ChIA-PET
کرومیٹن انٹرایکشن اینالیسس بائی پیئرڈ اینڈ ٹیگ سیکوینسنگ (چییا-پی ای ٹی یا چییا-پی ای ٹی ایس) ایک ایسی تکنیک ہے جس میں کرومیٹن امیونوپریسیپیٹیشن (چیپ) پر مبنی افزودگی، کرومیٹن پراکسیمیٹی لائیگیشن، پیئرڈ اینڈ ٹیگز، اور ہائی تھرو پٹ سیکوینسنگ شامل ہیں تاکہ نووو لانگ رینج کرومیٹن انٹرایکشنز کا تعین کیا جا سکے۔ جینز کو پروموٹر سے دور کے علاقوں جیسے ریگولیٹری عناصر، موصلیت اور باؤنڈری عناصر، اور ٹرانسکرپشن فیکٹر بائنڈنگ سائٹس (ٹی ایف بی ایس) کے ذریعے ریگولیٹ کیا جا سکتا ہے۔ صحت اور بیماری میں جین کے ضابطے کو کنٹرول کرنے والے میکانزم کو سمجھنے کے لیے ریگولیٹری علاقوں اور جین کوڈنگ کے علاقوں کے درمیان باہمی تعامل کو بے نقاب کرنا ضروری ہے (ماسٹن اور دیگر، 2006)۔ چییا-پی ای ٹی کا استعمال ڈسٹل اور پراکسیمل ریگولیٹری ٹرانسکرپشن فیکٹر بائنڈنگ سائٹس اور ان جینوں کے پروموٹروں کے درمیان منفرد، فعال کرومیٹن تعاملات کی نشاندہی کرنے کے لیے کیا جا سکتا ہے جن کے ساتھ وہ تعامل کرتے ہیں۔ سی آئی اے-پی ای ٹی کو خلیوں کی تفریق، پھیلاؤ اور نشوونما جیسے عمل کے دوران جینوم کنٹرول کے طریقہ کار کو بے نقاب کرنے کے لیے بھی استعمال کیا جا سکتا ہے۔ ڈی این اے بائنڈنگ ریگولیٹری پروٹینز اور پروموٹر علاقوں کے لیے چییا-پی ای ٹی انٹرایکٹوم نقشے بنا کر، ہم علاج کی مداخلت کے لیے منفرد اہداف کی بہتر شناخت کر سکتے ہیں (فل ووڈ اور یجن، 2009)۔ طریقہ کار سی آئی اے-پی ای ٹی طریقہ دونوں طریقوں کی صلاحیتوں کو بڑھانے کے لیے سی آئی پی پر مبنی طریقوں، اور کروموسوم کنفارمیشن کیپچر (3 سی) پر مبنی طریقوں کو یکجا کرتا ہے۔ چیپ-سیکوینسنگ (چیپ-سیق) ایک مقبول طریقہ ہے جو ٹی ایف بی ایس کی شناخت کے لیے استعمال ہوتا ہے جبکہ تھری سی کو لانگ رینج کرومیٹن انٹرایکشنز کی شناخت کے لیے استعمال کیا گیا ہے۔ آزادانہ طور پر، دونوں ڈی-نوو لانگ رینج انٹرایکشنز جینوم وسیع کی شناخت میں حدود کا شکار ہیں۔ جبکہ CHIP-Seq TFBS جینوم وسیع شناخت کرنے کے قابل ہے، یہ کروموسوم کے ساتھ پروٹین بائنڈنگ سائٹس کی صرف لکیری معلومات فراہم کرتا ہے (لیکن ان کے درمیان تعامل نہیں)، اور اعلی جینومک پس منظر کے شور (غلط مثبت) کا شکار ہو سکتا ہے۔ اگرچہ 3C غیر لکیری، لمبی رینج والے کرومیٹن تعاملات کا تجزیہ کرنے کی صلاحیت رکھتا ہے، لیکن اسے جینوم وسیع استعمال نہیں کیا جا سکتا اور، Chip-Seq کی طرح، پس منظر کے شور کی اعلی سطح سے بھی دوچار ہے۔ چونکہ تعامل والے علاقوں (زیادہ سے زیادہ 100 کے بی) کے درمیان فاصلے کے سلسلے میں شور بڑھتا ہے، اس لیے کرومیٹن تعاملات کی درست خصوصیت کے لیے سخت اور تکلیف دہ کنٹرول کی ضرورت ہوتی ہے۔ 3 سی کے برعکس جو کہ لوکس مخصوص تعامل پروفائلنگ کا طریقہ ہے، جینوم کے وسیع تعاملات کو پروفائل کرنے کے لیے ہائی-سی جیسے متبادل طریقے قائم کیے گئے ہیں۔ ٹی ایف بی ایس اور لانگ رینج انٹرایکشن دونوں کے لیے جینوم پروفائلنگ کے پورے طریقوں کے باوجود، چییا-پی ای ٹی طریقہ کے ساتھ نقطہ نظر کو یکجا کرنے سے جینومک علاقوں کی شناخت کی اجازت ملتی ہے جس میں دلچسپی کا پروٹین جڑا ہوا ہے اور ساتھ ہی جینومک خطہ جس کے ساتھ یہ تعامل کرتا ہے۔ چییا-پی ای ٹی طریقہ مخصوص تعامل کمپلیکس سے بے ترتیب منسلکیوں کو الگ کرنے کے لیے چپ ٹکڑوں کو سونکیٹ کرکے چپ-سیک میں پائے جانے والے غیر مخصوص تعامل کے شور کے مسائل کو کامیابی کے ساتھ حل کرتا ہے۔ اگلا مرحلہ، جسے افزودگی کہا جاتا ہے، جینوم وسیع تجزیہ کے لیے پیچیدگی کو کم کرتا ہے اور پہلے سے طے شدہ TFs (نقل و حمل کے عوامل) کے پابند کرومیٹن تعاملات میں خاصیت کا اضافہ کرتا ہے۔ طویل فاصلے کے تعاملات کی شناخت کے لیے 3C نقطہ نظر کی صلاحیت قربت کے تعلق کے نظریہ پر مبنی ہے۔ ڈی این اے انٹر لائیگیشن کے حوالے سے، وہ ٹکڑے جو عام پروٹین کمپلیکس سے جڑے ہوتے ہیں، پتلے حالات میں زیادہ حرکی فوائد رکھتے ہیں، ان کے مقابلے میں جو حل میں آزادانہ طور پر پھیلتے ہیں یا مختلف کمپلیکس میں لنگر انداز ہوتے ہیں۔ چییا-پی ای ٹی پروٹین کمپلیکس سے جڑے ڈی این اے کے ٹکڑوں کے آزاد سروں پر لنکر کے سلسلے کو شامل کرکے اس تصور کا فائدہ اٹھاتا ہے۔ ریگولیٹری کمپلیکس کے ذریعے جڑے ہوئے ٹکڑوں کی کنیکٹیویٹی بنانے کے لیے، نیوکلیئر پراکسیمیٹی لائیگیشن کے دوران لنکر سیکوینسز کو منسلک کیا جاتا ہے۔ لہذا، لنکر سے منسلک لائیگیشن کی مصنوعات کا تجزیہ الٹرا ہائی تھرو پٹ پی ای ٹی سیکوینسنگ کے ذریعے کیا جا سکتا ہے اور حوالہ جینوم میں نقشہ بنایا جا سکتا ہے۔ چونکہ چییا-پی ای ٹی پتہ لگانے کے لیے مخصوص مقامات پر منحصر نہیں ہے کیونکہ 3 سی اور 4 سی ہیں، اس سے کرومیٹن کے تعاملات کا غیر جانبدارانہ، جینوم وسیع ڈی نوو پتہ لگانے کی اجازت ملتی ہے۔ ہائی-سی کے مقابلے میں، اینٹی باڈی پل ڈاؤن کا استعمال ترتیب شدہ ٹکڑوں کی تعداد کو دلچسپی کے پروٹین سے منسلک کرومیٹن تعاملات تک محدود کرتا ہے جو ڈیٹا تجزیہ کو بھی آسان بنا سکتا ہے۔ ورک فلو کا ویٹ لیب حصہ: فارملڈیہائیڈ کا استعمال ڈی این اے پروٹین کمپلیکس کو کراس لنک کرنے کے لیے کیا جاتا ہے۔ سونکیشن کا استعمال کرومیٹن کو توڑنے اور غیر مخصوص تعاملات کو کم کرنے کے لیے بھی کیا جاتا ہے۔ پسند کی ایک مخصوص اینٹی باڈی کا استعمال پروٹین آف انٹرسٹ سے جڑے کرومیٹن کے ٹکڑوں کو بہتر بنانے کے لیے کیا جاتا ہے۔ اینٹی باڈی سے جڑے چپ مواد کو چییا-پی ای ٹی کی تعمیر کے لیے استعمال کیا جاتا ہے۔ شکل 1. بائیوٹینیلیٹیڈ اولیگونیوکلیوٹائڈ ہاف لنکرز جن میں فلینکنگ ایم ایم ای آئی سائٹس ہوتے ہیں، قربت سے منسلک ڈی این اے کے ٹکڑوں کو جوڑنے کے لیے استعمال ہوتے ہیں۔ دو مختلف لنکرز کو ڈیزائن کیا گیا ہے (اے اور بی) دو لنکر ترتیبات میں سے ہر ایک کے لیے مخصوص نیوکلیوٹائڈ بارکوڈز (سی جی یا اے ٹی) کے ساتھ (یہ چمیرک لائیگیشن پروڈکٹ کی شناخت کی اجازت دے گا جیسا کہ شکل 5 میں بیان کیا گیا ہے۔)۔ شکل 2. لنکرز کو ٹیچرڈ ڈی این اے کے ٹکڑوں سے منسلک کیا جاتا ہے۔ شکل 3. لنکر کے ٹکڑوں کو پتلے حالات میں چپ موتیوں پر لگا دیا جاتا ہے۔ اس کے بعد صاف شدہ ڈی این اے کو ایم ایم ای آئی کے ذریعے ہضم کیا جاتا ہے، جو ٹیگ-لنکر-ٹیگ ڈھانچے کو جاری کرنے کے لیے اس کی شناخت کی جگہ سے کچھ فاصلہ طے کرتا ہے۔ شکل 4. بائیوٹینیلیٹیڈ پی ای ٹی کو پھر سٹریپٹا ویڈن سے جڑے ہوئے مقناطیسی موتیوں پر متحرک کیا جاتا ہے۔ شکل 5۔ اے اے (سی جی/سی جی) اور بی بی (اے ٹی/اے ٹی) لنکر بارکوڈ کمپوزیشن کے ساتھ پی ای ٹی سیکوینس کو ممکنہ انٹرا کمپلیکس لائیگیشن پروڈکٹ سمجھا جاتا ہے، جبکہ اے بی (سی جی/اے ٹی) لنکر کمپوزیشن کے ساتھ پی ای ٹی سیکوینس کو مختلف کرومیٹن کمپلیکس میں بند ڈی این اے کے ٹکڑوں کے درمیان چیمیرک لائیگیشن پروڈکٹ سے اخذ کیا گیا سمجھا جاتا ہے۔ ورک فلو کا ڈرائی لیب حصہ: پی ای ٹی نکالنے، نقشہ سازی، اور شماریاتی تجزیہ پی ای ٹی ٹیگز کو نکالا جاتا ہے اور سلیکو میں انسانی جینوم کے حوالے سے نقشہ بنایا جاتا ہے۔ چپ افزودہ چوٹیوں (بائنڈنگ سائٹس) کی شناخت خود سے منسلک پی ای ٹی کا استعمال چپ افزودہ سائٹس کی شناخت کے لیے کیا جاتا ہے کیونکہ وہ حوالہ جینوم کو سب سے زیادہ قابل اعتماد نقشہ سازی (20 + 20 بٹ/سیکنڈ) فراہم کرتے ہیں۔ CHIP افزودگی چوٹی تلاش کرنے والا الگورتھم A جسے چوٹی کہا جاتا ہے ایک بائنڈنگ سائٹ سمجھا جاتا ہے اگر متعدد اوور لیپنگ سیلف لیگیٹڈ PETs ہوں۔ غلط دریافت کی شرح (ایف ڈی آر) کا تعین شماریاتی تخروپن کا استعمال کرتے ہوئے کیا جاتا ہے تاکہ پی ای ٹی سے ماخوذ ورچوئل ڈی این اے اوورلیپس کے بے ترتیب پس منظر اور اندازے کے مطابق پس منظر کے شور کا اندازہ لگایا جا سکے۔ تکراری ڈی این اے کو فلٹر کرنا (غیر مخصوص بائنڈنگ کو متاثر کرتا ہے) سیٹلائٹ کے علاقوں اور شدید ساختی تغیرات والے علاقوں میں موجود بائنڈنگ سائٹس کو ہٹا دیا جاتا ہے۔ چپ افزودگی کی گنتی ہر سائٹ پر سیلف لائیگیشن اور انٹر لائیگیشن پی ای ٹی (+ 250 بی پی ونڈو کے اندر) کی تعداد کی اطلاع دی جاتی ہے۔ کسی مخصوص مقام پر خود سے منسلک اور بین سے منسلک پی ای ٹی کی کل تعداد کو چپ افزودگی شمار کہا جاتا ہے۔ شکل 6۔ پی ای ٹی درجہ بندی: منفرد طور پر منسلک پی ای ٹی ترتیبات کی درجہ بندی اس لحاظ سے کی جا سکتی ہے کہ آیا وہ ایک ڈی این اے ٹکڑے سے حاصل کیے گئے ہیں یا دو ڈی این اے ٹکڑوں سے۔ سیلف لائیگیشن پی ای ٹی اگر پی ای ٹی کے دو ٹیگز کو ایک ہی کروموسوم پر جینومک اسپان کے ساتھ چپ ڈی این اے کے ٹکڑوں (3 کے بی سے کم) کی حد میں، متوقع سیلف لائیگیشن واقفیت کے ساتھ اور ایک ہی اسٹرینڈ پر نقشہ بنایا جاتا ہے، تو انہیں ایک ہی چپ ڈی این اے کے ٹکڑے کے سیلف لائیگیشن سے اخذ کیا گیا سمجھا جاتا ہے، اور اسے سیلف لائیگیشن پی ای ٹی سمجھا جاتا ہے۔ انٹر لائیگیشن پی ای ٹی اگر کوئی پی ای ٹی ان معیارات میں فٹ نہیں ہوتا ہے، تو پی ای ٹی ممکنہ طور پر دو ڈی این اے ٹکڑوں کے درمیان لائیگیشن پروڈکٹ کا نتیجہ ہے اور اسے انٹر لائیگیشن پی ای ٹی کہا جاتا ہے۔ انٹر لائیگیشن پی ای ٹی کے دو ٹیگز میں فکسڈ ٹیگ اورینٹیشنز نہیں ہوتے ہیں، ہو سکتا ہے کہ وہ ایک ہی اسٹرینڈز پر نہ پائے جائیں، ہو سکتا ہے کہ ان میں کوئی جینومک اسپان ہو، اور ہو سکتا ہے کہ ایک ہی کروموسوم کا نقشہ نہ ہو۔ انٹرا کروموسومل انٹر لائیگیشن پی ای ٹی اگر انٹر لائیگیشن پی ای ٹی کے دو ٹیگز کو ایک ہی کروموسوم میں نقشہ بنایا جاتا ہے لیکن کسی بھی سمت میں 3 کے بی سے زیادہ کے اسپان کے ساتھ، تو ان پی ای ٹی کو انٹرا کروموسومل انٹر لائیگیشن پی ای ٹی کہا جاتا ہے۔ انٹرکروموسومل انٹر لائیگیشن پی ای ٹی جو مختلف کروموسوم میں نقش کیے جاتے ہیں انہیں انٹرکروموسومل انٹر لائیگیشن پی ای ٹی کہا جاتا ہے۔ شکل 7۔ مجوزہ میکانزم یہ ظاہر کرتا ہے کہ کس طرح ڈسٹل ریگولیٹری عناصر ہدف جین کے پروموٹر علاقوں کو شامل کرتے ہوئے طویل فاصلے تک کرومیٹن تعاملات شروع کر سکتے ہیں۔ تعاملات اینکرنگ سینٹر میں متعدد ٹی ایف بی ایس کے ساتھ ڈی این اے لوپ ڈھانچے بناتے ہیں۔ چھوٹے لوپس اینکرنگ سینٹر کے قریب جینز کو ایک تنگ ذیلی کمپارٹمنٹ میں پیک کر سکتے ہیں، جو ٹرانسکرپشنل ایکٹیویشن کو بڑھانے کے لیے ریگولیٹری پروٹینز کے مقامی ارتکاز کو بڑھا سکتے ہیں۔ یہ طریقہ کار نقل کی کارکردگی کو بھی بڑھا سکتا ہے، جس سے آر این اے پول II کو تنگ سرکلر جین ٹیمپلیٹس کو سائیکل کرنے کی اجازت ملتی ہے۔ مربوط ضابطے کے لیے اینکر سائٹس کے قریب رہنے والے لوپ کے دونوں سروں پر دور دراز جینوں کو مربوط کرنے کے لیے بڑے تعامل والے لوپس زیادہ امکان رکھتے ہیں، یا ان کی سرگرمی کو روکنے کے لیے طویل لوپس میں جینوں کو الگ کر سکتے ہیں۔ فل ووڈ اور دیگر سے ڈھال لیا گیا۔ (2009)۔ طاقت اور کمزوریاں چییا-پی ای ٹی طریقہ کے فوائد چییا-پی ای ٹی میں طویل فاصلے تک کرومیٹن کے تعامل کے تجزیے کے لیے ایک غیر جانبدار، مکمل جینوم اور ڈی نووو نقطہ نظر ہونے کی صلاحیت ہے (فل ووڈ اور یجن، 2009)۔ ایک چییا-پی ای ٹی تجربہ دو عالمی ڈیٹا سیٹ فراہم کرنے کی صلاحیت رکھتا ہے: پروٹین فیکٹر بائنڈنگ سائٹس (سیلف-لیگیٹڈ پی ای ٹی) ؛ اور بائنڈنگ سائٹس (انٹر-لیگیٹڈ پی ای ٹی) کے درمیان تعاملات۔ چییا-پی ای ٹی میں جینوم وسیع تجزیہ کے لیے پیچیدگی کو کم کرنے کے لیے چیپ شامل ہے اور دلچسپی کے مخصوص عوامل سے منسلک کرومیٹن کے تعاملات میں مخصوصیت کا اضافہ کرتا ہے۔ چییا-پی ای ٹی ٹیگ پر مبنی اگلی نسل کی ترتیب کے طریقوں جیسے روچے 454 پائروسیکوینسنگ، الومینا جی اے، اے بی آئی سولڈ، اور ہیلیکوس کے ساتھ مطابقت رکھتا ہے۔ چییا-پی ای ٹی ٹرانسکرپشنل ریگولیشن یا کرومیٹن ساختی تشکیل میں شامل بہت سے مختلف پروٹین عوامل پر لاگو ہوتا ہے۔ چییا-پی ای ٹی تجزیہ کا اطلاق کسی خاص جوہری عمل میں شامل کرومیٹن کے تعاملات پر کیا جا سکتا ہے۔ عام ٹی ایف جیسے آر این اے پولیمیرس II کا استعمال کرتے ہوئے، ٹرانسکرپشن ریگولیشن میں شامل تمام کرومیٹن تعاملات کی شناخت کرنا ممکن ہو سکتا ہے۔ مزید برآں، ڈی این اے نقل یا کرومیٹن ڈھانچے میں شامل پروٹین عوامل کا استعمال ڈی این اے نقل اور کرومیٹن ساختی ترمیم (فل ووڈ اور دیگر، 2009) کی وجہ سے تمام تعاملات کی شناخت کی اجازت دے گا۔ کمزوریاں یہ اچھی طرح سے قائم ہے کہ سی آئی ایس اور ٹرانس ریگولیٹری کمپلیکس سیل اور ٹشو کے مخصوص حالات کی بنیاد پر پروٹین کے منفرد امتزاج پر مشتمل ہوتے ہیں (ڈیکر اور دیگر، 2006)۔ اگرچہ واحد، فعال ٹی ایف بی ایس کی شناخت ایک اہم پیش رفت ہے، ایک کمپلیکس میں انفرادی پروٹین کی شناخت کے لیے چییا-پی ای ٹی کے استعمال کے لیے ہر تعامل کرنے والے پروٹین کی شناخت کے لیے قیاس آرائی اور متعدد تجربات کی ضرورت ہوگی۔ یہ ایک مہنگی اور وقت طلب کوشش ہوگی۔ چییا-پی ای ٹی استعمال شدہ اینٹی باڈیز کے معیار، پاکیزگی اور خاصیت سے محدود ہے (فل ووڈ اور دیگر، 2009)۔ چییا-پی ای ٹی ان ترتیبات کی شناخت پر منحصر ہے جن کا حوالہ ترتیب (ریف) سے نقشہ بنایا جا سکتا ہے۔ سیا-پی ای ٹی کو حوالہ جینوم میں پی ای ٹی ریڈز کو منظم کرنے اور نقشہ بنانے کے لیے پیک کالنگ کمپیوٹر الگورتھم کے استعمال کی ضرورت ہوتی ہے۔ سافٹ ویئر پلیٹ فارمز کے درمیان تغیرات کی وجہ سے، نتائج اس بات پر منحصر ہو سکتے ہیں کہ کون سا پروگرام استعمال کیا جاتا ہے۔ اگرچہ تکراری ڈی این اے کے علاقوں کو جین ریگولیشن (پولک اینڈ ڈومنی، 2006) سے منسلک کیا جا سکتا ہے، لیکن انہیں ہٹانے کی ضرورت ہے کیونکہ وہ ڈیٹا کو متاثر کر سکتے ہیں (فل ووڈ ایٹ ال۔، 2009)۔ دو مقامات سے افزودگی بیک وقت آس پاس کے علاقوں کے خلاف تعصب کا تعارف کراتی ہے۔ تاریخ فل ووڈ اور دیگر۔ (2009)، انسانی کینسر کے خلیوں میں ایسٹروجن ریسیپٹر الفا (ای آر-الفا) کی ثالثی میں کرومیٹن انٹرایکشن نیٹ ورک کا پتہ لگانے اور نقشہ بنانے کے لیے چییا-پی ای ٹی کا استعمال کیا۔ نتیجے میں آنے والے عالمی کرومیٹن انٹرایکٹوم نقشے سے پتہ چلتا ہے کہ دور دراز ای آر-الفا-بائنڈنگ سائٹس کو بھی طویل فاصلے تک کرومیٹن تعاملات کے ذریعے جین پروموٹروں کے لیے لنگر انداز کیا گیا تھا جس سے یہ پتہ چلتا ہے کہ مربوط نقل و حمل کے ضابطے کے لیے جینوں کو اکٹھا کرنے کے لیے وسیع کرومیٹن لوپنگ کے ذریعے ای آر-الفا کام کرتا ہے۔ تجزیہ اور سافٹ ویئر متبادل کرومیٹن امیونوپریسیپیٹیشن (CHIP): اصل CHIP طریقہ ایک اینٹی باڈی پر مبنی ٹیکنالوجی ہے جو کرومیٹن کی حالتوں اور جین ٹرانسکرپشن کے بارے میں معلومات پیش کرنے کے لیے منتخب طور پر پروٹین کی شناخت اور پابند کرتی ہے۔ جینوم آرکیٹیکچر میپنگ (جی اے ایم): یہ تکنیک جینومک لوکی کی کسی بھی تعداد کے درمیان تین جہتی قربت کو جمع کرکے 3 سی پر مبنی تکنیکوں سے وابستہ متعدد خرابیوں کو ختم کرتی ہے۔ اسپلٹ-پول ریکگنیشن آف انٹرایکشنز بائی ٹیگ ایکسٹینشن (ایس پی آر آئی ٹی ای) اسپرائٹ جینوم کے پار نیوکلئس میں اعلی درجے کے تعاملات کی نقشہ سازی کے لیے ایک تکنیک ہے۔ یہ نقطہ نظر زیادہ مقامی فاصلے پر ہونے والے تعاملات کا پتہ لگاتا ہے اور یہ ایک ہی وقت میں ہونے والے متعدد آر این اے اور ڈی این اے تعاملات کا جینوم وسیع پیمانے پر پتہ لگانے کی اجازت دیتا ہے۔ چییا-ڈراپ چییا-ڈراپ سنگل مالیکیول کی درستگی پر بوندوں پر مبنی اور بارکوڈ سے منسلک ترتیب کا استعمال کرتے ہوئے ملٹی پلیکس کرومیٹن کے تعاملات کا تجزیہ کرنے کا ایک سیدھا سیدھا طریقہ ہے۔ پچھلی جوڑی کے لحاظ سے آبادی کی سطح کے نقطہ نظر جیسے کہ ہائی-سی اور چییا-پی ای ٹی اس ٹیکنالوجی سے الگ ہیں۔ حوالہ جات بارسکی اور دیگر۔، (2007)۔ انسانی جینوم میں ہسٹون میتھیلیشنز کی ہائی ریزولوشن پروفائلنگ۔ خلیہ۔ (129) ؛ 823-37۔ ڈیکر، (2002)۔ کروموسوم کی تشکیل کو پکڑنا۔ سائنس۔ (295) ؛ 1306-1311۔ ڈیکر، (2006)۔ کروموسوم کی تشکیل کے تین 'سی' کی گرفت: کنٹرول، کنٹرول، کنٹرول۔ ناٹ۔ طریقے۔ (3) ؛ 17-21۔ فل ووڈ اور دیگر۔، (2009)۔ ایسٹروجن-رسیپٹر-α سے جڑا ہوا انسانی کرومیٹن انٹرایکٹوم۔ قدرت۔ (462) ؛ 58-64۔ فل ووڈ اینڈ یجن، (2009)۔ طویل فاصلے تک کرومیٹن کے تعاملات کی شناخت کے لیے CHIP پر مبنی طریقے۔ جے سیل بائیو کیم۔ 107 (1) ؛ 30-39۔ جانسن اور دیگر۔، (2007)۔ ان ویوو پروٹین-ڈی این اے تعاملات کی جینوم وسیع نقشہ سازی۔ سائنس۔ (316) ؛ 1497-502۔ کوو اینڈ ایلس، (1999)۔ متحرک پروٹین کا مطالعہ کرنے کے لیے ان ویو کراس لنکنگ اور امیونوپریسیپیٹیشن: کرومیٹن ماحول میں ڈی این اے ایسوسی ایشن۔ طریقے۔ (19) ؛ 425-33۔ لی، جی، فل ووڈ، ایم جے، زو، ایچ، ملاوادی، ایف ایچ، ویلکوو، ایس، ویگا، وی، اریارتنے، پی این، محمد، وائی بی، اوئی، ایچ ایس، ٹیناکون، سی، وی، سی ایل، روان، وائی اور سنگ، ڈبلیو کے۔ پیئرڈ اینڈ ٹیگ سیکوینسنگ کے ساتھ جامع کرومیٹن انٹرایکشن تجزیہ کے لیے چییا-پی ای ٹی ٹول۔ جینوم بائیول، 11 (2)۔ R22. ماسٹن اور دیگر۔، (2006)۔ انسانی جینوم میں نقل شدہ ریگولیٹری عناصر۔ ٹھیک ہے۔ ریو: جینومکس۔ ہم جینٹ۔ (7) ؛ 29-59۔ پولک اینڈ ڈومنی، (2006)۔ الو عناصر نقل کے عوامل کے لیے بہت سے بائنڈنگ سائٹس پر مشتمل ہوتے ہیں اور ترقیاتی عمل کے ضابطے میں کردار ادا کر سکتے ہیں۔ بی ایم سی جینومکس۔ (7) ؛ 133۔ وی اور دیگر۔، (2006)۔ انسانی جینوم میں پی 53 ٹرانسکرپشن فیکٹر بائنڈنگ سائٹس کا عالمی نقشہ۔ خلیہ۔ (124) ؛ 207-19۔ بیرونی روابط Chia-PET جینوم براؤزر-یہ براؤزر فل ووڈ اور دیگر کے ڈیٹا کو دیکھنے کے لیے ہے۔ (2009)، اور اس میں ایک کسٹم ہول جینوم انٹرایکشن ویور شامل ہے جو پورے جینوم کے منظر نامے کے ساتھ بائنڈنگ سائٹس اور تعاملات کی ایک میکروسکوپک تصویر فراہم کرتا ہے۔ سالماتی حیاتیات کی تکنیکیں جوہری تنظیم