List of systems biology modeling software
உயிரியல் செயல்முறைகளைப் புரிந்துகொள்வதற்கும் கணிப்புகளைச் செய்வதற்கும் உதவும் கணித மாதிரிகளை உருவாக்குவதில் அமைப்புகள் உயிரியல் பெரிதும் நம்பியுள்ளது. முதல் டிஜிட்டல் கணினிகள் வந்ததிலிருந்து மாதிரிகளை உருவாக்க உதவும் சிறப்பு மென்பொருள் உருவாக்கப்பட்டுள்ளது. பின்வரும் பட்டியல் ஆராய்ச்சியாளர்களுக்கு தற்போது ஆதரிக்கப்படும் மென்பொருள் பயன்பாடுகளை வழங்குகிறது. நவீன அமைப்புகள் உயிரியல் மாடலிங் மென்பொருளில் பெரும்பாலானவை எஸ். பி. எம். எல்-ஐ ஆதரிக்கின்றன, இது உயிரியல் செல்லுலார் செயல்முறைகளின் மாதிரிகளை பரிமாறிக்கொள்வதற்கான நடைமுறை தரநிலையாகும். சில கருவிகள் செல்எம்எல் ஐ ஆதரிக்கின்றன, இது உடலியல் செயல்முறைகளைக் குறிக்கப் பயன்படுத்தப்படும் ஒரு தரநிலையாகும். நிலையான வடிவங்களைப் பயன்படுத்துவதன் நன்மை என்னவென்றால், ஒரு குறிப்பிட்ட மென்பொருள் பயன்பாடு இறுதியில் ஆதரிக்கப்படாததாகவும் பயன்படுத்த முடியாததாகவும் மாறினாலும், அந்த பயன்பாட்டால் உருவாக்கப்பட்ட மாதிரிகள் எளிதில் நவீன சமமானவற்றுக்கு மாற்றப்படலாம். இது படைப்பின் அசல் வெளியீட்டிற்குப் பிறகு நீண்ட காலத்திற்குப் பிறகு அறிவியல் ஆராய்ச்சியை மீண்டும் உருவாக்க அனுமதிக்கிறது. ஒரு குறிப்பிட்ட கருவியைப் பற்றிய கூடுதல் தகவலைப் பெற, கருவியின் பெயரைக் கிளிக் செய்க. இது உங்களை சக மதிப்பாய்வு செய்யப்பட்ட வெளியீட்டிற்கு அல்லது சில அரிதான சந்தர்ப்பங்களில், ஒரு பிரத்யேக விக்கிப்பீடியா பக்கத்திற்கு வழிநடத்தும். திறந்த மூல மென்பொருள் பயன்பாடுகளை தீவிரமாக ஆதரிக்கிறது பொது தகவல் எஸ். பி. எம். எல் நெடுவரிசையில் உள்ள ஒரு உள்ளீடு "ஆம், ஆனால் எதிர்வினைகளுக்கு மட்டுமே" என்று கூறும்போது. இதன் பொருள் என்னவென்றால், கருவி எஸ். பி. எம். எல் இன் எதிர்வினை கூறுகளை மட்டுமே ஆதரிக்கிறது. எடுத்துக்காட்டாக, விதிகள், நிகழ்வுகள் போன்றவை. அவை ஆதரிக்கப்படவில்லை. நிபுணத்துவ கருவிகள் பின்வரும் அட்டவணை மாடலிங் கருவிகளுடன் தொகுக்க முடியாத நிபுணத்துவ கருவிகளை பட்டியலிடுகிறது. அம்ச அட்டவணைகள் ஆதரிக்கப்படும் மாடலிங் முன்னுதாரணங்கள் வேறுபட்ட சமன்பாடு குறிப்பிட்ட அம்சங்கள் கோப்பு வடிவம் ஆதரவு மற்றும் இடைமுக வகை மேம்பட்ட அம்சங்கள் (பொருந்தும் இடங்களில்) பிற அம்சங்கள் துகள் அடிப்படையிலான சிமுலேட்டர்கள் துகள் அடிப்படையிலான சிமுலேட்டர்கள் ஆர்வமுள்ள ஒவ்வொரு மூலக்கூறையும் தொடர்ச்சியான இடத்தில் ஒரு தனிப்பட்ட துகளாகக் கருதுகின்றன, மூலக்கூறு பரவல், மூலக்கூறு-சவ்வு தொடர்புகள் மற்றும் இரசாயன எதிர்வினைகளை உருவகப்படுத்துகின்றன. துகள் அடிப்படையிலான சிமுலேட்டர்களின் ஒப்பீடு பின்வரும் பட்டியல் பல துகள் அடிப்படையிலான சிமுலேட்டர்களின் அம்சங்களை ஒப்பிடுகிறது. இந்த அட்டவணை முதலில் என்சைக்ளோபீடியா ஆஃப் கம்ப்யூடேஷனல் நியூரோ சயின்ஸில் வெளியிடப்பட்ட பதிப்பில் இருந்து திருத்தப்பட்டுள்ளது. அமைப்பு எல்லைக் குறியீடுகள்ஃ ஆர் = பிரதிபலிப்பு, ஏ = உறிஞ்சுதல், டி = கடத்தல், பி = காலமுறை, மற்றும் ஐ = தொடர்பு. அல்காரிதம் துல்லியமானது, ஆனால் அசல் அட்டவணை தொகுப்பின் போது மென்பொருள் தவறான முடிவுகளை உருவாக்கியது. * வெவ்வேறு அளவிலான விவரங்கள் காரணமாக இந்த அளவுகோல் ரன் நேரங்கள் மற்றவர்களுடன் ஒப்பிட முடியாதவை. மாதிரி அளவுத்திருத்த மென்பொருள் அமைப்பு உயிரியல் மாதிரிகளை உருவாக்கும் போது மாதிரி அளவுத்திருத்தம் ஒரு முக்கிய செயல்பாடாகும். இந்த அட்டவணை அமைப்புகள் உயிரியல் மாதிரியாளர்களுக்கு கிடைக்கும் தற்போதைய மாதிரி அளவுத்திருத்த கருவிகளில் சிலவற்றை எடுத்துக்காட்டுகிறது. எஸ். பி. எம். எல் இணக்கமான முதல் அட்டவணை பட்டியல் கருவிகள். PETab என்பது மாதிரி அளவுத்திருத்த ஓட்டங்களைக் குறிப்பிடுவதற்கான ஒரு சமூகத் தரநிலையாகும். மரபு திறந்த மூல மென்பொருள் பயன்பாடுகள் 1980 களுக்கு முன்னர் உருவாக்கப்பட்ட உயிர்வேதியியல் அமைப்புகளை மாதிரியாக்குவதற்கான சில ஆரம்பகால மென்பொருள்களை பின்வரும் பட்டியல் பட்டியலிடுகிறது. பின்வரும் பட்டியல் 1980கள் மற்றும் 1990களில் உருவாக்கப்பட்ட சில மென்பொருள் மாடலிங் பயன்பாடுகளைக் காட்டுகிறது. வரலாற்று ஆர்வத்திற்காக அவை பட்டியலிடப்பட்டுள்ளன. குறிப்புகள் அமைப்புகள் உயிரியல் உயிர் தகவலியல் அறிவியல் மென்பொருள் அமைப்புகள்