Scoring functions for docking
கணக்கீட்டு வேதியியல் மற்றும் மூலக்கூறு மாடலிங் துறைகளில், ஸ்கோரிங் செயல்பாடுகள் என்பது இரண்டு மூலக்கூறுகள் இணைக்கப்பட்ட பிறகு அவற்றுக்கு இடையிலான பிணைப்பு உறவை தோராயமாக கணிக்கப் பயன்படுத்தப்படும் கணித செயல்பாடுகளாகும். பொதுவாக மூலக்கூறுகளில் ஒன்று மருந்து போன்ற ஒரு சிறிய கரிம சேர்மமாகும், இரண்டாவது புரத ஏற்பி போன்ற மருந்தின் உயிரியல் இலக்காகும். இரண்டு புரதங்களுக்கிடையேயான அல்லது புரதத்திற்கும் டிஎன்ஏவிற்கும் இடையிலான மூலக்கூறுகளுக்கிடையேயான தொடர்புகளின் வலிமையைக் கணிக்க மதிப்பெண் செயல்பாடுகளும் உருவாக்கப்பட்டுள்ளன. பயன்பாட்டு மதிப்பெண் செயல்பாடுகள் மருந்து கண்டுபிடிப்பு மற்றும் பிற மூலக்கூறு மாடலிங் பயன்பாடுகளில் பரவலாகப் பயன்படுத்தப்படுகின்றன. இவற்றில் பின்வருவன அடங்கும்ஃ ஆர்வமுள்ள புரத இலக்குடன் பிணைக்கும் புதுமையான சிறிய மூலக்கூறுகளை அடையாளம் காண கேண்டிடேட் ஈந்தணைவிகளின் சிறிய மூலக்கூறு தரவுத்தளங்களின் மெய்நிகர் திரையிடல், எனவே மருந்து கண்டுபிடிப்புக்கு பயனுள்ள தொடக்க புள்ளிகள் புரத இலக்குடன் பிணைக்கும் புதுமையான சிறிய மூலக்கூறுகளின் டி நோவோ டிசைன் (வடிவமைப்பு "புதிதாக இருந்து") அவற்றின் நெருக்கம் மற்றும் தேர்வை மேம்படுத்த ஸ்கிரீனிங் ஹிட்டுகளின் முன்னணி உகப்பாக்கம் ஸ்கோரிங் செயல்பாடுகளுக்கு மிகவும் நம்பகமான ஆனால் கணக்கீட்டு ரீதியாக கோரும் மாற்று இலவச ஆற்றல் இடையூறு கணக்கீடுகள் ஆகும். முன்நிபந்தனைகள் மதிப்பெண் செயல்பாடுகள் பொதுவாக ஒருவர் கணிக்க விரும்பும் இனங்களைப் போன்ற மூலக்கூறு இனங்களுக்கிடையேயான சோதனை ரீதியாக தீர்மானிக்கப்பட்ட பிணைப்பு உறவுகளைக் கொண்ட ஒரு தரவுத் தொகுப்புக்கு எதிராக அளவுருவாக (அல்லது பயிற்சி பெற்ற) இருக்கும். புரதங்களுக்கான ஈந்தணைவிகளின் தொடர்புகளைக் கணிப்பதை நோக்கமாகக் கொண்ட தற்போது பயன்படுத்தப்படும் முறைகளுக்கு பின்வருவன முதலில் அறியப்பட வேண்டும் அல்லது கணிக்கப்பட வேண்டும்ஃ புரதத்தின் மூன்றாம் நிலை அமைப்பு-முப்பரிமாண இடத்தில் புரத அணுக்களின் ஏற்பாடு. எக்ஸ்-ரே படிகவியல் அல்லது கரைசல் கட்ட என். எம். ஆர் முறைகள் போன்ற சோதனை நுட்பங்களால் புரத கட்டமைப்புகள் தீர்மானிக்கப்படலாம் அல்லது ஹோமோலஜி மாடலிங் மூலம் கணிக்கப்படலாம். லிகாண்ட் செயலில் உள்ள இணக்கம்-புரத