Phylogenetic reconciliation
பைலோஜெனெடிக்ஸில், நல்லிணக்கம் என்பது இரண்டு அல்லது அதற்கு மேற்பட்ட ஒருங்கிணைந்த உயிரியல் பொருட்களின் வரலாற்றை இணைப்பதற்கான ஒரு அணுகுமுறையாகும். நல்லிணக்கத்தின் பொதுவான யோசனை என்னவென்றால், ஒரு உயிரினத்தின் பரிணாமத்தைக் குறிக்கும் ஒரு பைலோஜெனெடிக் மரம் (எ. கா. ஒரே மாதிரியான மரபணுக்கள் அல்லது குறியீடுகள்) மற்றொரு பைலோஜெனெடிக் மரத்திற்குள் வரையப்படலாம், அவை ஒன்றையொன்று சார்ந்திருப்பதை வெளிப்படுத்தவும், அவற்றின் பகிரப்பட்ட வரலாற்றைக் குறிக்கும் பரிணாம நிகழ்வுகளை வெளிப்படுத்தவும் ஒரு சூழலை (முறையே, இனங்கள், புரவலன்கள்) குறிக்கின்றன. நல்லிணக்க அணுகுமுறைகளின் வளர்ச்சி 1980 களில் தொடங்கியது, முக்கியமாக ஒரு மரபணு மற்றும் ஒரு மரபணுவின் இணை பரிணாமத்தை சித்தரிப்பதற்காகவும், ஒரு புரவலன் மற்றும் ஒரு சிம்பியான்ட்டின், இது பரஸ்பர, பொது அல்லது ஒட்டுண்ணியாக இருக்கலாம். எடுத்துக்காட்டாக, கிடைமட்ட மரபணு பரிமாற்றத்தைக் கண்டறியவோ அல்லது மரபணு பரிணாமத்தின் இயக்கவியலைப் புரிந்துகொள்ளவோ இது பயன்படுத்தப்படுகிறது. பைலோஜெனெடிக் நல்லிணக்கம் வாழ்க்கையின் வரலாற்றை உருவாக்கும் பரிணாமப் பாதைகளின் பன்முகத்தன்மைக்கு காரணமாக இருக்கலாம், மூலக்கூறுகள் முதல் மக்கள் தொகை அல்லது கலாச்சாரங்கள் வரை கருத்தில் கொள்ளக்கூடிய அனைத்து அளவுகளிலும் ஒருவருக்கொருவர் பின்னிப் பிணைந்துள்ளது. அமைப்பின் நிலைகளுக்கு இடையிலான தொடர்புகளின் முக்கியத்துவத்தின் சமீபத்திய அவதாரம் ஹோலோபியோன்ட் கருத்தாகும், இதில் ஒரு மேக்ரோ-உயிரினம் பல்வேறு உயிரினங்களின் சிக்கலான கூட்டாண்மையாக பார்க்கப்படுகிறது. இத்தகைய சிக்கலான நிறுவனங்களின் பரிணாம வளர்ச்சியை மாதிரியாக்குவது நல்லிணக்கம் குறித்த தற்போதைய ஆராய்ச்சியின் சவாலான மற்றும் உற்சாகமான திசைகளில் ஒன்றாகும். பைலோஜெனெடிக் மரங்கள் கூட்டுக் கட்டமைப்புகளாக பைலோஜெனெடிக் மரங்கள் அமைப்பின் அனைத்து மட்டங்களிலும் பின்னிப் பிணைந்துள்ளன, இது நிலைகளுக்கு உள்ளேயும் அதற்கு இடையிலும் மோதல்கள் மற்றும் சார்புகளை ஒருங்கிணைக்கிறது. மேக்ரோ-ஆர்கானிசம் மக்கள்தொகை கண்டங்களுக்கு இடையில் இடம்பெயர்கின்றன, அவற்றின் நுண்ணுயிர் குறியீடுகள் மக்கள்தொகைக்கு இடையில் மாறுகின்றன, அவற்றின் குறியீடுகளின் மரபணுக்கள் நுண்ணுயிர் இனங்களுக்கு இடையில் மாற்றப்படுகின்றன, மேலும் களங்கள் மரபணுக்களுக்கு இடையில் பரிமாறப்படுகின்றன. இந்த நிறுவன நிலைகளின் பட்டியல் பிரதிநிதித்துவம் அல்லது முழுமையானது அல்ல, ஆனால் நல்லிணக்க முறைகள் பயன்படுத்தப்பட்ட நிலைகளைப் பற்றிய பார்வையை வழங்குகிறது. ஒரு பொதுவான முறையாக, நல்லிணக்கம் பல நிலைகளை கணக்கில் எடுத்துக் கொள்ளலாம். உதாரணமாக, இது மரபணுக்களின் சின்டெனிக் அமைப்பு, இடமாற்றக்கூடிய கூறுகள் மற்றும் இனங்களின் தொடர்பு வரலாறு, இனங்கள் முழுவதும் ஒரு புரத வளாகத்தின் பரிணாமம் ஆகியவற்றைக் கருத்தில் கொள்ளலாம். கருதப்படும் பரிணாம நிகழ்வுகளின் அளவு புவியியல் பன்முகப்படுத்தல் போன்ற மக்கள்தொகை நிகழ்வுகளிலிருந்து நியூக்ளியோடிட்கள் நிலைகள் ஒரு உள் மரபணுக்களுக்கு செல்லலாம், எடுத்துக்காட்டாக முழு மரபணு நகல் போன்ற மரபணுக்களுக்குள் குரோமோசோம் நிலைகள் நிகழ்வுகள் உட்பட. அமைப்பின் பல நிலைகளில் வாழ்க்கையின் பன்முகத்தன்மையைக் குறிக்க பைலோஜெனிகள் பயன்படுத்தப்படுகின்றனஃ மேக்ரோ-உயிரினங்கள், வளர்ச்சி முழுவதும் அவற்றின் செல்கள், மார்க்கர் மரபணுக்கள், குரோமோசோம்கள், புரதங்கள், புரத களங்கள் மூலம் நுண்ணுயிரிகள், மேலும் மொழிகள் அல்லது விசித்திரக் கதைகள் போன்ற மனித கலாச்சார கூறுகளின் பரிணாமத்தைப் புரிந்துகொள்ள உதவியாக இருக்கும். இந்த நிலைகள் ஒவ்வொன்றிலும், பைலோஜெனெடிக் மரங்கள் குறிப்பிட்ட பன்முகப்படுத்தல் நிகழ்வுகளால் செய்யப்பட்ட வெவ்வேறு கதைகளை விவரிக்கின்றன, அவை நிலைகளுக்கு இடையில் பகிரப்படலாம் அல்லது பகிரப்படாமல் போகலாம். இருப்பினும் அவை கட்டமைப்பு ரீதியாக கூடு கட்டப்பட்டிருப்பதால் (மெட்ரியோஷ்கா பொம்மைகளைப் போலவே) அல்லது செயல்பாட்டு ரீதியாக சார்ந்திருப்பதால், ஒரு குறிப்பிட்ட மட்டத்தில் ஏற்படும் பரிணாமம் மற்ற நிலைகளில் உள்ளவற்றுடன் பிணைக்கப்பட்டுள்ளது. பைலோஜெனெடிக் நல்லிணக்கம் என்பது குறைந்தபட்சம் இரண்டு தொடர்புடைய மரங்களை ஒப்பிடுவதன் மூலம் நிலைகளுக்கு இடையிலான தொடர்புகளை அடையாளம் காண்பதாகும். முதலில் இரண்டு மரங்களுக்காக உருவாக்கப்பட்ட, இரண்டுக்கும் மேற்பட்ட நிலைகளுக்கான சமரசங்கள் சமீபத்தில் கட்டப்பட்டுள்ளன (மூன்று அல்லது அதற்கு மேற்பட்ட நிலைகளின் வெளிப்படையான மாடலிங் பிரிவைப் பார்க்கவும்). எனவே, நல்லிணக்கம் பரிணாம சூழ்நிலைகளை வழங்குகிறது, இது வளர்ந்து வரும் நிறுவனங்களிடையே மோதலையும் ஒத்துழைப்பையும் வெளிப்படுத்துகிறது. இந்த இணைப்புகள் உள்ளுணர்வற்றதாக இருக்கலாம், எடுத்துக்காட்டாக, ஒரே மரபணுவில் இருக்கும் மரபணுக்கள் தொடர்பற்ற பரிணாம வரலாறுகளைக் காட்டலாம், அதே நேரத்தில் ஒரு சிம்பியான்டின் மரபணுவில் இருக்கும் சில மரபணுக்கள் புரவலன் பைலோஜெனியுடன் வலுவான இணை பரிணாம சமிக்ஞையைக் காட்டலாம். எனவே, ஒரு ஹோலோபியான்டை உருவாக்கும் கூட்டத்தின் அடிப்படையிலான கட்டுப்பாடுகள் மற்றும் பரிணாம உத்திகளைப் புரிந்துகொள்ள நல்லிணக்கம் ஒரு பயனுள்ள கருவியாக இருக்கலாம். அனைத்து நிலைகளும் அடிப்படையில் ஒரே பொருளைக் கையாள்வதால், ஒரு பைலோஜெனெடிக் மரம், நல்லிணக்கத்தின் அதே மாதிரிகள்-குறிப்பாக இந்த கட்டுரையின் மையமாக இருக்கும் நகல்-பரிமாற்ற-இழப்பு நிகழ்வுகளை அடிப்படையாகக் கொண்டவை-சிறிய மாற்றங்களுடன், எந்த ஜோடிக்கும் மாற்றப்படலாம் இணைக்கப்பட்ட நிலைகள்ஃ ஒரு "உள்", "குறைந்த" அல்லது "இணை" நிறுவனம் (எ. கா. மரபணு, சிம்பியான்ட் இனங்கள், மக்கள் தொகை) ஒரு "மேல்" அல்லது "புரவலன்" ஒன்றிற்குள் (முறையே இனங்கள், புரவலன் அல்லது புவியியல் பகுதி) உருவாகிறது. மேல் மற்றும் கீழ் நிறுவனங்கள் ஓரளவு ஒரே வரலாற்றுடன் பிணைக்கப்பட்டுள்ளன, இது அவற்றின் பைலோஜெனெடிக் மரங்களில் ஒற்றுமைக்கு வழிவகுக்கிறது, ஆனால் சங்கங்கள் காலப்போக்கில் மாறலாம், அதிகமாகவோ அல்லது குறைவாகவோ கடுமையானதாக மாறலாம் அல்லது மற்ற கூட்டாளர்களுக்கு மாறலாம். மரபணுக்கள் மற்றும் இனங்கள்-நிலை பைலோஜெனிகளுக்கு இடையிலான வேறுபாடுகளைக் கணக்கிட 1979 ஆம் ஆண்டில் பைலோஜெனெடிக் நல்லிணக்கக் கொள்கை அறிமுகப்படுத்தப்பட்டது. ஒரு பரவலான அமைப்பில், ஒரு மரபணு மரத்திற்கும் ஒரு இன மரத்திற்கும் இடையிலான முரண்பாடுகளை விளக்க இரண்டு பரிணாம நிகழ்வுகள், மரபணு நகல் மற்றும் மரபணு இழப்பு ஆகியவை பயன்படுத்தப்பட்டன. மரபணு மரங்கள் குறித்த ஒரு மதிப்பெண் மற்றும் சீரமைக்கப்பட்ட வரிசையின் பரிணாம வளர்ச்சிக்கு மரபணு நகல், இழப்பு மற்றும் நியூக்ளியோடைடு மாற்றீடு ஆகியவற்றின் எண்ணிக்கையைப் பயன்படுத்துவதன் மூலம் சீரமைக்கப்பட்ட வரிசையையும் இது விவரித்தது, இது புதிய நல்லிணக்க மாதிரிகள் மற்றும் பைலோஜெனி அனுமானத்துடன் இன்றும் மையமாக உள்ளது. நல்லிணக்கம் என்ற சொல் 1997 ஆம் ஆண்டில் வெய்ன் மேடிசனால் பயன்படுத்தப்பட்டது, இது மரபணு நிலை பரிணாம நிகழ்வுகளின் விளைவாக ஏற்படும் "பைலோஜெனெடிக் கருத்து வேறுபாடு" என்ற தலைகீழ் கருத்தாகும். புரவலன் மற்றும் சிம்பியான்டின் இணை பரிணாமம் மற்றும் உயிரினங்களின் புவியியல் பன்முகப்படுத்தல் ஆகியவற்றிற்காக நல்லிணக்கம் பின்னர் கூட்டாக உருவாக்கப்பட்டது. இரண்டு அமைப்புகளிலும், புரவலன் மரத்தின் இணையான கிளைகளைக் குறிக்கும் ஒரு கிடைமட்ட நிகழ்வை மாதிரியாக்குவது முக்கியமானதுஃ புரவலன் மற்றும் சிம்பியான்டுக்கான புரவலன் மாற்றம் மற்றும் உயிரியல் புவியியலில் ஒரு பகுதியிலிருந்து மற்றொரு பகுதிக்கு இனங்கள் சிதறல். மரபணுக்கள் மற்றும் மரபணுக்களைப் போலல்லாமல், புரவலன் மற்றும் சிம்பியான்டின் இணை பரிணாமம் மற்றும் புவியியலின் மூலம் இனங்கள் பன்முகப்படுத்தலின் விளக்கம் எப்போதும் பூஜ்ய கருதுகோள் அல்ல. ஒரு டாங்லெகிராமில் இரண்டு பைலோஜெனிகளின் காட்சி சித்தரிப்பு அத்தகைய இணை பரிணாமத்தை மதிப்பிட உதவும், இருப்பினும் இது புள்ளிவிவர வெளிப்படையான விளக்கத்தைக் கொண்டிருக்கவில்லை. ப்ரூக்ஸ் பார்சிமோனி பகுப்பாய்வு போன்ற எழுத்து முறைகள், இணை பரிணாமத்தை சோதிக்கவும், இணை பரிணாமத்தின் காட்சிகளை மறுகட்டமைக்கவும் முன்மொழியப்பட்டன. இந்த முறைகளில், மரங்களில் ஒன்று அதன் இலைகளைத் தவிர மறக்கப்படுகிறது, பின்னர் அவை இரண்டாவது மரத்தில் உருவாகும் ஒரு