Point accepted mutation
ஒரு புள்ளி ஏற்றுக்கொள்ளப்பட்ட பிறழ்வு-ஒரு பிஏஎம் என்றும் அழைக்கப்படுகிறது-ஒரு புரதத்தின் முதன்மை கட்டமைப்பில் ஒரு அமினோ அமிலத்தை மற்றொரு ஒற்றை அமினோ அமிலத்துடன் மாற்றுவது, இது இயற்கையான தேர்வின் செயல்முறைகளால் ஏற்றுக்கொள்ளப்படுகிறது. இந்த வரையறை ஒரு உயிரினத்தின் டி. என். ஏவில் உள்ள அனைத்து புள்ளி பிறழ்வுகளையும் உள்ளடக்குவதில்லை. குறிப்பாக, அமைதியான பிறழ்வுகள் என்பது புள்ளி ஏற்றுக்கொள்ளப்பட்ட பிறழ்வுகள் அல்ல, அல்லது ஆபத்தான அல்லது இயற்கையான தேர்வால் மற்ற வழிகளில் நிராகரிக்கப்படும் பிறழ்வுகளும் அல்ல. ஒரு பிஏஎம் மேட்ரிக்ஸ் என்பது ஒரு மேட்ரிக்ஸ் ஆகும், இதில் ஒவ்வொரு நெடுவரிசை மற்றும் வரிசை இருபது நிலையான அமினோ அமிலங்களில் ஒன்றைக் குறிக்கிறது. உயிர் தகவலியலில், PAM மேட்ரிக்ஸ்கள் சில நேரங்களில் புரதங்களுக்கான வரிசை சீரமைப்புகளைப் பெற மாற்று மேட்ரிக்ஸாகப் பயன்படுத்தப்படுகின்றன. ஒரு PAM மேட்ரிக்ஸில் உள்ள ஒவ்வொரு உள்ளீடும், இந்த இரண்டு அமினோ அமிலங்களும் தற்செயலாக சீரமைக்கப்படுவதை விட, ஒரு குறிப்பிட்ட பரிணாம இடைவெளியில் ஒன்று அல்லது அதற்கு மேற்பட்ட புள்ளி ஏற்றுக்கொள்ளப்பட்ட பிறழ்வுகளின் தொடர் மூலம் அந்த வரிசையின் அமினோ அமிலம் அந்த நெடுவரிசையின் அமினோ அமிலத்துடன் மாற்றப்படுவதற்கான சாத்தியக்கூறுகளைக் குறிக்கிறது. வெவ்வேறு பிஏஎம் மேட்ரிக்ஸ்கள் புரத வரிசையின் பரிணாம வளர்ச்சியில் வெவ்வேறு கால நீளங்களுடன் ஒத்திருக்கின்றன. உயிரியல் பின்னணி ஒரு உயிரினத்தில் பிரதிபலிக்கும் ஒவ்வொரு உயிரணுவின் மரபணு அறிவுறுத்தல்கள் அதன் டி. என். ஏவுக்குள் உள்ளன. உயிரணுவின் வாழ்நாள் முழுவதும், இந்த தகவல் புரதங்களை உற்பத்தி செய்வதற்கோ அல்லது உயிரணு பிரிவின் போது மகள் உயிரணுக்களுக்கு அறிவுறுத்தல்களை வழங்குவதற்கோ செல்லுலார் வழிமுறைகளால் படியெடுத்தல் மற்றும் பிரதிபலிக்கப்படுகிறது, மேலும் இந்த செயல்முறைகளின் போது டி. என். ஏ மாற்றப்படுவதற்கான வாய்ப்பு உள்ளது. இது ஒரு பிறழ்வு என்று அழைக்கப்படுகிறது. மூலக்கூறு மட்டத்தில், டிஎன்ஏ-வில் இந்த மாற்றங்கள் பிரதிபலிக்கப்படுவதற்கு முன்பு பெரும்பாலானவற்றை சரிசெய்யும் ஒழுங்குமுறை அமைப்புகள் உள்ளன-ஆனால் அனைத்தையும் அல்ல. சாத்தியமான பிறழ்வுகளில் ஒன்று ஒற்றை நியூக்ளியோடைடை மாற்றுவதாகும், இது ஒரு புள்ளி பிறழ்வு என்று அழைக்கப்படுகிறது. ஒரு எக்ஸான் என்ற ஒரு மரபணுவின் வெளிப்படுத்தப்பட்ட பகுதிக்குள் ஒரு புள்ளி பிறழ்வு ஏற்பட்டால், அது அந்த மரபணுவால் உற்பத்தி செய்யப்படும் புரதத்தில் ஒரு குறிப்பிட்ட அமினோ அமிலத்தைக் குறிப்பிடும் கோடானை மாற்றும். மரபணு குறியீட்டில் பணிநீக்கம் இருந்தபோதிலும், இந்த பிறழ்வு பின்னர் மொழிபெயர்ப்பின் போது உற்பத்தி செய்யப்படும் அமினோ அமிலத்தை மாற்றும் வாய்ப்பு உள்ளது, இதன் விளைவாக புரதத்தின் அமைப்பு மாற்றப்படும். ஒரு புரதத்தின் செயல்பாடு அதன் கட்டமைப்பை பெரிதும் சார்ந்துள்ளது. ஒரு புரதத்தில் ஒரு அமினோ அமிலத்தை மாற்றுவது இந்த செயல்பாட்டை மேற்கொள்ளும் திறனைக் குறைக்கலாம், அல்லது பிறழ்வு