InterPro
இன்டர்ப்ரோ என்பது புரதக் குடும்பங்கள், புரதக் களங்கள் மற்றும் செயல்பாட்டு தளங்களின் தரவுத்தளமாகும், இதில் அறியப்பட்ட புரதங்களில் காணப்படும் அடையாளம் காணக்கூடிய அம்சங்கள் புதிய புரத வரிசைகளுக்கு அவற்றை செயல்பாட்டு ரீதியாக வகைப்படுத்த பயன்படுத்தப்படலாம். இன்டர்ப்ரோவின் உள்ளடக்கங்கள் நோயறிதல் கையொப்பங்கள் மற்றும் அவை கணிசமாக பொருந்தக்கூடிய புரதங்களைக் கொண்டுள்ளன. கையொப்பங்கள் புரதக் குடும்பங்கள், களங்கள் அல்லது தளங்களை விவரிக்கும் மாதிரிகளைக் கொண்டுள்ளன (வழக்கமான வெளிப்பாடுகள் அல்லது மறைக்கப்பட்ட மார்கோவ் மாதிரிகள் போன்ற மிகவும் சிக்கலானவை போன்ற எளிய வகைகள்). மாதிரிகள் அறியப்பட்ட குடும்பங்கள் அல்லது களங்களின் அமினோ அமில வரிசைகளிலிருந்து கட்டப்பட்டுள்ளன, பின்னர் அவை வகைப்படுத்துவதற்காக அறியப்படாத வரிசைகளைத் தேட பயன்படுத்தப்படுகின்றன (நாவல் மரபணு வரிசைமுறையிலிருந்து எழுவது போன்றவை). இன்டர்ப்ரோவின் ஒவ்வொரு உறுப்பினர் தரவுத்தளங்களும் மிகவும் உயர் மட்ட, கட்டமைப்பு அடிப்படையிலான வகைப்பாடுகள் (சூப்பர்ஃபேமிலி மற்றும் கேத்-ஜீன் 3டி) முதல் மிகவும் குறிப்பிட்ட துணை குடும்ப வகைப்பாடுகள் (பிரிண்ட்ஸ் மற்றும் பாந்தர்) வரை வேறுபட்ட இடங்களுக்கு பங்களிக்கின்றன. இன்டர்ப்ரோவின் நோக்கம் புரத வகைப்பாட்டிற்கு ஒரு-நிறுத்த-கடையை வழங்குவதாகும், அங்கு வெவ்வேறு உறுப்பினர் தரவுத்தளங்களால் தயாரிக்கப்படும் அனைத்து கையொப்பங்களும் இன்டர்ப்ரோ தரவுத்தளத்திற்குள் உள்ளீடுகளில் வைக்கப்படுகின்றன. சமமான களங்கள், தளங்கள் அல்லது குடும்பங்களைக் குறிக்கும் கையொப்பங்கள் ஒரே உள்ளீட்டில் வைக்கப்படுகின்றன, மேலும் உள்ளீடுகளும் ஒருவருக்கொருவர் தொடர்புடையதாக இருக்கலாம். விளக்கம், நிலையான பெயர்கள் மற்றும் மரபணு ஆன்டாலஜி (ஜி. ஓ.) சொற்கள் போன்ற கூடுதல் தகவல்கள் முடிந்தவரை ஒவ்வொரு உள்ளீட்டுடனும் தொடர்புடையவை. இன்டர்ப்ரோ இன்டர்ப்ரோவில் உள்ள தரவு மூன்று முக்கிய நிறுவனங்களைக் கொண்டுள்ளதுஃ புரதங்கள், கையொப்பங்கள் ("முறைகள்" அல்லது "மாதிரிகள்" என்றும் குறிப்பிடப்படுகின்றன) மற்றும் உள்ளீடுகள். யூனிபிரோட்கேபியில் உள்ள புரதங்களும் இன்டர்பிரோவில் உள்ள மைய புரத நிறுவனங்களாகும். இந்த புரதங்களுடன் எந்த கையொப்பங்கள் கணிசமாக