SAMtools
SAMtools என்பது ஹெங் லீ எழுதிய SAM (வரிசை சீரமைப்பு/வரைபடம்), BAM (பைனரி சீரமைப்பு/வரைபடம்) மற்றும் CRAM வடிவங்களில் குறுகிய டிஎன்ஏ வரிசை வாசிப்பு சீரமைப்புகளுடன் தொடர்புகொள்வதற்கும் பிந்தைய செயலாக்கத்திற்கும் பயன்பாடுகளின் தொகுப்பாகும். இந்த கோப்புகள் பி. டபிள்யூ. ஏ போன்ற குறுகிய வாசிப்பு சீரமைப்புகளால் வெளியீடாக உருவாக்கப்படுகின்றன. எளிய மற்றும் மேம்பட்ட கருவிகள் இரண்டும் வழங்கப்படுகின்றன, அவை மாறுபட்ட அழைப்பு மற்றும் சீரமைப்பு பார்வை மற்றும் வரிசைப்படுத்தல், குறியீட்டு, தரவு பிரித்தெடுத்தல் மற்றும் வடிவமைப்பு மாற்றம் போன்ற சிக்கலான பணிகளை ஆதரிக்கின்றன. SAM கோப்புகள் மிகப் பெரியதாக இருக்கலாம் (பல்லாயிரக்கணக்கான ஜிகாபைட்டுகள் பொதுவானவை), எனவே இடத்தை சேமிக்க அமுக்கம் பயன்படுத்தப்படுகிறது. SAM கோப்புகள் மனிதனால் படிக்கக்கூடிய உரை கோப்புகள், மற்றும் BAM கோப்புகள் வெறுமனே அவற்றின் பைனரி சமமானவை, அதே நேரத்தில் CRAM கோப்புகள் மறுசீரமைக்கப்பட்ட நெடுவரிசை சார்ந்த பைனரி கொள்கலன் வடிவமாகும். பி. ஏ. எம் கோப்புகள் பொதுவாக சுருக்கப்பட்டு, எஸ். ஏ. எம்-ஐ விட மென்பொருளுடன் வேலை செய்ய மிகவும் திறமையானவை. SAMtools முழு கோப்பையும் சுருக்காமல், சுருக்கப்பட்ட BAM கோப்புடன் நேரடியாக வேலை செய்ய உதவுகிறது. கூடுதலாக, ஒரு SAM/BAM கோப்பின் வடிவம் ஓரளவு சிக்கலானது என்பதால்-வாசிப்புகள், குறிப்புகள், சீரமைப்புகள், தரமான தகவல்கள் மற்றும் பயனர் குறிப்பிட்ட சிறுகுறிப்புகள் ஆகியவற்றைக் கொண்டிருப்பதால்-SAMtools குறைந்த அளவிலான விவரங்களை மறைப்பதன் மூலம் SAM/BAM கோப்புகளைப் பயன்படுத்தத் தேவையான முயற்சியைக் குறைக்கிறது. மூன்றாம் தரப்பு திட்டங்கள் SAMtools இலிருந்து குறியீட்டைப் பயன்படுத்த முயற்சித்ததால், அது உட்பொதிக்கப்பட்ட வகையில் வடிவமைக்கப்படாவிட்டாலும், ஆகஸ்ட் 2014 இல் SAMtools தொகுப்பை நன்கு வரையறுக்கப்பட்ட API (HTSlib), மாறுபட்ட அழைப்பு மற்றும் மாறுபட்ட தரவை (BCFtools) கையாளுவதற்கான திட்டம் மற்றும் வரிசை சீரமைப்பு தரவுகளுடன் வேலை செய்வதற்கான தனித்துவமான SAMtools தொகுப்பு ஆகியவற்றைக் கொண்ட ஒரு தனித்துவமான மென்பொருள் நூலகமாக பிரிக்க முடிவு எடுக்கப்பட்டது. பயன்பாடு மற்றும் கட்டளைகள் பல யுனிக்ஸ் கட்டளைகளைப் போலவே, SAMtool கட்டளைகளும் ஒரு ஸ்ட்ரீம் மாதிரியைப் பின்பற்றுகின்றன, அங்கு தரவு ஒவ்வொரு கட்டளையிலும் ஒரு கன்வேயர் பெல்ட்டில் எடுத்துச் செல்வது போல இயங்குகிறது. இது பல கட்டளைகளை ஒரு தரவு செயலாக்க குழாயில் இணைக்க அனுமதிக்கிறது. இறுதி வெளியீடு மிகவும் சிக்கலானதாக இருந்தாலும், அதை உருவாக்க ஒரு குறிப்பிட்ட