Primer walking
ப்ரைமர் நடைபயிற்சி என்பது ஒரு மரபணுவை (எ. கா., நோய் மரபணு) அதன் அருகிலுள்ள குறிப்பான்களிலிருந்து (எ. கா., அறியப்பட்ட மரபணு) குளோன் செய்யப் பயன்படுத்தப்படும் ஒரு நுட்பமாகும். இதன் விளைவாக, தாவரங்கள், பூஞ்சை மற்றும் பாலூட்டிகளில் சிறிய மாற்றங்களுடன் குளோனிங் மற்றும் வரிசைப்படுத்தும் முயற்சிகளில் இது பயன்படுத்தப்படுகிறது. "டைரக்ட் சீக்வென்சிங்" என்றும் அழைக்கப்படும் இந்த நுட்பம், குறிப்பு வரிசையின் (வரிசை உறுதிப்படுத்தல் சேவை) அடிப்படையில் அறியப்பட்ட பிளாஸ்மிட் அல்லது பி. சி. ஆர் தயாரிப்பின் குறிப்பு வரிசையை உறுதிப்படுத்த அல்லது ஒரு முழு பிளாஸ்மிட் அல்லது பி. சி. ஆர் தயாரிப்பின் அறியப்படாத வரிசையைக் கண்டறிய தொடர்ச்சியான சாங்கர் வரிசைமுறை எதிர்வினைகளைப் பயன்படுத்துகிறது. ப்ரைமர் நடைபயிற்சிஃ ஒரு டிஎன்ஏ வரிசைமுறை முறை ப்ரைமர் நடைபயிற்சி என்பது 1.3-7.0 கேபி வரம்பு வரை டிஎன்ஏவின் வரிசையை தீர்மானிக்க ஒரு முறையாகும், அதே நேரத்தில் குரோமோசோம் நடைபயிற்சி ஏற்கனவே அறியப்பட்ட மரபணுவின் வரிசைகளின் குளோன்களை உருவாக்க பயன்படுகிறது. சங்கிலி முடித்தல் முறையைப் பயன்படுத்தி ஒரே வரிசையில் மிக நீண்ட துண்டுகளை வரிசைப்படுத்த முடியாது. இந்த முறை நீண்ட வரிசையை பல தொடர்ச்சியான குறுகிய வரிசைகளாக பிரிப்பதன் மூலம் செயல்படுகிறது. ஆர்வமுள்ள டிஎன்ஏ ஒரு பிளாஸ்மிட் செருகல், ஒரு பிசிஆர் தயாரிப்பு அல்லது ஒரு மரபணுவை வரிசைப்படுத்தும் போது ஒரு இடைவெளியைக் குறிக்கும் ஒரு துண்டு. மரபணுவை வரிசைப்படுத்துவதே முக்கிய நோக்கமாக இருக்கும் இடத்தில் "ப்ரைமர் நடைபயிற்சி" என்ற சொல் பயன்படுத்தப்படுகிறது. குரோமோசோம் நடைபயிற்சி என்ற சொல் வரிசை அறியப்படும் போது பயன்படுத்தப்படுகிறது, ஆனால் ஒரு மரபணுவின் குளோன் இல்லை. எடுத்துக்காட்டாக, ஒரு நோய்க்கான மரபணு வரிசையில் ஒரு ஆர். எஃப். எல். பி போன்ற ஒரு குறிப்பிட்ட குறிப்பானுக்கு அருகில் அமைந்திருக்கலாம். குரோமோசோம் நடைபயிற்சி என்பது ஒரு மரபணுவை (எ. கா., நோய் மரபணு) அதன் அறியப்பட்ட நெருங்கிய குறிப்பான்களிலிருந்து (எ. கா., அறியப்பட்ட மரபணு) குளோன் செய்யப் பயன்படுத்தப்படும் ஒரு நுட்பமாகும், எனவே தாவரங்கள், பூஞ்சை மற்றும் விலங்குகளில் குளோனிங் மற்றும் வரிசைமுறை திட்டங்களில் மிதமான மாற்றங்களில் பயன்படுத்தப்படுகிறது. வேறுவிதமாகக் கூறினால், வரைபடமாக்கப்பட வேண்டிய மரபணுவுக்கு அருகில் இருக்கும் ஒரு குறிப்பிட்ட வரிசையைக் கண்டறிந்து, தனிமைப்படுத்தவும், குளோன் செய்யவும் இது பயன்படுத்தப்படுகிறது. பெரிய துண்டுகளின் நூலகங்கள், முக்கியமாக பாக்டீரியா செயற்கை குரோமோசோம் நூலகங்கள், பெரும்பாலும் மரபணு