பொருந்துகின்றன என்பது பற்றிய தகவல்கள் கணக்கிடப்படுகின்றன, ஏனெனில் வரிசைகள் யூனிபிரோட் கே. பி. ஆல் வெளியிடப்படுகின்றன, மேலும் இந்த முடிவுகள் பொதுமக்களுக்குக் கிடைக்கின்றன (கீழே காண்க). புரதங்களுடனான கையொப்பங்களின் பொருத்தங்களே இன்டர்ப்ரோ உள்ளீடுகளில் கையொப்பங்கள் எவ்வாறு ஒருங்கிணைக்கப்படுகின்றன என்பதை தீர்மானிக்கின்றனஃ பொருந்திய புரதத் தொகுப்புகளின் ஒப்பீட்டு ஒன்றுடன் ஒன்று மற்றும் காட்சிகளில் கையொப்பங்களின் பொருத்தங்களின் இருப்பிடம் ஆகியவை தொடர்புகளின் குறிகாட்டிகளாகப் பயன்படுத்தப்படுகின்றன. போதுமான தரமானதாகக் கருதப்படும் கையொப்பங்கள் மட்டுமே இன்டர்பிரோவில் ஒருங்கிணைக்கப்படுகின்றன. பதிப்பு 81 வரை (21 ஆகஸ்ட் 2020 அன்று வெளியிடப்பட்டது) இன்டர்ப்ரோ உள்ளீடுகள் யூனிபிரோட்கேபியில் காணப்படும் எச்சங்களின் 73.9% ஐக் குறிப்பிடுகின்றன, மேலும் 9.2 சதவீதம் ஒருங்கிணைப்பு நிலுவையில் உள்ள கையொப்பங்களால் குறிப்பிடப்படுகின்றன. இன்டர்ப்ரோ ஸ்ப்லைஸ் மாறுபாடுகள் மற்றும் யூனிபார்க் மற்றும் யூனிமெஸ் தரவுத்தளங்களில் உள்ள புரதங்களுக்கான தரவுகளையும் உள்ளடக்கியது. இன்டர்ப்ரோ கூட்டமைப்பு உறுப்பினர் தரவுத்தளங்கள் இன்டர்ப்ரோவின் கையொப்பங்கள் 13 "உறுப்பினர் தரவுத்தளங்களிலிருந்து" வருகின்றன, அவை கீழே பட்டியலிடப்பட்டுள்ளன. கேத்-ஜீன்3டி முழுமையான மரபணுக்களில் புரதக் குடும்பங்கள் மற்றும் கள கட்டமைப்புகளை விவரிக்கிறது. புரோட்டீன் குடும்பங்கள் ஒரு மார்கோவ் கிளஸ்டரிங் வழிமுறையைப் பயன்படுத்தி உருவாக்கப்படுகின்றன, அதைத் தொடர்ந்து வரிசை அடையாளத்தின் படி பல இணைப்பு கிளஸ்டரிங் செய்யப்படுகிறது. கணிக்கப்பட்ட கட்டமைப்பு மற்றும் வரிசை களங்களின் வரைபடம் CATH மற்றும் ப்ஃபாம் களங்களைக் குறிக்கும் மறைக்கப்பட்ட மார்கோவ் மாதிரிகள் நூலகங்களைப் பயன்படுத்தி மேற்கொள்ளப்படுகிறது. பல வளங்களிலிருந்து புரதங்களுக்கு செயல்பாட்டு சிறுகுறிப்பு வழங்கப்படுகிறது. கள கட்டமைப்புகளின் செயல்பாட்டு முன்கணிப்பு மற்றும் பகுப்பாய்வு ஜீன் 3 டி வலைத்தளத்திலிருந்து கிடைக்கிறது. சிடிடி பாதுகாக்கப்பட்ட கள தரவுத்தளம் என்பது ஒரு புரத சிறுகுறிப்பு வளமாகும், இது பண்டைய களங்கள் மற்றும் முழு நீள புரதங்களுக்கான சிறுகுறிப்பு பல வரிசை சீரமைப்பு