Electrophoretic color marker
டிஎன்ஏ, ஆர்என்ஏ மற்றும் பெரும்பாலான புரதங்கள் நிறமற்றவை என்பதால், எலக்ட்ரோபோரேடிக் வண்ண மார்க்கர் என்பது அகரோஸ் ஜெல் எலக்ட்ரோபோரேசிஸ் மற்றும் பாலியாக்ரிலாமைடு ஜெல் எலக்ட்ரோபோரேசிஸ் (பிஏஜிஇ) ஆகியவற்றின் முன்னேற்றத்தைக் கண்காணிக்கப் பயன்படுத்தப்படும் ஒரு இரசாயனமாகும். வண்ண குறிப்பான்கள் சாயங்களின் கலவையால் ஆனவை, அவை ஆர்வமுள்ள மாதிரியுடன் ஜெல் மேட்ரிக்ஸ் வழியாக இடம்பெயர்கின்றன. அவை பொதுவாக மாதிரி கூறுகளிலிருந்து வெவ்வேறு இயக்கங்களைக் கொண்டிருக்கவும், மாதிரி கூறுகளின் இடம்பெயர்வு மற்றும் பிரிப்பை மதிப்பிடுவதற்கு பயன்படுத்தக்கூடிய வண்ண பட்டைகளை உருவாக்கவும் வடிவமைக்கப்பட்டுள்ளன. வண்ண குறிப்பான்கள் பெரும்பாலும் மூலக்கூறு எடை தரநிலைகள், ஏற்றுதல் சாயங்கள், கண்காணிப்பு சாயங்கள் அல்லது கறை தீர்வுகளாகப் பயன்படுத்தப்படுகின்றன. மூலக்கூறு எடை ஏணி டிஎன்ஏ மற்றும் புரத துண்டுகளின் அளவை மதிப்பிடுவதற்கு அவற்றின் இடம்பெயர்வு தூரத்தை வண்ணப் பட்டைகளுடன் ஒப்பிடுவதன் மூலம் பயன்படுத்தப்படுகிறது. டிஎன்ஏ மற்றும் புரதத் தரநிலைகள் வணிக ரீதியாக பரந்த அளவிலான அளவுகளில் கிடைக்கின்றன, மேலும் அவை எளிதில் அடையாளம் காண முன்கூட்டியே கறை படிந்த அல்லது வண்ண குறியீட்டு பட்டைகளுடன் வழங்கப்படுகின்றன. மாதிரியை ஜெல்லில் ஏற்றுவதற்கு முன்பு ஏற்றும் சாயங்கள் வழக்கமாக மாதிரி இடையகத்தில் சேர்க்கப்படுகின்றன, மேலும் அவை எலக்ட்ரோபோரேசிஸின் போது அதன் முன்னேற்றத்தைக் கண்காணிக்க உதவும் மாதிரியுடன் ஜெல் வழியாக இடம்பெயர்கின்றன. இடையக முன்புறத்தின் காட்சி குறிப்பானை வழங்குவதற்குப் பதிலாக எலக்ட்ரோபோரேசிஸ் இடையகத்தில் கண்காணிப்பு சாயங்கள் சேர்க்கப்படுகின்றன. மாதிரி பட்டைகளை காட்சிப்படுத்த எலக்ட்ரோபோரேசிஸுக்குப் பிறகு கறை தீர்வுகள் பயன்படுத்தப்படுகின்றன, மேலும் அவை பல வண்ணங்களில் கிடைக்கின்றன. பல்வேறு வகையான எலக்ட்ரோபோரேடிக் வண்ண குறிப்பான்கள் வணிக ரீதியாக கிடைக்கின்றன, கலவையில் பயன்படுத்தப்படும் சாயங்கள் அல்லது நிறமிகளின் மாறுபட்ட எண்கள் மற்றும் வகைகள் உள்ளன. சில குறிப்பான்கள் அறியப்பட்ட நகர்வுகளுடன் தொடர்ச்சியான