கதாபாத்திரமாகப் பயன்படுத்தப்படுகின்றன. நல்லிணக்கத்திற்கான முதல் மாதிரிகள், இரண்டு நிலப்பரப்புகளையும் வெளிப்படையாக கணக்கில் எடுத்துக்கொள்வது மற்றும் இயந்திர நிகழ்வு அடிப்படையிலான அணுகுமுறையைப் பயன்படுத்துவது, புரவலன் மற்றும் சிம்பியான்ட் மற்றும் உயிரியல் புவியியலுக்காக முன்மொழியப்பட்டன. விவாதங்கள் தொடர்ந்தன, ஏனெனில் முறைகள் இன்னும் முழுமையாக ஒலிக்கவில்லை, ஆனால் ஒரு புதிய கட்டமைப்பில் பயனுள்ள தகவல்களை ஒருங்கிணைத்தன. ஒவ்வொரு நிகழ்வுக்கான செலவுகள் மற்றும் அனைத்து ஜோடி புரவலன் மற்றும் சிம்பியான்ட் முனைகளைக் கருத்தில் கொண்டு ஒரு மாறும் நிரலாக்க நுட்பம் பின்னர் ஒரு புரவலன் மற்றும் சிம்பியான்ட் அணுகுமுறையில் அறிமுகப்படுத்தப்பட்டது, இவை இரண்டும் புரவலன் மற்றும் சிம்பியான்டுக்கான தற்போதைய நல்லிணக்க முறைகள் மற்றும் இனங்கள் மற்றும் மரபணுக்களுக்கு இன்னும் அடித்தளமாக உள்ளன. நல்லிணக்கம் அது அறிமுகப்படுத்தப்பட்ட கட்டமைப்பிற்கு திரும்பியது, மரபணு மற்றும் இனங்கள். கிடைமட்ட மரபணு பரிமாற்றத்திற்கான எழுத்து மாதிரிகள் பரிசீலிக்கப்பட்ட பிறகு, ஒரு புதிய நல்லிணக்க மாதிரி, புரவலன் மற்றும் சிம்பியான்டுக்காக வழங்கப்பட்ட மாறும் நிரலாக்க அணுகுமுறையைப் பின்பற்றி மேம்படுத்தியது, மரபணு மற்றும் இனங்களுக்கு கிடைமட்ட மரபணு பரிமாற்றத்தை திறம்பட அறிமுகப்படுத்தியது. ஹோஸ்ட் மற்றும் சிம்பியான்ட், மரபணு மற்றும் இனங்கள் அல்லது உயிர் புவியியல் நிலைகளில் பைலோஜெனிகளைப் படிக்கும் பல ஆராய்ச்சி சமூகங்களுக்கிடையேயான பரிமாற்றங்கள் மூலம் பைலோஜெனெடிக் நல்லிணக்கத்தின் முற்போக்கான வளர்ச்சி சாத்தியமானது. இந்தக் கதையும் அதன் நவீன முன்னேற்றங்களும் பல முறை மதிப்பாய்வு செய்யப்பட்டுள்ளன, பொதுவாக சில விதிவிலக்குகளுடன் குறிப்பிட்ட ஜோடி நிலைகளில் கவனம் செலுத்துகின்றன. புதிய முன்னேற்றங்கள் புதிய ஒருங்கிணைந்த மாதிரிகளுடன் வெவ்வேறு கட்டமைப்புகளை ஒன்றிணைக்கத் தொடங்குகின்றன. பாக்கெட் கோஃபர்கள் மற்றும் அவற்றின் மெல்லும் பேன்கள்ஃ ஒரு பாரம்பரிய எடுத்துக்காட்டு பாக்கெட் கோஃபர்கள் (ஜியோமைடே) மற்றும் அவற்றின் மெல்லும் பேன்கள் (ட்ரைகோடெக்டிடே) ஹோஸ்ட் மற்றும் சிம்பியான்ட் கோவல்யூஷனின் நன்கு ஆய்வு செய்யப்பட்ட அமைப்பை உருவாக்குகின்றன. புரவலன் மற்றும் சிம்பியான்டின் பைலோஜெனியும் அவற்றின் மரங்களின் இலைகளுடன் பொருந்துவதும் இடதுபுறத்தில் சித்தரிக்கப்பட்டுள்ளன. புரவலன் என்றால், ஓ. என்பது ஆர்த்தோஜியோமிஸ், ஜி. என்பது ஜியோமிஸ் மற்றும் டி. என்பது தோமிஸ்; சிம்பியான்ட் என்றால், ஜி. என்பது ஜியோமைடோய்கஸ் மற்றும் டி. என்பது தோமாய்டோய்கஸ். இரண்டு மரங்களையும் மறுசீரமைப்பது என்பது பரிணாம நிகழ்வுகளுடன் ஒரு காட்சியைக் கொடுப்பது மற்றும் இரண்டு மரங்களின் இணை பரிணாமத்தை சித்தரிக்கும் மூதாதையர் முனைகளில் பொருத்துவது. இந்த அமைப்பில் கருதப்படும் நிகழ்வுகள் டிடிஎல் மாதிரியின் நிகழ்வுகளாகும்ஃ நகல், பரிமாற்றம் (அல்லது ஹோஸ்ட் சுவிட்ச்), இழப்பு மற்றும் கோஸ்பெசியேஷன், கோவல்யூஷனின் பூஜ்ய நிகழ்வு. இரண்டு வெவ்வேறு கட்டமைப்புகளைப் பயன்படுத்தி இரண்டு ஆய்வுகளில் இரண்டு காட்சிகள் முன்மொழியப்பட்டன, அவை இயக்கவியல் நிரலாக்கத்திற்கு முந்தைய டிடிஎல் நல்லிணக்கமாகக் கருதப்படலாம். நவீன டிடிஎல் நல்லிணக்க கட்டமைப்புகளில், நிகழ்வுகளுக்கு செலவுகள் ஒதுக்கப்படுகின்றன. இரண்டு காட்சிகளும் வெவ்வேறு செலவு ஒதுக்கீடுகளுடன் அதிகபட்ச பார்சிமோனியஸ் நல்லிணக்கத்துடன் ஒத்திருப்பதாகக் காட்டப்பட்டன. காட்சி A இரண்டு மரங்களையும் சமரசம் செய்ய 6 கோஸ்பிசியேஷன்கள், 2 நகல்கள், 3 இழப்புகள் மற்றும் 2 ஹோஸ்ட் சுவிட்சுகளைப் பயன்படுத்துகிறது, அதே நேரத்தில் காட்சி B 5 கோஸ்பிசியேஷன்கள், 3 நகல்கள், 3 இழப்புகள் மற்றும் 2 ஹோஸ்ட் சுவிட்சுகளைப் பயன்படுத்துகிறது. ஒரு காட்சியின் செலவு என்பது அதன் நிகழ்வுகளின் செலவின் கூட்டுத்தொகையாகும். எடுத்துக்காட்டாக, காஸ்பெசியேஷனுக்கு 0, நகல் எடுப்பதற்கு 2, இழப்புக்கு 1 மற்றும் ஹோஸ்ட் சுவிட்சுக்கு 3 என்ற செலவில், சூழ்நிலை A க்கு B இன் செலவு மற்றும் சூழ்நிலை உள்ளது, எனவே ஒரு பார்சிமோனியஸ் கொள்கையின்படி, சூழ்நிலை A அதிக வாய்ப்புள்ளதாகக் கருதப்படும் (காஸ்பெசியேஷனின் செலவு நகல் எடுப்பதற்கான செலவை விட குறைவாக இருக்கும் வரை சூழ்நிலை A அதிகமாக இருக்கும்). பைலோஜெனெடிக் மறுசீரமைப்பு மாதிரிகளின் வளர்ச்சி பைலோஜெனியில் இன்று பயன்படுத்தப்படும் மாதிரிகள் மற்றும் முறைகள் பல தசாப்த கால ஆராய்ச்சியின் விளைவாகும், அவை படிப்படியாக சிக்கலானவை, தரவுகளின் தன்மை மற்றும் ஒரு பக்கத்தில் உயிரியல் யதார்த்தவாதத்திற்கான தேடல் மற்றும் மறுபுறம் கணித மற்றும் வழிமுறை முறைகளின் வரம்புகள் மற்றும் முன்னேற்றங்களால் இயக்கப்படுகின்றன. சமரசத்திற்கு முந்தைய மாதிரிகள்ஃ மரங்களில் உள்ள எழுத்துக்கள் ஒரு நிலைக்கு மரம் இல்லாதபோது எழுத்து முறைகளைப் பயன்படுத்தலாம், ஆனால் மற்ற நிலைக்கு ஒரு பைலோஜெனெடிக் மரத்தின் இலைகளில் ஒரு எழுத்துக்கான மதிப்புகள் மட்டுமே. ஒரு மாதிரி எழுத்து மதிப்பு மாற்றம், அவற்றின் விகிதம், நிகழ்தகவுகள் அல்லது செலவுகளின் நிகழ்வுகளை வரையறுக்கிறது. எடுத்துக்காட்டாக, ஒரு சிம்பியான்ட் மரத்தில் ஒரு புரவலன் இருப்பது, ஒரு இன மரத்தின் புவியியல் பகுதி, ஒரு மரபணு மரத்தில் உள்ள மரபணுக்களின் எண்ணிக்கை அல்லது ஒரு வரிசையில் நியூக்ளியோடைடுகள் ஆகியவையாக இருக்கலாம். இத்தகைய முறைகள் மரத்தின் உள் முனைகளில் மூதாதையர் எழுத்துக்களை மறுகட்டமைப்பதை நோக்கமாகக் கொண்டுள்ளன. இந்த முறைகள் மரபணு பரிணாம வளர்ச்சியில் முடிவுகளை உருவாக்கியிருந்தாலும், இரண்டாவது மரத்தின் பயன்பாடு மிகவும் எளிமையான எடுத்துக்காட்டுகளுடன் தோன்றுகிறது. ஒரு சிம்பியான்ட் சமீபத்தில் ஒரு உயிரினக் குழுவில் பரவும் திறனைப் பெற்றிருந்தால், அது அவற்றில் பெரும்பாலானவற்றில் இருந்தால், புரவலன்களின் பொதுவான மூதாதையருக்கு ஏற்கனவே சிம்பியான்ட் இருந்ததை எழுத்து முறைகள் தவறாகக் குறிக்கும். இதற்கு மாறாக, சிம்பியான்ட் மற்றும் புரவலன் மரங்களின் ஒப்பீடு கிடைமட்ட இடமாற்றங்களை வெளிப்படுத்தும் முரண்பாடுகளைக் காண்பிக்கும். நல்லிணக்கத்தின் தோற்றம்ஃ நகல் இழப்பு மாதிரி மற்றும் மிகக் குறைந்த பொதுவான மூதாதையர் வரைபட நகல் மற்றும் இழப்பு ஆகியவை ஒரு மரபணுவில் ஒரு மரபணுவின் பல பிரதிகள் இருப்பதை அல்லது சில இனங்களில் அது இல்லாததை விளக்க முதலில் பயன்படுத்தப்பட்டன. அந்த இரண்டு நிகழ்வுகளாலும் எந்த இரண்டு மரங்களையும் சமரசம் செய்ய முடியும், அதாவது. கீழ் மற்றும் மேல் மரங்களின் முனைகள் மற்றும் கிளைகளை வரைபடமாக்க, அல்லது மேல் மரத்திற்கும் கீழ் மரத்திற்கும் இடையிலான முரண்பாடுகளை விளக்கும் பரிணாம நிகழ்வுகளின் பட்டியலை வழங்குவதற்கு சமமாக. மிகவும் பார்சிமோனியஸ் டூப்ளிகேஷன் அண்ட் லாஸ் (டிஎல்) நல்லிணக்கம் மிகக் குறைந்த பொதுவான மூதாதையர் (எல். சி. ஏ) வரைபடத்தின் மூலம் கணக்கிடப்படுகிறதுஃ இலைகளிலிருந்து வேர் வரை, ஒவ்வொரு உள் முனையும் அதன் இரண்டு குழந்தைகளின் வரைபடத்தின் மிகக் குறைந்த பொதுவான மூதாதையருக்கு வரைபடமாக்கப்படுகிறது. நல்லிணக்கத்திற்கான ஒரு மார்கோவியன் மாதிரி டி. எல் மாதிரியில் உள்ள எல். சி. ஏ வரைபடம் ஒரு பார்சிமோனி கொள்கையைப் பின்பற்றுகிறதுஃ எந்த நிகழ்வும் அவசியமில்லை என்றால் அழைக்கப்படக்கூடாது. இருப்பினும் இந்தக் கொள்கையின் பயன்பாடு விவாதிக்கப்படுகிறது, மேலும் மூலக்கூறு பரிணாமத்தில் ஒரு நிகழ்தகவு மாதிரியை சீரற்ற நடைப்பயணமாக பொருத்துவது மிகவும் துல்லியமானது என்று பொதுவாக ஒப்புக் கொள்ளப்படுகிறது, இது பார்சிமோனியஸ் காட்சிகளை உருவாக்க வேண்டிய அவசியமில்லை. ஒரு பிறப்பு மற்றும் இறப்பு மார்கோவியன் மாதிரி என்பது ஒரு மாதிரியாகும், இது வேர் முதல் இலைகள் வரை ஒரு நிலையான மேல் மரத்தை "உள்ளே" உருவாக்க முடியும். புள்ளிவிவர அனுமானம் மிகவும் சாத்தியமான சூழ்நிலைகளைக் கண்டறிய ஒரு கட்டமைப்பை வழங்குகிறது, மேலும் அந்த விஷயத்தில், இரண்டு மரங்களின் அதிகபட்ச சாத்தியக்கூறு நல்லிணக்கமும் ஒரு பார்சிமோனியஸ் ஒன்றாகும். கூடுதலாக, இத்தகைய கட்டமைப்பின் மூலம் காட்சிகளை மாதிரி எடுப்பது அல்லது வெவ்வேறு கருதுகோள்களை சோதிப்பதற்காக பல சாத்தியமான காட்சிகளை ஒருங்கிணைப்பது சாத்தியமாகும், எடுத்துக்காட்டாக குறைந்த மரங்களின் இடத்தை ஆராய்வது. மேலும், நிகழ்தகவு மாதிரிகள் பெரிய மாதிரிகளில் ஒருங்கிணைக்கப்படலாம், ஏனெனில் சுதந்திரத்தை எடுத்துக் கொள்ளும்போது