புரதம் மேற்கொள்ளும் செயல்பாட்டை கூட மாற்றலாம். இது போன்ற மாற்றங்கள் ஒரு உயிரணுவில் ஒரு முக்கியமான செயல்பாட்டை கடுமையாக பாதிக்கலாம், இதனால் உயிரணு-மற்றும் தீவிர நிகழ்வுகளில், உயிரினம்-இறக்கக்கூடும். மாறாக, இந்த மாற்றம் உயிரணு வித்தியாசமாக இருந்தாலும் தொடர்ந்து செயல்பட அனுமதிக்கலாம், மேலும் பிறழ்வு உயிரினத்தின் சந்ததியினருக்கு அனுப்பப்படலாம். இந்த மாற்றம் சந்ததியினருக்கு குறிப்பிடத்தக்க உடல் ரீதியான குறைபாட்டை ஏற்படுத்தவில்லை என்றால், இந்த பிறழ்வு மக்கள்தொகைக்குள் தொடரும் வாய்ப்பு உள்ளது. செயல்பாட்டில் ஏற்படும் மாற்றம் சாதகமாக மாறுவதற்கான வாய்ப்பும் உள்ளது. இரண்டு சந்தர்ப்பங்களிலும், இயற்கையான தேர்வின் செயல்முறைகளுக்கு உட்படுத்தப்படும்போது, புள்ளி பிறழ்வு மரபணு குளத்தில் ஏற்றுக்கொள்ளப்பட்டுள்ளது. மரபணு குறியீட்டால் மொழிபெயர்க்கப்பட்ட 20 அமினோ அமிலங்கள் அவற்றின் பக்கச் சங்கிலிகளின் இயற்பியல் மற்றும் வேதியியல் பண்புகளால் பெரிதும் வேறுபடுகின்றன. இருப்பினும், இந்த அமினோ அமிலங்களை ஒத்த இயற்பியல் வேதியியல் பண்புகளைக் கொண்ட குழுக்களாக வகைப்படுத்தலாம். ஒரு அமினோ அமிலத்தை அதே வகையைச் சேர்ந்த மற்றொருவருடன் மாற்றுவது வேறு வகையைச் சேர்ந்த அமினோ அமிலத்துடன் மாற்றுவதை விட ஒரு புரதத்தின் கட்டமைப்பு மற்றும் செயல்பாட்டில் சிறிய தாக்கத்தை ஏற்படுத்த வாய்ப்புள்ளது. இதன் விளைவாக, புள்ளி பிறழ்வுகளை ஏற்றுக்கொள்வது, பிறழ்வில் மாற்றப்படும் அமினோ அமிலத்தையும், மாற்றப்படும் அமினோ அமிலத்தையும் பெரிதும் சார்ந்துள்ளது. பிஏஎம் மேட்ரிக்ஸ்கள் ஒரு கணித கருவியாகும், இது சீரமைப்பின் போது புரதங்களின் ஒற்றுமையை மதிப்பிடும்போது இந்த மாறுபட்ட ஏற்றுக்கொள்ளும் விகிதங்களைக் கணக்கிடுகிறது. சொற்களஞ்சியம் ஏற்றுக்கொள்ளப்பட்ட புள்ளி பிறழ்வு என்ற சொல் ஆரம்பத்தில் பிறழ்வு நிகழ்வை விவரிக்க பயன்படுத்தப்பட்டது. இருப்பினும், வாசிப்புத்திறன் காரணமாக ஏபிஎம்-ஐ விட பிஏஎம் என்ற சுருக்கம் விரும்பப்பட்டது, எனவே புள்ளி ஏற்றுக்கொள்ளப்பட்ட பிறழ்வு என்ற சொல் மிகவும் தவறாமல் பயன்படுத்தப்படுகிறது. பிஏஎம்என் மேட்ரிக்ஸில் உள்ள மதிப்பு 100 அமினோ அமிலங்களுக்கு பிறழ்வுகளின் எண்ணிக்கையைக் குறிக்கிறது, இது பிறழ்வுகளின் சதவீதத்துடன் ஒப்பிடப்படலாம், ஏற்றுக்கொள்ளப்பட்ட பிறழ்வு சதவீதம் என்ற சொல் சில நேரங்களில் பயன்படுத்தப்படுகிறது. புள்ளி ஏற்றுக்கொள்ளப்பட்ட பிறழ்வுகள் (பிஏஎம்), புள்ளி ஏற்றுக்கொள்ளப்பட்ட பிறழ்வு மேட்ரிக்ஸ்கள் (பிஏஎம் மேட்ரிக்ஸ்கள்) மற்றும் பிஏஎம்என் மேட்ரிக்ஸை வேறுபடுத்துவது முக்கியம். 'புள்ளி ஏற்றுக்கொள்ளப்பட்ட பிறழ்வு' என்ற சொல் பிறழ்வு நிகழ்வைக் குறிக்கிறது. இருப்பினும், 'பிஏஎம் மேட்ரிக்ஸ்' என்பது மேட்ரிக்ஸின் ஒரு குடும்பத்தைக் குறிக்கிறது, இது சீரற்ற வாய்ப்பு காரணமாக அல்லாமல், தொடர்ச்சியான பிறழ்வு நிகழ்வுகள் காரணமாக இரண்டு அமினோ அமிலங்கள் சீரமைக்கப்படுவதற்கான சாத்தியக்கூறுகளைக் குறிக்கும் மதிப்பெண்களைக் கொண்டுள்ளது. 