TRAMP complex
டி. ஆர். ஏ. எம். பி காம்ப்ளக்ஸ் (டி. ஆர். எஃப் 4/ஏர் 2/எம். டி. ஆர் 4 பி பாலியாடினைலேஷன் காம்ப்ளக்ஸ்) என்பது பல புரதங்கள், ஹெட்டோரோட்ரிமெரிக் காம்ப்ளக்ஸ் ஆகும், இது விநியோக பாலியாடினைலேஷன் செயல்பாட்டைக் கொண்டுள்ளது மற்றும் பாலிமரேஸ்களால் உற்பத்தி செய்யப்படும் பரந்த வகையான ஆர். என். ஏக்களை அடையாளம் காட்டுகிறது. இது முதலில் Saccharomyces cerevisiae இல் LaCava மற்றும் பலர், வனகோவா மற்றும் பலர் கண்டுபிடித்தனர். மற்றும் வயர்ஸ் மற்றும் பலர். 2005இல். இது யூகாரியோடிக் செல்களின் கருவில் உள்ள எக்ஸோசோம் வளாகத்துடன் தொடர்பு கொள்கிறது மற்றும் 3 'இறுதி செயலாக்கம் மற்றும் ரைபோசோமல் ஆர்என்ஏ மற்றும் ஸ்னோஆர்என்ஏக்களின் சீரழிவு ஆகியவற்றில் ஈடுபட்டுள்ளது. TRAMP காம்ப்ளக்ஸ் Rrp6 க்கு விதிக்கப்பட்ட RNA களின் பாலி (A) வால்களையும், கோர் எக்ஸோசோமை 4 முதல் 5 அடினோசின்களாகவும் குறைக்கிறது, இது டிரான்ஸ்கிரிப்ட் அங்கீகாரம் மற்றும் எக்ஸோசோம் சிக்கலான செயல்பாட்டிற்கு உதவுகிறது. எக்ஸோசோம்களின் அடி மூலக்கூறு தனித்துவம் TRAMP காம்ப்ளக்ஸ் முன்னிலையில் மேம்படுத்தப்படுகிறது, ஏனெனில் இது ஒரு முக்கியமான கோஃபாக்டராக செயல்படுகிறது மற்றும் பல்வேறு செயல்பாடுகளை பராமரிக்க உதவுகிறது. இந்த வழியில், பரவலான ஆர்என்ஏ பாலிமரேஸ் II டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் மூலம் உருவாக்கப்படும் குறியீட்டு அல்லாத டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களின் கலத்தை அகற்றுவதில் டிராம்ப் முக்கிய பங்கு வகிக்கிறது, அத்துடன் உயிரியக்கவியல் மற்றும் செயல்பாட்டு குறியீட்டு மற்றும் குறியீட்டு அல்லாத ஆர்என்ஏக்களின் விற்றுமுதல் ஆகியவற்றில் செயல்படுகிறது. டிராம்ப் காம்ப்ளக்ஸ் நேரடியாகவோ அல்லது மறைமுகமாகவோ பல்வேறு ஆர்என்ஏ செயல்முறைகளையும் பாதிக்கிறது. இது ஆர்என்ஏ ஏற்றுமதி, பிளவு, பன்முக-நிற மரபணு அமைதிப்படுத்துதல் ஆகியவற்றில் ஈடுபட்டுள்ளது மற்றும் மரபணுவின் ஸ்திரத்தன்மையை பராமரிக்க உதவுகிறது. கனோனிக்கல் அல்லாத பாலி (ஏ) பாலிமரேஸ்கள் போல் (ஏ) பாலிமரேஸ்கள் டிஎன்ஏ டோபோய்சோமரேஸ்கள் டாப் 1 பி உடன் பல்வேறு மரபணு தொடர்புகளைக் காட்டின, எனவே அவை டோபோய்சோமரேஸ் தொடர்பான செயல்பாடு டிஆர்எஃப் 4 பி மற்றும் டிஆர்எஃப் 5 பி என்று அழைக்கப்பட்டன, ஏனெனில் டிஎன்ஏ உடனான இந்த தொடர்பு காரணமாக இது மரபணு ஸ்திரத்தன்மையில் முக்கிய பங்கைக் கொண்டுள்ளது. உயிரணுவில் TRF5p