Secondary chromosome
کرومیڈز، پہلے (اور کم خاص طور پر) ثانوی کروموسوم، بیکٹیریل ریپلیکنز (ڈی این اے مالیکیولز کی نقل) کی ایک کلاس ہیں۔ ان نقلوں کو "کرومیڈز" کہا جاتا ہے کیونکہ ان میں کروموسوم اور پلازمیڈز دونوں کی خصوصیات ہوتی ہیں۔ ابتدائی طور پر، یہ خیال کیا جاتا تھا کہ تمام بنیادی جین بیکٹیریا کے مرکزی کروموسوم پر پائے جا سکتے ہیں۔ تاہم، 1989 میں ایک نقل (جسے اب کرومڈ کے نام سے جانا جاتا ہے) دریافت کیا گیا جس میں مرکزی کروموسوم کے باہر بنیادی جین موجود تھے۔ یہ بنیادی جین کرومیڈ کو جاندار کے لیے ناگزیر بناتے ہیں۔ کرومیڈز بڑی نقلیں ہوتی ہیں، حالانکہ مرکزی کروموسوم جتنی بڑی نہیں ہوتیں۔ تاہم، کرومیڈز تقریبا ہمیشہ پلازمیڈ (یا میگاپلاسمیڈ) سے بڑے ہوتے ہیں۔ کرومیڈز بھی کروموسوم کے بہت سے جینومک دستخطوں کا اشتراک کرتے ہیں، بشمول ان کے جی سی مواد اور ان کے کوڈن کے استعمال کا تعصب۔ دوسری طرف، کرومیڈز کروموسوم کے نقل کے نظام کا اشتراک نہیں کرتے ہیں۔ اس کے بجائے، وہ پلازمیڈز کی نقل کا نظام استعمال کرتے ہیں۔ 2009 تک ترتیب دی گئی بیکٹیریا کی 10 فیصد انواع میں کرومائڈز موجود ہیں۔ ایک اہم کروموسوم اور ایک یا ایک سے زیادہ کرومائڈز (اور/یا میگاپلاسمائڈز) کے درمیان تقسیم شدہ بیکٹیریل جینومز کو منقسم یا ملٹی پارٹیٹ جینومز کہا جاتا ہے۔ کرومیڈ-انکوڈنگ بیکٹیریا کی اکثریت میں صرف ایک ہی کرومیڈ ہوتا ہے، حالانکہ 9 فیصد میں ایک سے زیادہ ہوتے ہیں (12 فیصد میگاپلاسمڈ-انکوڈنگ بیکٹیریا کے مقابلے میں جس میں متعدد میگاپلاسمڈز ہوتے ہیں)۔ جینس ایزوسپیرلم تین پرجاتیوں پر مشتمل ہے جن میں پانچ کرومیڈز ہوتے ہیں، جو آج تک کسی ایک نوع میں جانے جانے والے سب سے زیادہ کرومیڈز ہیں۔ کرومیڈز بیکٹیریا میں بھی زیادہ عام دکھائی دیتے ہیں جن کا یوکیریوٹس کے ساتھ سمبائیوٹک یا پیتھوجینک تعلق ہوتا ہے اور ایسے حیاتیات کے ساتھ جو ابیوٹک تناؤ کو زیادہ برداشت کرتے ہیں۔ کرومیڈز کو 1989 میں الفاپروٹوبیکٹیریا کی ایک نوع میں دریافت کیا گیا تھا جسے روڈوبیکٹر اسپائیرائڈز کہا جاتا ہے۔ تاہم، ایک آزاد قسم کی نقل کے طور پر "کرومڈ" کے تصور کی رسمی شکل صرف 2010 میں سامنے آئی۔ کئی درجہ بندی کرومیڈز کے درمیان ان کی ضرورت کے حالات، ان کی نقل کے نظام، اور بہت کچھ کے لحاظ سے مزید فرق کرتی ہیں۔ کرومیڈز کی ابتداء کے دو مفروضے "پلاسمڈ" اور "شزم" مفروضے ہیں۔ پلازمیڈ مفروضے کے مطابق، کرومیڈز پلازمیڈز سے پیدا ہوتے ہیں جنہوں نے ارتقائی وقت کے ساتھ بنیادی جین حاصل کیے ہیں اور اس طرح اپنے متعلقہ نسلوں میں مستحکم ہوئے ہیں۔ شزم مفروضے کے مطابق، کرومیڈز کے ساتھ ساتھ مرکزی کروموسوم ایک بڑے، ابتدائی کروموسوم کی تفریق سے پیدا ہوتا ہے۔ پلازمیڈ مفروضہ فی الحال وسیع پیمانے پر قبول کیا جاتا ہے، حالانکہ ایسے نایاب واقعات ہو سکتے ہیں جہاں بڑی نقلیں کروموسومل شزم سے پیدا ہوتی ہیں۔ ایک دریافت میں کہا گیا ہے کہ کرومیڈز بیکٹیریل فائیلوجینیز میں 45 بار پیدا ہوئے اور دو بار ختم ہو گئے۔ دریافت اور درجہ بندی دریافت بیکٹیریل جینومکس کے دور کے اوائل میں، بیکٹیریا کے جینوموں کے بارے میں خیال کیا جاتا تھا کہ وہ نسبتا سادہ فن تعمیر رکھتے ہیں۔ تمام معروف بیکٹیریا میں سرکلر کروموسوم ہوتے ہیں جن میں تمام اہم جین ہوتے ہیں۔ کچھ بیکٹیریا میں اضافی نقلیں ہوتی تھیں جنہیں پلازمیڈز کے نام سے جانا جاتا تھا، اور پلازمیڈز خاص طور پر چھوٹے، سرکلر اور ڈسپینسیبل ہوتے تھے (مطلب یہ ہے کہ انہوں نے صرف غیر ضروری جینوں کو انکوڈ کیا تھا)۔ جیسے جیسے مزید بیکٹیریا اور ان کے جینوم کا مطالعہ کیا گیا، بیکٹیریل جینومک فن تعمیر کی بہت سی متبادل شکلیں دریافت ہونے لگیں۔ لکیری کروموسوم اور لکیری پلازمیڈز متعدد انواع میں دریافت ہوئے۔ اس کے فورا بعد، کئی بڑی نقلوں والے بیکٹیریا دریافت ہوئے، جس سے یہ نظریہ سامنے آیا کہ بیکٹیریا، یوکیریوٹس کی طرح، ایک سے زیادہ کروموسوم سے بنا جینوم رکھ سکتے ہیں۔ اس کی پہلی مثال 1989 میں روڈوبیکٹر اسپائیرائڈز تھی، لیکن اضافی دریافتوں کے بعد 1993 میں بروسیلا میلیٹینسیس، 1994 میں برک ہولڈریا سیپاسیا کمپلیکس، 1995 میں ریزوبیم میلیلوٹی، 1996 میں بیسیلس تھورنگینسس، اور اب تقریبا 10 فیصد بیکٹیریل پرجاتیوں میں بڑی نقل ہوتی ہیں جو مرکزی کروموسوم سے الگ ہوتی ہیں۔ تعریف ان دریافتوں کے آغاز کے ساتھ ملٹی پارٹیٹ جینوم کے مختلف اجزاء کی درجہ بندی کے لیے کئی طریقے تجویز کیے گئے۔ اہم کروموسوم کے علاوہ بڑی نقلوں کو بیان کرنے کے لیے مختلف اصطلاحات استعمال کی گئی ہیں، بشمول انہیں صرف اضافی کروموسوم، یا "منی کروموسوم"، "میگاپلاسمڈز"، یا "ثانوی کروموسوم" کے طور پر نامزد کرنا۔ ان نقلوں کے درمیان فرق کرنے کے لیے استعمال ہونے والے معیار عام طور پر سائز اور بنیادی جین کی موجودگی جیسی خصوصیات کے گرد گھومتے ہیں۔ 2010 میں، ان جینومک عناصر کی درجہ بندی کرومیڈز کے طور پر تجویز کی گئی تھی۔ پچھلی اصطلاحات، جیسے کہ "ثانوی کروموسوم"، اس مشاہدے پر ناکافی سمجھی جاتی ہیں کہ یہ نقلیں پلازمیڈز کے نقل کے نظام پر مشتمل ہوتی ہیں اور اسی طرح کروموسوم کے مقابلے میں بنیادی طور پر مختلف قسم کی نقلیں ہوتی ہیں۔ 'کرومڈ' کی اصل تعریف میں تین معیارات کو پورا کرنا شامل ہے: اگرچہ یہ تعریف مضبوط ہے، لیکن اس کی تجویز پیش کرنے والے مصنفین نے اس توقع کے ساتھ ایسا کیا کہ کچھ مستثنیات مل جائیں گی جو کرومڈز اور دیگر نقلوں کے درمیان کی لکیروں کو دھندلا دیں گی۔ یہ توقع ارتقائی نسلوں کے مبہم نظام پیدا کرنے کے عمومی رجحان کی وجہ سے موجود تھی، جس کے نتیجے میں پرجاتیوں کی وسیع پیمانے پر جامع تعریف وضع کرنے میں زیادہ معروف مسائل پیدا ہوئے ہیں۔ کرومیڈز کی درجہ بندی کے بعد سے، دیگر نقلیں دریافت کی گئی ہیں جو کرومیڈز کی کچھ خصوصیات کا اشتراک کرتی ہیں لیکن انہیں الگ سے درجہ بندی کیا گیا ہے۔ ایک مثال نامزد "آر آر این-پلاسمڈ" ہے جو بیکٹیریل جینس اوریموناس کے اندر ایک کلڈ میں پایا جاتا ہے۔ آر آر این-پلازمیڈ میں آر آر این (آر آر این اے) اوپیرون ہوتا ہے (اسی لیے اس کا نام)، اور آر آر این اوپیرون مرکزی کروموسوم پر نہیں پایا جا سکتا۔ اس لیے مرکزی کروموسوم کو "آر آر این-لیکنگ کروموسوم" یا آر ایل سی کہا جاتا ہے، اور اس لیے اوریموناس کے اندر بیکٹیریا کا کلاڈ جس میں آر آر این-پلازمیڈ ہوتا ہے اسے "آر ایل سی کلاڈ" بھی کہا جاتا ہے۔ آر ایل سی کلاڈ کے ممبروں میں نو نقلیں ہوتی ہیں، جن میں سے مرکزی کروموسوم سب سے بڑا ہوتا ہے اور آر آر این-پلازمیڈ صرف 9.4kb پر سب سے چھوٹا ہوتا ہے۔ آر آر این-پلازمیڈ میں آر ایل سی بیکٹیریا میں کاپی نمبر بھی زیادہ ہوتا ہے۔ اگرچہ یہ بہت چھوٹا سائز اور کاپی نمبر کرومیڈز کے مقابلے میں پلازمیڈز موریسو سے ملتا جلتا ہے، لیکن آر آر این-پلازمیڈ اب بھی آر آر این اوپیرون اور ٹی آر این اے (آئی ایل ای) کے لیے جین کی واحد کاپیاں ہیں۔ خصوصیات کے اس مخصوص مجموعے کی وجہ سے سائنس دانوں نے اس نقل کو دریافت کرتے ہوئے اسے صرف ایک آر آر این-پلاسمڈ کے طور پر درجہ بندی کیا، جسے "پلاسمڈ" یا "کرومڈ" سے الگ درجہ بندی سمجھا جاتا ہے۔ اضافی مجوزہ درجہ بندی بعض نقلوں کو کرومیڈز کے طور پر درجہ بندی کرنے کے علاوہ، متعدد سائنسدانوں نے مختلف قسم کے کرومیڈز کے درمیان مزید فرق کرنے کی تجویز پیش کی ہے۔ ایک درجہ بندی پرائمری اور سیکنڈری کرومیڈز کے درمیان فرق کرتی ہے۔ بنیادی کرومیڈز کو بنیادی جینوں پر مشتمل کرومیڈز کے طور پر بیان کیا جاتا ہے جو تمام حالات میں بیکٹیریم کی بقا کے لیے ہمیشہ ضروری ہوتے ہیں۔ ثانوی کرومیڈز کو بیکٹیریا کے مقامی حالات میں بقا کے لیے ضروری کرومیڈز کے طور پر بیان کیا جاتا ہے، لیکن لیبارٹری کے ماحول جیسے کچھ "محفوظ" حالات میں غیر ضروری ہو سکتے ہیں۔ ثانوی کرومیڈز کی حالیہ ارتقائی ابتداء بھی ہو سکتی ہے اور بنیادی کرومیڈز کے مقابلے میں کچھ زیادہ پلازمیڈ جیسی خصوصیات کو برقرار رکھ سکتے ہیں۔ مجوزہ پرائمری کرومیڈ کی ایک مثال پیراکوکس ڈینیٹریفیکینس پی ڈی 1222 کا "کروموسوم II" ہے۔ خصوصیات سائز اور کاپی نمبر بیکٹیریل جینوم میں، مرکزی کروموسوم ہمیشہ سب سے بڑا ریپلیکن ہوگا، اس کے بعد کرومڈ اور پھر پلازمیڈ ہوگا۔ اس رجحان کی ایک رعایت ڈینوکوکس ڈیسرٹی وی سی ڈی 115 میں معلوم ہے، جہاں دونوں پلازمیڈز کرومیڈ سے بڑے ہوتے ہیں۔ کرومیڈز حیاتیات کے درمیان سائز میں کافی مختلف ہوتے ہیں۔ بیکٹیریل جینس ویبریو میں، اہم کروموسوم 3.0-3.3 Mb کے درمیان مختلف ہوتا ہے جبکہ کرومڈ سائز میں 0.8-2.4 Mb کے درمیان مختلف ہوتا ہے۔ بکنیرا کے تناؤ میں ایک نقل، جو کچھ بنیادی جینوں کو انکوڈ کرتی ہے، صرف 7.8kb ہے۔ اگرچہ بنیادی جینوں کی موجودگی اس نقل کی کرومیڈ کے طور پر درجہ بندی کا باعث بن سکتی ہے، لیکن اس نقل کو بعض تعریفوں پر بھی خارج کیا جا سکتا ہے۔ کچھ نقطہ نظر صرف کچھ نقلوں کو کرومیڈز کے طور پر درجہ بندی کرتے ہیں اگر وہ 350kb کی حد کے سائز پر پورا اترتے ہیں۔ یہ بھی مشاہدہ کیا گیا ہے کہ کروموسومز اور میگاپلاسمڈز کی طرح کرومیڈز کا سیل میں کاپی نمبر کم ہوتا ہے۔ اوسطا، کرومیڈز میگاپلاسمڈز سے دوگنا بڑے ہوتے ہیں (اور اس لیے میگاپلاسمڈ سے کرومیڈ کا ظہور تبدیلی کے نتیجے میں بڑے پیمانے پر جین کے جمع ہونے سے وابستہ ہوتا ہے)۔ سب سے بڑے کرومیڈ میں سے ایک وہ ہے جو برک ہولڈریا سڈومالئی میں ہے، جو سائز میں 13 لاکھ نیوکلیوٹائڈز سے زیادہ ہے، یعنی۔ 3. 1 میگا بیس یا 3.1 ایم بی۔ بنیادی کروموسوم کے مقابلے میں جینومک خصوصیات کرومیڈز میں زیادہ کثرت سے جی + سی کا مواد کم ہوتا ہے، حالانکہ اس ایسوسی ایشن کی طاقت زیادہ مضبوط نہیں ہے۔ ایک کرومیڈ میں عام طور پر مرکزی کروموسوم کے 1 فیصد کے اندر جی + سی مواد بھی ہوتا ہے، جو ایک ضروری مدت کے لیے بیکٹیریل نسب کے اندر مستحکم طور پر موجود ہونے کے بعد مرکزی کروموسوم کی بنیادی ساخت کے توازن کے قریب ہونے کی عکاسی کرتا ہے۔ کرومیڈز بھی اپنے کوڈن کے استعمال کے تعصب میں مرکزی کروموسوم سے ملتے جلتے ہیں۔ ایک تجزیے سے پتہ چلا کہ کرومیڈز میں مرکزی کروموسوم کے ساتھ جی سی مواد میں میڈین 0.34% فرق تھا، اس کے مقابلے میں میگاپلاسمڈز کے لیے 1.9 فیصد اور پلازمیڈز کے لیے 2.8 فیصد کی اقدار تھیں۔ کرومیڈز میں کم از کم ایک بنیادی جین ہوتا ہے جو مرکزی کروموسوم سے غائب ہوتا ہے۔ (اہم کروموسوم بیکٹیریا کے بنیادی جینوں کا بڑا حصہ رکھتے ہیں، جبکہ پلازمیڈز میں کوئی بنیادی جین نہیں ہوتا ہے۔) مثال کے طور پر، ویبریو ہیضے میں موجود کرومڈ میں رائبوسومل ذیلی اکائیوں ایل 20 اور ایل 35 کے لیے جین ہوتے ہیں۔ اگرچہ زیادہ تر کرومیڈز میں اہم کروموسوم کے مقابلے میں ضروری جینوں کی غیر متناسب طور پر کم تعداد ہوتی ہے، جیسے کہ آر آر این اے جین یا آر آر این اے اوپیرون میں موجود جین، کچھ میں بہت زیادہ ضروری جین ہو سکتے ہیں اور یہاں تک کہ کروموسوم کے ساتھ "مساوی شراکت دار" بھی سمجھے جا سکتے ہیں۔ عام طور پر، کرومیڈز نقل و حمل، میٹابولزم، ٹرانسکرپشن، ریگولیٹری افعال، سگنل ٹرانسڈکشن، اور حرکت سے متعلق افعال کے عمل میں شامل جینوں کی افزودگی بھی دیکھتے ہیں۔ کرومیڈز پر واقع پروٹین ان عملوں میں شامل ہوتے ہیں جو مرکزی کروموسوم پر انکوڈ شدہ پروٹین کے ساتھ تعامل کر سکتے ہیں۔ کرومیڈز میں کروموسوم سے زیادہ ٹرانسپوزیس جین بھی ہوتے ہیں، لیکن میگاپلاسمڈز سے کم۔ فائیلوجنیٹک تقسیم بنیادی جینوں کی موجودگی کرومڈ کو جراثیم کی بقا کے لیے ضروری بناتی ہے۔ ایک ہی بنیادی جین ایک جینس کے اندر کرومیڈز پر پائے جائیں گے لیکن ضروری نہیں کہ نسل کے درمیان ہوں۔ کسی جینس کے تمام کرومیڈز اضافی طور پر محفوظ لیکن غیر ضروری جینوں کی ایک بڑی تعداد کا اشتراک کر سکتے ہیں جو جینس کے فینوٹائپ کی وضاحت کرنے میں مدد کرتے ہیں (اور کرومیڈز کا ظہور کرومیڈ-انکوڈنگ بیکٹیریل نسل کی تشکیل میں بنیادی ارتقائی قوت معلوم ہوتا ہے، جیسا کہ ویبریو کے معاملے میں تجویز کیا گیا ہے)۔ اس کے برعکس، بیکٹیریل کروموسوم عالمی طور پر یا قریب قریب عالمی طور پر سینکڑوں محفوظ کور جینز کا اشتراک کر سکتے ہیں۔ پلازمیڈز میں کوئی بنیادی جین نہیں ہوتا ہے، اور کرومیڈز کے برعکس، بیکٹیریل جینس کے اندر مختلف انواع کے پلازمیڈز (یا یہاں تک کہ ایک ہی نوع کے اندر صرف مختلف الگ تھلگ) چند جینوں کا اشتراک کرتے ہیں۔ یہ جزوی طور پر پلازمیڈز کے حصول اور نقصان کی عام منتقلی اور بیکٹیریا کے درمیان کنجگیشن (افقی جین کی منتقلی کی ایک شکل) کے ذریعے ان کی منتقلی کی وجہ سے ہے، جبکہ کرومیڈز خلیوں کی تقسیم (عمودی طور پر) سے گزرتے ہیں جس میں کرومڈز کے افقی جین کی منتقلی سے منتقل ہونے کا کوئی ثبوت نہیں ہے۔ یہ مشاہدہ کیا گیا ہے کہ کم از کم ایک بیکٹیریا پرجاتیوں میں کرومیڈ کو بیکٹیریا کو ناقابل تسخیر بنائے بغیر ختم کیا جا سکتا ہے، تاہم، بیکٹیریا آکسوٹروفک بن گیا تھا جو کرومیڈ کے نقصان سے وابستہ ایک شدید فٹنس سمجھوتے کی نشاندہی کرتا ہے۔ بیکٹیریل جینس کے اندر ان کی مستحکم موجودگی کی وجہ سے، کرومیڈز میں فایلوجینٹک طور پر مخصوص نسل تک محدود ہونے کی خصوصیت بھی ہوتی ہے۔ کرومیڈز والے بیکٹیریا کی نسل کی مثالوں میں ڈینوکوکس، لیپٹوسپیرا، سائانوتھیس (ایک قسم کا سائانوبیکٹیریا)، اور سیوڈوموناڈوٹا کی نسل کی افزودگی شامل ہیں۔ مجموعی طور پر، بیکٹیریل جینوم کی ترتیب اس بات کی نشاندہی کرتی ہے کہ تقریبا 10 فیصد بیکٹیریل پرجاتیوں میں کرومڈ ہوتا ہے۔ یہ بھی پایا گیا ہے کہ ایک ہی جاندار میں کرومڈ اور میگاپلاسمڈ کے ساتھ واقع ہونے کی طرف تعصب پایا جاتا ہے۔ میگاپلاسمڈز کرومیڈز کے لیے تخیلاتی ارتقائی ذریعہ ہونے کے باوجود، کرومیڈز بھی میگاپلاسمڈز (تقریبا دوگنا پرجاتیوں میں) کے مقابلے میں فائیلوجینیز میں زیادہ کثرت سے ظاہر ہوتے ہیں۔ اس کے نتیجے میں کرومیڈز کے فطری طور پر زیادہ ارتقائی استحکام کے مقابلے میں، وقت کے ساتھ ساتھ حیاتیات کا اپنے میگاپلاسمڈز کو کھونے کا رجحان پیدا ہو سکتا ہے۔ نقل کرومائڈز کروموسوم اور کرومائڈز دونوں کی نقل کی خصوصیات کا اشتراک کرتے ہیں۔ ایک کے لیے، کرومیڈز پلازمیڈز کے نقل کے نظام کا استعمال کرتے ہیں۔ اگرچہ پلازمیڈز مرکزی کروموسوم یا سیل سائیکل کے ساتھ ہم آہنگی میں نقل نہیں کرتے ہیں، لیکن کرومیڈز فی سیل سائیکل میں صرف ایک بار نقل کرتے ہیں۔ بیکٹیریل جینس ویبریو میں، مرکزی کروموسوم کی نقل کرومیڈ کی نقل سے پہلے شروع ہوتی ہے۔ کرومیڈ کروموسوم سے چھوٹا ہوتا ہے، اور اس لیے نقل کو مکمل کرنے میں کم وقت لگتا ہے۔ اس وجہ سے، کروموسوم اور کرومیڈ کے درمیان نقل کے خاتمے کو مربوط کرنے کے لیے کرومیڈ کی نقل میں تاخیر ہوتی ہے۔ کرومیڈ کے مقابلے میں کروموسوم کی سابقہ نقل بھی اینسیفر میلیلوٹی میں دیکھی گئی ہے۔ کروموسوم اور کرومڈ کے درمیان نقل شروع کرنے کے لیے بیکٹیریا مختلف نقل کے عوامل پر بھی انحصار کرتے ہیں۔ کروموسوم کی نقل پروٹین ڈی این اے کے اظہار کی محرک پر شروع کی جاتی ہے، جبکہ کرومڈ نقل کے اظہار کے لیے ڈی این اے اے کی ضرورت ہوتی ہے لیکن یہ آر سی ٹی بی پر بھی منحصر ہوتا ہے۔ یہ ایف 1 اور پی پلازمیڈز سے ملتا جلتا ہے جو ڈی این اے اے پر بھی انحصار کرتے ہیں لیکن پھر بھی ان کی نقل کو دوسرے پروٹین (خاص طور پر ریپا اور ریپی) کے ذریعے کنٹرول کیا جاتا ہے۔ کرومیڈ کی علیحدگی بیکٹیریا کی مختلف نسلوں کے درمیان مختلف نمونوں کی پیروی کرتی ہے، حالانکہ یہ عام طور پر مرکزی کروموسوم کی علیحدگی کے بعد ہوتی ہے۔ اب تک، کرومیڈز کو دو قسم کے نظاموں میں سے کسی ایک کے ساتھ نقل کرنے کے لیے جانا جاتا ہے: یا تو ریپا بی سی نظام کے ساتھ یا آئیٹرون کے ساتھ۔ ارتقاء کی لچک کئی مطالعات سے پتہ چلتا ہے کہ کرومیڈز کم محفوظ ہوتے ہیں اور بیکٹیریا میں کروموسوم کے مقابلے میں زیادہ تیزی سے تیار ہوتے ہیں۔ ویبریو جینس کی بہت سی انواع کے مطالعے میں، یہ پایا گیا کہ اہم، بڑے کروموسوم کی مستقل سائز کی حد 3-3.3 Mb تھی، جبکہ ثانوی کروموسوم لچکدار طور پر 0.8-2.4 Mb سے تھی۔ یہ کافی تغیر ساختی لچک کی ایک بڑی ڈگری کی نشاندہی کرتا ہے۔ جینس ایگروبیکٹیریم اور دوسری نسل کے بیکٹیریا میں تین یا اس سے زیادہ کرومائڈز ہو سکتے ہیں، اور کئی تناؤ میں یہ متعدد کرومائڈز عام طور پر بڑے پیمانے پر دوبارہ ترتیب سے گزرتے ہیں جس میں ایک کرومائڈ کے ایک بڑے حصے کو دوسرے میں منتقل کرنا شامل ہو سکتا ہے۔ کرومیڈز پر واقع جینز بھی تیار ہونے کے زیادہ شکار ہوتے ہیں اور کم صاف کرنے والے انتخاب کو ظاہر کرتے ہیں۔ چونکہ پروکیریوٹس کے لیے عام انواع کی تعریف ڈی این اے کی ترتیب یا اوسط نیوکلیوٹائڈ شناخت پر مبنی ہوتی ہے، اس لیے کرومیڈ کی زیادہ ارتقاء کے نتیجے میں ایسے جاندار پیدا ہو سکتے ہیں جن میں کرومیڈز کا قیاس کرنے کا زیادہ رجحان ہوتا ہے۔ اصل "شزم" اور "پلاسمڈ" مفروضے کرومیڈز کی ابتداء کی وضاحت کے لیے کئی تجاویز پیش کی گئی ہیں۔ دو اہم مفروضے "شزم مفروضہ" اور "پلاسمڈ مفروضہ" ہیں۔ شزم مفروضے کے مطابق، ایک بڑے کروموسوم کی تقسیم کے ذریعے دو الگ الگ بیکٹیریل کروموسوم پیدا ہو سکتے ہیں، جس کے نتیجے میں ایک مرکزی اور ثانوی کروموسوم (یا ایک کرومیڈ) پیدا ہوتا ہے۔ تاہم، کرومیڈز میں پلاسمڈ قسم کی دیکھ بھال اور نقل کے نظام کے ساتھ ساتھ مرکزی کروموسوم اور کرومیڈ کے درمیان بنیادی جینوں کی ناہموار تقسیم کی وجہ سے، پلاسمڈ مفروضہ یہ تجویز کرتا ہے کہ کرومیڈز میگاپلاسمڈز سے تیار ہوئے جنہوں نے بنیادی جین حاصل کیے، وسیع پیمانے پر قبول کیے جاتے ہیں۔ ایک بار جب میگاپلاسمڈز مرکزی کروموسوم سے بنیادی جین حاصل کر لیتے ہیں، مرکزی کروموسوم سے ان بنیادی جینوں کے بیک وقت نقصان کے ساتھ مل کر، پلاسمڈ بیکٹیریل جینوم کا ایک مستحکم اور مطلوبہ عنصر بن جاتا ہے۔ (میگاپلاسمڈز مرکزی کروموسوم سے بنیادی جینوں کی نقل بھی حاصل کر سکتے ہیں۔ ڈپلیکیٹ کور جین کا وجود مرکزی کروموسوم پر انحطاط پذیر ہو سکتا ہے، جس کی وجہ سے اس کی واحد موجودگی نو تشکیل شدہ کرومیڈ پر ہوتی ہے۔ اس صورت میں، کرومڈ غیر جانبدار منتقلی کے ذریعے تشکیل پاتا ہے۔) یہ واقعہ نئے کرومڈ پر واقع دوسرے جینوں کو بھی مستحکم کرتا ہے، جس کے نتیجے میں نئے نسب کے لیے ایک خاص فینوٹائپ ہو سکتا ہے۔ یہ بنیادی جین کئی ذرائع سے میگاپلاسمڈ میں منتقل ہو سکتے ہیں۔ ایک اہم کروموسوم اور پلازمیڈ کے درمیان ہومولوگس ریکومبینیشن ہے۔ یہ بھی ممکن ہے کہ ایک موجودہ کرومڈ اپنے نقل کے نظام کو حاصل کرنے کے لیے پلازمیڈ کے ساتھ دوبارہ مل سکے۔ ایک بار جب ایک کرومیڈ کسی نسب میں ظاہر ہوتا ہے، تو یہ طویل ارتقائی ادوار میں مستحکم ہوتا ہے۔ کئی بیکٹیریا جنرا میں کرومائڈز ہوتے ہیں جو ہر جینس کی خصوصیت رکھتے ہیں۔ اگرچہ ایک ہی نسل میں پائے جانے والے کرومیڈز عالمی سطح پر بڑی تعداد میں جینز کا اشتراک کر سکتے ہیں، لیکن مختلف نسلوں کے کرومیڈز میں عالمی سطح پر کوئی جین نہیں پائے جاتے ہیں۔ پلازمیڈز تقریبا ہمیشہ ہوتے ہیں اگر ہمیشہ نہیں تو ہمیشہ کرومیڈز کی ابتداء کا ذریعہ ہوتے ہیں، لیکن کم از کم دو بیکٹیریل تناؤ میں ان کی بڑی نقلیں بڑے کروموسوم کی تفریق سے حاصل ہو سکتی ہیں۔ ان غیر معمولی صورتوں میں، اصطلاح "ثانوی کروموسوم" کو ان کی وضاحت کے لیے برقرار رکھا جا سکتا ہے اور اس لیے، اس لحاظ سے، انہیں "کرومیڈز" سے الگ کرتا ہے۔ "ثانوی کروموسوم" کے طور پر ریپلیکن کی شناخت مرکزی کروموسوم کے ساتھ محفوظ مطابقت پذیری اور بنیادی جینوں کی بے ترتیب تقسیم کی بنیاد پر کی جا سکتی ہے۔ مجوزہ انکولی وجوہات کرومیڈز کی ابتداء کا سوال اس سوال سے جڑا ہوا ہے کہ وہ کیوں تیار ہوئے۔ ایک امکان یہ ہے کہ کرومیڈز ایک "منجمد حادثہ" ہیں، جہاں وہ محض اتفاق سے اور بغیر کسی خاص وجہ کے تیار ہوتے ہیں اور اسی وجہ سے، صرف اسی وجہ سے، اس جاندار کے نسب میں موجود ہیں جس میں وہ ابھرے تھے۔ اس منظر نامے میں، بنیادی جین اتفاق سے کرومیڈ پر ختم ہو جاتے ہیں، لیکن غیر جانبدار منتقلی کے ذریعے ثانوی نقل پر بنیادی جینوں کا اتفاقی فکسشن حیاتیات میں اس کی اہمیت کا باعث بنتا ہے۔ تاہم، کرومیڈز کچھ فوائد بھی لا سکتے ہیں جو بیکٹیریا کو اپنے ماحول میں مقابلہ کرنے میں مدد کرتے ہیں۔ یہ مشاہدہ کیا گیا ہے کہ کرومیڈ والے بیکٹیریا کلچر میں تیزی سے بڑھنے کی صلاحیت رکھتے ہیں، اور ان میں کافی زیادہ بڑے جینوم بھی ہوتے ہیں۔ کرومڈ-انکوڈنگ بیکٹیریا کا جینوم ہوتا ہے جس کا اوسط سائز 5,73 ± 1,66 ایم بی ہوتا ہے، جبکہ بیکٹیریا جو کرومڈز کو انکوڈ نہیں کرتے ہیں ان کا اوسط جینوم سائز 3,38 ± 1,81 ایم بی ہوتا ہے۔ اس وجہ سے، کچھ لوگوں نے یہ نتیجہ اخذ کیا ہے کہ مرکزی کروموسوم کے بجائے کرومیڈ پر متعدد جینوں کی جگہ کا تعین نقل کی رفتار اور کارکردگی سے سمجھوتہ کیے بغیر جینوم کی توسیع کی اجازت دیتا ہے۔ دوسری طرف، 6 ایم بی سے زیادہ بیکٹیریل جینوم کا دو تہائی حصہ ملٹی پارٹیٹ نہیں ہے اور پچاس سب سے بڑے جینوم میں سے صرف تین ملٹی پارٹیٹ ہیں، اور اس لیے ایک بڑے جینوم کو ابھی تک کرومیڈ کی ارتقائی ابتداء کی وجہ کے طور پر ظاہر نہیں کیا گیا ہے۔ کرومیڈز اکثر تیزی سے بڑھتے ہوئے بیکٹیریا پر بھی پائے جا سکتے ہیں، جو نقل اور تقسیم کی رفتار میں ان کی شراکت کی تجویز کرتے ہیں، حالانکہ یہاں بھی کئی تجزیوں نے کرومیڈز کے ظہور کے لیے ایک محرک ارتقائی قوت کے طور پر اس تجویز کے ساتھ مشکلات پیدا کی ہیں۔ اس کے بجائے، اس بات کا زیادہ امکان ہے کہ جینوم کی توسیع اور تیز تر نقل کی رفتار نسبوں میں کرومیڈز کی دیکھ بھال میں شامل ہو سکتی ہے لیکن ان کے ظہور کی وجہ سے نہیں۔ کرومائڈز طاق مخصوص جینوں کے مربوط اظہار کی بھی اجازت دے سکتے ہیں۔ اگرچہ کرومیڈز کا غیر معمولی ظہور جو کسی دیئے گئے ماحول میں ایک فائدہ مند طرز زندگی فراہم کرنے کے لیے ضروری جین رکھتے ہیں وہ حیاتیات میں اس کرومیڈ کو مستحکم کرنے میں اہم کردار ادا کر سکتے ہیں اور اب اہم نقل کی موجودگی سے ایک نئے نسب کی طرف لے جا سکتے ہیں۔ حوالہ جات ڈی این اے نقل بیکٹیریل جینیات