De novo transcriptome assembly
டி நோவோ டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் அசெம்பிளி என்பது ஒரு குறிப்பு மரபணுவின் உதவியின்றி ஒரு டிரான்ஸ்கிரிப்டோமை உருவாக்கும் டி நோவோ வரிசை அசெம்பிளி முறையாகும். அறிமுகம் புதுமையான வரிசைமுறை தொழில்நுட்பங்களின் வளர்ச்சியின் விளைவாக, 2008 முதல் 2012 வரையிலான ஆண்டுகளில் வரிசைமுறைக்கான செலவில் பெரும் வீழ்ச்சி ஏற்பட்டது. ஒரு மெகாபேஸ் மற்றும் மரபணுவிற்கு, விலை முறையே 1/100,000 வது மற்றும் 1/10,000 வது விலைக்கு குறைந்தது. இதற்கு முன்பு, விஞ்ஞான ஆராய்ச்சிக்கு பரந்த ஆர்வம் மற்றும் பயன்பாடு கொண்ட உயிரினங்களின் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம்கள் மட்டுமே வரிசைப்படுத்தப்பட்டன; இருப்பினும், 2010 களில் உருவாக்கப்பட்ட உயர்-செயல்திறன் வரிசைமுறை (அடுத்த தலைமுறை வரிசைமுறை என்றும் அழைக்கப்படுகிறது) தொழில்நுட்பங்கள் செலவு மற்றும் உழைப்பு-பயனுள்ளவை, மேலும் இந்த முறைகள் மூலம் ஆய்வு செய்யப்பட்ட உயிரினங்களின் வரம்பு விரிவடைந்து வருகிறது. பின்னர் கொண்டைக்கடலை, பிளனேரியன்ஸ், பார்யேல் ஹவாயென்சிஸ், நைல் முதலை, சோளம் பாம்பு, தாடி கொண்ட டிராகன் மற்றும் சிவப்பு காது ஸ்லைடர் ஆகியவற்றின் மூளை ஆகியவற்றிற்காக டிரான்ஸ்கிரிப்டோம்கள் உருவாக்கப்பட்டுள்ளன. மாதிரி அல்லாத உயிரினங்களை ஆராய்வது பூமியில் ஏராளமான உயிர்களை இயக்கும் "கவர்ச்சிகரமான உருவவியல் கண்டுபிடிப்புகளின் பன்முகத்தன்மை" அடிப்படையிலான வழிமுறைகளைப் பற்றிய புதுமையான நுண்ணறிவுகளை வழங்க முடியும். விலங்குகள் மற்றும் தாவரங்களில், பொதுவான மாதிரி உயிரினங்களில் ஆராய முடியாத "கண்டுபிடிப்புகள்" பிரதிபலிப்பு, பரஸ்பரம், ஒட்டுண்ணி மற்றும் அயல்நாட்டு இனப்பெருக்கம் ஆகியவை அடங்கும். டி நோவோ டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் அசெம்பிளி பெரும்பாலும் மாதிரி அல்லாத உயிரினங்களைப் படிப்பதற்கான விருப்பமான முறையாகும், ஏனெனில் இது ஒரு மரபணுவை உருவாக்குவதை விட மலிவானது மற்றும் எளிதானது, மேலும் ஏற்கனவே உள்ள மரபணு இல்லாமல் குறிப்பு அடிப்படையிலான முறைகள் சாத்தியமில்லை. இத்தகைய தனித்துவமான உயிரியல் நிகழ்வுகளில் சிக்கியுள்ள புதிய புரதங்கள் மற்றும் அவற்றின் ஐசோஃபார்ம்களை இந்த உயிரினங்களின் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம்கள் வெளிப்படுத்தலாம். டி நோவோ எதிராக குறிப்பு அடிப்படையிலான அசெம்பிளி கூடியிருந்த டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களின் தொகுப்பு ஆரம்ப மரபணு வெளிப்பாடு ஆய்வுகளுக்கு அனுமதிக்கிறது. டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் அசெம்பிளி கணினி நிரல்களின் வளர்ச்சிக்கு முன்பு, டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் தரவு முதன்மையாக ஒரு குறிப்பு மரபணுவை வரைபடமாக்குவதன் மூலம் பகுப்பாய்வு செய்யப்பட்டது. மரபணு சீரமைப்பு என்பது டிரான்ஸ்கிரிப்ட் வரிசைகளை வகைப்படுத்துவதற்கான ஒரு வலுவான வழியாக இருந்தாலும், மாற்று ஸ்ப்லைசிங் போன்ற எம்ஆர்என்ஏ டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களின் கட்டமைப்பு மாற்றங்களின் சம்பவங்களை கணக்கிட இயலாமையால் இந்த முறை பின்தங்கியுள்ளது. ஒரு மரபணு ஒரு டிரான்ஸ்கிரிப்டில் இருக்கக்கூடிய அனைத்து இன்ட்ரான்கள் மற்றும் எக்ஸான்களின் கூட்டுத்தொகையைக் கொண்டிருப்பதால், மரபணுவுடன் தொடர்ந்து சீரமைக்காத பிளவுபட்ட மாறுபாடுகள் உண்மையான புரத ஐசோஃபார்ம்களாக தள்ளுபடி செய்யப்படலாம். ஒரு குறிப்பு மரபணு கிடைத்தாலும், டி நோவோ அசெம்பிளி செய்யப்பட வேண்டும், ஏனெனில் இது குறிப்பு மரபணு அசெம்பிளியில் இருந்து காணாமல் போன மரபணுவின் பிரிவுகளிலிருந்து படியெடுத்த டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களை மீட்டெடுக்க முடியும். டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் வெர்சஸ் ஜீனோம் அசெம்பிளி மரபணு வரிசை கவரேஜ் நிலைகளைப் போலல்லாமல்-இது டிஎன்ஏவின் குறியீட்டு அல்லாத இன்ட்ரான் பகுதிகளில் மீண்டும் மீண்டும் உள்ளடக்கத்தின் விளைவாக தோராயமாக மாறுபடும்-டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் வரிசை கவரேஜ் நிலைகள் மரபணு வெளிப்பாடு நிலைகளை நேரடியாகக் குறிக்கலாம். இந்த தொடர்ச்சியான வரிசைகள் மரபணு அசெம்பிளியில் கான்டிக்ஸை உருவாக்குவதில் தெளிவின்மையை உருவாக்குகின்றன, அதே நேரத்தில் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் அசெம்பிளி கான்டிக்ஸில் உள்ள தெளிவின்மைகள் பொதுவாக பிளவுபட்ட ஐசோஃபார்ம்களுடன் ஒத்திருக்கின்றன, அல்லது ஒரு மரபணு குடும்ப உறுப்பினர்களிடையே சிறிய மாறுபாடு. பல காரணங்களால் மரபணு அசெம்பிளரை டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் அசெம்பிளியில் நேரடியாகப் பயன்படுத்த முடியாது. முதலாவதாக, மரபணு வரிசைமுறை ஆழம் பொதுவாக ஒரு மரபணு முழுவதும் ஒரே மாதிரியாக இருக்கும், ஆனால் டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களின் ஆழம் மாறுபடும். இரண்டாவதாக, இரண்டு