உடன் ஒப்பிடும்போது TRF4p அதிக செறிவில் உள்ளது, மேலும் இது பினோட்டைப்பில் வலுவான விளைவைக் கொண்டுள்ளது. TRF4p கருவி முழுவதும் உள்ளது, அதே நேரத்தில் TRF5p முக்கியமாக நியூக்ளியோலஸில் காணப்படுகிறது. TRF4p அமைப்பு ஒரு மைய களம் மற்றும் ஒரு வினையூக்கி களத்தைக் கொண்டுள்ளது, இது நியதி பாலிமரேஸ்களின் கட்டமைப்பைப் போன்றது. சிட்1 குடும்பத்தைச் சேர்ந்த டிராம்ப் வளாகத்தின் கேனோனிக்கல் அல்லாத பாலி (ஏ) பாலிமரேஸ்கள் (டிஆர்எஃப்4பி அல்லது டிஆர்எஃப்5பி) ஆர்என்ஏ அங்கீகார மையக்கருத்தை (ஆர்ஆர்எம்) கொண்டிருக்கவில்லை, எனவே ஏர்1/ஏர்2 போன்ற கூடுதல் புரதங்கள் பாலியாடெனைலேஷனுக்கு கேனோனிக்கல் அல்லாத பாலிமரேஸ்களுக்கு தேவைப்படுகின்றன. துத்தநாக நகல் புரதங்கள் துத்தநாக நகல் புரதங்கள் ஏர் 1 பி/ஏர் 2 பி (அர்ஜினைன் மெத்தில் டிரான்ஸ்ஃபெரேஸ்-இன்டராக்ட்டிங் ரிங்-விரல் புரதம்) முக்கியமாக ஆர். என். ஏக்களின் பிணைப்பில் ஈடுபட்டுள்ளன. சி மற்றும் என் முனையங்களுக்கு இடையில் ஐந்து சிசிஎச்சிசி (சி என்பது சிஸ்டைனைக் குறிக்கிறது மற்றும் எச் என்பது ஹிஸ்டிடினைக் குறிக்கிறது) துத்தநாக நகல் மையக்கருத்துக்கள் உள்ளன. ஏர்2பி புரதங்களில், நான்காவது மற்றும் ஐந்தாவது துத்தநாக நகல் வெவ்வேறு பாத்திரங்களைக் கொண்டுள்ளன. நான்காவது துத்தநாக நகல் ஆர்என்ஏ பிணைப்பில் ஒரு பங்கைக் கொண்டுள்ளது, அதே நேரத்தில் ஐந்தாவது நகல் புரத-புரத தொடர்புகளுக்கு முக்கியமானது. ஏர் 2 பி ட்ராஃப் 4 பியின் மைய களத்துடன் தொடர்பு கொள்கிறது மற்றும் ட்ராஃப் 4 பியின் பாலிஅடினைலேஷன் செயல்பாடு இந்த தொடர்பைப் பொறுத்தது, ஏனெனில் நகில்களை நீக்குதல் அல்லது பிறழ்வு பாலிஅடினைலேஷன் செயல்பாட்டைத் தடுக்கிறது. ஏர்1பி என்பிஎல்3பி (எம்ஆர்என்ஏ ஏற்றுமதிக்கு பொறுப்பான ஒரு புரதம்) இன் மெத்திலேசனைத் தடுப்பதற்கு பொறுப்பாகும். ஏர்1பி/ஏர்2பி அசாதாரண எம்ஆர்என்பிகளை டிராம்ப் பாதைக்கு வழிநடத்துகிறது மற்றும் அவற்றின் சீரழிவை ஏற்படுத்துகிறது. ஸ்கை 2 போன்ற ஹெலிகேஸ் எம். டி. ஆர் 4 பி போன்ற ஸ்கை 2 போன்ற ஹெலிகேஸ் எம். டி. ஆர் 4 பி வெப்பத்தை எதிர்க்கும் பிறழ்வுகளின் திரையிடலின் போது கண்டுபிடிக்கப்பட்டது, அவை நியூக்ளியஸில் பாலி (ஏ) ஆர். என். ஏவை சேகரிக்கின்றன மற்றும் முக்கியமாக அவிழ்க்கும் செயல்பாட்டில் ஈடுபட்டுள்ளன. எம். டி. ஆர். 4. பி (டோப்1பி என்றும் அழைக்கப்படுகிறது) என்பது ஒரு எஸ். எஃப். 