DNA-binding domain
டிஎன்ஏ-பைண்டிங் டொமைன் (டிபிடி) என்பது ஒரு சுயாதீனமாக மடிக்கப்பட்ட புரத டொமைன் ஆகும், இது இரட்டை அல்லது ஒற்றை இழையுள்ள டிஎன்ஏவை அங்கீகரிக்கும் குறைந்தபட்சம் ஒரு கட்டமைப்பு மையக்கருத்தைக் கொண்டுள்ளது. ஒரு டிபிடி ஒரு குறிப்பிட்ட டிஎன்ஏ வரிசையை (ஒரு அங்கீகார வரிசை) அடையாளம் காணலாம் அல்லது டிஎன்ஏவுடன் பொதுவான தொடர்பைக் கொண்டிருக்கலாம். சில டிஎன்ஏ-பிணைப்பு களங்கள் அவற்றின் மடிக்கப்பட்ட கட்டமைப்பில் நியூக்ளிக் அமிலங்களையும் கொண்டிருக்கலாம். செயல்பாடு ஒன்று அல்லது அதற்கு மேற்பட்ட டிஎன்ஏ-பிணைப்பு களங்கள் பெரும்பாலும் வேறுபட்ட செயல்பாட்டைக் கொண்ட மேலும் புரத களங்களைக் கொண்ட ஒரு பெரிய புரதத்தின் ஒரு பகுதியாகும். கூடுதல் களங்கள் பெரும்பாலும் டிஎன்ஏ-பிணைப்பு களத்தின் செயல்பாட்டை ஒழுங்குபடுத்துகின்றன. டிஎன்ஏ பிணைப்பின் செயல்பாடு கட்டமைப்பு அல்லது டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் ஒழுங்குமுறையை உள்ளடக்கியது, இரண்டு பாத்திரங்களும் சில நேரங்களில் ஒன்றுடன் ஒன்று உள்ளன. டிஎன்ஏ கட்டமைப்பை உள்ளடக்கிய செயல்பாடுகளுடன் டிஎன்ஏ-பிணைப்பு களங்கள் டிஎன்ஏ பிரதி, பழுதுபார்ப்பு, சேமிப்பு மற்றும் மெத்திலேஷன் போன்ற மாற்றங்களில் உயிரியல் பாத்திரங்களைக் கொண்டுள்ளன. மரபணு வெளிப்பாட்டை ஒழுங்குபடுத்துவதில் ஈடுபட்டுள்ள பல புரதங்கள் டிஎன்ஏ-பிணைப்பு களங்களைக் கொண்டுள்ளன. எடுத்துக்காட்டாக, டிஎன்ஏவை பிணைப்பதன் மூலம் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனை கட்டுப்படுத்தும் புரதங்கள் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகள் என்று அழைக்கப்படுகின்றன. பெரும்பாலான செல்லுலார் சிக்னலிங் அடுக்குகளின் இறுதி வெளியீடு மரபணு ஒழுங்குமுறை ஆகும். டிபிடி டிஎன்ஏவின் நியூக்ளியோடைடுகளுடன் டிஎன்ஏ வரிசை-குறிப்பிட்ட அல்லது வரிசை-அல்லாத-குறிப்பிட்ட முறையில் தொடர்பு கொள்கிறது, ஆனால் வரிசை-குறிப்பிட்ட அங்கீகாரம் கூட புரதம் மற்றும் டிஎன்ஏ இடையே ஒருவித மூலக்கூறு நிரப்புணர்வை உள்ளடக்கியது. டிபிடி மூலம் டிஎன்ஏ அங்கீகாரம் டிஎன்ஏவின் பெரிய அல்லது சிறிய பள்ளத்தில் அல்லது சர்க்கரை-பாஸ்பேட் டிஎன்ஏ முதுகெலும்பு (டிஎன்ஏவின் கட்டமைப்பைப் பார்க்கவும்) ஏற்படலாம். ஒவ்வொரு