'பிஏஎம்என் மேட்ரிக்ஸ்' என்பது 100 அமினோ அமிலங்களுக்கு பிறழ்வு நிகழ்வுகள் ஏற்படுவதற்கு போதுமான காலக்கெடுவுடன் தொடர்புடைய பிஏஎம் மேட்ரிக்ஸ் ஆகும். 1978 ஆம் ஆண்டில் மார்கரெட் டேஹாஃப் என்பவரால் பிஏஎம் மெட்ரிக்குகளின் கட்டுமானம் அறிமுகப்படுத்தப்பட்டது. நெருக்கமான தொடர்புடைய புரதங்களின் 71 குடும்பங்களின் பைலோஜெனெடிக் மரங்களில் 1572 கவனிக்கப்பட்ட பிறழ்வுகளை அடிப்படையாகக் கொண்டு இந்த மேட்ரிக்ஸின் கணக்கீடு செய்யப்பட்டது. ஆய்வு செய்யப்பட வேண்டிய புரதங்கள் அவற்றின் முன்னோடிகளுடன் அதிக ஒற்றுமையைக் கொண்டிருப்பதன் அடிப்படையில் தேர்ந்தெடுக்கப்பட்டன. சேர்க்கப்பட்ட புரத சீரமைப்புகள் குறைந்தபட்சம் 85 சதவீதம் அடையாளத்தைக் காட்ட வேண்டும். இதன் விளைவாக, எந்தவொரு சீரமைக்கப்பட்ட பொருந்தாத தன்மைகளும் ஒரே இடத்தில் பலவற்றைக் காட்டிலும், ஒற்றை பிறழ்வு நிகழ்வின் விளைவாகும் என்று கருதுவது நியாயமானது. ஒவ்வொரு பிஏஎம் மேட்ரிக்ஸிலும் இருபது வரிசைகள் மற்றும் இருபது நெடுவரிசைகள் உள்ளன-ஒன்று மரபணு குறியீட்டால் மொழிபெயர்க்கப்பட்ட இருபது அமினோ அமிலங்களில் ஒவ்வொன்றையும் குறிக்கிறது. ஒரு பிஏஎம் மேட்ரிக்ஸின் ஒவ்வொரு செல்லிலும் உள்ள மதிப்பு, பிறழ்வு பின்னர் ஒரு நெடுவரிசை அமினோ அமிலத்துடன் சீரமைக்கப்படுவதற்கு முன்பு ஒரு வரிசை அமினோ அமிலத்தின் நிகழ்தகவுடன் தொடர்புடையது. இந்த வரையறையிலிருந்து, பிஏஎம் மேட்ரிக்ஸ்கள் ஒரு மாற்று மேட்ரிக்ஸுக்கு ஒரு எடுத்துக்காட்டு. பைலோஜெனெடிக் மரங்களிலிருந்து தரவு சேகரிப்பு புரதக் குடும்பங்களின் பைலோஜெனெடிக் மரங்களில் உள்ள ஒவ்வொரு கிளையிலும், காணப்பட்ட பொருந்தாதவற்றின் எண்ணிக்கை பதிவு செய்யப்பட்டது மற்றும் சம்பந்தப்பட்ட இரண்டு அமினோ அமிலங்களின் பதிவு வைக்கப்பட்டது. இந்த எண்ணிக்கைகள் மேட்ரிக்ஸின் முக்கிய மூலைவிட்டத்திற்குக் கீழே உள்ளீடுகளாகப் பயன்படுத்தப்பட்டன. பெரும்பாலான புரத மாதிரிகள் இன்று உயிருடன் இருக்கும் உயிரினங்களிலிருந்து வருவதால் (தற்போதுள்ள இனங்கள்), ஒரு பிறழ்வின் 'திசையை' தீர்மானிக்க முடியாது. அதாவது, பிறழ்வுக்கு முன்பு இருக்கும் அமினோ அமிலத்தை பிறழ்வுக்குப் பிறகு மாற்றப்பட்ட அமினோ அமிலத்திலிருந்து வேறுபடுத்த முடியாது. இதன் காரணமாக, மேட்ரிக்ஸ் சமச்சீர் என்று கருதப்படுகிறது, மேலும் முக்கிய மூலைவிட்டத்திற்கு மேலே உள்ள உள்ளீடுகள் இந்த அடிப்படையில் கணக்கிடப்படுகின்றன. மூலைவிட்டத்தில் உள்ள உள்ளீடுகள் பிறழ்வுகளுடன் ஒத்துப் போவதில்லை, மேலும் அவை நிரப்பப்படாமல் விடப்படலாம். இந்த எண்ணிக்கைகளைத் தவிர, அமினோ அமிலங்களின் மாறுபாடு மற்றும் அதிர்வெண் பற்றிய தரவுகளும் பெறப்பட்டன. ஒரு அமினோ அமிலத்தின் பிறழ்வு என்பது அது சம்பந்தப்பட்ட பிறழ்வுகளின் எண்ணிக்கை மற்றும் ஒரு சீரமைப்பில் அது எத்தனை முறை நிகழ்கிறது என்பதன் விகிதமாகும். ஒரு அமினோ அமிலம் ஏற்றுக்கொள்ளக்கூடிய வகையில் மாறுவதற்கான சாத்தியக்கூறுகள் எவ்வளவு என்பதை மாற்றத்தக்க தன்மை அளவிடுகிறது. சிறிய துருவ பக்க சங்கிலியைக் கொண்ட அமினோ அமிலமான அஸ்பாரஜின் அமினோ அமிலங்களில் மிகவும் மாறக்கூடியதாக இருப்பது கண்டறியப்பட்டது. சிஸ்டைன் மற்றும் டிரிப்டோபான் ஆகியவை மிகக் குறைந்த