RAPTOR (software)
ராப்டர் என்பது புரத அமைப்பு முன்கணிப்புக்கு பயன்படுத்தப்படும் புரத நூல் மென்பொருளாகும். இது ராப்டர்எக்ஸ் மூலம் மாற்றப்பட்டுள்ளது, இது ராப்டரை விட மிகவும் துல்லியமானது. புரோட்டீன் த்ரெடிங் மற்றும் ஹோமோலஜி மாடலிங் நுட்பங்களின் ஒப்பீடு ஒரு புரதத்தின் கட்டமைப்பைத் தீர்க்க முயற்சிக்கும் ஆராய்ச்சியாளர்கள் புரத வரிசையை விட சற்று அதிகமாக தங்கள் ஆய்வைத் தொடங்குகிறார்கள். புரோட்டீன் தரவு வங்கியில் (பி. டி. பி) அறியப்பட்ட கட்டமைப்புடன் ஒத்த காட்சிகளைக் கண்டறிய பி. எஸ். ஐ-பிளாஸ்ட் அல்லது பேட்டர்ன்ஹண்டர் தேடலைச் செய்வது ஆரம்ப கட்டங்களில் அடங்கும். அறியப்பட்ட கட்டமைப்புகளுடன் மிகவும் ஒத்த வரிசைகள் இருந்தால், இந்த புரதத்தின் அமைப்பு அறியப்பட்ட கட்டமைப்புகள் மற்றும் செயல்பாடுகளுக்கு மிகவும் ஒத்ததாக இருக்கும் என்பதற்கு அதிக நிகழ்தகவு உள்ளது. ஹோமோலஜி இல்லை என்றால், ஆராய்ச்சியாளர் எக்ஸ்-ரே படிகவியல் அல்லது நியூக்ளியர் காந்த அதிர்வு (என். எம். ஆர்) ஸ்பெக்ட்ரோஸ்கோபி செய்ய வேண்டும், இவை இரண்டும் ஒரு கட்டமைப்பை வழங்க கணிசமான நேரமும் வளங்களும் தேவைப்படுகின்றன. இந்த நுட்பங்கள் மிகவும் விலை உயர்ந்தவை, நேரத்தை எடுத்துக்கொள்வது அல்லது வரம்பில் மட்டுப்படுத்தப்பட்டவை, ஆராய்ச்சியாளர்கள் புரதத்தின் மிகவும் நம்பகமான மாதிரியை உருவாக்க ராப்டர் போன்ற புரத நூற்பு மென்பொருளைப் பயன்படுத்தலாம். புரோட்டீன் த்ரெடிங் ஹோமோலஜி மாடலிங் விட மிகவும் பயனுள்ளதாக இருக்கும், குறிப்பாக வரிசை சீரமைப்பு மூலம் கண்டறியக்கூடிய சில ஹோமோலோக்குகளைக் கொண்ட புரதங்களுக்கு. இரண்டு முறைகளும் ஒரு வார்ப்புருவிலிருந்து புரத கட்டமைப்பை முன்கணிக்கின்றன. ஒரு புரத வரிசை கொடுக்கப்பட்டால், ஒரு வரிசை-கட்டமைப்பு சீரமைப்பின் தகுதியை அளவிடும் ஒரு மதிப்பெண் செயல்பாட்டை மேம்படுத்துவதன் மூலம் ஒரு கட்டமைப்பு நூலகத்தில் உள்ள ஒவ்வொரு வார்ப்புருவிற்கும் புரத நூற்பு முதலில் வரிசையை சீரமைக்கிறது (நூல்கள்). கட்டமைப்பு மாதிரியை உருவாக்க தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட சிறந்த வார்ப்புரு பயன்படுத்தப்படுகிறது. ஹோமோலஜி மாடலிங் போலல்லாமல், இது முற்றிலும் ஹோமோலஜி தகவல்களை (வரிசை சீரமைப்புகள்) அடிப்படையாகக் கொண்டு வார்ப்புருவைத் தேர்ந்தெடுக்கிறது, புரத நூலில் பயன்படுத்தப்படும் மதிப்பெண் செயல்பாடு ஹோமோலஜி மற்றும் கட்டமைப்பு தகவல் (வரிசை அமைப்பு