குறிப்பிட்ட வகை டிஎன்ஏ அங்கீகாரமும் புரதத்தின் செயல்பாட்டிற்கு ஏற்ப வடிவமைக்கப்பட்டுள்ளது. எடுத்துக்காட்டாக, டிஎன்ஏ-வெட்டும் நொதி டிஎன்ஏஸ் I டிஎன்ஏவை கிட்டத்தட்ட சீரற்ற முறையில் வெட்டுகிறது, எனவே டிஎன்ஏவுடன் வரிசை-குறிப்பிட்ட முறையில் பிணைக்கப்பட வேண்டும். ஆனால், அப்படியிருந்தும், டிஎன்ஏஸ் I ஒரு குறிப்பிட்ட 3-டி டிஎன்ஏ கட்டமைப்பை அங்கீகரிக்கிறது, இது ஓரளவு குறிப்பிட்ட டிஎன்ஏ பிளவு வடிவத்தை அளிக்கிறது, இது டிஎன்ஏ கால் அச்சிடுதல் எனப்படும் நுட்பத்தின் மூலம் டிஎன்ஏ அங்கீகாரத்தைப் படிக்க பயனுள்ளதாக இருக்கும். பல டிஎன்ஏ-பிணைப்பு களங்கள் குறிப்பிட்ட டிஎன்ஏ வரிசைகளை அங்கீகரிக்க வேண்டும், அதாவது குறிப்பிட்ட மரபணுக்களைச் செயல்படுத்தும் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகளின் டிபிடி அல்லது குறிப்பிட்ட தளங்களில் டிஎன்ஏவை மாற்றியமைக்கும் என்சைம்கள், கட்டுப்பாடு என்சைம்கள் மற்றும் டெலோமரேஸ் போன்றவை. டிஎன்ஏ பெரிய பள்ளத்தில் உள்ள ஹைட்ரஜன் பிணைப்பு முறை டிஎன்ஏ சிறிய பள்ளத்தை விட குறைவாக சீரழிந்துள்ளது, இது வரிசை-குறிப்பிட்ட டிஎன்ஏ அங்கீகாரத்திற்கு மிகவும் கவர்ச்சிகரமான தளத்தை வழங்குகிறது. டிஎன்ஏ-பிணைப்பு புரதங்களின் தனித்துவத்தை பல உயிர்வேதியியல் மற்றும் உயிர் இயற்பியல் நுட்பங்களைப் பயன்படுத்தி ஆய்வு செய்யலாம், அதாவது ஜெல் எலக்ட்ரோபோரேசிஸ், பகுப்பாய்வு அல்ட்ராசென்ட்ரிஃபிகேஷன், கலோரிமெட்ரி, டிஎன்ஏ பிறழ்வு, புரத அமைப்பு பிறழ்வு அல்லது மாற்றம், அணு காந்த அதிர்வு, எக்ஸ்-ரே படிகவியல், மேற்பரப்பு பிளாஸ்மன் அதிர்வு, எலக்ட்ரான் பாரா காந்த அதிர்வு, குறுக்கு இணைப்பு மற்றும் மைக்ரோஸ்கேல் தெர்மோபோரேசிஸ் (எம்எஸ்டி). மரபணுக்களில் டிஎன்ஏ-பிணைப்பு புரதம் ஒவ்வொரு மரபணுவிலும் உள்ள மரபணுக்களின் ஒரு பெரிய பகுதி டிஎன்ஏ-பிணைப்பு புரதங்களை குறியாக்கம் செய்கிறது (அட்டவணையைப் பார்க்கவும்). இருப்பினும், ஒரு சிறிய எண்ணிக்கையிலான புரதக் குடும்பங்கள் மட்டுமே டிஎன்ஏ-பிணைப்பாக உள்ளன. உதாரணமாக, சுமார் 750 துத்தநாக-விரல் புரதங்கள் உட்பட, 20,000 மனித புரதங்களில் 2000 க்கும் மேற்பட்டவை "டிஎன்ஏ-பிணைப்பு" ஆகும். வகைகள் ஹெலிக்ஸ்-டர்ன்-ஹெலிக்ஸ் முதலில் பாக்டீரியாவில் கண்டுபிடிக்கப்பட்டது, ஹெலிக்ஸ்-டர்ன்-ஹெலிக்ஸ் மையக்கருத்து