TRANSFAC
டிரான்ஸ்ஃபாக் (டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் ஃபேக்டர் தரவுத்தளம்) என்பது யூகாரியோடிக் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகள், அவற்றின் மரபணு பிணைப்பு தளங்கள் மற்றும் டிஎன்ஏ பிணைப்பு சுயவிவரங்களின் கைமுறையாக தொகுக்கப்பட்ட தரவுத்தளமாகும். தரவுத்தளத்தின் உள்ளடக்கங்கள் சாத்தியமான டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணி பிணைப்பு தளங்களை கணிக்க பயன்படுத்தப்படலாம். அறிமுக தரவுத்தளத்தின் தோற்றம் 1988 இல் வெளியிடப்பட்ட ஆரம்பகால தரவு சேகரிப்பாகும். TRANSFAC என்ற பெயரில் வெளியிடப்பட்ட முதல் பதிப்பு முன்னாள் ஜெர்மன் தேசிய உயிரி தொழில்நுட்ப ஆராய்ச்சி மையத்தில் உருவாக்கப்பட்டது மற்றும் உள்ளூர் நிறுவலுக்காக வடிவமைக்கப்பட்டது (இப்போதுஃ தொற்று ஆராய்ச்சிக்கான ஹெல்ம்ஹோல்ட்ஸ் மையம்). 1993 ஆம் ஆண்டில் தொடங்கப்பட்ட முதல் பொது நிதியுதவி பெற்ற உயிர் தகவலியல் திட்டங்களில் ஒன்றில், டிரான்ஸ்ஃபாக் இணையத்தில் கிடைக்கக்கூடிய ஒரு வளமாக வளர்ந்தது. 1997 ஆம் ஆண்டில், தரவுத்தளத்தின் நீண்டகால நிதியுதவியைப் பெறுவதற்காக, புதிதாக நிறுவப்பட்ட நிறுவனமான பயோபேஸிற்கு டிரான்ஸ்ஃபாக் மாற்றப்பட்டது. அப்போதிருந்து, மிகவும் புதுப்பித்த பதிப்பு உரிமம் பெற வேண்டும், அதே நேரத்தில் பழைய பதிப்புகள் வணிகரீதியான பயனர்களுக்கு இலவசம். ஜூலை 2016 முதல், டிரான்ஸ்ஃபாக் ஜெர்மனியின் வொல்பன்பெட்டலில் உள்ள ஜீன்எக்ஸ்ப்லைன் ஜி. எம். பி. எச் மூலம் பராமரிக்கப்பட்டு விநியோகிக்கப்படுகிறது. உள்ளடக்கம் மற்றும் அம்சங்கள் தரவுத்தளத்தின் உள்ளடக்கம் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகள் (டிஎஃப்கள்) மற்றும் அவற்றின் டிஎன்ஏ பிணைப்பு தளங்களுக்கு (டிஎஃப்பிஎஸ்) இடையிலான தொடர்புகளை மையமாகக் கொண்ட வகையில் ஒழுங்கமைக்கப்பட்டுள்ளது. டிஎஃப்கள் அவற்றின் கட்டமைப்பு மற்றும் செயல்பாட்டு அம்சங்கள் குறித்து விவரிக்கப்படுகின்றன, அவை அசல் அறிவியல் இலக்கியத்திலிருந்து பிரித்தெடுக்கப்படுகின்றன. அவற்றின் டிஎன்ஏ பிணைப்பு களங்களின் அம்சங்களின்படி அவை குடும்பங்கள், வகுப்புகள் மற்றும் சூப்பர் கிளாஸ்களாக வகைப்படுத்தப்படுகின்றன. ஒரு மரபணு தளத்துடன் ஒரு TF ஐ பிணைப்பது தளத்தின் உள்ளூர்மயமாக்கல், அதன் வரிசை மற்றும் பயன்படுத்தப்படும் சோதனை முறையைக் குறிப்பிடுவதன் மூலம் ஆவணப்படுத்தப்படுகிறது. ஒரு டிஎஃப் அல்லது நெருங்கிய தொடர்புடைய டிஎஃப்களின் குழுவைக் குறிக்கும் அனைத்து தளங்களும் சீரமைக்கப்பட்டு நிலை-குறிப்பிட்ட ஸ்கோரிங் மேட்ரிக்ஸ் (பிஎஸ்எஸ்எம்) அல்லது கவுண்ட் மேட்ரிக்ஸை உருவாக்க பயன்படுத்தப்படுகின்றன. டிரான்ஸ்ஃபாக் மேட்ரிக்ஸ் நூலகத்தின் பல மேட்ரிக்ஸ்கள் கியூரேட்டர்கள் குழுவால் கட்டப்பட்டுள்ளன, மற்றவை அறிவியல் வெளியீடுகளிலிருந்து எடுக்கப்பட்டுள்ளன. பயன்பாடுகள் TRANSFAC தரவுத்தளத்தை யூகாரியோடிக் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகளின் கலைக்களஞ்சியமாக பயன்படுத்தலாம். ஒவ்வொரு டிஎஃப்-க்கும் இலக்கு வரிசைகள் மற்றும் ஒழுங்குபடுத்தப்பட்ட மரபணுக்கள் பட்டியலிடப்படலாம், அவை டிஎஃப்பிஎஸ் அங்கீகார கருவிகளுக்கான அளவுகோலாகவோ அல்லது புதிய டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணி பிணைப்பு தளங்களுக்கான (டிஎஃப்பிஎஸ்) அங்கீகார வழிமுறைகளுக்கான பயிற்சி தொகுப்பாகவோ பயன்படுத்தப்படலாம். டிஎன்ஏ-பிணைப்பு களங்களின் பண்புகள் தொடர்பாக அத்தகைய தரவுத் தொகுப்புகளை பகுப்பாய்வு செய்ய டிஎஃப் வகைப்பாடு உதவுகிறது. கொடுக்கப்பட்ட (தொகுப்பு) மரபணு (களை) கட்டுப்படுத்தும் அனைத்து TF களையும் மீட்டெடுப்பது மற்றொரு பயன்பாடாகும். அமைப்புகள்-உயிரியல் ஆய்வுகளின் சூழலில், டிரான்ஸ்ஃபாக்கில் ஆவணப்படுத்தப்பட்ட டி. எஃப்-இலக்கு மரபணு உறவுகள் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் ஒழுங்குமுறை நெட்வொர்க்குகளை உருவாக்கவும் பகுப்பாய்வு செய்யவும் பயன்படுத்தப்பட்டன. TRANSFAC இன் மிகவும் அடிக்கடி பயன்படுத்தப்படுவது சாத்தியமான TFBS இன் கணக்கீட்டு முன்கணிப்பு ஆகும். இந்த நோக்கத்திற்காக தனிப்பட்ட பிணைப்பு தளங்கள் அல்லது மேட்ரிக்ஸ் நூலகத்தைப் பயன்படுத்தும் பல வழிமுறைகள் உள்ளனஃ பேட்ச்-டிரான்ஸ்ஃபாக்கில் ஆவணப்படுத்தப்பட்ட பிணைப்பு தளங்களுடன் வரிசை ஒற்றுமைகளை பகுப்பாய்வு செய்கிறது; இது தரவுத்தளத்துடன் வழங்கப்படுகிறது. சைட்ஸீர்-டிரான்ஸ்ஃபாக்கில் ஆவணப்படுத்தப்பட்ட பிணைப்பு தளங்களுடன் வரிசை ஒற்றுமைகளை பகுப்பாய்வு செய்கிறது. பொருத்தம்-மேட்ரிக்ஸ் நூலகத்தைப் பயன்படுத்தி சாத்தியமான TFBS ஐ அடையாளம் காட்டுகிறது; இது தரவுத்தளத்துடன் வழங்கப்படுகிறது. டெஸ் (டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் எலிமெண்ட் சர்ச் சிஸ்டம்)-டிரான்ஸ்ஃபாக் மற்றும் பிற மூன்று ஆதாரங்களின் மேட்ரிக்ஸ் நூலகங்களைப் பயன்படுத்தி டிரான்ஸ்ஃபாக் பிணைப்பு தளங்கள் மற்றும் சாத்தியமான பிணைப்பு தளங்களுடன் வரிசை ஒற்றுமைகளை பகுப்பாய்வு செய்கிறது. TRANSFAC மேட்ரிக்ஸ்களைப் பயன்படுத்தும் சிஸ்-ஒழுங்குமுறை தொகுதிகளை (சிஆர்எம்கள், டிஎஃப்பிஎஸ்ஸின் சிறப்பியல்பு சேர்க்கைகள்) அடையாளம் காண்பதற்கான ஒரு திட்டத்தையும் டெஸ் வழங்குகிறது. PROMO-வணிக தரவுத்தள பதிப்பு TFM எக்ஸ்ப்ளோரரின் உதவியுடன் TFBSகளின் மேட்ரிக்ஸ் அடிப்படையிலான முன்கணிப்பு-மரபணுக்களின் தொகுப்பில் பொதுவான சாத்தியமான TFBSகளை அடையாளம் காணுதல் மோடிஃப்மோகுல்-பல்வேறு வழிமுறைகளுடன் மேட்ரிக்ஸ் அடிப்படையிலான வரிசை பகுப்பாய்வு கான்ட்ரா-பாதுகாக்கப்பட்ட விளம்பரதாரர் பகுதிகளில் மேட்ரிக்ஸ் அடிப்படையிலான வரிசை பகுப்பாய்வு PMS (பாலி மேட்ரிக்ஸ் தேடல்)-பாதுகாக்கப்பட்ட விளம்பரதாரர் பகுதிகளில் மேட்ரிக்ஸ் அடிப்படையிலான வரிசை பகுப்பாய்வு TRANSFAC மற்றும் பிற ஆதாரங்களின் மேட்ரிக்ஸ் நூலகத்துடன் மேட்ரிக்ஸின் ஒப்பீடுஃ T-ரெக் ஒப்பீட்டாளர் தனிப்பட்ட அல்லது மேட்ரிக்ஸ் குழுக்களை TRANSFAC அல்லது பிற நூலகங்களுடன் ஒப்பிடுவதற்கு. MACO (பாலி மேட்ரிக்ஸ் தேடல்)-மேட்ரிக்ஸ் நூலகங்களுடன் மேட்ரிக்ஸ் ஒப்பீடு. பல சேவையகங்கள் TRANSFAC இன் உதவியுடன் கணக்கிடப்பட்ட மரபணு சிறுகுறிப்புகளை வழங்குகின்றன. மற்றவர்கள் இலக்கு மரபணு தொகுப்புகளை ஊகிக்க இத்தகைய பகுப்பாய்வுகளைப் பயன்படுத்தியுள்ளனர். மேலும் காண்க டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணி பிணைப்பு தள தரவுத்தளங்கள் குறிப்புகள் வெளிப்புற இணைப்புகள் எட்கர் விங்கண்டர் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகளின் மரபியல் தரவுத்தளங்களின் முகப்புப்பக்கத்தில் உள்ள டிரான்ஸ்ஃபாக் தரவுத்தளத்தின் வரலாறு