மாற்றத்தக்க அமினோ அமிலங்களாகக் கண்டறியப்பட்டன. சிஸ்டைன் மற்றும் டிரிப்டோபானுக்கான பக்கச் சங்கிலிகள் குறைவான பொதுவான கட்டமைப்புகளைக் கொண்டுள்ளனஃ சிஸ்டைனின் பக்கச் சங்கிலியில் கந்தகம் உள்ளது, இது மற்ற சிஸ்டைன் மூலக்கூறுகளுடன் டைசல்பைடு பிணைப்புகளில் பங்கேற்கிறது, மேலும் டிரிப்டோபானின் பக்கச் சங்கிலி பெரியதாகவும் நறுமணமாகவும் உள்ளது. பல சிறிய துருவ அமினோ அமிலங்கள் இருப்பதால், அமினோ அமிலங்கள் அவற்றின் இயற்பியல் மற்றும் வேதியியல் பண்புகள் மாற்று அமினோ அமிலங்களில் மிகவும் பொதுவானதாக இருந்தால் அவை ஏற்றுக்கொள்ளக்கூடிய வகையில் பிறழ்வடைய அதிக வாய்ப்புள்ளது என்று இந்த உச்சநிலைகள் தெரிவிக்கின்றன. பிறழ்வு மேட்ரிக்ஸின் கட்டுமானம் th அமினோ அமிலத்திற்கு, மதிப்புகள் மற்றும் அதன் பிறழ்வு மற்றும் அதிர்வெண் ஆகும். அமினோ அமிலங்களின் அதிர்வெண்கள் இயல்பாக்கப்படுகின்றன, இதனால் அவை 1 ஆக இருக்கும். ஒன்பதாவது அமினோ அமிலத்தின் மொத்த நிகழ்வுகளின் எண்ணிக்கை மற்றும் அனைத்து அமினோ அமிலங்களின் மொத்த எண்ணிக்கையாக இருந்தால், பின்னர் ஒரு அமினோ அமிலம் அல்லது பிறழ்வு மேட்ரிக்ஸின் நிகழ்வுகளுக்கான பிறழ்வுகளின் விகிதம் என மாற்றத்தின் வரையறையின் அடிப்படையில் கட்டமைக்கப்பட்டுள்ளது, இதனால் நுழைவு குறிக்கிறது ஒன்பதாவது அமினோ அமிலம் ஒன்பதாவது அமினோ அமிலமாக மாறுவதற்கான நிகழ்தகவு. விகிதாசாரத்தின் மாறிலி இருக்கும் சமன்பாட்டின் மூலம் மூலைவிட்டமற்ற உள்ளீடுகள் கணக்கிடப்படுகின்றன. இருப்பினும், இந்த சமன்பாடு மூலைவிட்ட உள்ளீடுகளைக் கணக்கிடாது. மேட்ரிக்ஸில் உள்ள ஒவ்வொரு நெடுவரிசையும் ஒரு அமினோ அமிலத்திற்கான இருபது சாத்தியமான விளைவுகளில் ஒவ்வொன்றையும் பட்டியலிடுகிறது-இது மற்ற 19 அமினோ அமிலங்களில் ஒன்றாக மாறலாம் அல்லது மாறாமல் இருக்கலாம். 19 பிறழ்வுகளில் ஒவ்வொன்றின் நிகழ்தகவுகளையும் பட்டியலிடும் மூலைவிட்டமற்ற உள்ளீடுகள் அறியப்படுவதாலும், இந்த இருபது விளைவுகளின் நிகழ்தகவுகளின் கூட்டுத்தொகை 1 ஆக இருக்க வேண்டும் என்பதாலும், இந்த கடைசி நிகழ்தகவைக் கணக்கிட முடியும், இதன் மூலம் {| வகுப்பு = "நிறங்கள் சுருங்கக்கூடிய சரிவு" அகலம் = "60 சதவீதம்" பாணி = "உரை-சீரமைப்புஃ இடது"! மூலைவிட்ட உள்ளீடுகளின் கணக்கீடு |-| மூலைவிட்டமற்ற உள்ளீடுகள் பிறழ்வு மேட்ரிக்ஸின் வெளிப்பாட்டிற்கு மாற்றாகஃ மூலைவிட்டமற்ற உள்ளீடுகளின் மதிப்புகள் மற்றும் மாறிலிகளின் மதிப்புடன் மாறாத மாறிலிகள் என்பதால் ரத்துசெய்தல் |} மூலைவிட்டமற்ற உள்ளீடுகளுக்கு குறிப்பிட்ட முக்கியத்துவத்தின் விளைவாகும், அதாவது பிறழ்வு மேட்ரிக்ஸில் உள்ள அனைத்து உள்ளீடுகளுக்கும் விகிதாசார மாறிலியின் தேர்வு இந்த உறவைத் தீர்மானிக்க முயற்சிப்பதற்குப் பதிலாக, மதிப்புகள் ஒரு குறுகிய காலத்திற்கு கணக்கிடப்படுகின்றன, மேலும் நீண்ட காலத்திற்கான மேட்ரிக்ஸ்கள் பிறழ்வுகள் ஒரு மார்கோவ் சங்கிலி மாதிரியைப் பின்பற்றுகின்றன என்று கருதி கணக்கிடப்படுகின்றன. பி. ஏ. எம் மெட்ரிக்குகளுக்கான நேரத்தின் அடிப்படை அலகு என்பது 100 அமினோ அமிலங்களுக்கு 1 பிறழ்வு ஏற்படுவதற்குத் தேவையான