Nextflow
நெக்ஸ்ட்ஃப்ளோ என்பது உயிர் தகவலியல் தரவு பகுப்பாய்வுகளுக்கு முக்கியமாக பயன்படுத்தப்படும் ஒரு அறிவியல் பணிப்பாய்வு அமைப்பாகும். இது சார்பு கணக்கீட்டு படிகளின் வரிசையை எவ்வாறு நிரலாக்கமாக எழுதுவது என்பதற்கான தரநிலைகளை விதிக்கிறது மற்றும் பல்வேறு உள்ளூர் மற்றும் மேக வளங்களில் அவற்றை செயல்படுத்த உதவுகிறது. அடுத்த ஓட்டம் ஸ்பெயினின் பார்சிலோனாவில் உள்ள மரபணு ஒழுங்குமுறை மையத்தில் உருவாக்கப்பட்டது, ஆனால் அதன் பின்னர் உயிரியல் மருத்துவம் மற்றும் மரபியல் ஆராய்ச்சி வசதிகள் மற்றும் ஆய்வகங்களில் உலகளாவிய தத்தெடுப்பைக் கண்டறிந்துள்ளது. நோக்கம் பல அறிவியல் தரவு பகுப்பாய்வுகளுக்கு குறிப்பிடத்தக்க அளவு தொடர்ச்சியான செயலாக்க படிகள் தேவைப்படுகின்றன. புதிய முறைகளை உருவாக்கும் போது அல்லது ஒரு குறிப்பிட்ட பகுப்பாய்வை எப்போதாவது இயக்கும்போது தனிப்பயன் ஸ்கிரிப்ட்கள் போதுமானதாக இருக்கலாம், ஆனால் சிக்கலான பணி தொடர்ச்சிகள் அல்லது பல மாதிரிகளுக்கு மோசமாக அளவிடப்படுகின்றன. நெக்ஸ்ட்ப்ளோ போன்ற அறிவியல் பணிப்பாய்வு அமைப்புகள் ஒரு பகுப்பாய்வை தரவு பகுப்பாய்வு குழாய்த்திட்டமாக முறைப்படுத்த அனுமதிக்கின்றன. பணிப்பாய்வுகள் என்றும் அழைக்கப்படும் குழாய்வழிகள், செய்ய வேண்டிய கணினி படிகளின் வரிசை மற்றும் நிபந்தனைகளைக் குறிப்பிடும் அறிவுறுத்தல்கள் ஆகும். அவை சிறப்பு நோக்கத் திட்டங்களால் மேற்கொள்ளப்படுகின்றன, அவை பணிப்பாய்வு செயல்படுத்துபவர்கள் என்று அழைக்கப்படுகின்றன, அவை பல்வேறு கணக்கீட்டு சூழல்களில் கணிக்கக்கூடிய மற்றும் இனப்பெருக்கம் செய்யக்கூடிய நடத்தையை உறுதி செய்கின்றன. பணிப்பாய்வு அமைப்புகள் பணிப்பாய்வு வளர்ச்சியின் பொதுவான சவால்களுக்கு உள்ளமைக்கப்பட்ட தீர்வுகளையும் வழங்குகின்றன, அதாவது பல மாதிரிகளுக்கான பயன்பாடு, உள்ளீடு மற்றும் இடைநிலை முடிவுகளின் சரிபார்ப்பு, படிகளின் நிபந்தனை நிறைவேற்றம், பிழை கையாளுதல் மற்றும் அறிக்கை உருவாக்கம் போன்றவை. பணிப்பாய்வு அமைப்புகளின் மேம்பட்ட அம்சங்களில் திட்டமிடல் திறன்கள், பணிப்பாய்வு செயல்பாடுகளைக் கண்காணிப்பதற்கான வரைகலை பயனர் இடைமுகங்கள் மற்றும் முழு பணிப்பாய்வு அல்லது அதன் கூறுகளை கட்டுப்படுத்துவதன் மூலம் சார்புநிலைகளை நிர்வகித்தல் ஆகியவை அடங்கும். பொதுவாக, அறிவியல் பணிப்பாய்வு அமைப்புகள் ஆரம்பத்தில் ஒரு செங்குத்தான கற்றல் சவாலை முன்வைக்கின்றன, ஏனெனில் அவற்றின் அனைத்து