வண்ணப் பட்டைகளை உருவாக்குகின்றன, மற்றவை ஒரு குறிப்பிட்ட நிறத்தின் ஒற்றைப் பட்டையை உருவாக்குகின்றன, அவை ஒரு குறிப்பு புள்ளியாகப் பயன்படுத்தப்படலாம். அவை ஆராய்ச்சி, மருத்துவ நோயறிதல் மற்றும் தடயவியல் அறிவியலில் பரவலாகப் பயன்படுத்தப்படுகின்றன. புரோகிரஸ் மார்க்கர்கள் ஏற்றுதல் இடையகங்கள் பெரும்பாலும் அனயோனிக் சாயங்களைக் கொண்டுள்ளன, அவை புலப்படும் ஒளி நிறமாலையின் கீழ் தெரியும், மேலும் அவை நியூக்ளிக் அமிலத்திற்கு முன் ஜெல்லில் சேர்க்கப்படுகின்றன. கண்காணிப்பு சாயங்கள் மாதிரியை மாற்றாதபடி எதிர்வினையாற்றக்கூடாது, மேலும் டிஎன்ஏ அல்லது ஆர்என்ஏ மாதிரியுடன் ஜெல்லை கீழே நகர்த்த வேண்டும். பொதுவாக பயன்படுத்தப்படும் வண்ண குறிப்பான்களில் புரோமோஃபீனால் நீலம், கிரெசல் சிவப்பு, ஆரஞ்சு ஜி மற்றும் சைலீன் சயனால் ஆகியவை அடங்கும். சைலீன் மற்றும் புரோமோஃபீனால் நீலம் ஆகியவை பொதுவாகப் பயன்படுத்தப்படும் சாயங்களாகும். பொதுவாக, ஆரஞ்சு ஜி புரோமோஃபீனால் நீலத்தை விட வேகமாக இடம்பெயர்கின்றது, இது சைலீன் சயனாலை விட வேகமாக இடம்பெயர்கின்றது, ஆனால் இந்த சாயங்களின் வெளிப்படையான "அளவுகள்" (டி. என். ஏ மூலக்கூறுகளுடன் ஒப்பிடும்போது) அகரோஸின் செறிவு மற்றும் பயன்படுத்தப்படும் இடையக அமைப்பைப் பொறுத்து மாறுபடும். உதாரணமாக, டி. ஏ. இ. இடையகத்தில் (டிரிஸ்-அசிட்டேட்-ஈ. டி. டி. ஏ) தயாரிக்கப்பட்ட 1 சதவீதம் அகரோஸ் ஜெல்லில், சைலீன் சயனால் டி. என். ஏ மற்றும் புரோமோஃபீனால் நீலத்தின் 3000 அடிப்படை ஜோடி (பிபி) மூலக்கூறின் வேகத்தில் இடம்பெயர்ந்து 400 பிபி-யில் இடம்பெயர்கின்றது. இருப்பினும், டிபிஇ இடையகத்தில் (டிரிஸ்-போரேட்-இடிடிஏ) தயாரிக்கப்பட்ட 1 சதவீத ஜெல்லில், அவை முறையே 2000 பிபி மற்றும் 250 பிபி இல் இடம்பெயர்கின்றன. டிஎன்ஏ மற்றும் ஆர்என்ஏ ஸ்டேனிங் அகரோஸ் ஜெல் எலக்ட்ரோபோரேசிஸ் என்பது நியூக்ளிக் அமில துண்டுகளின் அளவை மதிப்பிடுவதற்கும், ஜெல்லில் அவற்றின் வேறுபட்ட இயக்கத்தின் அடிப்படையில் அவற்றை அடையாளம் காண்பதற்கும் பரவலாகப் பயன்படுத்தப்படும் ஒரு நுட்பமாகும். நியூக்ளிக் அமிலங்கள் பொதுவாக ஈத்திடியம் புரோமைடு அல்லது எஸ். ஒய். பி. ஆர் பச்சை