GenoCAD
ஜெனோகேட் என்பது செயற்கை உயிரியலுக்கான ஆரம்பகால கணினி உதவி வடிவமைப்பு கருவிகளில் ஒன்றாகும். மென்பொருள் என்பது ஜெனோஃபேப், இன்க் உருவாக்கிய மற்றும் பராமரிக்கப்படும் ஒரு உயிர் தகவலியல் கருவியாகும். ஜெனோகேட் புரத வெளிப்பாடு திசையன்கள், செயற்கை மரபணு நெட்வொர்க்குகள் மற்றும் மரபணு பொறியியலுக்கான பிற மரபணு கட்டமைப்புகளின் வடிவமைப்பை எளிதாக்குகிறது மற்றும் முறையான மொழிகளின் கோட்பாட்டை அடிப்படையாகக் கொண்டது. முறையான மொழிகளின் கோட்பாட்டைப் பயன்படுத்தி மரபணு கட்டமைப்புகளின் செயல்பாட்டு கட்டுப்பாடுகளை முறைப்படுத்துவதற்கான முயற்சியின் ஒரு கிளையாக ஜெனோகேட் உருவானது. 2007 ஆம் ஆண்டில், வர்ஜீனியா பயோ இன்ஃபர்மேட்டிக்ஸ் இன்ஸ்டிடியூட், வர்ஜீனியா டெக் ஆராய்ச்சியாளர்களால் கருத்தின் சான்றாக வலைத்தளம் genocad.org (இப்போது ஓய்வு பெற்றது) அமைக்கப்பட்டது. வலைத்தளத்தைப் பயன்படுத்தி, பயனர்கள் உயர் மட்ட மரபணு கட்டமைப்புகளை மீண்டும் மீண்டும் குறைந்த அளவிலான மரபணு கட்டமைப்புகளுடன் மாற்றுவதன் மூலமும், இறுதியில் உண்மையான டிஎன்ஏ காட்சிகளுடன் மரபணுக்களை வடிவமைக்க முடியும். ஆகஸ்ட் 31,2009 அன்று, தேசிய அறிவியல் அறக்கட்டளை வர்ஜீனியா டெக்கில் உள்ள வர்ஜீனியா பயோ இன்ஃபர்மேட்டிக்ஸ் இன்ஸ்டிடியூட்டின் இணை பேராசிரியரான டாக்டர் ஜீன் பெக்கவுட்டுக்கு ஜெனோகேட்டின் வளர்ச்சிக்காக மூன்று ஆண்டு $1,421,725 மானியத்தை வழங்கியது. ஜெனோகேட் பெக்கவுட் (தற்போது சிஎஸ்ஓ மற்றும் செயல் தலைமை நிர்வாக அதிகாரி) நிறுவிய ஜெனோஃபேப், இன்க் நிறுவனத்தால் உருவாக்கப்பட்டது மற்றும் தொடர்ந்து உருவாக்கப்படுகிறது, அவர் தோற்றுவிக்கப்பட்ட ஆய்வின் ஆசிரியர்களில் ஒருவராகவும் இருந்தார். ஜெனோகேடிக்கான மூலக் குறியீடு முதலில் டிசம்பர் 2009 இல் சோர்ஸ்ஃபோர்ஜ் இல் வெளியிடப்பட்டது. ஜெனோகேட் பதிப்பு 2 நவம்பர் 2011 இல் வெளியிடப்பட்டது மற்றும் வடிவமைக்கப்பட்ட மரபணு குறியீட்டின் நடத்தையை உருவகப்படுத்தும் திறனை உள்ளடக்கியது. இந்த அம்சம் COPASI இன் பின்னணியில் உள்ள குழுவுடன் ஒத்துழைத்ததன் விளைவாகும். ஏப்ரல், 2015 இல், பெக்கவுட் மற்றும் சகாக்கள் ஜெனோலிப் என்று அழைக்கப்படும் உயிரியல் பாகங்களின் நூலகத்தை வெளியிட்டனர், அவை ஜெனோகேட் இயங்குதளத்தில் இணைக்கப்படலாம். குறிக்கோள்கள் திட்டத்தின் நான்கு நோக்கங்கள் பின்வருமாறுஃ E.coli இல் பயன்படுத்தப்படும் செயற்கை டிஎன்ஏ மூலக்கூறுகளின் கட்டமைப்பை பிரதிநிதித்துவப்படுத்தும் கணினி மொழி, ஈஸ்ட், எலிகள் மற்றும் அராபிடோப்ஸிஸ் தலியானா செல்கள் தொகுப்பானது டிஎன்ஏ காட்சிகளை கணித மாதிரிகளாக மொழிபெயர்க்கும் திறன் கொண்டது, இது குறியிடப்பட்ட பினோட்டைப் கூட்டு பணிப்பாய்வு சூழலை கணிக்க அனுமதிக்கிறது, இது பாகங்கள், வடிவமைப்புகள், புனையமைப்பு