Semantide
செமன்டைடுகள் (அல்லது செமண்டோபோரெடிக் மூலக்கூறுகள்) என்பது உயிரியல் மேக்ரோமோலிக்யூல்கள் ஆகும், அவை மரபணு தகவல் அல்லது அதன் டிரான்ஸ்கிரிப்டைக் கொண்டுள்ளன. மூன்று வெவ்வேறு பிரிவுகள் அல்லது சொற்பொருள்கள் வேறுபடுகின்றனஃ முதன்மை, இரண்டாம் நிலை மற்றும் மூன்றாம் நிலை. முதன்மை செமன்டைடுகள் டிஎன்ஏவைக் கொண்ட மரபணுக்கள் ஆகும். இரண்டாம் நிலை செமன்டைடுகள் என்பது டிஎன்ஏவிலிருந்து படியெடுத்த மெசஞ்சர் ஆர்என்ஏவின் சங்கிலிகளாகும். மூன்றாம் நிலை செமன்டைடுகள் பாலிபெப்டைடுகள் ஆகும், அவை தூதர் ஆர்என்ஏவிலிருந்து மொழிபெயர்க்கப்பட்டுள்ளன. யூகாரியோடிக் உயிரினங்களில், முதன்மை சொற்பொருள்கள் அணு, மைட்டோகாண்ட்ரியல் அல்லது பிளாஸ்டிட் டி. என். ஏவைக் கொண்டிருக்கலாம். அனைத்து முதன்மை செமண்டைடுகளும் இறுதியில் மூன்றாம் நிலை செமண்டைடுகளை உருவாக்குவதில்லை. சில முதன்மை செமன்டைடுகள் எம்ஆர்என்ஏ (குறியீட்டு அல்லாத டிஎன்ஏ) ஆகவும், சில இரண்டாம் நிலை செமன்டைடுகள் பாலிபெப்டைடுகளாக (குறியீட்டு அல்லாத ஆர்என்ஏ) மாற்றப்படுவதில்லை. சொற்பொருள்களின் சிக்கலானது பெரிதும் வேறுபடுகிறது. மூன்றாம் நிலை செமன்டைடுகளுக்கு, பெரிய குளோபுலர் பாலிபெப்டைட் சங்கிலிகள் மிகவும் சிக்கலானவை, அதே நேரத்தில் எளிய வரிசைகளை மீண்டும் மீண்டும் கொண்ட கட்டமைப்பு புரதங்கள் மிகக் குறைவான சிக்கலானவை. செமன்டைட் என்ற சொல் மற்றும் தொடர்புடைய சொற்கள் லினஸ் பாலிங் மற்றும் எமிலி ஜுக்கர்காண்டல் ஆகியோரால் உருவாக்கப்பட்டன. நவீன பைலோஜெனெடிக்ஸில் பயன்படுத்தப்படும் முக்கிய வகை தரவு சொற்பொருள் என்றாலும், இந்த சொல் பொதுவாக பயன்படுத்தப்படுவதில்லை. தொடர்புடைய சொற்களான ஐசோசெமாண்டிக் டிஎன்ஏ அல்லது ஆர்என்ஏ அடிப்படை வரிசையில் வேறுபடுகின்றன, ஆனால் ஒரே மாதிரியான பாலிபெப்டைட் சங்கிலிகளாக மொழிபெயர்க்கப்படுகின்றன, அவை ஐசோசெமாண்டிக் என்று குறிப்பிடப்படுகின்றன. என்சைம்களால் (மூன்றாம் நிலை செமன்டைடுகள்) ஒருங்கிணைக்கப்படும் எபிசெமண்டிக் மூலக்கூறுகள் எபிசெமண்டிக் மூலக்கூறுகள் என்று குறிப்பிடப்படுகின்றன. எபிசெமென்டிக் மூலக்கூறுகள் செமன்டைட்களை விட பெரிய வகைகளைக் கொண்டுள்ளன, அவை மூன்று வகைகளை மட்டுமே கொண்டுள்ளன (டிஎன்ஏ, ஆர்என்ஏ அல்லது பாலிபெப்டைடுகள்). அனைத்து பாலிபெப்டைடுகளும் மூன்றாம் நிலை செமன்டைடுகள் அல்ல. சில, முக்கியமாக சிறிய பாலிபெப்டைடுகள், எபிசெமென்டிக் மூலக்கூறுகளாகவும் இருக்கலாம். ஒரு உயிரினத்தால் உற்பத்தி செய்யப்படாத அசெமான்டிக் மூலக்கூறுகள் அசெமான்டிக் மூலக்கூறுகள் என்று குறிப்பிடப்படுகின்றன, ஏனெனில் அவை எந்த மரபணு தகவலையும் கொண்டிருக்கவில்லை. அசெமென்டிக் மூலக்கூறுகள் அனபோலிக் செயல்முறைகளால் எபிசெமென்டிக் மூலக்கூறுகளாக மாற்றப்படலாம். அசெமான்டிக் மூலக்கூறுகள் ஒரு மரபணுவில் ஒருங்கிணைக்கப்படும்போது அவை சொற்பொருள் மூலக்கூறுகளாக மாறக்கூடும். சில வைரஸ்கள் மற்றும் அத்தியாயங்கள் இந்த திறனைக் கொண்டுள்ளன. ஒரு மூலக்கூறை சொற்பொருள், எபிசெமாண்டிக் அல்லது அசெமாண்டிக் என்று குறிப்பிடும்போது, இது ஒரு குறிப்பிட்ட உயிரினத்திற்கு மட்டுமே பொருந்தும். ஒரு உயிரினத்திற்கான சொற்பொருள் மூலக்கூறு மற்றொரு உயிரினத்திற்கு ஒத்ததாக