Bacterial DNA binding protein
மூலக்கூறு உயிரியலில், பாக்டீரியா டிஎன்ஏ பிணைப்பு புரதங்கள் என்பது டிஎன்ஏவை பிணைக்கும் சிறிய, பொதுவாக சுமார் 90 எச்சங்களின் அடிப்படை புரதங்களின் குடும்பமாகும், அவை ஹிஸ்டோன் போன்ற புரதங்கள் என்று அழைக்கப்படுகின்றன. பாக்டீரியா பிணைப்பு புரதங்கள் பன்முக செயல்பாடுகளைக் கொண்டிருப்பதால், அவை அனைத்திற்கும் ஒரு பொதுவான செயல்பாட்டை உருவாக்குவது கடினமாக உள்ளது. அவை பொதுவாக ஹிஸ்டோன் போன்றவை என்று குறிப்பிடப்படுகின்றன மற்றும் யூகாரியோடிக் ஹிஸ்டோன் புரதங்களுடன் பல ஒத்த பண்புகளைக் கொண்டுள்ளன. யூகாரியோடிக் ஹிஸ்டோன்கள் டிஎன்ஏவை அணுக்கருவில் பொருத்துவதற்கு உதவுகின்றன, மேலும் அவை இயற்கையில் மிகவும் பாதுகாக்கப்பட்ட புரதங்களாக அறியப்படுகின்றன. எஸ்கெரிச்சியா கோலியில் உள்ள HU புரதம், நெருங்கிய தொடர்புடைய ஆல்பா மற்றும் பீட்டா சங்கிலிகளின் டைமர் மற்றும் பிற பாக்டீரியாவில் ஒரே மாதிரியான சங்கிலிகளின் டைமராக இருக்கலாம். HU-வகை புரதங்கள் பல்வேறு பாக்டீரியாக்கள் (சயனோபாக்டீரியா உட்பட) மற்றும் ஆர்க்கியாவில் காணப்படுகின்றன, மேலும் அவை சில பாசிகளின் குளோரோபிளாஸ்ட் மரபணுவிலும் குறியிடப்பட்டுள்ளன. ஒருங்கிணைப்பு புரவலன் காரணி (ஐ. எச். எஃப்), மரபணு மறுசீரமைப்பு மற்றும் மொழிபெயர்ப்பு மற்றும் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனல் கட்டுப்பாட்டில் செயல்பட பரிந்துரைக்கப்பட்ட நெருக்கமான தொடர்புடைய சங்கிலிகளின் டைமர், என்டரோபாக்டீரியா மற்றும் ஆப்பிரிக்க பன்றி காய்ச்சல் வைரஸ் புரதம் ஏ 104 ஆர் (அல்லது எல். எம். டபிள்யூ 5-ஏஆர்) உள்ளிட்ட வைரஸ் புரதங்களில் காணப்படுகிறது. இந்த குடும்பம் டைனோஃப்ளாஜெல்லேட்கள் எனப்படும் யூகாரியோட்டுகளின் குழுவிலும் காணப்படுகிறது. இந்த டைனோஃப்ளாஜிலேட் ஹிஸ்டோன் போன்ற புரதங்கள் சில டைனோஃப்ளாஜிலேட்களில் உள்ள ஹிஸ்டோனை மாற்றுகின்றன மற்றும் டி. என். ஏவை திரவ-படிக நிலையில் தொகுக்கின்றன. ஹிஸ்டோன் போன்ற புரதங்கள் பல யூபாக்டீரியா, சயனோபாக்டீரியா மற்றும் ஆர்கீபாக்டீரியாக்களில் உள்ளன. இந்த புரதங்கள் அனைத்து டிஎன்ஏ-சார்ந்த செயல்பாடுகளிலும் பங்கேற்கின்றன; இந்த செயல்முறைகளில், பாக்டீரியா டிஎன்ஏ பிணைப்பு புரதங்கள் ஒரு கட்டடக்கலை பாத்திரத்தைக் கொண்டுள்ளன, இது டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன், மறுசீரமைப்பு, பிரதி அல்லது வேறு எந்த டிஎன்ஏ-சார்ந்த செயல்முறையிலும் கட்டமைப்பு ஒருமைப்பாட்டைப் பராமரிக்கிறது. யூகாரியோடிக் ஹிஸ்டோன்கள் முதன்முதலில் 0,4M NaCl இல் சோதனைகள் மூலம் கண்டுபிடிக்கப்பட்டன. இந்த அதிக உப்பு செறிவுகளில், யூகாரியோடிக் ஹிஸ்டோன் புரதம் ஒரு டிஎன்ஏ கரைசலில் இருந்து வெளியேற்றப்படுகிறது, இதில் ஒற்றை சிக்கலான டிஎன்ஏ செல்லுலோஸுடன் சகப்பிணைப்புடன் பிணைக்கப்பட்டுள்ளது. வெளியேற்றத்தைத் தொடர்ந்து, புரதம் டிஎன்ஏவை உடனடியாக பிணைக்கிறது, இது டிஎன்ஏவிற்கான புரதத்தின் அதிக தொடர்பைக் குறிக்கிறது. யூகாரியோடிக் ஹிஸ்டோன்களுக்கும் HU-புரதத்திற்கும் இடையிலான ஒற்றுமைகள் குறிப்பிடப்படும் வரை ஹிஸ்டோன் போன்ற புரதங்கள் பாக்டீரியாவில் இருப்பது தெரியவில்லை, குறிப்பாக இரண்டு புரதங்களின் மிகுதியான, காரத்தன்மை மற்றும் சிறிய அளவு காரணமாக. மேலும் விசாரணையில், HU இன் அமினோ அமில கலவை யூகாரியோடிக் ஹிஸ்டோன்களை ஒத்திருப்பது கண்டுபிடிக்கப்பட்டது, இதனால் பாக்டீரியா டிஎன்ஏ பிணைப்பு புரதங்களின் சரியான செயல்பாடு மற்றும் பாக்டீரியாவில் உள்ள பிற தொடர்புடைய புரதங்களின் கண்டுபிடிப்புகள் குறித்து மேலும் ஆராய்ச்சியைத் தூண்டுகிறது. டிஎன்ஏ ரெப்ளிகேஷனில் பங்கு டிஎன்ஏ ரெப்ளிகேஷனின் போது பாக்டீரியா டிஎன்ஏ பிணைப்பு புரதத்திற்கு முக்கிய பங்கு இருப்பதாக ஆராய்ச்சி கூறுகிறது; பின்தங்கிய இழையை உறுதிப்படுத்துவதிலும், டிஎன்ஏ பாலிமரேஸ் III உடன் தொடர்புகொள்வதிலும் புரதம் ஈடுபட்டுள்ளது. எஸ்செரிச்சியா கோலை உயிரணுக்களில் டிஎன்ஏ பிரதிபலிப்பின் போது ஒற்றை-இழையுள்ள டிஎன்ஏ பிணைப்பு (எஸ்எஸ்பி) புரதத்தின் பங்கு ஆய்வு செய்யப்பட்டுள்ளது, குறிப்பாக மாறுபட்ட உப்பு செறிவுகளின் சூழலில் எஸ்எஸ்பி மற்றும் டிஎன்ஏ பாலிமரேஸ் III இன் χ துணை அலகுக்கு இடையிலான தொடர்புகள். பின்தங்கிய ஸ்ட்ராண்ட் தளத்தில் டிஎன்ஏ ரெப்ளிகேஷனில், டிஎன்ஏ பாலிமரேஸ் III டிஎன்ஏ பிணைப்பு புரதத்திலிருந்து தனித்தனியாக நியூக்ளியோடைடுகளை நீக்குகிறது. ஒரு நிலையற்ற எஸ்எஸ்பி/டிஎன்ஏ அமைப்பு