நேரமாகும், இது சில நேரங்களில் 'பி. ஏ. எம் அலகு' அல்லது 'பி. ஏ. எம்' என்று அழைக்கப்படுகிறது. இது துல்லியமாக PAM1 மேட்ரிக்ஸால் கருதப்படும் பிறழ்வின் காலமாகும். மாறாத அமினோ அமிலங்களின் விகிதத்தைக் கட்டுப்படுத்த மாறிலி பயன்படுத்தப்படுகிறது. குறைந்தபட்சம் 85 சதவீதம் ஒற்றுமையைக் கொண்ட புரதங்களின் சீரமைப்புகளை மட்டுமே பயன்படுத்துவதன் மூலம், காணப்பட்ட பிறழ்வுகள் எந்த இடைநிலை நிலைகளும் இல்லாமல் நேரடியானவை என்று நியாயமான முறையில் கருதலாம். இதன் பொருள் என்னவென்றால், இந்த எண்ணிக்கையை ஒரு பொதுவான காரணியால் அளவிடுவது, ஒற்றுமை 100% க்கு நெருக்கமாக இருந்தால், பிறழ்வு எண்ணிக்கையின் துல்லியமான மதிப்பீட்டை வழங்கும். இதன் பொருள் என்னவென்றால், 100 அமினோ அமிலங்களுக்கு ஏற்படும் பிறழ்வுகளின் எண்ணிக்கை, பி. ஏ. எம். என் இல் 100 அமினோ அமிலங்களுக்கு பிறழ்ந்த அமினோ அமிலங்களின் எண்ணிக்கைக்கு சமம். PAM1 மேட்ரிக்ஸிற்கான பிறழ்வு மேட்ரிக்ஸைக் கண்டறிய, ஒரு வரிசையில் உள்ள அமினோ அமிலங்களில் 99 சதவீதம் பாதுகாக்கப்பட வேண்டும் என்ற தேவை விதிக்கப்படுகிறது. இந்த அளவு பாதுகாக்கப்பட்ட அமினோ அமில அலகுகளின் எண்ணிக்கைக்கு சமம், எனவே பாதுகாக்கப்பட்ட அமினோ அமிலங்களின் மொத்த எண்ணிக்கை என்பது பிறழ்வுக்குப் பிறகு 99 சதவீதம் அடையாளத்தை உருவாக்கத் தேர்ந்தெடுக்க வேண்டிய மதிப்பு பின்னர் சமன்பாட்டால் வழங்கப்படுகிறது இந்த மதிப்பை பின்னர் பிஏஎம் 1 மேட்ரிக்ஸிற்கான பிறழ்வு மேட்ரிக்ஸில் பயன்படுத்தலாம். பிஏஎம்என் மேட்ரிக்ஸின் கட்டுமானம் புரத பிறழ்வின் மார்கோவ் சங்கிலி மாதிரி பிஏஎம்என்-க்கான பிறழ்வு மேட்ரிக்ஸை, பிஏஎம் 1 மேட்ரிக்ஸிற்கான பிறழ்வு மேட்ரிக்ஸுடன், எளிய உறவின் மூலம் தொடர்புபடுத்துகிறது பிஏஎம்என் மேட்ரிக்ஸ் ஒன்பதாவது அமினோ அமிலத்தை ஒன்பதாவது அமினோ அமிலத்துடன் மாற்றும் புள்ளி ஏற்றுக்கொள்ளப்பட்ட பிறழ்வுகளின் நிகழ்தகவின் விகிதத்திலிருந்து கட்டமைக்கப்படுகிறது, இந்த அமினோ அமிலங்கள் தற்செயலாக சீரமைக்கப்படுவதற்கான நிகழ்தகவு. பிஏஎம்என் மேட்ரிக்ஸின் உள்ளீடுகள் சமன்பாட்டின் மூலம் வழங்கப்படுகின்றன, குஸ்ஃபீல்டின் புத்தகத்தில் உள்ளீடுகள் மற்றும் அவை ஒன்பதாவது அமினோ அமிலம் ஒன்பதாவது அமினோ அமிலமாக மாறுவதற்கான நிகழ்தகவுடன் தொடர்புடையவை என்பதைக் கவனியுங்கள். பிஏஎம் மேட்ரிக்ஸின் உள்ளீடுகளுக்கான வெவ்வேறு சமன்பாடுகளின் தோற்றம் இதுதான். இரண்டு புரதங்களின் சீரமைப்பைப் பெற PAMn மேட்ரிக்ஸைப் பயன்படுத்தும் போது, பின்வரும் அனுமானம் செய்யப்படுகிறதுஃ இந்த இரண்டு புரதங்களும் தொடர்புடையவை என்றால், அவற்றைப் பிரிக்கும் பரிணாம இடைவெளி என்பது 100 அமினோ அமிலங்களுக்கு புள்ளி ஏற்றுக்கொள்ளப்பட்ட பிறழ்வுகள் ஏற்படுவதற்கு எடுக்கும் நேரமாகும். th மற்றும் th அமினோ அமிலங்களின் சீரமைப்பைக் கருத்தில் கொள்ளும்போது, புரதங்கள் தொடர்புடையவை அல்லது சீரற்ற வாய்ப்பு காரணமாக சீரமைப்பின் ஒப்பீட்டு சாத்தியக்கூறுகளை மதிப்பெண் குறிக்கிறது. புரதங்கள் தொடர்புடையவை என்றால், அசல் அமினோ அமிலத்தை அதன் மாற்றாக மாற்றுவதற்கு தொடர்ச்சியான