சீரமைப்புகள்) இரண்டையும் பயன்படுத்துகிறது. ஒரு வரிசைக்கு குறிப்பிடத்தக்க ஒத்திசைவு இல்லை என்றால், இந்த விஷயத்தில் ஒத்திசைவு மாதிரியாக்கம் நம்பகமான கணிப்பை வழங்காது. ஹோமோலஜி தகவல் இல்லாமல், புரோட்டீன் த்ரெடிங் இன்னும் நல்ல கணிப்பை உருவாக்க கட்டமைப்பு தகவலைப் பயன்படுத்தலாம். பிளேஸ்டுடன் ஒரு நல்ல டெம்ப்ளேட்டைப் பெறுவதற்கான தோல்வியுற்ற முயற்சிகள் பெரும்பாலும் பயனர்கள் ராப்டர் மூலம் முடிவுகளை செயலாக்குகின்றன. முழு எண் நிரலாக்கம் எதிராக மாறும் நிரலாக்கம் ராப்டருக்கான முழு எண் நிரலாக்க அணுகுமுறை மற்ற புரத நூல் முறைகளை விட அதிக தரமான மாதிரிகளை உருவாக்குகிறது. பெரும்பாலான திரையிடல் மென்பொருள்கள் ஒரு வார்ப்புருவுடன் ஒரு வரிசையை சீரமைக்கும்போது அவற்றின் மதிப்பெண் செயல்பாடுகளை மேம்படுத்த டைனமிக் நிரலாக்கத்தைப் பயன்படுத்துகின்றன. முழு எண் நிரலாக்கத்தை விட டைனமிக் நிரலாக்கத்தை செயல்படுத்துவது மிகவும் எளிதானது; இருப்பினும் ஒரு ஸ்கோரிங் செயல்பாடு ஜோடி வாரியாக தொடர்பு திறனைக் கொண்டிருந்தால், டைனமிக் நிரலாக்கம் உலகளவில் அத்தகைய ஸ்கோரிங் செயல்பாட்டை உகந்ததாக்க முடியாது, அதற்கு பதிலாக உள்ளூர் உகந்த சீரமைப்பை உருவாக்குகிறது. ஜோடி வாரியான தொடர்புகள் புரத கட்டமைப்பில் மிகவும் பாதுகாக்கப்பட்டுள்ளன மற்றும் முன்கணிப்பு துல்லியத்திற்கு முக்கியமானவை. முழு எண் நிரலாக்கம் உலகளவில் ஜோடி வாரியான தொடர்பு திறனுடன் ஒரு மதிப்பெண் செயல்பாட்டை மேம்படுத்தலாம் மற்றும் உலகளாவிய உகந்த சீரமைப்பை உருவாக்கலாம். கம்போனன்ட்ஸ் த்ரெடிங் என்ஜின்கள் நோகோர், என்பிசோர் மற்றும் ஐபி ஆகியவை ராப்டரில் செயல்படுத்தப்படும் மூன்று வெவ்வேறு த்ரெடிங் என்ஜின்கள் ஆகும். NoCore மற்றும் NPCore ஆகியவை டைனமிக் நிரலாக்கத்தை அடிப்படையாகக் கொண்டவை மற்றும் IP ஐ விட வேகமானவை. அவற்றுக்கிடையே உள்ள வேறுபாடு என்னவென்றால், NPCore இல், ஒரு டெம்ப்ளேட் பல "கோர்" பகுதிகளாக பகுப்பாய்வு செய்யப்படுகிறது. மையப்பகுதி என்பது கட்டமைப்பு ரீதியாக பாதுகாக்கப்பட்ட பகுதியாகும். ஐபி என்பது ராப்டரின் தனித்துவமான முழு எண் நிரலாக்க அடிப்படையிலான நூல் இயந்திரமாகும். இது மற்ற இரண்டு நூற்பு இயந்திரங்களை விட சிறந்த சீரமைப்புகள் மற்றும் மாதிரிகளை உருவாக்குகிறது. மக்கள் எப்போதும் நோகோர் மற்றும் என். பி. சி. ஓருடன் தொடங்கலாம். அவர்களின் கணிப்புகள் போதுமானதாக இல்லாவிட்டால், ஐபி ஒரு சிறந்த தேர்வாக இருக்கலாம். மூன்று முறைகளும் இயக்கப்பட்ட பிறகு, ஒரு எளிய ஒருமித்த கருத்து சிறந்த கணிப்பைக் கண்டறிய உதவும். 