RaptorX
ராப்டர்எக்ஸ் என்பது புரத அமைப்பு மற்றும் செயல்பாட்டு முன்கணிப்புக்கான ஒரு மென்பொருள் மற்றும் வலை சேவையகமாகும், இது வணிகரீதியான பயன்பாட்டிற்கு இலவசம். புரத அமைப்பு முன்கணிப்புக்கான மிகவும் பிரபலமான முறைகளில் ராப்டர்எக்ஸ் ஒன்றாகும். பிற தொலைநிலை ஒத்தவியல் அங்கீகாரம்/புரத நூல் நுட்பங்களைப் போலவே, பரவலாகப் பயன்படுத்தப்படும் பிஎஸ்ஐ-பிளாஸ்ட் செய்ய முடியாதபோது ராப்டர்எக்ஸ் தொடர்ந்து நம்பகமான புரத மாதிரிகளை உருவாக்க முடியும். இருப்பினும், ராப்டர்எக்ஸ் அந்த சுயவிவர அடிப்படையிலான முறைகளிலிருந்து (எ. கா., எச்எச்பிரெட் மற்றும் பைர் 2) கணிசமாக வேறுபட்டது, இதில் ராப்டர்எக்ஸ் கட்டமைப்பு தகவல்களைப் பயன்படுத்துவதன் மூலம் அதிக எண்ணிக்கையிலான வரிசை ஒத்த சொற்கள் இல்லாமல் புரத வரிசைகளை மாதிரியாக்குவதில் சிறந்து விளங்குகிறது. புரத அமைப்பு முன்கணிப்பு முறைகளில் நிபுணத்துவம் இல்லாத பயனர்களுக்கு பயனர் நட்பு இடைமுகத்தை உறுதி செய்வதற்காக ராப்டர்எக்ஸ் சர்வர் வடிவமைக்கப்பட்டுள்ளது. ராப்டர் எக்ஸ் திட்டம் 2008 இல் தொடங்கப்பட்டது மற்றும் ராப்டர் எக்ஸ் சர்வர் 2011 இல் பொதுமக்களுக்கு வெளியிடப்பட்டது. நிலையான பயன்பாடு ராப்டர்எக்ஸ் சமர்ப்பிப்பு படிவத்தில் ஒரு புரத வரிசையை ஒட்டிய பிறகு, ஒரு பயனர் பொதுவாக ஒரு கணிப்பை முடிக்க இரண்டு மணி நேரம் (வரிசை நீளத்தைப் பொறுத்து) காத்திருப்பார். முடிவுகளின் வலைப்பக்கத்திற்கான இணைப்புடன் பயனருக்கு ஒரு மின்னஞ்சல் அனுப்பப்படுகிறது. ராப்டர்எக்ஸ் சர்வர் தற்போது பின்வரும் முடிவுகளை உருவாக்குகிறதுஃ 3-நிலை மற்றும் 8-நிலை இரண்டாம் நிலை கட்டமைப்பு முன்கணிப்பு, வரிசை-வார்ப்புரு சீரமைப்பு, 3டி கட்டமைப்பு முன்கணிப்பு, கரைப்பான் அணுகல் முன்கணிப்பு, கோளாறு முன்கணிப்பு மற்றும் பிணைப்பு தள முன்கணிப்பு. கணிக்கப்பட்ட முடிவுகள் காட்சி பரிசோதனையை ஆதரிப்பதற்காக காட்டப்படுகின்றன. முடிவுக் கோப்புகளும் பதிவிறக்கம் செய்யக் கிடைக்கின்றன. ராப்டர்எக்ஸ் சர்வர் கணிக்கப்பட்ட 3டி மாதிரிகளின் தரத்தைக் குறிக்கும் சில நம்பிக்கை மதிப்பெண்களையும் உருவாக்குகிறது (அவற்றின் தொடர்புடைய சொந்த கட்டமைப்புகள் இல்லாத நிலையில்). எடுத்துக்காட்டாக, இது ஒரு 3டி மாதிரியின் ஒப்பீட்டு உலகளாவிய தரத்திற்கு பி-மதிப்பு, ஒரு 3டி மாதிரியின் முழுமையான உலகளாவிய தரத்திற்கு ஜிடிடி (உலகளாவிய தூர சோதனை) மற்றும் யுஜிடிடி (வழக்கத்திற்கு மாறான-ஜிடிடி) மற்றும் ஒரு 3டி மாதிரியின் ஒவ்வொரு எச்சத்திலும் முழுமையான உள்ளூர் தரத்திற்கு ஒரு நிலை ஆர்எம்எஸ்டி ஆகியவற்றை உற்பத்தி செய்கிறது. புரத அமைப்பு முன்கணிப்பு, செயல்பாட்டு முன்கணிப்பு, புரத வரிசை-கட்டமைப்பு சீரமைப்பு, புரதங்களின் பரிணாம வகைப்பாடு, தளத்தால் இயக்கப்படும் பிறழ்வை வழிநடத்துதல் மற்றும் மூலக்கூறு மாற்றீடு மூலம் புரத படிக கட்டமைப்புகளைத் தீர்ப்பது ஆகியவை ராப்டர்எக்ஸின் பயன்பாடுகள் மற்றும் செயல்திறன் பயன்பாடுகளில் அடங்கும். CASP9 குருட்டு புரத அமைப்பு முன்கணிப்பு பரிசோதனையில், ராப்டர்எக்ஸ் சுமார் 80 தானியங்கி அமைப்பு முன்கணிப்பு சேவையகங்களில் 2 வது இடத்தில் இருந்தது. 50 கடினமான CASP9 TBM (டெம்ப்ளேட் அடிப்படையிலான மாடலிங்) இலக்குகளுக்கான சிறந்த சீரமைப்புகளையும் ராப்டர்எக்ஸ் உருவாக்கியது. CASP10 இல், 15 மிகவும் கடினமான CASP10 TBM இலக்குகளுக்கான முதல் 10 மனித/சேவையக குழுக்களில் ராப்டர்எக்ஸ் மட்டுமே சேவையகக் குழுவாகும். ராப்டர் எக்ஸ் என்பது ராப்டர் புரத அமைப்பு முன்கணிப்பு அமைப்பின் வாரிசு ஆகும். ராப்டர் வாட்டர்லூ பல்கலைக்கழகத்தில் டாக்டர் ஜின்போ சூ மற்றும் டாக்டர் மிங் லீ ஆகியோரால் வடிவமைக்கப்பட்டு உருவாக்கப்பட்டது. ராப்டர்எக்ஸ் சிகாகோவில் உள்ள டொயோட்டா தொழில்நுட்ப நிறுவனத்தில் பேராசிரியர் ஜின்போ சூ தலைமையிலான ஆராய்ச்சிக் குழுவால் வடிவமைக்கப்பட்டு உருவாக்கப்பட்டது. புரதக் கட்டமைப்பு முன்கணிப்பு CASP புரதக் கட்டமைப்பு முன்கணிப்பு மென்பொருளின் பட்டியல் குறிப்புகள் வெளிப்புற இணைப்புகள் அமைப்பு மற்றும் செயல்பாட்டு முன்கணிப்பு CASP வலைத்தளம் பிற கட்டமைப்பு உயிர் தகவலியல் மென்பொருள் கட்டமைப்பு உயிர் தகவலியல் மென்பொருள் கணக்கீட்டு அறிவியல்