பிணைப்பு-பயன்முறையுடன் பிணைக்கப்படும்போது ஈந்தணைவியின் முப்பரிமாண வடிவம்-சிக்கலான இரண்டு பிணைப்பு கூட்டாளர்களின் நோக்குநிலை மேலே உள்ள தகவல்கள் வளாகத்தின் முப்பரிமாண கட்டமைப்பைத் தருகின்றன. இந்த கட்டமைப்பின் அடிப்படையில், ஸ்கோரிங் செயல்பாடு பின்னர் கீழே கோடிட்டுக் காட்டப்பட்ட முறைகளில் ஒன்றைப் பயன்படுத்தி வளாகத்தில் உள்ள இரண்டு மூலக்கூறுகளுக்கு இடையிலான தொடர்புகளின் வலிமையை மதிப்பிட முடியும். இறுதியாக ஸ்கோரிங் செயல்பாடு பிணைப்பு முறை மற்றும் சிக்கலான சிறிய மூலக்கூறின் செயலில் உள்ள இணக்கம் ஆகிய இரண்டையும் கணிக்க உதவும், அல்லது மாற்றாக ஒரு எளிய மற்றும் கணக்கீட்டு வேகமான செயல்பாட்டை டாக்கிங் ஓட்டத்திற்குள் பயன்படுத்தலாம். வகுப்புகள் மதிப்பெண் செயல்பாடுகளில் நான்கு பொதுவான வகுப்புகள் உள்ளனஃ விசை புலம்-தொடர்புகள் மூலக்கூறுகளுக்கிடையேயான வான் டெர் வால்ஸின் வலிமை மற்றும் ஒரு விசை புலத்தைப் பயன்படுத்தி வளாகத்தில் உள்ள இரண்டு மூலக்கூறுகளின் அனைத்து அணுக்களுக்கும் இடையிலான நிலைமின்னியல் தொடர்புகளைச் சுருக்குவதன் மூலம் மதிப்பிடப்படுகின்றன. இரண்டு பிணைப்பு கூட்டாளிகளின் மூலக்கூறுகளுக்கிடையேயான ஆற்றல்களும் (திரிபு ஆற்றல் என்றும் குறிப்பிடப்படுகின்றன) அடிக்கடி சேர்க்கப்படுகின்றன. இறுதியாக பிணைப்பு பொதுவாக நீர் முன்னிலையில் நடைபெறுவதால், தசைநார் மற்றும் புரதத்தின் கரைப்பு ஆற்றல்கள் சில நேரங்களில் ஜிபிஎஸ்ஏ அல்லது பிபிஎஸ்ஏ போன்ற மறைமுக கரைப்பு முறைகளைப் பயன்படுத்தி கணக்கில் எடுத்துக் கொள்ளப்படுகின்றன. அனுபவபூர்வமானது-இரண்டு பிணைப்பு கூட்டாளர்களுக்கிடையேயான பல்வேறு வகையான தொடர்புகளின் எண்ணிக்கையை கணக்கிடுவதன் அடிப்படையில். ஒருவருக்கொருவர் தொடர்பு கொள்ளும் ஈந்தணைவிகள் மற்றும் ஏற்பி அணுக்களின் எண்ணிக்கையை அடிப்படையாகக் கொண்டு அல்லது சிக்கலற்ற ஈந்தணைவிகள் மற்றும் புரதத்துடன் ஒப்பிடும்போது வளாகத்தில் உள்ள கரைப்பான் அணுகக்கூடிய மேற்பரப்பு பகுதியில் (δSASA) ஏற்படும் மாற்றத்தை கணக்கிடுவதன் மூலம் கணக்கிடப்படலாம். மதிப்பெண் செயல்பாட்டின் குணகங்கள் பொதுவாக பல நேரியல் பின்னடைவு முறைகளைப் பயன்படுத்தி பொருந்துகின்றன. செயல்பாட்டின் இந்த இடைவினை சொற்கள் எடுத்துக்காட்டாக பின்வருவனவற்றை உள்ளடக்கியிருக்கலாம்ஃ ஹைட்ரோபோபிக்-ஹைட்ரோபோபிக் தொடர்புகள் (சாதகமானவை), ஹைட்ரோபோபிக்-ஹைட்ரோஃபிலிக் தொடர்புகள் (சாதகமற்றவை) (இணைக்கப்படாத ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகளுக்கான கணக்குகள், அவை பிணைப்புக்கு ஒரு முக்கியமான என்தால்பிக் பங்களிப்பாகும். ஒரு இழந்த ஹைட்ரஜன் பிணைப்பு பிணைப்பு உறவில் 1 முதல் 2 வரிசைகளின் அளவைக் கணக்கிடலாம். ), ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகளின் எண்ணிக்கை (உறவுக்கு சாதகமான பங்களிப்பு, குறிப்பாக கரைப்பானில் இருந்து பாதுகாக்கப்பட்டால், கரைப்பான் எந்த பங்களிப்பையும் வெளிப்படுத்தவில்லை என்றால்), சிக்கலான உருவாக்கத்தில் அசைக்கக்கூடிய சுழற்சி பிணைப்புகளின் எண்ணிக்கை (சாதகமற்ற இணக்கமான என்ட்ரோபி பங்களிப்பு). அறிவு அடிப்படையிலான-பெரிய 3டி தரவுத்தளங்களில் (கேம்பிரிட்ஜ் கட்டமைப்பு தரவுத்தளம் அல்லது புரோட்டீன் தரவு வங்கி போன்றவை) மூலக்கூறுகளுக்கிடையேயான நெருங்கிய தொடர்புகளின் புள்ளிவிவர அவதானிப்புகளின் அடிப்படையில், அவை புள்ளிவிவர "சராசரி சக்தியின் ஆற்றல்களை" பெற பயன்படுத்தப்படுகின்றன. இந்த முறை சில வகையான அணுக்கள் அல்லது செயல்பாட்டுக் குழுக்களுக்கு இடையிலான நெருக்கமான மூலக்கூறுகளுக்கிடையேயான தொடர்புகள் சீரற்ற விநியோகத்தால் ஒருவர் எதிர்பார்ப்பதை விட அடிக்கடி நிகழ்கின்றன என்ற அனுமானத்தின் அடிப்படையில் நிறுவப்பட்டுள்ளது, அவை ஆற்றல் ரீதியாக சாதகமாக இருக்கும், எனவே பிணைப்பு உறவுக்கு சாதகமாக பங்களிக்கின்றன. இயந்திர-கற்றல்-இந்த பாரம்பரிய மதிப்பெண் செயல்பாடுகளைப் போலல்லாமல், இயந்திர-கற்றல் மதிப்பெண் செயல்பாடுகள் பிணைப்பு உறவுக்கும் புரத-லிகாண்ட் வளாகத்தை விவரிக்கும் கட்டமைப்பு அம்சங்களுக்கும் இடையிலான உறவுக்கு ஒரு முன்னரே தீர்மானிக்கப்பட்ட செயல்பாட்டு வடிவத்தை கருதுவதன் மூலம் வகைப்படுத்தப்படுகின்றன. இந்த வழியில், செயல்பாட்டு வடிவம் தரவுகளிலிருந்து நேரடியாக ஊகிக்கப்படுகிறது. இயந்திர-கற்றல் மதிப்பெண் செயல்பாடுகள் தொடர்ந்து பல்வேறு புரத-லிகாண்ட் வளாகங்களின் பிணைப்பு இணைப்பு முன்கணிப்பில் கிளாசிக்கல் மதிப்பெண் செயல்பாடுகளை விட சிறப்பாக செயல்படுவதாக கண்டறியப்பட்டுள்ளது. இலக்கு-குறிப்பிட்ட வளாகங்களுக்கும் இது பொருந்தும், இருப்பினும் நன்மை இலக்கை சார்ந்துள்ளது மற்றும் முக்கியமாக கிடைக்கக்கூடிய பொருத்தமான தரவுகளின் அளவைப் பொறுத்தது. பொருத்தமான கவனிப்பு எடுக்கப்படும்போது, இயந்திர கற்றல் மதிப்பெண் செயல்பாடுகள் கட்டமைப்பு அடிப்படையிலான மெய்நிகர் திரையிடல் தொடர்பான சிக்கலில் கிளாசிக்கல் மதிப்பெண் செயல்பாடுகளை வலுவாக விட சிறப்பாக செயல்படுகின்றன. மேலும், இலக்குக்கான குறிப்பிட்ட தரவு கிடைத்தால், இந்த செயல்திறன் இடைவெளி விரிவடைகிறது இந்த மதிப்புரைகள் கட்டமைப்பு அடிப்படையிலான மருந்து வடிவமைப்பிற்கான இயந்திர கற்றல் மதிப்பெண் செயல்பாடுகள் குறித்த பரந்த கண்ணோட்டத்தை வழங்குகின்றன. கொடுக்கப்பட்ட இலக்குக்கான டிகோய்களைத் தேர்ந்தெடுப்பது எந்தவொரு மதிப்பெண் செயல்பாட்டிற்கும் பயிற்சி மற்றும் சோதனை செய்வதற்கான மிக முக்கியமான காரணிகளில் ஒன்றாகும். முதல் மூன்று வகைகள், விசை-புலம், அனுபவ மற்றும் அறிவு அடிப்படையிலானவை, பொதுவாக கிளாசிக்கல் ஸ்கோரிங் செயல்பாடுகள் என்று குறிப்பிடப்படுகின்றன, மேலும் பிணைப்புக்கு அவற்றின் பங்களிப்புகள் நேரியல் ரீதியாக இணைக்கப்பட்டுள்ளன என்று கருதுவதன் மூலம் வகைப்படுத்தப்படுகின்றன. இந்த தடை காரணமாக, கிளாசிக்கல் ஸ்கோரிங் செயல்பாடுகள் அதிக அளவு பயிற்சி தரவைப் பயன்படுத்திக் கொள்ள முடியாது. வெவ்வேறு மதிப்பெண் செயல்பாடுகள் ஒப்பீட்டளவில் இணை-நேரியல் என்பதால், ஒருமித்த மதிப்பெண் செயல்பாடுகள் துல்லியத்தை கணிசமாக மேம்படுத்தாது. முந்தைய ஆய்வுகள் ஒருமித்த மதிப்பெண் நன்மை பயக்கும் என்று பரிந்துரைத்ததால், இந்தத் துறையில் நிலவும் பார்வைக்கு எதிராக இந்த கூற்று ஓரளவு சென்றது. ஒரு சரியான மதிப்பெண் செயல்பாடு ஈந்தணைவிக்கும் அதன் இலக்குக்கும் இடையிலான பிணைப்பு இலவச ஆற்றலை கணிக்க முடியும். ஆனால் உண்மையில் கணக்கீட்டு முறைகள் மற்றும் கணக்கீட்டு வளங்கள் இரண்டும் இந்த இலக்கை கட்டுப்படுத்துகின்றன. எனவே பெரும்பாலும் தவறான நேர்மறை மற்றும் தவறான எதிர்மறை ஈந்தணைவிகளின் எண்ணிக்கையைக் குறைக்கும் முறைகள் தேர்ந்தெடுக்கப்படுகின்றன. பிணைப்பு மாறிலிகள் மற்றும் கட்டமைப்புகளின் தரவுகளின் சோதனை பயிற்சி தொகுப்பு கிடைக்கும் சந்தர்ப்பங்களில், மூலக்கூறு கப்பல்துறையில் பயன்படுத்தப்படும் மதிப்பெண் செயல்பாட்டைச் செம்மைப்படுத்த ஒரு எளிய முறை உருவாக்கப்பட்டுள்ளது. குறிப்புகள் டாக்கிங் கம்ப்யூடேஷனல் வேதியியல் கெமின்ஃபார்மேட்டிக்ஸ் புரோட்டீன் அமைப்பு உயிர் தகவலியல்