மாதிரிகளின் தொகுப்பைக் கொண்டுள்ளது. ஆர். பி. எஸ்-பிளாஸ்ட் வழியாக புரத வரிசைகளில் பாதுகாக்கப்பட்ட களங்களை விரைவாக அடையாளம் காண இவை நிலை-குறிப்பிட்ட மதிப்பெண் மேட்ரிக்ஸ்களாக (பி. எஸ். எஸ். எம்) கிடைக்கின்றன. எச்ஏஎம்ஏபி என்பது நுண்ணுயிர் புரோட்டியோம்களின் உயர்தர தானியங்கி மற்றும் கையேடு சிறுகுறிப்பைக் குறிக்கிறது. எச்ஏஎம்ஏபி சுயவிவரங்கள் நிபுணர் கண்காணிப்பாளர்களால் கைமுறையாக உருவாக்கப்படுகின்றன, அவை நன்கு பாதுகாக்கப்பட்ட பாக்டீரியா, ஆர்க்கியல் மற்றும் பிளாஸ்டிட்-குறியிடப்பட்ட புரதங்களின் ஒரு பகுதியாக இருக்கும் புரதங்களை அடையாளம் காண்கின்றன (அதாவது. குளோரோபிளாஸ்ட்கள், சயனெல்ல்கள், அபிகோபிளாஸ்ட்கள், ஒளிச்சேர்க்கை அல்லாத பிளாஸ்டிட்கள்) புரதக் குடும்பங்கள் அல்லது துணைக் குடும்பங்கள். MobiDB என்பது புரதங்களில் உள்ள உள்ளார்ந்த கோளாறுகளை விவரிக்கும் தரவுத்தளமாகும். பாந்தர் என்பது புரதக் குடும்பங்களின் ஒரு பெரிய தொகுப்பாகும், அவை மனித நிபுணத்துவத்தைப் பயன்படுத்தி செயல்பாட்டுடன் தொடர்புடைய துணைக் குடும்பங்களாகப் பிரிக்கப்பட்டுள்ளன. இந்த துணைக் குடும்பங்கள் புரதக் குடும்பங்களுக்குள் குறிப்பிட்ட செயல்பாடுகளின் வேறுபாட்டை மாதிரியாகக் கொண்டுள்ளன, இது செயல்பாட்டுடன் மிகவும் துல்லியமான தொடர்பை அனுமதிக்கிறது (மனித-தொகுக்கப்பட்ட மூலக்கூறு செயல்பாடு மற்றும் உயிரியல் செயல்முறை வகைப்பாடுகள் மற்றும் பாதை வரைபடங்கள்), அத்துடன் செயல்பாட்டு குறிப்பிட்ட தன்மைக்கு முக்கியமான அமினோ அமிலங்களின் அனுமானம். மறைக்கப்பட்ட மார்கோவ் மாதிரிகள் (எச். எம். எம்) ஒவ்வொரு குடும்பம் மற்றும் துணைக்குடும்பத்திற்கும் கூடுதல் புரத வரிசைகளை வகைப்படுத்துவதற்காக கட்டப்பட்டுள்ளன. பிஃபாம் என்பது பல பொதுவான புரத களங்கள் மற்றும் குடும்பங்களை உள்ளடக்கிய பல வரிசை சீரமைப்புகள் மற்றும் மறைக்கப்பட்ட மார்கோவ் மாதிரிகளின் பெரிய தொகுப்பாகும். பி. ஐ. ஆர். எஸ். எஃப் புரத வகைப்பாடு அமைப்பு என்பது சூப்பர் குடும்பங்கள் முதல் துணை குடும்பங்கள் வரை பல நிலை வரிசை பன்முகத்தன்மையைக் கொண்ட ஒரு வலையமைப்பாகும், இது முழு நீள புரதங்கள் மற்றும் களங்களின் பரிணாம உறவை பிரதிபலிக்கிறது. முதன்மை பி. ஐ. ஆர். எஸ். எஃப் வகைப்பாட்டு அலகு ஹோமியோமார்பிக் குடும்பமாகும், அதன் உறுப்பினர்கள் ஒரே மாதிரியானவர்கள் (ஒரு பொதுவான மூதாதையரிடமிருந்து உருவானது) மற்றும் ஹோமியோமார்பிக் (முழு நீள வரிசை ஒற்றுமை மற்றும் ஒரு பொதுவான கள கட்டமைப்பைப் பகிர்ந்து கொள்கிறார்கள்). பிரிண்ட்ஸ் பிரிண்ட்ஸ் என்பது புரத கைரேகைகளின் தொகுப்பாகும். கைரேகை என்பது ஒரு புரதக் குடும்பத்தை வகைப்படுத்தப் பயன்படுத்தப்படும் பாதுகாக்கப்பட்ட மையக்கருத்துக்களின் குழுவாகும்; அதன் நோயறிதல் சக்தி யூனிபிரோட்டின் மறுசுழற்சி ஸ்கேனிங் மூலம் சுத்திகரிக்கப்படுகிறது. வழக்கமாக மையக்கருத்துக்கள் ஒன்றுடன் ஒன்று இணைவதில்லை, ஆனால் அவை ஒரு வரிசையில் பிரிக்கப்படுகின்றன, இருப்பினும் அவை 3D-இடத்தில் தொடர்ச்சியாக இருக்கலாம். கைரேகைகள் புரத மடிப்புகள் மற்றும் செயல்பாடுகளை ஒற்றை மையக்கருத்துக்களை விட நெகிழ்வாகவும் சக்திவாய்ந்ததாகவும் குறியாக்கம் செய்ய முடியும், அவற்றின் முழு நோயறிதல் ஆற்றல் மையக்கருத்து அண்டை நாடுகளால் வழங்கப்படும் பரஸ்பர சூழலில் இருந்து பெறப்படுகிறது. PROSITE PROSITE என்பது புரதக் குடும்பங்கள் மற்றும் களங்களின் தரவுத்தளமாகும். இது உயிரியல் ரீதியாக குறிப்பிடத்தக்க தளங்கள், வடிவங்கள் மற்றும் சுயவிவரங்களைக் கொண்டுள்ளது, இது ஒரு புதிய வரிசை எந்த அறியப்பட்ட புரதக் குடும்பத்தைச் சேர்ந்தது (ஏதேனும் இருந்தால்) என்பதை நம்பகத்தன்மையுடன் அடையாளம் காண உதவுகிறது. ஸ்மார்ட் எளிய மாடுலர் கட்டிடக்கலை ஆராய்ச்சி கருவி மரபணு ரீதியாக மொபைல் களங்களின் அடையாளம் மற்றும் சிறுகுறிப்பு மற்றும் கள கட்டமைப்புகளின் பகுப்பாய்வு ஆகியவற்றை அனுமதிக்கிறது. சிக்னலிங், எக்ஸ்ட்ரா செல்லுலார் மற்றும் குரோமாட்டின் தொடர்பான புரதங்களில் காணப்படும் 800 க்கும் மேற்பட்ட டொமைன் குடும்பங்கள் கண்டறியக்கூடியவை. இந்த களங்கள் பைலெடிக் விநியோகங்கள், செயல்பாட்டு வகுப்பு, மூன்றாம் நிலை கட்டமைப்புகள் மற்றும் செயல்பாட்டு முக்கியத்துவம் வாய்ந்த எச்சங்கள் குறித்து விரிவாக குறிப்பிடப்படுகின்றன. சூப்பர்ஃபேமிலி என்பது அறியப்பட்ட கட்டமைப்பின் அனைத்து புரதங்களையும் பிரதிநிதித்துவப்படுத்தும் சுயவிவர மறைக்கப்பட்ட மார்கோவ் மாதிரிகளின் நூலகமாகும். நூலகம் புரதங்களின் எஸ். சி. ஓ. பி வகைப்பாட்டை அடிப்படையாகக் கொண்டதுஃ ஒவ்வொரு மாதிரியும் ஒரு