Perfect phylogeny
சரியான பைலோஜென்டி என்பது கணக்கீட்டு பைலோஜெனெடிக்ஸில் ஒரு பைலோஜெனெடிக் மரத்தைக் குறிக்கப் பயன்படுத்தப்படும் ஒரு சொல், இதில் அனைத்து உள் முனைகளும் பெயரிடப்படலாம், இதனால் அனைத்து எழுத்துக்களும் ஹோமோபிளாசி இல்லாமல் மரத்தின் கீழே உருவாகின்றன. அதாவது, பண்புகள் பரிணாம ஒருங்கிணைப்பைக் கொண்டிருக்கவில்லை, மேலும் ஒத்த கட்டமைப்புகளைக் கொண்டிருக்கவில்லை. புள்ளிவிவர ரீதியாக, இது அனைத்து பண்புகளிலும் "0" நிலையைக் கொண்ட ஒரு மூதாதையராகக் குறிப்பிடப்படலாம், அங்கு 0 அந்த பண்பு இல்லாததைக் குறிக்கிறது. இந்த பண்புகள் ஒவ்வொன்றும் 0 முதல் 1 வரை சரியாக ஒரு முறை மாறுகிறது மற்றும் ஒருபோதும் நிலை 0 க்கு திரும்பாது. உண்மையான தரவு சரியான பைலோஜெனி என்ற கருத்தை பின்பற்றுவது அரிது. பொதுவாக ஒரு பைலோஜெனெடிக் மரத்தின் கட்டுமானத்தில் இரண்டு வெவ்வேறு தரவு வகைகள் பயன்படுத்தப்படுகின்றன. தூர அடிப்படையிலான கணக்கீடுகளில், இனங்களுக்கு இடையிலான தூரத்திற்கும் அதனுடன் தொடர்புடைய மரத்தின் விளிம்பு நீளங்களுக்கும் இடையிலான உறவுகளை பகுப்பாய்வு செய்வதன் மூலம் ஒரு பைலோஜெனெடிக் மரம் உருவாக்கப்படுகிறது. ஒரு எழுத்து அடிப்படையிலான அணுகுமுறையைப் பயன்படுத்துவது மிகவும் "சரியான" பைலோஜெனெடிக் மரத்தைக் கண்டுபிடிக்கும் முயற்சியில் ஒரு உள்ளீடாக இனங்கள் முழுவதும் எழுத்து நிலைகளைப் பயன்படுத்துகிறது. ஒரு சரியான பைலோஜெனெடிக் மரத்தின் புள்ளிவிவர கூறுகளை பின்வருமாறு சிறப்பாக விவரிக்க முடியும்ஃ ஒரு n x m எழுத்து நிலை அணி M க்கு ஒரு சரியான பைலோஜெனி என்பது n இலைகளை திருப்திப்படுத்தும் ஒரு வேரூன்றிய மரம் T ஆகும்ஃ i. M இன் ஒவ்வொரு வரிசையும் T II இன் ஒரு இலையை சரியாக முத்திரை குத்துகிறது. M இன் ஒவ்வொரு நெடுவரிசையும் T III இன் ஒரு விளிம்பை சரியாக பெயரிட்டுள்ளன. T இன் ஒவ்வொரு உட்புற விளிம்பும் குறைந்தபட்சம் M IV இன் ஒரு நெடுவரிசையால் பெயரிடப்பட்டுள்ளது. வேர் முதல் இலை வரை தனித்துவமான பாதையில் விளிம்புகளுடன் தொடர்புடைய எழுத்துக்கள் v இன் எழுத்து திசையனை சரியாக குறிப்பிடுகின்றன, அதாவது. எழுத்து திசையன் பாதை விளிம்புகளுடன் தொடர்புடைய எழுத்துக்களுடன் தொடர்புடைய அனைத்து நெடுவரிசைகளிலும் 1 உள்ளீட்டைக் கொண்டுள்ளது, இல்லையெனில் 0 உள்ளீட்டைக் கொண்டுள்ளது. இங்கே விவரிக்கப்பட்டுள்ள கருத்துக்கள் மற்றும் வரம்புகளைப் பின்பற்றும் உண்மையான பைலோஜெனெடிக் தரவைக் கண்டுபிடிப்பது மிகவும் அரிதானது என்பதைக் குறிப்பிடுவது மதிப்பு