Rule-based modeling
விதி அடிப்படையிலான மாடலிங் என்பது ஒரு கணித மாதிரியை மறைமுகமாக குறிப்பிடும் விதிகளின் தொகுப்பைப் பயன்படுத்தும் ஒரு மாடலிங் அணுகுமுறையாகும். விதி-தொகுப்பை மார்கோவ் சங்கிலிகள் அல்லது வேறுபட்ட சமன்பாடுகள் போன்ற ஒரு மாதிரியாக மொழிபெயர்க்கலாம் அல்லது மொழிபெயர்க்கப்பட்ட மாதிரியின் இடத்தில் விதி-தொகுப்பில் நேரடியாக வேலை செய்யும் கருவிகளைப் பயன்படுத்தி சிகிச்சையளிக்கப்படலாம், ஏனெனில் பிந்தையது பொதுவாக மிகப் பெரியது. விதி அடிப்படையிலான மாடலிங் குறிப்பாக விதி-தொகுப்பு அது குறிக்கும் மாதிரியை விட கணிசமாக எளிமையாக இருக்கும் சந்தர்ப்பங்களில் பயனுள்ளதாக இருக்கும், அதாவது மாதிரி ஒரு குறிப்பிட்ட எண்ணிக்கையிலான வடிவங்களின் தொடர்ச்சியான வெளிப்பாடாகும். இது பெரும்பாலும் நிகழும் ஒரு முக்கியமான களம் உயிரினங்களின் உயிர்வேதியியல் மாதிரிகள் ஆகும். பரஸ்பரம் தொடர்புடைய பொருட்களின் குழுக்கள் பரஸ்பர தொடர்புடைய தொடர்புகளுக்கு உட்பட்டவை. பயோநெட்ஜென் என்பது சமன்பாடுகளை நேரடியாக உருவாக்காமல் சாதாரண வேறுபட்ட சமன்பாடுகளைக் கொண்ட கணித மாதிரிகளை உருவாக்கப் பயன்படுத்தப்படும் மென்பொருள் கருவிகளின் தொகுப்பாகும். எடுத்துக்காட்டாக கீழே BioNetGen வடிவத்தில் ஒரு எடுத்துக்காட்டு விதி உள்ளதுஃ எங்கேஃ A (a, a): ஒரு மாதிரி இனங்கள் A ஐ இரண்டு இலவச பிணைப்பு தளங்களுடன் பிரதிநிதித்துவப்படுத்துகிறது a B (b): ஒரு மாதிரி இனங்கள் B ஐ ஒரு இலவச பிணைப்பு தளத்துடன் பிரதிநிதித்துவப்படுத்துகிறது A (a! 1). B (b! 1): மாதிரி இனங்களை பிரதிநிதித்துவப்படுத்துகிறது, அங்கு A இன் குறைந்தபட்சம் ஒரு பிணைப்பு தளம் B இன் பிணைப்பு தளத்துடன் பிணைக்கப்பட்டுள்ளது மேலே உள்ள குறியீட்டுடன், BioNetGen தானாகவே ஒவ்வொரு மாதிரி இனங்களுக்கும் சரியான வெகுஜன சமநிலையுடன் ஒரு ODE ஐ உருவாக்கும். கூடுதலாக, ஒரு கூடுதல் இனங்கள் உருவாக்கப்படும், ஏனெனில் மேலே உள்ள விதி இரண்டு பி மூலக்கூறுகள் இரண்டு பிணைப்பு தளங்கள் இருப்பதால் ஒற்றை ஏ மூலக்கூறுடன் பிணைக்க முடியும் என்பதைக் குறிக்கிறது. எனவே, பின்வரும் இனங்கள் உருவாக்கப்படும்ஃ 4. A (a! 1, a! 2). B (b! 1). B (b! 2): இரண்டு வெவ்வேறு B மூலக்கூறுகளால் ஆக்கிரமிக்கப்பட்ட இரண்டு பிணைப்பு தளங்களுடன் மூலக்கூறு A. உயிர்வேதியியல் அமைப்புகளின் உருவகப்படுத்துதலில் விதி அடிப்படையிலான மாதிரியைப் பயன்படுத்துவதற்கான ஆரம்ப முயற்சிகளில் தற்செயலான உருவகப்படுத்துதல் அமைப்புகள் அடங்கும் ஸ்டோக்சிம் உயிர்வேதியியல் நெட்வொர்க்குகளின் விதி அடிப்படையிலான மாதிரியாக்கத்திற்கு பரவலாகப் பயன்படுத்தப்படும் கருவி பயோநெட்ஜென் இது குனு ஜிபிஎல், பதிப்பு 3 இன் கீழ் வெளியிடப்படுகிறது. பயோநெட்ஜென் இரசாயனப் பொருட்களை விவரிக்க ஒரு மொழியை உள்ளடக்கியது, அவற்றில் அவை கருதக்கூடிய நிலைகள் மற்றும் அவை மேற்கொள்ளக்கூடிய பிணைப்புகள் அடங்கும். இந்த விதிகள் ஒரு எதிர்வினை நெட்வொர்க் மாதிரியை உருவாக்க அல்லது விதி தொகுப்பில் நேரடியாக கணினி உருவகப்படுத்துதல்களைச் செய்ய பயன்படுத்தப்படலாம். உயிர்வேதியியல் மாடலிங் கட்டமைப்பான மெய்நிகர் கலத்தில் ஒரு பயோநெட்ஜென் மொழிபெயர்ப்பாளர் அடங்கும். இதற்கு நெருக்கமான மாற்று மொழி கப்பா மொழியாகும். மற்றொரு மாற்று மொழி பயோ கெமிக்கல் ஸ்பேஸ் மொழியாகும். குறிப்புகள் அமைப்புகள் உயிரியல் மூலக்கூறு உயிரியல் தற்செயலான உருவகப்படுத்துதல் இலவச அறிவியல் மென்பொருள்