Planarian secretory cell nidovirus
پلانریئن سیکرٹری سیل نڈو وائرس (پی ایس سی این وی) انواع پلانڈو وائرس 1 کا ایک وائرس ہے، جو ایک نڈو وائرس ہے جو اپنے انتہائی بڑے جینوم کے لیے قابل ذکر ہے۔ 41. 1 کلو بیس پر، یہ آر این اے وائرس کا سب سے بڑا معلوم جینوم ہے۔ یہ پلانریئن فلیٹ ورم شمڈٹیہ میڈیٹرنیہ کے ٹرانسکرپٹومز کا معائنہ کرکے دریافت کیا گیا تھا اور یہ پلانریئنز کو متاثر کرنے والا پہلا معروف آر این اے وائرس ہے۔ اسے پہلی بار 2018 میں بیان کیا گیا تھا۔ جینوم اور اظہار پی ایس سی این وی جینوم 41.1 کلو بیس لمبا ہے، جو آر این اے وائرس میں سب سے بڑا معلوم جینوم ہے۔ یہ کورونویرس سے کافی بڑا ہے، نڈو وائرس کا ایک اور گروپ جو بڑے جینومز کے لیے جانا جاتا ہے، جو عام طور پر 27-32 kb رینج میں ہوتے ہیں۔ پی ایس سی این وی میں ایک غیر معمولی جینومک تنظیم ہے جو ایک انتہائی بڑے اوپن ریڈنگ فریم (او آر ایف) پر مشتمل ہے جو 13,556 امینو ایسڈ کے پولی پروٹین کو انکوڈ کرتا ہے-یہ سب سے بڑا پروٹین ہے جسے آر این اے وائرس کے ذریعے انکوڈ کیا جاتا ہے۔ جینوم کے بائیو انفارمیٹکس تجزیے سے پتہ چلتا ہے کہ یہ کینونکل نیڈو وائرس جینوم کی طرح منظم ہے، جس میں او آر ایف 1 اے اور او آر ایف 1 بی وائرل نان اسٹرکچرل پروٹین کو انکوڈ کرتے ہیں اور جینوم کے 3 'سرے پر اضافی او آر ایف وائرل اسٹرکچرل پروٹین کو انکوڈ کرتے ہیں۔ تاہم، پی ایس سی این وی میں، یہ او آر ایف فیوز ہوتے ہیں اور اس کے نتیجے میں پولی پروٹین کو پروٹولائٹک طور پر پروسیس کیا جاتا ہے۔ جہاں دوسرے نیڈو وائرس او آر ایف 1 اے کو او آر ایف 1 بی سے الگ کرنے والے پروگرام شدہ رائبوسومل فریم شفٹ کا استعمال کرتے ہیں تاکہ دو او آر ایف کے ذریعے انکوڈ شدہ پروٹین کی اسٹوچیومیٹری کو منظم کیا جا سکے، پی ایس سی این وی جینوم میں متعلقہ پروٹین کے اظہار کو کنٹرول کرنے کے لیے ایک متبادل فریم شفٹ میکانزم موجود ہونے کی پیش گوئی کی گئی ہے۔ دیگر نیڈو وائرس جینوموں کے مقابلے میں، او آر ایف 1 بی سے مطابقت رکھنے والے خطے-جو بنیادی وائرل نقل کے اجزاء کو انکوڈ کرتا ہے-نے پی ایس سی این وی جینوم میں سب سے زیادہ توسیع کی ہے۔ پروٹین کے اجزاء محفوظ پی ایس سی این وی جینوم قابل شناخت پروٹین ڈومینز کو انکوڈ کرتا ہے جو نیڈو وائرسز کے درمیان محفوظ ہوتے ہیں-یعنی مرکزی پروٹیز (3 سی ایل نما پروٹیز) جو ٹرانس میمبرین ڈومینز کے دونوں سروں پر ہوتا ہے، ایک نیوکلیوٹیڈائل ٹرانسفرس ڈومین جسے نیرین کے نام سے جانا جاتا ہے، آر این اے پر منحصر آر این اے پولیمرس (آر ڈی آر پی)، ایک زنک بائنڈنگ ڈومین، اور ایک ہیلیکیس۔ اس میں میتھائل ٹرانسفرسز بھی ہوتے ہیں اور-بڑے جینوم والے دوسرے نیڈو وائرس کی طرح-ایک پروف ریڈنگ ایکسوریبونوکلیز (ایکسو این)، جو ممکنہ طور پر ایک بڑے جینوم کی نقل تیار کرنے کے لیے کافی نقل کی وفاداری کے لیے ضروری ہے۔ تاہم، ایکسو این ڈھانچہ اور فعال سائٹ کے باقیات دیگر نیڈو وائرل مثالوں سے مختلف ہیں، اور 3 سی ایل جیسے پروٹیز دوسرے نیڈو وائرس کے مخصوص سسٹین نیوکلیوفائل کے برعکس، سیرائن-ہسٹائڈائن-ایسپرٹیٹ اتپریرک ٹرائڈ کا استعمال کرتے دکھائی دیتے ہیں۔ معروف نیڈو وائرسوں میں منفرد طور پر، پی ایس سی این وی کئی دیگر قابل شناخت پروٹین ڈومینز کو بھی انکوڈ کرتا ہے، جو ممکنہ طور پر میزبان سے حاصل کیے گئے ہیں۔ پی ایس سی این وی ربن نیوکلیز ٹی 2، دو فائبرونیکٹن ٹائپ II ڈومینز، اور تین اینکیرن ریپیٹس کو انکوڈ کرتا ہے۔ میزبان پی ایس سی این وی کو تجرباتی طور پر دکھایا گیا ہے کہ وہ شمڈٹیہ میڈیٹرنیہ پرجاتیوں کے پلانریئنز کے خفیہ خلیوں کو متاثر کرتا ہے، جس میں غیر جنسی طور پر دوبارہ پیدا کرنے والے اور جنسی تناؤ دونوں شامل ہیں۔ یہ ان حیاتیات کے ٹرانسکرپٹومز کو ایک کورونا وائرس جینوم سے ملتی جلتی ترتیب کے لیے تلاش کر کے دریافت کیا گیا تھا۔ ایسا لگتا ہے کہ یہ اس طرح کے متعدد ٹرانسکرپٹوم ڈیٹا سیٹس میں موجود ہے، جس سے پتہ چلتا ہے کہ لیبارٹری ایس میڈیٹرانیہ کا انفیکشن عام ہے، خاص طور پر جنسی تناؤ میں۔ درجہ بندی پی ایس سی این وی جینوم میں پانچ مخصوص پروٹین ڈومینز ہوتے ہیں جو تمام نیڈو وائرس میں محفوظ ہوتے ہیں۔ اس کے جینوم کے فائیلوجنیٹک تجزیے کی بنیاد پر، یہ دوسرے نیڈو وائرسوں کے ساتھ جمع ہوتا ہے جو انورٹبریٹ میزبانوں کو متاثر کرنے کے لیے جانا جاتا ہے۔ پی ایس سی این وی ذیلی نسل ڈومیڈیوائرس کا واحد رکن ہے، جو بدلے میں جینس الفامونو وائرس کا واحد رکن ہے۔ آر این اے پر منحصر آر این اے پولیمریز (آر ڈی آر پی) ترتیب کی بنیاد پر آر این اے وائرس جینومز کے بڑے گروپوں کے مزید تجزیے نیڈو وائرس کو نام نہاد "پکورنا وائرس سپر گروپ" میں رکھتے ہیں، جو کہ جینوم سائز کی ایک بڑی رینج پر پھیلے ہوئے وائرسوں کا ایک بہت ہی متنوع گروپ ہے-پی ایس سی این وی، سب سے بڑا آر این اے وائرس، سے لے کر سب سے چھوٹے آر این اے وائرسوں میں سے سوبیمو وائرس تک-اور آر ڈی آر پی کے علاوہ کوئی عام جین شیئر نہیں کرتے۔ حوالہ جات Nidovirales انفراسپیسفک وائرس ٹیکسا