வளம் ஆகியவற்றைப் பகிர்ந்து கொள்ள அனுமதிக்கிறது, இது வெளிப்புற ஆலோசனைக் குழு, வருடாந்திர பயனர் மாநாடு மற்றும் தொழில்துறை அம்சங்களுக்கான அணுகல் மூலம் பயனர் சமூகத்திற்கு முடிவுகளை அனுப்புகிறது. மரபணு வரிசைகளின் மேலாண்மைஃ இந்த அம்சங்களின் குழுவின் நோக்கம், மரபணு பாகங்களின் பெரிய தொகுப்புகளுக்குள், ஒரு திட்டத்திற்குத் தேவையான பகுதிகளை அடையாளம் காணவும், அவற்றை திட்ட-குறிப்பிட்ட நூலகங்களில் ஒழுங்கமைக்கவும் பயனர்களுக்கு உதவுவதாகும். மரபணு பாகங்கள்ஃ பாகங்கள் ஒரு தனித்துவமான அடையாளங்காட்டி, ஒரு பெயர் மற்றும் மிகவும் பொதுவான விளக்கத்தைக் கொண்டுள்ளன. அவை டிஎன்ஏ வரிசையையும் கொண்டுள்ளன. பாகங்கள் ஒரு இலக்கணத்துடன் தொடர்புடையவை மற்றும் ஊக்குவிப்பாளர், மரபணு போன்ற பாகங்கள் வகைக்கு ஒதுக்கப்பட்டுள்ளன. பாகங்கள் நூலகங்கள்ஃ பாகங்களின் தொகுப்புகள் நூலகங்களில் ஒழுங்கமைக்கப்படுகின்றன. சில சந்தர்ப்பங்களில் பகுதி நூலகங்கள் மற்றொரு வரிசை தரவுத்தளம் போன்ற ஒரு மூலத்திலிருந்து இறக்குமதி செய்யப்பட்ட பகுதிகளுடன் ஒத்திருக்கின்றன. மற்ற சந்தர்ப்பங்களில், நூலகங்கள் ஒரு குறிப்பிட்ட வடிவமைப்பு திட்டத்திற்கு பயன்படுத்தப்படும் பகுதிகளுடன் ஒத்திருக்கின்றன. கார்ட் எனப்படும் தற்காலிக சேமிப்பு பகுதி வழியாக (இ-காமர்ஸ் ஷாப்பிங் கார்டுகளுக்கு ஒத்த) ஒரு நூலகத்திலிருந்து இன்னொரு நூலகத்திற்கு பாகங்களை நகர்த்தலாம். பகுதிகளைத் தேடுதல்ஃ பயனர்கள் லூசீன் தேடுபொறியைப் பயன்படுத்தி பாகங்கள் தரவுத்தளத்தைத் தேடலாம். அடிப்படை மற்றும் மேம்பட்ட தேடல் முறைகள் கிடைக்கின்றன. பயனர்கள் சிக்கலான வினவல்களை உருவாக்கி அவற்றை எதிர்கால மறுபயன்பாட்டிற்காக சேமிக்கலாம். பாகங்களை இறக்குமதி செய்தல்/ஏற்றுமதி செய்தல்ஃ நிலையான கோப்பு வடிவங்களைப் பயன்படுத்தி பாகங்களை தனித்தனியாகவோ அல்லது முழு நூலகங்களாகவும் இறக்குமதி செய்து ஏற்றுமதி செய்யலாம் (எ. கா., ஜென்பேங்க், தாவல் வரையறுக்கப்பட்டது, ஃபாஸ்டா, எஸ். பி. எம். எல்). மரபணு கட்டமைப்புகளில் வரிசைகளை இணைத்தல்ஃ இந்த அம்சங்களின் குழுவின் நோக்கம் மரபணு பகுதிகளை ஒரு குறிப்பிட்ட வடிவமைப்பு மூலோபாயத்திற்கு இணங்க வடிவமைப்புகளில் இணைக்கும் செயல்முறையை நெறிப்படுத்துவதாகும். புள்ளி மற்றும் கிளிக் வடிவமைப்பு கருவிஃ இந்த வழிகாட்டி வடிவமைப்பு அமைப்பு மற்றும் வடிவமைப்பில் சேர்க்கப்பட்டுள்ள பகுதிகளின் தேர்வை தீர்மானிக்கும் தொடர்ச்சியான வடிவமைப்பு முடிவுகளின் மூலம் பயனருக்கு வழிகாட்டுகிறார். வடிவமைப்பு மேலாண்மைஃ வடிவமைப்புகளை பயனர் பணியிடத்தில் சேமிக்க முடியும். முன்பு சேமித்த வடிவமைப்புகளில் பகுதிகளைத் திருத்துவதன் விளைவுகள் குறித்து பயனர்களை எச்சரிக்க வடிவமைப்பு நிலைகள் தவறாமல் புதுப்பிக்கப்படுகின்றன. வடிவமைப்புகளை