பொதுவாக அடக்குதல் புரதங்களில் காணப்படுகிறது மற்றும் சுமார் 20 அமினோ அமிலங்கள் நீளம் கொண்டது. யூகாரியோட்டுகளில், ஹோமியோடோமைன் 2 ஹெலிக்ஸ்களைக் கொண்டுள்ளது, அவற்றில் ஒன்று டி. என். ஏவை (அங்கீகார ஹெலிக்ஸ்) அங்கீகரிக்கிறது. அவை வளர்ச்சி செயல்முறைகளை ஒழுங்குபடுத்தும் புரதங்களில் பொதுவானவை (PROSITE HTH). துத்தநாக விரல் துத்தநாக விரல் களம் பெரும்பாலும் யூகாரியோட்டுகளில் காணப்படுகிறது, ஆனால் சில எடுத்துக்காட்டுகள் பாக்டீரியாவில் காணப்படுகின்றன. துத்தநாக விரல் களம் பொதுவாக 23 முதல் 28 அமினோ அமிலங்களுக்கு இடையில் நீளமானது மற்றும் துத்தநாக அயனிகளை வழக்கமான இடைவெளி துத்தநாக-ஒருங்கிணைப்பு எச்சங்களுடன் (ஹிஸ்டிடின்கள் அல்லது சிஸ்டைன்கள்) ஒருங்கிணைப்பதன் மூலம் உறுதிப்படுத்தப்படுகிறது. துத்தநாக விரலின் மிகவும் பொதுவான வகை (Cys2His2) ஒரு ஒற்றை துத்தநாக அயனியை ஒருங்கிணைக்கிறது மற்றும் ஒரு அங்கீகார ஹெலிக்ஸ் மற்றும் 2-ஸ்ட்ராண்ட் பீட்டா-ஷீட்டைக் கொண்டுள்ளது. டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகளில் இந்த களங்கள் பெரும்பாலும் வரிசைகளில் காணப்படுகின்றன (பொதுவாக குறுகிய இணைப்பு வரிசைகளால் பிரிக்கப்படுகின்றன) மற்றும் டி. என். ஏவுடன் பிணைக்கப்படும்போது அருகிலுள்ள விரல்கள் 3 அடிப்படை இடைவெளி இடைவெளிகளில் வைக்கப்படுகின்றன. லியூசின் சிப்பர் அடிப்படை லியூசின் சிப்பர் (bZIP) களம் முக்கியமாக யூகாரியோட்டுகளிலும் ஒரு குறிப்பிட்ட அளவிற்கு பாக்டீரியாவிலும் காணப்படுகிறது. bZIP களத்தில் ஒவ்வொரு 7 வது அமினோ அமிலத்திலும் ஒரு லியூசின் கொண்ட ஆல்பா ஹெலிக்ஸ் உள்ளது. அத்தகைய இரண்டு ஹெலிஸ்கள் ஒன்றையொன்று கண்டறிந்தால், லியூசின்கள் ஒரு சிப்பரில் உள்ள பற்களாக தொடர்பு கொள்ளலாம், இது இரண்டு புரதங்களின் டைமெரைசேஷனை அனுமதிக்கிறது. டிஎன்ஏவுடன் பிணைக்கும்போது, அடிப்படை அமினோ அமில எச்சங்கள் சர்க்கரை-பாஸ்பேட் முதுகெலும்புடன் பிணைக்கப்படுகின்றன, அதே நேரத்தில் ஹெலிஸ்கள் முக்கிய பள்ளங்களில் அமர்ந்துள்ளன. இது மரபணு வெளிப்பாட்டை ஒழுங்குபடுத்துகிறது. சுமார் 110 அமினோ அமிலங்களைக் கொண்ட சிறகு ஹெலிக்ஸ் (WH) களத்தில் நான்கு ஹெலிக்ஸ் மற்றும் இரண்டு-ஸ்ட்ராண்ட் பீட்டா-ஷீட் உள்ளது. இறக்கைகள் கொண்ட