DEPDC5
ڈی ای پی ڈی سی 5 (یا ڈی ای پی ڈومین پر مشتمل 5) ناقص طور پر سمجھے جانے والے فنکشن کا ایک انسانی پروٹین ہے لیکن کئی مطالعات میں کینسر سے وابستہ رہا ہے۔ یہ کروموسوم 22 پر واقع اسی نام کے جین کے ذریعے انکوڈ کیا جاتا ہے۔ فنکشن ڈی ای پی ڈی سی 5 کا فنکشن ابھی تک معلوم نہیں ہے، لیکن اسے ڈی ای پی ڈی سی 5 اور ڈسیولڈ-1 (ڈی وی ایل 1) کے ڈی ای پی ڈومینز کے درمیان ہومیولوجی کی بنیاد پر انٹرا سیلولر سگنل ٹرانسڈکشن میں شامل کیا گیا ہے۔ اس جین میں تغیرات فوکل مرگی کے معاملات سے وابستہ ہیں (ڈوئی: 10.1038/ng.2601)۔ ہومو سیپینز میں، ڈی ای پی ڈی سی 5 جین کو پی آر آر ایل 14 اور وائی ڈبلیو ایچ اے ایچ جینز کے درمیان کروموسوم 22، 22q12.2-q12.3 کے لمبے بازو میں مقامی بنایا گیا ہے۔ اس جین کی طبی مطابقت میں ایک انٹونک ایس این پی (آر ایس 1012068) شامل ہے جو ہیپاٹو سیلولر کارسنوما کے خطرے میں 2 گنا اضافے سے وابستہ ہے۔ ڈھانچہ ڈومین ڈی ای پی ڈی ای پی ڈومین اپنا نام پروٹین ڈسہیلڈ، ایگل-10 اور پلیکسٹرین سے اخذ کرتا ہے، جن میں سے ہر ایک میں اس ڈومین کی ایک قسم ہوتی ہے۔ یہ 82 باقیات پر پھیلا ہوا ہے اور سی-ٹرمینس سے 343 امینو ایسڈ ہے۔ ایک سوئس ماڈل ڈومین کے اندر موجود دو بیٹا شیٹس اور تین الفا ہیلیسیس کی پیش گوئی کرتا ہے۔ اگرچہ اس کا صحیح کام معلوم نہیں ہے، ڈی ای پی ڈی سی 5 ڈی ای پی ڈومین این سی بی آئی میں سی بی ایل اے ایس ٹی انجام دیتے وقت ڈی وی ایل 1 کے ڈی ای پی ڈومین سے سب سے زیادہ ساختی مماثلت رکھتا ہے۔ صف بندی 1.00e-08 کی قدر اسکور کرتی ہے اور دو پروٹینوں کے DEP ڈومینز کے درمیان 30 فیصد شناخت کی نشاندہی کرتی ہے۔ ڈی وی ایل 1 میں، ڈی ای پی ڈومین ڈبلیو این ٹی سگنلنگ راستے کے حصے کے طور پر پلازما جھلی میں پروٹین کی لوکلائزیشن میں شامل ہے۔ DUF 3608 ڈومین N-ٹرمینس سے 99 امینو ایسڈ رکھتا ہے اور خود 280 امینو ایسڈ پر پھیلا ہوا ہے۔ پی ای ایل ای اس ڈومین کے اندر کم از کم ایک بیٹا شیٹ اور دو الفا ہیلیسیس کی پیش گوئی کرتا ہے۔ اس میں 26 انتہائی محفوظ باقیات اور ترجمے کے بعد کی کئی ترامیم بھی شامل ہیں۔ دونوں واقعات کو اس مضمون میں بعد میں بیان کیا گیا ہے۔ DUF 3608 کے فنکشن کے شواہد خمیر کے ہومولوگ IMl1p میں بے نقاب ہوئے ہیں۔ خیال کیا جاتا ہے کہ آئی ایم ایل پی 1 کا ڈی یو ایف 3608 دو پروٹین شراکت داروں، این پی آر 2 اور این پی آر 3 کے پابند ہونے میں مدد کرتا ہے۔ یہ تینوں پروٹین مل کر آئی ایم ایل 1-این پی آر 2-این پی آر 3 کمپلیکس بناتے ہیں اور "نان نائٹروجن فاؤرویشن" آٹوفیجی ریگولیشن میں شامل ہوتے ہیں۔ اس کا انکشاف کرنے والے محققین نے DUF 3608 کا نام بدل کر RANS (غیر نائٹروجن فاقہ کشی کے حالات میں آٹوفیجی کے لیے ضروری) رکھنے کی تجویز پیش کی۔ ثانوی ڈھانچہ ثانوی ڈھانچے کی پیشن گوئی کے آلے پی ای ایل ای کے متفقہ اتفاق رائے کی بنیاد پر، ڈی ای پی ڈی سی 5 میں کم از کم دس الفا ہیلیکس اور نو بیٹا شیٹس ہوتے ہیں۔ ان ثانوی ڈھانچوں کے مقامات کو نیچے دی گئی تصویر میں دکھایا گیا ہے: سرخ جھلکیاں الفا ہیلیکس اور نیلی جھلکیاں بیٹا شیٹس ہیں۔ فنگی سب سے زیادہ دور سے متعلق جاندار ہیں جن میں انسانی ڈی ای پی ڈی سی 5 کے لیے پروٹین آرتھولوگس ہوتا ہے، بشمول ساکیرومیسیس سیریوسیا اور البوگو لائیباچی۔ پھپھوندی میں، پروٹین کا نام آئی ایم ایل 1 پی، یا ویکیوولر جھلی سے وابستہ پروٹین آئی ایم ایل 1 ہے۔ دیگر حیاتیات میں نام کے انحراف میں سی جی 12090 (ڈروسفیلا) اور اے جی اے پی 007010 (مچھر) شامل ہیں۔ انسانوں اور دیگر ریڑھ کی ہڈی والے جانوروں کے درمیان تحفظ بہت زیادہ ہے، جو سکلڈس میں 74 فیصد شناخت سے لے کر چمپینزی میں 99 فیصد شناخت تک ہے۔ مندرجہ ذیل جدول انسانی ڈی ای پی ڈی سی 5 کے لیے آرتھولوگس 20 پروٹینوں کے تجزیے کا خلاصہ پیش کرتا ہے۔ جانوروں اور پھپھوندی کے الگ ہونے کے بعد سے 30 باقیات کو محفوظ کیا گیا ہے، جن میں سے 26 DUF 3608 ڈومین میں واقع ہیں۔ مندرجہ ذیل متعدد ترتیب کی صف بندی DUF ڈومین کے اس تحفظ کی وضاحت کرتی ہے۔ انورٹبریٹ اور فنگل کلیڈز کے نمائندے انسانی DUF 3608 سے منسلک ہوتے ہیں جن میں مکمل طور پر محفوظ باقیات سبز رنگ کے ہوتے ہیں۔ کوئی معروف انسانی ڈی ای پی ڈی سی 5 پیرالاگ نہیں ہیں، لیکن 64 انسانی پروٹین ہیں جن میں ایک یکساں ڈی ای پی ڈومین ہے۔ خمیر پروٹین آئی ایم ایل 1 کے لیے کوئی شناخت شدہ پیرالاگ بھی نہیں ہیں، جو انسانی ڈی ای پی ڈی سی 5 کا سب سے زیادہ دور سے متعلق آرتھولوگ ہے۔ اظہار ڈی ای پی ڈی سی 5 اظہار کو آر ٹی-پی سی آر تجزیہ اور ڈی این اے مائیکرو ایری مطالعات میں انسانی بافتوں میں ہر جگہ ظاہر کیا گیا ہے جیسا کہ نیچے دیئے گئے چارٹ میں دکھایا گیا ہے۔ ہیپاٹو سیلولر کارسنوما کے مریضوں پر کی گئی ایک تحقیق میں غیر ٹیومر ٹشو کے مقابلے ٹیومر ٹشو میں ڈی ای پی ڈی سی 5 کا زیادہ اظہار پایا گیا۔ اس کے برعکس، تین جینوں کا ہوموزائگس حذف ہونا، جن میں سے ایک ڈی ای پی ڈی سی 5 تھا، دو گلیوبلاسٹوما کے معاملات میں پایا گیا۔ اظہار کی دیگر بے ضابطگیوں میں ایم ڈی اے-ایم بی-221 بریسٹ کینسر سیل لائن میں صفر اظہار اور پی 116 (زیڈ اے پی 70 منفی) سیل لائن میں کم اظہار شامل ہیں۔ ترجمہ کے بعد کی تبدیلیاں انسانی ڈی ای پی ڈی سی 5 پروٹین کے لیے ایکسپاسی اور فاسفوسائٹ پلس میں مرتب کردہ پروٹومک ٹولز کے ساتھ ترجمہ کے بعد کی درج ذیل تبدیلیوں کی پیش گوئی کی گئی تھی۔ انٹرایکشن ڈی ای پی ڈی سی 5 ممکنہ طور پر پروٹیسوم سب یونٹ پی ایس ایم اے 3 کے ساتھ تعامل کر سکتا ہے جیسا کہ کویمیونوپریسیپیٹیشن اور ٹرانسکرپشن فیکٹر ایم وائی سی سے ظاہر ہوتا ہے۔ ڈی ای پی ڈی سی 5 این پی آر ایل 2 اور این پی آر ایل 3 کے ساتھ "جی اے ٹی او آر 1" کمپلیکس میں ہے۔ حوالہ جات