Rfam
ஆர்ஃபாம் என்பது குறியீட்டு அல்லாத ஆர்என்ஏ (என். சி. ஆர். என். ஏ) குடும்பங்கள் மற்றும் பிற கட்டமைக்கப்பட்ட ஆர்என்ஏ கூறுகள் பற்றிய தகவல்களைக் கொண்ட ஒரு தரவுத்தளமாகும். இது ஒரு சிறுகுறிப்பு, திறந்த அணுகல் தரவுத்தளமாகும், இது முதலில் வெல்கம் டிரஸ்ட் சாங்கர் நிறுவனத்தில் ஜானேலியா ஃபார்ம் உடன் இணைந்து உருவாக்கப்பட்டது, தற்போது ஐரோப்பிய உயிர் தகவலியல் நிறுவனத்தில் வழங்கப்படுகிறது. ஆர்ஃபாம் புரதக் குடும்பங்களைப் பற்றிக் குறிப்பிடுவதற்கான பிஃபாம் தரவுத்தளத்தைப் போலவே வடிவமைக்கப்பட்டுள்ளது. புரதங்களைப் போலல்லாமல், என். சி. ஆர். என். ஏக்கள் பெரும்பாலும் முதன்மை வரிசையில் அதிக ஒற்றுமையைப் பகிர்ந்து கொள்ளாமல் ஒத்த இரண்டாம் நிலை கட்டமைப்பைக் கொண்டுள்ளன. ஆர்ஃபாம் ஒரு பொதுவான மூதாதையரின் பரிணாம வளர்ச்சியின் அடிப்படையில் என். சி. ஆர். என். ஏக்களை குடும்பங்களாகப் பிரிக்கிறது. இந்த குடும்பங்களின் பல வரிசை சீரமைப்புகளை (எம். எஸ். ஏ) உற்பத்தி செய்வது புரதக் குடும்பங்களைப் போலவே அவற்றின் அமைப்பு மற்றும் செயல்பாடு பற்றிய நுண்ணறிவை வழங்க முடியும். இந்த எம்எஸ்ஏக்கள் இரண்டாம் நிலை கட்டமைப்பு தகவல்களைச் சேர்ப்பதன் மூலம் மிகவும் பயனுள்ளதாக இருக்கும். ஆர்ஃபாம் ஆராய்ச்சியாளர்கள் விக்கிப்பீடியாவின் ஆர்என்ஏ விக்கி திட்டத்திற்கும் பங்களிக்கின்றனர். Rfam தரவுத்தளத்தை பல்வேறு செயல்பாடுகளுக்கு பயன்படுத்தலாம். ஒவ்வொரு என். சி. ஆர். என். ஏ குடும்பத்திற்கும், இடைமுகம் பயனர்களை அனுமதிக்கிறதுஃ பல வரிசை சீரமைப்புகளைப் பார்க்கவும் பதிவிறக்கவும்; சிறுகுறிப்பைப் படிக்கவும்; மற்றும் குடும்ப உறுப்பினர்களின் இனங்கள் விநியோகத்தை ஆராயவும். இலக்கிய குறிப்புகள் மற்றும் பிற ஆர்என்ஏ தரவுத்தளங்களுக்கும் இணைப்புகள் வழங்கப்பட்டுள்ளன. ஆர்ஃபாம் விக்கிப்பீடியாவிற்கான இணைப்புகளையும் வழங்குகிறது, இதனால் உள்ளீடுகளை பயனர்கள் உருவாக்கலாம் அல்லது திருத்தலாம். ஆர்ஃபாம் இணையதளத்தில் உள்ள இடைமுகம் பயனர்கள் முக்கிய சொல், குடும்ப பெயர் அல்லது மரபணு மூலம் என். சி. ஆர். என். ஏக்களைத் தேடுவதற்கும், என். சி. ஆர். என். ஏ வரிசை அல்லது ஈ. எம். பி. எல் அணுகல் எண் மூலம் தேடுவதற்கும் அனுமதிக்கிறது. தரவுத்தளத் தகவல் இன்ஃபர்னல் மென்பொருள் தொகுப்பைப் பயன்படுத்தி