ஹெலிக்ஸ்-டர்ன்-ஹெலிக்ஸ் சிறகுகள் கொண்ட ஹெலிக்ஸ்-டர்ன்-ஹெலிக்ஸ் (WHTH) களம் பொதுவாக 85-90 அமினோ அமிலங்கள் நீளமாக இருக்கும். இது 3-ஹெலிக்கல் மூட்டை மற்றும் 4-ஸ்ட்ராண்ட் பீட்டா-ஷீட் (விங்) மூலம் உருவாகிறது. ஹெலிக்ஸ்-லூப்-ஹெலிக்ஸ் அடிப்படை ஹெலிக்ஸ்-லூப்-ஹெலிக்ஸ் (பி. எச். எல். எச்) களம் சில டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகளில் காணப்படுகிறது மற்றும் ஒரு வளையத்தால் இணைக்கப்பட்ட இரண்டு ஆல்பா ஹெலிக்ஸ்களால் (α-ஹெலிக்ஸ்) வகைப்படுத்தப்படுகிறது. ஒரு ஹெலிக்ஸ் பொதுவாக சிறியது மற்றும் வளையத்தின் நெகிழ்வுத்தன்மை காரணமாக, மற்றொரு ஹெலிக்ஸுக்கு எதிராக மடிப்பு மற்றும் பொதி செய்வதன் மூலம் டைமெரைசேஷனை அனுமதிக்கிறது. பெரிய ஹெலிக்ஸ் பொதுவாக டிஎன்ஏ-பிணைப்பு பகுதிகளைக் கொண்டுள்ளது. எச்எம்ஜி-பாக்ஸ் எச்எம்ஜி-பாக்ஸ் களங்கள் உயர் இயக்கம் குழு புரதங்களில் காணப்படுகின்றன, அவை பிரதி மற்றும் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் போன்ற பல்வேறு டிஎன்ஏ-சார்ந்த செயல்முறைகளில் ஈடுபட்டுள்ளன. அவை வளைவுகளைத் தூண்டுவதன் மூலம் டிஎன்ஏவின் நெகிழ்வுத்தன்மையையும் மாற்றுகின்றன. களம் சுழல்களால் பிரிக்கப்பட்ட மூன்று ஆல்பா ஹெலிக்ஸ்களைக் கொண்டுள்ளது. Wor3 களம் Wor3 களங்கள், கேண்டிடா அல்பிகான்களில் வெள்ளை-ஒளிபுகா கட்டுப்படுத்தி 3 (Wor3) பெயரிடப்பட்டது, முன்பு விவரிக்கப்பட்ட டிஎன்ஏ-பிணைப்பு களங்களை விட பரிணாம காலத்தில் மிக சமீபத்தில் உருவானது மற்றும் ஒரு சிறிய எண்ணிக்கையிலான பூஞ்சைகளுக்கு மட்டுப்படுத்தப்பட்டுள்ளன. OB-மடிப்பு களம் OB-மடிப்பு என்பது ஒரு சிறிய கட்டமைப்பு மையக்கருத்து ஆகும், இது முதலில் அதன் ஒலிகோ நியூக்ளியோடைடு/ஒலிகோசாக்கரைடு பிணைப்பு பண்புகளுக்காக பெயரிடப்பட்டது. OB-மடிப்பு களங்கள் 70 முதல் 150 அமினோ அமிலங்கள் வரை நீளம் கொண்டவை. OB-மடிப்புகள் ஒற்றை இழைகள் கொண்ட டிஎன்ஏவை பிணைக்கின்றன, எனவே அவை ஒற்றை இழைகள் கொண்ட பிணைப்பு புரதங்கள் ஆகும். டிஎன்ஏ பிரதி, டிஎன்ஏ மறுசீரமைப்பு, டிஎன்ஏ பழுதுபார்ப்பு, டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன், மொழிபெயர்ப்பு, குளிர் அதிர்ச்சி பதில் மற்றும் டெலோமியர் பராமரிப்பு ஆகியவற்றிற்கு ஓ. பி-மடிப்பு புரதங்கள் முக்கியமானவை