இழைகளும் எப்போதும் மரபணு வரிசைமுறையில் வரிசைப்படுத்தப்படுகின்றன, ஆனால் ஆர்என்ஏ-செக்யூ இழைகள் சார்ந்ததாக இருக்கலாம். மூன்றாவதாக, டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் அசெம்பிளி மிகவும் சவாலானது, ஏனெனில் ஒரே மரபணுவிலிருந்து டிரான்ஸ்கிரிப்ட் மாறுபாடுகள் எக்ஸான்களைப் பகிர்ந்து கொள்ளலாம் மற்றும் சந்தேகத்திற்கு இடமின்றி தீர்ப்பது கடினம். முறை ஆர்என்ஏ-செக் உயிரணுக்களில் இருந்து ஆர்என்ஏ பிரித்தெடுக்கப்பட்டு சுத்திகரிக்கப்பட்டவுடன், அது ஒரு உயர்-செயல்திறன் வரிசைமுறை வசதிக்கு அனுப்பப்படுகிறது, அங்கு அது முதலில் ஒரு சிடிஎன்ஏ நூலகத்தை உருவாக்க தலைகீழ் படியெடுத்தல் செய்யப்படுகிறது. இந்த சிடிஎன்ஏ பின்னர் வரிசைப்படுத்தலுக்குப் பயன்படுத்தப்படும் தளத்தைப் பொறுத்து பல்வேறு நீளங்களாகப் பிரிக்கப்படலாம். பின்வரும் தளங்கள் ஒவ்வொன்றும் மில்லியன் கணக்கான குறுகிய வாசிப்புகளை வரிசைப்படுத்த வெவ்வேறு வகையான தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்துகின்றனஃ 454 வரிசைமுறை, இல்லுமினா மற்றும் சோல்ட். சி. டி. என். ஏ வரிசை வாசிப்புகள் ஒரு குறுகிய வாசிப்பு டிரான்ஸ்கிரிப்ட் அசெம்பிளி நிரல் வழியாக டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களாக இணைக்கப்படுகின்றன. பெரும்பாலும், ஒத்ததாக இருக்கும் டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களில் சில அமினோ அமில மாறுபாடுகள் வெவ்வேறு புரத ஐசோஃபார்ம்களை பிரதிபலிக்கின்றன. அவை ஒரே மரபணு குடும்பத்திற்குள் வெவ்வேறு மரபணுக்களை பிரதிநிதித்துவப்படுத்துகின்றன, அல்லது மாறுபாட்டின் அளவைப் பொறுத்து, பாதுகாக்கப்பட்ட களத்தை மட்டுமே பகிர்ந்து கொள்ளும் மரபணுக்கள் கூட இருக்கலாம். பல அசெம்பிளி திட்டங்கள் உள்ளன (அசெம்பிளர்களைப் பார்க்கவும்). இந்த திட்டங்கள் பொதுவாக மரபணுக்களைச் சேர்ப்பதில் வெற்றிகரமாக இருந்தபோதிலும், டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் அசெம்பிளி சில தனித்துவமான சவால்களை முன்வைக்கிறது. ஒரு மரபணுவிற்கான உயர் வரிசை கவரேஜ் மீண்டும் மீண்டும் வரும் வரிசைகளின் இருப்பைக் குறிக்கலாம் (இதனால் மறைக்கப்படலாம்), ஒரு டிரான்ஸ்கிரிப்டோமைப் பொறுத்தவரை, அவை மிகுதியைக் குறிக்கலாம். கூடுதலாக, மரபணு வரிசைமுறையைப் போலல்லாமல், புலன் மற்றும் ஆண்டிசென்ஸ் டிரான்ஸ்கிரிப்ட்கள் ஆகிய இரண்டின் சாத்தியக்கூறு காரணமாக, டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் வரிசைமுறை