எண்ணிக்கையிலான எளிய கட்டளைகள் மட்டுமே தேவைப்படுகின்றன. குறிப்பிடப்படாவிட்டால், நிலையான நீரோடைகள் (ஸ்டாடின், ஸ்டாட்அவுட் மற்றும் ஸ்ட்டர்) கருதப்படுகின்றன. STDout க்கு அனுப்பப்படும் தரவுகள் இயல்பாகவே திரையில் அச்சிடப்படுகின்றன, ஆனால் சாதாரண யுனிக்ஸ் திசைதிருப்பிகளைப் (> மற்றும்>>) பயன்படுத்தி மற்றொரு கோப்புக்கு அல்லது குழாய் வழியாக (|) மற்றொரு கட்டளைக்கு எளிதில் திருப்பி விடப்படுகின்றன. SAMtools கட்டளைகள் SAMtools பின்வரும் கட்டளைகளை வழங்குகிறது, ஒவ்வொன்றும் "" என அழைக்கப்படுகிறது. காண்க கட்டளை SAM அல்லது BAM வடிவமைக்கப்பட்ட தரவை வடிகட்டுகிறது. விருப்பங்கள் மற்றும் வாதங்களைப் பயன்படுத்தி அது எந்தத் தரவைத் தேர்ந்தெடுக்க வேண்டும் என்பதைப் புரிந்துகொள்கிறது (ஒருவேளை அவை அனைத்தும்) மேலும் அந்தத் தரவை மட்டுமே அனுப்புகிறது. உள்ளீடு பொதுவாக ஒரு சாம் அல்லது பாம் கோப்பு ஒரு வாதமாக குறிப்பிடப்படுகிறது, ஆனால் சாம் அல்லது பாம் தரவு வேறு எந்த கட்டளையிலிருந்தும் குழாய் செய்யப்படலாம். தரவின் துணைக்குழுவை ஒரு புதிய கோப்பாகப் பிரித்தெடுப்பது, பிஏஎம் மற்றும் எஸ்ஏஎம் வடிவங்களுக்கு இடையில் மாற்றுவது மற்றும் மூல கோப்பு உள்ளடக்கங்களைப் பார்ப்பது ஆகியவை சாத்தியமான பயன்பாடுகளில் அடங்கும். பிரித்தெடுக்கப்பட்ட வாசிப்புகளின் வரிசை பாதுகாக்கப்படுகிறது. வரிசைப்படுத்தல் கட்டளை ஒரு பி. ஏ. எம் கோப்பை அதன் சீரமைப்பால் தீர்மானிக்கப்பட்டபடி, குறிப்பில் அதன் நிலையின் அடிப்படையில் வரிசைப்படுத்துகிறது. வாசிப்பில் முதல் பொருந்திய அடித்தளம் சீரமைக்கப்படும் குறிப்பில் உள்ள உறுப்பு + ஒருங்கிணைப்பு அதை வரிசைப்படுத்த விசையாக பயன்படுத்தப்படுகிறது. [டோடோஃ சரிபார்க்கவும்]. வரிசைப்படுத்தப்பட்ட வெளியீடு முன்னிருப்பாக ஒரு புதிய கோப்பில் கொட்டப்படுகிறது, இருப்பினும் அதை stdout க்கு இயக்கலாம் (-o விருப்பத்தைப் பயன்படுத்தி). வரிசைப்படுத்தல் நினைவக தீவிரமானது மற்றும் பி. ஏ. எம் கோப்புகள் பெரியதாக இருப்பதால், இந்த கட்டளை ஒரு குறிப்பிட்ட அளவு நினைவகத்தைப் பயன்படுத்தவும் பல வெளியீட்டு கோப்புகளை உருவாக்கவும் ஒரு பிரிவு முறையை (-எம் விருப்பங்களுடன்) ஆதரிக்கிறது. இந்த கோப்புகளை இணைத்து ஒரு முழுமையான வரிசைப்படுத்தப்பட்ட பி. ஏ. எம் கோப்பை உருவாக்கலாம் [டோடோ-இதன் விவரங்களை இன்னும் கவனமாக ஆராயுங்கள்]. குறியீடு கட்டளை ஒரு புதிய குறியீட்டு கோப்பை உருவாக்குகிறது, இது ஒரு (வரிசைப்படுத்தப்பட்ட) SAM அல்லது BAM இல் தரவை விரைவாகப் பார்க்க அனுமதிக்கிறது. ஒரு தரவுத்தளத்தில் உள்ள குறியீட்டைப் போலவே, உருவாக்கப்பட்ட அல்லது கோப்பு அதை படிக்கக்கூடிய நிரல்களை