BEAST 2
பீஸ்ட் 2 என்பது மூலக்கூறு வரிசைகளின் பேய்சியன் பகுப்பாய்விற்கான ஒரு குறுக்கு-தள நிரலாகும். இது பல்வேறு மாற்று மற்றும் கடிகார மாதிரிகள் மற்றும் பல்வேறு வகையான மர முன்னுரைகளைப் பயன்படுத்தி வேரூன்றிய, நேரப்படுத்தப்பட்ட பைலோஜெனிகளை மதிப்பிடுகிறது. நிலையான பகுப்பாய்வுகளை அமைப்பதற்கு (இவை எக்ஸ்எம்எல் பயன்படுத்தி குறிப்பிடப்படுகின்றன) பியூட்டி என்று அழைக்கப்படும் ஒரு தொடர்புடைய கருவி உள்ளது. பீஸ்ட் 2 என்பது முந்தைய (இன்னும் தீவிரமாக உருவாக்கப்பட்ட) பீஸ்ட் திட்டத்தின் முழுமையான மறு எழுத்து மற்றும் இது ஒரு பெரிய அளவிலான வேலையை ஈர்க்கிறது. பீஸ்ட் 2 இன் குறிப்பிடத்தக்க அம்சம் பேக்கேஜிங் அமைப்பு ஆகும், இது புதிய மாதிரிகளை செயல்படுத்தும் செயல்முறையை எளிமைப்படுத்தியுள்ளது. பீஸ்ட்டைக் கட்டுப்படுத்துவது என்பது சமூகத்தால் இயக்கப்படும் ஒரு வளமாகும், இது பீஸ்ட் 2 மற்றும் தொடர்புடைய பைலோஜெனெடிக் மென்பொருளின் பயன்பாட்டைக் கற்பிக்கிறது. பியூட்டி பியூட்டி என்பது "பேய்சியன் பரிணாம பகுப்பாய்வு பயன்பாடு" என்பதைக் குறிக்கிறது. இது ஒரு வரைகலை பயனர் இடைமுகம் (GUI) ஆகும், இது பீஸ்ட் 2 க்கான உள்ளீட்டு கோப்புகளை உருவாக்க பயன்படுகிறது. தரவுக் கோப்பு, மூலக்கூறு பரிணாமத்தின் மாதிரி மற்றும் மாதிரி அளவுருக்களின் முந்தைய விநியோகங்கள் போன்ற அவர்களின் பைலோஜெனெடிக் பகுப்பாய்விற்கான பல்வேறு விருப்பங்கள் மற்றும் அமைப்புகளை எளிதில் குறிப்பிட பயனர்களை இது அனுமதிக்கிறது. சங்கிலி நீளம் மற்றும் மாதிரி அதிர்வெண் போன்ற எம். சி. எம். சி பகுப்பாய்விற்கான அளவுருக்களைக் குறிப்பிடவும் பயனர்களை பீயுட்டி அனுமதிக்கிறது. இது பீஸ்ட் 2 ஐ இயக்குவதற்கான பயனர் நட்பு வழியாக அமைகிறது, ஏனெனில் இது பயனர்கள் எக்ஸ்எம்எல் உள்ளீட்டு கோப்புகளை கைமுறையாக திருத்த வேண்டிய தேவையை நீக்குகிறது. மூலக்கூறு பரிணாம மாதிரிகள் அல்லது ஒருங்கிணைந்த மாதிரிகள் போன்ற வெவ்வேறு தொகுப்புகளை எளிதாக நிறுவவும் நிர்வகிக்கவும் பயனர்களை பீயுட்டி அனுமதிக்கிறது. இந்த தொகுப்புகளை BEAUti க்குள் இருந்து நேரடியாக நிறுவலாம். தொகுப்புகளை கைமுறையாக பதிவிறக்கம் செய்து நிறுவ வேண்டிய அவசியமில்லாமல் பகுப்பாய்வில் புதிய செயல்பாட்டைச் சேர்ப்பதை இது எளிதாக்குகிறது. சிபிஏஎன் விரிவான பீஸ்ட் காப்பக நெட்வொர்க் (சிபிஏஎன்) பீஸ்ட் 2 தொகுப்புகளுக்கான அதிகாரப்பூர்வ களஞ்சியமாகும். சிபிஏஎன் இல் உள்ள தொகுப்புகளை பியூட்டி மூலம் பெட்டிக்கு வெளியே நிறுவலாம். லிங்குவாஃபிலோ ஏ தொடர்பான திட்டம் லிங்குவாஃபிலோ (எல்பிஐ) ஆகும். எல்பிஐ என்பது ஓபன்பியுஜிஎஸ் போன்ற ஒரு தொடரியல் மூலம் பைலோஜெனெடிக் பகுப்பாய்வுகளை வரையறுப்பதற்கான ஒரு நிகழ்தகவு நிரலாக்க மொழியாகும். இது கையால் எக்ஸ்எம்எல் எழுத வேண்டிய அவசியமில்லாமல் பீஸ்ட் 2 எக்ஸ்எம்எல் கோப்புகளை (மற்றும் பிற பைலோஜெனெடிக்ஸ் தொகுப்புகளுக்கான ஒத்த மாதிரி விவரக்குறிப்புகள்) உருவாக்க ஒரு வழியை வழங்குகிறது. குறிப்புகள் வெளிப்புற இணைப்புகள் பைலோஜெனெடிக்ஸ் மென்பொருள்