Small Molecule Pathway Database
சிறிய மூலக்கூறு பாதை தரவுத்தளம் (எஸ். எம். பி. டி. பி) என்பது 600 க்கும் மேற்பட்ட சிறிய மூலக்கூறுகளைக் கொண்ட ஒரு விரிவான, உயர்தர, இலவசமாக அணுகக்கூடிய, ஆன்லைன் தரவுத்தளமாகும். மனிதர்களில் காணப்படும் வளர்சிதை மாற்ற பாதைகள். மெட்டபாலமிக்ஸ், டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக்ஸ், புரோட்டியோமிக்ஸ் மற்றும் சிஸ்டம்ஸ் பயாலஜி ஆகியவற்றில் பாதை தெளிவுபடுத்தல் மற்றும் பாதை கண்டுபிடிப்பை ஆதரிப்பதற்காக SMPDB குறிப்பாக வடிவமைக்கப்பட்டுள்ளது. ஐந்து வகையான சிறிய மூலக்கூறு பாதைகளின் வண்ணமயமான, விரிவான, முழுமையாகத் தேடக்கூடிய, ஹைப்பர்லிங்க் செய்யப்பட்ட வரைபடங்களை வழங்குவதன் மூலம் இது அவ்வாறு செய்ய முடியும்ஃ 1) பொதுவான மனித வளர்சிதை மாற்ற பாதைகள்; 2) மனித வளர்சிதை மாற்ற நோய் பாதைகள்; 3) மனித வளர்சிதை மாற்ற சமிக்ஞை பாதைகள்; 4) மருந்து-செயல்பாட்டு பாதைகள் மற்றும் 5) மருந்து வளர்சிதை மாற்ற பாதைகள். SMPDB பாதைகள் கூகிள் மேப்ஸ் போன்ற இடைமுகத்தைப் பயன்படுத்தி ஊடாடும் வகையில் வழிநடத்தப்படலாம், பார்க்கப்படலாம் மற்றும் பெரிதாக்கப்படலாம். அனைத்து SMPDB பாதைகளும் தொடர்புடைய உறுப்புகள், துணை செல்லுலார் பெட்டிகள், புரதக் காரணிகள், புரத இருப்பிடங்கள், வளர்சிதை மாற்ற இருப்பிடங்கள், வேதியியல் கட்டமைப்புகள் மற்றும் புரத நாற்கர கட்டமைப்புகள் பற்றிய தகவல்களை உள்ளடக்கியது (படம். 1). எஸ். எம். பி. டி. பி. யில் உள்ள ஒவ்வொரு சிறிய மூலக்கூறும் எச். எம். டி. பி அல்லது மருந்து வங்கியில் உள்ள விரிவான விளக்கங்களுடன் ஹைப்பர்லிங்க் செய்யப்பட்டுள்ளது, மேலும் ஒவ்வொரு புரதம் அல்லது நொதி வளாகமும் யூனிபிரோடுடன் ஹைப்பர்லிங்க் செய்யப்பட்டுள்ளது. கூடுதலாக, அனைத்து SMPDB பாதைகளும் விரிவான விளக்கங்கள் மற்றும் குறிப்புகளுடன் சேர்ந்து, ஒவ்வொரு வரைபடத்திலும் சித்தரிக்கப்பட்டுள்ள பாதை, நிலை அல்லது செயல்முறைகள் பற்றிய கண்ணோட்டத்தை வழங்குகின்றன. பயனர்கள் SMPDB ஐ உலாவலாம் (படம். 2) அல்லது உரை தேடல் மூலம் அதன் உள்ளடக்கங்களைத் தேடுங்கள் (படம். 