எஸ்எஸ்பியின் விரைவான சிதைவுக்கு வழிவகுக்கும், இது டிஎன்ஏ பிரதிபலிப்பைத் தடுக்கிறது. ஈ. கோலியில் உள்ள எஸ்எஸ்பி மற்றும் டிஎன்ஏ பாலிமரேஸ் III இன் χ துணை அலகு ஆகியவற்றின் தொடர்புகளால் எஸ்எஸ்டிஎன்ஏ உறுதிப்படுத்தப்படுகிறது என்று ஆராய்ச்சி காட்டுகிறது, இதனால் எஸ்எஸ்டிஎன்ஏவுடன் என்சைம்களின் பிணைப்பு உறவை அதிகரிக்கும் சரியான இணக்கத்தை பராமரிப்பதன் மூலம் பிரதிபலிப்புக்குத் தயாராகி வருகிறது. மேலும், ரெப்ளிகேஷன் ஃபோர்க்கில் டிஎன்ஏ பாலிமரேஸ் III உடன் எஸ்எஸ்பியை பிணைப்பது எஸ்எஸ்பியின் பிரிவினையைத் தடுக்கிறது, இதன் விளைவாக டிஎன்ஏ பாலிமரேஸ் III இன் செயல்திறனை அதிகரித்து ஒரு புதிய டிஎன்ஏ இழையை ஒருங்கிணைக்கிறது. எடுத்துக்காட்டுகள் எச்-என்எஸ் ஆரம்பத்தில், பாக்டீரியா டிஎன்ஏ பிணைப்பு புரதங்கள் பாக்டீரியா டிஎன்ஏவை உறுதிப்படுத்த உதவும் என்று கருதப்பட்டது. தற்போது, பாக்டீரியா டிஎன்ஏ பிணைப்பு புரதங்களின் பல செயல்பாடுகள் கண்டுபிடிக்கப்பட்டுள்ளன, இதில் ஹிஸ்டோன் போன்ற நியூக்ளியாய்டு-கட்டமைப்பு புரதமான எச்-என்எஸ் மூலம் மரபணு வெளிப்பாட்டை ஒழுங்குபடுத்துவது உட்பட. எச்-என்எஸ் சுமார் 15.6 கேடிஏ ஆகும் மற்றும் சில மரபணுக்களை ஒடுக்குவதன் மூலமும் செயல்படுத்துவதன் மூலமும் பாக்டீரியாவில் பாக்டீரியா டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனை ஒழுங்குபடுத்த உதவுகிறது. எச்-என்எஸ் ஒரு உள்ளார்ந்த வளைவுடன் டிஎன்ஏவுடன் பிணைக்கிறது. ஈ. கோலியில், எச்-என்எஸ் நிலையான மற்றும் மெதுவான வளர்ச்சிக் காலங்களில் ஆர்ஆர்என்ஏ உற்பத்தியைக் குறைக்கும் பி 1 விளம்பரதாரருடன் பிணைக்கிறது. ஆர்என்ஏ பாலிமரேஸ் மற்றும் எச்-என்எஸ் டிஎன்ஏ பிணைப்பு புரதம் ஒன்றுடன் ஒன்று பிணைப்பு தளங்களைக் கொண்டுள்ளன; எச்-என்எஸ் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் துவக்க தளத்தில் செயல்படுவதன் மூலம் ஆர்ஆர்என்ஏ உற்பத்தியை ஒழுங்குபடுத்துகிறது என்று கருதப்படுகிறது. எச்-என்எஸ் மற்றும் ஆர்என்ஏ பாலிமரேஸ் இரண்டும் பி1 ஊக்குவிப்பாளருடன் பிணைக்கப்பட்டு ஒரு சிக்கலை உருவாக்குகின்றன என்பது கண்டறியப்பட்டுள்ளது. எச்-என்எஸ் ஆர்என்ஏ பாலிமரேஸ் உடன் ஊக்குவிப்பாளர் பகுதிக்கு