சாயங்களைப் பயன்படுத்தி கறை படிந்து கண்டறியப்படுகின்றன. அகரோஸ் ஜெல்லில் மிகவும் பொதுவான எலக்ட்ரோபோரேடிக் கறை எதிதியம் புரோமைடு ஆகும், இருப்பினும், எஸ். ஒய். பி. ஆர் பச்சை அதிக தெளிவுத்திறனையும் ஒற்றை இழையுள்ள நியூக்ளிக் அமிலத்தைக் கண்டறிவதற்கான விளைச்சலையும் வழங்குகிறது. சாயங்கள் டிஎன்ஏ மற்றும் ஆர்என்ஏ-க்கு 300 என்எம் புற ஊதா ஒளியின் கீழ் ஒளிரும் தன்மையை வழங்குகின்றன. இது அவற்றின் இடைச்செருகும் தன்மை காரணமாக நிகழ்கிறது. இரட்டை சுழல் நியூக்ளிக் அமிலங்களில், சாயங்கள் இரண்டு இழைகளுக்கு இடையில் பிணைக்கப்படுகின்றன, மேலும் ஒற்றை இழைகள் கொண்ட நியூக்ளிக் அமிலங்களில், சாயங்கள் ஒரு இழைக்குள் உருவாகும் குறுகிய, இரட்டை பிரிவுகளை பிணைக்கின்றன. டிஎன்ஏ மற்றும் ஆர்என்ஏவின் அகரோஸ் ஜெல் எலக்ட்ரோபோரேசிஸில் மிகவும் பொதுவாகப் பயன்படுத்தப்படும் சாயம், 1970 களில் இருந்து, எத்திடியம் புரோமைடு (2,7-டையமினோ-10-எத்தில்-9-ஃபீனைல்பெனாந்த்ரிடினும்ப்ரோமைடு) ஆகும். எத்திடியம் புரோமைடு (Ethidium Bromide) (EtBr) என்பது ஒரு ஆரஞ்சு நிற ஒளிரும் இன்டர்கலேட்டிங் சாயமாகும். சாயம் நியூக்ளிக் அமிலங்களின் இரட்டை சுழல் கட்டமைப்பிற்கு இடையில் தன்னைச் செருகுகிறது, இது புற ஊதா ஒளியின் கீழ் மூலக்கூறுகளைக் காட்சிப்படுத்த அனுமதிக்கிறது. ETBr 300-360 nm இல் உறிஞ்சுதல் அதிகபட்சத்தையும், 500-590 nm இல் ஒளிரும் உமிழ்வு அதிகபட்சத்தையும் கொண்டுள்ளது, இது 0.5-5.0 ng/பட்டை கண்டறிதல் வரம்புடன் உள்ளது. இருப்பினும், சாயம், ஒற்றை-இழையுள்ள நியூக்ளிக் அமில மாதிரிகளைக் கண்டறிவதில் உணர்திறனைக் குறைத்துள்ளது ETBr கவனமாக கையாளப்பட வேண்டும், ஏனெனில் இது ஒரு சக்திவாய்ந்த பிறழ்வாகும். ஜெல் எலக்ட்ரோபோரேசிஸில் நியூக்ளிக் அமிலக் கறைகளுக்கு மிகவும் உணர்திறன் வாய்ந்த மாற்று SYBR TM கிரீன் I ஆகும். டிஎஸ்டிஎன்ஏவின் கறையில் ஈடிபிஆரை விட சாயம் 25 மடங்கு அதிக உணர்திறன் கொண்டது, மேலும் ஒற்றை இழைகள் கொண்ட நியூக்ளிக் அமிலங்களைக் கொண்ட மதிப்பீடுகளில் குறிப்பாக பயனுள்ளதாக இருக்கும். எவ்வாறாயினும், ETBr உடன் ஒப்பிடும்போது SYBR கிரீன் மிகவும் விலை உயர்ந்தது. புரோட்டீன் ஸ்டேனிங் கூமாசி