MicroRNA sequencing
مائیکرو آر این اے سیکوینسنگ (ایم آئی آر این اے-ایس ای کیو)، آر این اے-ایس ای کیو کی ایک قسم، مائیکرو آر این اے کی ترتیب کے لیے اگلی نسل کی ترتیب یا بڑے پیمانے پر متوازی ہائی تھرو پٹ ڈی این اے سیکوینسنگ کا استعمال ہے، جسے ایم آئی آر این اے بھی کہا جاتا ہے۔ ایم آئی آر این اے-ایس ای کیو آر این اے-ایس ای کیو کی دیگر شکلوں سے مختلف ہے جس میں ان پٹ مواد اکثر چھوٹے آر این اے کے لیے افزودہ ہوتا ہے۔ ایم آئی آر این اے-سی کیو محققین کو ٹشو کے مخصوص اظہار کے نمونوں، بیماری کی انجمنوں، اور ایم آئی آر این اے کی آئسوفارم کی جانچ کرنے اور پہلے سے غیر خصوصیت والے ایم آئی آر این اے کو دریافت کرنے کی اجازت دیتا ہے۔ اس بات کا ثبوت کہ بے قاعدہ ایم آئی آر این اے کینسر جیسی بیماریوں میں کردار ادا کرتے ہیں، نے ایم آئی آر این اے-سی کیو کو ممکنہ طور پر مستقبل میں تشخیص اور تشخیص کے لیے ایک اہم ذریعہ بننے کے لیے پوزیشن میں رکھا ہے کیونکہ اخراجات میں کمی جاری ہے۔ دیگر ایم آئی آر این اے پروفائلنگ ٹیکنالوجیز کی طرح، ایم آئی آر این اے-سیق کے دونوں فوائد (ترتیب-آزادی، کوریج) اور نقصانات (زیادہ لاگت، بنیادی ڈھانچے کی ضروریات، رن لمبائی، اور ممکنہ نمونے) ہیں۔ مائیکرو آر این اے (ایم آئی آر این اے) چھوٹے ربن نیوکلک ایسڈ کا ایک خاندان ہے، جس کی لمبائی 21-25 نیوکلیوٹائڈز ہے، جو نقل کے انحطاط، ترجمہ کی روک تھام، یا نقل کو الگ کرنے کے ذریعے پروٹین کے اظہار میں ترمیم کرتے ہیں۔ دریافت ہونے والا پہلا ایم آئی آر این اے، لن-4، جینیاتی میوٹیجینیسیس اسکرین میں پایا گیا تھا تاکہ نیماٹوڈ کینورابڈائٹس ایلیگنس کی ایمبریونک کے بعد کی نشوونما کو کنٹرول کرنے والے سالماتی عناصر کی شناخت کی جا سکے۔ لین-4 جین نے 22 نیوکلیوٹائڈ آر این اے کو محفوظ تکمیلی بائنڈنگ سائٹس کے ساتھ لین-14 ایم آر این اے ٹرانسکرپٹ کے 3 '-غیر ترجمہ شدہ علاقے میں انکوڈ کیا اور ایل آئی این-14 پروٹین کے اظہار کو کم کیا۔ اب یہ خیال کیا جاتا ہے کہ ایم آئی آر این اے بہت سے ترقیاتی اور حیاتیاتی عمل کے ضابطے میں شامل ہیں، جن میں ہیماٹوپوئسیس (مس مسکولس میں ایم آئی آر-181)، لپڈ میٹابولزم (ڈروسفیلا میلانوگاسٹر میں ایم آئی آر-14) اور نیورونل ڈویلپمنٹ (سینورابڈائٹس ایلیگنس میں ایل ایس آئی-6) شامل ہیں۔ ان دریافتوں نے می آر این اے کی شناخت اور خصوصیت کے قابل تکنیکوں کی ترقی کی ضرورت پیدا کردی، جیسے کہ می آر این اے-سی کیو۔ ہسٹری مائیکرو آر این اے سیکوینسنگ (ایم آئی آر این اے-ایس ای کیو) کو اگلی نسل کی سیکوینسنگ یا بڑے پیمانے پر متوازی ہائی تھرو پٹ سیکوینسنگ ٹیکنالوجیز سے فائدہ اٹھانے کے لیے تیار کیا گیا تھا تاکہ کسی دیئے گئے نمونے میں نئے ایم آئی آر این اے اور ان کے اظہار پروفائلز کو تلاش کیا جا سکے۔ می آر این اے سیکوینسنگ اپنے آپ میں کوئی نیا خیال نہیں ہے، سیکوینسنگ کے ابتدائی طریقوں نے سینگر سیکوینسنگ کے طریقوں کا استعمال کیا۔ ترتیب کی تیاری میں کالم اور جیل الیکٹروفورسس کے ذریعے منتخب کردہ 21-25 bp سائز کے اینڈوجینس چھوٹے RNAs سے نقل شدہ DNA ریورس کی کلوننگ کے ذریعے لائبریریاں بنانا شامل تھا۔ تاہم، یہ طریقہ وقت اور وسائل کے لحاظ سے مکمل ہے، کیونکہ ہر کلون کو انفرادی طور پر بڑھانا پڑتا ہے اور ترتیب کے لیے تیار کرنا پڑتا ہے۔ یہ طریقہ نادانستہ طور پر ایم آئی آر این اے کی حمایت کرتا ہے جو انتہائی اظہار کرتے ہیں۔ اگلی نسل کی ترتیب ڈی این اے مائیکرو ارے تجزیہ میں درکار ترتیب مخصوص ہائبرڈائزیشن تحقیقات کے ساتھ ساتھ سینگر ترتیب کے طریقہ کار میں درکار محنتی کلوننگ کے طریقوں کی ضرورت کو ختم کرتی ہے۔ مزید برآں، ایم آئی آر این اے-ایس ای کیو طریقہ کار میں اگلی نسل کے سیکوینسنگ پلیٹ فارم ایک ہی سیکوینسنگ رن میں چھوٹے آر این اے کے بڑے پول کی سیکوینسنگ میں سہولت فراہم کرتے ہیں۔ می آر این اے-سی کیو کو مختلف ترتیب کے پلیٹ فارمز کا استعمال کرتے ہوئے انجام دیا جا سکتا ہے۔ ایم آئی آر این اے-سی کیو طریقوں کا استعمال کرتے ہوئے چھوٹے آر این اے کے پہلے تجزیے میں لینکس تھیراپیوٹکس کے بڑے پیمانے پر متوازی سگنیچر سیکوینسنگ (ایم پی ایس ایس) سیکوینسنگ پلیٹ فارم کا استعمال کرتے ہوئے ماڈل پلانٹ عربیڈوپسس تھالیانا سے تقریبا 14 لاکھ چھوٹے آر این اے کی جانچ کی گئی۔ اس مطالعہ نے چھوٹے آر این اے کے مطالعہ کے لیے نئی، ہائی تھرو پٹ سیکوینسنگ ٹیکنالوجیز کی صلاحیت کا مظاہرہ کیا، اور اس سے پتہ چلا کہ جینوم بڑی تعداد میں چھوٹے آر این اے پیدا کرتے ہیں جن میں پودے خاص طور پر چھوٹے آر این اے کے بھرپور ذرائع ہوتے ہیں۔ بعد کے مطالعات میں ترتیب کی دیگر ٹیکنالوجیز کا استعمال کیا گیا، جیسے کہ سی ایلیگنس میں ایک مطالعہ جس میں 18 نئے می آر این اے جینوں کے ساتھ ساتھ نیماتوڈ چھوٹے آر این اے کی ایک نئی کلاس کی نشاندہی کی گئی جسے 21 یو-آر این اے کہا جاتا ہے۔ انسانی سروائیکل ٹیومر اور عام ٹشو کے چھوٹے آر این اے پروفائلز کا موازنہ کرنے والی ایک اور تحقیق میں، الومینا (کمپنی) جینوم اینالیزر کا استعمال کرتے ہوئے 64 نئے انسانی ایم آئی آر این اے جینوں کے ساتھ ساتھ 67 مختلف طور پر اظہار شدہ ایم آئی آر این اے کی شناخت کی گئی۔ اپلائیڈ بائیو سسٹمز سولڈ سیکوینسنگ پلیٹ فارم کو انسانی چھاتی کے کینسر کا پتہ لگانے میں ایم آئی آر این اے کی پیشن گوئی کی قدر کی جانچ کرنے کے لیے بھی استعمال کیا گیا ہے۔ طریقے چھوٹے آر این اے کی تیاری کی ترتیب لائبریری کی تعمیر کو مختلف کٹس کا استعمال کرتے ہوئے انجام دیا جا سکتا ہے جو کہ ہائی تھرو پٹ سیکوینسنگ پلیٹ فارم کے استعمال پر منحصر ہے۔ تاہم، چھوٹے آر این اے ترتیب کی تیاری کے لیے کئی عام اقدامات ہیں۔ کل آر این اے آئسولیشن ایک دیئے گئے نمونے میں تمام آر این اے کو آئسوتھیوسیانیٹ/فینول/کلوروفارم (جی آئی ٹی سی/فینول) طریقہ یا تجارتی مصنوعات جیسے ٹرائزول (انویٹروجن) ریجینٹ کا استعمال کرتے ہوئے نکالا اور الگ کیا جاتا ہے۔ 50-100 کل RNA کی ابتدائی مقدار، 1 گرام ٹشو عام طور پر کل RNA کا 1 ملی گرام پیدا کرتا ہے، عام طور پر جیل صاف کرنے اور سائز کے انتخاب کے لیے درکار ہوتا ہے۔ آر این اے کے کوالٹی کنٹرول کو بھی ماپا جاتا ہے، مثال کے طور پر کیلیپر لیب چپ جی ایکس (کیلیپر لائف سائنسز) پر آر این اے چپ چلانا۔ جیل الیکٹروفورسس کے ذریعے چھوٹے آر این اے کا سائز فریکشن الگ تھلگ آر این اے ایک ڈی نیچرنگ پولی ایکریلامائیڈ جیل پر چلایا جاتا ہے۔ ایک امیجنگ طریقہ جیسے تابکار 5 '-32 پی-لیبلڈ اولیگونیوکلیوٹائڈز سائز کی سیڑھی کے ساتھ جیل کے ایک حصے کی شناخت کے لیے استعمال کیا جاتا ہے جس میں مناسب سائز کے آر این اے ہوتے ہیں، جس سے بالآخر ترتیب شدہ مواد کی مقدار کو کم کیا جاتا ہے۔ اس مرحلے کو لازمی طور پر نیچے بیان کردہ لائیگیشن اور ریورس ٹرانسکرپشن اقدامات سے پہلے انجام دینے کی ضرورت نہیں ہے۔ لائیگیشن مرحلہ چھوٹے آر این اے کے دونوں سروں پر ڈی این اے اڈاپٹرز کا اضافہ کرتا ہے، جو ریورس ٹرانسکرپشن اور پی سی آر امپلیفیکیشن کے دوران پرائمر بائنڈنگ سائٹس کے طور پر کام کرتے ہیں۔ ایک ایڈینیلیٹیڈ سنگل اسٹرینڈ ڈی این اے 3 'اڈاپٹر کے بعد 5' اڈاپٹر کو ٹی 4 آر این اے لیگیز 2 جیسے لیگیٹنگ انزائم کا استعمال کرتے ہوئے چھوٹے آر این اے سے منسلک کیا جاتا ہے۔ اڈاپٹرز کو 5 'ہائیڈروکسیل گروپ کے ساتھ آر این اے کے انحطاط کی مصنوعات کے بجائے 5' فاسفیٹ گروپ، خصوصیت والے مائیکرو آر این اے کے ساتھ چھوٹے آر این اے کو پکڑنے کے لیے بھی ڈیزائن کیا گیا ہے۔ ریورس ٹرانسکرپشن اور پی سی آر ایمپلیفیکیشن یہ مرحلہ چھوٹے اڈاپٹر لیگٹڈ آر این اے کو سی ڈی این اے کلون میں تبدیل کرتا ہے جو ترتیب کے رد عمل میں استعمال ہوتا ہے۔ بہت سی تجارتی کٹس دستیاب ہیں جو ریورس ٹرانسکرپٹیس کی کسی نہ کسی شکل کا استعمال کرتے ہوئے اس مرحلے کو انجام دیں گی۔ اس کے بعد سی ڈی این اے ترتیبات کے پول کو بڑھانے کے لیے پی سی آر کیا جاتا ہے۔ منفرد نیوکلیوٹائڈ ٹیگز کے ساتھ ڈیزائن کیے گئے پرائمرز کو اس مرحلے میں پولڈ لائبریری ملٹی پلیکس سیکوینسنگ میں آئی ڈی ٹیگز بنانے کے لیے بھی استعمال کیا جا سکتا ہے۔ ترتیب اصل آر این اے ترتیب استعمال شدہ پلیٹ فارم کے لحاظ سے نمایاں طور پر مختلف ہوتی ہے۔ اگلی نسل کے تین عام سیکوینسنگ پلیٹ فارم ہیں 454 لائف سائنسز پلیٹ فارم پر پائروسیکوینسنگ، ایلیومینا (کمپنی) پلیٹ فارم پر پولیمریز پر مبنی ترتیب بہ ترکیب، یا اے بی آئی سالڈ سیکوینسنگ پلیٹ فارم پر لائیگیشن کے ذریعے ترتیب۔ ڈیٹا تجزیہ مرکزی سے ایم آئی آر این اے-ایس ای کیو ڈیٹا تجزیہ 1) سیکوینس ریڈز سے ایم آئی آر این اے کی کثرت کی سطح حاصل کرنے کی صلاحیت ہے، 2) نئے ایم آئی آر این اے کو دریافت کریں اور پھر 3) مختلف طور پر اظہار شدہ ایم آئی آر این اے اور ان کے 4) متعلقہ ایم آر این اے جین کے اہداف کا تعین کرنے کے قابل ہوں۔ ایم آئی آر این اے صف بندی اور کثرت کی مقدار ایم آئی آر این اے کو ترجیحی طور پر بعض خلیوں کی اقسام، بافتوں، نشوونما کے مراحل، یا خاص بیماری کی حالتوں جیسے کینسر میں ظاہر کیا جا سکتا ہے۔ چونکہ ڈیپ سیکوینسنگ (ایم آئی آر این اے-ایس ای کیو) کسی دیئے گئے نمونے سے لاکھوں ریڈز پیدا کرتی ہے، اس سے ہمیں ایم آئی آر این اے کو پروفائل کرنے کی اجازت ملتی ہے۔ چاہے وہ ان کی مطلق کثرت کی مقدار سے ہو، ان کی مختلف حالتوں کو دریافت کرنے کے لیے (جسے آئسومیرز کہا جاتا ہے) نوٹ کریں کہ یہ دیکھتے ہوئے کہ سیکوینس ریڈز کی اوسط لمبائی اوسط ایم آئی آر این اے (17-25 این ٹی) سے زیادہ ہے، ایم آئی آر این اے کے 3 'اور 5' سرے اسی ریڈ پر پائے جانے چاہئیں۔ کئی ایم آئی آر این اے کثرت کوانٹیفیکیشن الگورتھم ہیں۔ ان کے عمومی مراحل مندرجہ ذیل ہیں: ترتیب کے بعد، خام ترتیب کو معیار کی بنیاد پر فلٹر کیا جاتا ہے۔ اڈاپٹر سیکوینس کو خام سیکوینس ریڈز سے بھی تراشا جاتا ہے۔ اس کے نتیجے میں آنے والے ریڈز کو ایک فاسٹا فائل میں فارمیٹ کیا جاتا ہے جہاں ہر منفرد ٹیگ کے لیے کاپی نمبر اور ترتیب ریکارڈ کی جاتی ہے۔ ایسے سلسلے جو ای کولی آلودگی کی نمائندگی کر سکتے ہیں، ان کی شناخت ای کولی ڈیٹا بیس کے خلاف BLAST تلاش کے ذریعے کی جاتی ہے اور انہیں تجزیہ سے ہٹا دیا جاتا ہے۔ بقیہ ترتیبات میں سے ہر ایک کو ایم آئی آر این اے ترتیب کے ڈیٹا بیس (جیسے ایم آئی آر بیس) کے خلاف سیدھا کیا جاتا ہے۔ نامکمل ڈی آئی سی ای آر پروسیسنگ کے لیے، 3 'سرے پر 6 این ٹی اوور ہینگ، اور 5' سرے پر 3 این ٹی کی اجازت ہے۔ وہ ریڈز جو ایم آئی آر این اے ڈیٹا بیس سے منسلک نہیں ہوتے ہیں پھر ایم آئی آر این اے کے پیشروؤں کے ساتھ ڈھیلے طور پر منسلک ہوتے ہیں تاکہ ایم آئی آر این اے کا پتہ لگایا جا سکے جو تغیرات لے سکتے ہیں یا جو آر این اے ایڈیٹنگ سے گزر چکے ہیں۔ ہر ایم آئی آر این اے کے لیے پڑھنے کی گنتی کو پھر ہر ایم آئی آر این اے کی کثرت کی اطلاع دینے کے لیے نقشہ شدہ ایم آئی آر این اے کی کل تعداد میں معمول بنایا جاتا ہے۔ نوول می آر این اے ڈسکوری می آر این اے-سی کیو کا ایک اور فائدہ یہ ہے کہ یہ نئے می آر این اے کی دریافت کی اجازت دیتا ہے جو روایتی اسکریننگ اور پروفائلنگ کے طریقوں سے محروم رہ سکتے ہیں۔ کئی نئے می آر این اے ڈسکوری الگورتھم ہیں۔ ان کے عمومی مراحل مندرجہ ذیل ہیں: ایسے ریڈز حاصل کریں جو معروف ایم آئی آر این اے ترتیبات سے مطابقت نہیں رکھتے تھے، اور انہیں جینوم میں نقشہ بناتے ہیں۔ آر این اے فولڈنگ کا طریقہ ایم آئی آر این اے سیکوینس کے لیے ایک عین مطابق میچ پایا جاتا ہے، دونوں طرف ~ 100 بی پی فلینکنگ سیکوینس سمیت جینومک سیکوینس حاصل کریں، اور آر این اے فولڈنگ سافٹ ویئر جیسے ویانا پیکیج کے ذریعے آر این اے کو چلائیں۔ فولڈڈ سیکوینس جو ایم آئی آر این اے ہیئر پن کے ایک بازو پر ہوتے ہیں اور جن کی کم از کم مفت توانائی ~ 25 کیلوری/مول سے کم ہوتی ہے، کو تخیلاتی ایم آئی آر این اے کے طور پر شارٹ لسٹ کیا جاتا ہے۔ شارٹ لسٹ شدہ ترتیبات کو صرف ممکنہ پیشگی ترتیب کو شامل کرنے کے لیے تراشا جاتا ہے اور پھر اس بات کو یقینی بنانے کے لیے دوبارہ جوڑ دیا جاتا ہے کہ پیشگی کو پڑوسی ترتیبات کے ذریعے مصنوعی طور پر مستحکم نہیں کیا گیا تھا۔ اگر ایم آئی آر این اے سیکوینس ہیئر پن کے ایک بازو کے اندر آتا ہے، اور انواع کے درمیان انتہائی محفوظ ہوتا ہے تو اس کے نتیجے میں فولڈ ہونے والے سیکوینس کو ناول ایم آئی آر این اے سمجھا جاتا ہے۔ اسٹار اسٹرینڈ ایکسپریشن میتھڈ (ایم آئی آر ڈیپ) ناول ایم آئی آر این اے سیکوینس کی شناخت خصوصیت کے اظہار کے نمونے کی بنیاد پر کی جاتی ہے جو وہ ڈی آئی سی ای آر پروسیسنگ کی وجہ سے ظاہر کرتے ہیں: اسٹار اسٹرینڈ اور لوپ سیکوینس پر بالغ ایم آئی آر این اے کا اعلی اظہار۔ تفریقی اظہار کا تجزیہ ہر نمونے کے لیے ایم آئی آر این اے کی کثرت کی مقدار طے کرنے کے بعد، نمونوں کے درمیان ان کے اظہار کی سطح کا موازنہ کیا جا سکتا ہے۔ اس کے بعد کوئی بھی ایم آئی آر این اے کی شناخت کر سکے گا جو ترجیحی طور پر اس مخصوص وقت کے نکات، یا مخصوص بافتوں یا بیماری کی حالتوں میں ظاہر ہوتا ہے۔ نمونوں کے درمیان نقشہ شدہ ریڈز کی تعداد کو معمول پر لانے کے بعد، کوئی بھی تفریق اظہار کا تعین کرنے کے لیے متعدد شماریاتی ٹیسٹ (جیسے جین ایکسپریشن پروفائلنگ میں استعمال ہونے والے) استعمال کر سکتا ہے۔ ہدف کی پیش گوئی ایم آئی آر این اے کے ایم آر این اے اہداف کی شناخت جینوں یا نیٹ ورکس کی تفہیم فراہم کرے گی جن کے اظہار کو وہ منظم کرتے ہیں۔ عوامی ڈیٹا بیس ایم آئی آر این اے اہداف کی پیش گوئیاں فراہم کرتے ہیں۔ لیکن حقیقی مثبت پیش گوئیوں کو غلط مثبت پیش گوئیوں سے بہتر طور پر الگ کرنے کے لیے، می آر این اے-سی کیو ڈیٹا کو ایم آر این اے-سی کیو ڈیٹا میں ضم کیا جا سکتا ہے تاکہ می آر این اے: ایم آر این اے فنکشنل جوڑوں کا مشاہدہ کیا جا سکے۔ آر این اے 22، ٹارگیٹ اسکین، می رینڈا، اور پک ٹار اس مقصد کے لیے بنائے گئے سافٹ ویئر ہیں۔ پیشن گوئی کرنے والے سافٹ ویئر کی فہرست یہاں دی گئی ہے۔ عام مراحل یہ ہیں: ایم آئی آر این اے کا تعین کریں: ایم آر این اے بائنڈنگ جوڑے، ایم آر این اے ترتیب کے 3 '-یو ٹی آر پر ایم آئی آر این اے ترتیب کے درمیان تکمیل کی نشاندہی کی جاتی ہے۔ می آر این اے کے تحفظ کی ڈگری کا تعین کریں: پرجاتیوں میں ایم آر این اے بائنڈنگ جوڑے۔ عام طور پر، زیادہ زیادہ بائنڈنگ جوڑے پیشن گوئی کے غلط مثبت ہونے کا امکان کم ہوتے ہیں۔ ایم آر این اے-سی کیو یا پروٹین کے اظہار کے اعداد و شمار میں ایم آئی آر این اے کے ہدف کے ثبوت کے لیے مشاہدہ کریں: جہاں ایم آئی آر این اے کا اظہار زیادہ ہے، اس کے ہدف جین کا جین اور پروٹین کا اظہار کم ہونا چاہیے۔ کلییوڈ ایم آر این اے کے اہداف کے لیے ہدف کی توثیق بہت سے ایم آئی آر این اے اپنے ایم آر این اے کے اہداف کو براہ راست کلیج کرنے کے لیے کام کرتے ہیں۔ یہ خاص طور پر پودوں میں سچ ہے، اور اس طرح کلییوڈ یا ڈیگریڈڈ ایم آر این اے کے غیر کیپڈ 3 'سروں کو ترتیب دے کر ایم آئی آر این اے کی اس خاصیت سے فائدہ اٹھانے کے لیے ہائی تھرو پٹ سیکوینسنگ کے طریقے تیار کیے گئے ہیں۔ ان طریقوں کو ڈیگریڈوم سیکوینسنگ یا پی اے آر ای کے نام سے جانا جاتا ہے۔ مخصوص ایم آر این ایز میں ٹارگٹ کلیویج کی توثیق عام طور پر جین مخصوص پرائمر کے ساتھ سی ڈی این اے اینڈز کے 5 'ریپڈ ایمپلیفیکیشن کے ترمیم شدہ ورژن کا استعمال کرتے ہوئے کی جاتی ہے۔ ایپلی کیشنز نوول ایم آئی آر این اے کے ایم آئی آر این اے-سی کیو کی شناخت نے نئے ایم آئی آر این اے کا انکشاف کیا ہے جو پہلے روایتی ایم آئی آر این اے پروفائلنگ کے طریقوں سے محروم تھے۔ اس طرح کے نتائج کی مثالیں جنین اسٹیم سیلز، چکن ایمبریوز، ایکیوٹ لیمفوبلاسٹک لیوکیمیا، پھیلے ہوئے بڑے بی سیل لیمفوما اور بی سیلز، ایکیوٹ مائیلوئڈ لیوکیمیا، اور پھیپھڑوں کے کینسر میں ہیں۔ بیماری کے بائیو مارکر مائیکرو آر این اے تقریبا تمام سیلولر عمل جیسے بقا، پھیلاؤ اور تفریق کے اہم ریگولیٹر ہیں۔ نتیجتا، یہ غیر متوقع نہیں ہے کہ ایم آئی آر این اے آنکو اور ٹیومر دبانے والے جین کے اظہار کے ضابطے کے ذریعے کینسر کے مختلف پہلوؤں میں شامل ہیں۔ ہائی تھرو پٹ پروفائلنگ کے طریقوں کی ترقی کے ساتھ مل کر، ایم آئی آر این اے کی شناخت کینسر کی درجہ بندی، تھراپی کے ردعمل، اور تشخیص کے لیے بائیو مارکروں کے طور پر کی گئی ہے۔ مزید برآں، کیونکہ ایم آئی آر این اے جین کے اظہار کو منظم کرتے ہیں وہ اہم ریگولیٹری نیٹ ورکس میں خلل کو بھی ظاہر کر سکتے ہیں جو کسی خاص عارضے کا باعث بن سکتے ہیں۔ بائیو مارکروں اور بیماری کی پیش گوئی کرنے والوں کے طور پر ایم آئی آر این اے کے کئی استعمال ذیل میں دیے گئے ہیں۔ α یہ ان بدنیتی سے وابستہ ایم آئی آر این اے کی جامع فہرست نہیں ہے۔ ایم آئی آر این اے پروفائلنگ کے دیگر طریقوں کے ساتھ موازنہ ایم آئی آر این اے پروفائلنگ کے دیگر طریقوں پر ایم آئی آر این اے-سی کیو کا استعمال کرنے کے نقصانات یہ ہیں کہ یہ زیادہ مہنگا ہے، عام طور پر کل آر این اے کی بڑی مقدار کی ضرورت ہوتی ہے، جس میں وسیع پیمانے پر اضافہ ہوتا ہے، اور مائیکرو آر این اے اور کیو پی سی آر طریقوں سے زیادہ وقت لگتا ہے۔ اس کے ساتھ ساتھ، ایم آئی آر این اے-سی کیو لائبریری کی تیاری کے طریقوں میں ایم آئی آر این اے تکمیل کی منظم ترجیحی نمائندگی ہوتی ہے، اور یہ ایم آئی آر این اے کی کثرت کے درست تعین کو روکتا ہے۔ ایک ہی وقت میں، نقطہ نظر ہائبرڈائزیشن سے آزاد ہے اور اس وجہ سے ترجیحی ترتیب کی معلومات کی ضرورت نہیں ہے۔ اس کی وجہ سے، کوئی بھی نوول ایم آئی آر این اے اور ایم آئی آر این اے آئسوفارم (آئسو مائرز) کے سلسلے حاصل کر سکتا ہے، ترتیب وار مماثل ایم آئی آر این اے میں فرق کر سکتا ہے، اور پوائنٹ میوٹیشن کی شناخت کر سکتا ہے۔ می آر این اے پروفائلنگ حوالہ جات ڈی این اے ترتیب کا پلیٹ فارم موازنہ