புள்ளி ஏற்றுக்கொள்ளப்பட்ட பிறழ்வுகள் ஏற்பட்டிருக்க வேண்டும். th அமினோ அமிலம் அசல் என்று வைத்துக்கொள்வோம். புரதங்களில் உள்ள அமினோ அமிலங்களின் மிகுதியின் அடிப்படையில், th அமினோ அமிலம் அசல் இருப்பதற்கான நிகழ்தகவு. இந்த அமினோ அமிலத்தின் எந்தவொரு குறிப்பிட்ட அலகு கொடுக்கப்பட்டால், கருதப்பட்ட நேர இடைவெளியில் th அமினோ அமிலத்தால் மாற்றப்படுவதற்கான நிகழ்தகவு. எனவே, சீரமைப்பின் நிகழ்தகவு, மடக்கைக்குள் உள்ள எண். புரதங்கள் தொடர்புபடுத்தப்படாவிட்டால், இரண்டு சீரமைக்கப்பட்ட அமினோ அமிலங்கள் th மற்றும் th அமினோ அமிலங்களாக இருக்கும் நிகழ்வுகள் சுயாதீனமாக இருக்க வேண்டும். இந்த நிகழ்வுகளின் நிகழ்தகவுகள் மற்றும், அதாவது சீரமைப்பின் நிகழ்தகவு, மடக்கை வகுத்தல் ஆகும். எனவே, சமன்பாட்டில் உள்ள மடக்கை, புள்ளி ஏற்றுக்கொள்ளப்பட்ட பிறழ்வுகள் காரணமாக சீரமைப்பு அதிகமாக இருந்தால் நேர்மறை உள்ளீட்டிலும், சீரமைப்பு வாய்ப்பு காரணமாக அதிகமாக இருந்தால் எதிர்மறை உள்ளீட்டிலும் விளைகிறது. பி. ஏ. எம் மேட்ரிக்ஸின் பண்புகள் பி. ஏ. எம் மேட்ரிக்ஸின் சமச்சீர் பிறழ்வு நிகழ்தகவு மேட்ரிக்ஸ் சமச்சீர் அல்ல என்றாலும், பி. ஏ. எம் மேட்ரிக்ஸ்கள் ஒவ்வொன்றும் உள்ளன. இந்த சற்றே ஆச்சரியமான பண்பு பிறழ்வு நிகழ்தகவு மேட்ரிக்ஸுக்கு குறிப்பிடப்பட்ட உறவின் விளைவாகும்ஃ உண்மையில், இந்த உறவு மேட்ரிக்ஸின் அனைத்து நேர்மறை முழு எண் சக்திகளுக்கும் பொருந்தும்ஃ {| வகுப்பு = "நிறங்கள் இடிந்து விழும்" அகலம் = "60 சதவீதம்" பாணி = "உரை-சீரமைப்புஃ இடது"! நேர்மறை முழு எண் மேட்ரிக்ஸ் சக்திகளுக்கு பண்பை பொதுமைப்படுத்துதல் |-| இந்த பொதுமைப்படுத்தலை கணித தூண்டலைப் பயன்படுத்தி நிரூபிக்க முடியும். ஒரு மேட்ரிக்ஸுக்கு மற்றும் ஒரு நேர்மறை முழு எண்ணுக்கு என்று வைத்துக்கொள்வோம் மேட்ரிக்ஸ் உற்பத்தியின் விரிவாக்கத்தால், மேட்ரிக்ஸின் பண்பைப் பயன்படுத்தி மேட்ரிக்ஸின் பண்பைப் பயன்படுத்துகிறோம். இருப்பினும், மேற்கண்ட வாதம் சொத்தும் பொருந்தும் என்பதைக் காட்டுகிறது. இந்த புதிய அறிவு பின்னர் பண்பு வைத்திருப்பதைக் காட்டுகிறது, மேலும் இது அனைத்து நேர்மறை முழு எண்களுக்கும் பண்பு வைத்திருப்பதைக் காட்ட மீண்டும் மீண்டும் செய்கிறது. இதன் விளைவாக, பி. ஏ. எம். என் மேட்ரிக்ஸின் உள்ளீடுகள் சமச்சீராக உள்ளன, ஏனெனில் பிறழ்ந்த அமினோ அமிலங்களின் எண்ணிக்கை மற்றும் பிறழ்வுகளின் எண்ணிக்கையை தொடர்புபடுத்துவது மதிப்பு 100 அமினோ அமிலங்களுக்கு ஏற்படும் பிறழ்வுகளின் எண்ணிக்கையைக் குறிக்கிறது, இருப்பினும் இந்த மதிப்பு அரிதாகவே அணுகக்கூடியது மற்றும் பெரும்பாலும் மதிப்பிடப்படுகிறது. இருப்பினும், இரண்டு புரதங்களை ஒப்பிடும்போது அதற்கு பதிலாக கணக்கிடுவது எளிது, இது 100 அமினோ அமிலங்களுக்கு பிறழ்ந்த அமினோ அமிலங்களின் எண்ணிக்கை. பிறழ்வின் சீரற்ற தன்மை இருந்தபோதிலும், இந்த மதிப்புகள் தோராயமாக {| வகுப்பு = "நிறங்கள் உடைக்கக்கூடிய சரிவு" அகலம் = "60 சதவீதம்" பாணி = "உரை-சீரமைப்புஃ இடது"! மற்றும் |-| இடையேயான உறவின் வழித்தோன்றல் ஒரு புரதத்தின் முதன்மை