BioSamples
பயோஸாம்பிள்ஸ் (பயோஎஸ்டி) என்பது ஐரோப்பிய உயிர் தகவலியல் நிறுவனத்தில் வரிசைமுறையில் பயன்படுத்தப்படும் உயிரியல் மாதிரிகள் பற்றிய தகவல்களுக்கான ஒரு தரவுத்தளமாகும். தேசிய உயிரி தொழில்நுட்ப தகவல் மையத்தின் (என். சி. பி. ஐ) முதன்மை தரவு காப்பகங்களில் சேமிக்கப்பட்ட தரவு பெறப்பட்ட உயிரியல் பொருட்கள் பற்றிய சமர்ப்பிப்பாளர் வழங்கிய மெட்டாடேட்டாவை இது சேமிக்கிறது. என். சி. பி. ஐ. யின் காப்பகங்கள் பல இனங்களிலிருந்து பல்வேறு வகையான மாதிரிகள் தொடர்பான தரவை வழங்குகின்றன, மேலும் பயோஸாம்பிள் தரவுத்தளமும் இதேபோல் மாறுபட்டது. பயோஸாம்பிளின் எடுத்துக்காட்டுகளில் முதன்மை திசு பயாப்ஸி, ஒரு தனிப்பட்ட உயிரினம் அல்லது சுற்றுச்சூழல் தனிமைப்படுத்தல் ஆகியவை அடங்கும். கட்டுப்படுத்தப்பட்ட மாதிரி பண்புக்கூறு களப் பெயர் சொற்களஞ்சியங்களின் பயன்பாட்டை ஊக்குவிப்பதன் மூலம் பயோஸாம்பிள்ஸ் தரவுத்தளம் மாதிரி மெட்டாடேட்டாவை ஒரு கட்டமைக்கப்பட்ட வழியில் பிடிக்கிறது. இந்த மெட்டாடேட்டா மாதிரி தரவு சூழலைக் கொடுப்பதில் முக்கியமானது, இது இன்னும் முழுமையாகப் புரிந்துகொள்ளவும், மீண்டும் பயன்படுத்தவும், வேறுபட்ட தரவுத் தொகுப்புகளைச் சேகரிக்கவும் அனுமதிக்கிறது. மாதிரி மெட்டாடேட்டா பல காப்பக தரவுத்தளங்களில் பொருத்தமான சோதனைத் தரவுகளுடன் இணைக்கப்பட்டுள்ளது, இது மாதிரி விளக்கத்தை ஒரு முறை சமர்ப்பிப்பதன் மூலம் சமர்ப்பிப்பாளரின் சுமையை நீக்குகிறது. பிற காப்பகங்களுக்கு தரவு வைப்புகளைச் செய்யும்போது, தேவைப்படும்போது, அந்த மாதிரியை அவர்கள் குறிப்பிடலாம். பயோ மாதிரி பதிவுகள் குறியிடப்பட்ட மற்றும் தேடக்கூடியவை, மாதிரி விளக்கத்தின் மூலம் குறுக்கு-தரவுத்தள வினவல்களை ஆதரிக்கின்றன. வரலாறு பயோஸாம்பிள்ஸ் தரவுத்தளம் 2011 ஆம் ஆண்டில் மாதிரி மெட்டாடேட்டாவை ஒருங்கிணைத்து தரப்படுத்த உதவுவதற்காக தொடங்கப்பட்டது. வரலாற்று ரீதியாக, ஒவ்வொரு காப்பகமும் மாதிரி மெட்டாடேட்டா சேகரிப்புக்காக அதன் சொந்த மரபுகளை உருவாக்கியது. இவை வழக்கமாக அவற்றின் தரப்படுத்தலில் மட்டுப்படுத்தப்பட்டவை மற்றும் பல தரவுத் தொகுப்புகளில் ஒரு மாதிரி எப்போது பயன்படுத்தப்பட்டது என்பதைக் குறிக்க எந்த முறையும் இல்லை. இது தவிர, அடிப்படை தரவைப் புரிந்துகொள்வதற்கு மாதிரி மெட்டாடேட்டா முக்கியமானது என்று ஆராய்ச்சி சமூகத்தினரிடையே விழிப்புணர்வு அதிகரித்து வருகிறது. மேலும், மேம்பட்ட