ஸ்ட்ராண்ட்-குறிப்பிட்டதாக இருக்கலாம். இறுதியாக, அனைத்து பிளவுபடுத்தும் ஐசோஃபார்ம்களையும் மறுசீரமைப்பது மற்றும் கிண்டல் செய்வது கடினமாக இருக்கலாம். குறுகிய வாசிப்பு அசெம்பிளர்கள் பொதுவாக இரண்டு அடிப்படை வழிமுறைகளில் ஒன்றைப் பயன்படுத்துகின்றனஃ ஒன்றுடன் ஒன்று வரைபடங்கள் மற்றும் டி ப்ரூய்ன் வரைபடங்கள். சாங்கர் வரிசைப்படுத்தப்பட்ட வாசிப்புகளுக்காக வடிவமைக்கப்பட்ட பெரும்பாலான அசெம்பிளர்களுக்கு ஓவர்லேப் வரைபடங்கள் பயன்படுத்தப்படுகின்றன. ஒவ்வொரு ஜோடி வாசிப்புகளுக்கும் இடையிலான ஒன்றுடன் ஒன்று கணக்கிடப்பட்டு ஒரு வரைபடத்தில் தொகுக்கப்படுகிறது, இதில் ஒவ்வொரு முனையும் ஒரு ஒற்றை வரிசை வாசிப்பைக் குறிக்கிறது. இந்த வழிமுறை டி ப்ரூய்ன் வரைபடங்களை விட கணக்கீட்டு ரீதியாக மிகவும் தீவிரமானது, மேலும் அதிக அளவு ஒன்றுடன் ஒன்று குறைவான ரீட்களை இணைப்பதில் மிகவும் பயனுள்ளதாக இருக்கும். டி ப்ரூய்ன் வரைபடங்கள் கே-மெர்ஸை (பொதுவாக 25-50 பிபி) கே-1 வரிசை பாதுகாப்பின் அடிப்படையில் சீரமைத்து காண்டிக்குகளை உருவாக்குகின்றன. கே-மெர்ஸ் வேகமான ஹாஷிங்கை அனுமதிக்கும் ரீட் நீளங்களை விட குறுகியவை, எனவே டி ப்ரூய்ன் வரைபடங்களில் உள்ள செயல்பாடுகள் பொதுவாக குறைவான கணக்கீட்டு தீவிரம் கொண்டவை. செயல்பாட்டு சிறுகுறிப்பு ஒருங்கிணைந்த டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களின் செயல்பாட்டு சிறுகுறிப்பு குறிப்பிட்ட மூலக்கூறு செயல்பாடுகள், செல்லுலார் கூறுகள் மற்றும் உயிரியல் செயல்முறைகள் பற்றிய நுண்ணறிவை அனுமதிக்கிறது. பிளாஸ்ட்2ஜிஓ (பி2ஜி) மரபணு ஆன்டாலஜி அடிப்படையிலான தரவுச் சுரங்கத்தை வரிசைத் தரவைக் குறிக்க உதவுகிறது, இதற்காக இதுவரை கோ சிறுகுறிப்பு எதுவும் கிடைக்கவில்லை. இது மாதிரி அல்லாத இனங்கள் குறித்த செயல்பாட்டு மரபியல் ஆராய்ச்சியில் பெரும்பாலும் பயன்படுத்தப்படும் ஒரு ஆராய்ச்சி கருவியாகும். இது (என். சி. பி. ஐ. யில்) ஒரு பற்றாக்குறை புரத தரவுத்தளத்திற்கு எதிராக கூடியிருக்கும் இணைப்புகளை வெடிப்பதன் மூலம் செயல்படுகிறது, பின்னர் வரிசை ஒற்றுமையின் அடிப்படையில் அவற்றைக் குறிப்பிடுகிறது. கோவானா என்பது இதே போன்ற பாணியில் செயல்படும் விலங்கு மற்றும் விவசாய தாவர மரபணு தயாரிப்புகளுக்கான மற்றொரு கோ சிறுகுறிப்பு திட்டமாகும். இது கோ சிறுகுறிப்பு மற்றும் பகுப்பாய்விற்கான கணக்கீட்டு கருவிகளின் தொகுக்கப்பட்ட, பொதுவில் அணுகக்கூடிய தொகுப்பின் அக்பேஸ் தரவுத்தளத்தின் ஒரு