Cancer epigenetics
کینسر ایپیجینیٹکس کینسر کے خلیوں کے ڈی این اے میں ایپیجینیٹک تبدیلیوں کا مطالعہ ہے جس میں نیوکلیوٹائڈ کی ترتیب میں تبدیلی شامل نہیں ہوتی ہے، بلکہ اس کے بجائے جینیاتی کوڈ کے اظہار کے انداز میں تبدیلی شامل ہوتی ہے۔ ٹشو مخصوص جین کے اظہار کی معمول کی ترتیب کو برقرار رکھنے کے لیے ایپیجینیٹک میکانزم ضروری ہیں اور عام نشوونما کے لیے اہم ہیں۔ وہ اتنے ہی اہم ہو سکتے ہیں، اگر اس سے بھی زیادہ اہم نہیں، تو سیل کی کینسر میں تبدیلی میں جینیاتی تغیرات سے۔ کینسر میں ایپیجینیٹک عمل میں خلل، جینوں کے اظہار کے نقصان کا باعث بن سکتا ہے جو تغیرات کے مقابلے میں ٹرانسکرپشن سائلنسنگ (سی پی جی جزائر کے ایپیجینیٹک پروموٹر ہائپر میتھیلیشن کی وجہ سے) سے تقریبا 10 گنا زیادہ کثرت سے ہوتا ہے۔ جیسا کہ ووگلسٹین اور دیگر۔ اس بات کی نشاندہی کرتے ہیں کہ کولوریکٹل کینسر میں عام طور پر تقریبا 3 سے 6 ڈرائیور میوٹیشنز اور 33 سے 66 ہچائکر یا مسافر میوٹیشنز ہوتے ہیں۔ تاہم، بڑی آنت کے ٹیومر میں ملحقہ عام طور پر ظاہر ہونے والے بڑی آنت کے میوکوسا کے مقابلے میں، ٹیومر میں جین کے پروموٹروں میں تقریبا 600 سے 800 بھاری میتھیلیٹیڈ سی پی جی جزیرے ہوتے ہیں جبکہ یہ سی پی جی جزیرے ملحقہ میوکوسا میں میتھیلیٹیڈ نہیں ہوتے ہیں۔ ایپیجینیٹک تبدیلیوں میں ہیرا پھیری کینسر کی روک تھام، پتہ لگانے اور تھراپی کے لیے بہت بڑا وعدہ رکھتی ہے۔ مختلف قسم کے کینسر میں، مختلف قسم کے ایپیجینیٹک میکانزم کو پریشان کیا جا سکتا ہے، جیسے کہ ٹیومر دبانے والے جینوں کو خاموش کرنا اور سی پی جی جزیرے کے میتھیلیشن پیٹرن، ہسٹون میں ترمیم، اور ڈی این اے بائنڈنگ پروٹین کی بے قاعدگی کے ذریعے آنکوجینز کو چالو کرنا۔ ایسی کئی دوائیں ہیں جن کا ایپیجینیٹک اثر ہوتا ہے، جو اب ان میں سے متعدد بیماریوں میں استعمال ہوتی ہیں۔ میکانزم ڈی این اے میتھیلیشن سومیٹک خلیوں میں، ڈی این اے میتھیلیشن کے نمونے عام طور پر اعلی وفاداری کے ساتھ بیٹی کے خلیوں میں منتقل ہوتے ہیں۔ عام طور پر، یہ میتھیلیشن صرف سائٹوسینز پر ہوتا ہے جو اعلی درجے کے یوکیریوٹس کے سی پی جی ڈینیوکلیوٹائڈز میں 5 'سے گوانوسین پر واقع ہوتے ہیں۔ تاہم، ایپیجینیٹک ڈی این اے میتھیلیشن انسانوں میں عام خلیوں اور ٹیومر خلیوں کے درمیان مختلف ہوتی ہے۔ "نارمل" سی پی جی میتھیلیشن پروفائل اکثر ان خلیوں میں الٹا ہوتا ہے جو ٹیومرجینک بن جاتے ہیں۔ عام خلیوں میں، جین پروموٹروں سے پہلے والے سی پی جی جزائر عام طور پر غیر میتھیلیٹڈ ہوتے ہیں، اور ٹرانسکرپشن کے طور پر فعال ہوتے ہیں، جبکہ پورے جینوم میں دوسرے انفرادی سی پی جی ڈینیوکلیوٹائڈز میتھیلیٹڈ ہوتے ہیں۔ تاہم، کینسر کے خلیوں میں، ٹیومر دبانے والے جین پروموٹروں سے پہلے والے سی پی جی جزائر اکثر ہائپر میتھیلیٹڈ ہوتے ہیں، جبکہ اونکوجین پروموٹر علاقوں کی سی پی جی میتھیلیشن اور پرجیوی تکرار کے سلسلے اکثر کم ہو جاتے ہیں۔ ٹیومر دبانے والے جین پروموٹر علاقوں کی ہائپر میتھیلیشن کے نتیجے میں ان جینوں کو خاموش کیا جا سکتا ہے۔ اس قسم کی ایپیجینیٹک اتپریورتن خلیوں کو بے قابو طریقے سے بڑھنے اور دوبارہ پیدا کرنے کی اجازت دیتی ہے، جس کی وجہ سے ٹیومرجینسیس ہوتا ہے۔ سائٹوسینز میں میتھائل گروپوں کا اضافہ ڈی این اے کو ہسٹون پروٹین کے ارد گرد مضبوطی سے کنڈلی کرنے کا سبب بنتا ہے، جس کے نتیجے میں ڈی این اے ٹرانسکرپشن سے نہیں گزر سکتا (ٹرانسکرپشن سے خاموش ڈی این اے)۔ عام طور پر پروموٹر ہائپر میتھیلیشن کی وجہ سے نقل شدہ طور پر خاموش پائے جانے والے جینوں میں شامل ہیں: سائکلین پر منحصر کینیز انفیکٹر پی 16، ایک سیل سائیکل انفیکٹر ؛ ایم جی ایم ٹی، ایک ڈی این اے مرمت جین ؛ اے پی سی، ایک سیل سائیکل ریگولیٹر ؛ ایم ایل ایچ 1، ایک ڈی این اے مرمت جین ؛ اور بی آر سی اے 1، ایک اور ڈی این اے مرمت جین۔ درحقیقت، کینسر کے خلیات کچھ کلیدی ٹیومر دبانے والے جینوں کے پروموٹر ہائپر میتھیلیشن کی وجہ سے ٹرانسکرپشنل سائلنسنگ کے عادی ہو سکتے ہیں، یہ عمل ایپیجینیٹک لت کے نام سے جانا جاتا ہے۔ جینوم کے دوسرے حصوں میں سی پی جی ڈینیوکلیوٹائڈز کی ہائپومیتھیلیشن امپرنٹنگ کے نقصان اور ٹرانسپوزیبل عناصر کے دوبارہ فعال ہونے جیسے میکانزم کی وجہ سے کروموسوم کے عدم استحکام کا باعث بنتی ہے۔ انسولین نما گروتھ فیکٹر جین (آئی جی ایف 2) کے امپرنٹنگ کا نقصان کولوریکٹل کینسر کے خطرے کو بڑھاتا ہے اور بیک وتھ-ویڈمین سنڈروم سے وابستہ ہے جس سے نوزائیدہ بچوں میں کینسر کا خطرہ نمایاں طور پر بڑھ جاتا ہے۔ صحت مند خلیوں میں، کم کثافت کے سی پی جی ڈینیوکلیوٹائڈز کوڈنگ اور غیر کوڈنگ انٹرجینک علاقوں میں پائے جاتے ہیں۔ کچھ تکراری ترتیبات کا اظہار اور سینٹرومیرز پر مییوٹک ریکومبینیشن کو میتھیلیشن کے ذریعے دبایا جاتا ہے۔ کینسر کے خلیے کے پورے جینوم میں صحت مند خلیے کے جینوم کے مقابلے میں نمایاں طور پر کم میتھائلسیٹوسین ہوتا ہے۔ درحقیقت، کینسر سیل جینوم میں پورے جینوم میں انفرادی سی پی جی ڈینیوکلیوٹائڈز پر 20-50% کم میتھیلیشن ہوتی ہے۔ پروموٹر علاقوں میں پائے جانے والے سی پی جی جزائر عام طور پر ڈی این اے میتھیلیشن سے محفوظ ہوتے ہیں۔ کینسر کے خلیوں میں سی پی جی جزائر ہائپو میتھیلیٹڈ ہوتے ہیں۔ سی پی جی جزائر کے اطراف والے علاقوں کو سی پی جی جزیرے کے ساحل کہا جاتا ہے جہاں زیادہ تر ڈی این اے میتھیلیشن سی پی جی ڈینیوکلیوٹائڈ کے تناظر میں ہوتا ہے۔ کینسر کے خلیات سی پی جی جزیرے کے ساحلوں پر متفرق طور پر میتھیلیٹ کیے جاتے ہیں۔ کینسر کے خلیوں میں، سی پی جی جزیرے کے ساحلوں میں ہائپر میتھیلیشن سی پی جی جزائر میں منتقل ہوتا ہے، یا سی پی جی جزائر کا ہائپومیتھیلیشن سی پی جی جزیرے کے ساحلوں میں منتقل ہوتا ہے جو ان جینیاتی عناصر کے درمیان تیز ایپیجینیٹک حدود کو ختم کرتا ہے۔ کینسر کے خلیوں میں ڈی این اے میتھائل ٹرانسفرسز (ڈی این ایم ٹی) میں خلل کی وجہ سے "گلوبل ہائپومیتھیلیشن" مائٹوٹک ریکومبینیشن اور کروموسوم کی دوبارہ ترتیب کو فروغ دے سکتا ہے، جس کے نتیجے میں آخر کار اینیوپلوئڈی ہو سکتی ہے جب کروموسوم مائٹوسس کے دوران مناسب طریقے سے الگ ہونے میں ناکام ہو جاتے ہیں۔ سی پی جی جزیرے کی میتھیلیشن جین کے اظہار کے ضابطے میں اہم ہے، پھر بھی سائٹوسین میتھیلیشن براہ راست جینیاتی تغیرات کو غیر مستحکم کرنے اور سیلولر حالت کا باعث بن سکتی ہے۔ میتھیلیٹیڈ سائٹوسینز امین گروپ کے ہائیڈرولائسیس اور تھامین میں بے ساختہ تبدیلی کو زیادہ سازگار بناتی ہیں۔ وہ کرومیٹن پروٹین کی غیر معمولی بھرتی کا سبب بن سکتے ہیں۔ سائٹوسین میتھیلیشنز نیوکلیوٹائڈ بیس کی یووی روشنی کے جذب کی مقدار کو تبدیل کرتی ہیں، جس سے پائریمائڈائن ڈائمرز بنتے ہیں۔ جب تغیر کے نتیجے میں ٹیومر دبانے والے جین سائٹس پر ہیٹروزائگوسیٹی کا نقصان ہوتا ہے، تو یہ جین غیر فعال ہو سکتے ہیں۔ نقل کے دوران سنگل بیس جوڑی کی تغیرات کے بھی نقصان دہ اثرات ہو سکتے ہیں۔ ہسٹون ترمیم یوکرائیوٹک ڈی این اے کی ایک پیچیدہ ساخت ہوتی ہے۔ یہ عام طور پر نیوکلیوسوم نامی ساخت بنانے کے لیے ہسٹون نامی خصوصی پروٹین کے گرد لپیٹا جاتا ہے۔ ایک نیوکلیوسوم 4 ہسٹون کے 2 سیٹوں پر مشتمل ہوتا ہے: H2A، H2B، H3، اور H4۔ مزید برآں، ہسٹون ایچ 1 نیوکلیوسوم کے باہر ڈی این اے پیکیجنگ میں حصہ ڈالتا ہے۔ کچھ ہسٹون میں ترمیم کرنے والے انزائم ہسٹون میں فعال گروپوں کو شامل یا ہٹا سکتے ہیں، اور یہ تبدیلیاں ان ہسٹون کے ارد گرد لپٹے جینوں کی نقل کی سطح اور ڈی این اے کی نقل کی سطح کو متاثر کرتی ہیں۔ صحت مند اور کینسر کے خلیوں کے ہسٹون ترمیم پروفائلز مختلف ہوتے ہیں۔ صحت مند خلیوں کے مقابلے میں، کینسر کے خلیات ہسٹون ایچ 4 (ایچ 4 اے سی اور ایچ 4 می 3 میں کمی) کی مونواسیٹیلیٹڈ اور ٹرائی میتھیلیٹڈ شکلوں میں کمی کا مظاہرہ کرتے ہیں۔ مزید برآں، ماؤس کے ماڈلز سے پتہ چلتا ہے کہ پی 19 اے آر ایف پروموٹر کے ہسٹون ایچ 4 آر 3 غیر متناسب ڈائی میتھیلیشن (ایچ 4 آر 3 می 2 اے) میں کمی ٹیومرجینسیس اور میٹاسٹیسس کے زیادہ اعلی درجے کے معاملات سے منسلک ہے۔ ماؤس کے ماڈلز میں، ٹیومر کی نشوونما جاری رہنے کے ساتھ ہی ہسٹون ایچ 4 ایسیٹیلیشن اور ٹرائی میتھیلیشن کا نقصان بڑھ جاتا ہے۔ ہسٹون ایچ 4 لائسین 16 ایسیٹیلیشن (ایچ 4 کے 16 اے سی) کا نقصان، جو ٹیلومیرس میں عمر بڑھنے کی علامت ہے، خاص طور پر اس کی ایسیٹیلیشن کو کھو دیتا ہے۔ کچھ سائنس دانوں کو امید ہے کہ ہسٹون ایسیٹیلیشن کے اس خاص نقصان کا مقابلہ ایس آئی آر ٹی 1 کے لیے مخصوص ہسٹون ڈیسیٹیلیز (ایچ ڈی اے سی) انفیکٹر سے کیا جا سکتا ہے، جو ایچ 4 کے 16 کے لیے مخصوص ایچ ڈی اے سی ہے۔ ٹیومرجینسیس سے وابستہ دیگر ہسٹون کے نشانات میں ہسٹون H3 اور H4 کی ڈیسیٹیلیشن میں اضافہ (ایسیٹیلیشن میں کمی)، ہسٹون H3 لائسین 4 (H3K4me3) کی ٹرائی میتھیلیشن میں کمی، اور ہسٹون H3 لائسین 9 (H3K9me1) کی مونو میتھیلیشن میں اضافہ اور ہسٹون H3 لائسین 27 (H3K27me3) کی ٹرائی میتھیلیشن شامل ہیں۔ یہ ہسٹون تبدیلیاں جین کے سی پی جی جزیرے (ایک ایسا واقعہ جو عام طور پر جینوں کو متحرک کرتا ہے) کی میتھیلیشن میں کمی کے باوجود ٹیومر دبانے والے جینوں کو خاموش کر سکتی ہیں۔ کچھ تحقیقوں میں ایسیٹیلیٹڈ ہسٹون پر بی آر ڈی 4 کے عمل کو روکنے پر توجہ مرکوز کی گئی ہے، جو کئی کینسروں میں ملوث مائیک پروٹین کے اظہار کو بڑھانے کے لیے دکھایا گیا ہے۔ بی آر ڈی 4 سے منسلک ہونے کے لیے دوا کی نشوونما کا عمل ٹیم کے باہمی تعاون، کھلے نقطہ نظر کے لیے قابل ذکر ہے۔ ٹیومر دبانے والا جین پی 53 ڈی این اے کی مرمت کو منظم کرتا ہے اور غیر منظم خلیوں میں اپوپٹوسس کو جنم دے سکتا ہے۔ ای سوٹو-ریئز اور ایف ریسیلاس-ٹارگا نے پی 53 کے اظہار کو منظم کرنے میں سی ٹی سی ایف پروٹین کی اہمیت کو واضح کیا۔ سی ٹی سی ایف، یا سی سی سی ٹی سی بائنڈنگ فیکٹر، زنک فنگر پروٹین ہے جو پی 53 پروموٹر کو جابرانہ ہسٹون کے نشانات جمع کرنے سے روکتا ہے۔ کینسر کے خلیوں کی بعض اقسام میں، سی ٹی سی ایف پروٹین عام طور پر پابند نہیں ہوتا ہے، اور پی 53 پروموٹر جابرانہ ہسٹون کے نشانات جمع کرتا ہے، جس کی وجہ سے پی 53 کا اظہار کم ہوتا ہے۔ ایپیجینیٹک مشینری میں تغیرات خود بھی ہو سکتے ہیں، جو ممکنہ طور پر کینسر کے خلیوں کے بدلتے ہوئے ایپیجینیٹک پروفائلز کے لیے ذمہ دار ہیں۔ H2A خاندان کے ہسٹون متغیرات ممالیہ جانوروں میں انتہائی محفوظ ہیں، جو کرومیٹن کی ساخت کو تبدیل کرکے بہت سے جوہری عمل کو منظم کرنے میں اہم کردار ادا کرتے ہیں۔ کلیدی H2A متغیرات میں سے ایک، H2A.X، ڈی این اے کے نقصان کو نشان زد کرتا ہے، جو جینومک سالمیت کو بحال کرنے کے لیے ڈی این اے مرمت پروٹین کی بھرتی میں سہولت فراہم کرتا ہے۔ ایک اور قسم، H2A.Z، جین ایکٹیویشن اور جبر دونوں میں اہم کردار ادا کرتی ہے۔ بہت سے کینسروں میں H2A.Z اظہار کی ایک اعلی سطح کا پتہ چلا ہے اور یہ سیلولر پھیلاؤ اور جینومک عدم استحکام سے نمایاں طور پر وابستہ ہے۔ ہسٹون قسم میکرو ایچ 2 اے 1 کئی قسم کے کینسر کے پیتھوجینسیس میں اہم ہے، مثال کے طور پر ہیپاٹو سیلولر کارسنوما میں۔ دیگر میکانزم میں ایچ 4 کے 16 اے سی میں کمی یا تو ہسٹون ایکٹیل ٹرانسفرسز (ایچ اے ٹی) کی سرگرمی میں کمی یا ایس آئی آر ٹی 1 کے ذریعہ ڈیسیٹیلیشن میں اضافے کی وجہ سے ہو سکتی ہے۔ اسی طرح، ایچ ڈی اے سی 2 میں ایک غیر فعال فریم شفٹ اتپریورتن، ایک ہسٹون ڈیسیٹیلس جو بہت سے ہسٹون-ٹیل لائسین پر کام کرتا ہے، کینسر سے وابستہ ہے جو ہسٹون ایسیٹیلیشن کے تبدیل شدہ نمونوں کو ظاہر کرتا ہے۔ یہ نتائج انزیمیٹک روک تھام یا اضافہ کے ذریعے ایپیجینیٹک پروفائلز کو تبدیل کرنے کے لیے ایک امید افزا طریقہ کار کی نشاندہی کرتے ہیں۔ ایک نیا ابھرتا ہوا میدان جو مختلف مرکبات (منشیات، خوراک، اور ماحول) کی نمائش کے نتیجے میں زہریلی ایپیجینیٹک تبدیلیوں کو پکڑتا ہے وہ زہریلی ایپیجینیٹکس ہے۔ اس شعبے میں، ہسٹون میں ترمیم اور ان کے ممکنہ نتائج کی نقشہ سازی میں ہونے والی تبدیلیوں میں دلچسپی بڑھ رہی ہے۔ یو وی لائٹ، آئنائزنگ ریڈی ایشن، ماحولیاتی ٹاکسن اور میٹابولک کیمیکلز کی وجہ سے ہونے والا ڈی این اے نقصان بھی جینومک عدم استحکام اور کینسر کا باعث بن سکتا ہے۔ ڈبل اسٹرینڈ ڈی این اے بریکس (ڈی ایس بی) کے لیے ڈی این اے نقصان کا ردعمل جزوی طور پر ہسٹون ترمیم کے ذریعے ثالثی کی جاتی ہے۔ ڈی ایس بی میں، ایم آر ای 11-آر اے ڈی 50-این بی ایس 1 (ایم آر این) پروٹین کمپلیکس اٹیکسیا ٹیلانجیکٹاسیا میوٹیٹڈ (اے ٹی ایم) کینیز کو بھرتی کرتا ہے جو ہسٹون 2 اے کے سیرائن 129 کو فاسفوریلیٹ کرتا ہے۔ ایم ڈی سی 1، ڈی این اے نقصان چیک پوائنٹ 1 کا ثالث، فاسفوپیپٹائڈ سے جڑا ہوا ہے، اور ایچ 2 اے ایکس کا فاسفوریلیشن ایم آر این-اے ٹی ایم بھرتی اور فاسفوریلیشن کے مثبت فیڈ بیک لوپ کے ذریعے پھیل سکتا ہے۔ ٹی آئی پی 60 γH2AX کو ایسیٹیلیٹ کرتا ہے، جسے پھر پولی یوبیکٹیلیٹ کیا جاتا ہے۔ آر اے پی 80، ڈی این اے کی مرمت چھاتی کے کینسر کی قسم 1 حساسیت پروٹین کمپلیکس (بی آر سی اے 1-اے) کا ایک ذیلی یونٹ، ہسٹونز سے منسلک یوبیکیوٹین کو باندھتا ہے۔ بی آر سی اے 1-اے سرگرمی جی 2/ایم چیک پوائنٹ پر سیل سائیکل کو روکتی ہے، جس سے ڈی این اے کی مرمت کے لیے وقت ملتا ہے، یا اپوپٹوسس شروع کیا جا سکتا ہے۔ مائیکرو آر این اے جین کو خاموش کرنا ممالیہ جانوروں میں، مائیکرو آر این اے (ایم آئی آر این اے) پروٹین انکوڈنگ جینوں کی نقل و حمل کی سرگرمی کے تقریبا 60 فیصد کو منظم کرتے ہیں۔ کچھ ایم آئی آر این اے کینسر کے خلیوں میں میتھیلیشن سے وابستہ خاموشی سے بھی گزرتے ہیں۔ آئیے 7 اور ایم آئی آر 15/16 آر اے ایس اور بی سی ایل 2 آنکوجینز کو کم کرنے میں اہم کردار ادا کرتے ہیں، اور ان کی خاموشی کینسر کے خلیوں میں ہوتی ہے۔ ایم آئی آر-125 بی 1 کا کم اظہار، ایک ایم آئی آر این اے جو ٹیومر دبانے والے کے طور پر کام کرتا ہے، پروسٹیٹ، بیضہ دانی، چھاتی اور گلیل سیل کینسر میں مشاہدہ کیا گیا۔ ان وٹرو تجربات سے پتہ چلا ہے کہ ایم آئی آر-125 بی 1 دو جینوں، ایچ ای آر 2/نیو اور ای ایس آر 1 کو نشانہ بناتا ہے، جو چھاتی کے کینسر سے منسلک ہوتے ہیں۔ ڈی این اے میتھیلیشن، خاص طور پر ہائپر میتھیلیشن، ان اہم طریقوں میں سے ایک ہے جس سے ایم آئی آر-125 بی 1 کو مقامی طور پر خاموش کیا جاتا ہے۔ چھاتی کے کینسر کے مریضوں میں، ٹرانسکرپشن اسٹارٹ سائٹ کے قریب واقع سی پی جی جزائر کی ہائپر میتھیلیشن کا مشاہدہ کیا گیا۔ سی ٹی سی ایف بائنڈنگ کا نقصان اور جابرانہ ہسٹون کے نشانات میں اضافہ، ایچ 3 کے 9 می 3 اور ایچ 3 کے 27 می 3، ڈی این اے میتھیلیشن اور ایم آئی آر-125 بی 1 خاموش ہونے سے متعلق ہے۔ میکانکی طور پر، سی ٹی سی ایف ڈی این اے میتھیلیشن کے پھیلاؤ کو روکنے کے لیے باؤنڈری عنصر کے طور پر کام کر سکتا ہے۔ Soto-Reyes et al کے ذریعے کیے گئے تجربات کے نتائج۔ ایم آئی آر-125 بی 1 کے فنکشن اور اظہار پر میتھیلیشن کے منفی اثر کی نشاندہی کریں۔ لہذا، انہوں نے یہ نتیجہ اخذ کیا کہ جین کو خاموش کرنے میں ڈی این اے میتھیلیشن کا ایک حصہ ہے۔ مزید برآں، کچھ ایم آئی آر این اے کو چھاتی کے کینسر میں ابتدائی طور پر ایپیجینٹک طور پر خاموش کر دیا جاتا ہے، اور اس لیے یہ ایم آئی آر این اے ممکنہ طور پر ٹیومر مارکر کے طور پر مفید ثابت ہو سکتے ہیں۔ غیر معمولی ڈی این اے میتھیلیشن کے ذریعے ایم آئی آر این اے جینوں کی ایپیجینیٹک سائلنسنگ کینسر کے خلیوں میں ایک عام واقعہ ہے۔ عام میمری خلیوں میں فعال ایم آئی آر این اے پروموٹروں میں سے تقریبا ایک تہائی چھاتی کے کینسر کے خلیوں میں ہائپر میتھیلیٹڈ پائے گئے-جو کہ عام طور پر پروٹین کوڈنگ جینوں کے مقابلے میں کئی گنا زیادہ تناسب ہے۔ کینسر میں ایپیجینیٹکس کی میٹابولک ریکوڈنگ میٹابولزم کی خرابی ٹیومر کے خلیوں کو ضروری بلڈنگ بلاکس پیدا کرنے کے ساتھ ساتھ کینسر کے آغاز اور ترقی میں مدد کے لیے ایپیجینیٹک نشانات کو تبدیل کرنے کی اجازت دیتی ہے۔ کینسر سے پیدا ہونے والی میٹابولک تبدیلیاں ایپیجینیٹک زمین کی تزئین کو تبدیل کرتی ہیں، خاص طور پر ہسٹونز اور ڈی این اے میں ترمیم، اس طرح مہلک تبدیلی، ناکافی غذائیت کے مطابق موافقت، اور میٹاسٹاسس کو فروغ دیتی ہیں۔ کینسر کے خلیوں کے حیاتیاتی مطالبات کو پورا کرنے کے لیے، بیک وقت آنکوجینز اور ٹیومر دبانے والے جینوں میں ہیرا پھیری کرکے میٹابولک راستوں کو تبدیل کیا جاتا ہے۔ کینسر میں بعض میٹابولائٹس کا جمع ہونا عالمی سطح پر ایپیجینیٹک زمین کی تزئین کو تبدیل کرنے کے لیے ایپیجینیٹک انزائمز کو نشانہ بنا سکتا ہے۔ کینسر سے متعلق میٹابولک تبدیلیاں ایپیجینیٹک نشانات کی لوکس مخصوص ری کوڈنگ کا باعث بنتی ہیں۔ کینسر ایپیجینیٹکس کو سیلولر میٹابولزم کے ذریعے درست طریقے سے دوبارہ پروگرام کیا جا سکتا ہے 1) میٹابولائٹس کے ذریعے کینسر ایپیجینیٹکس کی خوراک-ذمہ دار ماڈیولیشن ؛ 2) میٹابولک انزائموں کی ترتیب سے مخصوص بھرتی ؛ اور 3) غذائیت کے اشاروں کے ذریعے ایپیجینیٹک انزائموں کو نشانہ بنانا۔ سالماتی سطح پر میٹابولک پروگرامنگ کو ماڈیول کرنے کے علاوہ، مائیکرو انوائرمنٹل عوامل ہیں جو میٹابولک ریکوڈنگ کو متاثر اور متاثر کر سکتے ہیں۔ ان اثرات میں غذائیت، سوزش، اور مہلک بافتوں کا مدافعتی ردعمل شامل ہے۔ مائیکرو آر این اے اور ڈی این اے کی مرمت ڈی این اے کو پہنچنے والا نقصان کینسر کی بنیادی وجہ معلوم ہوتی ہے۔ اگر ڈی این اے کی مرمت میں کمی ہو تو ڈی این اے کا نقصان جمع ہو جاتا ہے۔ اس طرح کا اضافی ڈی این اے نقصان غلطی کے شکار ٹرانسلیشن کی ترکیب کی وجہ سے ڈی این اے کی نقل کے دوران تغیراتی غلطیوں میں اضافہ کر سکتا ہے۔ زیادہ ڈی این اے نقصان ڈی این اے کی مرمت کے دوران غلطیوں کی وجہ سے ایپیجینیٹک تبدیلیوں میں بھی اضافہ کر سکتا ہے۔ اس طرح کی تغیرات اور ایپیجینیٹک تبدیلیاں کینسر کو جنم دے سکتی ہیں (مہلک نیوپلاسم دیکھیں)۔ ڈی این اے مرمت جینوں میں جرم لائن اتپریورتن صرف 2-5% بڑی آنت کے کینسر کے معاملات کا سبب بنتی ہیں۔ تاہم، مائیکرو آر این اے کا تبدیل شدہ اظہار، جو ڈی این اے کی مرمت کی کمی کا سبب بنتا ہے، اکثر کینسر سے وابستہ ہوتا ہے اور ان کینسر کا ایک اہم سبب بن سکتا ہے۔ بعض ایم آئی آر این اے کا حد سے زیادہ اظہار براہ راست مخصوص ڈی این اے مرمت پروٹین کے اظہار کو کم کر سکتا ہے۔ وان اور دیگر۔ 6 ڈی این اے مرمت جینوں کا حوالہ دیا جاتا ہے جو قوسین میں اشارہ کردہ ایم آئی آر این اے کے ذریعہ براہ راست نشانہ بنائے جاتے ہیں: اے ٹی ایم (ایم آئی آر-421)، آر اے ڈی 52 (ایم آئی آر-210، ایم آئی آر-373)، آر اے ڈی 23 بی (ایم آئی آر-373)، ایم ایس ایچ 2 (ایم آئی آر-21)، بی آر سی اے 1 (ایم آئی آر-182) اور پی 53 (ایم آئی آر-504، ایم آئی آر-125 بی)۔ حال ہی میں، Tessitore et al. درج کردہ مزید ڈی این اے مرمت جین جو اضافی ایم آئی آر این اے کے ذریعہ براہ راست نشانہ بنائے جاتے ہیں، بشمول اے ٹی ایم (ایم آئی آر-18 اے، ایم آئی آر-101)، ڈی این اے-پی کے (ایم آئی آر-101)، اے ٹی آر (ایم آئی آر-185)، ڈبلیو آئی پی 1 (ایم آئی آر-16)، ایم ایل ایچ 1، ایم ایس ایچ 2 اور ایم ایس ایچ 6 (ایم آئی آر-155)، ای آر سی سی 3 اور ای آر سی سی 4 (ایم آئی آر-192) اور یو این جی 2 (ایم آئی آر-16، ایم آئی آر-34 سی اور ایم آئی آر-199 اے)۔ ان ایم آئی آر این اے میں سے، ایم آئی آر-16، ایم آئی آر-18 اے، ایم آئی آر-21، ایم آئی آر-34 سی، ایم آئی آر-125 بی، ایم آئی آر-101، ایم آئی آر-155، ایم آئی آر-182، ایم آئی آر-185 اور ایم آئی آر-192 ان میں شامل ہیں جن کی شناخت شنکن برگر اور ڈیڈیرچ نے ایپیجینیٹک ہائپومیتھیلیشن کے ذریعے بڑی آنت کے کینسر میں حد سے زیادہ ظاہر ہونے کے طور پر کی ہے۔ ان میں سے کسی بھی ایم آئی آر این اے کا حد سے زیادہ اظہار اس کے ہدف ڈی این اے مرمت جین کے کم اظہار کا سبب بن سکتا ہے۔ وقفے وقفے سے ہونے والے بڑی آنت کے کینسر میں ایم ایل ایچ 1 کی 15 فیصد تک کمی مائیکرو آر این اے ایم آئی آر-155 کے زیادہ اظہار کی وجہ سے ظاہر ہوتی ہے، جو ایم ایل ایچ 1 کے اظہار کو دباتا ہے۔ تاہم، ایم ایل ایچ 1 جین کے سی پی جی جزیرے کے ایپیجینیٹک میتھیلیشن کی وجہ سے ڈی این اے مماثلت مرمت پروٹین ایم ایل ایچ 1 کے کم اظہار کے ساتھ 68 چھٹپٹ بڑی آنت کے کینسر کی اکثریت میں کمی پائی گئی۔ 28 فیصد گلیوبلاسٹوما میں، ایم جی ایم ٹی ڈی این اے مرمت پروٹین کی کمی ہوتی ہے لیکن ایم جی ایم ٹی پروموٹر میتھیلیٹڈ نہیں ہوتا ہے۔ میتھیلیٹڈ ایم جی ایم ٹی پروموٹروں کے بغیر گلیوبلاسٹوما میں، مائیکرو آر این اے ایم آئی آر-181 ڈی کی سطح ایم جی ایم ٹی کے پروٹین کے اظہار کے ساتھ الٹا تعلق رکھتی ہے اور ایم آئی آر-181 ڈی کا براہ راست ہدف ایم جی ایم ٹی ایم آر این اے 3 'یو ٹی آر (ایم جی ایم ٹی ایم آر این اے کا تین اہم غیر ترجمہ شدہ علاقہ) ہے۔ اس طرح، 28 فیصد گلیوبلاسٹوما میں، ایم آئی آر-181 ڈی کے اظہار میں اضافہ اور ڈی این اے مرمت انزائم ایم جی ایم ٹی کے اظہار میں کمی ایک وجہ عنصر ہو سکتا ہے۔ گلیوبلاسٹوما کے 29-66% میں، ایم جی ایم ٹی جین کے ایپیجینیٹک میتھیلیشن کی وجہ سے ڈی این اے کی مرمت میں کمی ہوتی ہے، جو ایم جی ایم ٹی کے پروٹین کے اظہار کو کم کرتی ہے۔ ہائی موبلٹی گروپ اے (ایچ ایم جی اے) پروٹین، جو اے ٹی ہک کی خصوصیت رکھتے ہیں، چھوٹے، نان ہسٹون، کرومیٹن سے وابستہ پروٹین ہوتے ہیں جو ٹرانسکرپشن میں ترمیم کر سکتے ہیں۔ مائیکرو آر این اے ایچ ایم جی اے پروٹین کے اظہار کو کنٹرول کرتے ہیں، اور یہ پروٹین (ایچ ایم جی اے 1 اور ایچ ایم جی اے 2) آرکیٹیکچرل کرومیٹن ٹرانسکرپشن کنٹرول کرنے والے عناصر ہیں۔ Palmieri et al. اس سے پتہ چلتا ہے کہ، عام بافتوں میں، ایچ جی ایم اے 1 اور ایچ ایم جی اے 2 جینوں کو ایم آئی آر-15، ایم آئی آر-16، ایم آئی آر-26 اے، ایم آئی آر-196 اے 2 اور لیٹ-7 اے کے ذریعے نشانہ بنایا جاتا ہے (اور اس طرح اظہار میں مضبوطی سے کم کیا جاتا ہے)۔ ایچ ایم جی اے کا اظہار مختلف بالغ بافتوں میں تقریبا ناقابل شناخت ہے لیکن بہت سے کینسروں میں بلند ہوتا ہے۔ ایچ جی ایم اے پروٹین 100 امینو ایسڈ کے باقیات کے پولی پیپٹائڈز ہیں جن کی خصوصیت ماڈیولر ترتیب تنظیم ہے۔ ان پروٹینوں میں تین انتہائی مثبت چارج والے علاقے ہوتے ہیں، جنہیں اے ٹی ہکس کہا جاتا ہے، جو ڈی این اے کے مخصوص علاقوں میں اے ٹی سے بھرپور ڈی این اے کی چھوٹی نالی کو باندھتے ہیں۔ انسانی نیوپلاسیا، بشمول تائیرائڈ، پروسٹیٹک، سروائیکل، کولوریکٹل، پینکریٹک اور اووریئن کارسنوما، ایچ ایم جی اے 1 اے اور ایچ ایم جی اے 1 بی پروٹین میں زبردست اضافہ ظاہر کرتے ہیں۔ لمفائیڈ خلیوں کو نشانہ بنانے والے ایچ ایم جی اے 1 والے ٹرانسجینک چوہوں میں جارحانہ لمفوما پیدا ہوتا ہے، جس سے یہ ظاہر ہوتا ہے کہ اعلی ایچ ایم جی اے 1 کا اظہار نہ صرف کینسر سے وابستہ ہے، بلکہ یہ کہ ایچ ایم جی اے 1 جین کینسر کا سبب بننے کے لیے اونکوجین کے طور پر کام کر سکتا ہے۔ بالڈاسارے اور دیگر نے دکھایا کہ ایچ ایم جی اے 1 پروٹین ڈی این اے مرمت جین بی آر سی اے 1 کے پروموٹر ریجن سے منسلک ہوتا ہے اور بی آر سی اے 1 پروموٹر سرگرمی کو روکتا ہے۔ انہوں نے یہ بھی دکھایا کہ جب کہ صرف 11 فیصد چھاتی کے ٹیومر میں بی آر سی اے 1 جین کی ہائپر میتھیلیشن تھی، 82 فیصد جارحانہ چھاتی کے کینسر میں بی آر سی اے 1 پروٹین کا اظہار کم ہوتا ہے، اور ان میں سے زیادہ تر کمی ایچ ایم جی اے 1 پروٹین کی اعلی سطح کے ذریعہ کرومیٹن کو دوبارہ تیار کرنے کی وجہ سے تھی۔ ایچ ایم جی اے 2 پروٹین خاص طور پر ای آر سی سی 1 کے پروموٹر کو نشانہ بناتا ہے، اس طرح اس ڈی این اے مرمت جین کے اظہار کو کم کرتا ہے۔ 47 تشخیص شدہ بڑی آنت کے کینسر میں سے 100% میں ERCC1 پروٹین کے اظہار کی کمی تھی (حالانکہ HGMA2 کس حد تک شامل تھا یہ معلوم نہیں ہے)۔ Palmieri et al. اس سے پتہ چلتا ہے کہ ہر ایک ایم آئی آر این اے جو ایچ ایم جی اے جینوں کو نشانہ بناتے ہیں، عام پٹیوٹری گلینڈ کے مقابلے میں، تقریبا تمام انسانی پٹیوٹری اڈینوما میں بہت کم ہو جاتے ہیں۔ ان ایچ ایم جی اے-ٹارگیٹنگ ایم آئی آر این ایز کے ڈاؤن ریگولیشن کے مطابق، ایچ ایم جی اے 1 اور ایچ ایم جی اے 2-مخصوص ایم آر این ایز میں اضافہ دیکھا گیا۔ ان میں سے تین مائیکرو آر این اے (ایم آئی آر-16، ایم آئی آر-196 اے اور لیٹ-7 اے) میں میتھیلیٹڈ پروموٹر ہوتے ہیں اور اس وجہ سے بڑی آنت کے کینسر میں اظہار کم ہوتا ہے۔ ان میں سے دو کے لیے، ایم آئی آر-15 اور ایم آئی آر-16، کوڈنگ کے علاقوں کو ہسٹون ڈیسیٹیلیز سرگرمی کی وجہ سے کینسر میں ایپیجینٹک طور پر خاموش کر دیا جاتا ہے۔ جب یہ مائیکرو آر این اے کم سطح پر ظاہر ہوتے ہیں، تو ایچ ایم جی اے 1 اور ایچ ایم جی اے 2 پروٹین اعلی سطح پر ظاہر ہوتے ہیں۔ ایچ ایم جی اے 1 اور ایچ ایم جی اے 2 ہدف (اظہار کو کم کریں) بی آر سی اے 1 اور ای آر سی سی 1 ڈی این اے مرمت جین۔ اس طرح ڈی این اے کی مرمت کو کم کیا جا سکتا ہے، جو ممکنہ طور پر کینسر کی ترقی میں معاون ہے۔ ڈی این اے کی مرمت کے راستے اس حصے کا چارٹ کچھ بار بار ڈی این اے کو نقصان پہنچانے والے ایجنٹوں، ڈی این اے کے زخموں کی مثالوں اور ان ڈی این اے کے نقصانات سے نمٹنے کے راستوں کو ظاہر کرتا ہے۔ کم از کم 169 انزائم یا تو براہ راست ڈی این اے کی مرمت میں استعمال ہوتے ہیں یا ڈی این اے کی مرمت کے عمل کو متاثر کرتے ہیں۔ ان میں سے 83 کو چارٹ میں دکھائے گئے 5 قسم کے ڈی این اے نقصانات کی مرمت میں براہ راست استعمال کیا گیا ہے۔ ان مرمت کے عمل کے مرکزی کچھ زیادہ اچھی طرح سے مطالعہ شدہ جین چارٹ میں دکھائے گئے ہیں۔ سرخ، سرمئی یا سیان میں دکھائے گئے جین کے نشانات مختلف قسم کے کینسروں میں اکثر ایپیجینٹک طور پر تبدیل ہونے والے جینوں کی نشاندہی کرتے ہیں۔ سرخ، سرمئی یا سیان کی طرف سے نمایاں کردہ جینوں میں سے ہر ایک پر ویکیپیڈیا کے مضامین میں ایپیجینیٹک تبدیلی (زبانیں) اور کینسر (زبانیں) کو بیان کیا گیا ہے جس میں یہ ایپیمیٹیشنز پائے جاتے ہیں۔ دو وسیع تجرباتی سروے کے مضامین کینسر میں ان میں سے زیادہ تر ایپیجینیٹک ڈی این اے کی مرمت کی کمی کو بھی دستاویز کرتے ہیں۔ سرخ روشنی والے جین اکثر مختلف کینسروں میں ایپیجینیٹک میکانزم کے ذریعے کم یا خاموش ہو جاتے ہیں۔ جب ان جینوں کا اظہار کم یا غیر حاضر ہوتا ہے تو ڈی این اے کے نقصانات جمع ہو سکتے ہیں۔ ان نقصانات سے پہلے کی نقل کی غلطیاں (دیکھیں ٹرانسلیشن کی ترکیب) بڑھتی ہوئی تغیرات اور بالآخر کینسر کا باعث بن سکتی ہیں۔ درست ڈی این اے مرمت کے راستوں میں ڈی این اے مرمت جینوں کا ایپیجینیٹک جبر کارسنوجینیسیس کے لیے مرکزی معلوم ہوتا ہے۔ دو گرے ہائی لائٹڈ جینز RAD51 اور BRCA2، ہومولوگس ریکومبنیشنل مرمت کے لیے ضروری ہیں۔ وہ بعض اوقات ایپیجینٹک طور پر زیادہ اظہار ہوتے ہیں اور بعض اوقات بعض کینسروں میں کم اظہار ہوتے ہیں۔ جیسا کہ آر اے ڈی 51 اور بی آر سی اے 2 پر ویکیپیڈیا کے مضامین میں اشارہ کیا گیا ہے، اس طرح کے کینسر میں عام طور پر دیگر ڈی این اے مرمت جینوں میں ایپیجینیٹک کمی ہوتی ہے۔ مرمت کی یہ خامیاں ممکنہ طور پر غیر مرمت شدہ ڈی این اے کے نقصانات میں اضافے کا سبب بنیں گی۔ ان کینسروں میں دیکھا جانے والا آر اے ڈی 51 اور بی آر سی اے 2 کا حد سے زیادہ اظہار معاوضہ آر اے ڈی 51 یا بی آر سی اے 2 کے حد سے زیادہ اظہار کے لیے منتخب دباؤ کی عکاسی کر سکتا ہے اور کم از کم جزوی طور پر اس طرح کے اضافی ڈی این اے نقصانات سے نمٹنے کے لیے ہومولوگس ریکومبنیشنل مرمت میں اضافہ کر سکتا ہے۔ ان صورتوں میں جہاں RAD51 یا BRCA2 کم اظہار کیا جاتا ہے، یہ خود ہی غیر مرمت شدہ ڈی این اے کے نقصانات میں اضافے کا باعث بنے گا۔ ان نقصانات سے پہلے کی نقل کی غلطیاں (ٹرانسلیشن کی ترکیب دیکھیں) تغیرات اور کینسر میں اضافے کا سبب بن سکتی ہیں، تاکہ RAD51 یا BRCA2 کا کم اظہار اپنے آپ میں کارسنجینک ہو۔ سیان-نمایاں جین مائیکرو ہومولوجی-میڈیٹڈ اینڈ جوائننگ (ایم ایم ای جے) راستے میں ہوتے ہیں اور کینسر میں اپ ریگولیٹ ہوتے ہیں۔ ایم ایم ای جے ڈبل اسٹرینڈ بریکس کے لیے ایک اضافی غلطی کا شکار غلط مرمت کا راستہ ہے۔ ڈبل اسٹرینڈ بریک کی ایم ایم ای جے مرمت میں، دونوں جوڑے والے اسٹرینڈز کے درمیان 5-25 تکمیلی بیس جوڑوں کی ہومیولوجی اسٹرینڈز کو سیدھا کرنے کے لیے کافی ہے، لیکن بے ترتیب سرے (فلیپس) عام طور پر موجود ہوتے ہیں۔ ایم ایم ای جے اضافی نیوکلیوٹائڈز (فلیپس) کو ہٹاتا ہے جہاں اسٹرینڈز جڑے ہوتے ہیں، اور پھر ایک برقرار ڈی این اے ڈبل ہیلکس بنانے کے لیے اسٹرینڈز کو جوڑتا ہے۔ ایم ایم ای جے میں تقریبا ہمیشہ کم از کم ایک چھوٹا سا حذف کرنا شامل ہوتا ہے، تاکہ یہ ایک میوٹیجینک راستہ ہو۔ ایف ای این 1، ایم ایم ای جے میں فلیپ اینڈو نیوکلیز، پروموٹر ہائپومیتھیلیشن کے ذریعے مقامی طور پر بڑھایا جاتا ہے اور چھاتی، پروسٹیٹ، پیٹ، نیورو بلاسٹوما، پینکریاز اور پھیپھڑوں کے کینسر کی اکثریت میں زیادہ ظاہر ہوتا ہے۔ پی اے آر پی 1 اس وقت بھی زیادہ ظاہر ہوتا ہے جب اس کے پروموٹر ریجن ای ٹی ایس سائٹ کو ایپیجینٹک طور پر ہائپومیتھیلیٹ کیا جاتا ہے، اور یہ اینڈومیٹریئل کینسر، بی آر سی اے میں تبدیل شدہ بیضہ دانی کے کینسر، اور بی آر سی اے میں تبدیل شدہ سیرس بیضہ دانی کے کینسر کی ترقی میں معاون ہوتا ہے۔ ایم ایم ای جے راستے میں دیگر جین بھی متعدد کینسروں میں حد سے زیادہ ظاہر ہوتے ہیں (خلاصہ کے لیے ایم ایم ای جے دیکھیں)، اور نیلے رنگ میں بھی دکھائے جاتے ہیں۔ ڈی این اے کی مرمت کے جینوں میں ایپی میوٹیشن کی تعدد ڈی این اے کی مرمت کے پروٹینوں میں کمی جو ڈی این اے کی مرمت کے درست راستوں میں کام کرتی ہیں، اتپریورتن کے خطرے کو بڑھا دیتی ہیں۔ ڈی این اے میں عدم مطابقت کی مرمت یا ہومولوگس ریکومبنیشنل مرمت (ایچ آر آر) میں تغیرات والے خلیوں میں تغیر کی شرحوں میں مضبوطی سے اضافہ ہوتا ہے۔ 34 ڈی این اے مرمت جینوں میں سے کسی میں بھی موروثی تغیرات والے افراد میں کینسر کا خطرہ بڑھ جاتا ہے (ڈی این اے مرمت کے نقائص اور کینسر کا خطرہ بڑھتا ہوا دیکھیں)۔ چھٹپٹ کینسر میں، ڈی این اے کی مرمت میں کمی کبھی کبھار ڈی این اے کی مرمت کے جین میں تغیر کی وجہ سے پائی جاتی ہے، لیکن ڈی این اے کی مرمت کے جینوں کا بہت زیادہ کثرت سے کم یا غیر حاضر اظہار ایپیجینیٹک تبدیلیوں کی وجہ سے ہوتا ہے جو جین کے اظہار کو کم یا خاموش کرتے ہیں۔ مثال کے طور پر، 113 کولوریکٹل کینسروں کی ترتیب سے جانچ پڑتال کی گئی، صرف چار میں ڈی این اے مرمت جین ایم جی ایم ٹی میں مس سینس میوٹیشن تھا، جبکہ اکثریت نے ایم جی ایم ٹی پروموٹر ریجن (ایک ایپیجینیٹک تبدیلی) کی میتھیلیشن کی وجہ سے ایم جی ایم ٹی کے اظہار کو کم کر دیا تھا۔ اسی طرح، بے ترتیب مرمت کی کمی والے کولوریکٹل کینسر کے 119 کیسوں میں جن میں ڈی این اے مرمت جین پی ایم ایس 2 اظہار کی کمی تھی، پی ایم ایس 2 جین میں تغیرات کی وجہ سے 6 میں پی ایم ایس 2 پروٹین کی کمی تھی، جبکہ 103 معاملات میں پی ایم ایس 2 اظہار کی کمی تھی کیونکہ اس کے جوڑی پارٹنر ایم ایل ایچ 1 کو پروموٹر میتھیلیشن کی وجہ سے دبایا گیا تھا (ایم ایل ایچ 1 کی عدم موجودگی میں پی ایم ایس 2 پروٹین غیر مستحکم ہے)۔ دیگر 10 معاملات میں، پی ایم ایس 2 اظہار کا نقصان ممکنہ طور پر مائیکرو آر این اے، ایم آئی آر-155 کے ایپیجینیٹک اوور ایکسپریشن کی وجہ سے تھا، جو ایم ایل ایچ 1 کو کم کرتا ہے۔ کینسر میں ڈی این اے کی مرمت کے جینوں میں ایپیجینیٹک نقائص اکثر ہوتے ہیں۔ جدول میں، دلچسپی کے ڈی این اے مرمت جین کے کم یا غیر حاضر اظہار کے لیے متعدد کینسروں کا جائزہ لیا گیا، اور دکھایا گیا تعدد وہ تعدد ہے جس کے ساتھ کینسروں میں جین کے اظہار کی ایپیجینیٹک کمی تھی۔ اس طرح کی ایپیجینیٹک خامیاں ممکنہ طور پر کارسنوجینیسیس میں ابتدائی طور پر پیدا ہوتی ہیں، کیونکہ وہ اکثر کینسر کے آس پاس کے فیلڈ عیب میں بھی پائے جاتے ہیں (حالانکہ کچھ کم تعدد پر) جس سے کینسر کا امکان پیدا ہوتا ہے (ٹیبل دیکھیں)۔ ایسا معلوم ہوتا ہے کہ کینسر اکثر ایک یا زیادہ ڈی این اے مرمت کے انزائموں کے اظہار میں ایپیجینیٹک کمی سے شروع ہو سکتے ہیں۔ ڈی این اے کی مرمت میں کمی ممکنہ طور پر ڈی این اے کے نقصانات کو جمع کرنے کی اجازت دیتی ہے۔ ان میں سے کچھ ڈی این اے نقصانات سے پہلے ہونے والی غلطی کے شکار ٹرانسلیشن کی ترکیب انتخابی فائدے کے ساتھ تغیر کو جنم دے سکتی ہے۔ انتخابی فائدے کے ساتھ کلونل پیچ بڑھ سکتا ہے اور پڑوسی خلیوں سے مقابلہ کر سکتا ہے، جس سے فیلڈ کی خرابی پیدا ہوتی ہے۔ اگرچہ کسی خلیے کے لیے ڈی این اے کی مرمت کو کم کرنے کا کوئی واضح انتخابی فائدہ نہیں ہے، ڈی این اے کی مرمت کے جین کا ایپی میوٹیشن ایک مسافر کے طور پر اس وقت کیا جا سکتا ہے جب منتخب طور پر فائدہ مند میوٹیشن والے خلیات کو نقل کیا جائے۔ ڈی این اے مرمت جین کے ایپی میوٹیشن اور انتخابی فائدے کے ساتھ اتپریورتن دونوں کو لے جانے والے خلیوں میں، مزید ڈی این اے نقصانات جمع ہوں گے، اور یہ، بدلے میں، مزید منتخب فوائد کے ساتھ مزید تغیرات کو جنم دے سکتے ہیں۔ ڈی این اے کی مرمت میں ایپیجینیٹک نقائص اس طرح کینسر کے جینوموں میں تغیرات کی خصوصیت کی اعلی تعدد میں حصہ ڈال سکتے ہیں، اور ان کی کارسنجینک ترقی کا سبب بن سکتے ہیں۔ کینسر میں جینوم عدم استحکام کی اعلی سطح ہوتی ہے، جو تغیرات کی اعلی تعدد سے وابستہ ہوتی ہے۔ جینومک تغیرات کی اعلی تعدد سے مخصوص تغیرات کے ہونے کے امکانات بڑھ جاتے ہیں جو آنکوجینز کو چالو کرتے ہیں اور ٹیومر دبانے والے جینز کو غیر فعال کرتے ہیں، جس سے کارسنوجینیسیس ہوتا ہے۔ پورے جینوم کی ترتیب کی بنیاد پر، کینسر کے پورے جینوم میں ہزاروں سے لے کر لاکھوں تغیرات پائے جاتے ہیں۔ (کینسر میں اتپریورتن تعدد بھی دیکھیں۔) اس کے مقابلے میں، انسانوں (والدین سے بچے) کے لیے نسلوں کے درمیان پورے جینوم میں تغیر کی تعدد فی نسل تقریبا 70 نئی تغیرات ہے۔ جینوم کے پروٹین کوڈنگ علاقوں میں، والدین/بچوں کی نسلوں کے درمیان صرف 0.35 تغیرات ہوتے ہیں (فی نسل ایک سے کم تغیر شدہ پروٹین)۔ ایک جیسے جڑواں 100 سالہ صد سالہ افراد کے جوڑے کے لیے خون کے خلیوں میں مکمل جینوم کی ترتیب میں صرف 8 جسمانی اختلافات پائے گئے، حالانکہ خون کے خلیوں کے 20 فیصد سے بھی کم میں پائے جانے والے جسمانی تغیرات کا پتہ نہیں چل پائے گا۔ اگرچہ ڈی این اے کے نقصانات غلطی کے شکار ٹرانسلیشن کی ترکیب کے ذریعے تغیرات کو جنم دے سکتے ہیں، لیکن ڈی این اے کے نقصانات ناقص ڈی این اے کی مرمت کے عمل کے دوران ایپیجینیٹک تبدیلیوں کو بھی جنم دے سکتے ہیں۔ ڈی این اے کے نقصانات جو ایپیجینیٹک ڈی این اے کی مرمت کے نقائص کی وجہ سے جمع ہوتے ہیں، کینسر میں بہت سے جینوں میں پائی جانے والی ایپیجینیٹک تبدیلیوں کا ایک ذریعہ ہو سکتے ہیں۔ ایک ابتدائی مطالعہ میں، ٹرانسکرپشنل پروموٹروں کے ایک محدود سیٹ کو دیکھتے ہوئے، فرنانڈیز اور دیگر۔ 855 پرائمری ٹیومرز کے ڈی این اے میتھیلیشن پروفائلز کا معائنہ کیا۔ ہر ٹیومر کی قسم کا اس کے متعلقہ عام ٹشو سے موازنہ کرتے ہوئے، 729 سی پی جی جزیرے کی سائٹس (1322 سی پی جی سائٹس میں سے 55 ٪ کا جائزہ لیا گیا) نے تفریق ڈی این اے میتھیلیشن ظاہر کیا۔ ان مقامات میں سے 496 ہائپر میتھیلیٹڈ (دبے ہوئے) اور 233 ہائپومیتھیلیٹڈ (فعال) تھے۔ اس طرح، ٹیومر میں ایپیجینیٹک پروموٹر میتھیلیشن تبدیلیوں کی ایک اعلی سطح ہوتی ہے۔ ان میں سے کچھ ایپیجینیٹک تبدیلیاں کینسر کی نشوونما میں معاون ثابت ہو سکتی ہیں۔ ایپیجینیٹک کارسنوجینز مختلف قسم کے مرکبات کو ایپیجینیٹک کارسنوجینز سمجھا جاتا ہے-ان کے نتیجے میں ٹیومر کے واقعات میں اضافہ ہوتا ہے، لیکن وہ میوٹیجن سرگرمی نہیں دکھاتے ہیں (زہریلے مرکبات یا پیتھوجینز جو ٹیومر کے واقعے کی وجہ سے دوبارہ تخلیق نو میں اضافہ کرتے ہیں انہیں بھی خارج کیا جانا چاہئے)۔ مثالوں میں ڈائیتھائل اسٹیلبیسٹرول، آرسینائٹ، ہیکساکلوروبینزین، اور نکل مرکبات شامل ہیں۔ بہت سے ٹیراٹوجینز ایپیجینیٹک میکانزم کے ذریعے جنین پر مخصوص اثرات مرتب کرتے ہیں۔ اگرچہ ایپیجینیٹک اثرات متاثرہ بچے کی پوری زندگی میں ڈائیتھائل اسٹیلبیسٹرول جیسے ٹیراٹوجن کے اثر کو برقرار رکھ سکتے ہیں، لیکن باپوں کی نمائش یا اولاد کی دوسری اور آنے والی نسلوں کے نتیجے میں پیدائشی نقائص کے امکان کو عام طور پر نظریاتی بنیادوں اور شواہد کی کمی کی وجہ سے مسترد کر دیا گیا ہے۔ تاہم، مردانہ ثالثی کی غیر معمولی چیزوں کی ایک رینج کا مظاہرہ کیا گیا ہے، اور مزید موجود ہونے کا امکان ہے۔ وڈازا کے لیے ایف ڈی اے لیبل کی معلومات، 5-ایزاسیٹائڈائن کی تشکیل (سائٹیڈائن کا ایک غیر متزلزل ینالاگ جو ڈی این اے میں شامل ہونے پر ہائپومیتھیلیشن کا سبب بنتا ہے) میں کہا گیا ہے کہ منشیات کا استعمال کرتے وقت "مردوں کو مشورہ دیا جانا چاہیے کہ وہ بچے کا باپ نہ بنیں"، علاج شدہ نر چوہوں میں کم زرخیزی، جنین کے نقصان میں اضافہ، اور جنین کی غیر معمولی نشوونما کے شواہد کا حوالہ دیتے ہوئے۔ چوہوں میں، مورفین کے سامنے آنے والے مردوں کی اولاد میں اینڈوکرائن کے فرق دیکھے گئے۔ چوہوں میں، ڈائیتھائلسٹیلبیسٹرول کے دوسری نسل کے اثرات کو ایپیجینیٹک میکانزم کے ذریعے بیان کیا گیا ہے۔ کینسر کی ذیلی اقسام جلد کا کینسر میلانوما جلد کا ایک مہلک کینسر ہے جو میلانوسائٹس سے پیدا ہوتا ہے۔ کئی ایپیجینیٹک تبدیلیاں میلانوائٹس کی میلانوما خلیوں میں منتقلی میں کردار ادا کرنے کے لیے جانی جاتی ہیں۔ اس میں ڈی این اے میتھیلیشن شامل ہے جو ڈی این اے کی ترتیب میں تبدیلیاں کیے بغیر وراثت میں مل سکتا ہے، ساتھ ہی ساتھ ایپیڈرمس میں ٹیومر سپریسر جینز کو خاموش کر دیتا ہے جو وقتا فوقتا یو وی تابکاری کے سامنے رہے ہیں۔ ٹیومر دبانے والے جینوں کو خاموش کرنا فوٹوکارسنوجینیسیس کا باعث بنتا ہے جو ڈی این اے میتھیلیشن، ڈی این اے میتھائل ٹرانسفرسز، اور ہسٹون ایسیٹیلیشن میں ایپیجینیٹک تبدیلیوں سے وابستہ ہے۔ یہ تبدیلیاں ان کے متعلقہ انزائموں کے ڈی ریگولیشن کا نتیجہ ہیں۔ ان انزائموں میں کئی ہسٹون میتھائل ٹرانسفرسز اور ڈیمیتھیلیز شامل ہیں۔ پروسٹیٹ کینسر پروسٹیٹ کینسر سالانہ تقریبا 35,000 مردوں کو ہلاک کرتا ہے، اور صرف شمالی امریکہ میں ہر سال تقریبا 220,000 مردوں میں پروسٹیٹ کینسر کی تشخیص ہوتی ہے۔ پروسٹیٹ کینسر مردوں میں کینسر کی وجہ سے ہونے والی اموات کی دوسری سب سے بڑی وجہ ہے، اور مرد کی زندگی کے اندر، چھ میں سے ایک مرد کو یہ بیماری ہوگی۔ ہسٹون ایسیٹیلیشن اور ڈی این اے میتھیلیشن میں تبدیلیاں پروسٹیٹ کینسر کو متاثر کرنے والے مختلف جینوں میں ہوتی ہیں، اور ہارمونل ردعمل میں شامل جینوں میں دیکھی گئی ہیں۔ 90 فیصد سے زیادہ پروسٹیٹ کینسر جی ایس ٹی پی 1 جین پروموٹر کے سی پی جی آئی لینڈ ہائپر میتھیلیشن کے ذریعے جین کی خاموشی کو ظاہر کرتے ہیں، جو پروسٹیٹ کے خلیوں کو جینومک نقصان سے بچاتا ہے جو مختلف آکسیڈینٹس یا کارسنوجینز کی وجہ سے ہوتا ہے۔ ریئل ٹائم میتھیلیشن مخصوص پولی میریز چین ری ایکشن (پی سی آر) سے پتہ چلتا ہے کہ بہت سے دوسرے جین بھی ہائپر میتھیلیٹڈ ہیں۔ پروسٹیٹ میں جین کے اظہار کو غذائیت اور طرز زندگی میں تبدیلیوں کے ذریعے تبدیل کیا جا سکتا ہے۔ سروائیکل کینسر خواتین میں دوسرا سب سے عام مہلک ٹیومر انویسیو سروائیکل کینسر (آئی سی سی) ہے اور تمام انویسیو سروائیکل کینسر (آئی سی سی) میں سے 50 فیصد سے زیادہ اونکونجینک ہیومن پیپیلوما وائرس 16 (ایچ پی وی 16) کی وجہ سے ہوتا ہے۔ مزید برآں، سروکس انٹراپیٹیلیل نیوپلاسیا (سی آئی این) بنیادی طور پر آنکوجینک ایچ پی وی 16 کی وجہ سے ہوتا ہے۔ جیسا کہ بہت سے معاملات میں، کینسر کا سبب بننے والا عنصر ہمیشہ انفیکشن سے کینسر کی نشوونما تک براہ راست راستہ نہیں اختیار کرتا ہے۔ جینومک میتھیلیشن کے نمونوں کو ناگوار سروائیکل کینسر سے منسلک کیا گیا ہے۔ ایچ پی وی 16 ایل 1 خطے کے اندر، 14 تجربہ شدہ سی پی جی سائٹس میں سی آئی این 3 کے بغیر خواتین کے ایچ پی وی 16 جینومز کے مقابلے میں سی آئی این 3 + میں نمایاں طور پر زیادہ میتھیلیشن ہے۔ ایچ پی وی 16 اپ اسٹریم ریگولیٹری ریجن میں جانچ کی گئی صرف 2/16 سی پی جی سائٹس کا تعلق سی آئی این 3 + میں بڑھتی ہوئی میتھیلیشن سے پایا گیا۔ اس سے پتہ چلتا ہے کہ انفیکشن سے کینسر تک کا براہ راست راستہ بعض اوقات سروکس انٹراپیٹیلیل نیوپلاسیا میں قبل از وقت حالت کی طرف موڑ دیا جاتا ہے۔ مزید برآں، مطالعہ کیے گئے پانچ میزبان جوہری جینوں میں سے زیادہ تر میں کم سطح پر سی پی جی سائٹ میتھیلیشن میں اضافہ پایا گیا، جن میں 5/5 ٹی ای آر ٹی، 1/4 ڈی اے پی کے 1، 2/5 آر اے آر بی، ایم اے ایل، اور سی اے ڈی ایم 1 شامل ہیں۔ مزید برآں، مائٹوکونڈریل ڈی این اے میں سی پی جی سائٹس کا ایک تہائی حصہ سی آئی این 3 + میں بڑھتی ہوئی میتھیلیشن سے وابستہ تھا۔ اس طرح، ایچ پی وی 16 ایل 1 اوپن ریڈنگ فریم میں سی آئی این 3 + اور سی پی جی سائٹس کی بڑھتی ہوئی میتھیلیشن کے درمیان ایک ارتباط موجود ہے۔ یہ کینسر اور پری کینسر سروائیکل بیماری کی مستقبل کی اسکرینوں کے لیے ایک ممکنہ بائیو مارکر ہو سکتا ہے۔ لیوکیمیا حالیہ مطالعات سے پتہ چلتا ہے کہ مخلوط نسب لیوکیمیا (ایم ایل ایل) جین مختلف کروموسوم میں دوسرے جینوں کے ساتھ دوبارہ ترتیب اور فیوز کرکے لیوکیمیا کا سبب بنتا ہے، جو کہ ایپیجینیٹک کنٹرول کے تحت ایک عمل ہے۔ ایم ایل ایل میں تغیرات لیوکیمیا سے وابستہ ٹرانسلوکیشنز یا اندراج میں درست ریگولیٹری علاقوں کو روکتے ہیں جس کی وجہ سے ایچ او ایکس جینز کے ذریعے مہلک تبدیلی کو کنٹرول کیا جاتا ہے۔ یہ وہی ہے جو سفید خون کے خلیوں میں اضافے کا باعث بنتا ہے۔ لیوکیمیا سے متعلق جینوں کا انتظام انہی راستوں سے کیا جاتا ہے جو ایپیجینٹکس، سگنلنگ ٹرانسڈکشن، ٹرانسکرپشنل ریگولیشن، اور انرجی میٹابولزم کو کنٹرول کرتے ہیں۔ یہ اشارہ کیا گیا تھا کہ انفیکشن، برقی مقناطیسی میدان اور پیدائشی وزن میں اضافہ لیوکیمیا کی وجوہات بننے میں معاون ثابت ہوسکتے ہیں۔ سارکوما امریکہ میں ہر سال سارکوما کے تقریبا 15,000 نئے کیس سامنے آتے ہیں، اور 2014 میں امریکہ میں تقریبا 6,200 افراد کے سارکوما سے مرنے کا امکان تھا۔ سارکوما نایاب، ہسٹوجینٹک طور پر متنوع میسینکائمل ٹیومر کی ایک بڑی تعداد پر مشتمل ہوتا ہے جس میں، مثال کے طور پر، کونڈروسرکوما، ایوینگز سارکوما، لیومیوموسرکوما، لیپوسرکوما، آسٹیوسرکوما، سینووئل سارکوما، اور (الیوولر اور ایمبریونل) رابڈومیوسرکوما شامل ہیں۔ کئی آنکوجینز اور ٹیومر دبانے والے جین سارکوما میں ایپیجینٹک طور پر تبدیل ہوتے ہیں۔ ان میں اے پی سی، سی ڈی کے این 1 اے، سی ڈی کے این 2 اے، سی ڈی کے این 2 بی، ایزرین، ایف جی ایف آر 1، جی اے ڈی ڈی 45 اے، ایم جی ایم ٹی، ایس ٹی کے 3، ایس ٹی کے 4، پی ٹی ای این، آر اے ایس ایس ایف 1 اے، ڈبلیو آئی ایف 1 کے ساتھ ساتھ کئی ایم آئی آر این اے شامل ہیں۔ ایپیجینیٹک ترمیم کاروں کا اظہار جیسے کہ پی آر سی 1 کمپلیکس کے بی ایم آئی 1 جزو کو کونڈروسرکوما، ایونگ کے سارکوما، اور آسٹیوسرکوما میں غیر منظم کیا جاتا ہے، اور پی آر سی 2 کمپلیکس کے ای زیڈ ایچ 2 جزو کے اظہار کو ایونگ کے سارکوما اور رابڈومیوسرکوما میں تبدیل کیا جاتا ہے۔ اسی طرح، ایک اور ایپیجینیٹک ترمیم کنندہ، ایل ایس ڈی 1 ہسٹون ڈیمیتھیلیز کا اظہار، کونڈروسرکوما، ایونگز سارکوما، آسٹیوسرکوما، اور رابڈومیوسرکوما میں بڑھ جاتا ہے۔ ایونگ کے سارکوما میں ای زیڈ ایچ 2، یا کئی سارکوما میں ایل ایس ڈی 1 کی منشیات کو نشانہ بنانا اور روکنا، ان سارکوما میں ٹیومر سیل کی نشوونما کو روکتا ہے۔ پھیپھڑوں کا کینسر پھیپھڑوں کا کینسر کینسر کی دوسری سب سے عام قسم ہے اور ریاستہائے متحدہ میں مردوں اور عورتوں میں موت کی سب سے بڑی وجہ ہے، یہ اندازہ لگایا گیا ہے کہ پھیپھڑوں کے کینسر کی وجہ سے تقریبا 216,000 نئے کیس اور 160,000 اموات ہیں۔ پھیپھڑوں کے کارسنوما کا آغاز اور ترقی جینیاتی، ایپیجینیٹک اور ماحولیاتی عوامل کے درمیان تعامل کا نتیجہ ہے۔ پھیپھڑوں کے کینسر کے زیادہ تر معاملات ای جی ایف آر، کے آر اے ایس، ایس ٹی کے 11 (جسے ایل کے بی 1 بھی کہا جاتا ہے)، ٹی پی 53 (جسے پی 53 بھی کہا جاتا ہے)، اور سی ڈی کے این 2 اے (جسے پی 16 یا آئی این کے 4 اے بھی کہا جاتا ہے) میں جینیاتی تغیرات کی وجہ سے ہوتے ہیں جس میں پھیپھڑوں کے کینسر کی سب سے عام قسم پی 16 پر غیر فعال ہوتی ہے۔ پی 16 ایک ٹیومر دبانے والا پروٹین ہے جو زیادہ تر انسانوں میں پایا جاتا ہے۔ تغیرات کی فعال اہمیت کا تجربہ چوہوں، بلیوں، کتوں، بندروں اور گایوں سمیت بہت سی دوسری انواع پر کیا گیا۔ ان متعدد غیر اوور لیپنگ کلون کی شناخت مکمل طور پر حیران کن نہیں تھی کیونکہ اسی تحقیقات کے ساتھ چڑیا گھر کے دھبے کی کم سختی ہائبرڈائزیشن سے بھی تمام پرجاتیوں میں مثبت ایکوری ٹکڑوں کا انکشاف ہوا۔ شناخت کے طریقے پہلے، ایپیجینیٹک پروفائلز ایک مخصوص تحقیقی ٹیم کی جانچ پڑتال کے تحت انفرادی جینوں تک محدود تھے۔ تاہم، حال ہی میں، سائنس دان کینسر بمقابلہ صحت مند خلیوں کے لیے ایک مکمل جینومک پروفائل کا تعین کرنے کے لیے زیادہ جینومک نقطہ نظر کی طرف بڑھ رہے ہیں۔ خلیوں میں سی پی جی میتھیلیشن کی پیمائش کے لیے مقبول طریقوں میں شامل ہیں: بیسلفائٹ سیکوینسنگ کمبائنڈ بیسلفائٹ پابندی تجزیہ (کوبرا) میتھیلیشن مخصوص پی سی آر میتھی لائٹ پائروسیکوینسنگ پابندی تاریخی جینومک اسکیننگ آربریٹری پرائمیڈ پی سی آر ایچ ای ایل پی اسیسے (ایچ پی اے آئی آئی چھوٹے ٹکڑے کی افزودگی لائیگیشن ثالثی پی سی آر کے ذریعے) کرومیٹن امیونوپریسیپیٹیشن چیپ-چپ میتھائل-سی پی جی بائنڈنگ ڈومین پروٹینوں کے لیے مخصوص اینٹی باڈیز کا استعمال کرتے ہوئے میتھائلٹڈ ڈی این اے امیونوپریسیپیٹیشن میتھائل-ڈی آئی پی جین ایکسپریشن پروفائلز بذریعہ ڈی این اے مائیکروارے: ڈی میتھیلیٹنگ ایجنٹ کے ساتھ علاج سے پہلے اور بعد میں کینسر سیل لائن کینسر بمقابلہ صحت مند خلیوں میں ہسٹون ترمیم پروفائلز کا تعین کرنے کے مقبول طریقوں میں شامل ہیں: ماس سپیکٹرومیٹری کرومیٹن امیونوپریسیپیٹیشن اسیس تشخیص اور تشخیص محققین کینسر کی مختلف اقسام اور ذیلی اقسام کے مخصوص ایپیجینیٹک پروفائلز کی شناخت کرنے کی امید کر رہے ہیں جس کا مقصد ان پروفائلز کو افراد کی زیادہ خاص اور درست تشخیص کے لیے آلات کے طور پر استعمال کرنا ہے۔ چونکہ ایپیجینیٹک پروفائلز بدلتے ہیں، سائنس دان مریضوں میں کسی خاص کینسر کی نشوونما کے مرحلے یا جارحیت کی سطح کا تعین کرنے کے لیے مختلف ایپیجینیمک پروفائلز کا استعمال کرنا چاہیں گے۔ مثال کے طور پر، موت سے وابستہ پروٹین کنیز (ڈی اے پی کے)، پی 16، اور ایپیٹیلیل میمبرین پروٹین 3 (ای ایم پی 3) کے لیے جین کوڈنگ کی ہائپر میتھیلیشن کو پھیپھڑوں، کولوریکٹل اور دماغی کینسر کی زیادہ جارحانہ شکلوں سے جوڑا گیا ہے۔ اس قسم کا علم اس طریقے کو متاثر کر سکتا ہے جس سے ڈاکٹر تشخیص کریں گے اور اپنے مریضوں کا علاج کرنے کا انتخاب کریں گے۔ ایک اور عنصر جو مریضوں کے علاج پر اثر انداز ہوگا وہ یہ جاننا ہے کہ وہ بعض علاج کا کتنا اچھا جواب دیں گے۔ کینسر کے خلیوں کے ذاتی ایپیجینومک پروفائلز اس شعبے میں بصیرت فراہم کر سکتے ہیں۔ مثال کے طور پر، ایم جی ایم ٹی ایک انزائم ہے جو نیوکلیوٹائڈ گوانائن میں الکائل گروپوں کے اضافے کو الٹ دیتا ہے۔ تاہم، الکیلیٹنگ گوانائن وہ طریقہ کار ہے جس کے ذریعے کئی کیموتھراپیٹک دوائیں ڈی این اے میں خلل ڈالنے اور خلیوں کی موت کا سبب بننے کے لیے کام کرتی ہیں۔ لہذا، اگر کینسر کے خلیوں میں جین کوڈنگ ایم جی ایم ٹی ہائپر میتھیلیٹڈ ہے اور اثر میں خاموش یا دبا ہوا ہے، تو کیموتھراپیٹک دوائیں جو میتھیلیٹنگ گوانائن کے ذریعے کام کرتی ہیں وہ کینسر کے خلیوں کے مقابلے میں زیادہ موثر ہوں گی جن میں فعال ایم جی ایم ٹی انزائم ہوتا ہے۔ ایپیجینیٹک بائیو مارکروں کو سالماتی تشخیص کے اوزار کے طور پر بھی استعمال کیا جا سکتا ہے۔ پرائمری ٹیومر اور میڈیاسٹینل لمف نوڈ بائیوپسی کے نمونوں میں، سی ڈی کے این 2 اے اور سی ڈی ایچ 13 دونوں کا ہائپر میتھیلیشن کینسر کے تیزی سے دوبارہ ہونے اور مریضوں کی موت کی شرح میں اضافے کے خطرے کے لیے مارکر کے طور پر کام کرتا ہے۔ پروٹو-اونکو علاقوں کا علاج ایپیجینیٹک کنٹرول اور ہسٹونز میں تشخیصی تبدیلیوں کے ذریعے ٹیومر دبانے والے سلسلے کینسر کی تشکیل اور نشوونما میں کردار ادا کرتے ہیں۔ ایپیجینیٹک تبدیلیوں کو ریورس کرنے والی دواؤں کا مختلف قسم کے کینسر میں کردار ہو سکتا ہے۔ حال ہی میں، یہ واضح طور پر معلوم ہوا ہے کہ مخصوص کینسر ہسٹوٹائپز اور ایپیجینیٹک تبدیلیوں کے درمیان وابستگی نوول ایپی-ڈرگس کی نشوونما میں سہولت فراہم کر سکتی ہے۔ منشیات کی ترقی نے بنیادی طور پر ڈی این اے میتھائل ٹرانسفرس، ہسٹون ایسیٹیل ٹرانسفرس (ایچ اے ٹی) اور ہسٹون ڈیسیٹیلس (ایچ ڈی اے سی) میں ترمیم پر توجہ مرکوز کی ہے۔ وہ دوائیں جو خاص طور پر کینسر کے خلیوں کے الٹے میتھیلیشن پیٹرن کو نشانہ بناتی ہیں ان میں ڈی این اے میتھائل ٹرانسفرس انفیکٹرز ایزاسیٹائڈائن اور ڈیسیٹابائن شامل ہیں۔ یہ ہائپومیتھیلیٹنگ ایجنٹ مائیلوڈاسپلاسٹک سنڈروم کے علاج کے لیے استعمال ہوتے ہیں، جو کہ غیر معمولی بون میرو سٹیم سیلز سے پیدا ہونے والا بلڈ کینسر ہے۔ یہ ایجنٹ تینوں قسم کے فعال ڈی این اے میتھائل ٹرانسفرسز کو روکتے ہیں، اور ان کے بارے میں خیال کیا جاتا تھا کہ وہ انتہائی زہریلے ہیں، لیکن کم خوراک میں استعمال ہونے پر موثر ثابت ہوتے ہیں، جس سے مائیلوڈیسپلاسٹک سنڈروم کی لیوکیمیا میں ترقی کو کم کیا جاتا ہے۔ ہسٹون ڈیسیٹیلیز (ایچ ڈی اے سی) انفیکٹرز ٹی سیل لیمفوما کے علاج میں افادیت ظاہر کرتے ہیں۔ فوڈ اینڈ ڈرگ ایڈمنسٹریشن نے دو ایچ ڈی اے سی انفیکٹرز، وورینوسٹیٹ اور رومیڈیپسن کی منظوری دی ہے۔ تاہم، چونکہ یہ ایچ ڈی اے سی انفیکٹر دلچسپی کے ہسٹون کے علاوہ بہت سے پروٹینوں کی ایسیٹیلیشن حالت کو تبدیل کرتے ہیں، اس طرح کے انفیکٹرز کو علاج کے طور پر استعمال کرنے کی کارکردگی کو بڑھانے کے لیے مریض کے ردعمل کی سالماتی سطح پر بنیادی طریقہ کار کا علم ضروری ہے۔ ایچ ڈی اے سی انفیکٹرز کے ساتھ علاج ڈی این اے میتھائل-ٹرانسفرز انفیکٹرز کے ذریعے ٹرانسکرپشن کو دبانے کے بعد جین کے دوبارہ فعال ہونے کو فروغ دینے کے لیے پایا گیا ہے۔ پینوبینوسٹاٹ کو مائیلوما میں بعض حالات کے لیے منظور کیا جاتا ہے۔ تحقیق میں دیگر دواسازی کے اہداف ہسٹون لائسین میتھائل ٹرانسفرسیس (کے ایم ٹی) اور پروٹین ارجنائن میتھائل ٹرانسفرسیس (پی آر ایم ٹی) ہیں۔ پری کلینیکل مطالعہ نے تجویز کیا ہے کہ لوناسن کے ممکنہ طور پر فائدہ مند ایپیجینیٹک اثرات ہو سکتے ہیں۔ کینسر کی ایپیجینیٹک تھراپی کینسر کے خلیوں کا ایک امید افزا اور ممکنہ علاج ثابت ہوئی ہے۔ ایپیجینیٹک غیر فعالیت کینسر کے خلیوں کے لیے ایک مثالی ہدف ہے کیونکہ یہ خلیوں کی نشوونما، خاص طور پر کینسر کے خلیوں کی نشوونما کو کنٹرول کرنے کے لیے ضروری جینوں کو نشانہ بناتا ہے۔ ٹیومر کی نشوونما کو دبانے اور خلیوں کو کینسر کے علاج کے لیے حساس بنانے کے لیے ان جینوں کو دوبارہ فعال کرنا بہت ضروری ہے۔ عام کیموتھراپی کا مقصد جسم میں کینسر کے خلیوں کو مارنا اور ختم کرنا ہے۔ خلیوں کی جینیاتی تبدیلیوں سے شروع ہونے والا کینسر عام طور پر مستقل ہوتا ہے اور اسے پلٹنا تقریبا ناممکن ہوتا ہے، یہ ایپیجینیٹک کینسر سے مختلف ہے کیونکہ ایپیجینیٹک انحراف کا سبب بننے والے کینسر میں الٹ جانے کی صلاحیت ہوتی ہے، اور خلیات معمول کے کام میں واپس آ جاتے ہیں۔ ایپیجینیٹک میکانزم کو تبدیل کرنے کی صلاحیت اس حقیقت سے منسوب ہے کہ ہسٹون اور ڈی این اے ترمیم کے ذریعے جینوں کی کوڈنگ کو خاموش نہیں کیا جا رہا ہے۔ کینسر کے خلیوں میں ایپیجینیٹک تبدیلیوں کی دو بنیادی قسمیں ہیں، ان کو ڈی این اے میتھیلیشن اور ہسٹون ترمیم کے نام سے جانا جاتا ہے۔ ایپیجینیٹک تھراپیز کا مقصد ان تبدیلیوں کو روکنا ہے۔ ڈی این اے میتھائل ٹرانسفرسز (ڈی این ایم ٹیز) اور ہسٹون ڈیسیٹیلسیس (ایچ ڈی اے سی) کینسر کے خلیوں کی ایپیجینیٹک تبدیلیوں کے بنیادی اتپریرک ہیں۔ ایپیجینیٹک تھراپیز کا مقصد اس میتھیلیشن کو دبانا اور ان تبدیلیوں کو الٹنا ہے تاکہ ایک نیا ایپیجینوم بنایا جا سکے جہاں کینسر کے خلیات اب پھل نہیں پاتے اور ٹیومر کو دبانا نیا کام ہے۔ مصنوعی ادویات کو ایپیجینیٹک تھراپیز میں آلات کے طور پر استعمال کیا جاتا ہے کیونکہ ان کی انزائموں کو روکنے کی صلاحیت کی وجہ سے ہسٹون میں ترمیم اور ڈی این اے میتھیلیشنز ہوتے ہیں۔ امتزاج تھراپی ایپیجینیٹک تھراپی کا ایک طریقہ ہے جس میں ایک سے زیادہ مصنوعی دوائیوں کا استعمال شامل ہوتا ہے، ان دوائیوں میں کم خوراک ڈی این ایم ٹی انفیکٹر کے ساتھ ساتھ ایچ ڈی اے سی انفیکٹر بھی شامل ہوتا ہے۔ یہ دوائیں مل کر ڈی این اے میتھیلیشن اور ہسٹون ترمیم کے درمیان تعلق کو نشانہ بنانے کے قابل ہیں۔ ڈی این اے میتھیلیشن کے سلسلے میں کینسر کے لیے ایپیجینیٹک تھراپی کا مقصد ڈی این اے کی میتھیلیشن کو کم کرنا اور اس کے نتیجے میں ٹیومر دبانے سے متعلق جینوں کی خاموشی کو کم کرنا ہے۔ ڈی این اے کی میتھیلیشن کو کم کرنے سے وابستہ اصطلاح کو ہائپومیتھیلیشن کہا جائے گا۔ فوڈ اینڈ ڈرگ ایڈمنسٹریشن (ایف ڈی اے) نے فی الحال ایک ہائپومیتھیلیٹنگ ایجنٹ کی منظوری دی ہے جس نے، کلینیکل ٹرائلز کے انعقاد کے ذریعے، مائیلوڈاسپلاسٹک سنڈروم (ایم ڈی ایس) کے مریضوں کے علاج کے لیے استعمال ہونے پر امید افزا نتائج دکھائے ہیں۔ یہ ہائپو میتھیلیٹنگ ایجنٹ 5-ایزاسیٹیڈائن کے ڈوزی اینالاگ کے طور پر جانا جاتا ہے اور انحطاط کے لیے تمام ڈی این اے میتھائل ٹرانسفرسز کو نشانہ بنا کر ہائپو میتھیلیشن کو فروغ دینے کا کام کرتا ہے۔ فارماکوپیجینٹکس ریگولیشن آف ٹرانسکرپشن ان کینسر ریفرنسز ایپیجینٹکس بھی دیکھیں۔