பதிவிறக்கம், நிறுவல் மற்றும் பயன்பாட்டிற்கும் கிடைக்கிறது. அறியப்பட்ட என். சி. ஆர். என். ஏ. களுக்கு ஒத்த சொற்களுக்கான வரிசைகளை (முழுமையான மரபணுக்கள் உட்பட) குறிப்பிடுவதற்கு இன்ஃபெர்னல் தொகுப்பை ஆர்ஃபாமுடன் பயன்படுத்தலாம். முறைகள் தரவுத்தளத்தில், எம். எஸ். ஏ ஆல் குறிப்பிடப்படும் இரண்டாம் நிலை அமைப்பு மற்றும் முதன்மை வரிசை பற்றிய தகவல்கள், சுயவிவர தற்செயலான சூழல் இல்லாத இலக்கணங்கள் (எஸ். சி. எஃப். ஜி) எனப்படும் புள்ளிவிவர மாதிரிகளில் இணைக்கப்படுகின்றன, அவை கோவேரியன்ஸ் மாதிரிகள் என்றும் அழைக்கப்படுகின்றன. இவை ப்ஃபாம் தரவுத்தளத்தில் புரத குடும்பக் குறிப்புக்கு பயன்படுத்தப்படும் மறைக்கப்பட்ட மார்கோவ் மாதிரிகளுக்கு ஒத்தவை. தரவுத்தளத்தில் உள்ள ஒவ்வொரு குடும்பமும் ஸ்டாக்ஹோம் வடிவத்தில் இரண்டு பல வரிசை சீரமைப்புகள் மற்றும் ஒரு எஸ். சி. எஃப். ஜி மூலம் குறிப்பிடப்படுகிறது. முதல் எம். எஸ். ஏ என்பது "விதை" சீரமைப்பு ஆகும். இது ஒரு கையால் சரிசெய்யப்பட்ட சீரமைப்பாகும், இது என். சி. ஆர். என். ஏ குடும்பத்தின் பிரதிநிதி உறுப்பினர்களைக் கொண்டுள்ளது மற்றும் கட்டமைப்பு தகவல்களுடன் சிறுகுறிப்பு செய்யப்படுகிறது. இந்த விதை சீரமைப்பு SCFG ஐ உருவாக்க பயன்படுகிறது, இது Rfam மென்பொருளான INFERNAL உடன் கூடுதல் குடும்ப உறுப்பினர்களை அடையாளம் காணவும் அவற்றை சீரமைப்பில் சேர்க்கவும் பயன்படுத்தப்படுகிறது. தவறான நேர்மறைகளைத் தவிர்க்க ஒரு குடும்ப-குறிப்பிட்ட வரம்பு மதிப்பு தேர்ந்தெடுக்கப்படுகிறது. வெளியீடு 12 வரை, ஆர்ஃபாம் ஒரு ஆரம்ப பிளேஸ்ட் வடிகட்டுதல் படியைப் பயன்படுத்தியது, ஏனெனில் விவரக்குறிப்பு எஸ். சி. எஃப். ஜி. க்கள் கணக்கீட்டு ரீதியாக மிகவும் விலை உயர்ந்தவை. இருப்பினும், இன்ஃபெர்னலின் சமீபத்திய பதிப்புகள் போதுமான வேகத்தில் உள்ளன, இதனால் பிளாஸ்ட் படி இனி தேவையில்லை. இரண்டாவது எம்எஸ்ஏ "முழு" சீரமைப்பு ஆகும், மேலும் இது வரிசை தரவுத்தளத்திற்கு எதிராக கோவேரியன்ஸ் மாதிரியைப் பயன்படுத்தி ஒரு தேடலின் விளைவாக உருவாக்கப்படுகிறது. கண்டறியப்பட்ட அனைத்து ஹோமோலோக்குகளும் மாதிரியுடன் சீரமைக்கப்பட்டுள்ளன, இது தானாக உற்பத்தி செய்யப்படும் முழு சீரமைப்பை வழங்குகிறது. ஆர்ஃபாமின் வரலாறு பதிப்பு 1 2003 இல் தொடங்கப்பட்டது மற்றும் 25 என். சி. ஆர். என். ஏ குடும்பங்களைக் கொண்டிருந்தது மற்றும் சுமார் 50,000 என். சி. ஆர். என். ஏ மரபணுக்களைக் குறிக்கிறது. 