COPASI
COPASI (காம்ப்ளக்ஸ் பாத்வே சிமுலேட்டர்) என்பது வளர்சிதை மாற்ற நெட்வொர்க்குகள், செல்-சிக்னலிங் பாதைகள், ஒழுங்குமுறை நெட்வொர்க்குகள், தொற்று நோய்கள் மற்றும் பல போன்ற உயிரியல் செயல்முறைகளின் கணித மாதிரிகளை உருவாக்குவதற்கும் தீர்ப்பதற்கும் ஒரு திறந்த மூல மென்பொருள் பயன்பாடாகும். கோபாசி வரலாறு என்பது 1990களின் முற்பகுதியில் பெட்ரோ மெண்டிஸ் உருவாக்கிய கெபாசி உருவகப்படுத்துதல் மென்பொருளை அடிப்படையாகக் கொண்டது. கோபாசியின் ஆரம்ப வளர்ச்சிக்கு வர்ஜீனியா பயோ இன்ஃபர்மேட்டிக்ஸ் இன்ஸ்டிடியூட் மற்றும் கிளாஸ் ஷிரா அறக்கட்டளை நிதியளித்தது. தற்போதைய மேம்பாட்டு முயற்சிகள் தேசிய சுகாதார நிறுவனங்கள், பி. பி. எஸ். ஆர். சி மற்றும் ஜெர்மன் கல்வி அமைச்சகத்தின் மானியங்களால் ஆதரிக்கப்படுகின்றன. மான்செஸ்டர் பல்கலைக்கழகம் (இங்கிலாந்து), ஹைடெல்பெர்க் பல்கலைக்கழகம் (ஜெர்மனி) மற்றும் வர்ஜீனியா உயிர் தகவலியல் நிறுவனம் (அமெரிக்கா) ஆகியவற்றுக்கு இடையிலான சர்வதேச ஒத்துழைப்பின் விளைவாக வளர்ச்சிக் குழு கோபாசி உள்ளது. திட்டத்தின் முதன்மை புலனாய்வாளர்கள் பெட்ரோ மெண்டிஸ் மற்றும் உர்சுலா கும்மர் ஆவர். ஸ்டீபன் ஹூப்ஸ் மற்றும் ஸ்வென் சாஹ்லே ஆகியோர் முக்கிய மென்பொருள் வடிவமைப்பாளர்கள் ஆவர். உயிரியல் செயல்முறைகளின் மாதிரிகளை வரையறுப்பதற்கும், இந்த மாதிரிகளை உருவகப்படுத்துவதற்கும் பகுப்பாய்வு செய்வதற்கும், பகுப்பாய்வு அறிக்கைகளை உருவாக்குவதற்கும், எஸ். பி. எம். எல் வடிவத்தில் இறக்குமதி/ஏற்றுமதி மாதிரிகள் உருவாக்குவதற்கும் கோபாசி அம்சங்கள் அடங்கும். மாதிரி வரையறைஃ மாதிரிகள் மூலக்கூறு இனங்களுக்கு இடையிலான இரசாயன எதிர்வினைகள் என வரையறுக்கப்படுகின்றன. மாதிரியின் இயக்கவியல் தனிப்பட்ட எதிர்வினைகளுடன் தொடர்புடைய விகிதச் சட்டத்தால் தீர்மானிக்கப்படுகிறது. மாதிரிகள் பெட்டிகள், நிகழ்வுகள் மற்றும் பிற உலகளாவிய மாறிகள் ஆகியவற்றைக் கொண்டிருக்கலாம், அவை அமைப்பின் இயக்கவியலைக் குறிப்பிட உதவும். பணிகள்ஃ பணிகள் என்பது ஒரு மாதிரியில் செய்யக்கூடிய பல்வேறு வகையான பகுப்பாய்வுகளாகும். நிலையான-நிலை பகுப்பாய்வு, ஸ்டோச்சியோமெட்ரிக் பகுப்பாய்வு, தீர்மானகரமான மற்றும் சீரற்ற உருவகப்படுத்துதல் வழிமுறைகளைப் பயன்படுத்தி நேரப் படிப்பு உருவகப்படுத்துதல், வளர்சிதை மாற்றக் கட்டுப்பாட்டு பகுப்பாய்வு, லியாபுனோவ் அடுக்கின் கணக்கீடு, நேர அளவைப் பிரிப்பது, அளவுரு ஸ்கேன், உகப்பாக்கம் மற்றும் அளவுரு மதிப்பீடு ஆகியவை அவற்றில் அடங்கும். இறக்குமதி மற்றும் ஏற்றுமதிஃ கோபாசி எஸ். பி. எம். எல் வடிவத்திலும், கெபாசி வடிவத்திலும் மாதிரிகளைப் படிக்க முடியும். கோபாசி எஸ். பி. எம். எல், சி நிரலாக்க மொழியில் மூலக் குறியீடு, பெர்க்லி மடோனா கோப்புகள் மற்றும் எக்ஸ்பாட் கோப்புகள் உள்ளிட்ட பல்வேறு வடிவங்களில் மாதிரிகளை எழுத முடியும். மேலும் காண்க அமைப்புகள் உயிரியல் மாடலிங் மென்பொருள் குறிப்புகளின் பட்டியல் வெளிப்புற இணைப்புகள் COPASI முகப்பு பக்கம் மெண்டிஸ் குழு, உயிரியல் செயல்முறைகளின் துறை மாடலிங், ஹைடெல்பெர்க் பல்கலைக்கழகம் அமைப்புகள் உயிரியல் சாதாரண வேறுபாடு சமன்பாடுகள் கணினி அறிவியல் துறை, மான்செஸ்டர் மென்பொருள் பல்கலைக்கழகம் கலை உரிமத்தைப் பயன்படுத்தி