PAUP*
پی اے یو پی * (پارسیمونی اور دیگر طریقوں کا استعمال کرتے ہوئے فائیلوجنیٹک تجزیہ) ارتقائی درختوں (فائیلوجینیز) کا اندازہ لگانے کے لیے ایک کمپیوٹیشنل فائیلوجنیٹکس پروگرام ہے، جسے ڈیوڈ ایل سوفورڈ نے لکھا ہے۔ اصل میں، جیسا کہ نام سے ظاہر ہوتا ہے، پی اے یو پی نے صرف پارسمونی کو نافذ کیا، لیکن ورژن 4 سے (جب پروگرام پی اے یو پی * کے نام سے جانا جاتا ہے) یہ فاصلاتی میٹرکس اور امکانات کے طریقوں کو بھی سپورٹ کرتا ہے۔ ورژن 3 میکنٹوش کمپیوٹرز پر چلتا تھا اور ایک بھرپور، صارف دوست گرافیکل انٹرفیس کی حمایت کرتا تھا۔ میک کلیڈ پروگرام کے ساتھ، جس کے ساتھ یہ نیکسس ڈیٹا فارمیٹ کا اشتراک کرتا ہے، پی اے یو پی * بہت سے فائیلوجنیٹسٹس کے لیے پسند کا فائیلوجنیٹک سافٹ ویئر تھا۔ ورژن 4 میں ونڈوز (گرافیکل شیل اور کمانڈ لائن) اور یونکس (صرف کمانڈ لائن) پلیٹ فارمز کے لیے سپورٹ شامل کی گئی۔ تاہم، میکنٹوش کے لیے گرافیکل یوزر انٹرفیس 10.14 سے زیادہ میک او ایس ایکس کے ورژن کی حمایت نہیں کرتا ہے (حالانکہ میک او ایس کے بعد کے ورژن کے لیے جی یو آئی کی منصوبہ بندی کی گئی ہے)۔ پی اے یو پی * جینیئس کے لیے ایک پلگ ان کے طور پر بھی دستیاب ہے۔ پی اے یو پی *، جو اب پی اے یو پی * (* پی اے یو پی کا استعمال کرتے ہوئے فائیلوجنیٹک تجزیہ) کے خود حوالہ عنوان کو کھیلتا ہے، تیزی سے اپ ڈیٹس سے گزر رہا ہے اور اس میں اب فائیلوجنیٹکس کے لیے پارسمونی، امکان اور فاصلے کے طریقوں کے علاوہ "سپیسز ٹری" کا طریقہ ایس وی ڈی کوارٹٹس شامل ہے۔ حوالہ جات بیرونی روابط سرکاری ٹیسٹ ورژن ویب سائٹ فائیلوجنیٹکس سافٹ ویئر