ப்ளூ என்பது புரத அளவீட்டிற்காக எஸ். டி. எஸ் பாலியாக்ரிலாமைடு ஜெல் எலக்ட்ரோபோரேசிஸில் பொதுவாகப் பயன்படுத்தப்படும் சகப்பிணைப்பு அல்லாத கறை ஆகும். கறை படிந்த சாயம் புரதப் பட்டைகளுடன் பிணைக்கப்பட்டு, பார்வைக்குக் கண்டறியக்கூடிய நீல நிறத்தை உருவாக்குகிறது. கூமாசி பிரில்லியன்ட் ப்ளூ ஆர்-250 (சிவப்பு), பொதுவாக எலக்ட்ரோபோரேசிஸுக்கு பயன்படுத்தப்படுகிறது, அதே நேரத்தில் கூமாசி பிரில்லியன்ட் ப்ளூ ஜி-250 (பச்சை), பிராட்போர்டு மதிப்பீட்டிற்கு பயன்படுத்தப்படுகிறது. இந்த சாயத்தின் வரம்பு என்னவென்றால், இது குறிப்பிட்டதல்ல, மேலும் கரைசலில் உள்ள எந்தவொரு புரதத்துடனும் பிணைக்கப்படும், மேலும் குறைவான உணர்திறன் கொண்டது. ஜெல்லில் உள்ள புரதங்களைக் காட்சிப்படுத்துவதற்கான மற்றொரு பொதுவான முறை வெள்ளிக் கறையாகும், இதில் கரையக்கூடிய வெள்ளி அயனிகள் புரதங்களை நிரந்தரமாகக் குறிக்கின்றன, மேலும் அவை ஃபார்மால்டிஹைடால் குறைக்கப்பட்டு பழுப்பு நிற வீழ்படிவத்தை உருவாக்குகின்றன. கூமாசி ப்ளூவுடன் ஒப்பிடும்போது சில்வர் ஸ்டேனிங் மிகவும் உணர்திறன் வாய்ந்த ஸ்டேனிங் முறையாகும், இருப்பினும், முடிவுகள் மாசுபடுவதற்கு மிகவும் பாதிக்கப்படக்கூடியவை. பயன்பாடுகள் டிஎன்ஏ துண்டுகளைப் பிரிப்பதில் ஜெல் எலக்ட்ரோபோரேசிஸுக்கான சாயங்களை ஏற்றுவதில் வண்ண குறிப்பான்கள் சில நேரங்களில் சேர்க்கப்படுகின்றன. சாயங்களை ஏற்றுவது டிஎன்ஏ மாதிரிகளை அகரோஸ் ஜெல்லின் மேற்பரப்புக்குக் கீழே வைத்திருக்கிறது, மேலும் உள்ளே உள்ள வண்ண குறிப்பான்கள் டிஎன்ஏவின் இடம்பெயர்வு முன்புறத்தை ஜெல்லுடன் நகர்த்தும்போது கண்காணிக்க உதவுகின்றன. PAGE ஐப் பொறுத்தவரை, வணிக ரீதியாக கிடைக்கக்கூடிய சில மூலக்கூறு எடை குறிப்பான்கள் (அவை பிரிக்கப்பட்ட பிறகு ஒரு ஏணியில் உள்ள அடுக்குகளைப் போல இருப்பதால் "ஏணி" என்றும் அழைக்கப்படுகின்றன) வெவ்வேறு வண்ணங்களின் முன் கறை படிந்த புரதங்களைக் கொண்டுள்ளன, எனவே மாதிரிகளில் ஆர்வமுள்ள புரதங்கள் எங்கு இருக்கலாம் என்பதை இன்னும் துல்லியமாக தீர்மானிக்க முடியும். குறிப்புகள் உயிரியல் நுட்பங்கள் மற்றும் கருவிகள் எலக்ட்ரோபோரேசிஸ் மரபியல் நுட்பங்கள்