பகுதியாகும். சிறுகுறிப்பைத் தொடர்ந்து, KEGG (மரபணுக்கள் மற்றும் மரபணுக்களின் கியோட்டோ கலைக்களஞ்சியம்) டிரான்ஸ்கிரிப்டோமில் கைப்பற்றப்பட்ட வளர்சிதை மாற்ற பாதைகள் மற்றும் மூலக்கூறு தொடர்பு நெட்வொர்க்குகளை காட்சிப்படுத்த உதவுகிறது. கோ விதிமுறைகளுக்கு சிறுகுறிப்பு செய்யப்படுவதோடு மட்டுமல்லாமல், இந்த டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களிலிருந்து பெறப்பட்ட புரதங்களின் அமினோ அமில வரிசையை கணிக்க திறந்த வாசிப்பு பிரேம்களுக்கும் (ஓ. ஆர். எஃப்) காண்டிக்ஸை திரையிடலாம். மற்றொரு அணுகுமுறை புரதக் களங்களை குறிப்பிட்டு, குறிப்பிட்ட மரபணுக்களைக் காட்டிலும் மரபணு குடும்பங்களின் இருப்பைத் தீர்மானிப்பதாகும். சரிபார்ப்பு மற்றும் தரக் கட்டுப்பாடு நன்கு தீர்க்கப்பட்ட குறிப்பு மரபணு அரிதாகவே கிடைப்பதால், கணினி-கூடியிருக்கும் இணைப்புகளின் தரம் அவற்றை உருவாக்கப் பயன்படுத்தப்படும் வாசிப்புகளுடன் கூடிய தொகுக்கப்பட்ட வரிசைகளை ஒப்பிடுவதன் மூலம் சரிபார்க்கப்படலாம் (குறிப்பு இல்லாதது), அல்லது எம். ஆர். என். ஏ டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களில் காணப்படும் பாதுகாக்கப்பட்ட மரபணு களங்களின் வரிசைகளை டிரான்ஸ்கிரிப்டோம்கள் அல்லது நெருங்கிய தொடர்புடைய இனங்களின் மரபணுக்களுடன் (குறிப்பு அடிப்படையிலானது) சீரமைப்பதன் மூலம் சரிபார்க்கப்படலாம். டிரான்ஸ்கிரேட் மற்றும் டிடோனேட் போன்ற கருவிகள் இந்த முறைகள் மூலம் அசெம்பிளி தரத்தின் புள்ளிவிவர பகுப்பாய்வை அனுமதிக்கின்றன. கணிக்கப்பட்ட டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களுக்கான பி. சி. ஆர் ப்ரைமர்களை வடிவமைப்பது மற்றொரு முறையாகும், பின்னர் அவற்றை சிடிஎன்ஏ நூலகத்திலிருந்து பெருக்க முயற்சிக்கவும். பெரும்பாலும், விதிவிலக்காக குறுகிய வாசிப்புகள் வடிகட்டப்படுகின்றன. குறுகிய வரிசைகள் (<40 அமினோ அமிலங்கள்) செயல்பாட்டு புரதங்களைக் குறிக்க வாய்ப்பில்லை, ஏனெனில் அவை சுயாதீனமாக மடித்து ஹைட்ரோபோபிக் கோர்களை உருவாக்க முடியாது. இந்த அளவீடுகளுக்கு இணையாக, மரபணு உள்ளடக்கத்தின் அளவு மதிப்பீடு அசெம்பிளியின் தரம் குறித்த கூடுதல் நுண்ணறிவுகளை வழங்கக்கூடும். இந்த படிநிலையைச் செய்ய, புஸ்கோ போன்ற பாதுகாக்கப்பட்ட மரபணுக்களின் அடிப்படையில் எதிர்பார்க்கப்படும் மரபணு இடத்தை மாதிரியாக்கும் கருவிகளைப் பயன்படுத்தலாம். யூகாரியோட்டுகளைப் பொறுத்தவரை, CEGMA பயன்படுத்தப்படலாம், இருப்பினும் இது 2015 