கட்டமைப்பில் உள்ள பிறழ்வுகள் வரிசையில் எங்கும் நிகழலாம். அமினோ அமில நிலைகளுக்கு இடையிலான பிறழ்வுகளின் விநியோகம் ஒரே மாதிரியாக இருப்பதாகக் கருதப்பட்டால், சிக்கல் "பந்துகளை தொட்டிகளில்" விநியோகிப்பதற்கு ஒத்ததாக இருக்கும், இது ஒருங்கிணைப்பில் ஒரு பொதுவான சிக்கலாகும். பந்துகள் இருக்கும் விஷயத்தில் (அதாவது. பிறழ்வுகள்) தொட்டிகளில் (அமினோ அமில நிலைகள்) விநியோகிக்கப்படுகின்றன, குறைந்தபட்சம் ஒரு பந்தைக் கொண்ட தொட்டிகளின் எண்ணிக்கை, ஒரு சராசரி மூலம் கொடுக்கப்பட்ட விநியோகத்தைக் கொண்டுள்ளது. பிஏஎம்என் மேட்ரிக்ஸின் கால இடைவெளியில் மாறாத அமினோ அமிலங்களின் மொத்த எண்ணிக்கை மற்றும் எனவே மாறாத அமினோ அமிலங்களின் விகிதம் ஒரு எடுத்துக்காட்டு-பிஏஎம் 250 ஏ பிஏஎம் 250 என்பது வரிசை ஒப்பீட்டிற்கு பொதுவாகப் பயன்படுத்தப்படும் மதிப்பெண் மேட்ரிக்ஸ் ஆகும். மேட்ரிக்ஸின் கீழ் பாதி மட்டுமே கணக்கிடப்பட வேண்டும், ஏனெனில் அவற்றின் கட்டுமானத்தால், பிஏஎம் மேட்ரிக்ஸ்கள் சமச்சீராக இருக்க வேண்டும். 20 அமினோ அமிலங்களில் ஒவ்வொன்றும் மேட்ரிக்ஸின் மேல் மற்றும் பக்கவாட்டில் 3 கூடுதல் தெளிவற்ற அமினோ அமிலங்களுடன் காட்டப்படுகின்றன. அமினோ அமிலங்கள் பொதுவாக அகரவரிசையில் பட்டியலிடப்பட்டுள்ளன அல்லது குழுக்களாக பட்டியலிடப்பட்டுள்ளன. இந்த குழுக்கள் அமினோ அமிலங்களுக்கிடையே பகிரப்படும் பண்புகளாகும். உயிர் தகவலியலில் பயன்பாடுகள் பைலோஜெனெடிக் மரங்களில் வேறுபடும் நேரத்தை தீர்மானித்தல் மூலக்கூறு கடிகார கருதுகோள் ஒரு குறிப்பிட்ட புரதத்தில் அமினோ அமில மாற்றீடு விகிதம் காலப்போக்கில் தோராயமாக நிலையானதாக இருக்கும் என்று கணித்துள்ளது, இருப்பினும் இந்த விகிதம் புரத குடும்பங்களுக்கு இடையில் மாறுபடலாம். ஒரு புரதத்தில் ஒரு அமினோ அமிலத்திற்கு ஏற்படும் பிறழ்வுகளின் எண்ணிக்கை காலப்போக்கில் தோராயமாக நேரியல் ரீதியாக அதிகரிக்கிறது என்பதை இது குறிக்கிறது. இரண்டு புரதங்கள் பிரிந்த நேரத்தை தீர்மானிப்பது பைலோஜெனெடிக்ஸில் ஒரு முக்கியமான பணியாகும். பூமியின் பரிணாம வரலாற்றின் காலவரிசையில் நிகழ்வுகளின் நிலையை நிறுவ புதைபடிவ பதிவுகள் பெரும்பாலும் பயன்படுத்தப்படுகின்றன, ஆனால் இந்த ஆதாரத்தின் பயன்பாடு குறைவாகவே உள்ளது. இருப்பினும், புரதக் குடும்பத்தின் மூலக்கூறு கடிகாரம்-அதாவது, ஒரு அமினோ அமிலத்திற்கு பிறழ்வுகளின் எண்ணிக்கை அதிகரிக்கும் விகிதம்-அறியப்பட்டால், இந்த எண்ணிக்கையிலான பிறழ்வுகளை அறிந்துகொள்வது வேறுபட்ட தேதியைக் கண்டறிய அனுமதிக்கும். இன்று வாழும் உயிரினங்களிலிருந்து எடுக்கப்பட்ட இரண்டு தொடர்புடைய புரதங்களுக்கான வேறுபாடு தேதி தேடப்படுகிறது என்று வைத்துக்கொள்வோம். இரண்டு புரதங்களும் வேறுபட்ட தேதியிலிருந்து ஏற்றுக்கொள்ளப்பட்ட பிறழ்வுகளைக் குவித்து வருகின்றன, எனவே அவற்றைப் பிரிக்கும் ஒரு அமினோ அமிலத்தின் மொத்த பிறழ்வுகளின் எண்ணிக்கை அவற்றின் பொதுவான மூதாதையர்களிடமிருந்து பிரிக்கும் எண்ணிக்கையை விட இரண்டு மடங்கு அதிகமாகும். தொடர்புடையதாக அறியப்படும் இரண்டு புரதங்களை சீரமைக்க பி. ஏ. எம் மேட்ரிக்ஸின் வரம்பு