நிகழ்தகவுகள் வெறுமனே பெருக்கப்படுகின்றன, எடுத்துக்காட்டாக வரிசை பரிணாமம் மற்றும் டி. எல் நல்லிணக்கத்தை இணைத்தல். கிடைமட்ட பரிமாற்ற ஹோஸ்ட் சுவிட்சை அறிமுகப்படுத்துதல், அதாவது. ஒரு உறவினர் பரம்பரையிலிருந்து ஒரு சிம்பியான்டின் பரம்பரை, இனங்களுக்கிடையேயான ஒட்டுண்ணி அல்லது சிம்பயாடிக் உறவுகளின் பரிணாம வளர்ச்சியில் ஒரு முக்கியமான நிகழ்வாகும். இந்த கிடைமட்ட பரிமாற்றம் உயிரியல் புவியியலில் இடம்பெயர்வு நிகழ்வுகளை மாதிரியாக்குகிறது, மேலும் பல முரண்பாடுகளை நகலெடுப்பு மற்றும் இழப்பு மூலம் வெறுமனே விளக்க முடியாது என்றும், கிடைமட்ட மரபணு பரிமாற்றம் (எச். ஜி. டி) ஒரு முக்கிய பரிணாம செயல்முறை என்றும் தோன்றியபோது மரபணு மற்றும் இன மரங்களின் நல்லிணக்கத்திற்கு ஆர்வமாக இருந்தது. இந்த மாறுதல், அல்லது கிடைமட்ட பரிமாற்றம், வடிவம் கலவை அல்லது ஊடுருவல் மாதிரியாகவும் இருக்கலாம். இது குறியீட்டு பைலோஜெனியிலிருந்து தகவல் இல்லாமல், எழுத்து முறைகளில் கருதப்படுகிறது. டிஎல் மாதிரியின் மேல், கிடைமட்ட பரிமாற்றம் புதிய மற்றும் மிகவும் மாறுபட்ட நல்லிணக்க சூழ்நிலைகளை செயல்படுத்துகிறது. எளிமையான ஆனால் சக்திவாய்ந்த மாறும் நிரலாக்க அணுகுமுறை எல். சி. ஏ நல்லிணக்க முறை ஒரு தனித்துவமான தீர்வைத் தருகிறது, இது நிகழ்வுகளின் எடையுள்ள எண்ணிக்கையைக் குறைப்பதற்கான சிக்கலுக்கு உகந்ததாக நிரூபிக்கப்பட்டுள்ளது, இது நகல் மற்றும் இழப்பின் ஒப்பீட்டு எடைகள் எதுவாக இருந்தாலும் சரி. இதற்கு மாறாக, நகல், கிடைமட்ட பரிமாற்றம் மற்றும் இழப்பு (டி. டி. எல்) உடன், பல சமமான பார்சிமோனியஸ் சமரசங்கள் இருக்கலாம். உதாரணமாக, தொடர்ச்சியான நகல்கள் மற்றும் இழப்புகளை ஒற்றை பரிமாற்றத்தால் மாற்றலாம். ஒரு கணக்கீட்டு சிக்கலை வரையறுத்து, ஒரு தீர்மானத்தை அணுகுவதற்கான முதல் யோசனைகளில் ஒன்று, ஒரு புரவலன்/சிம்பியான்ட் கட்டமைப்பில், ஒரு ஹூரிஸ்டிக் வழிமுறையுடன் இணை-வகைகளின் எண்ணிக்கையை அதிகரிப்பதாகும். மற்றொரு தீர்வு என்னவென்றால், நிகழ்வுகளுக்கு ஒப்பீட்டு செலவுகளைக் கொடுப்பது மற்றும் அதன் நிகழ்வுகளின் செலவுகளின் கூட்டுத்தொகையைக் குறைக்கும் ஒரு சூழ்நிலையைக் கண்டறிவது. நிகழ்தகவு மாதிரி கட்டமைப்புகளில், நிகழ்வுகளுக்கு விகிதங்கள் அல்லது நிகழ்தகவுகளை ஒதுக்குவது மற்றும் அதிகபட்ச நிகழ்தகவு காட்சிகள் அல்லது அவற்றின் சாத்தியக்கூறுகளுக்கு ஏற்ப மாதிரி காட்சிகளைத் தேடுவது ஆகியவை சமமான பணியாகும். இந்த சிக்கல்கள் அனைத்தும் ஒரு மாறும் நிரலாக்க அணுகுமுறையுடன் தீர்க்கப்படுகின்றன. இந்த மாறும் நிரலாக்க முறை ஒரு அஞ்சல் வரிசையில் இரண்டு மரங்களையும் கடந்து செல்வதை உள்ளடக்கியது. இலைகளிலிருந்து தொடங்கி, பின்னர் இரண்டு மரங்களில் மேலே சென்று, ஒவ்வொரு இரண்டு உள் முனைகளுக்கும் (ஒவ்வொரு மரத்திற்கும் ஒன்று), மிகவும் பார்சிமோனியஸ் டி. டி. எல் நல்லிணக்கத்தின் செலவு கணக்கிடப்படுகிறது. ஒரு பார்ஸிமோனி கட்டமைப்பில், வேரூன்றிய ஒரு கீழ் துணை மரத்தை வேரூன்றிய ஒரு மேல் துணை மரத்துடன் சமரசம் செய்வதற்கான செலவுகள் இலைகளுக்கு அவற்றின் பொருத்தத்துடன் துவக்கப்படுகின்றனஃ பின்னர் தூண்டலாக, குழந்தைகளின் குழந்தைகளை முறையே இனப்பெருக்கம், நகல், கிடைமட்ட பரிமாற்றம் மற்றும் இழப்பு ஆகியவற்றுடன் தொடர்புடைய செலவுகளைக் குறிக்கிறது (பெரும்பாலும் 0 ஆக நிர்ணயிக்கப்படுகிறது), செலவுகள் மற்றும், அவை சார்ந்து இல்லாததால், ஒரு முறை கணக்கிடப்படலாம், எனவே அனைத்து ஜோடிக்கும் கணக்கிட இருபடி சிக்கலை அடையலாம் மற்றும். இழப்புகளின் விலை மற்ற நிகழ்வுகளுடன் இணைந்து மட்டுமே தோன்றுகிறது, ஏனெனில் பார்சிமோனியில், இழப்பு எப்போதும் மரத்தில் முந்தைய நிகழ்வுடன் தொடர்புடையதாக இருக்கலாம். டைனமிக் புரோகிராமிங் பயன்பாட்டின் பின்னணியில் உள்ள தூண்டல் எப்போதும் மரங்களில் வேர்களை நோக்கி முன்னேறுவதை அடிப்படையாகக் கொண்டது. இருப்பினும், தொடர்ச்சியாக நடக்கக்கூடிய நிகழ்வுகளின் சில சேர்க்கைகள் இந்த தூண்டலை தவறாக வரையறுக்கக்கூடும். அத்தகைய கலவையில் ஒரு பரிமாற்றமும் அதைத் தொடர்ந்து உடனடியாக நன்கொடையாளர் பரம்பரையில் (டி. எல்) இழப்பும் அடங்கும். இந்த டிஎல் நிகழ்வின் பயன்பாட்டைக் கட்டுப்படுத்துவது தூண்டலை சரிசெய்கிறது. வரம்பற்ற பயன்பாட்டுடன், நிலையான புள்ளி முறைகள் அல்லது வேறுபட்ட சமன்பாடுகளின் எண்ணியல் தீர்வு போன்ற சமன்பாடுகளின் அமைப்புகளைத் தீர்க்க அறியப்பட்ட பிற முறைகளைப் பயன்படுத்துவது அல்லது சேர்ப்பது அவசியம். 2016 ஆம் ஆண்டில், பொதுவாகப் பயன்படுத்தப்படும் பார்சிமோனி நல்லிணக்கத் திட்டங்களில் ஏழில் இரண்டு மட்டுமே டி. எல் நிகழ்வுகளைக் கையாண்டன, இருப்பினும் அவற்றின் பரிசீலனை ஒரு நல்லிணக்கத்தின் முடிவை கடுமையாக மாற்றும். எல். சி. ஏ மேப்பிங் போலல்லாமல், டி. டி. எல் நல்லிணக்கம் பொதுவாக குறைந்தபட்ச செலவின் பல காட்சிகளை வழங்குகிறது, சில சந்தர்ப்பங்களில் ஒரு அதிவேக எண். டைனமிக் புரோகிராமிங் அணுகுமுறையின் வலிமை என்னவென்றால், இது இருபடி நேரத்தில் உள்ளீடு மேல் மற்றும் கீழ் மரத்தின் இணை பரிணாமத்தின் குறைந்தபட்ச செலவைக் கணக்கிட உதவுகிறது, மேலும் பின்தொடர்தல் மூலம் மிகவும் பார்சிமோனியஸ் காட்சியைப் பெறுகிறது. இணை பரிணாமத்தின் சாத்தியக்கூறுகளைக் கணக்கிடுவதற்கும், பெரும்பாலும் நல்லிணக்கத்தைப் பெறுவதற்கும் ஒரு நிகழ்தகவு கட்டமைப்பிற்கு மாற்றப்படலாம், செலவுகளை விகிதங்கள், குறைந்தபட்சம் தொகைகள் மற்றும் தயாரிப்புகளின் தொகைகளால் மாற்றலாம். மேலும், பல பின்னடைவுகள் மூலம், அணுகுமுறை அனைத்து பார்சிமோனியஸ் தீர்வுகளையும் கணக்கிடுவதற்கு அல்லது அவற்றின் சாத்தியக்கூறுகளுக்கு ஏற்ப உகந்த மற்றும் துணை உகந்த காட்சிகளை மாதிரி செய்ய ஏற்றது. நிகழ்வு செலவுகள் மற்றும் விகிதங்களின் மதிப்பீடு டைனமிக் புரோகிராமிங் ஒரு பகுதி தீர்வு மட்டுமே மற்றும் நல்லிணக்கத்தால் எழுப்பப்பட்ட பல சிக்கல்களை தீர்க்காது. மிகவும் பார்சிமோனியஸ் டிடிஎல் நல்லிணக்கத்தை வரையறுப்பதற்கு பல்வேறு வகையான நிகழ்வுகளுக்கு (டி, டி மற்றும் எல்) செலவுகளை ஒதுக்க வேண்டும். வெவ்வேறு செலவு ஒதுக்கீடுகள் வெவ்வேறு நல்லிணக்க சூழ்நிலைகளை வழங்கக்கூடும், எனவே அந்த செலவுகளைத் தேர்ந்தெடுக்க ஒரு வழி தேவை. அவ்வாறு செய்ய பல்வேறு அணுகுமுறைகள் உள்ளன. CoRE-PA செலவு திசையன்களின் இடத்தை ஒரு தொடர்ச்சியான முறையில் ஆராய்கிறது, சமரசங்களில் நிகழ்வு அதிர்வெண்களுடன் ஒரு நல்ல பொருத்தத்தைத் தேடுகிறது. நிகழ்வு விகிதங்களை அதிகபட்ச சாத்தியக்கூறுகளால் மதிப்பிடுவதற்கு ALE அதே யோசனையை ஒரு நிகழ்தகவு கட்டமைப்பில் பயன்படுத்துகிறது. மாற்றாக, COALA என்பது தொடர்ச்சியான மான்டே கார்லோவுடன் தோராயமான பேய்சியன் கணக்கீட்டைப் பயன்படுத்தும் ஒரு முன் செயல்முறையாகும்ஃ உருவகப்படுத்துதல் மற்றும் புள்ளிவிவர நிராகரிப்பு அல்லது தொடர்ச்சியான சுத்திகரிப்புடன் அளவுருக்களை ஏற்றுக்கொள்வது. பார்சிமோனி கட்டமைப்பில், சாத்தியமான நிகழ்வு செலவுகளின் இடத்தை செலவுகளின் பகுதிகளாகப் பிரிக்கவும் முடியும், இது அதே பரேட்டோ உகந்த தீர்வுக்கு வழிவகுக்கிறது. பாரேட்டோ உகந்த சமரசங்கள் என்பது வேறு எந்த நல்லிணக்கமும் ஒரு வகை நிகழ்வுக்கு (நகல், பரிமாற்றம் அல்லது இழப்பு) கண்டிப்பாக தாழ்ந்த செலவைக் கொண்டிருக்கவில்லை, மற்றவர்களுக்கு குறைவாகவோ அல்லது சமமாகவோ இருக்கும். நிகழ்வு செலவுகளைத் தேர்ந்தெடுப்பதற்காக வெளிப்புறக் கருத்துகளை நம்புவதும் சாத்தியமாகும். எடுத்துக்காட்டாக, ஆங்ஸ்ட் மென்பொருள், மரபணு அளவு, மரபணுக்களின் எண்ணிக்கை, பெற்றோர் மற்றும் குழந்தைகள் இனங்களுக்கு இடையிலான மாறுபாட்டைக் குறைக்கும் செலவுகளைத் தேர்ந்தெடுக்கிறது. தற்காலிக சாத்தியக்கூறுகளின் சிக்கல் டைனமிக் நிரலாக்க முறை தேதியிட்ட (உள் முனைகள் முற்றிலும் வரிசைப்படுத்தப்பட்டுள்ளன) அல்லது தேதி குறிப்பிடப்படாத மேல் மரங்களுக்கு வேலை செய்கிறது. இருப்பினும், தேதி குறிப்பிடப்படாத மரங்களுடன், ஒரு தற்காலிக சாத்தியக்கூறு சிக்கல் உள்ளது. உண்மையில், ஒரு கிடைமட்ட பரிமாற்றம் என்பது நன்கொடையாளரும் பெறுபவரும் சமகாலத்தவர்கள் என்பதைக் குறிக்கிறது, எனவே மரத்தின் மீது நேரக் கட்டுப்பாட்டைக் குறிக்கிறது. இதன் விளைவாக, இரண்டு கிடைமட்ட இடமாற்றங்கள் பொருந்தாது, ஏனெனில் அவை நேரக் கட்டுப்பாடுகளுக்கு முரணாக உள்ளன. மாறும் நிரலாக்க அணுகுமுறை அத்தகைய பொருந்தாத தன்மைகளை எளிதில் சரிபார்க்க முடியாது. மேல் மரம் தேதி குறிப்பிடப்படவில்லை என்றால், தற்காலிகமாக சாத்தியமான