Allele-specific oligonucleotide
ஒரு அல்லீல்-குறிப்பிட்ட ஒலிகோ நியூக்ளியோடைடு (ஏஎஸ்ஓ) என்பது ஒரு மாறி இலக்கு டிஎன்ஏவின் வரிசைக்கு நிரப்பு செயற்கை டிஎன்ஏவின் ஒரு குறுகிய துண்டு ஆகும். இது ஒரு தெற்கு புள்ளி மதிப்பீட்டில் இலக்கு இருப்பதற்கான ஒரு ஆய்வாக செயல்படுகிறது அல்லது, பொதுவாக, எளிய புள்ளி புள்ளி மதிப்பீட்டில் செயல்படுகிறது. இது மரபணு சோதனை, தடயவியல் மற்றும் மூலக்கூறு உயிரியல் ஆராய்ச்சியில் பயன்படுத்தப்படும் ஒரு பொதுவான கருவியாகும். ஒரு ASO என்பது பொதுவாக 15-21 நியூக்ளியோடைடு தளங்களின் நீளத்தைக் கொண்ட ஒரு ஒலிகோ நியூக்ளியோடைடு ஆகும். இது டிஎன்ஏவின் ஒரு பதிப்பு அல்லது அல்லீல் மட்டுமே சோதிக்கப்படுவதற்கு குறிப்பிட்டதாக இருக்கும் வகையில் வடிவமைக்கப்பட்டுள்ளது (மற்றும் பயன்படுத்தப்படுகிறது). ஏஎஸ்ஓவின் நீளம், அது எந்த இழையிலிருந்து தேர்ந்தெடுக்கப்படுகிறது, மேலும் அது இலக்கு டிஎன்ஏவுடன் பிணைக்கப்பட்டிருக்கும் (மற்றும் கழுவப்படும்) நிலைமைகள் அனைத்தும் அதன் தனித்துவத்தில் ஒரு பங்கைக் கொண்டுள்ளன. இந்த ஆய்வுகள் பொதுவாக இலக்கின் மரபணு வரிசையில் 1 அடிப்படை வரை வித்தியாசத்தைக் கண்டறிய வடிவமைக்கப்படலாம், இது ஒற்றை-நியூக்ளியோடைடு பாலிமார்பிசம்களின் (எஸ். என். பி) மதிப்பீட்டில் ஒரு அடிப்படை திறன், மரபணு வகை பகுப்பாய்வு மற்றும் மனித மரபணு திட்டத்தில் முக்கியமானது. அதன் இலக்குடன் பிணைக்கப்பட்ட பிறகு கண்டறியப்படுவதற்கு, ஏஎஸ்ஓ ஒரு கதிரியக்க, நொதி அல்லது ஒளிரும் குறிச்சொல்லுடன் பெயரிடப்பட வேண்டும். இலுமினா மெத்திலேஷன் மதிப்பீட்டு தொழில்நுட்பம் ஒரு குறிப்பிட்ட சிபிஜி தளத்தில் மெத்திலேஷனை அளவிடுவதற்கு ஒரு அடிப்படை ஜோடி வேறுபாட்டை (சைட்டோசின் மற்றும் தைமின்) கண்டறிய ஏஎஸ்ஓவைப் பயன்படுத்துகிறது. எடுத்துக்காட்டு மனித நோய் அரிவாள் செல் இரத்த சோகை என்பது இரத்த புரதமான பீட்டா-ஹீமோகுளோபினின் ஆறாவது அமினோ அமிலத்திற்கான கோடானில் உள்ள மரபணு மாற்றத்தால் ஏற்படுகிறது. அமினோ அமில குளூட்டமேட்டுக்கான சாதாரண டிஎன்ஏ வரிசை ஜி-ஏ-ஜி குறியீடுகள், அதே நேரத்தில் பிறழ்வு நடுத்தர அடினைனை ஒரு தைமினாக மாற்றுகிறது, இது ஜி-டி-ஜி (எம்ஆர்என்ஏவில் ஜி-யு-ஜி) வரிசைக்கு வழிவகுக்கிறது. இந்த மாற்றப்பட்ட வரிசை ஒரு வாலினை இறுதி புரதமாக மாற்றுகிறது, அதன் கட்டமைப்பை சிதைக்கிறது. ஒரு டிஎன்ஏ மாதிரியில் பிறழ்வு இருப்பதை சோதிக்க, ஒரு ஏஎஸ்ஓ ஆய்வு மாற்றப்பட்ட வரிசைக்கு நிரப்பு செய்ய ஒருங்கிணைக்கப்படும், இங்கே "எஸ்" என்று பெயரிடப்பட்டுள்ளது. ஒரு கட்டுப்பாட்டாக, மற்றொரு ஏஎஸ்ஓ சாதாரண வரிசை "ஏ" க்கு ஒருங்கிணைக்கப்படும். ஒவ்வொரு ஏஎஸ்ஓவும் அதன் இலக்கு