திட்டங்களில் பயன்படுத்தப்படுகின்றன. விரும்பிய காலனியை அடையாளம் காணவும், ஒரு குறிப்பிட்ட குளோனைத் தேர்ந்தெடுக்கவும் நூலகம் முதலில் விரும்பிய ஆய்வுடன் திரையிடப்படுகிறது. திரையிடலுக்குப் பிறகு, குளோன் ஆய்வுடன் ஒன்றுடன் ஒன்று இணைக்கப்பட்டு ஒன்றுடன் ஒன்று துண்டுகள் வரைபடமாக்கப்படுகின்றன. இந்த துண்டுகள் பின்னர் மற்ற குளோன்களை அடையாளம் காண ஒரு புதிய ஆய்வாக (குளோன்களின் 3′ அல்லது 5′ முனைகளிலிருந்து பெறப்பட்ட குறுகிய டிஎன்ஏ துண்டுகள்) பயன்படுத்தப்படுகின்றன. ஒரு நூலகம் தோராயமாக 96 குளோன்களைக் கொண்டுள்ளது மற்றும் ஒவ்வொரு குளோனிலும் வெவ்வேறு செருகல் உள்ளது. ஆய்வு ஒன்று λ1 மற்றும் λ2 ஐ ஒன்றுடன் ஒன்று இணைப்பதால் அடையாளம் காட்டுகிறது. λ2 குளோன்களிலிருந்து பெறப்பட்ட ப்ரோப் டூ λ3 மற்றும் பலவற்றை அடையாளம் காண பயன்படுத்தப்படுகிறது. குளோன்களின் நோக்குநிலை குளோன்களின் கட்டுப்பாடு வரைபடத்தால் தீர்மானிக்கப்படுகிறது. இதனால், ஒரு மரபணுவுக்கு அருகிலுள்ள புதிய குரோமோசோம் பகுதிகளை அடையாளம் காண முடியும். குரோமோசோம் நடைபயிற்சி நேரத்தை எடுத்துக்கொள்கிறது, மேலும் குரோமோசோம் தரையிறக்கம் என்பது மரபணு அடையாளத்திற்கான தேர்வு முறையாகும். இந்த முறை பிறழ்ந்த இடத்துடன் உறுதியாக தொடர்புடைய ஒரு குறிப்பானைக் கண்டுபிடிப்பது அவசியம். துண்டு முதலில் ஒரு குறுகிய துண்டு போல வரிசைப்படுத்தப்படுகிறது. ஒவ்வொரு முனையிலிருந்தும் உலகளாவிய ப்ரைமர்கள் அல்லது குறிப்பாக வடிவமைக்கப்பட்டவற்றைப் பயன்படுத்தி வரிசைமுறை செய்யப்படுகிறது. இது முதல் 1000 அல்லது அதற்கு மேற்பட்ட தளங்களை அடையாளம் காண வேண்டும். ஆர்வமுள்ள பகுதியை முழுமையாக வரிசைப்படுத்த, புதிய ப்ரைமர்களின் வடிவமைப்பு மற்றும் தொகுப்பு (அறியப்பட்ட வரிசையின் இறுதி 20 தளங்களுக்கு நிரப்பு) தொடர்ச்சியான வரிசை தகவல்களைப் பெற அவசியம். ப்ரைமர் நடைபயிற்சி மற்றும் ஷாட்கன் வரிசைமுறை ப்ரைமர் நடைபயிற்சி என்பது இயக்கப்படும் வரிசைமுறைக்கு ஒரு எடுத்துக்காட்டு, ஏனெனில் ஒரு குறிப்பிட்ட திசையில் வரிசைமுறையை வழிநடத்த டிஎன்ஏவின் அறியப்பட்ட பகுதியிலிருந்து ப்ரைமர் வடிவமைக்கப்பட்டுள்ளது. இயக்கிய வரிசைமுறைக்கு மாறாக, டிஎன்ஏவின் ஷாட்கன் வரிசைமுறை மிகவும் விரைவான வரிசைமுறை உத்தியாகும். மரபணு வரிசைமுறையின் "பழைய காலத்திலிருந்து" ஒரு நுட்பம் உள்ளது. வரிசைப்படுத்தலுக்கான அடிப்படை முறை சாங்கர் சங்கிலி முடித்தல் முறையாகும், இது 100 முதல் 1000 அடிப்படை இணைப்புகளுக்கு இடையில் (பயன்படுத்தப்படும் கருவிகளைப் பொறுத்து) வாசிப்பு நீளங்களைக் கொண்டிருக்கலாம். இதன் பொருள் நீங்கள் நீண்ட டிஎன்ஏ மூலக்கூறுகளை உடைத்து, குளோன் செய்து பின்னர் அவற்றை வரிசைப்படுத்த வேண்டும். இரண்டு