முதல் அதிகாரப்பூர்வமாக ஆதரிக்கப்படவில்லை. அசெம்பிளர்கள் பின்வருபவை அசெம்பிளி மென்பொருளின் ஒரு பகுதி தொகுப்பாகும், இது டிரான்ஸ்கிரிப்டோம்களை உருவாக்க பயன்படுத்தப்படுகிறது, மேலும் அறிவியல் இலக்கியங்களிலும் மேற்கோள் காட்டப்பட்டுள்ளது. செக்மேன் என்ஜென் எஸ்ஓஏபிடெனோவோ-டிரான்ஸ் எஸ்ஓஏபிடெனோவோ-டிரான்ஸ் என்பது எஸ்ஓஏபிடெனோவோ 2 கட்டமைப்பிலிருந்து பெறப்பட்ட ஒரு டி நோவோ டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் அசெம்பிளர் ஆகும், இது மாற்று ஸ்ப்லைசிங் மற்றும் வெவ்வேறு வெளிப்பாடு மட்டத்துடன் டிரான்ஸ்கிரிப்டோமை அசெம்பிள் செய்வதற்காக வடிவமைக்கப்பட்டுள்ளது. எஸ்ஓஏபிடெனோவோ 2 உடன் ஒப்பிடும்போது முழு நீள டிரான்ஸ்கிரிப்ட் செட்டுகளை உருவாக்க அசெம்ப்ளர் மிகவும் விரிவான வழியை வழங்குகிறது. வெல்வெட்/ஓயஸ் வெல்வெட் வழிமுறை டி ப்ரூய்ன் வரைபடங்களைப் பயன்படுத்தி டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களை ஒருங்கிணைக்கிறது. உருவகப்படுத்துதல்களில், வெல்வெட் புரோக்கரியோடிக் தரவு மற்றும் பாலூட்டி பாக்டீரியா செயற்கை குரோமோசோம்களில் (BAC கள்) 3-kb N50 ஐப் பயன்படுத்தி 50-kb N50 நீளம் வரை காண்டிக்ஸை உற்பத்தி செய்ய முடியும். இந்த ஆரம்ப டிரான்ஸ்கிரிப்ட்கள் ஒயாஸிஸுக்கு மாற்றப்படுகின்றன, இது டிரான்ஸ்கிரிப்ட் ஐசோஃபார்ம்களை உருவாக்க ஜோடி இறுதி வாசிப்பு மற்றும் நீண்ட வாசிப்பு தகவல்களைப் பயன்படுத்துகிறது. டிரான்ஸ்-ஏபிஐஎஸ்எஸ் ஏபிஐஎஸ்எஸ் என்பது ஒரு இணையான, ஜோடி-இறுதி வரிசை அசெம்பிளர் ஆகும். டிரான்ஸ்-ஏபிஐஎஸ்எஸ் (அசெம்பிளி பை ஷார்ட் சீக்வென்ஸ்) என்பது ஏபிஐஎஸ்எஸ்-அசெம்பிள் செய்யப்பட்ட டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் காண்டிக்ஸை பகுப்பாய்வு செய்வதற்காக பைதான் மற்றும் பெர்ல் மொழிகளில் எழுதப்பட்ட ஒரு மென்பொருள் குழாய் ஆகும். இந்த குழாய்த்திட்டம் பரந்த அளவிலான k மதிப்புகளில் உருவாக்கப்படும் கூட்டங்களுக்கு பயன்படுத்தப்படலாம். இது முதலில் தரவுத்தொகுப்பை பற்றாக்குறை இல்லாத இணைப்புகளின் சிறிய தொகுப்புகளாகக் குறைக்கிறது, மேலும் எக்ஸான்-ஸ்கிப்பிங், நாவல் எக்ஸான்கள், தக்கவைக்கப்பட்ட இன்ட்ரான்கள், நாவல் இன்ட்ரான்கள் மற்றும் மாற்று ஸ்ப்லைசிங் உள்ளிட்ட ஸ்ப்லைசிங் நிகழ்வுகளை அடையாளம் காட்டுகிறது. டிரான்ஸ்-ஏபிஐஎஸ்எஸ் வழிமுறைகளால் மரபணு வெளிப்பாட்டு அளவை மதிப்பிடவும், சாத்தியமான பாலியாடெனைலேஷன் தளங்களை அடையாளம் காணவும், அதே போல் மரபணு-இணைவு நிகழ்வுகளையும் அடையாளம் காண