2 ஹெலிகேஸ் ஆகும், இது டி. இ. எக்ஸ். எச்-பாக்ஸ் ஆர். என். ஏ ஹெலிகேஸ் குடும்பத்தைச் சேர்ந்தது, இது இரண்டு ரெக்கா போன்ற களங்களைக் கொண்டுள்ளது. இது WH டொமைன் (விங்கட் ஹெலிக்ஸ் டொமைன்), ஒரு ஆர்ச் டொமைன் (ஸ்டால்க் மற்றும் KOW டொமைன் [கிப்ரிட்ஸ், ஓசோனிஸ், வோஸ் டொமைன்] என்றும் அழைக்கப்படுகிறது) மற்றும் ஹெலிக்கல் மூட்டை டொமைன் ஆகியவற்றைக் கொண்டுள்ளது. ஹெலிகேஸ் மையத்தின் மேற்பரப்பில் WH மற்றும் ஹெலிக்கல் மூட்டை களங்களை பொதி செய்வது ssRNA க்கான ஒரு சேனலை உருவாக்குகிறது. எம். டி. ஆர். 4. பி. க்கு ஏ. டி. பி அல்லது டி. ஏ. டி. பி நீராற்பகுப்பு தேவைப்படுகிறது, இது ஆர்என்ஏ டுப்லெக்ஸ் அவிழ்ப்பதற்கு கியூ-மோட்டிஃப் மூலம் மத்தியஸ்தம் செய்யப்படுகிறது. எம். டி. ஆர். 4. பி இன் தளர்த்தும் செயல்பாட்டிற்கு இணைக்கப்பட்ட பகுதிக்கு ஒற்றை-இழையுள்ள பகுதி 3 'இன்றியமையாதது. எக்ஸோசோமின் பல்வேறு கூறுகளுடன் நேரடி தொடர்பு மூலம், TRAMP காம்ப்ளக்ஸின் RNA அடி மூலக்கூறுகளை நியூக்ளியர் எக்ஸோசோமுடன் சரியான முறையில் சேர்க்க MTR4p உதவுகிறது. கனோனிக்கல் மற்றும் கனோனிக்கல் அல்லாத பாலிமரேஸ்களுக்கு இடையிலான வேறுபாடு கனோனிக்கல் அல்லாத மற்றும் கனோனிக்கல் பாலி (ஏ) பாலிமரேஸ்களுக்கு இடையிலான வேறுபாடு என்னவென்றால், கனோனிக்கல் பாலிமரேஸ்கள் எம்ஆர்என்ஏக்களைப் பராமரிக்க உதவுகின்றன, மேலும் அதன் செயல்பாடு எம்ஆர்என்ஏவில் ஒரு குறிப்பிட்ட வரிசையால் கட்டுப்படுத்தப்படுகிறது, அதே நேரத்தில் கனோனிக்கல் அல்லாத பாலிமரேஸ்களின் பாலியாடெனைலேஷன் ஆர்என்ஏவில் வேறுபட்ட ஒழுங்குபடுத்தப்பட்ட வரிசையைப் பயன்படுத்துகிறது மற்றும் சிதைவு அல்லது செயலாக்கத்திற்கான ஆர்என்ஏக்களைக் குறிப்பிடுகிறது. கனோனிக்கல் பாலிமரேஸ்கள் டிஎன்ஏ பாலிமரேஸ் β சூப்பர்ஃபேமிலியைச் சேர்ந்தவை, அதே நேரத்தில் கனோனிக்கல் அல்லாத பாலிமரேஸ்கள் சிட் 1 குடும்பத்தைச் சேர்ந்தவை, மற்றொரு முக்கிய வேறுபாடு பாலி (ஏ) வால் நீளம்; கனோனிக்கல் பாலிமரேஸ்கள் பல அடினைலேட்டுகளைச் சேர்க்க முடியும், இதனால் உற்பத்தி செய்யப்படும் ஆர்என்ஏ நீண்ட பாலி (ஏ) வால்களைக் கொண்டுள்ளது, மறுபுறம் கனோனிக்கல் அல்லாத பாலிமரேஸ்கள் குறுகிய நீள பாலி (ஏ) வால்களைக் கொண்ட ஆர்என்ஏக்களை உற்பத்தி செய்ய முடியும், ஏனெனில் அவை சில அடினைலேட்டுகளை மட்டுமே சேர்க்க முடியும். 