3டி கட்டமைப்பு மாடலிங் தொகுதி ராப்டரில் பயன்படுத்தப்படும் இயல்புநிலை 3டி கட்டமைப்பு மாடலிங் கருவி OWL ஆகும். முப்பரிமாண கட்டமைப்பு மாதிரியாக்கம் இரண்டு படிகளை உள்ளடக்கியது. முதல் படி லூப் மாடலிங் ஆகும், இது இலக்கு வரிசையில் உள்ள பகுதிகளை மாதிரியாக்குகிறது, இது வார்ப்புருவில் எதுவும் இல்லை. அனைத்து சுழல்களும் வடிவமைக்கப்பட்டு, முதுகெலும்பு தயாராக இருக்கும் பிறகு, பக்க சங்கிலிகள் முதுகெலும்பு இணைக்கப்பட்டு பேக் செய்யப்படுகின்றன. லூப் மாடலிங்கிற்கு, சுழற்சிகளை நிரப்பவும் மோதல்களைத் தவிர்க்கவும் ஒரு சுழற்சி ஒருங்கிணைப்பு வம்சாவளி வழிமுறை பயன்படுத்தப்படுகிறது. பக்க சங்கிலி பேக்கிங்கிற்கு, அனைத்து பக்க சங்கிலிகளையும் பேக் செய்ய ஒரு மரம் சிதைவு வழிமுறை பயன்படுத்தப்படுகிறது மற்றும் எந்த மோதல்களையும் தவிர்க்கிறது. 3டி வெளியீட்டை உருவாக்க OWL தானாகவே ராப்டரில் அழைக்கப்படுகிறது. ஒரு ஆராய்ச்சியாளரிடம் மாடல்லர் இருந்தால், அவர்கள் தானாக மாடல்லரை அழைக்க ராப்டரையும் அமைக்கலாம். ராப்டர் ஐசிஎம்-ப்ரோ உள்ளீட்டு கோப்புகளை உருவாக்க முடியும், இதன் மூலம் மக்கள் ஐசிஎம்-ப்ரோவை தாங்களாகவே இயக்குகிறார்கள். பிஎஸ்ஐ-பிளாஸ்ட் தொகுதி இதை ஒரு விரிவான கருவி தொகுப்பாக மாற்ற, பிஎஸ்ஐ-பிளாஸ்ட் நபர்களை ஹோமோலஜி மாடலிங் செய்ய அனுமதிக்கும் வகையில் ராப்டரில் சேர்க்கப்பட்டுள்ளது. தேவையான அனைத்து அளவுருக்களையும் மக்கள் தாங்களாகவே அமைக்கலாம். பிஎஸ்ஐ-பிளாஸ்டை இயக்குவதில் இரண்டு படிகள் உள்ளன. முதல் படி வரிசை சுயவிவரத்தை உருவாக்குவதாகும். இந்த படிநிலைக்கு, NR பற்றாக்குறை அல்லாத தரவுத்தளம் பயன்படுத்தப்படுகிறது. அடுத்த கட்டமாக பிஎஸ்ஐ-பிளாஸ்ட் புரோட்டீன் டேட்டா வங்கியின் வரிசைமுறைகளுக்கு எதிராக இலக்கு வரிசையைத் தேட அனுமதிக்கிறது. ஒவ்வொரு படிநிலைக்கும் பயனர்கள் தங்கள் சொந்த தரவுத்தளத்தையும் குறிப்பிடலாம். புரோட்டீன் ஸ்ட்ரக்சர் வியூவர் பல வேறுபட்ட ஸ்ட்ரக்சர் வியூவர்ஸ் உள்ளனர். ராப்டரில், உருவாக்கப்பட்ட கணிப்பை ஆராய்வதற்கான கட்டமைப்பு பார்வையாளராக ஜெமோல் பயன்படுத்தப்படுகிறது. வெளியீடு ஒரு த்ரெடிங்/பிஎஸ்ஐ-பிளாஸ்ட் வேலைக்குப் பிறகு, அனைத்து வார்ப்புருக்களின் தரவரிசை பட்டியலையும் ஒருவர் காணலாம். ஒவ்வொரு வார்ப்புருவிற்கும், மக்கள் சீரமைப்பு, ஈ-மதிப்பு