Nidoviral papain-like protease
نیڈو وائرل پیپین نما پروٹیز (پی ایل پی پرو یا پی ایل پی) ایک پیپین نما پروٹیز پروٹین ڈومین ہے جو نیڈو وائرس کے جینوم میں انکوڈ ہوتا ہے۔ اس کا اظہار او آر ایف 1 اے جین سے ایک بڑے پولی پروٹین کے حصے کے طور پر کیا جاتا ہے اور اس میں سسٹین پروٹیز انزیمیٹک سرگرمی ہوتی ہے جو پولی پروٹین کے اندر کچھ این-ٹرمینل وائرل غیر ساختی پروٹین کے پروٹولائٹک کلیویج کے لیے ذمہ دار ہوتی ہے۔ او آر ایف 1 اے کے ذریعے انکوڈ کیا گیا دوسرا پروٹیز، جسے 3 سی نما پروٹیز یا مین پروٹیز کہا جاتا ہے، مزید کلیویجز کی اکثریت کا ذمہ دار ہے۔ کورونویرس میں ایک یا دو پیپین جیسے پروٹیز ڈومین ہوتے ہیں۔ سارس-کوو اور سارس-کوو-2 میں، ایک پی ایل پی پرو ڈومین کورونویرس نان اسٹرکچرل پروٹین 3 (این ایس پی 3) میں واقع ہے۔ آرٹیریوائرس میں دو سے تین پی ایل پی ڈومین ہوتے ہیں۔ ان کی پروٹیز سرگرمی کے علاوہ، پی ایل پی ڈومینز ڈیوبیکیوٹینیٹنگ انزائمز (ڈی یو بیز) کے طور پر کام کرتے ہیں جو یوبیکیوٹین زنجیروں میں پائے جانے والے آئسوپیپٹائڈ بانڈ کو توڑ سکتے ہیں۔ وہ "ڈی آئی ایس گیلیٹنگ" انزائم بھی ہیں جو سیلولر پروٹین سے یوبیکیوٹین جیسے ڈومین انٹرفیرون-محرک جین 15 (آئی ایس جی 15) کو ہٹا دیتے ہیں۔ یہ سرگرمیاں ممکنہ طور پر میزبان کے پیدائشی مدافعتی نظام کی سرگرمی کا مقابلہ کرنے کے لیے ذمہ دار ہیں۔ چونکہ وہ وائرل نقل کے لیے ضروری ہیں، اس لیے پیپین جیسے پروٹیز ڈومینز کو انسانی پیتھوجینز جیسے MERS-CoV، SARS-CoV، اور SARS-CoV-2 کے خلاف اینٹی وائرل ادویات کی ترقی کے لیے منشیات کا ہدف سمجھا جاتا ہے۔ درجہ بندی اور نام بندی MEROPS پروٹیز درجہ بندی کے نظام کے مطابق، نیڈو وائرل پیپین نما پروٹیز سی اے قبیلے کے ارکان ہیں، پیپین نما پروٹیز، جن کے ڈھانچے اور اتپریرک میکانزم پیپین سے ملتے جلتے ہیں۔ اس گروپ میں بہت سے وائرل پولی پروٹین پروسیسنگ پروٹیسیس ہوتے ہیں۔ اس گروپ میں پروٹیز زندگی کے تمام شعبوں میں پائے جاتے ہیں۔ کورونا وائرس میں، سنگل پیپین جیسے پروٹیز ڈومینز کو عام طور پر پی ایل پی پرو کے نام سے جانا جاتا ہے، مثال کے طور پر سارس-کوو اور سارس-کوو-2 میں۔ جب ایسے دو ڈومینز کو جینوم میں انکوڈ کیا جاتا ہے، تو انہیں پی ایل پی 1 اور پی ایل پی 2 یا پی ایل پی پرو 1 اور پی ایل پی پرو 2 کے نام سے جانا جاتا ہے، جہاں سنگل ڈومین وائرس کا پی ایل پی پرو پی ایل پی 2 سے زیادہ ملتا جلتا ہے۔ آرٹیریوائرس میں، تین پی ایل پی ڈومینز پی ایل پی 1α، پی ایل پی 1β، اور پی ایل پی 2 کے نام سے جانے جاتے ہیں۔ فنکشن پی ایل پی پرو وائرل لائف سائیکل میں متعدد کرداروں کے ساتھ ایک ملٹی فنکشنل انزائم ہے، جس میں پروٹیز، ڈیوبیکیوٹینیز، اور ڈی آئی ایس گیلیٹنگ سرگرمیاں شامل ہیں۔ کورونا وائرس میں، یہ بڑے، کثیر ڈومین غیر ساختی پروٹین 3 (این ایس پی 3) پروٹین کے اندر ایک پروٹین ڈومین کے طور پر پایا جاتا ہے۔ وائرل نقل کے لیے پی ایل پی پرو سرگرمی ضروری ہے۔ میزبان کے پیدائشی مدافعتی نظام کے ردعمل کو متاثر کرنے کے طریقہ کار کے طور پر ڈیوبیکیوٹیشن اور ڈی آئی ایس گیلیشن کے لیے وائرل پروٹیسیس کی ارتقائی دوبارہ تشکیل متعدد وائرل خاندانوں کے لیے جانا جاتا ہے۔ پروٹولائٹک پروسیسنگ نیڈو وائرل پی ایل پی پرو ڈومینز کا اظہار او آر ایف 1 اے بی جین کے ذریعے انکوڈ کیے گئے بڑے پولی پروٹین کے حصے کے طور پر کیا جاتا ہے۔ وہ بالغ وائرل غیر ساختی پروٹین (این ایس پی ایس) پیدا کرنے کے لیے پولی پروٹین کی پروٹولائٹک پروسیسنگ کے لیے ذمہ دار ہیں، جن میں سے بہت سے ریپلیکیس-ٹرانسکرپٹیس کمپلیکس کے اجزاء ہیں۔ کورونا وائرس میں، پی ایل پی پرو ڈومینز این-ٹرمینل این ایس پی ایس 1-4 کے کلیویجز کو انجام دیتے ہیں، جبکہ 3 سی نما پروٹیز (مین پروٹیز) بقیہ پروٹین این ایس پی 5-16 کو الگ کرتا ہے۔ امیون ماڈیولیشن ڈیوبیکیوٹی نیشن SARS-CoV PLPro کے لیے ایک ڈیوبیکیوٹینیس (DUB) سرگرمی کی پیش گوئی انسانی جینوم میں انکوڈ سسٹین پروٹیز DUBs کے گروپ میں سے ایک، یوبیکیوٹین مخصوص پروٹیز 18 کے ساختی موازنہ کے ذریعے کی گئی تھی۔ اس پیش گوئی کی تصدیق بعد میں متعدد کورونا وائرس اور آرٹیریوائرس پی ایل پی ڈومینز بشمول سارس-کوو-2 کے ان وٹرو تجربات سے ہوئی۔ ڈی آئی ایس گیلیشن آئی ایس جی 15 ایک چھوٹا سا یوبیکیوٹین جیسا پروٹین ہے جسے یوبیکیوٹین کی طرح ترجمہ کے بعد کی ترمیم کے طور پر دوسرے پروٹینوں کے ساتھ جوڑا جا سکتا ہے۔ ڈیوبیکیوٹینیٹنگ سرگرمی کے علاوہ، کورونا وائرس اور آرٹیریوائرس پی ایل پی ڈومینز کی شناخت ڈی آئی ایس گیلیز انزائمز کے طور پر کی گئی ہے، جو سیلولر پروٹین سے آئی ایس جی 15 کو ہٹانے کی صلاحیت رکھتے ہیں۔ SARS-CoV-2 PLPro کے وٹرو مطالعات سے پتہ چلتا ہے کہ آئی ایس جی کے لیے ubiquitin سے زیادہ وابستگی ہے۔ حوالہ جات وائرل پروٹین کو تحفظ فراہم کرتے ہیں