3), வரிசை தேடல் அல்லது வேதியியல் அமைப்பு தேடல். மரபணு அல்லது புரதப் பெயர்கள், மருந்துகளின் பெயர்கள், வளர்சிதை மாற்றப் பெயர்கள், ஜென்பேங்க் ஐடி, சுவிஸ்-ப்ராட் ஐடி, ஏஜிலென்ட் அல்லது அஃபிமெட்ரிக்ஸ் மைக்ரோஅரே ஐடி ஆகியவற்றின் பட்டியல்களுடன் தேடுவது உட்பட மிகவும் சக்திவாய்ந்த கேள்விகளும் சாத்தியமாகும். இந்த வினவல்கள் பொருந்தக்கூடிய பாதைகளின் பட்டியல்களை உருவாக்கும் மற்றும் ஒவ்வொரு பாதை வரைபடங்களிலும் பொருந்தக்கூடிய மூலக்கூறுகளை முன்னிலைப்படுத்தும். எஸ். எம். பி. டி. பியின் மேப்பிங் இடைமுகத்தின் மூலம் மரபணு, வளர்சிதை மாற்றம் மற்றும் புரத செறிவு தரவுகளையும் காட்சிப்படுத்தலாம். SMPDB என்பது மனித வளர்சிதை மாற்ற தரவுத்தளம், மருந்து வங்கி மற்றும் நச்சு மற்றும் நச்சு-இலக்கு தரவுத்தளம் (T3DB) ஆகியவற்றை உள்ளடக்கிய வளர்சிதை மாற்ற தரவுத்தளங்களின் தொகுப்பின் ஒரு பகுதியாகும். டிரக்பேங்க் 7000 மருந்துகள் மற்றும்> 4200 தேவையற்ற மருந்து இலக்குகள், என்சைம்கள், டிரான்ஸ்போர்ட்டர்கள் மற்றும் கேரியர்கள் பற்றிய தகவல்களை உள்ளடக்கியிருந்தாலும், மனித உடலில் காணப்படும் 40,000 க்கும் மேற்பட்ட சிறிய மூலக்கூறு வளர்சிதை மாற்றங்களை எச்எம்டிபி கொண்டுள்ளது. இந்த தொகுப்பு டி3டிபி மூலம் அதன் 3100 க்கும் மேற்பட்ட பொதுவான நச்சு பொருட்கள் மற்றும் 1300 க்கும் மேற்பட்ட தொடர்புடைய நச்சு இலக்குகளுடன் பூர்த்தி செய்யப்படுகிறது. SMPDB இன் முதல் பதிப்பு ஜனவரி 1,2010 அன்று வெளியிடப்பட்டது. இந்த வெளியீட்டில் சிறிய மூலக்கூறு பாதைகளுக்கான 350 க்கும் மேற்பட்ட பட வரைபட பாதைகள் இருந்தன. பார்வையாளர் இடைமுகம் 3-படி (சிறிய, நடுத்தர, பெரிய) பெரிதாக்குதலுடன் சுருள்-பட்டை பட வழிசெலுத்தலுக்கு மட்டுப்படுத்தப்பட்டது. இந்த முதல் பதிப்பில் உள்ள பாதைகள் 1) மனித வளர்சிதை மாற்ற பாதைகள்; 2) மனித வளர்சிதை மாற்ற நோய் பாதைகள்; மற்றும் 3) மனித வளர்சிதை மாற்ற சமிக்ஞை பாதைகள். எஸ். எம். பி. டி. பியின் இரண்டாவது பதிப்பு 2014 இல் வெளியிடப்பட்டது. இந்த பதிப்பில் 620 க்கும் மேற்பட்ட சிறிய மூலக்கூறு பாதைகள் இருந்தன. கிளிக்-என்-டிராக் பட வழிசெலுத்தல் மற்றும் வரம்பற்ற, ஊடாடும் பெரிதாக்கத்துடன் கூகிள்-மேப் போன்ற இடைமுகத்தை சேர்க்க பார்வையாளர் இடைமுகம் மேம்படுத்தப்பட்டது. இந்த இரண்டாவது பதிப்பில் உள்ள பாதைகள் பின்வருமாறு விரிவுபடுத்தப்பட்டனஃ 1) பொதுவான மனித வளர்சிதை மாற்ற பாதைகள்; 2) மனித வளர்சிதை மாற்ற நோய் பாதைகள்; 3) மனித வளர்சிதை மாற்ற சமிக்ஞை பாதைகள்; 4) மருந்து செயல் பாதைகள் மற்றும் 5) மருந்து வளர்சிதை மாற்ற பாதைகள். மேலும் காண்க KEGG HMDB மருந்து வங்கி ரியாக்டோம் மெட்டாசைக் உயிரியல் தரவுத்தளங்களின் பட்டியல் குறிப்புகள் வளர்சிதை மாற்ற தரவுத்தளங்கள் மருத்துவ தரவுத்தளங்கள் உயிரியல் தரவுத்தளங்கள்