Critical Assessment of Function Annotation
செயல்பாட்டு சிறுகுறிப்பின் விமர்சன மதிப்பீடு (சிஏஎஃப்ஏ) என்பது புரத செயல்பாட்டைக் கணிப்பதற்கு அர்ப்பணிக்கப்பட்ட கணக்கீட்டு முறைகளின் பெரிய அளவிலான மதிப்பீட்டை வழங்க வடிவமைக்கப்பட்ட ஒரு பரிசோதனையாகும். மூலக்கூறு செயல்பாடு, உயிரியல் செயல்முறை மற்றும் செல்லுலார் கூறு ஆகிய பிரிவுகளில் மரபணு ஆன்டாலஜி (ஜி. ஓ.) சொற்களைக் கணிக்கும் திறனால் வெவ்வேறு வழிமுறைகள் மதிப்பீடு செய்யப்படுகின்றன. இந்த சோதனை இரண்டு தடங்களைக் கொண்டுள்ளதுஃ (i) யூகாரியோடிக் பாதை, (ii) புரோக்கரியோடிக் பாதை. ஒவ்வொரு பாதையிலும், அமைப்பாளர்களால் இலக்குகளின் தொகுப்பு வழங்கப்படுகிறது. பங்கேற்பாளர்கள் சமர்ப்பிப்பு காலக்கெடுவுக்குள் தங்கள் கணிப்புகளை சமர்ப்பிப்பார்கள் என்று எதிர்பார்க்கப்படுகிறது, அதன் பிறகு அவர்கள் குறிப்பிட்ட அளவீடுகளின் தொகுப்பின் படி மதிப்பிடப்படுகிறார்கள். உந்துதல் ஒரு உயிரினத்தின் மரபணு நூறாயிரக்கணக்கான வெவ்வேறு புரத வரிசைகளுக்கு குறியீடு செய்யும் நூற்றுக்கணக்கான முதல் பல்லாயிரக்கணக்கான மரபணுக்களைக் கொண்டிருக்கலாம். மரபணு வரிசைமுறையின் ஒப்பீட்டளவில் குறைந்த செலவு காரணமாக, மரபணு மற்றும் புரத வரிசைகளை தீர்மானிப்பது வேகமாகவும் மலிவானதாகவும் உள்ளது. இதுவரை ஆயிரக்கணக்கான இனங்கள் வரிசைப்படுத்தப்பட்டுள்ளன, இருப்பினும் பல புரதங்கள் நன்கு வகைப்படுத்தப்படவில்லை. உயிரணுவில் ஒரு புரதத்தின் பங்கை சோதனை ரீதியாக தீர்மானிக்கும் செயல்முறை, ஒரு விலையுயர்ந்த மற்றும் நேரத்தை எடுக்கும் பணியாகும். மேலும், செயல்பாட்டு மதிப்பீடுகள் செய்யப்படும்போது கூட அவை புரத செயல்பாட்டைப் பற்றிய முழுமையான நுண்ணறிவை வழங்க வாய்ப்பில்லை. எனவே புரதங்களை செயல்பாட்டு ரீதியாக சிறுகுறிப்பு செய்ய கணக்கீட்டு கருவிகளைப் பயன்படுத்துவது முக்கியம். பல்வேறு உயிரியல் மற்றும் பரிணாமத் தரவுகளைப் பயன்படுத்தி புரத செயல்பாட்டை ஊகிக்கக்கூடிய புரத செயல்பாட்டு முன்கணிப்புக்கான பல கணக்கீட்டு முறைகள் உள்ளன, ஆனால் முன்னேற்றத்திற்கு குறிப்பிடத்தக்க இடம் உள்ளது. புரத செயல்பாட்டின் துல்லியமான கணிப்பு உயிரியல் மருத்துவம் மற்றும் மருந்து ஆராய்ச்சியில் நீண்டகால தாக்கங்களை ஏற்படுத்தும். CAFA பரிசோதனை கணக்கீட்டு முறைகளின் பக்கச்சார்பற்ற மதிப்பீட்டை வழங்குவதற்கும், கணக்கீட்டு செயல்பாட்டு முன்கணிப்பில் ஆராய்ச்சியைத் தூண்டுவதற்கும், செயல்பாட்டு முன்கணிப்பில் ஒட்டுமொத்த அதிநவீன நுண்ணறிவுகளை வழங்குவதற்கும் வடிவமைக்கப்பட்டுள்ளது. அமைப்பு சோதனை மூன்று கட்டங்களைக் கொண்டுள்ளதுஃ கணிப்பு கட்டம்ஃ ~ 4 மாதங்கள் அமைப்பாளர்கள் சமூகத்திற்கு அறியப்படாத அல்லது முழுமையற்ற செயல்பாட்டுடன் புரத வரிசைகளை வழங்குகிறார்கள் மற்றும் கணிப்புகளை