அம்சங்களும் சிக்கல்களும் உண்மையான பகுப்பாய்விற்கு மேல் மற்றும் கூடுதலாக சேர்க்கப்படுகின்றன. இருப்பினும், பணிப்பாய்வு அமைப்புகளால் விதிக்கப்பட்ட தரநிலைகள் மற்றும் சுருக்கங்கள் இறுதியில் பகுப்பாய்வு படிகளின் கண்டுபிடிப்பை மேம்படுத்துகின்றன, இது பைப்லைன் மேம்பாட்டில் ஒத்துழைக்கும்போது குறிப்பாக பொருத்தமானது, இது அறிவியல் அமைப்புகளில் வழக்கமாக உள்ளது. பணிப்பாய்வுகளின் சிறப்பியல்புகள் விவரக்குறிப்பு அடுத்த ஓட்டத்தில், குழாய்வழிகள் கணக்கீட்டு பணிகளுடன் தொடர்புடைய தனிப்பட்ட செயல்முறைகளிலிருந்து கட்டமைக்கப்படுகின்றன. ஒவ்வொரு செயல்முறையும் உள்ளீட்டு தேவைகள் மற்றும் வெளியீட்டு அறிவிப்புகளுடன் அமைக்கப்பட்டுள்ளது. ஒரு நிலையான வரிசையில் இயங்குவதற்குப் பதிலாக, ஒரு செயல்முறையின் செயல்பாடு அதன் அனைத்து உள்ளீட்டு தேவைகளும் பூர்த்தி செய்யப்படும்போது தொடங்குகிறது. ஒரு செயல்முறையின் வெளியீட்டை மற்றொரு படியின் உள்ளீடாகக் குறிப்பிடுவதன் மூலம், செயல்முறைகளுக்கு இடையே ஒரு தர்க்கரீதியான மற்றும் தொடர்ச்சியான இணைப்பு உருவாக்கப்படுகிறது. செயல்முறைகளின் இந்த எதிர்வினை செயல்படுத்தல் நெக்ஸ்ட்ப்லோவின் சிறப்பியல்பு வடிவமைப்பு வடிவமாகும், மேலும் இது செயல்பாட்டு தரவுப்பாய்வு மாதிரி என்றும் அழைக்கப்படுகிறது. இது சுயாதீன கணக்கீட்டு படிகளின் திறமையான இணையான மாற்றத்தை அனுமதிக்கிறது. செயல்முறைகள் மற்றும் முழு பணிப்பாய்வுகளும் ஒரு டொமைன்-குறிப்பிட்ட மொழியில் (டி. எஸ். எல்) திட்டமிடப்பட்டுள்ளன, இது நெக்ஸ்ட்ப்ளோவால் வழங்கப்படுகிறது மற்றும் அப்பாச்சி க்ரூவியை அடிப்படையாகக் கொண்டது. பணிப்பாய்வு தர்க்கத்தை அறிவிக்க நெக்ஸ்ட்ப்ளோவின் டி. எஸ். எல் பயன்படுத்தப்பட்டாலும், டெவலப்பர்கள் ஒரு செயல்முறைக்குள் தங்கள் விருப்பப்படி ஸ்கிரிப்டிங் மொழியைப் பயன்படுத்தலாம் மற்றும் பணிப்பாய்வில் பல மொழிகளை கலக்கலாம். எனவே தற்போதுள்ள ஸ்கிரிப்ட்கள் மற்றும் பணிப்பாய்வுகளை நெக்ஸ்ட்ஃப்ளோவுக்கு அனுப்புவது நேரடியானது. ஆதரிக்கப்படும் ஸ்கிரிப்டிங் மொழிகளில் பாஷ், சிஎஸ்ஹெச், கேஎஸ்ஹெச், பைதான், ரூபி மற்றும் ஆர் ஆகியவை அடங்கும். நிலையான யுனிக்ஸ் ஷெபாங் அறிவிப்பை (#!