Microbiome-wide association study
மைக்ரோபயோம்-வைட் அசோசியேஷன் ஸ்டடி (எம். டபிள்யூ. ஏ. எஸ்), இல்லையெனில் மெட்டஜெனோம்-வைட் அசோசியேஷன் ஸ்டடி (எம். ஜி. டபிள்யூ. ஏ. எஸ்) என்று அழைக்கப்படுகிறது, இது பல்வேறு உயிரினங்களில் வரையறுக்கப்பட்ட மைக்ரோபயோமின் முழு மெட்டஜெனோமை ஆய்வு செய்யப் பயன்படுத்தப்படும் ஒரு புள்ளிவிவர முறையாகும், இது மைக்ரோபயோமின் சில அம்சங்கள் (எடுத்துக்காட்டாக, மரபணு அல்லது இனங்கள்) ஒரு புரவலன் பண்புடன் தொடர்புடையதா என்பதைத் தீர்மானிக்க. பரவலாகப் பயன்படுத்தப்படும் மரபணு அளவிலான சங்க ஆய்விலிருந்து (ஜி. டபிள்யூ. ஏ. எஸ்) மெட்டஜெனோமிக்ஸ் துறையால் எம். டபிள்யூ. ஏ. எஸ் ஏற்றுக்கொள்ளப்பட்டுள்ளது. எம். டபிள்யூ. ஏ. எஸ் ஒலியியல் ரீதியாகவும் கருத்தியல் ரீதியாகவும் ஜி. டபிள்யூ. ஏ. எஸ் உடன் பிணைக்கப்பட்டிருந்தாலும் பல முக்கிய வேறுபாடுகள் உள்ளனஃ மனித மரபணுவை விட நுண்ணுயிரியில் சுமார் 150 மடங்கு அதிக மரபணுக்கள் உள்ளன. ஒரு ஜி. டபிள்யூ. ஏ. எஸ் இனத்தின் முன் வரையறுக்கப்பட்ட எண்ணிக்கையிலான குரோமோசோம்களுடன் குறிப்பிடத்தக்க தொடர்புடைய மரபணுக்களை மட்டுமே கண்டுபிடிக்க வேண்டும். மறுபுறம், எம். டபிள்யூ. ஏ. எஸ் பகுப்பாய்வு செய்ய வேண்டும், இருப்பினும் பல அம்சங்கள் தீர்மானிக்கப்படாத எண்ணிக்கையிலான நுண்ணுயிரிகளில் உள்ளன. இதன் விளைவாக, பல சோதனை சிக்கலில் சிக்குவதற்கான அதிக வாய்ப்பு உள்ளது. புரவலன் மக்கள்தொகை மரபணுவில் ஒப்பீட்டளவில் ஒத்த மரபணுக்களின் தொகுப்பைக் கொண்டிருந்தாலும், எந்தவொரு நுண்ணுயிரியின் மரபணு மாறுபாடும் வெவ்வேறு புரவலன்கள் மற்றும் சூழல்களுக்கு இடையில் கணிசமாக மாறுபடும். நுண்ணுயிரியின் மரபணுவும் கொடுக்கப்பட்ட ஹோஸ்டில் தற்காலிகமாக மாறுபடும், அதே நேரத்தில் ஜி. டபிள்யூ. ஏ. எஸ்ஸில் உள்ள ஹோஸ்டின் மரபணு அவற்றின் ஆயுட்காலம் முழுவதும் சரி செய்யப்படுகிறது. உணரப்பட்ட மைக்ரோபயோம் தரவுத்தொகுப்புகள் இயல்பாகவே கலவை மற்றும் தொடர்பு கொண்டவை. யூக்ளிடியன் இடத்தில் மரபணுக்கள் உள்ளன என்ற அனுமானம் கலப்பு தரவுகளின் நேரியல் அல்லாத தன்மையால் மீறப்படுகிறது. எம். டபிள்யூ. ஏ. எஸ்ஸில் மைக்ரோபயோமின் எந்த அம்சம் பயன்படுத்தப்படும் என்பதை வகைப்படுத்த பல வழிகள் உள்ளன. ஒரு குறிப்பிட்ட வகைப்பாட்டு நிலை (இனங்கள், பேரினம், பைலா போன்றவை) பயன்படுத்தி எம். டபிள்யூ. ஏ. எஸ் மதிப்பீடு செய்யப்படலாம். ), செயல்பாட்டு வகைபிரித்தல் அலகு (OTU) அல்லது பெருக்கி வரிசை மாறுபாடு (ASV), டிரான்ஸ்கிரிப்டோம், புரோட்டியோம் மற்றும் பல. பயன்படுத்தப்படும் அணுகுமுறை ஆராய்ச்சி கருதுகோளைப் பொறுத்தது, ஏனெனில் ஒவ்வொரு முறையும் பெரும்பாலும் மாறுபட்ட முடிவுகளைத் தரும். பெரும்பாலும், ஒரு வகைபிரித்தல் நிலை அல்லது OTU/ASV அடிப்படையிலான அணுகுமுறை குறிப்பிட்ட மைக்ரோபயோம் அம்சத்திற்கும் விரும்பிய பினோட்டைப்புக்கும் இடையிலான தொடர்புகளை தீர்மானிக்க பயன்படுத்தப்படுகிறது. சீரற்ற காடுகள் மற்றும் ஆழமான கற்றல் போன்ற இயந்திர கற்றல் அணுகுமுறைகள் போன்ற பல முறைகளைப் பயன்படுத்தலாம். DESeq2 மற்றும் ANCOM போன்ற திட்டங்களுடன் அம்ச சங்கத்தையும் நிறுவலாம். இருப்பினும், கிடைக்கக்கூடிய பரந்த அளவிலான கருவிகளால் நிறுவப்பட்ட தொடர்புகள் எப்போதும் காரணியாக மாற்றப்படாமல் போகலாம். ஆராய்ச்சியாளர்கள் தொடர்ச்சியான சோதனை மூலம் காரணத்தை தீர்மானிக்கிறார்கள். குறிப்புகள் மெட்டஜெனாமிக்ஸ்