In silico PCR
سلیکو پی سی آر سے مراد وہ کمپیوٹیشنل ٹولز ہیں جو نظریاتی پولیمریز چین ری ایکشن (پی سی آر) کے نتائج کا حساب لگانے کے لیے استعمال ہوتے ہیں جن میں ایک ترتیب شدہ جینوم یا ٹرانسکرپٹوم سے ڈی این اے کے ترتیب کو بڑھانے کے لیے پرائمرز (تحقیقات) کا ایک سیٹ استعمال کیا جاتا ہے۔ ان ٹولز کا استعمال ٹارگٹ ڈی این اے یا سی ڈی این اے سیکوینس کے لیے پرائمرز کے ڈیزائن کو بہتر بنانے کے لیے کیا جاتا ہے۔ پرائمر آپٹیمائزیشن کے دو مقاصد ہیں: کارکردگی اور انتخاب۔ کارکردگی میں جی سی مواد، بائنڈنگ کی کارکردگی، تکمیل، ثانوی ڈھانچہ، اور اینیلنگ اور پگھلنے کا نقطہ (ٹی ایم) جیسے عوامل کو مدنظر رکھنا شامل ہے۔ پرائمر سلیکٹیویٹی کے لیے ضروری ہے کہ پرائمر جوڑے خوش قسمتی سے دلچسپی کے ہدف کے علاوہ بے ترتیب سائٹس سے منسلک نہ ہوں، اور نہ ہی پرائمر جوڑوں کو جین فیملی کے محفوظ علاقوں سے منسلک ہونا چاہیے۔ اگر انتخاب ناقص ہے، تو پرائمرز کا ایک سیٹ دلچسپی کے ہدف کے علاوہ متعدد مصنوعات کو بڑھا دے گا۔ مناسب مختصر یا لمبے پرائمر جوڑوں کا ڈیزائن پی سی آر پروڈکٹ کی پیش گوئی کا صرف ایک مقصد ہے۔ سلیکو پی سی آر ٹولز میں فراہم کردہ دیگر معلومات میں پرائمر کے مقام کا تعین، واقفیت، ہر ایمپلیکن کی لمبائی، الیکٹروفوریٹک نقل و حرکت کا تخروپن، کھلے پڑھنے کے فریموں کی شناخت، اور دیگر ویب وسائل کے لنکس شامل ہو سکتے ہیں۔ بہت سے سافٹ ویئر پیکجز دستیاب ہیں جو فیچر سیٹ، استعمال میں آسانی، کارکردگی اور لاگت کے مختلف توازن پیش کرتے ہیں۔ پرائمر-بلاسٹ وسیع پیمانے پر استعمال ہوتا ہے، اور نیشنل سینٹر فار بائیوٹیکنالوجی انفارمیشن (این سی بی آئی) کی ویب سائٹ سے آزادانہ طور پر قابل رسائی ہے۔ دوسری طرف، فاسٹ پی سی آر، ایک تجارتی ایپلی کیشن، ایک واحد پرائمر یا ملٹی پلیکس ٹارگٹ سیکوینس کے لیے ڈیزائن کیے گئے پرائمرز کے سیٹ کی بیک وقت جانچ کی اجازت دیتی ہے۔ یہ ہدف کے سلسلے میں پرائمرز کی تکمیل کی جانچ کرنے کے لیے ایک تیز، گیپ لیس صف بندی انجام دیتا ہے۔ ممکنہ پی سی آر مصنوعات معیاری یا الٹا پی سی آر کے ساتھ ساتھ ملٹی پلیکس پی سی آر کا استعمال کرتے ہوئے لکیری اور سرکلر ٹیمپلیٹس کے لیے مل سکتی ہیں۔ وی پی سی آر ملٹی پلیکس پی سی آر کا ایک متحرک تخروپن چلاتا ہے، جس سے ایک رد عمل میں متعدد ایمپلیکنز کے درمیان مقداری مسابقت کے اثرات کا تخمینہ لگایا جا سکتا ہے۔ یو سی ایس سی جینوم براؤزر آئی ایس پی سی آر پیش کرتا ہے، جو 100 سے زیادہ ترتیب شدہ جینوموں پر پی سی آر مصنوعات کو دیکھنے کے لیے گرافیکل کے ساتھ ساتھ ٹیکسٹ فائل آؤٹ پٹ فراہم کرتا ہے۔ ایک پرائمر بہت سے پیشین گوئی شدہ ترتیبات سے جڑا ہو سکتا ہے، لیکن پرائمر کے 3 'سرے پر صرف ایسے ترتیبات استعمال کیے جا سکتے ہیں جن میں کوئی یا چند ملاوٹ نہ ہو (1 یا 2، مقام اور نیوکلیوٹائڈ پر منحصر ہے) پولیمریز کی توسیع کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے۔ پرائمر کے 3 'سرے پر موجود آخری 10-12 بیس ٹیمپلیٹ بائنڈنگ سائٹ پر پولیمریز ایکسٹینشن اور عام پرائمر استحکام کے آغاز کے لیے حساس ہوتے ہیں۔ پرائمر کے 3 'سرے پر ان آخری 10 اڈوں پر ایک ہی مطابقت کا اثر اس کی پوزیشن اور مقامی ساخت پر منحصر ہوتا ہے، جس سے پرائمر بائنڈنگ، سلیکٹیویٹی اور پی سی آر کی کارکردگی کم ہوتی ہے۔ حوالہ جات بیرونی روابط پی سی آر، کیو پی سی آر، سلیکو پی سی آر اور اولیگونیوکلیوٹائڈز کے لیے ویب ٹولز سالماتی حیاتیات کے تجربات کے سلیکو تخروپن میں نیوکلک ایسڈ بائیو انفارمیٹکس