எஸ். சி. ஓ. பி களத்துடன் ஒத்திருக்கிறது மற்றும் களத்தைச் சேர்ந்த முழு எஸ். சி. ஓ. பி சூப்பர் குடும்பத்தையும் பிரதிநிதித்துவப்படுத்துவதை நோக்கமாகக் கொண்டுள்ளது. முற்றிலும் வரிசைப்படுத்தப்பட்ட அனைத்து மரபணுக்களுக்கும் கட்டமைப்பு பணிகளை மேற்கொள்ள சூப்பர்ஃபேமிலி பயன்படுத்தப்பட்டுள்ளது. எஸ். எஃப். எல். டி என்பது என்சைம்களின் படிநிலை வகைப்பாடு, இது குறிப்பிட்ட வரிசை-கட்டமைப்பு அம்சங்களை குறிப்பிட்ட இரசாயன திறன்களுடன் தொடர்புபடுத்துகிறது. TIGRFAM இன் TIGRFAM என்பது புரதக் குடும்பங்களின் தொகுப்பாகும், இது தொகுக்கப்பட்ட பல வரிசை சீரமைப்புகள், மறைக்கப்பட்ட மார்கோவ் மாதிரிகள் (HMM கள்) மற்றும் சிறுகுறிப்பு ஆகியவற்றைக் கொண்டுள்ளது, இது வரிசை ஒத்த தன்மையின் அடிப்படையில் செயல்பாட்டு தொடர்பான புரதங்களை அடையாளம் காண ஒரு கருவியை வழங்குகிறது. செயல்பாட்டைப் பொறுத்தவரை பாதுகாக்கப்படும் "சமமான" குழு ஒத்த புரதங்கள் கொண்ட அந்த உள்ளீடுகள். தரவு வகைகள் இன்டர்ப்ரோ கூட்டமைப்பின் வெவ்வேறு உறுப்பினர்களால் வழங்கப்பட்ட ஏழு வகையான தரவுகளைக் கொண்டுள்ளதுஃ இன்டர்ப்ரோ நுழைவு வகைகள் இன்டர்ப்ரோ உள்ளீடுகளை மேலும் ஐந்து வகைகளாகப் பிரிக்கலாம்ஃ ஹோமோலோகஸ் சூப்பர்ஃபேமிலிஃ அவற்றின் கட்டமைப்பு ஒற்றுமைகளில் காணப்படுவது போல் பொதுவான பரிணாம தோற்றத்தைப் பகிர்ந்து கொள்ளும் புரதங்களின் குழு, அவற்றின் வரிசைகள் மிகவும் ஒத்ததாக இல்லாவிட்டாலும் கூட. இந்த உள்ளீடுகள் குறிப்பாக இரண்டு உறுப்பினர் தரவுத்தளங்களால் மட்டுமே வழங்கப்படுகின்றனஃ கேத்-ஜீன்3டி மற்றும் சூப்பர்ஃபேமிலி. குடும்பம்ஃ கட்டமைப்பு ஒற்றுமைகள், தொடர்புடைய செயல்பாடுகள் அல்லது வரிசை ஒத்திசைவு மூலம் தீர்மானிக்கப்படும் பொதுவான பரிணாம தோற்றத்தைக் கொண்ட புரதங்களின் குழு. களம்ஃ ஒரு குறிப்பிட்ட செயல்பாடு, அமைப்பு அல்லது வரிசையுடன் ஒரு புரதத்தில் ஒரு தனித்துவமான அலகு. மீண்டும் செய்யவும்ஃ அமினோ அமிலங்களின் வரிசை, பொதுவாக 50 அமினோ அமிலங்களுக்கு மேல் இல்லை, இது ஒரு புரதத்தில் பல முறை மீண்டும் மீண்டும் நிகழ்கிறது. தளம்ஃ குறைந்தபட்சம் ஒரு அமினோ அமிலம் பாதுகாக்கப்படும் அமினோ அமிலங்களின் குறுகிய வரிசை. மொழிபெயர்ப்புக்கு பிந்தைய திருத்த தளங்கள், பாதுகாக்கப்பட்ட தளங்கள், பிணைப்பு