IMOD (software)
آئی ایم او ڈی ماڈلنگ، ڈسپلے اور امیج پروسیسنگ پروگراموں کا ایک اوپن سورس، کراس پلیٹ فارم سوٹ ہے جو الیکٹران مائکروسکوپی ڈیٹا پر خصوصی زور دینے کے ساتھ 3 ڈی تعمیر نو اور مائکروسکوپی امیجز کے ماڈلنگ کے لیے استعمال ہوتا ہے۔ آئی ایم او ڈی کو میکرو مالیکیول ڈھانچوں سے لے کر آرگنیلز سے لے کر پورے خلیوں تک پیمانے کی ایک رینج میں استعمال کیا گیا ہے اور اسے نظری حصوں کے لیے بھی استعمال کیا جا سکتا ہے۔ آئی ایم او ڈی میں امیج کی تعمیر نو، امیج سیگمنٹشن، تھری ڈی میش ماڈلنگ اور 2 ڈی اور تھری ڈی ڈیٹا کے تجزیے کے اوزار شامل ہیں۔ آئی ایم او ڈی کو بولڈر لیبارٹری میں خلیوں کی 3-ڈی الیکٹران مائکروسکوپی کے لیے تیار کیا گیا تھا۔ آئی ایم او ڈی پہلی بار 1995 میں جاری کیا گیا تھا، ڈاؤن لوڈ کرنے اور کسی بھی مقصد کے لیے استعمال کرنے کے لیے آزاد ہے۔ آئی ایم او ڈی کے اہم پروگراموں میں یہاں درج 180 سے زیادہ کمانڈ لائن پروگرام اور تین اہم جی یو آئی پروگرام شامل ہیں: 3 ڈی موڈ-آئی ایم او ڈی کا مرکزی جی یو آئی جو تصاویر اور 3 ڈی ویکٹر ماڈلز کو دیکھنے اور تقسیم کرنے کے لیے استعمال ہوتا ہے۔ مڈاس-ایک ایسا پروگرام جو ایک دوسرے کے اوپر تصاویر کو سیدھا کرنے کے لیے استعمال ہوتا ہے، عام طور پر خودکار کراس ارتباط کے بعد عمدہ ایڈجسٹمنٹ لاگو کرنے کے لیے۔ ای ٹومو-ایک ایسا پروگرام جو چھوٹے حجم میں شامل ہو کر اور/یا واحد اور دوہری محور جھکاؤ سیریز کی ٹومگرافک تعمیر نو کے عمل کے ذریعے صارف کی رہنمائی کرتے ہوئے 3D حجم کی تعمیر نو کے لیے استعمال ہوتا ہے۔ اس عمل کے دوران ای ٹومو بہت سے پروگرام کالز کرتا ہے اور اکثر 3 ڈی موڈ اور مڈاس لانچ کرتا ہے تاکہ صارفین کو عمدہ ایڈجسٹمنٹ کرنے کی اجازت دی جا سکے۔ معاون فائل فارمیٹس امیج فارمیٹ: آئی ایم او ڈی کے ذریعے سپورٹ کردہ مرکزی امیج فارمیٹ ایم آر سی فائل فارمیٹ ہے، جس میں عام طور پر ". st"، ". mrc" یا ". rec" ایکسٹینشنز ہوتی ہیں اور مختلف قسم کے "امیج اسٹیکس" کی نمائندگی کرتی ہیں جو مل کر ٹیلٹ سیریز یا 3D والیوم کی نمائندگی کر سکتی ہیں۔ آئی ایم او ڈی ٹی آئی ایف فائلیں بھی کھولے گا اور اس میں امیج فارمیٹس کے درمیان تبدیل کرنے کے لیے پروگراموں کا ایک مجموعہ شامل ہوگا جس میں عام خوردبین فارمیٹس جیسے ". خام" اور ". dm4" شامل ہیں۔ ویکٹر فارمیٹ: آئی ایم او ڈی ویکٹر ڈیٹا کو کونٹور (پولیگنز) کی شکل میں محفوظ کرتا ہے اور کھولتا ہے اور آئی ایم او ڈی بائنری فائل فارمیٹ میں میش کرتا ہے، عام طور پر ". موڈ" یا ". فڈ" ایکسٹینشن کے ساتھ۔ یہ آئی ایم او ڈی ماڈل فائلیں عام طور پر ایک تصویری فائل کے اوپری حصے پر زیادہ رکھی جاتی ہیں اور دلچسپی کے علاقوں کو تشریح اور تقسیم کرنے کے لیے استعمال کی جا سکتی ہیں۔ ماڈلز ایک یا زیادہ اشیاء پر مشتمل ہو سکتے ہیں، جہاں ہر شے میں بند، کھلے یا بکھرے ہوئے نقطہ "کونٹورز" ہو سکتے ہیں جو تھری ڈی میش تیار کرنے کے لیے استعمال ہوتے ہیں۔ اہم خصوصیات تعمیر نو: ٹومگرافک تعمیر نو کی تکنیکوں کا استعمال کرتے ہوئے واحد اور مشترکہ دوہری محور جھکاؤ سیریز کی تعمیر نو۔ ٹیلٹ سیریز کی صف بندی کو بہتر بنانے کے لیے خودکار ٹریکنگ اور فڈیوشیل ذرات کا اندراج۔ متعدد مشینوں میں متوازی عمل مہنگے ٹیلٹ سیریز کی تعمیر نو کی صلاحیت۔ مونٹیجڈ ڈیٹا سیٹس کا امتزاج۔ دستی صف بندی کے لیے کراس کوریلیشن اور مڈاس جی یو آئی کا استعمال کرتے ہوئے تصاویر کو سیدھا کرنے اور پھر وارپ کرنے کی صلاحیت۔ متعدد جلدوں جیسے سیریل سیکشنز کو صف بندی اور شامل کرنے کی صلاحیت۔ ٹیلٹ سیریز کی خودکار تعمیر نو اور بیچ پروسیسنگ۔ تصویر دیکھنا اور فلم بنانا: تھری ڈیموڈ انٹرفیس کے اندر بڑی تھری ڈی تصاویر کو ٹکڑے ٹکڑے کرکے دیکھنا۔ تھری ڈی موڈ کی سلیسر ونڈو کا استعمال کرتے ہوئے من مانی سمتوں پر تھری ڈی امیجز اور ماڈلز کو دیکھنے کی صلاحیت۔ 2 ڈی امیج سلائسز اور/یا 3 ڈی میش ماڈلز کی اعلی فلمیں بنانے کی صلاحیت۔ امیج پروسیسنگ: آئی ایم او ڈی سوٹ میں کئی خودکار سیگمنٹشن پروگرام شامل ہیں۔ تھری ڈیموڈ انٹرفیس عام فلٹرنگ اور ایج ڈٹیکشن الگورتھم فراہم کرتا ہے۔ حجم کو ٹکڑوں میں توڑنے کی صلاحیت پھر متوازی پروسیسنگ کے بیچ کے لیے دوبارہ شامل ہونے کی صلاحیت۔ تھریشولڈ سسٹم کا استعمال کرتے ہوئے خودکار آئسو سرفیسنگ۔ تصاویر کو کنٹور (ویکٹر فارم) میں تبدیل کرنا اور اس کے برعکس۔ تقسیم: بند شکل، کھلی شکل (ٹیوبوں کے لیے) اور بکھرے ہوئے پنٹ (شعبوں کے لیے) کا استعمال کرتے ہوئے دلچسپی کے علاقوں کا دستی سراغ لگانے کی اجازت دیتا ہے۔ آرگنیل کی حدود کا تیزی سے سراغ لگانے اور اصلاح کے لیے دستی اور نیم خودکار ڈرائنگ ٹولز کا ایک سیٹ فراہم کرتا ہے۔ خصوصی انٹرپولیشن انٹرفیس کے ذریعے متعدد سلائسز میں کنٹورز کی ہوشیار انٹرپولیشن کی اجازت دیتا ہے۔ سٹیریولوجی کے لیے ایک پلگ ان شامل ہے۔ میشنگ تیزی سے حتمی فلموں اور تجزیے کے لیے نقاط کو میش میں تیار کرتا ہے ٹیوبوں اور من مانی میش کے لیے کئی مختلف میشنگ آپشنز کی اجازت دیتا ہے۔ تیزی سے انجام دینے کے لیے سرفیس اسموتنگ اور لو ریز میش کی نسل بنیادی مقداری معلومات کے لیے ماڈل فائلوں کا تجزیہ تجزیہ جیسے: حجم، سطحوں کی تعداد، حجم، سطح کا رقبہ نیز دائرے کا قطر، اور کھلی شکل کی لمبائی۔ تصویر کی کثافت اور ہسٹوگرام کی نسل کا تجزیہ۔ خاص طور پر مائکرو ٹیوبل تجزیہ کے لیے پروگراموں کا ایک سلسلہ۔ مختلف سطحوں کی تقسیم اور قربت کا تعین کرنے کے لیے مقامی تجزیہ۔ یہ بھی دیکھیں ٹرانسمیشن الیکٹران مائکروسکوپی امیج پروسیسنگ مفت اور اوپن سورس سافٹ ویئر پیکجوں کی فہرست مائکروسکوپی ویژوئلائزیشن سسٹمز کی فہرست حوالہ جات بیرونی لنکس آئی ایم او ڈی ہوم پیج آئی ایم او ڈی کا استعمال کرتے ہوئے تین جہتی امیج ڈیٹا کا کمپیوٹر ویژوئلائزیشن-اصل آئی ایم او ڈی پیپر یونیورسٹی آف کولوراڈو، بولڈر بائیو انفارمیٹکس سافٹ ویئر سائنس سافٹ ویئر فری ویئر