வாய்ந்தது. எனவே, பெரும்பாலும் ஆராய்ச்சியாளர்கள் ஹோமோபிளாசியைக் குறைக்க முயற்சிக்கும் மரங்களை உருவாக்குவதன் மூலமும், இணக்கமான எழுத்துக்களின் அதிகபட்ச-கார்டினாலிட்டி தொகுப்பைக் கண்டறிவதன் மூலமும் அல்லது எழுத்துக்களால் குறிக்கப்பட்ட பகிர்வுகளுடன் முடிந்தவரை நெருக்கமாக பொருந்தக்கூடிய பைலோஜெனிகளை உருவாக்குவதன் மூலமும் சமரசம் செய்ய நிர்பந்திக்கப்படுகிறார்கள். எடுத்துக்காட்டு இந்த இரண்டு தரவுத்தொகுப்புகளும் எழுத்து நிலை மேட்ரிக்ஸின் எடுத்துக்காட்டுகளை விளக்குகின்றன. மேட்ரிக்ஸ் எம் '1 ஐப் பயன்படுத்தி, இதன் விளைவாக வரும் பைலோஜெனெடிக் மரத்தை உருவாக்க முடியும் என்பதைக் கவனிக்க முடியும், இதனால் ஒவ்வொரு எழுத்துக்களும் மரத்தின் ஒரு விளிம்பை சரியாக பெயரிடுகின்றன. இதற்கு நேர்மாறாக, மேட்ரிக்ஸ் எம் '2 ஐக் கவனிக்கும்போது, ஒவ்வொரு எழுத்தும் ஒரு விளிம்பு நீளத்தை மட்டுமே லேபிள் செய்யும் வகையில் பைலோஜெனெடிக் மரத்தை அமைக்க வழி இல்லை என்பதை ஒருவர் காணலாம். மாதிரிகள் ஆய்வின் கீழ் உள்ள உயிரணுக்களின் எண்ணிக்கையின் மாறுபட்ட அல்லெலிக் அதிர்வெண் (விஏஎஃப்) தரவுகளிலிருந்து வந்தால், எழுத்து மேட்ரிக்ஸில் உள்ள உள்ளீடுகள் பிறழ்வுகளின் அதிர்வெண்களாகும், மேலும் 0 முதல் 1 வரை மதிப்பை எடுக்கும். அதாவது, மரபணுவில் ஒரு நிலையைக் குறிக்கிறது என்றால், அதனுடன் தொடர்புடைய உள்ளீடு மற்றும் மாதிரி மாதிரியில் உள்ள மரபணுக்களின் அதிர்வெண்களை ஒரு பிறழ்வுடன் வைத்திருக்கும். சரியான பைலோஜெனி என்பது ஒரு தத்துவார்த்த கட்டமைப்பாகும், இது மிகவும் நடைமுறை முறைகளிலும் பயன்படுத்தப்படலாம். அத்தகைய ஒரு உதாரணம் முழுமையற்ற டைரக்டட் பெர்பெக்ட் பைலோஜெனி ஆகும். இந்த கருத்து உண்மையான, எனவே முழுமையற்ற மற்றும் அபூரணமான தரவுத்தொகுப்புகளுடன் சரியான பைலோஜெனிகளைப் பயன்படுத்துவதை உள்ளடக்கியது. இத்தகைய முறை பரிணாம ஒற்றுமையை தீர்மானிக்க SINE களைப் பயன்படுத்துகிறது. இந்த குறுகிய ஊடுருவிய கூறுகள் பல மரபணுக்களில் உள்ளன, மேலும் அவற்றின் பக்கவாட்டு வரிசைகளால் அடையாளம் காணலாம். SINE கள் வெவ்வேறு இனங்களில் சில பண்புகளின் பரம்பரை பற்றிய தகவல்களை வழங்குகின்றன. துரதிர்ஷ்டவசமாக, ஒரு SINE காணவில்லை என்றால், நீக்குவதற்கு முன்பு அந்த SINE கள் இருந்ததா என்பதை அறிவது கடினம். சரியான பைலோஜென்டி தரவுகளிலிருந்து பெறப்பட்ட வழிமுறைகளைப் பயன்படுத்துவதன் மூலம், இந்த வரம்புகள் இருந்தபோதிலும் ஒரு பைலோஜெனெடிக் மரத்தை மறுகட்டமைக்க முயற்சிக்க முடியும். ஹாப்லோடைப் வரைபடங்களின் கட்டுமானத்திலும் சரியான