பயன்படுத்தப்பட்டால், பி. ஏ. எம். என் மேட்ரிக்ஸின் மதிப்பு, சிறந்த மதிப்பெண்ணை விளைவிக்கும், இரண்டு புரதங்களைப் பிரிக்கும் ஒரு அமினோ அமிலத்தின் பிறழ்வுகளுடன் ஒத்திருக்க வாய்ப்புள்ளது. இந்த மதிப்பை பாதியாகக் குறைத்து, புரதக் குடும்பத்தில் ஏற்றுக்கொள்ளப்பட்ட பிறழ்வுகள் குவியும் விகிதத்தால் வகுப்பது, இந்த இரண்டு புரதங்களும் அவற்றின் பொதுவான மூதாதையர்களிடமிருந்து வேறுபடும் நேரத்தின் மதிப்பீட்டை வழங்குகிறது. அதாவது, மைரில் வேறுபடும் நேரம் ஒரு அமினோ அமிலத்திற்கு பிறழ்வுகளின் எண்ணிக்கை எங்கே, மற்றும் ஒரு மில்லியன் ஆண்டுகளுக்கு ஒரு அமினோ அமில தளத்திற்கு பிறழ்வுகளில் ஏற்றுக்கொள்ளப்பட்ட பிறழ்வு குவிப்பு விகிதம் ஆகும். சீரமைப்பின் தரத்தை தீர்மானிக்க டிஎன்ஏ வரிசைகள் அல்லது புரத வரிசைகளை ஒப்பிடும்போது பிளேஸ்ட் பிஏஎம் மேட்ரிக்ஸில் பயன்படுத்தப்படுவது ஸ்கோரிங் மேட்ரிக்ஸாகவும் பயன்படுத்தப்படுகிறது. மதிப்பெண் முறையின் இந்த வடிவம் பிளாஸ்ட் உள்ளிட்ட பரந்த அளவிலான சீரமைப்பு மென்பொருளால் பயன்படுத்தப்படுகிறது. பி. ஏ. எம் மற்றும் ப்ளோஸம் ஆகியவற்றை ஒப்பிடுவது பி. ஏ. எம் லாக்-ஆட்ஸ் மேட்ரிக்ஸ்கள் பிளாஸ்டுடன் பயன்படுத்தப்பட்ட முதல் மதிப்பெண் மேட்ரிக்ஸ்களாக இருந்தபோதிலும், பி. ஏ. எம் மேட்ரிக்ஸ்கள் பெரும்பாலும் ப்ளோஸம் மேட்ரிக்ஸ்களால் மாற்றப்பட்டுள்ளன. இரண்டு மெட்ரிக்குகளும் ஒரே மாதிரியான மதிப்பெண் முடிவுகளை அளித்தாலும் அவை வெவ்வேறு முறைகளைப் பயன்படுத்தி உருவாக்கப்பட்டன. பி. எல். ஓ. எஸ். யு. எம் மேட்ரிக்ஸ்கள் சீரமைக்கப்பட்ட தொகுதிகளில் உள்ள அமினோ அமில வேறுபாடுகளிலிருந்து நேரடியாக உருவாக்கப்பட்டன, அவை வெவ்வேறு அளவுகளுக்கு வேறுபட்டுள்ளன, பி. ஏ. எம் மேட்ரிக்ஸ்கள் நீண்ட கால அளவுகளுடன் நெருக்கமாக தொடர்புடைய வரிசைகளின் அடிப்படையில் பரிணாமத் தகவல்களின் எக்ஸ்ட்ராபோலேஷனை பிரதிபலிக்கின்றன. பிஏஎம் மற்றும் ப்ளோசம் மேட்ரிக்ஸ்களுக்கான மதிப்பெண் தகவல்கள் மிகவும் மாறுபட்ட வழிகளில் உருவாக்கப்பட்டதால், மேட்ரிக்ஸ்களுடன் தொடர்புடைய எண்கள் அடிப்படையில் வெவ்வேறு அர்த்தங்களைக் கொண்டுள்ளன; அதிக மாறுபட்ட புரதங்களுக்கிடையேயான ஒப்பீடுகளுக்கு பிஏஎம் மேட்ரிக்ஸ்களுக்கான எண்கள் அதிகரிக்கின்றன, அதே நேரத்தில் ப்ளோசம் மேட்ரிக்ஸ்களுக்கான எண்கள் குறைகின்றன. இருப்பினும், அனைத்து அமினோ அமில மாற்று மேட்ரிக்ஸ்களையும் அவற்றின் உறவினர் என்ட்ரோபியைப் பயன்படுத்தி ஒரு தகவல் கோட்பாட்டு கட்டமைப்பில் ஒப்பிடலாம். மேலும் பார்க்கவும் புள்ளி பிறழ்வு வரிசை சீரமைப்பு மார்கரெட் டேஹாஃப் மூலக்கூறு கடிகாரம் ப்ளோஸம் பிளாஸ்ட் குறிப்புகள் வெளிப்புற இணைப்புகள் http://www.inf.ethz.ch/personal/gonnet/DarwinManual/node148.html http://www.bioinformatics.nl/tools/pam.html ஒரு PAM மேட்ரிக்ஸை விரைவாகக் கணக்கிடுவதற்கு. http://web.expasy.org/docs/relnotes/relstat.html சுவிஸ்-புரோட் புரத அறிவுத் தளத்தின் மிக சமீபத்திய புள்ளிவிவரங்கள். பிரிவு 6.1 மிகவும் புதுப்பித்த அமினோ அமில அதிர்வெண்களைக் கொண்டுள்ளது பிறழ்வு உயிர் தகவலியல்