மெட்டாடேட்டாவுடன் தரவின் மறுபயன்பாடு, திரட்டல் மற்றும் ஒருங்கிணைப்புக்கான வாய்ப்புகள் அதிகரிக்கப்படுகின்றன. தரவுத்தளம் ஆரம்பத்தில் எஸ்ஆர்ஏ, ஈஎஸ்டி, ஜிஎஸ்எஸ் மற்றும் டிபிஜிஏபி ஆகியவற்றிலிருந்து பிரித்தெடுக்கப்பட்ட தற்போதைய விளக்கங்களுடன் நிரம்பியிருந்தது. மே 2013 நிலவரப்படி, தரவுத்தளத்தில் 18,000 இனங்களை உள்ளடக்கிய கிட்டத்தட்ட 2 மில்லியன் உயிர் மாதிரி பதிவுகள் உள்ளன. உள்ளடக்கம் பயோஸாம்பிள்ஸ் தரவுத்தளத்தில் 1 மில்லியன் மாதிரிகள் விவரிக்கப்பட்ட ஜனவரி 2012 முதல் பயோஸாம்பிள்ஸ் தரவுத்தளத்தின் அளவு இரட்டிப்பாகியுள்ளது, அக்டோபர் 2013 நிலவரப்படி 80,232 குழுக்களாக 2,846,137 மாதிரிகள் கிடைக்கின்றன. விரைவான வளர்ச்சி முக்கியமாக புதிய தரவு ஆதாரங்கள் மற்றும் ஏற்கனவே உள்ள ஆதாரங்களிலிருந்து அதிகரித்த தரவு அளவு காரணமாகும். புதிய தரவு ஆதாரங்களில் புற்றுநோய் மரபணு அட்லஸ் இருந்து 22,288 மாதிரிகள், மற்றும் புற்றுநோய் சோமாடிக் பிறழ்வு அட்டவணை இருந்து 920,441 மாதிரிகள் (COSMIC) அடங்கும். பண்புக்கூறுகள் கட்டமைக்கப்பட்ட பெயரைப் பயன்படுத்தி விசாரணையின் கீழ் உள்ள பொருளை வரையறுக்கின்றனஃ மதிப்பு ஜோடிகள், எடுத்துக்காட்டாகஃ திசுஃ கல்லீரல் சேகரிப்பு தேதிஃ 31-ஜனவரி-2013 மாதிரி வகையைக் குறிப்பிட்ட பிறகு, பயனருக்கு நிரப்ப தேவையான மற்றும் விருப்பமான பண்புக்கூறு புலங்களின் பட்டியல் வழங்கப்படுகிறது, அதே போல் எந்த எண்ணிக்கையிலான தனிப்பயன் விளக்க பண்புக்கூறுகளையும் வழங்குவதற்கான வாய்ப்பு. புதிய தரநிலைகள் உருவாகும்போது புதிய வகைகள் மற்றும் பண்புக்கூறுகளைச் சேர்க்கக்கூடிய வகையில் பயோஸாம்பிள் தரவுத்தளம் விரிவாக்கக்கூடியது. பயோஸாம்பிள் வகை மற்றும் பண்புக்கூறுகளுக்கு கூடுதலாக, ஒவ்வொரு பயோஸாம்பிள் பதிவிலும் பின்வருவன அடங்கும்ஃ பயோஸாம்பிள் வகைகள் மற்றும் பண்புக்கூறுகளின் முழு பட்டியல் மற்றும் வரையறைகள் முன்னோட்டம் மற்றும் பதிவிறக்கத்திற்கு கிடைக்கின்றன. தரவு அணுகல் தரவுத்தளத்தை அணுக பல வழிகள் உள்ளன. பயோஎஸ்டியின் ஆரம்ப வெளியீடு பொதுமக்களுக்கு ஒரு வலை இடைமுகத்தின் மூலம் தரவுத்தளத்திற்கான அணுகலை மட்டுமே வழங்கியது. இந்த வலை இடைமுகம் பின்னர் நவம்பர் 2012 இல் புதுப்பிக்கப்பட்டது, பின்னர் மீண்டும் மார்ச் 2013 இல் EBI தளம் முழுவதும் மீண்டும் தொடங்கப்பட்டது. பிப்ரவரி 2013 இல், ஒரு பொது பயன்பாட்டு நிரலாக்க இடைமுகம் (ஏபிஐ) ஒரு பிரதிநிதித்துவ மாநில பரிமாற்ற (ஆர்இஎஸ்டி) முறையைப் பயன்படுத்தி வெளியிடப்பட்டது. அக்டோபர் 2013 இல், EBI இன் புதிய RDF தளத்தின் ஒரு பகுதியாக ஒரு SPARQL இறுதிப்புள்ளி வெளியிடப்பட்டது, இது RDF வடிவத்தில் தரவுகளுக்கான அணுகலை வழங்குகிறது. கூடுதலாக, தரவுத்தளத்தை EBI இன் FTP சேவை மூலம் பதிவிறக்கம் செய்யலாம். வலை இடைமுகம் இணைய உலாவி மூலம் பயோஎஸ்டி தரவுத்தளத்தை அணுக பயனர்களை அனுமதிக்கிறது. இது மாதிரி குழுக்கள் மற்றும் மாதிரிகள் மூலம் தேடுதல் ஆகிய இரண்டிற்கும் செயல்பாட்டை வழங்குகிறது. பயனர்கள் தட்டச்சு செய்யும் போது சாத்தியமான தேடல் சொற்களை வழங்குவதன் மூலம் அவர்களுக்கு உதவுவதற்காக தேடல் அம்சங்கள் அதிகரிக்கும். மேம்பட்ட தேடல் வழங்கப்படுகிறது மற்றும் பயனர்கள் தங்கள் தேடல் சொற்களுக்கு பைனரி சொற்களான AND, OR மற்றும் NOT ஐப் பயன்படுத்துவதன் மூலம் தேட அனுமதிக்கிறது. கூடுதலாக, எழுத்துக்கள் இல்லாதது உட்பட எந்த எழுத்துக்களின் கலவையையும் பொருத்த ஒரு வைல்டு கார்டு எழுத்தைப் பயன்படுத்தலாம். எந்தவொரு ஒற்றை எழுத்துக்கும் பொருந்த ஒரு கேள்விக் குறி எழுத்தையும் பயன்படுத்தலாம். இவற்றின் எடுத்துக்காட்டுகளை பின்வரும் அட்டவணையில் காணலாம்ஃ வலை இடைமுகம் பயனர்களை தேடல் முடிவுகளைத் தேர்ந்தெடுக்கவும், அந்த தேடல் முடிவின் கூடுதல் விவரங்களைக் காணவும் அனுமதிக்கிறது. விரிவான பார்வை கூடுதல் தகவல்களை வழங்குகிறது மற்றும் தரவு பெறப்பட்ட மதிப்பீட்டு தரவுத்தளத்திற்கு (களுக்கு) ஒரு இணைப்பை வழங்குகிறது. நெடுவரிசைகள் மூலம் ஆர்டர் செய்வதும் வழங்கப்படுகிறது. பயன்பாட்டு நிரலாக்க இடைமுகம் ஏபிஐ ஒரு நிரலாக்க வழியில் தரவை மீட்டெடுப்பதற்கான பொருத்தமான முறையை வழங்குகிறது. இது ஒரு ரெஸ்ட்ஃபுல் அமைப்பைப் பயன்படுத்துகிறது, இது பயனர்கள் யுஆர்ஐ இறுதிப் புள்ளிகளை வினவவும், எக்ஸ்எம்எல் முடிவுகளைப் பெறவும் அனுமதிக்கிறது. ஏபிஐ பல்வேறு வகையான கோரிக்கைகளுக்கு யுஆர்ஐ இறுதிப் புள்ளிகளைக் கொண்டுள்ளது. இந்த கோரிக்கைகள், குறிப்பிட்ட மாதிரிகளைக் கண்டுபிடிப்பதற்கும், குறிப்பிட்ட குழுக்களைக் கண்டுபிடிப்பதற்கும், குழுக்களைத் தேடுவதற்கும், மாதிரிகளைத் தேடுவதற்கும், ஒரு குழுவிற்குள் மாதிரிகளைத் தேடுவதற்கும் பயன்படுத்தப்படலாம். SPARQL எண்ட்பாயிண்ட் SPARQL எண்ட்பாயிண்ட் பயனர்கள் தரவுத்தளத்தை நிலையான வலை இடைமுகத்தை விட விரிவான முறையில் தேட அனுமதிக்கிறது, அதே நேரத்தில் ஒரு வலை