சமர்ப்பிப்பதற்கான காலக்கெடுவை நிர்ணயிக்கிறார்கள் இலக்கு குவிப்புஃ 6-12 மாதங்கள் அனைத்து கணிப்புகளும் சேமிக்கப்பட்டு, சோதனை ஒரு காத்திருப்பு காலத்திற்குள் நுழைந்த பிறகு, இதில் புரத செயல்பாடுகள் பொது தரவுத்தளங்களில் குவியும் என்று எதிர்பார்க்கப்படுகிறது பகுப்பாய்வு கட்டம்ஃ 1 மாத முன்கணிப்பாளர்கள் அவர்களின் செயல்திறனுக்கு ஏற்ப தரவரிசைப்படுத்தப்படுகிறார்கள். முடிவுகள் அறிவியல் கூட்டங்களில் பகிரங்கமாக பகிரப்பட்டு சக மதிப்பாய்வுக்குப் பிறகு வெளியிடப்படுகின்றன. CAFA சோதனை தானியங்கி செயல்பாட்டு கணிப்பு (AFP) சிறப்பு வட்டி குழுவால் (AFP/SIG) நடத்தப்படுகிறது. டாக்டர் இன்பல் (ஹால்பெரின்) லாண்ட்ஸ்பெர்க் என்பவரால் சிஏஎஃப்ஏ உருவாக்கப்பட்டது, மேலும் பேராசிரியர் ரஸ் ஆல்ட்மேன் மற்றும் டாக்டர் இடோ ஃப்ரீட்பெர்க் ஆகியோருடன் இணைந்து அவர் ஏற்பாடு செய்தார். 2005, 2006, 2008, 2011 மற்றும் 2012 ஆம் ஆண்டுகளில் மூலக்கூறு உயிரியலுக்கான நுண்ணறிவு அமைப்புகள் மாநாட்டுடன் ஏ. எஃப். பி/எஸ். ஐ. ஜி கூட்டம் நடைபெற்றது. CAFA 2010-2012 முதல் CAFA பரிசோதனை 2010 இலையுதிர்காலம் மற்றும் 2012 வசந்த காலத்திற்கு இடையில் ஏற்பாடு செய்யப்பட்டது. இந்த ஒவ்வொரு காட்சிக்கும் மரபணு ஆன்டாலஜி சிறுகுறிப்புகளை கணிக்கும் பணியுடன் அமைப்பாளர்கள் சமூகத்திற்கு 48,000 காட்சிகளை வழங்கினர். அந்த 48,000 புரதங்களில், 866 இலக்கு குவிப்பு கட்டத்தில் சோதனை ரீதியாக குறிப்பிடப்பட்டன. தற்போதைய செயல்பாட்டு முன்கணிப்பு வழிமுறைகள் ஒரு எளிய டொமைன் அசைன்மென்ட் அல்லது பிளேஸ்ட் தொகுப்பின் நேரடியான பயன்பாட்டை விட கணிசமாக சிறப்பாக செயல்படுகின்றன என்பதை முடிவுகள் காட்டுகின்றன. இருப்பினும், ஒரு புரதத்தின் உயிரியல் செயல்பாட்டை துல்லியமாக கணிப்பது இன்னும் ஒரு திறந்த மற்றும் சவாலான பிரச்சினை என்றும் அவர்கள் வெளிப்படுத்தினர். CAFA 2013-2014 இரண்டாவது CAFA பரிசோதனை 2013 இலையுதிர்காலத்தில் தொடங்கியது. ஆகஸ்ட் முதல், ஆர்வமுள்ள தரப்பினர் 27 இனங்களில் 100,000 க்கும் மேற்பட்ட இலக்கு காட்சிகளைப் பதிவிறக்கம் செய்யலாம். பதிவுசெய்யப்பட்ட குழுக்கள் மரபணு ஆன்டாலஜி சொற்களுடன் வரிசைகளை சிறுகுறிப்பு செய்ய சவால் விடப்படுகின்றன, மனித பினோட்டைப் ஆன்டாலஜி சொற்களுடன் மனித வரிசைகளை சிறுகுறிப்பு செய்ய கூடுதல் சவால் விடப்படுகிறது. சமர்ப்பிப்பதற்கான காலக்கெடு ஜனவரி 15,2014 ஆகும். கணிப்புகளின் மதிப்பீடு ஜூன் 2014 இல் நடைபெறும். மேலும் காண்க CASP: புரதக் கட்டமைப்பு கணிப்பின் முக்கியமான மதிப்பீடு CAPRI: தொடர்புகளின் குறிப்புகளின் கணிப்பின் முக்கியமான மதிப்பீடு வெளிப்புற இணைப்புகள் தானியங்கி செயல்பாட்டு கணிப்பு சிறப்பு வட்டி குழு-CAFA சவால் பங்கேற்பு தகவல் உயிர் தகவலியல்