பிணைக்கப்படும்போது, டிஎன்ஏவில் கட்டமைப்பு வேறுபாடுகள் உள்ளன, அவை அணுகக்கூடியவை. எம்ஆர்என்ஏ உடன் பிணைப்பதன் மூலமும், அதன் சீரழிவை ஏற்படுத்துவதன் மூலமும் எச்-என்எஸ் மொழிபெயர்ப்பை பாதிக்கலாம் என்றும் கண்டறியப்பட்டுள்ளது. HU HU என்பது ஒரு சிறிய (10 kDa) பாக்டீரியா டிஎன்ஏ-பிணைப்பு புரதமாகும், இது கட்டமைப்பு ரீதியாக ஒரு யூகாரியோடிக் ஹிஸ்டோனிலிருந்து வேறுபடுகிறது, ஆனால் டோபோஐசோமரேஸின் உதவியுடன் எதிர்மறை சூப்பர் காயிலிங்கை வட்ட டிஎன்ஏவில் தூண்டுவதன் மூலம் ஒரு ஹிஸ்டோனைப் போலவே செயல்படுகிறது. டிஎன்ஏ பிரதி, மறுசீரமைப்பு மற்றும் பழுதுபார்ப்பு ஆகியவற்றில் புரதம் சிக்கியுள்ளது. ஒரு α-ஹீலிக்கல் ஹைட்ரோபோபிக் கோர் மற்றும் இரண்டு நேர்மறையான சார்ஜ் செய்யப்பட்ட β-ரிப்பன் ஆயுதங்களுடன், HU குறிப்பாக டி. எஸ். டி. என். ஏவுடன் குறைந்த பாசத்துடன் பிணைக்கிறது, ஆனால் மாற்றப்பட்ட டிஎன்ஏவுடன் பிணைக்கிறது-சந்திப்புகள், நிக்ஸ், இடைவெளிகள், முட்கரண்டி மற்றும் ஓவர்ஹாங்ஸ் போன்றவை-அதிக பாசத்துடன். குறைந்த இணைப்பு நிலைகளில் டிஎன்ஏவின் சிறிய பள்ளத்துடன் கைகள் பிணைக்கப்படுகின்றன; அதிக இணைப்பு நிலைகளில், α-ஹீலிக்கல் மையத்தின் ஒரு கூறு டிஎன்ஏவுடன் தொடர்பு கொள்கிறது. இருப்பினும், இந்த புரதத்தின் செயல்பாடு டிஎன்ஏவுடன் மட்டும் மட்டுப்படுத்தப்படவில்லை; எச். யு. ஆர்என்ஏ மற்றும் டிஎன்ஏ-ஆர்என்ஏ கலப்பினங்களுடன் சூப்பர் காயில் டிஎன்ஏவைப் போலவே பிணைக்கிறது. ஆர்என்ஏ பாலிமரேஸின் ஸ்ட்ரெஸ் சிக்மா காரணிக்கான ஒரு டிரான்ஸ்கிரிப்டான ஆர்பிஓஎஸ் இன் எம்ஆர்என்ஏ உடன் எச். யு அதிக குறிப்பிட்ட தன்மையுடன் பிணைக்கிறது மற்றும் புரதத்தின் மொழிபெயர்ப்பைத் தூண்டுகிறது என்று சமீபத்திய ஆராய்ச்சி வெளிப்படுத்தியுள்ளது. இந்த ஆர்என்ஏ செயல்பாட்டிற்கு கூடுதலாக, எச் யு டிஎஸ்ஆர்ஏ என்ற சிறிய குறியீட்டு அல்லாத ஆர்என்ஏவை பிணைக்கிறது என்பதும் நிரூபிக்கப்பட்டது, இது எச்-என்எஸ் ஐ அடக்குவதன் மூலம் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனை ஒழுங்குபடுத்துகிறது மற்றும் ஆர். பி. ஓ. எஸ் இன் வெளிப்பாட்டை அதிகரிப்பதன் மூலம் மொழிபெயர்ப்பைத் தூண்டுகிறது. பாக்டீரியா