தொடர்புடைய கோப்புகளில் உள்ள தரவுகளுடன் மிகவும் திறமையாக வேலை செய்ய அனுமதிக்கிறது. இந்த கட்டளை ஒரு ஊடாடும் ஏ. எஸ். சி. ஐ. ஐ அடிப்படையிலான பார்வையாளரைத் தொடங்குகிறது, இது குறிப்பு மரபணுவின் குறிப்பிட்ட சிறிய பகுதிகளுடன் வாசிப்புகள் எவ்வாறு சீரமைக்கப்படுகின்றன என்பதைக் காட்சிப்படுத்த பயன்படுத்தப்படலாம். ஐஜிவி போன்ற கிராபிக்ஸ் அடிப்படையிலான பார்வையாளர்களுடன் ஒப்பிடும்போது, இது சில அம்சங்களைக் கொண்டுள்ளது. பார்வைக்குள், குறிப்பு கூறுகளுடன் ('ஜி' ஐப் பயன்படுத்தி) வெவ்வேறு நிலைகளுக்கு குதிக்க முடியும் மற்றும் உதவி தகவலைக் காட்டலாம் ('?'). ஒவ்வொரு மரபணு ஒருங்கிணைப்புக்கும், உள்ளீட்டு பி. ஏ. எம் கோப்புகள் (களில்) அந்த இடத்தில் ஒன்றுடன் ஒன்று இணைக்கப்பட்ட வாசிப்பு தளங்கள் மற்றும் இண்டல்களைக் கொடுக்கும் பைல்அப் வடிவமைப்பை (அல்லது பி. சி. எஃப்) கட்டளை உருவாக்குகிறது. உதாரணமாக எஸ்என்பி அழைப்புக்கு இதைப் பயன்படுத்தலாம். ஃபிளாக்ஸ்டாட் எடுத்துக்காட்டுகள் பார்க்க சம்டூல்ஸ் பார்வை sample.bam> sample.sam ஒரு பாம் கோப்பை ஒரு சாம் கோப்பாக மாற்றவும். சாம்பிள் கருவிகள்-bS sample.sam> sample.bam ஒரு சாம்பிள் கோப்பை ஒரு பாம் கோப்பாக மாற்றுகின்றன. தேர்வு சுருக்கப்பட்ட உள்ளீட்டு தரவை சுருக்குகிறது அல்லது விட்டுவிடுகிறது. சாம்பிள்ஸ் வியூ sample_sorted.bam "chr 1:10-13" குறிப்பிட்ட வரம்புடன் சீரமைக்கப்பட்ட அனைத்து ரீட்களையும் பிரித்தெடுக்கவும், அவை chr1 என்ற குறிப்பு உறுப்புடன் சீரமைக்கப்பட்டுள்ளன மற்றும் அதன் 10 வது, 11 வது, 12 வது அல்லது 13 வது தளத்தை உள்ளடக்கியது. முடிவுகள் தலைப்பு உட்பட பி. ஏ. எம் கோப்பில் சேமிக்கப்படுகின்றன. சாம்டூல்ஸ் குறியீட்டால் உருவாக்கப்பட்டபடி, குறிப்பு மரபணுவில் அவற்றின் வரைபட நிலைக்கு ஏற்ப வாசிப்புகளைப் பிரித்தெடுக்க உள்ளீட்டு கோப்பின் குறியீடு தேவைப்படுகிறது. சாம்டூல்கள் பார்வை-h-b sample_sorted.bam "chr 1:10-13"> tiny_sorted.bam மேலே உள்ள அதே வாசிப்புகளை பிரித்தெடுக்கவும், ஆனால் அவற்றைக் காண்பிப்பதற்குப் பதிலாக, அவற்றை ஒரு புதிய பாம் கோப்பில் எழுதவும், tiny_sorted.bam. விருப்பத்தேர்வு வெளியீட்டை சுருக்குகிறது மற்றும் விருப்பத்தேர்வு SAM தலைப்புகளையும் வெளியீடாக ஆக்குகிறது. இந்த தலைப்புகளில் sample_sorted.bam இல் உள்ள வாசிப்புகள் சீரமைக்கப்பட்ட குறிப்பு பற்றிய விளக்கம் அடங்கும், மேலும் சில மேம்பட்ட SAMtools கட்டளைகளுடன் tiny_sorted.bam கோப்பு பயன்படுத்தப்பட வேண்டுமானால் அது தேவைப்படும். பிரித்தெடுக்கப்பட்ட வாசிப்புகளின் வரிசை பாதுகாக்கப்படுகிறது. காட்சி மாதிரிகள் பார்வை