ஏற்றுமதி செய்தல்ஃ வடிவமைப்புகளை நிலையான கோப்பு வடிவங்களைப் பயன்படுத்தி ஏற்றுமதி செய்யலாம் (எ. கா., ஜென்பேங்க், தாவல் வரையறுக்கப்பட்டது, ஃபாஸ்டா). வடிவமைப்பு பாதுகாப்புஃ பொருத்தமான வடிவமைப்பு மூலோபாயத்தைப் பின்பற்ற பயனரை கட்டாயப்படுத்துவதன் மூலம் வடிவமைப்புகள் சில வகையான பிழைகளிலிருந்து பாதுகாக்கப்படுகின்றன. உருவகப்படுத்துதல்ஃ ஜெனோகேட்டில் வடிவமைக்கப்பட்ட வரிசைகள் விளைவாக வரும் செல்லில் இரசாயன உற்பத்தியைக் காண்பிப்பதற்காக உருவகப்படுத்தப்படலாம். பயனர் பணியிடம்ஃ ஜெனோகேட் தரவுத்தளத்தில் பகுதிகளைச் சேர்ப்பதன் மூலமும், குறிப்பிட்ட வடிவமைப்புத் திட்டங்களுடன் தொடர்புடைய சிறப்பு நூலகங்களை உருவாக்குவதன் மூலமும், வளர்ச்சியின் பல்வேறு கட்டங்களில் வடிவமைப்புகளைச் சேமிப்பதன் மூலமும் பயனர்கள் தங்கள் பணியிடத்தைத் தனிப்பயனாக்கலாம். கோட்பாட்டு அடித்தளமான ஜெனோகேட் முறையான மொழிகளின் கோட்பாட்டில் வேரூன்றியுள்ளது; குறிப்பாக, பல்வேறு வகையான பகுதிகளை எவ்வாறு இணைப்பது மற்றும் சூழல் இல்லாத இலக்கணங்களை எவ்வாறு உருவாக்குவது என்பதை விவரிக்கும் வடிவமைப்பு விதிகள். ஒரு சூழல் இல்லாத இலக்கணத்தை அதன் முனையங்கள், மாறிகள், தொடக்க மாறி மற்றும் மாற்று விதிகள் மூலம் வரையறுக்க முடியும். ஜெனோகேட்டில், இலக்கணத்தின் முனையங்கள் ஒரு குறிப்பிட்ட உயிரியல் நோக்கத்தைச் செய்யும் டிஎன்ஏவின் வரிசைகளாகும் (எ. கா. ஒரு விளம்பரதாரர்). மாறிகள் குறைவான ஒரே மாதிரியானவைஃ அவை பல செயல்பாடுகளைக் கொண்ட நீண்ட வரிசைகளைக் குறிக்கலாம் அல்லது டிஎன்ஏவின் ஒரு பகுதியைக் குறிக்கலாம், அவை டிஎன்ஏவின் பல வெவ்வேறு வரிசைகளில் ஒன்றைக் கொண்டிருக்கலாம், ஆனால் ஒரே செயல்பாட்டைச் செய்ய முடியும் (எ. கா. ஒரு மாறி விளம்பரதாரர்களின் தொகுப்பைக் குறிக்கிறது). டிஎன்ஏ வரிசை உயிரியல் ரீதியாக சாத்தியமானதாக இருப்பதை உறுதி செய்வதற்காக மாற்று விதிகளில் கட்டமைக்கப்பட்டவை ஜெனோகேட்டில் அடங்கும். பயனர்கள் மற்ற நோக்கங்களுக்காக தங்கள் சொந்த விதிகளின் தொகுப்புகளையும் வரையறுக்கலாம். ஜெனோகேட்டில் டிஎன்ஏவின் வரிசையை வடிவமைப்பது ஒரு சூழல் இலவச இலக்கணத்தில் ஒரு வழித்தோன்றலை உருவாக்குவது போன்றது. பயனர் தொடக்க மாறியுடன் தொடங்கி, முனையங்கள் மட்டுமே எஞ்சியிருக்கும் வரை ஒரு மாறி மற்றும் அதற்கு மாற்றாக மீண்டும் மீண்டும் தேர்ந்தெடுக்கிறார். மாற்று வழிகள் ஜெனோகேடிக்கு மிகவும் பொதுவான மாற்று வழிகள் புரோட்டோ, ஜிஇசி மற்றும் யூஜீன் குறிப்புகள் வெளிப்புற இணைப்புகள் GenoCAD.com சோர்ஸ்ஃபோர்ஜ் டுடோரியல்களில் திட்டப் பக்கம் மற்றும் அடிக்கடி கேட்கப்படும் கேள்விகள் பெக்கவுட் ஆய்வக செயற்கை உயிரியல் இலவச உயிர் தகவலியல் மென்பொருள் அமைப்புகள் உயிரியல் தொழில்நுட்பம் ஆகும்.