உயிரணுக்களில் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் மற்றும் மொழிபெயர்ப்பில் HU பல தாக்கங்களைக் கொண்டுள்ளது என்று இந்த தொடர்புகள் தெரிவிக்கின்றன. ஐ. எச். எஃப் ஒருங்கிணைப்பு புரவலன் காரணி, ஐ. எச். எஃப், கிராம் எதிர்மறை பாக்டீரியாவில் மட்டுமே காணப்படும் நியூக்ளியாய்டு தொடர்பான புரதம் அல்ல. இது 20 kDa ஹெட்டோரோடைமர் ஆகும், இது α மற்றும் β துணை அலகுகளால் ஆனது, இது 5 '-வாட்கான்என்டிடிஆர்-3' வரிசையுடன் பிணைக்கப்பட்டு டிஎன்ஏவை சுமார் 160 டிகிரி வளைக்கிறது. ஐ. எச். எஃப் இன் β ஆயுதங்கள் புரோளைன் எச்சங்களைக் கொண்டுள்ளன, அவை டிஎன்ஏ இணைப்புகளை உறுதிப்படுத்த உதவுகின்றன. இந்த இணைப்புகள் டிஎன்ஏவை சுருக்க உதவுவதோடு சூப்பர் காயிலிங்கை அனுமதிக்கும். டிஎன்ஏவுடன் பிணைக்கும் முறை அயனிகளின் செறிவு போன்ற சுற்றுச்சூழல் காரணிகளைப் பொறுத்தது. கேசிஎல் அதிக செறிவுடன், பலவீனமான டிஎன்ஏ வளைவு உள்ளது. கே. சி. எல் இன் செறிவு 100 எம். எம் க்கும் குறைவாக இருக்கும்போது, ஐ. எச். எஃப் செறிவாக இல்லாதபோது கூர்மையான டிஎன்ஏ வளைவு ஏற்படுகிறது என்று கண்டறியப்பட்டுள்ளது. λ பேஜை E.coli ஆக மறுசீரமைக்க தேவையான இணை காரணியாக IHF கண்டுபிடிக்கப்பட்டது. சி. ஆர். ஐ. எஸ். பி. ஆர் வகை I மற்றும் வகை II அமைப்புகளில் ஐ. எச். எஃப் முக்கிய பங்கு வகிக்கிறது என்பது 2016 ஆம் ஆண்டில் கண்டுபிடிக்கப்பட்டது. CRISPR வரிசையில் புதிய ஸ்பேசர்களை ஒருங்கிணைக்க Cas1-Cas2 வளாகத்தை அனுமதிப்பதில் இது ஒரு முக்கிய பங்கைக் கொண்டுள்ளது. ஐ. எச். எஃப் மூலம் டிஎன்ஏ வளைவது டிஎன்ஏ பெரிய மற்றும் சிறிய பள்ளங்களில் உள்ள இடைவெளியை மாற்றும் என்று கருதப்படுகிறது, இது காஸ் 1-காஸ் 2 வளாகத்தை டிஎன்ஏ தளங்களுடன் தொடர்பு கொள்ள அனுமதிக்கிறது. இது சி. ஆர். ஐ. எஸ். பி. ஆர் அமைப்பில் ஒரு முக்கிய செயல்பாடாகும், ஏனெனில் இது தலைவர் வரிசைக்கு அடுத்த சி. ஆர். ஐ. எஸ். பி. ஆர் வரிசையின் தொடக்கத்தில் புதிய ஸ்பேசர்கள் பகுதி எப்போதும் சேர்க்கப்படுவதை உறுதி செய்கிறது. ஐ. எச். எஃப் ஒருங்கிணைப்பின் இந்த வழிநடத்துதல், காலவரிசைப்படி ஸ்பேசர்கள் சேர்க்கப்படுவதை உறுதிசெய்கிறது, இது மிக சமீபத்திய வைரஸ் தொற்றுக்கு எதிராக சிறந்த பாதுகாப்பை அனுமதிக்கிறது. ஒப்பீடு {| வகுப்பு = "விக்கி செய்யக்கூடியது" | + அட்டவணை 1. சில டிஎன்ஏ பிணைப்பு புரதங்களின் ஒப்பீடு |-! டிஎன்ஏ பிணைப்பு புரதம்! அளவு! கட்டமைப்பு! பிணைப்பு தளம்! விளைவு |-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- - இந்த புரதங்கள் பாதிக்கும் பிற வழிகளை ஆராய்ச்சியாளர்கள் ஆராய்ந்து வருகின்றனர். டிஎன்ஏ-பிணைப்பு புரதம் எச்-என்எஸ் குரோமோசோம் அமைப்பு மற்றும் மரபணு ஒழுங்குமுறையில் பங்கு வகிப்பதாக அறியப்படுகிறது; இருப்பினும், சமீபத்திய ஆய்வுகள் ஃபிளாஜெல்லா செயல்பாடுகளை மறைமுகமாக ஒழுங்குபடுத்துவதில் அவற்றின் பங்கை உறுதிப்படுத்தியுள்ளன. எச்-என்எஸ் பாதிக்கும் சில இயக்க ஒழுங்குமுறை இணைப்புகளில் தூதர் மூலக்கூறு சுழற்சி டி-ஜி. எம். பி, உயிர்-படல ஒழுங்குமுறை புரதம் சிஎஸ்ஜிடி மற்றும் சிக்மா காரணிகள், σ (S) மற்றும் σ (F) ஆகியவை அடங்கும். மேலும் ஆய்வுகள் இந்த நியூக்ளியோயிட்-ஒழுங்கமைக்கும் புரதம் மற்ற ஒழுங்குமுறை பாதைகள் மூலம் உயிரணுவின் இயக்கத்தை பாதிக்கும் வழிகளை வகைப்படுத்துவதை நோக்கமாகக் கொண்டுள்ளன. மற்ற ஆராய்ச்சியாளர்கள் பாக்டீரியா டிஎன்ஏ-பிணைப்பு புரதங்களைப் பயன்படுத்தி சால்மோனெல்லா என்டெரிகா செரோவர் டைஃபிமூரியத்தை ஆராய்ச்சி செய்துள்ளனர், இதில் டி6எஸ்எஸ் மரபணுக்கள் ஒரு மேக்ரோபேஜ் நோய்த்தொற்றிலிருந்து செயல்படுத்தப்படுகின்றன. எஸ். டைஃபிமூரியம் நோய்த்தொற்று ஏற்படும் போது, டி6எஸ்எஸ் எச்-என்எஸ் சைலன்சிங் மூலம் ஒரு உணர்வு மற்றும் கொலை பொறிமுறையின் மூலம் அவற்றின் செயல்திறனை மேம்படுத்த முடியும். ஹிஸ்டோன் போன்ற நியூக்ளியாய்டு கட்டமைக்கும் எச்-என்எஸ் புரதத்தால் டி6எஸ்எஸ் மரபணு கிளஸ்டரை அமைதிப்படுத்த ரிப்போர்ட்டர் ஃபியூஷன்கள், எலக்ட்ரோபோரேடிக் மொபிலிட்டி ஷிப்ட் மதிப்பீடுகள், டிஎன்ஏஎஸ் ஃபுட் பிரிண்டிங் மற்றும் ஃப்ளோரசன்ஸ் மைக்ரோஸ்கோபி ஆகியவற்றை இணைக்கும் மதிப்பீடுகள் உருவாக்கப்படுகின்றன. மேலும் காண்க டிஎன்ஏ-பிணைப்பு களம் டிஎன்ஏ-பிணைப்பு புரதம் டிஎன்ஏ-பிணைப்பு புரதம் பட்டினியால் பாதிக்கப்பட்ட உயிரணுக்களிலிருந்து டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணி குறிப்புகள் புரதம் களங்கள் டிஎன்ஏ-பிணைப்பு புரதங்கள்