தளங்கள் மற்றும் செயலில் உள்ள தளங்கள் ஆகியவை இதில் அடங்கும். அணுகல் தரவுத்தளம் ஒரு வலை சேவையகம் வழியாக உரை மற்றும் வரிசை அடிப்படையிலான தேடல்களுக்கும், அநாமதேய எஃப்டிபி வழியாக பதிவிறக்கத்திற்கும் கிடைக்கிறது. மற்ற ஈபிஐ தரவுத்தளங்களைப் போலவே, இது பொது களத்தில் உள்ளது, ஏனெனில் அதன் உள்ளடக்கத்தை "எந்தவொரு தனிநபரும் எந்த நோக்கத்திற்காகவும்" பயன்படுத்தலாம். இன்டர்ப்ரோ ஒவ்வொரு 8 வாரங்களுக்கும் தரவை பொதுமக்களுக்கு வெளியிடுவதை நோக்கமாகக் கொண்டுள்ளது, பொதுவாக யூனிப்ரோட்கேபி அதே புரதங்களை வெளியிட்ட ஒரு நாளுக்குள். இன்டர்ப்ரோ பயன்பாட்டு நிரலாக்க இடைமுகம் (ஏபிஐ) இன்டர்ப்ரோ அனைத்து இன்டர்ப்ரோ உள்ளீடுகளுக்கும் அவற்றின் தொடர்புடைய உள்ளீடுகளுக்கும் ஜெசன் வடிவத்தில் நிரலாக்க அணுகலுக்கான ஏபிஐ-ஐ வழங்குகிறது. பல்வேறு இன்டர்ப்ரோ தரவு வகைகளுடன் தொடர்புடைய ஏபிஐக்கு ஆறு முக்கிய இறுதிப் புள்ளிகள் உள்ளனஃ நுழைவு, புரதம், கட்டமைப்பு, வகைபிரித்தல், புரோட்டியோம் மற்றும் செட். இன்டர்ப்ரோஸ்கேன் இன்டர்ப்ரோஸ்கேன் என்பது ஒரு மென்பொருள் தொகுப்பாகும், இது உறுப்பினர்களின் தரவுத்தள கையொப்பங்களுக்கு எதிராக காட்சிகளை ஸ்கேன் செய்ய பயனர்களை அனுமதிக்கிறது. பயனர்கள் இந்த கையொப்ப ஸ்கேனிங் மென்பொருளைப் பயன்படுத்தி புதிய நியூக்ளியோடைடு அல்லது புரத வரிசைகளை செயல்பாட்டு ரீதியாக வகைப்படுத்தலாம். ஆர்வமுள்ள மரபணுவின் "முதல்-பாஸ்" குணாதிசயத்தைப் பெறுவதற்காக இன்டர்ப்ரோஸ்கேன் மரபணு திட்டங்களில் அடிக்கடி பயன்படுத்தப்படுகிறது. இன்டர்ப்ரோஸ்கானின் (v5. x) பொதுப் பதிப்பு ஜாவா அடிப்படையிலான கட்டமைப்பைப் பயன்படுத்துகிறது. மென்பொருள் தொகுப்பு தற்போது 64-பிட் லினக்ஸ் இயக்க முறைமையில் மட்டுமே ஆதரிக்கப்படுகிறது. இன்டர்ப்ரோஸ்கேன், பல ஈ. எம். பி. எல்-ஈ. பி. ஐ பயோ இன்ஃபர்மேட்டிக்ஸ் கருவிகளுடன், ரெஸ்ட்ஃபுல் மற்றும் எஸ். ஓ. ஏ. பி வலை சேவைகள் ஏபிஐகளைப் பயன்படுத்தி நிரலாக்க ரீதியாக அணுகலாம். அறியப்படாத செயல்பாட்டின் புரோட்டீன் குடும்ப களத்தையும் பார்க்கவும் வரிசை மையக்கருத்து குறிப்புகள் வெளிப்புற இணைப்புகள்-வெப் சர்வர் உயிரியல் தரவுத்தளங்கள் புரோட்டீன் வகைப்பாடு கேம்பிரிட்ஜ்ஷைர் தெற்கு கேம்பிரிட்ஜ்ஷைர் மாவட்டத்தில் அறிவியல் மற்றும் தொழில்நுட்பம்