2005 ஆம் ஆண்டில், பதிப்பு 6.1 வெளியிடப்பட்டது மற்றும் 280,000 க்கும் மேற்பட்ட மரபணுக்களைக் குறிக்கும் 379 குடும்பங்களைக் கொண்டிருந்தது. ஆகஸ்ட் 2012 இல், பதிப்பு 11 இல் 2208 ஆர்என்ஏ குடும்பங்கள் இருந்தன, அதே நேரத்தில் தற்போதைய பதிப்பு (14.9, நவம்பர் 2022 இல் வெளியிடப்பட்டது) 4108 குடும்பங்களை குறிப்பிடுகிறது. முக்கிய வெளியீடுகள் மற்றும் வெளியீடுகள் 2003-ஆர்ஃபாம்ஃ ஒரு ஆர்என்ஏ குடும்ப தரவுத்தளம். 2005-ஆர்ஃபாம்ஃ முழு மரபணுக்களில் குறியீட்டு அல்லாத ஆர்என்ஏக்களைக் குறிப்பிடுதல். 2008-ஆர்என்ஏ விக்கி திட்டம்ஃ ஆர்என்ஏ குடும்பங்களின் சமூகக் குறிப்பு. 2008-ஆர்ஃபாம்ஃ ஆர்என்ஏ குடும்பங்களின் தரவுத்தளத்திற்கான புதுப்பிப்புகள். 2011-ஆர்ஃபாம்ஃ விக்கிபீடியா, குலங்கள் மற்றும் "தசம" வெளியீடு. 2012-ஆர்ஃபாம் 11.0:10 ஆண்டுகள் ஆர்என்ஏ குடும்பங்கள். 2014-ஆர்ஃபாம் 12.0: ஆர்என்ஏ குடும்பங்களின் தரவுத்தளத்திற்கான புதுப்பிப்புகள். 2017-ஆர்ஃபாம் 13.0: குறியீட்டு அல்லாத ஆர்என்ஏ குடும்பங்களுக்கான மரபணுவை மையமாகக் கொண்ட வளத்திற்கு மாறுதல். 2020-ஆர்ஃபாம் 14: மெட்டஜெனோமிக், வைரஸ் மற்றும் மைக்ரோஆர்என்ஏ குடும்பங்களின் விரிவாக்கப்பட்ட பாதுகாப்பு. சிக்கல்கள் உயர் யூகாரியோட்டுகளின் மரபணுக்கள் பல என். சி. ஆர். என். ஏ-பெறப்பட்ட சூட்டோஜென்களைக் கொண்டுள்ளன மற்றும் மீண்டும் மீண்டும் நிகழ்கின்றன. இந்த செயல்படாத நகல்களை செயல்பாட்டு என். சி. ஆர். என். ஏவிலிருந்து வேறுபடுத்துவது ஒரு வலிமையான சவாலாகும். இன்ட்ரான்கள் கோவேரியன்ஸ் மாதிரிகளால் வடிவமைக்கப்படவில்லை. குறிப்புகள் வெளிப்புற இணைப்புகள் Rfam வலைத்தளம் ஐரோப்பிய உயிர் தகவலியல் நிறுவனத்தில் INFERNAL மென்பொருள் தொகுப்பு miRBase மரபியல் பொறியியல் ஐக்கிய இராச்சியத்தில் மரபியல் தரவுத்தளங்கள் மூலக்கூறு உயிரியல் பொது-கள மென்பொருள் மூலக் குறியீடு RNA அறிவியல் மற்றும் தொழில்நுட்பத்துடன் கேம்பிரிட்ஜ்ஷைர் தெற்கு கேம்பிரிட்ஜ்ஷைர் மாவட்ட வெல்கம் டிரஸ்டில்