Swiss-model
سوئس ماڈل ایک ساختی بائیو انفارمیٹکس ویب سرور ہے جو تھری ڈی پروٹین ڈھانچوں کے ہومیولوجی ماڈلنگ کے لیے وقف ہے۔ ہومیولوجی ماڈلنگ فی الحال قابل اعتماد تین جہتی پروٹین ڈھانچے کے ماڈل تیار کرنے کا سب سے درست طریقہ ہے اور بہت سے عملی ایپلی کیشنز میں معمول کے مطابق استعمال ہوتا ہے۔ ہومیولوجی (یا تقابلی) ماڈلنگ کے طریقے ارتقائی متعلقہ پروٹین ("اہداف") کے لیے ماڈل بنانے کے لیے تجرباتی پروٹین ڈھانچے ("ٹیمپلیٹس") کا استعمال کرتے ہیں۔ آج، سوئس-ماڈل تین مضبوطی سے مربوط اجزاء پر مشتمل ہے: (1) سوئس-ماڈل پائپ لائن-خودکار پروٹین ڈھانچے کے ماڈلنگ کے لیے سافٹ ویئر ٹولز اور ڈیٹا بیس کا ایک مجموعہ، (2) سوئس-ماڈل ورک اسپیس-ایک ویب پر مبنی گرافیکل یوزر ورک بینچ، (3) سوئس-ماڈل ریپوزیٹری-اعلی بائیو میڈیکل دلچسپی کے ماڈل آرگنزم پروٹومز کے سیٹ کے لیے ہومیولوجی ماڈل کا مسلسل اپ ڈیٹ ڈیٹا بیس۔ پائپ لائن سوئس-ماڈل پائپ لائن چار اہم مراحل پر مشتمل ہے جو کسی دیئے گئے پروٹین ڈھانچے کے ہومیولوجی ماڈل کی تعمیر میں شامل ہیں: ساختی ٹیمپلیٹ کی شناخت۔ ٹیمپلیٹس کی شناخت کے لیے BLAST اور HHblit استعمال کیے جاتے ہیں۔ ٹیمپلیٹس کو سوئس-ماڈل ٹیمپلیٹ لائبریری (ایس ایم ٹی ایل) میں محفوظ کیا جاتا ہے، جو پی ڈی بی سے ماخوذ ہے۔ ہدف کی ترتیب اور ٹیمپلیٹ ڈھانچے کی صف بندی۔ ماڈل کی تعمیر اور توانائی کو کم سے کم کرنا۔ سوئس ماڈل ماڈلنگ کے لیے ایک سخت فریگمنٹ اسمبلی اپروچ نافذ کرتا ہے۔ اوسط قوت کی شماریاتی صلاحیت، کیو ایم ای اے این کا استعمال کرتے ہوئے ماڈل کے معیار کی تشخیص۔ کام کی جگہ سوئس-ماڈل کام کی جگہ ویب پر مبنی کام کی جگہ میں پروٹین ڈھانچے کی ماڈلنگ کے لیے درکار پروگراموں اور ڈیٹا بیس کو مربوط کرتی ہے۔ ماڈلنگ کے کام کی پیچیدگی پر منحصر ہے، استعمال کے مختلف طریقوں کو لاگو کیا جا سکتا ہے، جس میں صارف کے پاس انفرادی ماڈلنگ کے مراحل پر مختلف سطحوں کا کنٹرول ہوتا ہے: خودکار موڈ، صف بندی موڈ، اور پروجیکٹ موڈ۔ مکمل طور پر خودکار موڈ کا استعمال اس وقت کیا جاتا ہے جب ہدف اور ٹیمپلیٹ (> 50 ٪) کے درمیان کافی حد تک اعلی ترتیب کی شناخت کسی بھی انسانی مداخلت کی اجازت نہیں دیتی ہے۔ اس صورت میں ان پٹ کے طور پر صرف پروٹین کی ترتیب یا یونیپروٹ رسائی کوڈ کی ضرورت ہوتی ہے۔ صف بندی کا طریقہ صارف کو اپنی ٹارگٹ-ٹیمپلیٹ صف بندی داخل کرنے کے قابل بناتا ہے جہاں سے ماڈلنگ کا طریقہ کار شروع ہوتا ہے (یعنی۔ ٹیمپلیٹس کی تلاش کے مرحلے کو چھوڑ دیا جاتا ہے اور شاذ و نادر ہی فراہم کردہ صف بندی میں صرف معمولی تبدیلیاں کی جاتی ہیں)۔ پروجیکٹ موڈ زیادہ مشکل صورتوں میں استعمال کیا جاتا ہے، جب نتیجے میں ماڈل کے معیار کو بہتر بنانے کے لیے ٹارگٹ-ٹیمپلیٹ صف بندی کی دستی اصلاحات کی ضرورت ہوتی ہے۔ اس موڈ میں ان پٹ ایک پروجیکٹ فائل ہے جسے ڈیپ ویو (سوئس پی ڈی بی ویوئر) ویژوئلائزیشن اور ساختی تجزیہ ٹول کے ذریعے تیار کیا جا سکتا ہے، تاکہ صارف کو اس کے ساختی سیاق و سباق میں ٹارگٹ ٹیمپلیٹ کی صف بندی کا جائزہ لینے اور اس میں ہیرا پھیری کرنے کی اجازت دی جا سکے۔ تینوں صورتوں میں آؤٹ پٹ ایک پی ڈی بی فائل ہوتی ہے جس میں ماڈل کے ایٹم کوآرڈینیٹ یا ڈیپ ویو پروجیکٹ فائل ہوتی ہے۔ ہومیولوجی ماڈلنگ کے چار اہم مراحل کو بار بار دہرایا جا سکتا ہے جب تک کہ ایک تسلی بخش ماڈل حاصل نہ ہو جائے۔ سوئس-ماڈل ورک اسپیس تک رسائی ایکسپاسی ویب سرور کے ذریعے حاصل کی جا سکتی ہے، یا اسے ڈیپ ویو (سوئس پی ڈی بی-ویوئر) پروگرام کے حصے کے طور پر استعمال کیا جا سکتا ہے۔ ستمبر 2015 تک سائنسی ادب میں اس کا 20000 بار حوالہ دیا گیا ہے، جس سے یہ پروٹین ڈھانچے کی ماڈلنگ کے لیے سب سے زیادہ استعمال ہونے والے ٹولز میں سے ایک ہے۔ یہ ٹول تعلیمی استعمال کے لیے مفت ہے۔ ذخیرہ سوئس ماڈل ذخیرہ اعلی عمومی دلچسپی کے ماڈل حیاتیات کے ایک سیٹ کے لیے تین جہتی پروٹین ماڈلز کے تازہ ترین مجموعہ تک رسائی فراہم کرتا ہے۔ ماڈل حیاتیات میں انسان، ماؤس، C.elegans، E.coli، اور مختلف پیتھوجینز شامل ہیں جن میں سیویر ایکیوٹ ریسپریٹری سنڈروم کورونا وائرس 2 (SARS-CoV-2) شامل ہیں۔ سوئس ماڈل ریپوزیٹری کئی بیرونی وسائل کے ساتھ مربوط ہے، جیسے یونیپروٹ، انٹرپرو، اسٹرینگ، اور نیچر پی ایس آئی ایس بی کے بی۔ سوئس-ماڈل ماہر نظام کی نئی پیش رفتوں میں (1) ہومو-اولیگومیرک اسمبلیوں کی خودکار ماڈلنگ ؛ (2) پروٹین ڈھانچوں میں ضروری دھاتی آئنوں اور حیاتیاتی طور پر متعلقہ لگینڈوں کی ماڈلنگ ؛ (3) کیو ایم ای اے این مقامی اسکور فنکشن پر مبنی مقامی (فی باقیات) ماڈل وشوسنییتا کے تخمینے ؛ (4) ماڈلز کے لیے یونیپروٹ خصوصیات کی نقشہ سازی شامل ہیں۔ (1) اور (2) سوئس-ماڈل ورک اسپیس کے خودکار موڈ کا استعمال کرتے وقت دستیاب ہیں۔ (3) سوئس-ماڈل ورک اسپیس کا استعمال کرتے ہوئے ہومیولوجی ماڈل کا حساب لگاتے وقت ہمیشہ فراہم کیا جاتا ہے، اور (4) سوئس-ماڈل ریپوزیٹری میں دستیاب ہے۔ طریقہ کار کی درستگی اور وشوسنییتا ماضی میں، ایس ڈبلیو آئی ایس ایس-ماڈل سرور پائپ لائن کی درستگی، استحکام اور وشوسنییتا کی تصدیق ای وی اے-سی ایم بینچ مارک پروجیکٹ نے کی تھی۔ فی الحال، سوئس-ماڈل سرور پائپ لائن کیمیو 3 ڈی (کنٹینیوئس آٹومیٹڈ ماڈل ایولیوٹی آن) پروجیکٹ میں حصہ لے رہی ہے جو مکمل طور پر خودکار طریقے سے پروٹین ڈھانچے کی پیشن گوئی کی خدمات کی درستگی اور وشوسنییتا کا مسلسل جائزہ لیتی ہے۔ حوالہ جات بیرونی روابط سوئس-ماڈل ہومیولوجی ماڈلنگ پروٹین ڈھانچہ پیشن گوئی پروٹین ڈھانچہ پیشن گوئی سافٹ ویئر سی اے ایس پی (پروٹین ڈھانچہ پیشن گوئی کے لیے تکنیکوں کی تنقیدی تشخیص) بائیو انفارمیٹکس مالیکیولر ماڈلنگ سافٹ ویئر بھی دیکھیں۔