Integrative bioinformatics
ஒருங்கிணைந்த உயிர் தகவலியல் என்பது உயிர் அறிவியலுக்கான தரவு ஒருங்கிணைப்பின் சிக்கல்களில் கவனம் செலுத்தும் உயிர் தகவலியல் துறையாகும். வாழ்க்கை அறிவியலில், குறிப்பாக மூலக்கூறு உயிரியலில் உயர்-செயல்திறன் (எச். டி. பி) தொழில்நுட்பங்களின் எழுச்சியுடன், சேகரிக்கப்பட்ட தரவுகளின் அளவு அதிவேக முறையில் வளர்ந்துள்ளது. மேலும், தரவுகள் பொது மற்றும் தனியார் களஞ்சியங்களில் சிதறிக்கிடக்கின்றன, மேலும் அவை ஏராளமான வெவ்வேறு வடிவங்களைப் பயன்படுத்தி சேமிக்கப்படுகின்றன. இந்த நிலைமை இந்த தரவுகளைத் தேடுவதற்கும், கிடைக்கக்கூடிய தரவுகளின் முழுமையான தொகுப்பிலிருந்து புதிய அறிவைப் பெறுவதற்குத் தேவையான பகுப்பாய்வைச் செய்வதற்கும் மிகவும் கடினமாக உள்ளது. ஒருங்கிணைந்த உயிர் தகவலியல் வாழ்க்கை அறிவியல் தரவுகளுக்கு ஒருங்கிணைந்த அணுகலை வழங்குவதன் மூலம் இந்த சிக்கலைச் சமாளிக்க முயற்சிக்கிறது. சொற்பொருள் வலை அணுகுமுறைகள் சொற்பொருள் வலை அணுகுமுறையில், பல வலைத்தளங்கள் அல்லது தரவுத்தளங்களிலிருந்து தரவு மெட்டாடேட்டா வழியாக தேடப்படுகிறது. மெட்டாடேட்டா என்பது இயந்திரத்தால் படிக்கக்கூடிய குறியீடாகும், இது நிரலுக்கான பக்கத்தின் உள்ளடக்கங்களை வரையறுக்கிறது, இதனால் தரவுகளுக்கும் தேடல் சொற்களுக்கும் இடையிலான ஒப்பீடுகள் மிகவும் துல்லியமாக இருக்கும். இது பொருத்தமற்ற அல்லது பயனற்ற முடிவுகளின் எண்ணிக்கையைக் குறைக்க உதவுகிறது. சில மெட்டா தரவு ஆன்டாலஜிகள் எனப்படும் வரையறைகளாக உள்ளது, அவை பயனர்கள் அல்லது நிரல்களால் குறிக்கப்படலாம்; இவை தரவைக் கண்டுபிடித்து திருப்பித் தருவதற்கு முக்கிய சொற்கள் அல்லது சொற்றொடர்களைப் பயன்படுத்துவதன் மூலம் தேடல்களை எளிதாக்க உதவுகின்றன. இந்த அணுகுமுறையின் நன்மைகள் தேடல்களில் திரும்பிய தரவின் பொதுவான அதிகரித்த தரம் மற்றும் சரியான குறிச்சொல்லுடன், தேடல் சொல்லை வெளிப்படையாகக் குறிப்பிடாத ஆனால் இன்னும் பொருத்தமான உள்ளீடுகளைக் கண்டுபிடிக்கும் ஆன்டாலஜிகள் ஆகியவை அடங்கும். இந்த அணுகுமுறையின் ஒரு குறைபாடு என்னவென்றால், திருப்பி அனுப்பப்படும் முடிவுகள் அவற்றின் தோற்றத்தின் தரவுத்தளத்தின் வடிவத்தில் வருகின்றன, எனவே, நேரடி ஒப்பீடுகள் கடினமாக இருக்கலாம். மற்றொரு சிக்கல் என்னவென்றால், குறிச்சொல் மற்றும் தேடலில் பயன்படுத்தப்படும் சொற்கள் சில நேரங்களில் தெளிவற்றதாக இருக்கலாம் மற்றும் முடிவுகளிடையே குழப்பத்தை ஏற்படுத்தலாம். கூடுதலாக, சொற்பொருள் வலை அணுகுமுறை இன்னும் வளர்ந்து