என்று அடையாளம் காணப்பட்டுள்ளன. அசாதாரண இம்யூனோகுளோபூலின் மடிப்பு இம்யூனோகுளோபூலின் களம் () பெரிய இணைக்கும் சுழல்களுடன் ஒரு பீட்டா-தாள் கட்டமைப்பைக் கொண்டுள்ளது, இது டி. என். ஏ முக்கிய பள்ளங்கள் அல்லது ஆன்டிஜென்களை அடையாளம் காண உதவுகிறது. பொதுவாக இம்யூனோகுளோபூலின் புரதங்களில் காணப்படுகின்றன, அவை சைட்டோகைன் பாதையின் ஸ்டேட் புரதங்களிலும் உள்ளன. சைட்டோகைன் பாதை ஒப்பீட்டளவில் சமீபத்தில் உருவானது மற்றும் அதன் சொந்த உருவாக்கத்தை விட ஏற்கனவே செயல்பாட்டில் இருந்த அமைப்புகளைப் பயன்படுத்தியதால் இது இருக்கலாம். B3 களம் B3 DBD (,) உயர் தாவரங்கள் மற்றும் கட்டுப்பாடு எண்டோநியூக்ளியேஸ்களான EcoRII மற்றும் BFII ஆகியவற்றிலிருந்து டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகளில் பிரத்தியேகமாக காணப்படுகிறது மற்றும் பொதுவாக 100-120 எச்சங்களைக் கொண்டுள்ளது. இதில் ஏழு பீட்டா தாள்கள் மற்றும் இரண்டு ஆல்பா ஹெலிஸ்கள் உள்ளன, அவை டிஎன்ஏ-பிணைப்பு சூடோபாரல் புரத மடிப்பை உருவாக்குகின்றன. டிஏஎல் விளைவு அல்லது டிஏஎல் விளைவுகள் சான்தோமோனாஸ் பேரினத்தின் பாக்டீரியா தாவர நோய்க்கிருமிகளில் காணப்படுகின்றன, மேலும் அவை பாக்டீரியா வைரஸ், பெருக்கம் மற்றும் பரவலை எளிதாக்குவதற்காக புரவலன் தாவரத்தின் மரபணுக்களை ஒழுங்குபடுத்துவதில் ஈடுபட்டுள்ளன. அவை டாண்டம் 33-35 எச்சங்கள் மீண்டும் மீண்டும் ஒரு மையப் பகுதியைக் கொண்டுள்ளன, மேலும் ஒவ்வொரு மறு பகுதியும் TALE இன் பிணைப்பு தளத்தில் ஒரு ஒற்றை டிஎன்ஏ தளத்தை குறியாக்கம் செய்கிறது. மறு செய்கைக்குள், எஞ்சிய 13 மட்டுமே டிஎன்ஏ தளத்தை நேரடியாகத் தொடர்புகொண்டு, வரிசை குறிப்பிட்ட தன்மையை தீர்மானிக்கிறது, அதே நேரத்தில் மற்ற நிலைகள் டிஎன்ஏ முதுகெலும்பைத் தொடர்புகொண்டு, டிஎன்ஏ-பிணைப்பு தொடர்புகளை உறுதிப்படுத்துகின்றன. வரிசைக்குள் ஒவ்வொரு மறு செய்கையும் ஜோடி ஆல்பா-ஹெலிக்ஸின் வடிவத்தை எடுக்கிறது, அதே நேரத்தில் முழு மறு செய்கையும் டிஎன்ஏ-இரட்டை ஹெலிக்ஸைச் சுற்றி ஒரு வலது கை சூப்பர் ஹெலிக்ஸை உருவாக்குகிறது. டிஎன்ஏ பிணைப்பின் மீது டிஎஎல் விளைவு அல்லது மறுபயன்பாட்டு வரிசைகள் சுருங்குவதாகக் காட்டப்பட்டுள்ளது மற்றும் ஒரு இரு-நிலை தேடல் பொறிமுறை முன்மொழியப்பட்டுள்ளது, இதன் மூலம் நீளமான