس فارمیٹ میں ہوتے ہیں۔ سلیک ویئر پر مبنی سب سے زیادہ معروف لائیو ڈسٹری بیوشن سلیکس ہے اور اسے بہت سے بائیو انفارمیٹکس ڈسٹری بیوشن کے لیے بیس کے طور پر استعمال کیا گیا ہے۔ بائیو سلیکس لائیو ڈی وی ڈی/سی ڈی لائیو ڈی وی ڈی یا سی ڈی بائیو انفارمیٹکس کمپیوٹنگ فراہم کرنے کا ایک مثالی طریقہ نہیں ہیں، کیونکہ وہ سی ڈی/ڈی وی ڈی ڈرائیو سے چلتے ہیں۔ اس کا مطلب ہے کہ وہ روایتی ہارڈ ڈسک کی تنصیب سے سست ہیں اور ان میں ترتیب دینے کی صلاحیت محدود ہے۔ تاہم، وہ ایڈہاک حل فراہم کرنے کے لیے موزوں ہو سکتے ہیں جہاں کوئی دوسرا لینکس رسائی دستیاب نہیں ہے، اور یہاں تک کہ لینکس انسٹالیشن کی بنیاد کے طور پر بھی استعمال کیا جا سکتا ہے۔ اچھی بائیو انفارمیٹکس سپورٹ کے ساتھ معیاری تقسیم عام طور پر، لینکس کی تقسیم میں سرکاری پیکجوں کی ایک وسیع رینج دستیاب ہوتی ہے، لیکن اس میں عام طور پر سائنسی حمایت کی راہ میں زیادہ کچھ شامل نہیں ہوتا ہے۔ مستثنیات ہیں، جیسے کہ ذیل میں تفصیل سے۔ جینٹو لینکس ای بلڈز کی شکل میں 156 سے زیادہ بائیو انفارمیٹکس ایپلی کیشنز (مرکزی درخت میں جینٹو سائنس حیاتیات ریوڑ دیکھیں) فراہم کرتا ہے، جو سورس کوڈ سے ایپلی کیشنز بناتے ہیں۔ اضافی 325 پیکیجز جینٹو سائنس اوورلے (جانچ کے لیے) میں ہیں۔ اگرچہ بہترین کمیونٹی سپورٹ کے ساتھ ایک بہت ہی لچکدار نظام ہے، ماخذ سے انسٹال کرنے کی ضرورت کا مطلب یہ ہے کہ جینٹو سسٹم اکثر انسٹال کرنے میں سست ہوتے ہیں، اور کافی دیکھ بھال کی ضرورت ہوتی ہے۔ بائنری پیکیجز تیار کرنے کے لیے مرکزی سرور کا استعمال کرکے تالیف کے کچھ وقت کو کم کرنا ممکن ہے۔ دوسری طرف، آپ اپنے بہترین پروسیسر کا استعمال کرتے ہوئے سب سے زیادہ رفتار سے چلانے کے لیے سب کو ٹھیک کر سکتے ہیں (مثال کے طور پر اصل میں ایس ایس ای اور اے وی ایکس اور اے وی ایکس 2 سی پی یو ہدایات استعمال کرنے کے لیے)۔ بائنری پر مبنی ڈسٹرو عام طور پر صرف i686 یا یہاں تک کہ صرف i386 انسٹرکشن سیٹ کا استعمال کرتے ہوئے بائنری فراہم کرتے ہیں۔ فری بی ایس ڈی فری بی ایس ڈی لینکس کی تقسیم نہیں ہے، بلکہ یونکس کا ایک ورژن ہے جو اس سے بہت ملتا جلتا ہے۔ اس کی بندرگاہیں جینٹو کی ای بلڈز سے ملتی جلتی ہیں۔ تاہم، یہ پروجیکٹ مسلسل ٹیئر-1 پلیٹ فارم جیسے x86 اور اے آر ایم کے لیے پہلے سے مرتب کردہ بائنری پیکیجز بناتا ہے۔ صارفین غیر پورٹیبل اصلاح یا دیگر تعمیر کے اختیارات کو فعال کرنے کے لیے ماخذ سے کسی بھی بندرگاہ کو بنانے اور انسٹال کرنے کا انتخاب بھی کر سکتے ہیں۔ بلڈ فرام سورس آپشن پورٹ سسٹم کو ایسے لائسنس کے ساتھ سافٹ ویئر کی خودکار تنصیب کی بھی اجازت دیتا ہے جو دوبارہ تقسیم کی اجازت نہیں دیتا ہے۔ بندرگاہوں کے مجموعے میں 31,000 سے زیادہ بندرگاہیں ہیں، جن میں سے 2,200 سے زیادہ سائنسی زمروں میں ہیں، اور 240 سے زیادہ حیاتیات سے متعلق ہیں۔ نئی بندرگاہیں اور اپ ڈیٹس فریش پورٹس سائٹ پر درج ہیں۔ پی کے جی ایس آر سی پیکیج مینیجر، جو اصل میں فری بی ایس ڈی بندرگاہوں سے فورک کیا گیا ہے، نیٹ بی ایس ڈی پروجیکٹ کے ذریعہ برقرار رکھا جاتا ہے، لیکن اس کا مقصد تمام پوزیکس سے مطابقت رکھنے والے آپریٹنگ سسٹم کی حمایت کرنا ہے۔ یہ نیٹ بی ایس ڈی، بہت سے لینکس ڈسٹری بیوشن، میک او ایس، اور سن او ایس مشتقات پر اچھی طرح سے تجربہ کیا گیا ہے۔ فری بی ایس ڈی بندرگاہوں کی طرح، پہلے سے مرتب کردہ بائنری پیکجوں کو کچھ پلیٹ فارمز کے لیے برقرار رکھا جاتا ہے۔ پیکجوں کو کسی بھی پلیٹ فارم پر ماخذ سے بنایا جا سکتا ہے، یا اگر اضافی اصلاح یا اختیارات مطلوب ہوں۔ پی کے جی ایس آر سی کلیکشن میں 19,000 سے زیادہ پیکیجز ہیں، جن میں سے تقریبا 800 سائنسی زمروں میں ہیں، اور 60 سے زیادہ حیاتیات سے متعلق ہیں۔ ڈیبین معیاری ڈیبین انسٹالیشن کے حصے کے طور پر فراہم کردہ سو سے زیادہ بائیو انفارمیٹکس پیکیجز ہیں۔ این ای بی سی بائیو لینکس پیکجوں کو معیاری ڈیبین سسٹم پر بھی نصب کیا جا سکتا ہے جب تک کہ بائیو لینکس بیس پیکیج بھی نصب ہو۔ یہ ایک/یو ایس آر/مقامی/بائیو انف ڈائرکٹری بناتا ہے جہاں ہمارے دوسرے پیکیجز اپنا سافٹ ویئر انسٹال کرتے ہیں۔ ڈیبین پیکیجز اوبنٹو لینکس یا دیگر ڈیبین سے ماخوذ تنصیبات پر بھی کام کر سکتے ہیں۔ کمیونٹی بلڈنگ اور سپورٹ سسٹم سپورٹ اور دستاویزات فراہم کرنا کسی بھی بائیو لینکس پروجیکٹ کا ایک اہم حصہ ہونا چاہیے، تاکہ وہ سائنس دان جو آئی ٹی کے ماہر نہیں ہیں وہ اپنے مخصوص مسائل کے جوابات جلد تلاش کر سکیں۔ سپورٹ فورمز یا میلنگ لسٹس بھی تحقیقی کمیونٹی کے اندر علم کو پھیلانے کے لیے مفید ہیں۔ ان میں سے کچھ وسائل یہاں سے منسلک ہیں۔ یہ بھی دیکھیں اوپن سورس بائیو انفارمیٹکس سافٹ ویئر کی فہرست بائیو میڈیکل سائبرنیٹکس سافٹ ویئر حوالہ جات بائیو انفارمیٹکس سافٹ ویئر لینکس کمپیوٹیشنل سائنس