வரும் தொழில்நுட்பமாகக் கருதப்படுகிறது மற்றும் இந்த நேரத்தில் பரந்த அளவிலான பயன்பாட்டில் இல்லை. உயிரியல் மருத்துவ அறிவியலில் ஆன்டாலஜி அடிப்படையிலான தேடலின் தற்போதைய பயன்பாடுகளில் ஒன்று கோபப்மெட் ஆகும், இது அறிவியல் இலக்கியத்தின் பப்மெட் தரவுத்தளத்தைத் தேடுகிறது. ஆன்டாலஜிகளின் மற்றொரு பயன்பாடு சுவிஸ்பிரோட், என்செம்பிள் மற்றும் டிரெம்பிஎல் போன்ற தரவுத்தளங்களுக்குள் உள்ளது, அவை இந்த தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்தி மனித புரோட்டியோம் தொடர்பான தரவுகளின் கடைகளில் தேடல் சொல் தொடர்பான குறிச்சொற்களைத் தேடுகின்றன. இந்தத் துறையில் சில ஆராய்ச்சிகள் புதிய மற்றும் குறிப்பிட்ட ஆன்டாலஜிகளை உருவாக்குவதில் கவனம் செலுத்தியுள்ளன. தற்போதுள்ள ஆன்டாலஜிகளின் முடிவுகளை சரிபார்க்க மற்ற ஆராய்ச்சியாளர்கள் பணியாற்றியுள்ளனர். ஒரு குறிப்பிட்ட எடுத்துக்காட்டில், வெர்செல்டே மற்றும் பலரின் குறிக்கோள். பல்வேறு துணை சிறப்புகளின் (மருத்துவம், மூலக்கூறு உயிரியல் போன்றவை) அதிக வரையறைகளைக் கொண்ட ஒரு பெரிய நூலகமாக பல்வேறு ஆன்டாலஜி நூலகங்களை ஒருங்கிணைத்தது. மேலும் தெளிவற்ற குறிச்சொற்களை வேறுபடுத்திக் காட்ட முடிந்தது; இதன் விளைவாக ஆன்டாலஜிகளைப் பயன்படுத்துவதன் மூலம் பல தரவுத்தளங்களுக்கு எளிதாக அணுகக்கூடிய ஒரு தரவு-வேர்ஹவுஸ் போன்ற விளைவு ஏற்பட்டது. ஒரு தனி திட்டத்தில், பெர்டன்ஸ் மற்றும் பலர். பொதுவான உறுப்புகளின் புதிய கட்டமைப்பான ஆன்டாலஜி மீது மூன்று ஆன்டாலஜிகளின் (உடற்கூறியல் மற்றும் மாதிரி உயிரினங்களின் வளர்ச்சிக்கு) ஒரு லட்டிஸ் வேலையை உருவாக்கினார். எடுத்துக்காட்டாக, இந்த ஆன்டாலஜியில் 'இதயம்' தேடலின் முடிவுகள் ஆன்டாலஜிகள் சேர்க்கப்பட்ட ஒவ்வொரு முதுகெலும்புள்ள உயிரினங்களுக்கும் இதயத் திட்டங்களைத் திருப்பித் தரும். ஒப்பீட்டு மற்றும் பரிணாம ஆய்வுகளை எளிதாக்குவதே திட்டத்தின் கூறப்பட்ட குறிக்கோள். தரவுக் கிடங்கு அணுகுமுறைகள் தரவுக் கிடங்கு உத்தியில், வெவ்வேறு மூலங்களிலிருந்து தரவு பிரித்தெடுக்கப்பட்டு ஒரே தரவுத்தளத்தில் ஒருங்கிணைக்கப்படுகிறது. எடுத்துக்காட்டாக, உயிரியல் அமைப்புகளில் உயிரியல் நுண்ணறிவுகளை வழங்க பல்வேறு 'ஓமிக்ஸ்' தரவுத்தொகுப்புகள் ஒருங்கிணைக்கப்படலாம். மரபியல், டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக்ஸ், புரோட்டியோமிக்ஸ், இன்டராக்டோமிக்ஸ், மெட்டபாலமிக்ஸ் ஆகியவற்றின் தரவு எடுத்துக்காட்டுகளில் அடங்கும். வெறுமனே, இந்த ஆதாரங்களில் ஏற்படும் மாற்றங்கள் ஒருங்கிணைந்த