மிகவும் பார்சிமோனியஸ் நல்லிணக்கத்தைக் கண்டுபிடிப்பது NP-கடினம். இது நிலையான அளவுரு டிராக்டபிள் ஆகும், அதாவது வெளியீட்டு சூழ்நிலைகளில் இடமாற்றங்களின் எண்ணிக்கையின் அதிவேகத்தால் வரம்புக்குட்பட்ட நேரத்தில் இயங்கும் வழிமுறைகள் உள்ளன. சில தீர்வுகள் முழு எண் நேரியல் நிரலாக்கம் அல்லது கிளை மற்றும் பிணைக்கப்பட்ட ஆய்வு ஆகியவற்றைக் குறிக்கின்றன. மேல் மரம் தேதியிட்டிருந்தால், பொருந்தாத சிக்கல் எதுவும் இல்லை, ஏனெனில் கிடைமட்ட இடமாற்றங்கள் ஒருபோதும் நேரத்தை பின்னோக்கி செல்லக்கூடாது என்று கட்டுப்படுத்தப்படலாம். ஒரு ஒத்திசைவான உகந்த நல்லிணக்கத்தைக் கண்டறிவது பின்னர் பல்லுறுப்புக்கோவை நேரத்தில் அல்லது ராஸ்கலில் ஒரு வேகத்துடன் தீர்க்கப்படுகிறது, முனை வரைபடங்களின் ஒரு பகுதியை மட்டுமே சோதிப்பதன் மூலம். தேதியிடப்படாத மரங்களை எடுக்கும் பெரும்பாலான மென்பொருள்கள் தற்காலிக சாத்தியக்கூறுகளைத் தேடுவதில்லை, ஜேன் தவிர, இது ஒரு மரபணு வழிமுறை மூலம் மொத்த ஆர்டர்களின் இடத்தை ஆராய்கிறது, அல்லது, ஒரு பிந்தைய செயல்பாட்டில், நோடங் மற்றும் யூகலிப்டு, இது நேரத்திற்கு உகந்த தீர்வுகளின் தொகுப்பிற்குள் தேடுகிறது. பிற முறைகள் சமரசங்களுக்கு துணை அடுக்குகளாக செயல்படுகின்றன, சமரசங்களை சரிசெய்கின்றன அல்லது சாத்தியமான இடமாற்றங்களின் துணைக்குழுவைத் திருப்பித் தருகின்றன, அவை ஒரு இன மரத்தின் தேதிக்கு பயன்படுத்தப்படலாம். பைலோஜெனிகளை விரிவுபடுத்துதல்ஃ இறந்தவர்களிடமிருந்து இடமாற்றங்கள் பொதுவாக பைலோஜெனெடிக்ஸில், எந்தவொரு பைலோஜெனியிலும் குறிப்பிடப்படும் தற்போதைய மற்றும் மூதாதையர் இனங்கள் தற்போது இருக்கும் அல்லது எப்போதும் இருந்த இனங்களின் ஒரு சிறிய மாதிரி மட்டுமே என்பதை நினைவில் கொள்வது அவசியம். இதனால்தான் பைலோஜெனெடிக் முறைகளைப் பயன்படுத்தி கண்டறியக்கூடிய அனைத்து இடமாற்றங்களும் ஒரு ஆய்வு செய்யப்பட்ட பைலோஜெனியில் இல்லாத வம்சாவளிகளில் தோன்றியுள்ளன என்று ஒருவர் பாதுகாப்பாக கருதலாம். பைலோஜெனெடிக் ஆய்வுகளில் அழிந்த அல்லது மாதிரி செய்யப்படாத பல்லுயிர் கணக்கியல் இந்த செயல்முறைகளைப் பற்றி நன்கு புரிந்துகொள்ள உதவும். முதலில், டிடிஎல் நல்லிணக்க முறைகள் இந்த நிகழ்வை அங்கீகரிக்கவில்லை, மேலும் மரத்தின் சமகால கிளைகளுக்கு இடையில் மாற்றுவதற்கு மட்டுமே அனுமதித்தன, எனவே மிகவும் நம்பத்தகுந்த தீர்வுகளை புறக்கணித்தன. இருப்பினும், தேதியிடப்படாத மேல் மரங்களில் வேலை செய்யும் முறைகள் ஒரு பைலோஜெனியின் பார்வையில் இருந்து "எதிர்காலத்திற்கு" இடமாற்றங்களை அனுமதிப்பதன் மூலம் அறியப்படாத பன்முகத்தன்மையை மறைமுகமாக கையாளுவதாகக் காணலாம், அதாவது, நன்கொடையாளர் பெறுநரை விட பழமையானவர். எதிர்காலத்திற்கு ஒரு பரிமாற்றத்தை அறியப்படாத இனங்களுக்கு ஒரு இனப்பெருக்கம் என்று மொழிபெயர்க்கலாம், அதைத் தொடர்ந்து அறியப்படாத இனங்களிலிருந்து ஒரு பரிமாற்றம். ஏஎல்இ அதன் தேதியிட்ட பதிப்பில் மரபணு பரிணாம வளர்ச்சியின் தேதியிட்ட பிறப்பு/இறப்பு மாதிரியில் இனங்களின் இனப்பெருக்கம்/அழிவுகளின் மோரன் செயல்முறையைச் சேர்ப்பதன் மூலம் அறியப்படாத பன்முகத்தன்மையை வெளிப்படையாக கணக்கில் எடுத்துக்கொள்கிறது. இறந்தவர்களிடமிருந்து இடமாற்றங்கள் டெரா மற்றும் எக்ஸிடெராவால் ஒரு பார்சிமோனியஸ் அமைப்பில் கையாளப்படுகின்றன, இந்த இடமாற்றங்களைக் கருத்தில் கொள்வது நல்லிணக்கத்தைப் பயன்படுத்தி மரபணு மரங்களை புனரமைக்கும் திறனை மேம்படுத்துகிறது என்பதைக் காட்டுகிறது, மேலும் மிகவும் வெளிப்படையான மாதிரியுடன் மற்றும் சாத்தியமான அமைப்பில், ஏ. எல். இ. இல் தேதி குறிப்பிடப்படவில்லை. உயிரியல் புவியியலின் தனித்துவம்ஃ பகுதிகளின் "பரிணாம வளர்ச்சிக்கு" ஒரு மரம் போன்ற அமைப்பு உயிரியல் புவியியலில், நல்லிணக்க அணுகுமுறைகளின் சில பயன்பாடுகள் ஒரு மேல் மரமாக வரையறுக்கப்பட்ட மூதாதையர் முனைகளைக் கொண்ட ஒரு பகுதி கிளாடோகிராம் என்று கருதுகின்றன. உதாரணமாக, வேர் பாங்கேயா மற்றும் முனைகள் சமகால கண்டங்களாக இருக்கலாம். சில நேரங்களில், உள் முனைகள் மூதாதையர் பகுதிகள் அல்ல, ஆனால் அவற்றின் குழந்தைகளின் பகுதிகளின் தொழிற்சாலைகள், கீழ் மரத்தின் குறுக்கே இனங்கள் உருவாகி ஒன்று அல்லது பல பகுதிகளில் வசிப்பதற்கான சாத்தியக்கூறுகளைக் கணக்கிடுகின்றன. இந்த விஷயத்தில், பரிணாம நிகழ்வுகள் இடம்பெயர்வு ஆகும், அங்கு ஒரு இனம் ஒரு புதிய பகுதியை காலனித்துவப்படுத்துகிறது, அலோபாட்ரிக் ஸ்பெசியேஷன் அல்லது விகேரியன்ஸ், ஹோஸ்ட்/சிம்பியான்ட் ஒப்பீடுகளில் இணை ஸ்பெசியேஷனுக்கு சமம். இந்த அணுகுமுறை எப்போதும் ஒரு மரத்தைக் கொடுக்கவில்லை என்றாலும் (ஏ, பி, சி இலைகளின் ஏபி மற்றும் பிசி தொழிற்சங்கங்கள் இருந்தால், ஒரு குழந்தை பல பெற்றோரைக் கொண்டிருக்கலாம்), மேலும் இந்த அமைப்பு நேரத்துடன் தொடர்புடையது அல்ல (ஒரு இனம் இடம்பெயர்வதன் மூலம் ஏ முதல் ஏபி வரை, அதே போல் ஏபி முதல் ஏ வரை அழிவதன் மூலம் செல்ல முடியும்), நல்லிணக்க முறைகள்-நிகழ்வுகள் மற்றும் மாறும் நிரலாக்கத்துடன்-மேல் புவியியல் அமைப்பு மற்றும் கீழ் இன மரத்திற்கு இடையிலான பரிணாம சூழ்நிலைகளை ஊகிக்க முடியும். திவா மற்றும் லாக்ராஞ்ச் இரண்டு நல்லிணக்க மாதிரிகள் அத்தகைய மரம் போன்ற கட்டமைப்பை உருவாக்கி பின்னர் நல்லிணக்கத்தைப் பயன்படுத்துகின்றன, முதல் ஒரு பார்சிமோனி கொள்கையுடன், இரண்டாவது ஒரு நிகழ்தகவு கட்டமைப்பில். கூடுதலாக, பயோ ஜியோபியர்ஸ் என்பது ஒரு உயிர் புவியியல் அனுமான தொகுப்பாகும், இது டிவா மற்றும் லாக்ரேஞ்ச் மாதிரிகளை மறுசீரமைத்து, தொலைதூர சார்பு இடமாற்றங்கள் மற்றும் புள்ளிவிவர மாதிரி தேர்வு குறித்த விவாதம் போன்ற புதிய விருப்பங்களை அனுமதிக்கிறது. வரைகலை வெளியீடு இரண்டு மரங்கள் மற்றும் பல பரிணாம நிகழ்வுகள் அவற்றை பிரதிநிதித்துவப்படுத்துவதற்கு இணைப்பதால், சமரசம் செய்யப்பட்ட மரங்களைப் பார்ப்பது ஒரு சவாலான ஆனால் நல்லிணக்க ஆய்வுகளை மேலும் அணுகுவதற்கு அவசியமான கேள்வியாகும். சில நல்லிணக்க மென்பொருள்களில் கீழ் மரங்களில் பரிணாம நிகழ்வுகளின் சிறுகுறிப்பு அடங்கும், மற்றவை, மற்றும் குறிப்பிட்ட தொகுப்புகள், டி. எல் அல்லது டி. டி. எல் இல், மேல் மரத்தில் உட்பொதிக்கப்பட்ட கீழ் மரத்தைக் கண்டுபிடிக்கின்றன. இது சம்பந்தமாக ஒரு சிரமம் என்னவென்றால், வெவ்வேறு நல்லிணக்க மென்பொருள்களுக்கான பல்வேறு வெளியீட்டு வடிவங்கள். ஒரு பொதுவான தரநிலை, ரெக்ஃபிலோக்ஸ்எம்எல், சமூகத்தின் ஒரு பகுதியால் நிறுவப்பட்டு அங்கீகரிக்கப்பட்டுள்ளது, மேலும் ஒரு பார்வையாளர் இருக்கிறார், பல நிலை அமைப்புகளில் நல்லிணக்கத்தைக் காட்ட முடியும். உயிரியல் தரவுகளுக்கு டி. டி. எல் நல்லிணக்கத்தைப் பயன்படுத்துவது உள்ளீடு மற்றும் வெளியீட்டின் நிச்சயமற்ற தன்மை மற்றும் நம்பிக்கை நிலைகள் தொடர்பான பல சிக்கல்களை எழுப்புகிறது. வெளியீட்டைப் பொறுத்தவரை, பதிலின் நிச்சயமற்ற தன்மை முழு தீர்வு இடத்தையும் ஆராய வேண்டும். உள்ளீட்டைப் பொறுத்தவரை, பைலோஜெனெடிக் நல்லிணக்கம் மேல் அல்லது கீழ் மரங்களின் தீர்மானம் அல்லது வேரூன்றுவதில் நிச்சயமற்ற தன்மைகளைக் கையாள வேண்டும், அல்லது அவற்றின் நம்பிக்கையின்படி வேர்கள் அல்லது தீர்மானங்களை முன்மொழிய வேண்டும். சமரசங்களின் இடத்தை ஆராய்வது டைனமிக் புரோகிராமிங் உகந்தவற்றுக்கு இடையில் ஒரே மாதிரியாக அல்லது அவற்றின் சாத்தியக்கூறுக்கு ஏற்ப சமரசங்களை மாதிரி செய்ய உதவுகிறது. தீர்வுகளின் எண்ணிக்கையின் விகிதாசாரத்தில் அவற்றைக் கணக்கிடவும் முடியும், இது விரைவாக கடினமானதாக மாறும் (உகந்தவற்றுக்கு கூட). சாத்தியமான சமரசங்களின் எண்ணிக்கையில் கட்டமைப்பைக் கண்டறிந்து வழங்குவது சமீபத்திய முறைசார்ந்த முன்னேற்றங்களின் மையமாக உள்ளது, குறிப்பாக புரவலன் மற்றும் சிம்பியான்ட் இலக்கு முறைகளுக்கு. உகந்தவற்றின் சீரான மாதிரியிலிருந்து அல்லது உகந்த தீர்வுகளை சுருக்கமாகக் கொண்ட ஒரு வரைபடத்தை உருவாக்குவதன் மூலம், பல படைப்புகள் ஒரு சுருக்கமான முறையில் சமரசங்களின் தொகுப்பைக் குறிக்க கவனம் செலுத்தியுள்ளன. அனைத்து உகந்த (அல்லது துணை உகந்த) சமரசங்களின் அடிப்படையில் குறிப்பிட்ட நிகழ்வுகளுக்கு ஆதரவு மதிப்புகளை வழங்குவதன் மூலம் அல்லது ஒருமித்த சமரச மரத்தைப் பயன்படுத்துவதன் மூலம் இதை அடைய முடியும். ஒரு டிஎல் மாதிரியில், பகிரப்பட்ட நிகழ்வுகளின் அடிப்படையில் ஒரு சராசரி நல்லிணக்கத்தை வரையறுக்கவும், பல்லுறுப்புக்கோவை நேரத்தில் கணக்கிடவும் முடியும். ஈ. எம். பி. ரெஸ் கிளஸ்டரிங் மூலம் ஒத்த சமரசங்களை தொகுக்க