வரிசைக்கு முழுமையாக நிரப்பு (மற்றும் வலுவாக பிணைக்கும்), ஆனால் அதன் இலக்கு அல்லாத அல்லீலுக்கு எதிராக ஒற்றை பொருந்தாத தன்மையைக் கொண்டுள்ளது (பலவீனமான தொடர்புக்கு வழிவகுக்கிறது). முதல் வரைபடம் "எஸ்" ஆய்வு எவ்வாறு "எஸ்" இலக்கை (மேல்) முழுமையாக பூர்த்தி செய்கிறது என்பதைக் காட்டுகிறது, ஆனால் "ஏ" இலக்கை (கீழ்) ஓரளவு பொருந்தவில்லை. மாதிரி டிஎன்ஏ (களில்) உள்ள பீட்டா-ஹீமோகுளோபின் மரபணுக்களின் ஒரு பகுதி பிசிஆர் மூலம் பெருக்கப்படும், இதன் விளைவாக வரும் தயாரிப்புகள் ஆதரவு சவ்வுகளை டாட் புள்ளிகளாக நகலெடுக்க பயன்படுத்தப்படும். மாதிரியின் டிஎன்ஏ இழைகள் காரத்தால் பிரிக்கப்படுகின்றன, மேலும் ஒவ்வொரு ஏஎஸ்ஓ ஆய்வும் வெவ்வேறு புள்ளியில் பயன்படுத்தப்படுகிறது. கலப்பினமயமாக்கலுக்குப் பிறகு, ஒரு சலவை நெறிமுறை பயன்படுத்தப்படுகிறது, இது முழுமையாக நிரப்பு மற்றும் பொருந்தாத கலப்பினங்களுக்கு இடையில் வேறுபடுகிறது. பொருந்தாத ஏஎஸ்ஓக்கள் புள்ளிகளிலிருந்து கழுவப்படுகின்றன, அதே நேரத்தில் பொருந்திய ஏஎஸ்ஓக்கள் (மற்றும் அவற்றின் லேபிள்கள்) உள்ளன. இரண்டாவது வரைபடத்தில், பெருக்கப்பட்ட டிஎன்ஏவின் ஆறு மாதிரிகள் இரண்டு புள்ளிகள் ஒவ்வொன்றிற்கும் பயன்படுத்தப்பட்டுள்ளன. கழுவிய பிறகு எஞ்சியிருக்கும் ஏஎஸ்ஓ லேபிளைக் கண்டறிவது மாதிரிகளின் மரபணு வகையை நேரடியாகப் படிக்க அனுமதிக்கிறது, ஒவ்வொன்றும் பீட்டா-ஹீமோகுளோபின் மரபணுவின் இரண்டு நகல்களுடன். மாதிரிகள் 1 மற்றும் 4 சாதாரண "ஏ" அல்லீல்களை மட்டுமே கொண்டுள்ளன, அதே நேரத்தில் மாதிரிகள் 3 மற்றும் 5 "ஏ" மற்றும் "எஸ்" அல்லீல்கள் இரண்டையும் கொண்டுள்ளன (எனவே இந்த பின்னடைவு பிறழ்வின் பன்முகத்தன்மை கொண்ட கேரியர்கள்). மாதிரிகள் 2 மற்றும் 6 இல் "எஸ்" அல்லீல் மட்டுமே உள்ளது, மேலும் அவை நோயால் பாதிக்கப்படும். காட்டப்படும் சிறிய அளவிலான 'குறுக்கு கலப்பினமயமாக்கல்' பொதுவானது, மேலும் இறுதி முடிவுகளை விளக்கும் செயல்பாட்டில் இது கருதப்படுகிறது. மாற்று ASO பகுப்பாய்வு என்பது மரபணு பன்முகத்தன்மையைக் கண்டறியப் பயன்படுத்தப்படும் முறைகளில் ஒன்றாகும். நேரடி டிஎன்ஏ வரிசைமுறை ஆரம்பத்தில் பிறழ்வை வகைப்படுத்த பயன்படுத்தப்படுகிறது, ஆனால் வழக்கமான திரையிடலுக்கு மிகவும் கடினமாக உள்ளது. முந்தைய முறை, ரெஸ்ட்ரிக்ஷன் ஃப்ராக்மென்ட் லெங்த் பாலிமார்பிசம் (ஆர். எஃப். எல். பி) வரிசை மாற்றத்தை முன்கூட்டியே தெரிந்து கொள்ள வேண்டிய அவசியமில்லை, ஆனால் பிறழ்வு ஒரு ரெஸ்ட்ரிக்ஷன் என்சைமின் பிளவு தளத்தை பாதிக்க வேண்டும். ஆர். எஃப். எல். பி மதிப்பீடு ஒலிகோ நியூக்ளியோடைடு ஆய்வுகளின் பயன்பாட்டிற்கு சுருக்கமாக