/பின்/பாஷ்) பயன்படுத்தும் எந்த ஸ்கிரிப்டிங் மொழியும் நெக்ஸ்ட்ப்லோவில் ஆதரிக்கப்படுகிறது. ஒரே ஒரு செயல்முறையைக் கொண்ட ஒரு முன்மாதிரியான பணிப்பாய்வு கீழே காட்டப்பட்டுள்ளதுஃ செயல்முறை ஹலோ _ வேர்ல்ட் {உள்ளீடுஃ வால் வாழ்த்து வெளியீடுஃ பாதை "${வாழ்த்து}. டெக்ஸ்ட்" ஸ்கிரிப்ட்ஃ "எதிரொலி" ${வாழ்த்து} உலகம்! " > ${க்ரீட்டிங்}. டெக்ஸ்ட் "" "} பணிப்பாய்வு {Channel.of (" ஹலோ "," சியாவோ "," ஹோலா "," பான்ஜோர் ") | ஹலோ _ வேர்ல்ட்} பணிப்பாய்வுகளில் நேரடியான ஒத்துழைப்பை எளிதாக்க, நெக்ஸ்ட்ப்ளோ மூல-குறியீடு மேலாண்மை அமைப்புகள் மற்றும் கிட்ஹப், கிட்லேப் மற்றும் பிறவற்றை உள்ளடக்கிய டெவொப்ஸ்-தளங்களுக்கு சொந்த ஆதரவைக் கொண்டுள்ளது. நெக்ஸ்ட்ஃப்ளோவின் டி. எஸ். எல். இல் எழுதப்பட்ட பணிப்பாய்வுகளை செயல்படுத்துவது குழாய் குறியீட்டில் மாற்றங்கள் இல்லாமல் பல்வேறு கணினி சூழல்களில் பயன்படுத்தப்படலாம் மற்றும் இயக்கப்படலாம். பெயர்வுத்திறனை செயல்படுத்த, முக்கிய கிளவுட் வழங்குநர்கள் உட்பட பல்வேறு தளங்களுக்கு பிரத்யேக நிர்வாகிகளுடன் நெக்ஸ்ட்ப்ளோ கப்பல்கள். நெக்ஸ்ட்ப்ளோ தனிப்பட்ட செயல்முறை படிகளை துண்டிக்குவதால், பல கணினி தளங்களில் செயல்பாட்டைப் பரப்புவதற்கு இது விருப்பப்படி கட்டமைக்கப்படலாம். இது குழாய் செயல்படுத்த பின்வரும் சூழல்களை ஆதரிக்கிறதுஃ உள்ளூர்-இயல்புநிலை நிறைவேற்றுபவர். நெக்ஸ்ட்ஃப்ளோ குழாய்கள் லினக்ஸ் அல்லது மேக் ஓஎஸ் இல் இயங்குகின்றன மற்றும் குழாய் தொடங்கப்பட்ட கணினியில் செயல்படுத்தப்படுகிறது. HPC பணிச்சுமை மேலாளர்கள்-ஸ்லர்ம், SGE, LSF, மோவாப், PBS புரோ, PBS/டார்க், HTC காண்டோர், NQSII, OAR குபெர்னெட்ஸ்-உள்ளூர் அல்லது கிளவுட் அடிப்படையிலான குபெர்னெட்ஸ் செயலாக்கங்கள் (GKE, EKS, அல்லது AKS) கிளவுட் பேட்ச் சேவைகள்-AWS பேட்ச், அஸூர் பேட்ச் பிற சூழல்கள்-அப்பாச்சி இக்னைட், கம்ப்யூட்டிங் சூழல்களில் பெயர்வுத்திறனுக்கான கூகிள் லைஃப் சயின்சஸ் கொள்கலன்கள் நெக்ஸ்ட்ப்ளோவின் அடிப்படை கருத்து மென்பொருள் கொள்கலன்களுடன் அதன் இறுக்கமான ஒருங்கிணைப்பு ஆகும். முழு பணிப்பாய்வுகள் மற்றும், பிற்கால பதிப்புகளில், ஒற்றை செயல்முறைகள் கடினமான நிறுவல் மற்றும் உள்ளமைவு நடைமுறைகள் இல்லாமல் பல்வேறு கணக்கீட்டு சூழல்களில் அவற்றை செயல்படுத்த அனுமதிக்க கொள்கலன்களைப் பயன்படுத்தலாம். இந்த வடிவமைப்பு தேர்வு 2013 ஆம் ஆண்டில் டாட்ஸ்கேலில் சாலமன் ஹைக்கின் பேச்சால் வலுவாக பாதிக்கப்பட்டது, இது நெக்ஸ்ட்ப்ளோவின் முதன்மை டெவலப்பரான பாவ்லோ டி டொமாசோவில் குறிப்பிடத்தக்க தாக்கத்தை ஏற்படுத்தியது. நெக்ஸ்ட்ப்ளோவால் ஆதரிக்கப்படும் கொள்கலன் கட்டமைப்புகளில் டாக்கர், சிங்குலாரிட்டி, சார்லிக்ளவுட், பாட்மேன் மற்றும் ஷிஃப்டர் ஆகியவை