முடியும், பல்லுறுப்புக்கோவை நேரத்தில் கணக்கிடக்கூடிய சமரசங்களுக்கு இடையிலான அனைத்து ஜோடி வாரியான தூரமும் (மிகவும் பார்சிமோனியஸ் சமரசங்களின் எண்ணிக்கையிலிருந்து சுயாதீனமாக). அதே நோக்கத்துடன், கேபிபாரா சமரசங்களுக்கு இடையில் சமநிலை வகுப்புகளை வரையறுக்கிறது, அனைத்து வகுப்புகளுக்கும் திறம்பட கணினி பிரதிநிதிகள், மற்றும் நேரியல் தாமதத்துடன் வெளியீடுகள் கொடுக்கப்பட்ட எண்ணிக்கையிலான சமரசங்களுடன் (முதலில் உகந்தவை, பின்னர் துணை உகந்தவை). கிடைமட்ட பரிமாற்றத்தால் அனுமதிக்கப்பட்ட தூரத்தை அதிகரிக்கும் போது அல்லது குறைக்கும் போது மிகவும் பார்சிமோனியஸ் நல்லிணக்கத்தின் இடத்தை விரிவுபடுத்தலாம் அல்லது குறைக்கலாம், இது டைனமிக் புரோகிராமிங் மூலம் எளிதாக செய்யப்படுகிறது. நல்லிணக்க நல்லிணக்கம் மற்றும் உள்ளீட்டு நிச்சயமற்ற தன்மை கொண்ட பைலோஜெனெடிக் மரங்களை குறிப்பிடுவது நல்லிணக்கம் இரண்டு நிலையான மரங்களுடன் செயல்படுகிறது, கீழ் மற்றும் மேல், இரண்டும் சரியானவை மற்றும் வேரூன்றியவை. இருப்பினும், அந்த மரங்கள் முதல் கை தரவு அல்ல. பைலோஜெனெடிக்ஸுக்கு மிகவும் அடிக்கடி பயன்படுத்தப்படும் தரவு சீரமைக்கப்பட்ட நியூக்ளியோடிடிக் அல்லது புரோட்டீக் வரிசைகளில் உள்ளது. டிஎன்ஏவை பிரித்தெடுப்பது, மரபணுக்களை வரிசைப்படுத்துவது, ஒருங்கிணைப்பது மற்றும் சிறுகுறிப்பு செய்வது, மரபணுக்களுக்கு இடையிலான ஒத்த உறவுகளை அங்கீகரிப்பது மற்றும் பைலோஜெனெடிக் புனரமைப்புக்கான பல சீரமைப்புகளை உருவாக்குவது ஆகியவை அனைத்தும் சிக்கலான செயல்முறைகளாகும், இதில் பிழைகள் இறுதியில் புனரமைக்கப்பட்ட மரத்தை பாதிக்கலாம். எந்தவொரு இடவியல் அல்லது வேர்விடும் பிழையும் தவறாகப் புரிந்து கொள்ளப்படலாம் மற்றும் முறையான சார்பை ஏற்படுத்தும். உதாரணமாக, டிஎல் சமரசங்களில், கீழ் மர சார்புகளில் உள்ள பிழைகள், வேருக்கு நெருக்கமான அதிக நகல் நிகழ்வுகள் மற்றும் இலைகளுக்கு நெருக்கமான அதிக இழப்புகளை நோக்கிய சமரசம். மறுபுறம், நல்லிணக்கம், ஒரு மேக்ரோ பரிணாம மாதிரியாக, மைக்ரோ பரிணாம மாதிரியான வரிசை பரிணாமத்திற்கு ஒரு துணை அடுக்காக செயல்பட முடியும், பாலிடோமிகளை (இரண்டுக்கும் மேற்பட்ட குழந்தைகளைக் கொண்ட முனைகள்) தீர்ப்பது அல்லது மரங்களை வேரூன்றச் செய்வது அல்லது ஒருங்கிணைந்த மாதிரிகள் மூலம் அதனுடன் பின்னிப் பிணைக்கப்படுவது சிறந்த பைலோஜெனிகளைப் பெறுவதற்காக. இந்த திசையில் பெரும்பாலான படைப்புகள் மரபணு/இனங்கள் சமரசங்களில் கவனம் செலுத்துகின்றன, இருப்பினும் சில முதல் படிகள் புரவலன்/சிம்பியான்டில் செய்யப்பட்டுள்ளன, அதாவது வேரூன்றாத சிம்பியான்ட் மரங்களைக் கருத்தில் கொள்வது அல்லது ஜேனில் உள்ள பாலிடோமிகளைக் கையாள்வது போன்றவை. நல்லிணக்க நல்லிணக்கத்துடன் கீழ் மரங்களின் இடத்தை ஆராய்வது வேரூன்றாத கீழ் மரங்களை உள்ளீடாக எளிதாக எடுத்துக் கொள்ளலாம், இது அடிக்கடி பயன்படுத்தப்படும் அம்சமாகும், ஏனெனில் மூலக்கூறு தரவுகளிலிருந்து ஊகிக்கப்படும் மரங்கள் பொதுவாக வேரூன்றியவை அல்ல. சாத்தியமான அனைத்து வேர்களையும் சோதிக்க முடியும், அல்லது வேரூன்றாத மரத்தின் சிந்தனைமிக்க மூன்று தடங்கள் கூடுதல் நேர சிக்கல் இல்லாமல் அதைச் செய்ய அனுமதிக்கிறது. ஒரு நகல்-இழப்பு மாதிரியில், செலவுகளைக் குறைக்கும் வேர்களின் தொகுப்பு ஒன்றுக்கொன்று நெருக்கமாக காணப்படுகிறது, இது ஒரு "பீடபூமியை" உருவாக்குகிறது, இது டி. டி. எல். க்கு பொதுமைப்படுத்தப்படாத ஒரு பண்பு. நல்லிணக்கம் உள்ளீடு அல்லாத பைனரி மரங்களாகவும் எடுக்கலாம், அதாவது இரண்டுக்கும் மேற்பட்ட குழந்தைகளைக் கொண்ட உள் முனைகளுடன். எடுத்துக்காட்டாக, குறைந்த புள்ளிவிவர ஆதரவுடன் கிளைகள் சுருங்குவதன் மூலம் இத்தகைய மரங்களைப் பெறலாம். நல்லிணக்க மதிப்பெண்களின் படி பைனரி அல்லாத மரத்திலிருந்து ஒரு பைனரி மரத்தை குறிப்பிடுவது டி. எல் இல் திறமையான முறைகளுடன் தீர்க்கப்படுகிறது. டிடிஎல்லில், சிக்கல் என். பி. கடினமானது. ஹூரிஸ்டிக்ஸ் மற்றும் துல்லியமான நிலையான அளவுரு கையாளக்கூடிய வழிமுறைகள் சாத்தியமான தீர்வுகளாகும். குறைந்த மரங்களில் நிச்சயமற்ற தன்மையைக் கையாள்வதற்கான மற்றொரு வழி, ஒற்றை மரத்திற்கு பதிலாக மாற்று குறைந்த மரங்களின் மாதிரியை உள்ளீடாக எடுத்துக்கொள்வதாகும். எடுத்துக்காட்டாக, மறுசீரமைப்புக்கு அதன் பெயரைக் கொடுத்த காகிதத்தில், பெரும்பாலும் குறைந்த மரங்களைக் கருத்தில் கொண்டு, இந்த மரங்களிலிருந்து அவற்றின் டி. எல் செலவுகளுக்கு ஏற்ப சிறந்த ஒன்றைத் தேர்வு செய்ய முன்மொழியப்பட்டது, இது ட்ரீஃபிக்ஸ்-டி. டி. எல் ஆல் பயன்படுத்தப்படும் கொள்கையாகும். குறைந்த மரங்களின் மாதிரி இதேபோல் சீரமைக்கப்பட்ட வரிசைகளின்படி அவற்றின் சாத்தியக்கூறுகளை பிரதிபலிக்க முடியும், இது பேய்சியன் மார்கோவ் சங்கிலி மான்டே கார்லோ முறைகளிலிருந்து பெறப்பட்டது, எடுத்துக்காட்டாக ஃபிலோபாய்ஸில் செயல்படுத்தப்பட்டது. ஆங்ஸ்ட், ஏஎல்இ மற்றும் எக்ஸிடெரா ஆகியவை டிடிஎல் டைனமிக் நிரலாக்கத்தின் விரிவாக்கமான "ஒருங்கிணைப்பை" பயன்படுத்துகின்றன, இது ஒரு மரத்திற்கு பதிலாக மாற்று கீழ் மரங்களின் தொகுப்பை திறம்பட கடந்து செல்ல முடியும். கீழ் மரங்களின் இடத்தில் ஒரு கூட்டு சாத்தியக்கூறுகளால் வழிநடத்தப்படும் ஒரு உள்ளூர் தேடல், ஒருபுறம் பல வரிசை சீரமைப்புகளிலிருந்தும் மறுபுறம் மேல் மரத்துடன் நல்லிணக்கத்திலிருந்தும், ஃபைல்டாக்கில் டி. எல் மாதிரியுடனும், ஜீனிராக்ஸில் டி. டி. எல் உடன் அடையப்படுகிறது. வரிசை பரிணாமம் மற்றும் நிதானமான மூலக்கூறு கடிகாரம் கொண்ட ஒரு டி. எல் மாதிரியில், கீழ் மர இடத்தை ஒரு எம். சி. எம். சி மூலம் ஆராய முடியும். டிடிஎல் மதிப்பெண்ணை அதிகரிக்க மோசமாக ஆதரிக்கப்படும் முனைகளில் உள்ளீட்டு மரபணு மரத்தை மோக்லிஎன்என்ஐ மாற்றியமைக்க முடியும், அதே நேரத்தில் ட்ரீசோல்வ் மோசமாக ஆதரிக்கப்படும் முனைகளை உடைப்பதன் மூலம் சேர்க்கப்பட்ட மல்டிஃபர்கேஷன்களைத் தீர்க்கிறது. இறுதியாக, ஒருங்கிணைந்த மாதிரிகள்-கலவை வரிசை பரிணாமம் மற்றும் நல்லிணக்கம்-மாறும் நிரலாக்கத்தின் மூலம் ஒரு கூட்டு நிகழ்தகவைக் கணக்கிடலாம் (நல்லிணக்கம் மற்றும் மரபணு வரிசை பரிணாமம் ஆகிய இரண்டிற்கும்), மார்கோவ் சங்கிலி மான்டே கார்லோவைப் பயன்படுத்தி மூலக்கூறு கடிகாரத்தை கிளை நீளங்களை மதிப்பிடுவதற்கு, டி. எல் மாதிரியில் அல்லது நிதானமான மூலக்கூறு கடிகாரத்துடன், மற்றும் டி. டி. எல் மாதிரியில் பயன்படுத்தலாம். இந்த மாதிரிகள் மரபணு/இன கட்டமைப்புகளில் பயன்படுத்தப்பட்டுள்ளன, இன்னும் புரவலன்/சிம்பியான்ட் அல்லது உயிர் புவியியல் சூழல்களில் இல்லை. மேல்நிலை மரங்களை இணக்கத்தைப் பயன்படுத்தி குறிப்பிடுவது கீழ்நிலை மரங்களின் தொகுப்பிலிருந்து ஒரு மேல்நிலை மரத்தை குறிப்பிடுவது என்பது மேல்நிலை மரப் பிரச்சினை தொடர்பான நீண்டகால கேள்வியாகும். முழுமையான மரபணு வரிசைகளிலிருந்து பல (பொதுவாக ஆயிரக்கணக்கான) மரபணு மரங்கள் கிடைக்கும் மரபணு/இனங்கள் நல்லிணக்க விஷயத்தில் இது குறிப்பாக சுவாரஸ்யமானது. சூப்பர்ட்ரீ முறைகள் மரங்களின் தொகுப்புகளின் அடிப்படையில் ஒரு இன மரத்தை ஒருங்கிணைக்க முயற்சிக்கின்றன, அவை சமகால இனங்களின் தொகுப்புகள் மற்றும் இடவியல் அடிப்படையில் வேறுபடலாம், ஆனால் பொதுவாக இந்த வேறுபாடுகளை விளக்கும் உயிரியல் செயல்முறையை கருத்தில் கொள்ளாமல். இருப்பினும், சில சூப்பர் ட்ரீ அணுகுமுறைகள் டி. எல் மாதிரியின் கீழ் மரபணு மரங்கள் உருவகப்படுத்தப்பட்டால் இன மரத்தின் புனரமைப்புக்கு புள்ளிவிவர ரீதியாக சீராக இருக்கும். இதன் பொருள் என்னவென்றால், டிஎல் மாதிரி வழியாக உண்மையான மேல் மரத்திலிருந்து உருவாக்கப்படும் உள்ளீட்டு கீழ் மரங்களின் எண்ணிக்கை முடிவிலியை நோக்கி வளர்ந்தால், கூடுதல் பிழைகள் எதுவும் இல்லை என்பதால், வெளியீட்டு மேல் மரம் கிட்டத்தட்ட நிச்சயமாக உண்மையான மரத்துடன் இணைகிறது. இது ஒரு நால்வர் தூரத்தின் விஷயத்தில் காட்டப்பட்டுள்ளது, மேலும் ஒரு பொதுமைப்படுத்தப்பட்ட ராபின்சன் ஃபோல்ட்ஸ் பல நகல் தூரத்துடன், சிறந்த இயங்கும் நேரத்துடன், ஆனால் மரபணு மரங்கள் இன மரத்திற்கு முரணான இரு பகிர்வுகளைக் கொண்டிருக்கவில்லை என்று கருதுகின்றன, இது ஒரு டி. எல் மாதிரியின் கீழ் அரிதாகத் தெரிகிறது. மேல் மரங்களின் அனுமானத்திற்கும் நல்லிணக்கம் பயன்படுத்தப்படலாம். இது ஒரு கணக்கீட்டு ரீதியாக கடினமான சிக்கல்ஃ ஏற்கனவே பைனரி அல்லாத மேல் மரத்தில் பைனரி கீழ் மரத்துடன் பாலிடாமிகளைத் தீர்ப்பது-டி. எல் நல்லிணக்க