மாற்றியமைக்கப்பட்டது, ஆனால் இந்த நுட்பம் பாலிமரேஸ் சங்கிலி எதிர்வினை (பி. சி. ஆர்) பெருக்கப்பட்ட டிஎன்ஏவின் ஏஎஸ்ஓ பகுப்பாய்வு மூலம் விரைவாக மாற்றப்பட்டது. பி. சி. ஆர் நுட்பமே பாலிமார்பிசம்களைக் கண்டறிய அல்லீல்-குறிப்பிட்ட பி. சி. ஆர் ஆக மாற்றியமைக்கப்பட்டுள்ளது. இருப்பினும், ஒருங்கிணைந்த பி. சி. ஆர்/ஏஎஸ்ஓ முறையின் எளிமை மற்றும் பன்முகத்தன்மை கதிரியக்கம் அல்லாத லேபிள்கள் உட்பட அதன் தொடர்ச்சியான பயன்பாட்டிற்கு வழிவகுத்துள்ளது, மேலும் ஏஎஸ்ஓ ஆய்வுகள் சவ்வுடன் பிணைக்கப்பட்டிருக்கும் மற்றும் பெருக்கப்பட்ட மாதிரி டிஎன்ஏ கலப்பினத்திற்கு பயன்படுத்தப்படும் "ரிவர்ஸ் டாட் பிளாட்" வடிவத்தில். மரபணு வரிசை மாறுபாடுகளுக்கான குறிப்பிட்ட ஆய்வுகளாக செயற்கை ஒலிகோனியூக்ளியோடைடுகளைப் பயன்படுத்துவது கலிபோர்னியாவின் டுவார்ட்டில் உள்ள சிட்டி ஆஃப் ஹோப் தேசிய மருத்துவ மையத்தில் பணிபுரியும் ஆர். புரூஸ் வாலஸால் முன்னோடியாக இருந்தது. 1979 ஆம் ஆண்டில் வாலஸ் மற்றும் அவரது சக ஊழியர்கள் ஒரு ஒற்றை இழையுள்ள பாக்டீரியா வைரஸின் மாறுபாடுகளைக் கண்டறிய ஏஎஸ்ஓ ஆய்வுகளைப் பயன்படுத்துவதாக தெரிவித்தனர், பின்னர் மனித மரபணுக்களை குளோன் செய்ய நுட்பத்தைப் பயன்படுத்தினர். 1983 மற்றும் 1985 ஆம் ஆண்டுகளில் வாலஸின் ஆய்வகம் முழு மரபணு டி. என். ஏ மாதிரிகளில் அரிவாள் செல் இரத்த சோகைக்கான பிறழ்வைக் கண்டறிந்ததாக அறிவித்தது, இருப்பினும் இந்த பயன்பாடு ஏஎஸ்ஓ கொண்டு செல்லக்கூடிய சிறிய அளவிலான லேபிளால் பாதிக்கப்பட்டது. அதிர்ஷ்டவசமாக பி. சி. ஆர், டிஎன்ஏவின் ஒரு குறிப்பிட்ட பகுதியை பெரிதும் பெருக்கும் ஒரு முறை, 1985 இல் தெரிவிக்கப்பட்டது. ஒரு வருடத்திற்குள் பி. சி. ஆர் ஏஎஸ்ஓ பகுப்பாய்வுடன் இணைக்கப்பட்டது. இலக்கு டிஎன்ஏவின் அளவை ஒரு மில்லியன் மடங்குக்கு மேல் அதிகரிக்க முடியும் என்பதால், இந்த கலவையானது ஏஎஸ்ஓ லேபிளிங்கின் சிக்கலைத் தீர்த்தது. மேலும், பி. சி. ஆர் செயல்முறையின் தனித்துவத்தை ஏஎஸ்ஓ ஆய்வுகளுடன் சேர்க்க முடியும், இது ஏஎஸ்ஓவை இலக்கு அல்லாத காட்சிகளுடன் போலியான பிணைப்பின் சிக்கலை பெரிதும் குறைக்கிறது. இந்த கலவையானது ஒரு எளிய டாட் ப்ளாட்டில் பயன்படுத்தக்கூடிய அளவுக்கு குறிப்பிட்டதாக இருந்தது, இது கடினமான மற்றும் திறமையற்ற தெற்கு ப்ளாட் முறையைத் தவிர்க்கிறது. மல்டிபிள் மைலோமா போன்ற இரத்த புற்றுநோய்களில் குறைந்தபட்ச எஞ்சிய நோயைக் கண்டறிய பிற பயன்பாடுகளும் ஏஎஸ்ஓ-பிசிஆர் பயன்படுத்தப்படலாம். குறிப்புகள் வெளிப்புற இணைப்புகள் ASO ஆட்டோராடியோகிராம் டிஎன்ஏ விவரக்குறிப்பு நுட்பங்களின் படம் மூலக்கூறு உயிரியல் ஆய்வக நுட்பங்கள் மூலக்கூறு உயிரியல் நுட்பங்கள்