பைலோஜெனி பயன்படுத்தப்படுகிறது. சரியான பைலோஜெனியில் விவரிக்கப்பட்டுள்ள கருத்துக்கள் மற்றும் வழிமுறைகளைப் பயன்படுத்துவதன் மூலம் காணாமல் போன மற்றும் கிடைக்காத ஹாப்லோடைப் தரவு தொடர்பான தகவல்களை ஒருவர் தீர்மானிக்க முடியும். மரபணு வகை வரைபடத்தின் விளைவாக ஏற்படும் ஹாப்லோடைப்ஸ்களின் தொகுப்பு சரியான பைலோஜெனியின் கருத்துடன் ஒத்திருக்கிறது மற்றும் பின்பற்றுகிறது என்று கருதுவதன் மூலம் (அதே போல் சரியான மெண்டேலியன் பரம்பரை மற்றும் ஒரு எஸ். என். பி. க்கு ஒரே ஒரு பிறழ்வு மட்டுமே உள்ளது என்ற உண்மை போன்ற பிற அனுமானங்கள்), ஒருவர் காணாமல் போன ஹாப்லோடைப் தரவை ஊகிக்க முடியும். பிபிஎம்மின் கீழ் சத்தம் நிறைந்த விஏஎஃப் தரவுகளிலிருந்து ஒரு பைலோஜெனியை குறிப்பிடுவது ஒரு கடினமான சிக்கலாகும். பெரும்பாலான அனுமானக் கருவிகளில் அனுமானத்தை கணக்கீட்டு ரீதியாகக் கையாளக்கூடிய சில ஹூரிஸ்டிக் படிகள் அடங்கும். சத்தமான வி. ஏ. எஃப் தரவுகளிலிருந்து பைலோஜெனிகளை ஊகிக்கும் கருவிகளின் எடுத்துக்காட்டுகளில் அன்செட்ரீ, விதானம், சிஐடியுபி, எக்ஸாக்ட் மற்றும் பைலோ டபிள்யூஜிஎஸ் ஆகியவை அடங்கும். குறிப்பாக, EXACT சிறிய அளவிலான சிக்கல்களுக்கு சாத்தியமான அனைத்து மரங்களிலும் ஒரு பின்புற நிகழ்தகவைக் கணக்கிட ஜிபியுக்களைப் பயன்படுத்துவதன் மூலம் சரியான அனுமானத்தைச் செய்கிறது. பிபிஎம்க்கான விரிவாக்கங்கள் அதனுடன் இணைந்த கருவிகளுடன் செய்யப்பட்டுள்ளன. எடுத்துக்காட்டாக, மெடிசிசி, டூமுல்ட் மற்றும் ஃபிஷ் ட்ரீஸ் போன்ற கருவிகள் கொடுக்கப்பட்ட மரபணு உறுப்பு அல்லது பிளாய்டியின் நகல்களின் எண்ணிக்கையை அதிகரிக்கவோ அல்லது குறைக்கவோ அனுமதிக்கின்றன, இதனால் பிறழ்வுகளை அகற்ற திறம்பட அனுமதிக்கிறது. வெளிப்புற இணைப்புகளின் பட்டியல் பைலோஜெனெடிக்ஸ் மென்பொருளின் பட்டியல் பைலோஜெனெடிக் மரங்களை பகுப்பாய்வு செய்வதற்கும் உருவாக்குவதற்கும் கிடைக்கக்கூடிய பல திட்டங்களில் ஒன்று பைலோஜெனெடிக் மர பகுப்பாய்விற்கான மற்றொரு திட்டம் மர பகுப்பாய்வுக்கான கூடுதல் திட்டம் மரபியல் துறைக்கு வெளியே சரியான பைலோஜெனியை எவ்வாறு பயன்படுத்தலாம் என்பதற்கான ஒரு உதாரணத்தை விவரிக்கும் ஒரு காகிதம், மொழி சங்கமான கிட்ஹப் போல "பல மாதிரி புற்றுநோய் வரிசைமுறை தரவுகளிலிருந்து குளோனல் மர மறுசீரமைப்புக்கான வழிமுறை" (அன்செஸ்ட்ரீ) கிட்ஹப் "இன்ட்ரா-ட்யூமர் ஹெட்டோஜெனிடியை அணுகுவதற்கும், அடுத்த தலைமுறை வரிசைமுறையால் நீளமான மற்றும் இடஞ்சார்ந்த குளோனல் பரிணாம வரலாற்றைக் கண்காணிப்பதற்கும்" (விதானம்) கிட்ஹப்