மதிப்பெண்ணைக் குறைப்பது-என். பி-கடினமானது. குறிப்பாக, பல மரபணு மரங்களுக்கு சிறந்த டி. எல் செலவைக் கொடுக்கும் இன மரத்தை மறுசீரமைப்பது என். பி-கடினமானது மற்றும் 2-இணக்கமானது. இது மரபணு நகல் சிக்கல் அல்லது பொதுவாக மரபணு மர பார்சிமோனி என்று அழைக்கப்படுகிறது. சிறந்த இன மர மறுசீரமைப்பைப் பெறுவதற்கான இணையான தன்மையைக் கண்டறிவதற்கான ஒரு வழியாக இந்த சிக்கல் பார்க்கப்பட்டது. இது NP-கடினமானது, சிக்கல் சிக்கலானது மற்றும் வெவ்வேறு உள்ளீட்டு அளவு, கட்டமைப்பு மற்றும் ஐஎல்எஸ் இருப்பு கொண்ட மாதிரியின் நடத்தை பற்றிய சுவாரஸ்யமான முடிவுகளுடன். ஐஎல்பி அல்லது ஹூரிஸ்டிக்ஸ் மற்றும் ஆழமான ஒருங்கிணைப்பு மதிப்பெண்ணின் சாத்தியக்கூறுகளுடன் பல தீர்வுகள் உள்ளன. ODTL உள்ளீட்டு மரபணு மரங்களாக எடுத்து, ஒரு டிடிஎல் மாதிரியின் படி, மலை ஏறுதல் தேடலுடன் அதிகபட்ச சாத்தியமான இன மரத்தைத் தேடுகிறது. இந்த அணுகுமுறை சரியான நேரத்தில் வரிசைப்படுத்தப்பட்ட உள் முனைகளுடன் ஒரு இன மரத்தை உருவாக்குகிறது, இது குறைந்த மரங்களுக்கிடையே பரிமாற்றத்தின் காட்சிகளுக்கு ஒரு நேர பொருந்தக்கூடிய தன்மையை உறுதி செய்கிறது. ஒரு பொதுவான சிக்கலை நிவர்த்தி செய்யும் வகையில், ஃபைல்டாக் பல சுற்று உள்ளூர் தேடல் மூலம் பல குடும்ப சீரமைப்புகளிலிருந்து அதிகபட்ச சாத்தியக்கூறு இனங்கள் மரம், மரபணு மரங்கள் மற்றும் டி. எல் அளவுருக்களைத் தேடுகிறது. இதனால் இது ஒரே நேரத்தில் மேல் மற்றும் கீழ் மரங்கள் இரண்டையும் ஆய்வு செய்கிறது. மிக்ஸ்டிரீம் ஒரு விரைவான தீர்வை வழங்குகிறது. இரண்டு நிலை டிடிஎல் மாதிரியின் வரம்புகள் மாறும் நிரலாக்கத்திற்கான ஒரு வரம்புஃ குழந்தைகளின் வம்சாவளிகளின் சுயாதீனமான பரிணாமம் மாறும் நிரலாக்க கட்டமைப்பு, வழக்கமான பிறப்பு மற்றும் இறப்பு மாதிரிகளைப் போலவே, கீழ் மரத்தில் உள்ள குழந்தைகளின் வம்சாவளிகளின் சுயாதீனமான பரிணாமம் என்ற கருதுகோளின் கீழ் செயல்படுகிறது. இருப்பினும், பெறுநர் பரம்பரையில் ஒரு ஒத்த மரபணுவை மாற்றுவதன் மூலம் கிடைமட்ட பரிமாற்றம் அல்லது மரபணு மாற்றம் போன்ற பல ஆவணப்படுத்தப்பட்ட பரிணாம நிகழ்வுகளுடன் மாதிரியை பூர்த்தி செய்தால் இந்த கருதுகோள் பொருந்தாது. மாற்றுடன் கிடைமட்ட பரிமாற்றம் பொதுவாக மேல் மரத்தின் மறுசீரமைப்பால் வடிவமைக்கப்படுகிறது, இது சப்ட்ரீ ப்ரூன் அண்ட் ரீக்ராஃப்ட் (எஸ். பி. ஆர்) என்று அழைக்கப்படுகிறது. எஸ். பி. ஆரின் கீழ் சமரசம் செய்வது என். பி-கடினமானது, தேதியிட்ட மரங்களில் கூட, மற்றும் வெளியீட்டு அளவைப் பொறுத்தவரை நிலையான-அளவுரு டிராக்டபிள் ஆகும். கிடைமட்ட இடமாற்றங்களை மாதிரியாக்குவதற்கும் ஊகிப்பதற்கும் மற்றொரு வழி அதிகபட்ச ஒப்பந்தக் காடுகள் வழியாகும், அங்கு இரண்டு ஒத்த (அல்லது புள்ளிவிவர ரீதியாக பிரித்தறிய முடியாத) மேல் மற்றும் கீழ் காடுகளைப் பெறுவதற்காக கீழ் மற்றும் மேல் மரங்களில் கிளைகள் வெட்டப்படுகின்றன. சிக்கல் NP-கடினமானது, ஆனால் பல தோராயங்கள் முன்மொழியப்பட்டுள்ளன. இடமாற்றங்களை மாற்றுவது டிஎல் மாதிரியின் மேல் பரிசீலிக்கப்படலாம். அதே நரம்பில், மரபணு மாற்றத்தை "மாற்று நகல்" என்று காணலாம். இந்த பிந்தைய வழக்கில், டைனமிக் நிரலாக்கத்தைப் பயன்படுத்தாத மற்றும் எல். சி. ஏ முறையின் நீட்டிப்பான ஒரு பல்லுறுப்புக்கோவை வழிமுறை மரபணு மாற்றங்கள் உட்பட அனைத்து உகந்த தீர்வுகளையும் கண்டறிய முடியும். மக்கள்தொகை நிலைகளை ஒருங்கிணைத்தல்ஃ வேறுபடுத்துவதில் தோல்வி மற்றும் முழுமையற்ற வம்சாவளி வரிசைப்படுத்தல் புரவலன்/சிம்பியான்ட் கட்டமைப்புகளில், ஒரு ஒற்றை சிம்பியான்ட் இனங்கள் சில நேரங்களில் பல புரவலன் இனங்களுடன் தொடர்புடையவை. இதன் பொருள் என்னவென்றால், புரவலனில் ஒரு இனப்பெருக்கம் அல்லது பன்முகப்படுத்தல் காணப்பட்டாலும், சிம்பியான்டில் மக்கள்தொகை பிரித்தறிய முடியாதது. இது எடுத்துக்காட்டாக சிம்பியான்ட் மரத்தில் உள்ள கூடுதல் பாலிடோமிகளால் கையாளப்படுகிறது, இது கடினமான அனுமான சிக்கல்களுக்கு வழிவகுக்கும், ஏனெனில் பாலிடோமிகள் தீர்க்கப்பட வேண்டும். இது ஒரு கூடுதல் பரிணாம நிகழ்வு "திசைதிருப்பத் தவறியது" (ஜேன், அமோகோலா) மூலம் வடிவமைக்கப்பட்டுள்ளது. திசைதிருப்பத் தவறியது ஒரு மக்கள்தொகையில் "இலவச" ஹோஸ்ட் சுவிட்சை அனுமதிப்பதற்கான ஒரு வழியாக இருக்கலாம், இது நெருங்கிய தொடர்புடைய புரவலன்களுக்கு இடையிலான குறியீடுகளின் ஓட்டமாகும். அந்த பார்வையைத் தொடர்ந்து, நெருங்கிய புரவலன்களுக்கு மட்டுமே அனுமதிக்கப்பட்ட புரவலன் சுவிட்ச் யூகலிப்டில் கருதப்படுகிறது. நெருக்கமான மக்கள்தொகைக்கு இடையிலான கிடைமட்ட ஓட்டம் பற்றிய இந்த யோசனை மரபணு/இன கட்டமைப்புகளுக்கும் பயன்படுத்தப்படலாம், மக்கள்தொகைக்கு இடையிலான மரபணு ஓட்டத்தின் சாய்வின் அடிப்படையில் இனங்களின் வரையறையுடன். வேறுபடத் தவறியது நல்லிணக்கத்தில் மக்கள்தொகை இயக்கவியலை அறிமுகப்படுத்துவதற்கான ஒரு வழியாகும், இது முக்கியமாக பல இனங்கள் மட்டத்திற்கு ஏற்ற ஒரு கட்டமைப்பாகும், அங்கு மக்கள் தொகை நன்கு வேறுபடுத்தப்பட வேண்டும். இந்த கட்டமைப்பைக் கட்டுப்படுத்தும் பிற மக்கள் தொகை நிகழ்வுகளும் உள்ளன, அவற்றில் ஒன்று வம்சாவளிகளின் ஆழமான ஒருங்கிணைப்பு, இது டிடிஎல் மாதிரியால் கையாளப்படாத முழுமையற்ற வம்சாவளி வரிசைப்படுத்தலுக்கு (ஐஎல்எஸ்) வழிவகுக்கிறது. பல இனங்கள் ஒருங்கிணைப்பு என்பது ஒரு இன மரத்துடன் அல்லீல் பரிணாம வளர்ச்சியின் ஒரு பாரம்பரிய மாதிரியாகும், இதில் அல்லீல்கள் பிறக்கின்றன மற்றும் இனங்களில் அல்லீல்களை வரிசைப்படுத்துகின்றன, இது மக்கள்தொகை அளவுகளை கணக்கில் எடுத்துக்கொள்கிறது மற்றும் இயற்கையாகவே ஐஎல்எஸ்-ஐ உள்ளடக்கியது. ஒரு நல்லிணக்க சூழலில், மக்கள் தொகை மாதிரியின் சிக்கலான ஒருங்கிணைப்பு இல்லாமல் ஐஎல்எஸ் கணக்கிடுவதற்காக பல முயற்சிகள் மேற்கொள்ளப்பட்டுள்ளன. எடுத்துக்காட்டாக, ஐஎல்எஸ் மரபணு மரத்திற்கான சாத்தியமான பரிணாம வடிவமாக பார்க்கப்படலாம். அவ்வாறான நிலையில், குழந்தைகளின் வம்சாவளிகள் ஒருவருக்கொருவர் சுயாதீனமாக இல்லை, இது இன்ட்ராக்டபிலிட்டி முடிவுகளுக்கு வழிவகுக்கிறது. ஐஎல்எஸ் மட்டுமே எல். சி. ஏ மூலம் கையாள முடியும், ஆனால் ஐஎல்எஸ் + டிஎல் நல்லிணக்கம் என். பி கடினமானது, இடமாற்றங்கள் இல்லாமல் கூட. பாலிடோமிகளில் இன மரத்தின் குறுகிய கிளைகளை இடித்து, அந்த பாலிடோமிகளில் மரபணு மரங்களின் இலவச பன்முகப்படுத்தலாக ஐஎல்எஸ்-ஐ அனுமதிப்பதன் மூலம் நோடங் ஐஎல்எஸ்-ஐ கையாளுகிறார். ஐஎல்எஸ் ஏற்படக்கூடிய இன மரத்தின் இணைக்கப்பட்ட பகுதிகளின் அதிகபட்ச அளவை ஈசிடிஇஆர்ஏ பிணைக்கிறது, அந்த அளவுருவில் ஒரு நிலையான அளவுரு டிராக்டபிள் வழிமுறையை முன்மொழிகிறது. ஐஎல்எஸ் மற்றும் டிஎல் ஒரு மரத்திற்கு பதிலாக மேல் நெட்வொர்க்கில் கருதப்படலாம். மாதிரி அளவுருக்களை மதிப்பிடுவதற்கான சாத்தியக்கூறுகளுடன், குறிப்பாக உள்நோக்கத்துடன் இந்த மாதிரிகள் உள்ளன. ஐஎல்எஸ்-ஐக் கணக்கிடும் மேலும் ஒருங்கிணைந்த நல்லிணக்க மாதிரிகள் முன்மொழியப்பட்டுள்ளன, இதில் டிஎல் மற்றும் பன்முக இனங்கள் இரண்டும் டிஎல்சியோலுடன் ஒருங்கிணைக்கப்படுகின்றன. இது ஒரு பார்ஸிமோனி மொழிபெயர்ப்புடன் கூடிய ஒரு நிகழ்தகவு மாதிரியாகும், இது மரபணு மற்றும் இனங்களுக்கு இடையில் ஒரு இடைநிலை லோகஸ் மரம் வழியாக கையாளப்படும் இரண்டு தொடர்ச்சியான எல். சி. ஏ-வகை ஹூரிஸ்டிக்ஸ் முன்மொழிகிறது. இருப்பினும், மரபணு/இனங்கள் நல்லிணக்க கட்டமைப்பிற்கு வெளியே, ஐஎல்எஸ், எந்த குறிப்பிட்ட காரணத்திற்காகவும், புரவலன்/சிம்பியான்ட்டிலோ அல்லது உயிரியல் புவியியலிலோ ஒருபோதும் கருதப்படவில்லை. இரண்டுக்கும் மேற்பட்ட நிலைகளைக் கொண்ட கோஃபிலோஜெனி நல்லிணக்கத்தின் ஒரு குறிப்பிடத்தக்க அம்சம் என்பது பல்வேறு நிலை அமைப்புகளைக் கையாளும் பொதுவான முறையாகும்ஃ இது களம் மற்றும் புரத மரங்கள், மரபணு மற்றும் இன மரங்கள், புரவலன் மற்றும் சிம்பியான்ட் மரங்கள், மக்கள் தொகை மற்றும் புவியியல் மரங்களை ஒப்பிடுவதற்கு பயன்படுத்தப்படுகிறது. இருப்பினும், இப்போது உயிரியல் செயல்பாட்டின் பல நிலை மாதிரிகள் உயிரினங்கள் மற்றும் அவற்றின் சூழலைப் பற்றிய ஒரு புதுமையான மற்றும் விளையாட்டு மாற்றும் பார்வையைக் கொண்டுவருகின்றன என்று விஞ்ஞானிகள் கருதுவதால், இந்த ஹோலோபியோன்ட் சகாப்தத்திற்கு பைலோஜெனெடிக்ஸ் கொண்டு வர நல்லிணக்கத்தை எவ்வாறு பயன்படுத்துவது என்பதுதான் கேள்வி. பரிணாம வளர்ச்சியின் வெவ்வேறு அளவுகளில் உள்ள உயிரினங்களின் இணை பரிணாமம் ஹோலோபியான்ட் யோசனையின் அடிப்படையில் உள்ளதுஃ மேக்ரோ-உயிரினங்கள், நுண்ணுயிரிகள் மற்றும் அவற்றின் மரபணுக்கள் அனைத்தும் ஒரே சுற்றுச்சூழல் அமைப்பில் பொதுவான செயல்பாட்டுடன் பிணைக்கப்பட்ட வெவ்வேறு வரலாற்றைக் கொண்டுள்ளன. புரவலன், குறியீடுகள் மற்றும் அவற்றின் மரபணுக்கள் போன்ற உயிரியல் அமைப்புகள் இரண்டுக்கும் மேற்பட்ட நிலைகளுக்கு இடையிலான செயல்பாட்டு மற்றும் பரிணாம சார்புநிலைகளைக் குறிக்கின்றன. சிக்கலான பரிணாம ஒன்றோடொன்று சார்ந்திருக்கும் பல நிலை அமைப்புகளின் எடுத்துக்காட்டுகள் மரபணு எல்லைகளைத் தாண்டி மரபணுக்கள் ஒன்றோடொன்று உருவாகின்றன வெவ்வேறு மரபணுக்களில் இருந்து மரபணுக்கள் ஒன்றோடொன்று இணைந்து செயல்படுவதற்கான சாத்தியத்தை ஹோலோபியான்ட் கருத்து வலியுறுத்துகிறது. உதாரணமாக, ஒரு சிம்பியான்ட் மரபணுவில் உள்ள சில மரபணுக்கள் அதன் புரவலனுக்கு ஒரு செயல்பாட்டை வழங்கக்கூடும், அதாவது கிடைக்கக்கூடிய உணவு ஆதாரங்களில் இல்லாத ஒரு முக்கிய சேர்மத்தின் உற்பத்தி. ஒரு சின்னமான உதாரணம் இரத்த-ஊட்டுதல் அல்லது சாறு-ஊட்டுதல் பூச்சிகளுக்கான வழக்கு, இது பெரும்பாலும் ஒன்று அல்லது பல பாக்டீரியா குறியீடுகளைச் சார்ந்து உள்ளது, இது சர்க்கரையில் ஏராளமாக உள்ளது, ஆனால் அத்தியாவசிய அமினோ அமிலங்கள் அல்லது வைட்டமின்கள் இல்லை. மற்றொரு உதாரணம் நைட்ரஜன்-சரிசெய்தல் பாக்டீரியாவுடன் ஃபேபேசியின் தொடர்பு ஆகும். புரவலனுக்கு கூட்டு பயனாளி பொதுவாக சிம்பியான்ட் மரபணுவில் குறியிடப்பட்ட மரபணுக்களின் தொகுப்பால் உற்பத்தி செய்யப்படுகிறது, இது பரிணாமம் முழுவதும், பிற சிம்பியான்டுகளுக்கு மாற்றப்படலாம், மேலும்/அல்லது புரவலன் மரபணுவிற்கு உள்ளேயும் வெளியேயும் மாற்றப்படலாம். நல்லிணக்க முறைகள் வெவ்வேறு இனங்களைச் சேர்ந்த மரபணுக்களின் பகுதிகளுக்கு இடையிலான பரிணாம இணைப்புகளை வெளிப்படுத்தும் ஆற்றலைக் கொண்டுள்ளன. அவை குறியிடப்பட்ட மரபணுக்களின் எல்லைகளுக்கு அப்பால் இணைந்து வளரும் மரபணுக்களைத் தேடுவது ஹோலோபியான்டில் உள்ள உயிரினங்களின் தொடர்புக்கான அடிப்படையை எடுத்துக்காட்டுகிறது. கிடைமட்ட மரபணு பரிமாற்ற வழிகள் பல நிலைகளைப் பொறுத்தது ஊடுருவல் பரஸ்பர சிம்பியான்ட் பூச்சி அமைப்புகளில், கிடைமட்ட மரபணு மாற்றங்களின் பல நிகழ்வுகள் அடையாளம் காணப்பட்டுள்ளன, அவை புரவலன் முதல் சிம்பியான்ட் வரை, சிம்பியான்ட் முதல் புரவலன் வரை அல்லது சிம்பியான்ட் முதல் சிம்பியான்ட் வரை. ஊட்டச்சத்து பாதைகளில் ஈடுபடும் எண்டோசிம்பியான்ட் மரபணுக்களின் பரிமாற்றங்கள் பூச்சி புரவலனுக்கு பயனாளிகளுக்கு நன்கொடையாளர் மற்றும் பெறுநர் வம்சாவளிகள் ஒரே புரவலனைப் பகிர்ந்து கொண்டால் முன்னுரிமை அளிக்கப்படுகிறது. தற்காப்பு புரதத்தை வழங்கும் பாக்டீரியா குறியீடுகளைக் கொண்ட பூச்சிகள் அல்லது தாவரங்களுடன் தொடர்புடைய கட்டாய இலை முடிச்சு பாக்டீரியா குறியீடுகளிலும் இது நிகழ்கிறது. மனித ஹோஸ்டில், மரபணு பரிமாற்றம் அதே உறுப்புகளில் வழங்கப்பட்ட குறியீடுகளிடையே முன்னுரிமை அளிக்கப்படுவதாகக் காட்டப்பட்டுள்ளது. புரவலன்/சிம்பியான்ட் அமைப்புகளில் கிடைமட்ட மரபணு இடமாற்றங்களின் மதிப்பாய்வு பல சான்றுகளுடன் எச். ஜி. டி. க்களை ஆதரிப்பதன் முக்கியத்துவத்தை வலியுறுத்துகிறது. ஒரு வாழ்விடம், புவியியல் பகுதி அல்லது ஒரே புரவலன் ஆகியவற்றைப் பகிர்ந்து கொள்ளும் குறியீடுகளை உள்ளடக்கும் போது இடமாற்றங்கள் சிறப்பாக ஆதரிக்கப்படுவதாகக் கருதப்பட வேண்டும் என்பது குறிப்பிடத்தக்கது. இருப்பினும், புரவலன்கள் மற்றும் குறியீடுகளின் பன்முகத்தன்மை அறியப்படவில்லை என்பதையும், மாதிரியாக இல்லாத நெருங்கிய தொடர்புடைய இனங்கள், புரவலன்கள் அல்லது குறியீடுகளில் இடமாற்றங்கள் நிகழ்ந்திருக்கலாம் என்பதையும் நினைவில் கொள்ள வேண்டும். சிம்பியான்டுகளில் மரபணு பரிமாற்றம் புரவலனால் கட்டுப்படுத்தப்படுகிறது என்ற கருத்தும் புரவலனின் பைலோஜெனெடிக் வரலாற்றை ஆராய பயன்படுத்தப்படலாம். உதாரணமாக, பைலோஜியோகிராஃபிகல் ஆய்வுகளின் அடிப்படையில், ஹெலிகோபாக்டர் பைலோரி என்ற பாக்டீரியா மனித இனங்களின் தோற்றத்திலிருந்து மனித மக்களுடன் தொடர்புடையது என்று இப்போது ஏற்றுக்கொள்ளப்பட்டுள்ளது. ஐரோப்பாவில் ஹெலிகோபாக்டர் பைலோரியின் மரபணுக்களின் பகுப்பாய்வு, அவை ஆப்பிரிக்க மற்றும் ஆசிய ஹெலிகோபாக்டர் பைலோரிக்கு இடையிலான மறுசீரமைப்பிலிருந்து வெளியிடப்படுவதாகக் கூறுகிறது. இது தொடர்புடைய மனித மக்களிடையே ஆரம்பகால தொடர்புகளை வலுவாக குறிக்கிறது. இதேபோல், நல்லிணக்க முறைகளைப் பயன்படுத்தி பல்வேறு பாலூட்டி இனங்களிலிருந்து வரும் கரோனாவைரஸ்களில் உள்ள எச். ஜி. டி. களின் பகுப்பாய்வு வைரஸ் வம்சாவளிகளுக்கு இடையே அடிக்கடி தொடர்பு இருப்பதை வெளிப்படுத்தியுள்ளது, இது அடிக்கடி புரவலன் சுவிட்சுகள் என்று விளக்கப்படலாம். கலாச்சார பரிணாமம் மனித கலாச்சாரத்தின் கூறுகளின் பரிணாமம், எடுத்துக்காட்டாக மொழிகள் மற்றும் நாட்டுப்புறக் கதைகள், மனித மக்கள் தொகை மரபியலுடன் இணைந்து, பைலோஜெனெடிக்ஸ் கருத்துகளைப் பயன்படுத்தி ஆய்வு செய்யப்பட்டுள்ளது. இந்த கட்டமைப்பில் நல்லிணக்கம் ஒருபோதும் பயன்படுத்தப்படவில்லை என்றாலும், இந்த ஆய்வுகளில் சில பல நிலை அமைப்புகளை உள்ளடக்கியது, ஒவ்வொன்றும் ஒரு மரத்தால் அல்லது ஒரு பாத்திரத்தின் பரிணாமத்தால் குறிப்பிடப்படுகின்றன, இந்த நிலைகளின் இணை பரிணாமத்தில் கவனம் செலுத்துகின்றன. இந்த மொழி மரத்தில் ஒரு எழுத்து மாதிரி மூலம் செங்குத்தாக பரவும் நாட்டுப்புறக் கதைகளை வெளிப்படுத்துவதற்காக மொழி மரங்களை மக்கள் தொகை மரங்களுடன் ஒப்பிடலாம். ஒவ்வொரு நாட்டுப்புறக் கதையின் குடும்பம், மொழிகள், மரபணு பன்முகத்தன்மை, மக்கள் தொகை மற்றும் புவியியல் ஆகியவற்றில் உள்ள மாறுபாடுகளை இரண்டால் ஒப்பிடலாம், இது நாட்டுப்புறக் கதைகளின் பன்முகத்தன்மையை ஒரு பக்கத்தில் மொழிகளுடனும் மறுபுறம் புவியியலுடனும் இணைக்கிறது. எச். ஜி. டி. க்களை ஊக்குவிக்கும் புரவலன்களைப் பகிர்ந்து கொள்ளும் குறியீடுகளுடன் மரபியலில் உள்ளதைப் போல, மொழியியல் தடைகள் நாட்டுப்புறக் கதைகள் அல்லது மொழி கூறுகளின் பரவலை முன்கூட்டியே தடுக்கலாம். இரண்டு நிலை நல்லிணக்கத்தைப் பயன்படுத்தி மூன்று நிலை அமைப்புகளை ஆராய்வது பல நிலை நல்லிணக்கம் இரண்டு நிலை நல்லிணக்கத்தைப் போல வளர்ச்சியடையவில்லை. இரண்டுக்கும் மேற்பட்ட நிலைகளுக்கு இடையிலான பரிணாம சார்புநிலைகளை அணுகுவதற்கான ஒரு வழி, ஒரு உயிரியல் அமைப்பின் சிக்கலைப் பற்றிய முதல் நுண்ணறிவை வழங்க கிடைக்கக்கூடிய நிலையான இரண்டு நிலை முறைகளைப் பயன்படுத்த முயற்சிப்பதாகும். பல மரபணு நிகழ்வுகள்ஃ ஒரு இடைநிலை மட்டத்தின் மறைமுகமான பரிசீலனை மரபணு/இனங்கள் மர மட்டத்தில், ஒன்று பொதுவாக பல்வேறு மரபணு மரங்களைக் கையாள்கிறது. இந்த விஷயத்தில், வெவ்வேறு மரபணு குடும்பங்கள் சுயாதீனமாக உருவாகின்றன என்ற கருதுகோள் மறைமுகமாக செய்யப்படுகிறது. இருப்பினும், இது அவ்வாறு இருக்க வேண்டிய அவசியமில்லை. உதாரணமாக, தொடர்ச்சியான மரபணுக்களின் தன்னிச்சையான எண்ணிக்கையில் பரவியிருக்கும் ஒரு மரபணுவின் பிரிவுகளுக்கு நகல், பரிமாற்றம் மற்றும் இழப்பு ஏற்படலாம். மேல் மரத்திற்குள் உள்ள குறைந்த மரங்களுக்கு இடைநிலை வழிகாட்டியைப் பயன்படுத்தி இத்தகைய பல மரபணு நிகழ்வுகளைக் கருத்தில் கொள்ள முடியும். உதாரணமாக, ஒரு தேதியிட்ட இன மரத்துடன் பல மரபணு மர சமரசங்களின் கூட்டு சாத்தியக்கூறுகளை நகலெடுப்பு, இழப்பு மற்றும் முழு மரபணு நகலெடுப்பு அல்லது ஒரு பார்சிமோனியஸ் அமைப்பில் ஒருவர் கணக்கிடலாம், மேலும் சிக்கலின் ஒரு வரையறை NP-கடினமானது. இதேபோல், டி. எல் கட்டமைப்பை ஒரு ஒற்றை மரபணுவுக்குப் பதிலாக குரோமோசோம் பிரிவுகளின் நகல் மற்றும் இழப்பு மூலம் செறிவூட்டலாம். இருப்பினும், அந்த புதிய சாத்தியத்துடன் டி. எல் நல்லிணக்கம் கடினமாகிறது. இரண்டு தொடர்ச்சியான மரபணுக்களுக்கு இடையிலான தொடர்பை ஒரு வளர்ந்து வரும் தன்மையாக மாதிரியாக்கலாம், இது ஆதாயம், இழப்பு, தோற்றம், உடைப்பு, நகல் மற்றும் பரிமாற்றத்திற்கு உட்பட்டது. மரபணு அமைப்பின் கூற்றுப்படி, இந்த இணைப்பின் பரிணாமம் இனங்கள் மற்றும் மரபணு மரங்களுக்கு ஒரு கூடுதல் மட்டமாகத் தோன்றுகிறது, இது மரபணு/இனங்கள் மர நல்லிணக்கத்தால் ஓரளவு கட்டுப்படுத்தப்படுகிறது, ஓரளவு தானாகவே உருவாகிறது. இதனால் இது மரபணுக்களுக்கு இடையிலான ஒத்திசைவு அல்லது அருகாமையை மாதிரியாகக் காட்டுகிறது. மற்றொரு அளவில், இது ஒரு புரதத்தைச் சேர்ந்த இரண்டு களங்களின் பரிணாம வளர்ச்சியையும் மாதிரியாகக் காட்ட முடியும். "இடமாற்றங்களின் நெடுஞ்சாலைகளை" கண்டறிதல், ஒரு