டிஎஎல்இ டிஎன்ஏவைச் சுற்றி சுருங்கத் தொடங்குகிறது, இது ஒரு தனித்துவமான மறுபயன்பாட்டு அலகு என்-முனையிலிருந்து வெற்றிகரமான தைமின் அங்கீகாரத்துடன் தொடங்குகிறது. தொடர்புடைய புரதங்கள் பாக்டீரியா தாவர நோய்க்கிருமி ரால்ஸ்டோனியா சோலனேசியம், பூஞ்சை எண்டோசிம்பியோன்ட் பர்க்ஹோல்டேரியா ரைசாக்சினிகா மற்றும் இன்னும் அடையாளம் காணப்படாத இரண்டு கடல்-நுண்ணுயிரிகளில் காணப்படுகின்றன. டிஎன்ஏ பிணைப்பு குறியீடு மற்றும் மீண்டும் மீண்டும் வரிசையின் அமைப்பு இந்த குழுக்களுக்கு இடையில் பாதுகாக்கப்படுகிறது, இது ஒட்டுமொத்தமாக TALE-லைக்குகள் என்று குறிப்பிடப்படுகிறது. ஆர். என். ஏ-வழிகாட்டப்பட்ட ஸ்ட்ரெப்டோகாக்கஸ் பயோஜென்களின் சி. ஆர். ஐ. எஸ். பி. ஆர்/சி. ஏ. எஸ் அமைப்பு இயற்கை மற்றும் செயற்கை யூகாரியோடிக் ஊக்குவிப்பாளர்களுக்கு செயல்படுத்துதல் மற்றும் அடக்குதல் ஆகிய இரண்டையும் வழிநடத்த திட்டமிடப்படலாம், டிஎன்ஏ தளங்களை இலக்காகக் கொண்ட அடிப்படை-ஜோடி நிரப்பு கொண்ட வழிகாட்டி ஆர்என்ஏக்களின் எளிய பொறியியல் மூலம். Cas9 ஒரு தனிப்பயனாக்கக்கூடிய ஆர்என்ஏ-வழிகாட்டப்பட்ட டிஎன்ஏ-பிணைப்பு தளமாக பயன்படுத்தப்படலாம். டொமைன் Cas9 ஆர்வமுள்ள ஒழுங்குமுறை களங்களுடன் (எ. கா., செயல்படுத்தல், அடக்குமுறை அல்லது எபிஜெனெடிக் விளைவு) அல்லது எண்டோநியூக்ளீஸ் களத்துடன் மரபணு பொறியியல் உயிரியலுக்கான பல்துறை கருவியாக செயல்பட முடியும். பின்னர் வெவ்வேறு வழிகாட்டி ஆர்என்ஏக்களைப் பயன்படுத்தி பல இடங்களுக்கு இலக்கு வைக்கப்பட வேண்டும். மேலும் காண்க நிலத் தாவர மரபணுக்களில் உள்ள டிஎன்ஏ-பிணைப்பு-களங்களின் கட்டமைப்பு வகைப்பாட்டிற்காக, நியூக்ளிக் அமில உருவகப்படுத்துதல் மென்பொருளின் ஒப்பீட்டைப் பார்க்கவும் குறிப்புகள் கணிக்கப்பட்ட டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகளின் வெளிப்புற இணைப்புகள் டிபிடி தரவுத்தளம் டிஎன்ஏ-பிணைப்பு களங்களின் தொகுக்கப்பட்ட தொகுப்பைப் பயன்படுத்துகிறது முற்றிலும் வரிசைப்படுத்தப்பட்ட அனைத்து மரபணுக்களிலும் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகளைக் கணிக்க டிஎன்ஏ-பிணைப்பு களங்களின் தொகுப்பைப் பயன்படுத்துகிறது ப்ரோசைட் மூலக்கூறு மரபியல் புரத களங்களில் டிஎன்ஏ-பிணைப்பு களங்களின் அட்டவணை