அடங்கும். அந்த வகையான கொள்கலன்கள் பணிப்பாய்வில் பயன்படுத்தப்படலாம் மற்றும் குழாய் செயல்படுத்தப்படும்போது வெளிப்புற களஞ்சியங்களிலிருந்து தானாகவே மீட்டெடுக்கப்படுகின்றன. நெக்ஸ்ட்ப்ளோ உச்சி மாநாடு 2022 இல், நெக்ஸ்ட்ப்ளோவின் எதிர்கால பதிப்புகள் தனிப்பயனாக்கப்பட்ட கொள்கலன்களை பணிப்பாய்வுகளில் மேம்படுத்துவதற்கான பிரத்யேக கொள்கலன் வழங்கல் சேவையை ஆதரிக்கும் என்று வெளியிடப்பட்டது. மேம்பாட்டு வரலாறு நெக்ஸ்ட்ப்ளோ முதலில் ஸ்பெயினில் உள்ள மரபணு ஒழுங்குமுறை மையத்தில் உருவாக்கப்பட்டது மற்றும் ஜூலை 2013 இல் கிட்ஹப்பில் ஒரு திறந்த மூல திட்டமாக வெளியிடப்பட்டது. அக்டோபர் 2018 இல், நெக்ஸ்ட்ஃப்ளோவிற்கான திட்ட உரிமம் ஜிபிஎல்வி 3 இலிருந்து அப்பாச்சி 2 ஆக மாற்றப்பட்டது. ஜூலை 2018 இல், செகேரா ஆய்வகங்கள் மரபணு ஒழுங்குமுறை மையத்தின் துணை நிறுவனமாக தொடங்கப்பட்டது. நிறுவனம் நெக்ஸ்ட்ப்ளோவின் பல முக்கிய டெவலப்பர்கள் மற்றும் பராமரிப்பாளர்களைப் பயன்படுத்துகிறது மற்றும் நெக்ஸ்ட்ப்ளோவை மையமாகக் கொண்டு வணிக சேவைகள் மற்றும் ஆலோசனைகளை வழங்குகிறது. ஜூலை 2020 இல், துணை பணிப்பாய்வுகள் மற்றும் கூடுதல் மேம்பாடுகளை அனுமதிக்க நெக்ஸ்ட்ப்ளோவின் டொமைன்-குறிப்பிட்ட மொழியின் ஒரு பெரிய நீட்டிப்பு மற்றும் திருத்தம் அறிமுகப்படுத்தப்பட்டது. அதே ஆண்டில், நெக்ஸ்ட்ப்ளோவின் மாதாந்திர பதிவிறக்கங்கள் மாதத்திற்கு சுமார் 55,000 ஆக வளர்ந்தன. தத்தெடுப்பு மற்றும் வரவேற்பு மரபணு ஒழுங்குமுறை மையத்துடன் கூடுதலாக, பிற வரிசைமுறை வசதிகள் நெக்ஸ்ட்ப்லோவை தங்கள் விருப்பமான அறிவியல் பணிப்பாய்வு அமைப்பாக விரைவாக ஏற்றுக்கொண்டன, அவற்றில் டூபிங்கனில் உள்ள அளவு உயிரியல் மையம், பிரான்சிஸ் கிரிக் நிறுவனம், சிங்கப்பூரின் ஏ * ஸ்டார் மரபணு நிறுவனம் மற்றும் ஸ்வீடிஷ் தேசிய மரபியல் உள்கட்டமைப்பு ஆகியவை அடங்கும். அந்த வசதிகளால் பயன்படுத்தப்படும் உயிர் தகவலியல் குழாய்களைப் பகிர்ந்து கொள்வதற்கும், ஒத்திசைப்பதற்கும், சரிசெய்வதற்கும் மேற்கொள்ளப்பட்ட முயற்சிகள் இறுதியில் என்எப்-கோர் திட்டமாக மாறியது. ஸ்வீடிஷ் தேசிய மரபியல் உள்கட்டமைப்பைச் சேர்ந்த பில் எவெல்ஸ் தலைமையில், என். எஃப்-கோர் திட்டத்தின் கவனம் குழாய்வழிகள் வெவ்வேறு வன்பொருள், இயக்க முறைமைகள் மற்றும் மென்பொருள் பதிப்புகளில் இனப்பெருக்கம் செய்யக்கூடியவை மற்றும் எடுத்துச் செல்லக்கூடியவை என்பதை உறுதி செய்வதாகும். ஜூலை 2020 இல், நெக்ஸ்ட்ப்ளோ மற்றும் என். எஃப்-கோர் ஒரு முக்கிய திறந்த மூல மென்பொருளாக அதன் பங்கை அங்கீகரித்து, சான் ஜுக்கர்பெர்க் முன்முயற்சியிலிருந்து ஒரு மானியம் வழங்கப்பட்டது. 