Patrocladogram
ஒரு பாட்ரோக்லாடோகிராம் என்பது ஒரு கிளாடிஸ்டிக் கிளை வடிவமாகும், இது பாட்ரிஸ்டிக் தூரங்களைப் பயன்படுத்துவதன் மூலம் துல்லியமாக மாற்றியமைக்கப்பட்டுள்ளது (அதாவது, வம்சாவளிகளுக்கு இடையிலான வேறுபாடுகள்); ஒரு வகை பைலோகிராம். பாட்ரிஸ்டிக் தூரம், "ஒரு கிளாடோகிராமில் இரண்டு வகைப்பாட்டைப் பிரிக்கும் அபோமார்பிக் படி மாற்றங்களின் எண்ணிக்கை" என்று வரையறுக்கப்படுகிறது, மேலும் இது ஒரு பொதுவான மூதாதையரிடமிருந்து ஒரு பண்பு வேறுபாட்டின் அளவை தீர்மானிக்க பிரத்தியேகமாகப் பயன்படுத்தப்படுகிறது. இதன் பொருள் என்னவென்றால், பல்வேறு ஃபெனெடிக் வழிமுறைகளைப் பயன்படுத்தி ஒரு புதிய மரத்தை உருவாக்க கிளாடிஸ்டிக் மற்றும் பேட்ரிஸ்டிக் தூரங்கள் இணைக்கப்படுகின்றன. உயிரியல் வகைப்பாட்டில் பாட்ரோக்லாடோகிராமின் நோக்கம் ஒரு வகைபிரித்தல் முடிவை எடுப்பதற்கு முன்பு எந்த பரிணாம செயல்முறைகள் உண்மையில் ஈடுபட்டுள்ளன என்பது பற்றிய ஒரு கருதுகோளை உருவாக்குவதாகும். பாட்ரோக்லாடோகிராம்கள் பயோஸ்டாடிஸ்டிக்ஸை அடிப்படையாகக் கொண்டவை, ஆனால் அவை மட்டும் அல்லஃ பார்சிமோனி, டிஸ்டன்ஸ் மேட்ரிக்ஸ், சாத்தியக்கூறு முறைகள் மற்றும் பேய்சியன் நிகழ்தகவு. இந்த முறைகளுக்கான உள்ளீடுகளாகப் பயன்படுத்தக்கூடிய மரபணு தொடர்பான தரவுகளின் சில எடுத்துக்காட்டுகள்ஃ மூலக்கூறு வரிசைகள், முழு மரபணு வரிசைகள், மரபணு அதிர்வெண்கள், கட்டுப்பாடு தளங்கள், தூர மேட்ரிக்ஸ்கள், தனித்துவமான எழுத்துக்கள், எஸ். என். பி. க்கள் போன்ற பிறழ்வுகள் மற்றும் மைட்டோகாண்ட்ரியல் மரபணு தரவு. பட்ரோக்லாடோகிராம் பயன்பாட்டுடன் கூடிய எச்சரிக்கைகள் பட்ரோக்லாடோகிராம்கள் என்பது ஒற்றுமையின் கருதுகோள்களை வலியுறுத்தும் வரைபடங்கள் ஆகும், அதே நேரத்தில் பைலோஜெனெடிக் மரங்கள் பொதுவான வம்சாவளியைச் சேர்ந்த கருதுகோள்களை வலியுறுத்தும் வரைபடங்கள் ஆகும். ஒரு பட்ரோக்லாடோகிராம் தர்க்கரீதியாக ஒப்பிடக்கூடிய பைலோஜெனெடிக் மர கருதுகோளுடன் பொருந்தாதபோது, அது மோனோஃபைலிடிக் குழுக்களை வரையறுக்க பயன்படுத்தப்படக்கூடாது. பட்ரோக்லாடோகிராம்களின் பயன்பாடு புதுமையான பரிணாம வளர்ச்சியின் விளக்கங்களை வளைக்கலாம் அல்லது ஒத்த பண்புகளை ஹோமோபிளாஸ்டிக்காக சித்தரிக்கலாம். பெரும்பாலான பைலோகிராம்கள் நியுவிக் வடிவத்தின் சில மாறுபாடுகளில் சேமிக்கப்படுகின்றனஃ PAUP *, MEGA, மூலக்கூறு பரிணாம மரபியல் பகுப்பாய்வு, கிளஸ்டல், PHYLIP அல்லது நெக்ஸஸ் கோப்பு. நியுவிக் வடிவமைப்பின் இந்த பல்வேறு பதிப்புகள் பின்னர் பட்ரோக்லாடோகிராம் உருவாக்கத்தில் பேட்ரிஸ்டிக் தூரங்களுக்கான உள்ளீடாகப் பயன்படுத்தப்படலாம். பரவலாகப் பயன்படுத்தப்படும் இரண்டு மென்பொருள்கள் உள்ளன; ஒன்று பாட்ரிஸ்டிக் தூரத்தை பகுப்பாய்வு செய்வதற்கும், மற்றொன்று பார்க்கக்கூடிய பாட்ரோக்லாடோகிராம் உருவாக்குவதற்கும் பயன்படுத்தப்படுகிறது. கீழே உள்ள இரண்டு நிரல்களையும் பார்க்கவும்ஃ PATRISTIC பாட்ரிஸ்டிக் என்பது ஒரு ஜாவா நிரலாகும், இது வெவ்வேறு மரக் கோப்புகளை உள்ளீடாகப் பயன்படுத்துகிறது மற்றும் அவற்றின் பாட்ரிஸ்டிக் தூரங்களைக் கணக்கிடுகிறது. பேட்ரிஸ்டிக் அந்த தூரங்களை சேமிக்கவும் திருத்தவும் அனுமதிக்கிறது. பேட்ரிஸ்டிக் முடிவுகளின் வெவ்வேறு கிராஃபிக் காட்சிகளையும், எக்செல் பயன்படுத்தி கிராஃபிக்ஸ் உருவாக்க CSV வடிவத்தில் அவற்றைச் சேமிப்பதற்கான வாய்ப்பையும் வழங்குகிறது. ரேமி ரேமி கிளாஸ்டர்களை உருவாக்க கிளை நீளங்களைப் பயன்படுத்துகிறது, அவை பின்னர் ஒரு பட்ரோக்லாடோகிராமாக காட்சிப்படுத்தப்படலாம். மேற்கோள்கள் மேலும் வாசிப்பு வெளிப்புற இணைப்புகள் PATRISTIC மென்பொருள் RAMI சர்ஃப்ட்வேர் பயோ இன்ஃபர்மேட்டிக்ஸ் வகைபிரித்தல் (உயிரியல்)