வழிகள் சாத்தியமாகும். முதலாவது குரோமோசோம் (அல்லது ப்ரைமர்) நடைபயிற்சி என்று அழைக்கப்படுகிறது மற்றும் முதல் துண்டின் வரிசைமுறையுடன் தொடங்குகிறது. வரிசையின் அடுத்த (தொடர்ச்சியான) துண்டு பின்னர் ஒரு ப்ரைமரைப் பயன்படுத்தி வரிசைப்படுத்தப்படுகிறது, இது முதல் வரிசையின் முடிவில் நிரப்பப்படுகிறது. இந்த நுட்பத்திற்கு அதிக அசெம்பிளிங் தேவையில்லை, ஆனால் உங்களுக்கு நிறைய ப்ரைமர்கள் தேவை, இது ஒப்பீட்டளவில் மெதுவாக உள்ளது. இந்த சிக்கலை சமாளிக்க ஷாட்கன் வரிசைமுறை முறை உருவாக்கப்பட்டது. இங்கே டிஎன்ஏ வெவ்வேறு துண்டுகளாக உடைக்கப்பட்டுள்ளது (அனைத்தும் ஒரே இடத்தில் உடைக்கப்படவில்லை), குளோனிங் மற்றும் குளோனிங்கிற்கு பயன்படுத்தப்படும் திசையனுக்கு குறிப்பிட்ட ப்ரைமர்களுடன் வரிசைப்படுத்தப்பட்டுள்ளது. இது ஒன்றுடன் ஒன்று இணைக்கும் காட்சிகளுக்கு வழிவகுக்கிறது, பின்னர் அவை கணினியில் ஒரு வரிசையாக இணைக்கப்பட வேண்டும். இந்த முறை வரிசைமுறையின் இணையை அனுமதிக்கிறது (நீங்கள் ஒரே நேரத்தில் நிறைய வரிசைமுறை எதிர்வினைகளைத் தயாரித்து அவற்றை இயக்கலாம்) இது செயல்முறையை மிக வேகமாக ஆக்குகிறது மற்றும் வரிசை குறிப்பிட்ட ப்ரைமர்களின் தேவையையும் தவிர்க்கிறது. தொடர்ச்சிகளை அவற்றின் வரிசையில் ஒழுங்கமைப்பதே சவால், ஏனெனில் ஒன்றுடன் ஒன்று இங்கே தெளிவாக இல்லை. இந்த சிக்கலைத் தீர்க்க, முதல் வரைவு தயாரிக்கப்பட்டு, பின்னர் முக்கியமான பகுதிகள் ப்ரைமர் நடைபயிற்சி போன்ற பிற நுட்பங்களைப் பயன்படுத்தி மறுசீரமைக்கப்படுகின்றன. செயல்முறை ஒட்டுமொத்த செயல்முறை பின்வருமாறுஃ டிஎன்ஏவின் தொடக்கத்துடன் வரிசையுடன் பொருந்தக்கூடிய ஒரு ப்ரைமர், அறியப்படாத வரிசையை ஒட்டிய ஒரு குறுகிய டிஎன்ஏ இழையை ஒருங்கிணைக்க பயன்படுத்தப்படுகிறது, இது ப்ரைமரில் தொடங்குகிறது (பிசிஆர் பார்க்கவும்). புதிய குறுகிய டிஎன்ஏ ஸ்ட்ராண்ட் சங்கிலி முடித்தல் முறையைப் பயன்படுத்தி வரிசைப்படுத்தப்படுகிறது. வரிசைப்படுத்தப்பட்ட இழையின் முனை நீண்ட டிஎன்ஏ வரிசையின் அடுத்த பகுதிக்கு ஒரு ப்ரைமராகப் பயன்படுத்தப்படுகிறது, எனவே "நடைபயிற்சி" என்ற சொல் பயன்படுத்தப்படுகிறது. முழு குரோமோசோம்களையும் வரிசைப்படுத்த இந்த முறையைப் பயன்படுத்தலாம் (எனவே "குரோமோசோம் நடைபயிற்சி"). பிரைமர் நடைபயிற்சி ஷாட்கன் வரிசைமுறையின் வளர்ச்சிக்கு அடிப்படையாக இருந்தது, இது குறிப்பாக தேர்ந்தெடுக்கப்பட்டவற்றுக்கு பதிலாக சீரற்ற ப்ரைமர்களைப் பயன்படுத்துகிறது. குரோமோசோம் ஜம்பிங் குரோமோசோம் லேண்டிங் ஷாட்கன் வரிசைமுறையையும் பார்க்கவும்-ஒரு மாற்று முறை, தொடர்ச்சியான, துணை இழைகளை விட சீரற்ற முறையில் பயன்படுத்துகிறது. குறிப்புகள் டிஎன்ஏ மூலக்கூறு உயிரியல்