2022 ஆம் ஆண்டு நிலவரப்படி, என்எப்-கோர் அமைப்பு உயிரியல் அறிவியலுக்கான 73 நெக்ஸ்ட்ஃப்ளோ குழாய்கள் மற்றும் 700 க்கும் மேற்பட்ட செயல்முறை தொகுதிகளை வழங்குகிறது. 500 க்கும் மேற்பட்ட டெவலப்பர்கள் மற்றும் விஞ்ஞானிகளை ஒன்றிணைத்து, இது உயிர் தகவலியல் தரவு பகுப்பாய்வு குழாய்களை உருவாக்குவதற்கான மிகப்பெரிய கூட்டு முயற்சி மற்றும் சமூகமாகும். களம் மற்றும் ஆராய்ச்சி பாடத்தின் மூலம் தரவு செயலாக்கம் மற்றும் மரபணு தரவு பகுப்பாய்வு ஆகியவற்றை வரிசைப்படுத்துவதில் நெக்ஸ்ட்ப்ளோ விரும்பப்படுகிறது. கடந்த ஐந்து ஆண்டுகளில், மரபியல் துறையில் பல்வேறு பயன்பாடுகள் மற்றும் பகுப்பாய்வுகளுக்கான ஏராளமான குழாய்கள் வெளியிடப்பட்டுள்ளன. இது தொடர்பாக ஒரு குறிப்பிடத்தக்க பயன்பாட்டு வழக்கு கோவிட்-19 தொற்றுநோய்களின் போது நோய்க்கிருமி கண்காணிப்புக்கானது. புதிய வைரஸ் வகைகளின் தோற்றத்தைக் கண்காணிப்பதற்கும், அதன் உலகளாவிய பரவலை மீண்டும் கண்டுபிடிப்பதற்கும் விரைவான மற்றும் மிகவும் தானியங்கி, ஆனால் துல்லியமான, மூல தரவுகளின் செயலாக்கம், மாறுபாடு பகுப்பாய்வு மற்றும் வம்சாவளிகளை பெயரிடுதல் ஆகியவை தேவைப்பட்டன, இது நெக்ஸ்ட்ப்ளோவில் எழுதப்பட்ட குழாய்களால் இயக்கப்பட்டது. நெக்ஸ்ட்ஃப்ளோ இலாப நோக்கற்ற பிளாஸ்மிட் களஞ்சியமான ஆட்ஜீனுக்கும் முக்கிய பங்கு வகிக்கிறது, இது அனைத்து டெபாசிட் செய்யப்பட்ட பிளாஸ்மிட்களின் ஒருமைப்பாட்டை உறுதிப்படுத்த இதைப் பயன்படுத்துகிறது. மரபியல் தவிர, நெக்ஸ்ட்ப்ளோ உயிரியல் மருத்துவ தரவு செயலாக்கத்தின் பிற களங்களில் பிரபலமடைந்து வருகிறது, இதற்கு பெரிய அளவிலான முதன்மை தரவுகளில் சிக்கலான பணிப்பாய்வுகளைப் பயன்படுத்துவதும் தேவைப்படுகிறதுஃ மருந்துத் திரையிடல், கதிரியக்கத்தில் பரவல் காந்த அதிர்வு இமேஜிங் (டி. எம். ஆர். ஐ) மற்றும் வெகுஜன நிறமாலை தரவு செயலாக்கம், பிந்தையது புரோட்டியோமிக்ஸ் குறிப்புகளில் குறிப்பிட்ட கவனம் செலுத்துகிறது வெளிப்புற இணைப்புகள் அதிகாரப்பூர்வ வலைத்தளம் என். எஃப்-கோர் திட்டம் செகேரா ஆய்வகங்கள் மேலும் காண்க அப்பாச்சி உரிம பணிப்பாய்வு மொழிகளைப் பயன்படுத்தி கேலக்ஸி ஸ்னேக்மேக் மென்பொருள் பணிப்பாய்வு தொழில்நுட்ப அறிவியல் தரவு அமைப்புகள்