3 '-> 5' எக்ஸோ நியூக்ளியேஸ் காம்ப்ளக்ஸ் எக்ஸோசோம்களுடனான தொடர்பு எக்ஸோசோம் எனப்படும் 3 '-> 5' எக்ஸோ நியூக்ளியேஸ் காம்ப்ளக்ஸ் உதவியுடன் பல்வேறு ஆர்என்ஏக்களின் சீரழிவு அல்லது செயலாக்கத்தை டிராம்ப் காம்ப்ளக்ஸ் கொண்டு வருகிறது. RNase PH டொமைன் புரதங்களின் ஹெக்ஸாமெரிக் வளையம், Rrp41p, Rrp42p, Rrp43p, Rrp45p, Rrp46p மற்றும் Mtr3p ஆகியவை S. செரிவிசியாவின் எக்ஸோசோமைக் கொண்டுள்ளன. எக்ஸோசோம் TRAMP காம்ப்ளக்ஸ் இன்விட்ரோவின் உதவியுடன் Rrp6p முன்னிலையில் ஆர்என்ஏ சீரழிவை மிகவும் திறமையாகக் கொண்டு வர முடியும். மேலும், ஆர்என்ஏ சீரழிவு பல்வேறு எக்ஸோசோம் கோஃபாக்டர்களின் முன்னிலையில் மேம்படுத்தப்படுகிறது, அவை இணை-டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனலாக நியமிக்கப்படுகின்றன. ஸ்கை2பி, ஸ்கை3பி, ஸ்கை8பி ஆகியவற்றைக் கொண்ட ஸ்கை வளாகம் அனைத்து எம்ஆர்என்ஏ சீரழிவு பாதைகளுக்கும் சைட்டோபிளாஸ்மிக் எக்ஸோசோம் மூலம் தேவைப்படுகிறது. ஸ்கை7பி புரதத்துடன் சைட்டோபிளாஸ்மிக் எக்ஸோசோம் பல்வேறு அசாதாரண ரைபோசோம்கள் மற்றும் எம்ஆர்என்ஏக்களுடன் இணைக்கப்பட்டு அவற்றின் சீரழிவை ஏற்படுத்துகிறது. கூறுகளுக்கு இடையிலான தொடர்பு டிராம்ப் வளாகத்தின் அனைத்து கூறுகளும் ஒன்றோடொன்று தொடர்புடையவை. டி ஆர் எஃப் 4 பி/டி ஆர் எஃப் 5 பி போன்ற பாலி (ஏ) பாலிமரேஸ்களின் செயல்பாட்டிற்கு, துத்தநாக நகல் புரதங்கள் அவசியம். இதேபோல், எக்ஸோசோம்களால் கொண்டு வரப்படும் ஆர்என்ஏ சீரழிவு ஹெலிகேஸ்கள் மற்றும் எம். டி. ஆர் 4 பி போன்ற ஸ்கை 2 இன் தளர்த்தும் செயல்பாட்டின் மூலம் தூண்டப்படுகிறது, இது ஒரு கோஃபாக்டராக செயல்படுகிறது. TRAMP வளாகத்தில் உள்ள TRF4p/Air2p மூலம் MTR4p இன் தளர்த்தும் செயல்பாடு மேம்படுத்தப்படுகிறது. பாலி (ஏ) வால்களின் நீளத்தை பராமரிப்பதிலும் கட்டுப்படுத்துவதிலும் எம். டி. ஆர் 4 பி முக்கிய பங்கு வகிக்கிறது. ஆனால் எம். டி. ஆர். 4. பி. யின் அழிவு அல்லது இல்லாமை ஹைபராடெனைலேஷனை விளைவிக்கிறது மற்றும் பாலி (ஏ) வால்களின் நீளத்தைத் தடுக்கிறது. டிஆர்எஃப்5பி, ஏர்1பி மற்றும் எம்டிஆர்4பி இடையே உருவாக்கப்பட்ட ஒரு வளாகம் டிஆர்ஏஎம்பி5 வளாகம் என்று அழைக்கப்படுகிறது. எஸ். செரிவிசியாவில் பாலிமரேஸ்களின் இருப்பைப் பொறுத்து இரண்டு வகையான டிராம்ப் வளாகங்கள் உள்ளன. TRF4p இருந்தால், அந்த வளாகம் TRAMP4 என்றும், TRF5p இருந்தால் அது TRAMP5 என்றும் அழைக்கப்படுகிறது. மூன்று பாலிமரேஸ்களாலும் (போல் I, II, III) உற்பத்தி செய்யப்படும் ஆர்என்ஏ அடி மூலக்கூறுகள் ஆர்என்ஏக்கள் டிராம்ப் வளாகத்திற்கு அடி