முடியும். டிரினிட்டி டிரினிட்டி முதலில் வரிசைத் தரவை பல டி ப்ரூய்ன் வரைபடங்களாகப் பிரிக்கிறது, ஒவ்வொன்றும் ஒற்றை மரபணு அல்லது இருப்பிடத்தில் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனல் மாறுபாடுகளைக் குறிக்கின்றன. இது பின்னர் முழு நீள பிளவு ஐசோஃபார்ம்களை பிரித்தெடுக்கிறது மற்றும் ஒவ்வொரு வரைபடத்திலிருந்தும் இணையான மரபணுக்களிலிருந்து பெறப்பட்ட டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களை தனித்தனியாக வேறுபடுத்துகிறது. டிரினிட்டி மூன்று சுயாதீன மென்பொருள் தொகுதிகளைக் கொண்டுள்ளது, அவை டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களை உருவாக்க தொடர்ச்சியாகப் பயன்படுத்தப்படுகின்றனஃ இன்ச்வர்ம் ஆர்என்ஏ-செக் தரவை டிரான்ஸ்கிரிப்ட் காட்சிகளாக ஒருங்கிணைக்கிறது, பெரும்பாலும் ஒரு மேலாதிக்க ஐசோஃபார்முக்கு முழு நீள டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களை உருவாக்குகிறது, ஆனால் பின்னர் மாற்றாக ஸ்ப்ளைஸ் செய்யப்பட்ட டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களின் தனித்துவமான பகுதிகளை மட்டுமே தெரிவிக்கிறது. கிறைசாலிஸ் இன்ச்வர்ம் கான்டிக்ஸை தொகுத்து, ஒவ்வொரு கிளஸ்டருக்கும் முழுமையான டி ப்ரூயின் வரைபடங்களை உருவாக்குகிறது. ஒவ்வொரு கிளஸ்டரும் கொடுக்கப்பட்ட மரபணுவின் முழு டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனல் சிக்கலைக் குறிக்கிறது (அல்லது ஒரு குடும்பம் அல்லது பாதுகாக்கப்பட்ட வரிசையைப் பகிர்ந்து கொள்ளும் மரபணுக்களின் தொகுப்பு). கிறைசாலிஸ் பின்னர் இந்த தனித்தனி வரைபடங்களுக்கு இடையில் முழு வாசிப்பு தொகுப்பைப் பிரிக்கிறது. பட்டாம்பூச்சி பின்னர் தனிப்பட்ட வரைபடங்களை இணையாக செயலாக்குகிறது, வரைபடத்திற்குள் வாசிப்புகளின் பாதைகளைக் கண்டறிந்து, இறுதியில் முழு நீள டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களை மாற்றாக ஸ்ப்லைஸ் செய்யப்பட்ட ஐசோஃபார்ம்களுக்கு புகாரளிக்கிறது, மேலும் இணையான மரபணுக்களுடன் ஒத்த டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களைத் தவிர்த்துவிடுகிறது. டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக்ஸ் மாற்று பிளவுக்கான மனித-டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் தரவுத்தளம் (எச்-டி. பி. ஏ. எஸ்) யூனிஜீன் முழு-ஒட்டுண்ணிகள் எக்ஸோம் வரிசைமுறை குறிப்புகள் உயிர் தகவலியல் அமைப்புகள் உயிரியல் கணக்கீட்டு உயிரியல் ஓமிக்ஸ்