உலாவியில் இருந்து பயன்படுத்தக்கூடியது. இந்த இடைமுகத்தின் மூலம், பயனர்கள் தங்கள் தேடல்களை மேலும் செயல்படுத்த மிகவும் சிக்கலான கேள்விகளை உருவாக்க முடியும். இருப்பினும், தரவை அணுகுவதற்கான இந்த முறையுடன் கற்றல் வளைவு அதிகரித்துள்ளது. SPARQL எண்ட்பாயிண்ட் ரிட்டர்ன்கள் ஆர். டி. எஃப் வடிவத்தில் முடிவுகளைத் தருகிறது, இது ஆரம்பத்தில் மெட்டாடேட்டாவை மனதில் கொண்டு வடிவமைக்கப்பட்டது, இதனால் பயோஎஸ்டி தேவைகளுக்கு ஏற்றது. மேம்பாட்டுக் குழு EMBL-EBI இல் ஹெலன் பார்கின்சனின் குழுவின் ஒரு பகுதியாகும், மேலும் மென்பொருள் பொறியாளர்கள் மற்றும் வலை உருவாக்குநர்களைக் கொண்டுள்ளது, அவர்கள் ஆன்டாலஜிஸ்டுகள் மற்றும் உயிர் தகவலியல் நிபுணர்களால் கள குறிப்பிட்ட அறிவுக்கு உதவுகிறார்கள். இந்தத் திட்டத்தில் பயன்படுத்தப்படும் முதன்மை நிரலாக்க மொழி ஜாவா நிரலாக்க மொழியாகும். திட்டத்தின் வளர்ச்சிக்கு உதவ, மேம்பாட்டுக் குழுக்கள் ஜெட்பிரேன்ஸ் வழங்கிய ஒருங்கிணைந்த மேம்பாட்டு சூழலான இன்டெல்லிஜே ஐடிஇஏவைப் பயன்படுத்துகின்றன. இந்தத் திட்டத்தில் பயன்படுத்தப்படும் பிற கருவிகளில் தொடர்ச்சியான ஒருங்கிணைப்பு மற்றும் மென்பொருள் வெளியீடுகளை நிர்வகிப்பதற்கான மூங்கில் அடங்கும். கூடுதலாக, யுவர்கிட் என்பது ஒரு ஜாவா விவரக்குறிப்பு ஆகும், இது பயோஎஸ்டி திட்டத்தில் உள்ள பிழைகளை மேம்படுத்தவும் அகற்றவும் உதவுகிறது. இந்த திட்டம் ஒரு திறந்த மூல திட்டமாக உருவாக்கப்பட்டது, அனைத்து மூலக் குறியீடுகளும் கிட்ஹப்பில் இலவசமாகக் கிடைக்கின்றன. நிதியுதவி தற்போது பயோஎஸ்டி தரவுத்தள மேம்பாடு மற்றும் பராமரிப்புக்கான முதன்மை நிதி ஐரோப்பிய மூலக்கூறு உயிரியல் ஆய்வகத்தின் (இஎம்பிஎல்) முக்கிய வரவு செலவுத் திட்டத்தால் வழங்கப்படுகிறது, இது அதன் 20 உறுப்பு நாடுகளால் நிதியளிக்கப்படுகிறது. பல மானியங்களின் வடிவில் ஐரோப்பிய ஆணையத்தின் கூடுதல் பங்களிப்புகளும் உள்ளன. வெல்கம் டிரஸ்ட் மற்றும் மருத்துவ ஆராய்ச்சி கவுன்சில் மற்றும் EBiSC புதுமையான மருந்துகள் முன்முயற்சி ஆகியவற்றால் வழங்கப்பட்ட மனித தூண்டப்பட்ட ப்ளூரிபோடன்ட் ஸ்டெம் செல்கள் முன்முயற்சியிலிருந்து மேலும் நிதி வந்துள்ளது. மேலும் காண்க ஐரோப்பிய உயிர் தகவலியல் நிறுவனம் குறிப்புகள் வெளிப்புற இணைப்புகள் கேம்பிரிட்ஜ்ஷைர் தெற்கு கேம்பிரிட்ஜ்ஷைர் மாவட்டத்தில் அறிவியல் மற்றும் தொழில்நுட்பம் உயிரியல் மாதிரிகள் மரபியல் தரவுத்தளங்கள்