PBDC1
CXorf26 (کروموسوم X اوپن ریڈنگ فریم 26)، جسے MGC874 بھی کہا جاتا ہے، ایک اچھی طرح سے محفوظ انسانی جین ہے جو X کروموسوم کے چھوٹے بازو کے پلس اسٹرینڈ پر پایا جاتا ہے۔ جین کا صحیح کام ناقص طور پر سمجھا جاتا ہے، لیکن پولیسیکرائڈ بائیوسنتھیس ڈومین جو پروٹین پروڈکٹ کے ایک بڑے حصے پر پھیلا ہوا ہے (جسے یو پی ایف 068 کے نام سے جانا جاتا ہے)، نیز خمیر ہومولوگ، وائی پی ایل 225، اس کے ممکنہ کام کے بارے میں بصیرت پیش کرتا ہے۔ مجوزہ فنکشن CXorf26 پر دستیاب اعداد و شمار کے بڑے پیمانے کو دیکھتے ہوئے، ممکنہ فنکشن کا تعلق ممکنہ طور پر سائٹوپلازم میں RNA پولیمریز II، ہر جگہ، اور رائبوسومز کے کام سے ہے۔ ان دلائل کی بنیاد انسانی CXorf26 کے ساتھ ساتھ اس کے خمیر ہومولوگ، YPL225W کے تعامل کے اعداد و شمار پر ہے۔ دونوں ہومولوگس متعدد ہر جگہ موجود پروٹین کے ساتھ ساتھ ٹرانسکرپشنل انزائم آر این اے پولیمریز II کے ساتھ تعامل کو ظاہر کرتے ہیں۔ مثال کے طور پر، 26S پروٹیسوم کی ہر جگہ موجودگی اور اس کے بعد ہونے والا انحطاط یوکرائٹس میں نقل کو منظم کرنے میں ایک اہم کام کرتا ہے۔ خمیر پروٹین آر پی این 11، جو وائی پی ایل 225 ڈبلیو کے ساتھ تعامل کرتا ہے، انسانوں میں ایک ہومولوگ ہے جو 26 ایس پروٹیسوم کا ایک میٹالوپروٹیز جزو ہے جو یوبیکیوٹین راستے سے تباہی کے لیے ہدف شدہ پروٹین کو بھی خراب کرتا ہے۔ ایسا لگتا ہے کہ ان افعال کا تعلق پولیسیکرائڈ بائیوسنتھیس فنکشن سے نہیں ہے جیسا کہ اس کے محفوظ ڈومین کی وجہ سے فرض کیا جائے گا، لیکن یہ اب بھی ثانوی ڈھانچے یا فاسفوریلیشن کے مقامات میں کردار ادا کر سکتا ہے۔ CXorf26 کے ممکنہ کردار میں مزید تجربات ان کلیدی سیلولر عمل میں اس کے عین مطابق کام کے بارے میں مزید بصیرت دے سکتے ہیں۔ آر این اے پولیمریز II انفیکٹر اور سی ایکس او آر ایف 26 کے بعد کے جین کے اظہار جیسے تجربات ممکنہ فنکشن کے ساتھ ساتھ آر این اے آئی جیسے طریقوں کا استعمال کرتے ہوئے خمیر میں وائی پی ایل 225 ڈبلیو کی مکمل ناک آؤٹ کو روشن کر سکتے ہیں۔ جین CXorf26 ایکس کروموسوم کے چھوٹے بازو کے پلس اسٹرینڈ پر پایا جاتا ہے، خاص طور پر جین لوکس Xq13.3 پر جو جینومک کروموسوم کے علاقے میں بیس 75,393,420-75,397,740 سے پھیلا ہوا ہے۔ پرائمری ایم آر این اے ٹرانسکرپٹ سیکوینس میں 1214 بیس جوڑے ہوتے ہیں اور اس کی پروٹین پروڈکٹ، یو پی ایف 0368، 233 امینو ایسڈ پر مشتمل ہوتی ہے اور اس کی متوقع کمیت 26,057 ڈی اے ہوتی ہے۔ وہ لوکس جہاں CXorf26 واقع ہے، Xq13.3، ایکس سے منسلک ذہنی معذوری سے وابستہ ہے۔ CXorf26 کے اوپری حصے میں واقع تیسرا جین اے ٹی آر ایکس ہے، جو اے ٹی پیز/ہیلیکیس ڈومین کے لیے انکوڈ کرتا ہے، اور جب میوٹیٹ ہوتا ہے تو الفا تھیلیسیمیا سنڈروم کے ساتھ ایکس سے منسلک مینٹل ریٹرڈیشن سنڈروم کا سبب بنتا ہے۔ دونوں کو ڈی این اے میتھیلیشن پیٹرن میں تبدیلیوں کا سبب بننے کے لیے جانا جاتا ہے۔ مزید برآں، CXorf26 کا تیسرا جین، ZDHHC15، جو جب تبدیل ہوتا ہے، تو ذہنی معذوری X-منسلک ٹائپ 91 کا سبب بنتا ہے۔ قریب ہی واقع ایک قابل ذکر جین زسٹ ہے، جو ایکس کروموسوم کے غیر فعال ہونے کے عمل میں کردار ادا کرتا ہے۔ X غیر فعالیت کا تعلق CXorf26 سے ہے، اور متعلقہ تحقیقی حصے میں ذیل میں اس پر تبادلہ خیال کیا گیا ہے۔ CXorf26 کے لیے اظہار اظہار کے اعداد و شمار سے پتہ چلتا ہے کہ یہ تقریبا تمام حالات میں انسانی بافتوں اور ESTs میں ہر جگہ ظاہر ہوتا ہے۔ دائیں طرف GEO پروفائل عام انسانی بافتوں میں CXorf26 کے اظہار کی سطح کو مستقل طور پر 75 ویں فیصد کی حد کے آس پاس دکھاتا ہے، جس سے پتہ چلتا ہے کہ اس کے بظاہر ہر جگہ اظہار کی وجہ سے اس میں ہاؤس کیپنگ فنکشن ہو سکتا ہے۔ اگر محفوظ ڈومین واقعی کسی قسم کے پولیسیکرائڈ بائیوسنتھیس میں کوئی کردار ادا کرتا ہے، تو یہ اعلی جین کا اظہار اس فنکشن کے لیے سمجھدار ہے۔ این سی بی آئی ویب سائٹ کے اندر واقع جین ایکسپریشن اونیبس (جی ای او) ذخیرہ میں جین ایکسپریشن پروفائلز نے یہ ظاہر کیا کہ ایسے بہت سے علاج نہیں تھے جن کے نتیجے میں جانچ شدہ بافتوں میں سی ایکس او آر ایف 26 کے اظہار میں تبدیلی آئی۔ تاہم، ایک تجربے میں پھیپھڑوں کے اڈینوکارسنوما CL1-5 خلیوں میں CXorf26 کے اظہار کا موازنہ یا تو زیادہ اظہار یا غیر اظہار کلاڈین-1 سے کیا گیا۔ نتائج سے پتہ چلتا ہے کہ جب CLDN1 کو زیادہ اظہار کیا جاتا ہے تو CXorf26 کا اظہار بہت کم ہو جاتا ہے۔ خلیوں کے درمیان تنگ جنکشن کمپلیکس بنانے میں سی ایل ڈی این 1 ایک اہم جزو ہے، جو خلیوں کی جھلیوں کے سیل سیل کے چپکنے کو فروغ دیتا ہے۔ سی ایل ڈی این 1 کے ذریعہ تشکیل پانے والے زیادہ تنگ جنکشن کے نتیجے میں ممکنہ طور پر سی ایکس او آر ایف 26 کے اظہار میں کمی واقع ہوگی کیونکہ خلیے کی جھلی کو ہیپیرن سلفیٹ سے متعلق اس کے معمول کے کام کے بجائے تنگ جنکشن کے لیے استعمال کیا جائے گا۔ متبادل اسپلیس فارم CXorf26 کے لیے صرف ایک متبادل اسپلیس فارم ہے۔ اس اسپلیس فارم میں 977 پر ایم آر این اے بیس جوڑے نمایاں طور پر کم ہیں، لیکن پھر بھی اس میں 232 امینو ایسڈ کا پروٹین پروڈکٹ ہے۔ اس متبادل اسپلیس فارم میں نقل کا ایکسن 5 غائب دکھائی دیتا ہے، لیکن اسے ایکسن 6 میں شامل کیا جا سکتا ہے، جس سے متفقہ نقل کے مقابلے میں ایک بڑا ایکسن بنتا ہے۔ جینومک CXorf26 ترتیب کے اندر کوئی اور پیش گوئی شدہ ایکسون نہیں تھے جب تلاش میں دونوں طرف 3000 بیس جوڑے شامل کیے گئے تھے۔ پروموٹر ریجن CXorf26 کے پروموٹر کے ایکس کروموسوم مثبت اسٹرینڈ پر بیس 75392235 سے 75393075 تک واقع ہونے کی پیش گوئی کی گئی ہے۔ پروموٹر خطے میں تمام پرائمیٹس اور زیادہ تر ممالیہ ہومولوگس کے ساتھ وسیع تحفظ ہے، لیکن زیادہ دور سے متعلق پرجاتیوں میں تحفظ کم ہو گیا ہے۔ یہ دیکھتے ہوئے کہ بنیادی نقل بیس 7539277 سے شروع ہوتی ہے، پروموٹر اس کے ساتھ 304 اڈوں سے اوورلیپ ہوتا ہے۔ 20 پیش گوئی شدہ ٹرانسکرپشن فیکٹر بائنڈنگ سائٹس ان کے ٹرانسکرپشن فیکٹر فیملی کے ساتھ بھی جمع کی گئیں۔ ٹرانسکرپشنل عوامل کی ایک بڑی مقدار کا تعلق زنک فنگر عوامل سے ہے، جو پروٹین کی تہوں کو مستحکم کرنے کا کام کرتے ہیں، جبکہ ان میں سے کوئی بھی عنصر ممکنہ پولیسیکرائڈ بائیوسنتھیس فنکشن سے متعلق نہیں لگتا ہے۔ ٹرانسکرپشن کا ایک عنصر خاندان جس کی پیش گوئی کی گئی تھی کہ وہ پروموٹر کے علاقے سے جڑا ہوا ہے وہ V $CHRF تھا، اور سیل سائیکل کے ضابطے میں شامل ہے۔ یہ ضابطہ ubiquitin فنکشن سے متعلق ہو سکتا ہے ؛ ubiquitination قسم کے فنکشن والے پروٹین CXorf26 کے ساتھ تعامل کرتے پائے گئے۔ پروٹین سب سیلولر ڈسٹری بیوشن CXorf26 پروٹین کے سائٹوپلازم کے اندر مقامی ہونے کا امکان ہے جبکہ 17.4% مائٹوکونڈریا میں مقامی ہونے کا امکان ہے۔ CXorf26 کے خمیر ہومولوگ، YPL225W، کو GFP ٹیگ کیا گیا تھا اور اس کا مقام سائٹوپلازم میں ہونے کا تعین کیا گیا تھا۔ ٹرانس میمبرین کے بجائے سائٹوپلاسمک محل وقوع کی حمایت کی گئی تھی کیونکہ کوئی ہائیڈروفوبک سگنل پیپٹائڈ ترتیب اور ٹی ایم اے پی نے سی ایکسورف 26 میں یا دیگر پرجاتیوں میں اس کے کسی بھی ہومولوگس میں کسی ممکنہ ٹرانس میمبرین حصوں کی پیش گوئی نہیں کی تھی۔ پولیسیکرائڈ ڈومین CXorf26 کو اس کی ترتیب کے اندر DUF757 کے نام سے جانا جاتا محفوظ ڈومین پایا گیا۔ محفوظ ڈومین امینو ایسڈ 39-159 سے پروٹین کی ترتیب کی اکثریت پر پھیلا ہوا ہے۔ ڈومین کا تحفظ تمام ہومولوگس کے مقابلے میں مضبوط ہے، بشمول ممالیہ جانور، الٹی جانور جیسے کیڑے مکوڑے، اور یہاں تک کہ سپنج بھی۔ خمیر ہومولوگ، YPL225W، اس ڈومین میں 42.4% شناخت اور 62 فیصد مماثلت ظاہر کرتا ہے۔ ڈومین کا تحفظ خاص طور پر ان علاقوں میں زیادہ ہے جن میں متعدد الفا ہیلیسیس یا بیٹا شیٹس میں سے ایک شامل ہے۔ ٹائروسین 72 اور سیرائن 126 پر امینو ایسڈ کی ترتیب میں متعدد محفوظ فاسفوریلیشن سائٹس بھی موجود ہیں۔ این سی بی آئی کے مطابق، یہ ڈومین پروٹین کے خاندان میں ہے جس کی توقع کی جاتی ہے کہ وہ پودوں کی خلیوں کی دیواروں میں xylan حیاتیاتی ترکیب میں کردار ادا کرتا ہے، لیکن ترکیب کے راستے میں اس کا صحیح کردار معلوم نہیں ہے۔ چونکہ جانوروں کے خلیات خلیوں کی دیواروں پر مشتمل نہیں ہوتے ہیں، اس لیے انسانوں جیسے دیگر حیاتیات میں اس کا صحیح کام معلوم نہیں ہے۔ زائلان پینٹوز شوگر زائیلوز کی اکائیوں سے بنایا جاتا ہے، جو کہ ہیپیرن سلفیٹ اور کونڈروئٹن سلفیٹ جیسے آئنک پولیسیکرائڈز کے متعدد بائیوسینتھیٹک راستوں میں پہلا ساکرائڈ ہونے کے لیے جانا جاتا ہے۔ زیلان کی طرح، ہیپیرن سلفیٹ یہ خلیے کی سطح پر پایا جاتا ہے۔ چونکہ یہ خلیے کی سطح اور ماورائے خلیے میٹرکس دونوں کے لیے ضروری ہے، اس لیے یہ تقریبا تمام انسانی بافتوں میں CXorf26 کے اعلی اظہار کی وضاحت کر سکتا ہے۔ ہیپیرن بائیو سنتھسیس اینڈوپلاسمک ریٹیکولم کے لومین میں ہوتا ہے اور یہ پروٹین کور کے اندر مخصوص سیرائن کے باقیات میں زائیلوسیل ٹرانسفرس کے ذریعے یو ڈی پی-زائیلوز سے زائیلوز کی منتقلی سے شروع ہوتا ہے۔ پی ایس او آر ٹی آئی سی ایکس او آر ایف 26 کے سی-ٹرمینس کے قریب کے کے ایکس ایکس جیسے موٹف، جی ای کے اے کی موجودگی کی پیش گوئی کرتا ہے۔ کے کے ایکس ایکس جیسے نقش پیش گوئی شدہ اینڈوپلاسمک ریٹیکولم جھلی برقرار رکھنے کے اشارے ہیں۔ یہ موٹف صرف پرائمیٹس میں محفوظ ہے۔ تاہم، ایک اور کے کے ایکس ایکس جیسا موٹف، کیو ڈی کے ای، ڈومین کے آخر میں موجود پایا جاتا ہے۔ اس موٹف میں K زیادہ تر invertebrates کے لیے انتہائی محفوظ ہے۔ تاہم، نیٹ این جی لائک کے متضاد نتائج نے این-گلائکوسیلیشن سائٹس کی پیش گوئی نہیں کی، جس سے پتہ چلتا ہے کہ CXorf26 اینڈوپلاسمک ریٹیکولم لومین میں خصوصی فولڈنگ سے نہیں گزرتا ہے۔ یہ دیکھتے ہوئے کہ محفوظ ڈومین xylan بنانے کے لیے کام نہیں کر سکتا کیونکہ جانوروں کے خلیوں میں سیل والز نہیں ہیں، فنکشن اس راستے سے متعلق ہو سکتا ہے۔ متعدد پروگراموں میں ثانوی ڈھانچے کی پیش گوئیاں CXorf26 کے لیے 7 الفا ہیلیکس اور 2 بیٹا شیٹس کی موجودگی کا مشورہ دیتی ہیں ؛ ثانوی ڈھانچے کی اکثریت محفوظ ڈومین میں ہے۔ خمیر ہومیولوگ میں تجرباتی شواہد 4 الفا ہیلیکس اور 2 بیٹا شیٹس کو ظاہر کرتے ہیں جو سبھی پولیسیکرائڈ ڈومین میں ہیں، بالکل اسی طرح جیسے اوپر پیش گوئی شدہ ایس ڈبلیو آئی ایس ایس ماڈل انسانوں کے لیے دکھاتا ہے۔ ثانوی ڈھانچوں کا مقام بھی محفوظ ہے۔ ترجمہ کے بعد کی تبدیلیاں پیپسن (پی ایچ 1.3)، ایس پی-این اینڈوپیپٹیڈیز، این-ٹرمینل گلوٹامیٹ اور پروٹینز کے سبھی میں پروٹین کے اندر 50 یا اس سے زیادہ کلیویج سائٹس تھیں، لیکن 10 کیسپیسز میں سے کسی میں بھی کلیویج سائٹس نہیں تھیں۔ اس سے پتہ چلتا ہے کہ سی ایکس آرف 26 کے اپوپٹوسس کے دوران الگ ہونے یا خراب ہونے کا امکان نہیں ہے۔ یہ اس مشاہدے کے بعد ہے کہ CXorf26 تقریبا تمام بافتوں اور تجرباتی حالات میں انتہائی اظہار کیا جاتا ہے۔ لائسین 63 اور 66 لائسین کے ایپسلون امینو گروپوں کے گلائکیشن کے ممکنہ مقامات ہیں۔ لائسین 63 کو مکاکا ملاٹا اور بومبس امپیٹینز دونوں میں محفوظ کیا گیا تھا۔ CXorf26 پروٹین کے اندر 10 سیرین، 3 تھریونین، اور 6 ٹائروسائن فاسفوریلیشن سائٹس کی پیش گوئی کی گئی ہے۔ پیش گوئی شدہ فاسفوریلیشن سائٹس کا موازنہ کرتے وقت، جو نیچے دیے گئے جدول میں دکھائے گئے ہیں وہ مکاکا ملاٹا کے ساتھ ساتھ بومبس امپیٹینز میں محفوظ تھے۔ S127 کو میز پر چھوڑ دیا گیا تھا حالانکہ ہومو سیپینز اور مکاکا ملاٹا کے پاس اس پوزیشن کے لیے حد سے اوپر نمایاں اسکور نہیں تھے۔ ارتقائی تبدیلی کے ذریعے، بومبس میں موجود سیرائن کو ہومو سیپینز اور مکاکا ملاٹا میں ٹائروسین میں تبدیل کر دیا گیا، جو اب بھی فاسفوریلیشن کے قابل ہے، جس سے پتہ چلتا ہے کہ اگرچہ کوئی تغیر تھا، اس کے نتیجے میں پروٹین اور اس کے کام میں ممکنہ طور پر بڑی تبدیلی نہیں آئے گی۔ انواع کی تقسیم CXorf26 مضبوطی سے ارتقائی طور پر محفوظ ہے، جس کا تحفظ باتراچوچائٹریم ڈینڈروبیٹیڈس میں پایا جاتا ہے۔ 