sample_sorted.bam குறிப்பின் ஒரு சிறிய பகுதி, வாசிப்புகள் சீரமைக்கப்பட்ட மற்றும் பொருந்தாதவற்றைக் காட்சிப்படுத்த ஒரு ஊடாடும் பார்வையாளரைத் தொடங்குங்கள். பார்வைக்குள், g: மற்றும் போன்ற ஒரு இருப்பிடத்தைத் தட்டச்சு செய்வதன் மூலம் ஒரு புதிய இடத்திற்குச் செல்லலாம். குறிப்பு உறுப்பு பெயர் மற்றும் பின்வரும் கோலன் மாற்றப்பட்டால், தற்போதைய குறிப்பு உறுப்பு பயன்படுத்தப்படுகிறது, அதாவது. முந்தைய "கோட்டோ" கட்டளைக்குப் பிறகு தட்டச்சு செய்யப்பட்டால், பார்வையாளர் chr1 இல் 200 அடிப்படை ஜோடிகளுக்கு கீழே குதிக்கிறார். தட்டச்சு சுருள் இயக்கம், நிறங்கள், பார்வைகள் ஆகியவற்றிற்கான உதவி தகவலைக் கொண்டுவருகிறது. மாதிரிகள் பார்வை-p chrM: 1 sample_chrM.bam UCSC_hg38.fa தொடக்க நிலையை அமைத்து ஒப்பிடவும். மாதிரிகள் பார்வை-d T-p chrY: 10,000,000 sample_chrY.bam UCSC_hg38.fa> save.txt <குறியீடு வகுப்பு = "எளிய இணைப்புகள்"> மாதிரிகள் பார்வை-d H-p chrY: 10,000,000 sample_chrY.bam UCSC_hg38.fa> save.html </குறியீடு> திரையை. மாதிரி கருவிகளை வரிசைப்படுத்துங்கள்-o வரிசைப்படுத்துங்கள் unsorted_in.bam குறிப்பிடப்பட்ட unsorted_in.bam ஐ உள்ளீடாகப் படியுங்கள், சீரமைக்கப்பட்ட வாசிப்பு நிலை மூலம் வரிசைப்படுத்துங்கள், அதை வரிசைப்படுத்துவதற்கு எழுதுங்கள். வெளியீட்டின் வகை சாம், பாம் அல்லது க்ராம் ஆக இருக்கலாம், மேலும் இது sorted _ out இன் கோப்பு-நீட்டிப்பு மூலம் தானாகவே தீர்மானிக்கப்படும். மாதிரிகள் வரிசைப்படுத்துகின்றன-m 5000000 unsorted_in.bam வரிசைப்படுத்தப்பட்ட-அவுட் குறிப்பிட்ட unsorted_in.bam ஐ உள்ளீடாகப் படியுங்கள், அதை 5 மில்லியன் k (5 Gb) வரை தொகுதிகளாக வரிசைப்படுத்தி, sorted_out.0000.bam, sorted_out.0001.bam, போன்ற பெயர்களில் தொடர்ச்சியான பேம் கோப்புகளுடன் வெளியீட்டை எழுதுங்கள், இதில் அனைத்து பேம் 0 ரீட்களும் எந்த பேம் 1 ரீடிற்கும் முன் வருகின்றன. குறியீட்டு மாதிரிகள் குறியீடு sorted.bam ஒரு குறியீட்டு கோப்பை உருவாக்குகிறது, sorted.bam கோப்புக்கு sorted.bam. பாயி. மேலும் காண்க டிஎன்ஏ வரிசைமுறை பைல்அப் வடிவம் குறிப்புகள் வெளிப்புற இணைப்புகள் SAMtools திட்டத்திற்கான முகப்பு பக்கம் SAMtools கட்டளைகள் விக்கி பக்கம் SAMtools மென்பொருளுக்கான SeqAnswers இல் (ஸ்டப் 2012-02-26.) உடைந்த இணைப்பு SAMtools வழிமுறைகள் பற்றிய கணிதக் குறிப்புகள் அதன் முதன்மை ஆசிரியரிடமிருந்து குறுகிய, EMBL இலிருந்து SAMtools பற்றிய ஓரளவு சிறப்பு பயிற்சி. உடைந்த இணைப்பு உயிர் தகவலியல் வழிமுறைகள் உயிர் தகவலியல் மென்பொருள் டிஎன்ஏ வரிசைமுறை பொது-கள மென்பொருள்