SABIO-Reaction Kinetics Database
SABIO-RK (உயிரி வேதியியல் பாதைகளின் பகுப்பாய்வுக்கான அமைப்பு-எதிர்வினை இயக்கவியல்) என்பது உயிர்வேதியியல் எதிர்வினைகள் மற்றும் அவற்றின் இயக்க பண்புகள் பற்றிய தகவல்களைச் சேமிக்கும் ஒரு வலை அணுகக்கூடிய தரவுத்தளமாகும். SABIO-RK கொடுக்கப்பட்ட தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட வெளியீட்டின் அடிப்படையில் எதிர்வினை இயக்கவியல் குறித்த அளவு தகவல்களின் எதிர்வினை சார்ந்த பிரதிநிதித்துவத்தைக் கொண்டுள்ளது. இது கிடைக்கக்கூடிய அனைத்து இயக்க அளவுருக்களையும் அவற்றின் தொடர்புடைய விகித சமன்பாடுகளுடன், இயக்க விதி மற்றும் அளவுரு வகைகள் மற்றும் இயக்கத் தரவு தீர்மானிக்கப்பட்ட சோதனை மற்றும் சுற்றுச்சூழல் நிலைமைகளையும் உள்ளடக்கியது. கூடுதலாக, SABIO-RK இல் அவற்றின் எதிர்வினை பங்கேற்பாளர்கள், செல்லுலார் இருப்பிடம் மற்றும் எதிர்வினைகளை ஊக்குவிக்கும் என்சைம்கள் பற்றிய விரிவான தகவல்கள் உள்ளிட்ட அடிப்படை உயிர்வேதியியல் எதிர்வினைகள் மற்றும் பாதைகள் பற்றிய தகவல்கள் உள்ளன. SABIO-RK தரவுத்தள உள்ளடக்கம் SABIO-RK இல் ஒரு விரிவான முறையில் சேமிக்கப்பட்ட தரவு முக்கியமாக இலக்கியத்திலிருந்து கைமுறையாக பிரித்தெடுக்கப்படுகிறது. இதில் எதிர்வினைகள், அவற்றின் பங்கேற்பாளர்கள் (அடி மூலக்கூறுகள், தயாரிப்புகள்), மாற்றிகள் (தடுப்பான்கள், செயல்பாட்டாளர்கள், கோஃபாக்டர்கள்), வினையூக்கி விவரங்கள் (எ. கா. ஈசி என்சைம் வகைப்பாடு, புரத சிக்கலான கலவை, காட்டு வகை/பிறழ்ந்த தகவல்), இயக்க அளவுருக்கள் மற்றும் தொடர்புடைய விகித சமன்பாடு, உயிரியல் ஆதாரங்கள் (உயிரினம், திசு, செல்லுலார் இருப்பிடம்), சுற்றுச்சூழல் நிலைமைகள் (pH, வெப்பநிலை, இடையக) மற்றும் குறிப்பு விவரங்கள். கே. இ. ஜி. ஜி, யூனிபிரோட், சி. இ. பி. ஐ, பப்செம், என். சி. பி. ஐ, ரியாக்டோம், பி. ஆர். இ. என். டி. ஏ, மெட்டாசைக், பயோமாடல்ஸ் மற்றும் பப்மெட் உள்ளிட்ட கட்டுப்படுத்தப்பட்ட சொற்களஞ்சியம், ஆன்டாலஜி மற்றும் வெளிப்புற தரவு ஆதாரங்களுக்கு தரவு மாற்றியமைக்கப்பட்டு, இயல்பாக்கப்பட்டு, சிறுகுறிப்பு செய்யப்படுகிறது. அக்டோபர் 2021 நிலவரப்படி SABIO-RK இல் 7.300 வெளியீடுகளிலிருந்து பிரித்தெடுக்கப்பட்ட சுமார் 71.000 தொகுக்கப்பட்ட ஒற்றை உள்ளீடுகள் உள்ளன. சிஸ்டம்ஸ் பயாலஜியில் உள்ள பல கருவிகள், தரவுத்தளங்கள் மற்றும் பணிப்பாய்வுகள் SABIO-RK உயிர்வேதியியல் எதிர்வினை தரவை அவற்றின் கட்டமைப்பில் ஒருங்கிணைப்பதன் மூலம் பயன்படுத்துகின்றன, இதில் SYCAMORE, MeMo-RK, cellDesigner, PeroxisomeDB, Taverna பணிப்பாய்வுகள் அல்லது தரவு பிடிப்பு மற்றும் பகுப்பாய்விற்கான கைனெட்டிக்ஸ் வழிகாட்டி மென்பொருள் போன்ற கருவிகள் அடங்கும். கூடுதலாக, SABIO-RK என்பது மிரியம் பதிவேட்டின் ஒரு பகுதியாகும், இது கணக்கீட்டு மாதிரிகளின் சிறுகுறிப்பு மற்றும் தொகுப்புக்கான வழிகாட்டுதல்களின் தொகுப்பாகும் SABIO-RK தரவுத்தள அணுகல் SABIO-RK இன் பயன்பாடு இலவசமாகும். வணிக பயனர்களுக்கு உரிமம் தேவை. SABIO-RK தரவு அணுகலுக்கான பல வழிகளை வழங்குகிறதுஃ நிரலாக்க அணுகலுக்கான உலாவி அடிப்படையிலான இடைமுகம் RESTFul-அடிப்படையிலான வலை சேவைகள் முடிவு தரவுத் தொகுப்புகளை SBML, BioPAX/SBPAX மற்றும் அட்டவணை வடிவம் உள்ளிட்ட பல்வேறு வடிவங்களில் ஏற்றுமதி செய்யலாம். குறிப்புகள் வெளிப்புற குறிப்புகள் SABIO-RK முகப்புப்பக்கம் அமைப்புகள் உயிரியல் உயிர்வேதியியல் மூலக்கூறு உயிரியல் புரதங்கள் உயிரியல் தரவுத்தளங்கள்