தரவுத்தளத்துடன் தொடர்ந்து ஒத்திசைக்கப்படுகின்றன. தரவு ஒரு பொதுவான வடிவத்தில் பயனர்களுக்கு வழங்கப்படுகிறது. இத்தகைய கிடங்குகளை உருவாக்க உதவுவதை நோக்கமாகக் கொண்ட பல திட்டங்கள் பல்வேறு ஆராய்ச்சி திட்டங்களில் செயல்படுத்த அனுமதிக்கும் வகையில் மிகவும் பன்முகத்தன்மையுடன் வடிவமைக்கப்பட்டுள்ளன. இந்த அணுகுமுறையின் ஒரு நன்மை என்னவென்றால், தரவு ஒரே தளத்தில் பகுப்பாய்விற்கு கிடைக்கிறது, ஒரு சீரான திட்டத்தைப் பயன்படுத்துகிறது. சில குறைபாடுகள் என்னவென்றால், தரவுத்தொகுப்புகள் பெரும்பாலும் பெரியவை மற்றும் புதுப்பித்த நிலையில் வைத்திருப்பது கடினம். இந்த முறையின் மற்றொரு சிக்கல் என்னவென்றால், அத்தகைய கிடங்கைத் தொகுப்பது விலை உயர்ந்தது. புரோட்டியோமிக்ஸ் தரநிலைகள் முன்முயற்சி (பிஎஸ்ஐ) போன்ற குழுக்களின் செல்வாக்கின் காரணமாக பல்வேறு வகையான தரவுகளுக்கான தரப்படுத்தப்பட்ட வடிவங்கள் (எடுத்துக்காட்டாகஃ புரதத் தரவு) இப்போது உருவாகி வருகின்றன. சில தரவுக் கிடங்கு திட்டங்களுக்கு இந்த புதிய வடிவங்களில் ஒன்றில் தரவை சமர்ப்பிக்க வேண்டும். பிற அணுகுமுறைகள் தரவுச் சுரங்கம் தற்போதுள்ள தரவுகளில் உள்ள வடிவங்களைத் தேட புள்ளிவிவர முறைகளைப் பயன்படுத்துகிறது. இந்த முறை பொதுவாக பல வடிவங்களைத் தருகிறது, அவற்றில் சில போலியானவை மற்றும் சில குறிப்பிடத்தக்கவை, ஆனால் நிரல் கண்டுபிடிக்கும் அனைத்து வடிவங்களும் தனித்தனியாக மதிப்பீடு செய்யப்பட வேண்டும். தற்போது, சில ஆராய்ச்சிகள் தற்போதுள்ள தரவு சுரங்க நுட்பங்களை புதுமையான முறை பகுப்பாய்வு முறைகளுடன் இணைப்பதில் கவனம் செலுத்துகின்றன, இது ஆரம்ப நிரலால் கண்டறியப்பட்ட ஒவ்வொரு வடிவத்திற்கும் மேலாக நேரத்தை செலவிட வேண்டியதன் அவசியத்தைக் குறைக்கிறது, ஆனால் அதற்கு பதிலாக, பொருத்தத்தின் அதிக சாத்தியக்கூறுகளுடன் ஒரு சில முடிவுகளைத் தருகிறது. இந்த அணுகுமுறையின் ஒரு குறைபாடு என்னவென்றால், இது பல தரவுத்தளங்களை ஒருங்கிணைக்கவில்லை, அதாவது தரவுத்தளங்களில் உள்ள ஒப்பீடுகள் சாத்தியமில்லை. இந்த அணுகுமுறையின் முக்கிய நன்மை என்னவென்றால், இது புதிய கருதுகோள்களை உருவாக்குவதற்கு அனுமதிக்கிறது. மேலும் காண்க உயிரியல் தரவுத்தள உயிரியல் தரவு காட்சிப்படுத்தல் இன்டர்மைன்-ஒரு திறந்த மூல உயிரியல் தரவு கிடங்கு அமைப்பு குறிப்புகள் வெளிப்புற இணைப்புகள் ஒருங்கிணைந்த உயிர் தகவலியல் இதழ் ஐ. எம். பி. ஓ கோபப்மெட் பி. எம். சி உயிர் தகவலியல் நெதர்லாந்து உயிர் தகவலியல் மையம் உயிர் தகவலியல்