மற்றும் ஏராளமான பிற குறிப்பிட்ட மதிப்பெண்களைக் காணலாம். மேலும், வார்ப்புருவின் செயல்பாட்டுத் தகவல்களும் அதன் எஸ். சி. ஓ. பி வகைப்பாடும் வழங்கப்படுகின்றன. வரிசையின் பிஎஸ்எம் மேட்ரிக்ஸ் மற்றும் இரண்டாம் நிலை கட்டமைப்பு முன்கணிப்பு ஆகியவற்றையும் ஒருவர் பார்க்கலாம். ஒரு டெம்ப்ளேட் ஒன்றுக்கு மேற்பட்ட முறைகளால் புகாரளிக்கப்பட்டிருந்தால், அது எத்தனை முறை புகாரளிக்கப்பட்டுள்ளது என்பதைக் குறிக்கும். இது சிறந்த வார்ப்புருவை அடையாளம் காண உதவுகிறது. CASP CASP இல் செயல்திறன், புரத கட்டமைப்பு கணிப்புக்கான நுட்பங்களின் விமர்சன மதிப்பீடு, NIH ஆல் நிதியுதவி செய்யப்படும் ஒரு இரு வருடாந்திர பரிசோதனையாகும். சிஏஎஸ்பி புரத அமைப்பு முன்கணிப்பு சமூகத்தின் ஒலிம்பிக் விளையாட்டுகளை பிரதிநிதித்துவப்படுத்துகிறது மற்றும் 1994 இல் நிறுவப்பட்டது. ராப்டர் முதன்முதலில் 2002 ஆம் ஆண்டில் CAFASP3 (CASP5) இல் தோன்றியது மற்றும் அந்த ஆண்டிற்கான தனிப்பட்ட சேவையகக் குழுவில் முதலிடத்தில் இருந்தது. அப்போதிருந்து, மதிப்பீட்டு நோக்கத்திற்காக ஒவ்வொரு சி. ஏ. எஸ். பி. யிலும் ராப்டர் தீவிரமாக பங்கேற்றுள்ளது மற்றும் தொடர்ந்து முதலிடத்தில் உள்ளது. மிக சமீபத்திய CASP8 மே 2008 முதல் ஆகஸ்ட் 2008 வரை ஓடியது. 80 க்கும் மேற்பட்ட முன்கணிப்பு சேவையகங்கள் மற்றும் உலகளவில் 100 க்கும் மேற்பட்ட மனித நிபுணர் குழுக்கள் இந்த நிகழ்வுக்கு பதிவு செய்துள்ளன, அங்கு பங்கேற்பாளர்கள் ஒரு புரத வரிசையிலிருந்து 3D கட்டமைப்பை கணிக்க முயற்சிக்கின்றனர். ஜாங்கின் குழுவின் தரவரிசையின்படி, அனைத்து சேவையகங்களிலும் (மெட்டா சேவையகம் மற்றும் தனிப்பட்ட சேவையகங்கள்) ராப்டர் 2 வது இடத்தில் உள்ளது. பேக்கர் ஆய்வகத்தின் ரோபெட்டா அதே தரவரிசை பட்டியலில் 5 வது இடத்தில் உள்ளது. CASP8 குறிப்புகள் Xu J (2005) இல் உள்ள முதல் ஐந்து முன்கணிப்பு சேவையகங்கள். "முன்னறிவிக்கப்பட்ட சீரமைப்பு துல்லியத்தின் மூலம் புரத மடிப்பு அங்கீகாரம்". IEEE/ACM டிரான்ஸ். கணக்கீட்டு உயிரியல் மற்றும் உயிர் தகவலியல். சூ ஜே (2005). "மரம் சிதைவு வழியாக விரைவான புரத பக்க சங்கிலி பொதி செய்தல்". ரெக்காம்ப். வெளிப்புற இணைப்புகள் ராப்டர்எக்ஸ் வலைத்தளம் ராப்டர் ஆசிரியரின் ஆராய்ச்சி CASP சோதனைகள் முகப்பு பக்கம் CASP8 CAFASP3 சீரமைப்பு துல்லியம் மதிப்பீட்டில் புரத அமைப்பு முன்கணிப்பின் தானியங்கி மதிப்பீடு மூலக்கூறு மாடலிங் மென்பொருள்