20 آرتھولوگس پروٹین کے سلسلے کی ایک سے زیادہ ترتیب کی صف بندی سے پولیسیکرائڈ بائیوسنتھیس ڈومین کے بہت مضبوط تحفظ کا پتہ چلتا ہے، لیکن اس کے بعد تحفظ بنیادی طور پر invertebrates میں موجود نہیں تھا۔ ان ریڑھ کی ہڈی والے جانوروں کے لیے جن میں محفوظ ڈومین کے بعد ایک ترتیب موجود تھی، یہ کم پیچیدگی کا پایا گیا اور امینو ایسڈ موٹف 'جی ای کے' کی تکراری ترتیب سے بھرا ہوا تھا، جو امینو ایسڈ گلائسین، گلوٹامک ایسڈ اور لائسین سے مطابقت رکھتا ہے۔ گلوٹامک ایسڈ اور لائسین دونوں چارج ہوتے ہیں، جو محفوظ ڈومین کے بعد حصے کی مجموعی ہائیڈروفیلسیٹی میں معاون ہوتے ہیں۔ خمیر ہومیولوگ YPL225W خمیر میں CXorf26 ہومیولوگ، YPL225W، کی مجموعی شناخت 27 فیصد ہے لیکن ایک 42.4% شناخت اور پولیسیکرائڈ بائیوسنتھیس ڈومین کے ساتھ 62 فیصد مماثلت ہے۔ پیش گوئی شدہ انسانی ثانوی ڈھانچے کی طرح، YPL225W کی تجرباتی طور پر تصدیق کی گئی ہے کہ اس میں حیاتیاتی ترکیب کے ڈومین کے اندر چار الفا ہیلیکس اور دو بیٹا شیٹس بھی شامل ہیں۔ CXorf26 کی طرح خمیر میں YPL225W فنکشن نامعلوم ہے، لیکن مشترکہ طہارت کے تجربات کی بنیاد پر یہ رائبوسومز کے ساتھ تعامل کر سکتا ہے کیونکہ اس کے 18 تعامل کرنے والے پروٹینوں میں سے بہت سے RNA اور رائبوسومز سے متعلق تھے۔ آر این اے پولیمریز کے ساتھ متعدد پروٹین بھی شامل تھے، جو ٹرانسکرپشن کے سیلولر عمل میں شامل ہیں۔ مزید برآں، متعدد پروٹین ہر جگہ موجود ہونے میں شامل تھے۔ اعلی تعامل اسکور کے ساتھ تعامل کرنے والے خمیر پروٹین میں سے کچھ یو بی آئی 4، آر پی بی 8، ایس آر او 9، اور این اے بی 2 تھے۔ انٹرایکٹنگ پروٹینز ممکنہ انٹرایکٹنگ پروٹینز کی شناخت آئی 2 ڈی انٹرولوگس انٹرایکٹنگ ڈیٹا بیس اور اسٹرینگ 9 پروگرام میں فراہم کردہ ٹولز کا استعمال کرتے ہوئے کی گئی۔ اگرچہ مزید پروٹین کی پیش گوئی کی گئی تھی، لیکن ذیل میں دکھائے گئے پروٹین میں سب سے زیادہ اسکور تھے اور ممکنہ CXorf26 فنکشن سے متعلق ہونے کا سب سے بڑا امکان ظاہر ہوا۔ ٹرانسکرپشنل فیکٹر نیٹ ورک کی تحقیقات کرنے والے ایک تجربے میں ایس ایم اے ڈی 2، پی ایچ بی، اور سی ٹی این این بی 1 پائے گئے۔ بی اے بی اے ایم 1 تعامل دونوں ڈیٹا بیس میں اینٹی ٹیگ کویمیونوپریسیپیٹیشن اسیسے کا استعمال کرتے ہوئے پایا گیا جبکہ پی او ایل آر 2 ایچ خمیر ہومولوگ، وائی پی ایل 225 ڈبلیو کا استعمال کرتے ہوئے ٹینڈم افینیٹی پیوریفکیشن اسیسے پر مبنی تھا۔ انسانی کروموسوم X پر حوالہ جات جین