Linguistic sequence complexity
لسانی ترتیب کی پیچیدگی (ایل سی) جین کی ترتیب میں جینیاتی متن کی 'الفاظ کی دولت' کی ایک پیمائش ہے۔ جب ایک نیوکلیوٹائڈ ترتیب کو چار حرفی حروف تہجی کا استعمال کرتے ہوئے متن کے طور پر لکھا جاتا ہے، تو متن کی تکرار، یعنی اس کے این گرام (الفاظ) کی تکرار کا حساب لگایا جا سکتا ہے اور ترتیب کی پیچیدگی کی پیمائش کے طور پر کام کرتا ہے۔ اس طرح، ڈی این اے کی ترتیب جتنی زیادہ پیچیدہ ہوتی ہے، اس کا اولیگونیوکلیوٹائڈ الفاظ اتنا ہی بہتر ہوتا ہے، جبکہ تکراری ترتیبات میں نسبتا کم پیچیدگیاں ہوتی ہیں۔ اس کے بعد کے کام نے لسانی پیچیدگی کے نقطہ نظر کے جوہر کو تبدیل کیے بغیر، ٹرفونوف (1990) میں بیان کردہ اصل الگورتھم کو بہتر بنایا۔ ایل سی کے معنی کو دی گئی ترتیب کے تمام پس منظر کے درخت کے طور پر ایک ترتیب کی پیشکش کے حوالے سے بہتر سمجھا جا سکتا ہے۔ سب سے زیادہ پیچیدہ ترتیب میں زیادہ سے زیادہ متوازن درخت ہوتے ہیں، جبکہ عدم توازن یا درخت کی عدم توازن کی پیمائش پیچیدگی کی پیمائش کے طور پر کام کرتی ہے۔ درخت کی سطح پر نوڈس کی تعداد الفاظ کے اصل الفاظ کے سائز کے برابر ہوتی ہے جس کی لمبائی ایک دی گئی ترتیب میں ہوتی ہے۔ انتہائی متوازن درخت میں نوڈس کی تعداد، جو درخت کی سطح پر لمبائی N کی سب سے پیچیدہ ترتیب سے مطابقت رکھتی ہے، یا تو 4i یا N-i + 1، جو بھی چھوٹا ہو۔ ترتیب کے ٹکڑے (لمبائی آر ڈبلیو کے ساتھ) کی پیچیدگی () کا براہ راست حساب الفاظ کے استعمال کے اقدامات (یو آئی) کے پروڈکٹ کے طور پر کیا جا سکتا ہے: کسی دیئے گئے سائز کے اولیگومرز کے لیے الفاظ کے استعمال کو اس لمبائی کی ترتیب کے لیے کسی دی گئی ترتیب کے حقیقی الفاظ کے سائز اور زیادہ سے زیادہ ممکنہ الفاظ کے سائز کے تناسب کے طور پر بیان کیا جا سکتا ہے۔ مثال کے طور پر، ترتیب ACGGGAAGCTGATTCCA = 14/16 کے لیے U2، کیونکہ اس میں 16 میں سے 14 ممکنہ مختلف ڈائنوکلیوٹائڈز ہوتے ہیں۔ اسی ترتیب کے لیے U3 = 15/15، اور U4 = 14/14۔ ACACACACACACACA ترتیب کے لیے، U1 = 1/2 ؛ U2 = 2/16 = 0.125، کیونکہ اس میں صرف دو ڈینیوکلیوٹائڈز کا سادہ ذخیرہ ہے۔ اس ترتیب کے لیے U3 = 2/15۔ دو سے ڈبلیو تک کے کے ساتھ کے-ٹپل پر غور کیا جاتا ہے، جبکہ ڈبلیو کا انحصار آر ڈبلیو پر ہوتا ہے۔ 18 سے کم آر ڈبلیو اقدار کے لیے، ڈبلیو 3 کے برابر ہے ؛ 67 سے کم آر ڈبلیو کے لیے، ڈبلیو 4 کے برابر ہے ؛ آر ڈبلیو <260 کے لیے، ڈبلیو = 5 ؛ آر ڈبلیو <1029 کے لیے، ڈبلیو = 6، اور اسی طرح۔ کی قدر کسی دی گئی لمبائی کے مختلف ڈی این اے ترتیب کے ٹکڑوں کے لیے 0 <C <1 کی حد میں ترتیب کی پیچیدگی کی پیمائش فراہم کرتی ہے۔ یہ فارمولا اصل ایل سی پیمائش سے دو لحاظ سے مختلف ہے: جس طرح سے الفاظ کے استعمال Ui کا حساب لگایا جاتا ہے، اور اس وجہ سے کہ یہ 2 سے N-1 کی حد میں نہیں ہے بلکہ صرف W تک ہے۔ Ui کی حد پر یہ حد الگورتھم کو طاقت کے نقصان کے بغیر کافی حد تک زیادہ موثر بناتی ہے۔ میں ایک اور ترمیم شدہ ورژن استعمال کیا گیا تھا، جس میں لسانی پیچیدگی (ایل سی) کو سٹرنگ میں موجود کسی بھی لمبائی کے سبسٹرنگ کی تعداد اور سبسٹرنگ کی زیادہ سے زیادہ ممکنہ تعداد کے تناسب کے طور پر بیان کیا گیا ہے۔ لفظ کے سائز 1 سے میٹر تک کے زیادہ سے زیادہ الفاظ کا حساب سادہ فارمولے کے مطابق لگایا جا سکتا ہے۔ یہ ترتیب تجزیہ پیچیدگی کا حساب کم پیچیدگی والے علاقوں کا پتہ لگانے کے لیے تقابلی ترتیب کے درمیان محفوظ علاقوں کی تلاش کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے جس میں سادہ ترتیب کی تکرار، نامکمل براہ راست یا الٹا تکرار، پولی پیورین اور پولی پیریمائڈائن ٹرپل اسٹرینڈڈ ڈی این اے ڈھانچے، اور چار پھنسے ہوئے ڈھانچے (جیسے جی-کواڈروپلیکس) شامل ہیں۔ حوالہ جات نیوکلک ایسڈ بائیو انفارمیٹکس