மூலக்கூறுகளாக செயல்படுகின்றன. பல்வேறு ஆர்என்ஏக்களின் செயலாக்கம் மற்றும் கண்காணிப்பு மற்றும் அசாதாரண ஆர்என்ஏக்களை சிதைப்பதில் டிராம்ப் காம்ப்ளக்ஸ் ஈடுபட்டுள்ளது. பல்வேறு வகையான ஆர்என்ஏ அடி மூலக்கூறுகளில் ரைபோசோமல் ஆர்என்ஏக்கள் (ஆர்ஆர்என்ஏக்கள்), சிறிய நியூக்ளியோலார் ஆர்என்ஏக்கள் (ஸ்னோஆர்என்ஏக்கள்), பரிமாற்ற ஆர்என்ஏக்கள் (டிஆர்என்ஏக்கள்), சிறிய அணு ஆர்என்ஏக்கள் (எஸ்என்ஆர்என்ஏக்கள்), ஆர்என்ஏ பாலிமரேஸ் II (போல் II) இன் நீண்ட டிரான்ஸ்கிரிப்ட்கள் போன்றவை அடங்கும். ஆனால் TRAMP காம்ப்ளக்ஸ் பல்வேறு அடி மூலக்கூறுகளை அடையாளம் காணும் வழிமுறை தெரியவில்லை. எக்ஸோசோம் காம்ப்ளக்ஸ் எக்ஸோ நியூக்ளியேஸ் ஆர்ஆர்பி6 ஐ ஈடுபடுத்துவதன் மூலம் ஆர்என்ஏ செயலாக்கத்தில் டிராம்ப் காம்ப்ளக்ஸ் மிகவும் திறமையாக செயல்படுகிறது, இதில் நாப்3 (ஆர்என்ஏ பிணைப்பு புரதம்) முக்கிய பங்கு வகிக்கிறது. மெத்தில் டிரான்ஸ்ஃபெரேஸ் எச்எம்டி1பி (ஆர்எம்டி1பி) போன்ற பல்வேறு என்சைம்கள் காரணமாக குரோமாட்டின் பிந்தைய டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனல் மாற்றங்களை பராமரிப்பதில் பங்கு என்பது குரோமாட்டின் பராமரிப்பில் மறைமுக விளைவை ஏற்படுத்தக்கூடும். TRAMP வளாகத்தின் RNA அடி மூலக்கூறுகள் மரபணு முழுவதும் படியெடுக்கப்படும்போது குரோமாட்டின் கட்டமைப்புகள் பாதிக்கப்படுகின்றன. பல்வேறு டிராம்ப் கூறுகள் பல்வேறு புரதங்களுடன் உடல் ரீதியாகவும் மரபணு ரீதியாகவும் தொடர்பு கொள்கின்றன மற்றும் குரோமாட்டின் மற்றும் டிஎன்ஏ வளர்சிதை மாற்றத்தில் மாற்றங்களைக் கொண்டுவருகின்றன. TRAMP-மத்தியஸ்த செயல்முறைகளின் பாதுகாப்பு Saccharomyces cerevisiae இல் உள்ள TRAMP வளாகத்தின் கூறுகள் ஈஸ்ட் முதல் பாலூட்டிகள் வரையிலான பிற உயிரினங்களில் பாதுகாக்கப்படுகின்றன. சிட்14பி, ஏர்1பி மற்றும் எம்டிஆர்4பி உள்ளிட்ட ஸ்கிசோசாக்கரோமைசஸ் பாம்பேயின் டிராம்ப் சிக்கலான கூறுகள் எஸ். செரிவிஸியாவில் உள்ள டிராம்ப் வளாகத்தின் கூறுகளுக்கு ஒத்ததாக செயல்படுகின்றன. மனிதர்களில் TRAMP காம்ப்ளக்ஸ் ஹெலிகேஸ் எச்எம்டிஆர்4பி, ஒரு கனோனிக்கல் அல்லாத பாலி (ஏ) பாலிமரேஸ் எச். பி. ஏ. பி. டி (பிஏபி-தொடர்புடைய களம் கொண்ட) 5 அல்லது எச். பி. ஏ. பி. டி 7, மற்றும் ஒரு துத்தநாக நகல் புரதம் எச். இசட். சி. சி. சி 7, ஆர்என்ஏ பிணைப்பு புரதம் எச். ஆர். பி. எம் 7பி உள்ளிட்ட பல்வேறு கூறுகளைக் கொண்டுள்ளது. குறிப்புகள் புரதச் சேர்மங்கள்