இருக்கலாம். உயிரினங்களின் பரிணாம வரலாற்றைப் படிப்பதற்கு ஆராய்ச்சி பயன்பாடுகளான செமன்டைடுகள் பைலோஜெனெடிக் தகவல்களாகப் பயன்படுத்தப்படுகின்றன. முதன்மை செமன்டைடுகள் ஒப்பீட்டு பல்லுயிர் பகுப்பாய்வுகளிலும் பயன்படுத்தப்படுகின்றன. இருப்பினும், செல்களுக்கு வெளியே உள்ள டிஎன்ஏ சிறிது காலம் நீடிக்கும் என்பதால், இந்த வகையான பகுப்பாய்வுகளால் செயலற்ற மற்றும் இறந்த உயிரினங்களிலிருந்து செயலில் இருப்பதை கண்டறிய முடியாது. பரிணாம வரலாற்றைப் படிப்பதற்கு உயிரியல் பெரு மூலக்கூறுகள் எந்த அளவிற்கு தகவலறிந்தவை என்பது வேறுபடுகிறது. ஒரு மூலக்கூறு எவ்வளவு சிக்கலானது, அது பைலோஜெனெடிக்ஸுக்கு மிகவும் தகவலறிந்ததாக இருக்கும். முதன்மை மற்றும் இரண்டாம் நிலை சொற்பொருள்கள் அதிக தகவல்களைக் கொண்டுள்ளன. மூன்றாம் நிலை செமன்டைடுகளில், சில தகவல்கள் இழக்கப்படுகின்றன, ஏனெனில் பல அமினோ அமிலங்கள் ஒன்றுக்கு மேற்பட்ட கோடான்களால் குறியிடப்படுகின்றன. எபிசெமண்டிக் மூலக்கூறுகள் (எ. கா. கரோட்டினாய்டுகள்) பைலோஜெனெடிக்ஸுக்கும் தகவலறிந்தவை. இருப்பினும், இந்த மூலக்கூறுகளின் விநியோகம் செமன்டைடுகளை அடிப்படையாகக் கொண்ட பைலோஜெனிகளுடன் சரியாக தொடர்புபடுத்தப்படவில்லை. எனவே, சுயாதீன உறுதிப்படுத்தல் பெரும்பாலும் இன்னும் தேவைப்படுகிறது. ஒரு தொகுப்பு பாதையில் எவ்வளவு அதிகமான என்சைம்கள் ஈடுபட்டுள்ளனவோ, அத்தகைய பாதைகள் தனித்தனியாக உருவாகியிருக்க வாய்ப்பில்லை. எனவே, எபிசெமாண்டிக் மூலக்கூறுகளுக்கு, மிகக் குறைந்த சிக்கலான அசெமாண்டிக் மூலக்கூறுகளிலிருந்து ஒருங்கிணைக்கப்படும் மூலக்கூறுகள் பைலோஜெனெடிக்ஸில் மிகவும் தகவலறிந்தவை. இருப்பினும், வெவ்வேறு பாதைகள் ஒத்த அல்லது ஒத்த மூலக்கூறுகளை ஒருங்கிணைக்கலாம். எடுத்துக்காட்டாக, விலங்குகள், தாவரங்கள் மற்றும் பிற யூகாரியோட்டுகளில், வைட்டமின் சி தொகுப்புக்கு வெவ்வேறு வழிகள் கண்டறியப்பட்டுள்ளன. எனவே, பைலோஜெனெடிக் உறவுகளைப் படிக்க சில மூலக்கூறுகளைப் பயன்படுத்தக்கூடாது. சொற்பொருள் மூலக்கூறுகள் ஒரு உயிரினங்களின் குழுவின் சில அளவு அல்லது தரமான அம்சங்களைக் குறிக்கலாம் என்றாலும், அவை நம்பமுடியாதவை மற்றும் பைலோஜெனெடிக்ஸுக்கு தகவலறிந்தவை அல்ல என்று கருதப்படுகின்றன. வெவ்வேறு சொற்பொருள்களைப் பயன்படுத்தும் பகுப்பாய்வுகள் முரண்பட்ட பைலோஜெனிகளைத் தரக்கூடும். இருப்பினும், பைலோஜெனிகள் ஒத்ததாக இருந்தால், பரிணாம உறவுக்கு அதிக ஆதரவு உள்ளது. பெரிய வரிசைகளை பகுப்பாய்வு செய்வதன் மூலம் (எ. கா. முழுமையான மைட்டோகாண்ட்ரியல் மரபணு வரிசைகள்), பைலோஜெனிகளை உருவாக்க முடியும், அவை மிகவும் தீர்க்கப்பட்டவை மற்றும் அதிக ஆதரவைக் கொண்டுள்ளன. ஆய்வுகளில் பெரும்பாலும் பயன்படுத்தப்படும் செமன்டைடுகள் பெரும்பாலான உயிரினங்களுக்கு பொதுவானவை மற்றும் காலப்போக்கில் மெதுவாக மட்டுமே மாறும் என்று அறியப்படுகிறது. இந்த பெரிய மூலக்கூறுகளின் எடுத்துக்காட்டுகள்ஃ ATPase Cytochrome b Cytochrome c ஆக்சிடேஸ் துணை அலகு I வெப்ப அதிர்ச்சி புரத மரபணுக்கள் ஹிஸ்டோன் H3 ரெக்கா மறுசீரமைப்பு செயல்படுத்தும் மரபணு 1 ரிபோநியூக்ளீஸ் P RNA ரைபோசோமல் டிஎன்ஏ (எ. கா. 28S rDNA) ரைபோசோமல் ஆர்என்ஏ (எ. கா. 16S rRNA) குறிப்புகள் பைலோஜெனெடிக்ஸ்