குறிப்பிட்ட நன்கொடையாளரிடமிருந்து மரபணுக்களின் குழுக்களை முன்னுரிமை பெறுதல், மரபணு வரலாறுகளின் சுயாதீனம் இல்லாததற்கு மற்றொரு எடுத்துக்காட்டு. இதேபோல், பல மரபணு மாற்றங்களை கண்டறிய முடியும். இது பைலோஜெனெடிக் நெட்வொர்க்குகளைப் பயன்படுத்தி சமரசம் போன்ற முறைசார்ந்த முன்னேற்றங்களுக்கும் வழிவகுத்துள்ளது, இது பரிமாற்ற விளிம்புகளுடன் பெருக்கப்பட்ட ஒரு மரமாகக் கருதப்படுகிறது, இது ஒரு டி. டி. எல் மாதிரியில் இடமாற்றங்களைக் கட்டுப்படுத்த பயன்படுத்தப்படலாம். நெட்வொர்க்குகள் ஊடுருவல் மற்றும் முழுமையற்ற பரம்பரை வரிசைப்படுத்தலை மாதிரியாகப் பயன்படுத்தலாம். பல ஜோடி நிலைகளில் சக பரிணாமத்தைக் கண்டறிதல் ஒரு ஹோலோபியான்ட்டின் பரிணாம வளர்ச்சியைப் புரிந்துகொள்வது ஒரு மையக் கேள்வியாகும், எடுத்துக்காட்டாக புரவலன் இனங்கள், புரவலன் மரபணுக்கள், சிம்பியான்டுகள் மற்றும் சிம்பியான்ட் மரபணுக்களுக்கு இடையில் ஒருவருக்கொருவர் இணைந்து செயல்படும் நிலைகள் என்ன என்பதை அறிய. பரிணாம வளர்ச்சியின் அனைத்து நிலைகளுக்கும் இடையிலான பல சார்புநிலைகளை இரண்டு வளர்ந்து வரும் நிறுவனங்களின் பல ஜோடி வாரியான ஒப்பீடுகள் மூலம் அணுக முடியும். ஒருபுறம் புரவலன் மற்றும் சிம்பியான்டின் நல்லிணக்கம் மற்றும் மறுபுறம் புவியியல் மற்றும் சிம்பியான்ட் ஆகியவை புரவலன் மற்றும் சிம்பியான்டின் பன்முகப்படுத்தலின் வடிவங்களை அடையாளம் காண உதவும், அவை ஒரு பொதுவான புவியியல் பன்முகப்படுத்தல் மூலம் விளக்கக்கூடிய சக பரிணாமம் அல்லது வடிவங்களை பிரதிபலிக்கின்றன. இதேபோல், பாலூட்டிகளின் குடல் நுண்ணுயிரிகளின் கலவையில் உணவு பரிணாமம் மற்றும் பைலோஜெனெடிக் மந்தநிலையின் விளைவை வேறுபடுத்த ஒரு ஆய்வு நல்லிணக்க முறைகளைப் பயன்படுத்தியது. ஒரு பாலூட்டி பைலோஜெனியில் மூதாதையர் உணவுகள் மற்றும் மைக்ரோபயோம் கலவையை மறுசீரமைப்பதன் மூலம், இரண்டு விளைவுகளும் பங்களிக்கின்றன, ஆனால் வெவ்வேறு நேர அளவுகளில் என்று ஆய்வு வெளிப்படுத்தியது. மூன்று அல்லது அதற்கு மேற்பட்ட நிலைகளின் வெளிப்படையான மாதிரியாக்கம் புரவலன்/சிம்பியான்ட்/மரபணுக்களாக ஒரு பல நிலை அமைப்பின் மாதிரியில், கிடைமட்ட மரபணு இடமாற்றங்கள் ஒரே புரவலனின் இரண்டு சிம்பியான்டுகளுக்கு இடையில் இருக்க வேண்டும். இது இரண்டு நிலை மரபணு மரம்/இனங்கள் மரம் அல்லது புரவலன்/சிம்பியான்ட் நல்லிணக்கத்திற்கு கண்ணுக்குத் தெரியாததுஃ சில சந்தர்ப்பங்களில், இரண்டு நிலைகளின் எந்தவொரு கலவையையும் பார்ப்பது ஒரு பரிணாம சூழ்நிலையை இழக்க வழிவகுக்கும், இது மூன்று மரங்களிலிருந்து வரும் தகவல்களை ஒன்றாக கருத்தில் கொண்டால் மட்டுமே பெரும்பாலும் இருக்கும். பல நிலைகளில் ஒருவருக்கொருவர் சார்ந்திருப்பதை உள்ளடக்கிய அமைப்புகளுடன் நிலையான இரண்டு நிலை சமரசங்களின் இந்த பயன்பாடுகளின் வரம்பை எதிர்கொள்ள முயற்சிக்கும் வகையில், கடந்த தசாப்தத்தில் பல நிலை மாதிரிகளை உருவாக்குவதற்கும் பயன்படுத்துவதற்கும் ஒரு முறையான முயற்சி மேற்கொள்ளப்பட்டுள்ளது. இதற்கு மேல் மற்றும் கீழ் மட்டத்திற்கு இடையில் குறைந்தபட்சம் ஒரு "இடைநிலை" மட்டத்தை அடையாளம் காண வேண்டும். ஒருங்கிணைந்த மூன்று நிலை மாதிரிகளை நோக்கிய முதல் படி இரண்டு நிலைகளில் பைலோஜெனெடிக் மரங்களைக் கருத்தில் கொள்வதும், மற்றொரு நிலை மரங்களில் ஒன்றின் இலைகளில் உள்ள எழுத்துக்களுடன் மட்டுமே குறிப்பிடப்படுவதும் ஆகும். உதாரணமாக, புரவலன் மற்றும் சிம்பியான்ட் பைலோஜெனிகளின் நல்லிணக்கத்தை புவியியல் தரவுகளால் தெரிவிக்க முடியும். ஒரு எழுத்து அனுமான முறையின் மூலம் பெறப்பட்ட புரவலன் மற்றும் சிம்பியான்ட் இனங்களின் மூதாதையர் புவியியல் இருப்பிடங்கள் புரவலன்/சிம்பியான்ட் நல்லிணக்கத்தை கட்டுப்படுத்த பயன்படுத்தப்படலாம்ஃ மூதாதையர் புரவலன்கள் மற்றும் சிம்பியான்டுகள் ஒரே புவியியல் இருப்பிடத்தைச் சேர்ந்தவை என்றால் மட்டுமே அவை தொடர்புபடுத்தப்படலாம். மற்றொரு அளவில், துணை-மரபணு மட்டத்தில் ஏற்படும் பரிணாமத்தை ஒரு எழுத்து முறை மூலம் அணுகலாம். இங்கே, மரபணுக்களின் பகுதிகள் (எ. கா. புரதக் களங்களுக்கான வரிசைக் குறியீடு) ஒரு டி. எல் மாதிரியின் படி ஒரு இன மரத்துடன் சமரசம் செய்யப்படுகிறது, மேலும் அவை சேர்ந்த மரபணுக்கள் இந்த பகுதிகளின் எழுத்துக்களாக குறிப்பிடப்படுகின்றன. மூதாதையர் மரபணுக்கள் பின்னர் மரபணு பகுதிகளின் இணைப்பு மற்றும் பிளவுகள் மூலம் ஒரு பின்புறத்தை மறுசீரமைக்கப்படுகின்றன. இதில் குறிப்பிடப்பட்டுள்ள பல ஆய்வுகள் சுட்டிக்காட்டியுள்ளபடி, ஒரு உயர் நிலை ஒரு இடைநிலை மற்றும் கீழ் நிலை இடையே ஒரு நல்லிணக்கத்தை தெரிவிக்க முடியும், குறிப்பாக கிடைமட்ட இடமாற்றங்களுக்கு. மூன்று நிலை மாதிரிகள் இந்த அனுமானங்களை கணக்கில் எடுத்துக்கொண்டு ஒரு இடைநிலை மரத்திற்கும் கீழ் மட்டங்களுக்கும் இடையிலான சமரசங்களை ஒரு மேல் மரத்தின் அறிவுடன் வழிநடத்தலாம். எடுத்துக்காட்டாக, ஒரே வாழ்விடத்தைப் பகிர்ந்து கொள்ளும் நிறுவனங்களுக்கு இடையில் கிடைமட்ட மரபணு இடமாற்றங்கள் நிகழும் நல்லிணக்க சூழ்நிலைகளுக்கு இந்த மாதிரி அதிக வாய்ப்புகளை வழங்க முடியும். டிடிஎல் மரபணு களம் மற்றும் மரபணு நல்லிணக்கத்துடன் கூடு கட்டப்பட்ட டிடிஎல் மரபணு/இனங்கள் சமரசங்களுடன் இது முதல் முறையாக அடையப்பட்டுள்ளது. இடைநிலை மற்றும் உள் இடமாற்றங்களுக்கான வெவ்வேறு செலவுகள் ஒரே மரபணுக்களின் மரபணுக்களுக்கு இடையில் இடமாற்றங்கள் நடக்கின்றனவா இல்லையா என்பதைப் பொறுத்தது. இந்த மாதிரி மூன்று நிலைகளையும் மூன்று மரங்களையும் வெளிப்படையாகக் கருதுகிறது என்பதைக் கவனியுங்கள், ஆனால் ஒரு உண்மையான மூன்று நிலை நல்லிணக்கத்தை இன்னும் வரையறுக்கவில்லை, ஒரு சாத்தியக்கூறு அல்லது மதிப்பெண் தொடர்புடையது. இது ஒரு தொடர்ச்சியான செயல்பாட்டை நம்பியுள்ளது, அங்கு இரண்டாவது நல்லிணக்கம் முதல் ஒன்றின் விளைவாக தெரிவிக்கப்படுகிறது. பல நிலை மாதிரிகளில் நல்லிணக்க சிக்கல் அடுத்த கட்டமாக மூன்று கூட்டுக் மரங்களைக் கொண்ட ஒரு நல்லிணக்கத்தின் மதிப்பெண்ணை வரையறுப்பதும், மூன்று மரங்களைக் கருத்தில் கொண்டு, அவற்றின் மதிப்பெண்ணின் படி மூன்று நிலை சமரசங்களைக் கணக்கிடுவதும் ஆகும். இது ஒரு இனங்கள்/மரபணு/கள அமைப்பு மூலம் அடையப்பட்டுள்ளது, அங்கு மரபணுக்கள் ஒரு டி. எல் மாதிரியுடன் இன மரத்திற்குள் உருவாகின்றன மற்றும் களங்கள் ஒரு டி. டி. எல் மாதிரியுடன் மரபணு/இன அமைப்பிற்குள் உருவாகின்றன, இது இரண்டு வெவ்வேறு இனங்களின் மரபணுக்களுக்கு இடையில் கள இடமாற்றங்களைத் தடுக்கிறது. அனுமானம் என்பது கூட்டு மதிப்பெண்களுடன் வேட்பாளர் காட்சிகளை உள்ளடக்கியது. குறைந்தபட்ச மதிப்பெண் சூழ்நிலையை கணக்கிடுவது NP-கடினமானது, ஆனால் டைனமிக் புரோகிராமிங் அல்லது இன்டெஜர் லீனியர் புரோகிராமிங் ஹூரிஸ்டிக்ஸ் வழங்க முடியும். பல களங்களைக் கருத்தில் கொண்டு சிக்கலின் மாறுபாடுகள் கிடைக்கின்றன, அதேபோல் ஒரு உருவகப்படுத்துதல் கட்டமைப்பும் உள்ளது. 3-நிலை கீழ்/இடைநிலை/மேல் நல்லிணக்க மாதிரிகளைப் பயன்படுத்தி இடைநிலை மரத்தைக் குறிப்பிடுவது இரண்டு-நிலை நல்லிணக்கத்தை கீழ் அல்லது மேல் பைலோஜெனிகளை மேம்படுத்துவதற்கோ அல்லது சீரமைக்கப்பட்ட வரிசைகளிலிருந்து அவற்றை உருவாக்க உதவுவதற்கோ பயன்படுத்துவது போல, கூட்டு நல்லிணக்க மாதிரிகளையும் அதே முறையில் பயன்படுத்தலாம். இந்த நரம்பில், ஒரு பேய்சியன் கட்டமைப்பில் ஒரு இணைக்கப்பட்ட மரபணு/இனங்கள் டி. எல், டொமைன் மரபணு டி. எல் மற்றும் மரபணு வரிசை பரிணாம மாதிரி மரபணு மரங்களின் புனரமைப்பை மேம்படுத்துகிறது. மென்பொருள் நல்லிணக்கத்தின் பல்வேறு மாதிரிகளை செயல்படுத்த பல மென்பொருள்கள் உருவாக்கப்பட்டுள்ளன. பின்வரும் அட்டவணை முழுமையான தன்மையை நோக்கமாகக் கொண்டிருக்கவில்லை, ஆனால் நல்லிணக்க சூழ்நிலைகளை ஊகிக்க மரங்களை சமரசம் செய்வதை நோக்கமாகக் கொண்ட பல மென்பொருள் கருவிகளை வழங்குகிறது அல்லது மரங்களை சரிசெய்வது அல்லது ஊகிப்பது அல்லது சக பரிணாமத்தை சோதிப்பது போன்ற தொடர்புடைய பயன்பாட்டிற்காக வழங்குகிறது. ஆர்வத்தின் நிலைகள் பிரிவு மென்பொருள் செயல்படுத்தப்பட்ட நிலைகளை விவரிக்கிறது, எடுத்துக்காட்டாக, ஹோஸ்ட் மற்றும் குறியீடுகளை சமரசம் செய்ய இனங்கள் மற்றும் மரபணு நல்லிணக்கத்திற்காக தயாரிக்கப்பட்ட மென்பொருளைப் பயன்படுத்துவது முற்றிலும் சாத்தியம் என்றாலும். பார்சிமோனி அல்லது நிகழ்தகவு என்பது நல்லிணக்கத்திற்கு பயன்படுத்தப்படும் அடிப்படை மாதிரியாகும். குறிப்புகள் வெளிப்புற இணைப்புகள் பைலோஜெனெடிக்ஸ் பரிணாம உயிரியல்