RefDB (chemistry)
மறுபரிசீலனை செய்யப்பட்ட புரத வேதியியல் மாற்ற தரவுத்தளம் (ரீஃப்டிபி) என்பது பயோமேக்ரெஸ் பேங்க் (பிஎம்ஆர்பி) (படம். 1). பிஎம்ஆர்பியில் முன்னர் ஒதுக்கப்பட்ட புரதங்களின் எக்ஸ்-ரே அல்லது என்எம்ஆர் ஒருங்கிணைப்பு தரவுகளிலிருந்து எதிர்பார்க்கப்படும் புரதம் (1) எச், (13) சி மற்றும் (15) என் இரசாயன மாற்றங்களைக் கணக்கிட கட்டமைப்பு அடிப்படையிலான இரசாயன மாற்றக் கணக்கீட்டு திட்டத்தை (ஷிஃப்டெக்ஸ் என்று அழைக்கப்படுகிறது) பயன்படுத்தி தரவுத்தளம் கூடியது. ஒப்பீடு தானாகவே ஷிஃப்ட்கோர் எனப்படும் நிரலால் செய்யப்படுகிறது. ரெஃப்டிபி தரவுத்தளம் தற்போது 2000 க்கும் மேற்பட்ட ஒதுக்கப்பட்ட பெப்டைடுகள் மற்றும் புரதங்கள் குறித்த குறிப்பு-திருத்தப்பட்ட இரசாயன மாற்ற தரவை வழங்குகிறது. தரவுத்தளத்தின் தரவு, (13) சி புரத ஒதுக்கீடுகளுடன் பி. எம். ஆர். பி உள்ளீடுகளில் கிட்டத்தட்ட 25 சதவீதமும், (15) என் புரத ஒதுக்கீடுகளுடன் பி. எம். ஆர். பி உள்ளீடுகளில் 27 சதவீதமும் குறிப்பிடத்தக்க இரசாயன மாற்ற குறிப்பு மறுசீரமைப்புகள் தேவை என்பதைக் குறிக்கிறது. கூடுதலாக, பயோமேக்ரெஸ் வங்கியில் டெபாசிட் செய்யப்பட்ட புரத உள்ளீடுகளில் கிட்டத்தட்ட 40 சதவீதம் குறைந்தபட்சம் ஒரு பணி பிழையாவது இருப்பதாகத் தெரிகிறது. பயனர்கள் ரெஃப்டிபி வலைத்தளத்தின் மூலம் கிடைக்கும் பல முறைகள் மூலம் தரவுத்தளத்தைப் பதிவிறக்கலாம், தேடலாம் அல்லது உலாவலாம். பெப்டைடுகள் மற்றும் புரதங்களில் இரசாயன மாற்ற போக்குகளைப் பெற அல்லது கணக்கிட விரும்பும் உயிரியல் மூலக்கூறு என். எம். ஆர் ஸ்பெக்ட்ரோஸ்கோப்பிஸ்டுகளுக்கு ரெஃப்டிபி ஒரு நிலையான இரசாயன மாற்ற வளத்தை வழங்குகிறது. நோக்கம் மற்றும் அணுகல் ரெஃப்டிபியில் உள்ள அனைத்து தரவுகளும் தனியுரிமை அல்லாதவை அல்லது தனியுரிமை அல்லாத மூலத்திலிருந்து பெறப்பட்டவை. இது இலவசமாக அணுகக்கூடியது மற்றும் எவருக்கும் கிடைக்கிறது. கூடுதலாக, கிட்டத்தட்ட ஒவ்வொரு தரவு உருப்படியும் முழுமையாகக் கண்டுபிடிக்கக்கூடியது மற்றும் வெளிப்படையாக அசல் மூலத்துடன் குறிப்பிடப்படுகிறது. ரெஃப்டிபி தரவு ஒரு பொது வலை இடைமுகம் மற்றும் பதிவிறக்கங்கள் மூலம் கிடைக்கிறது. அம்சங்கள் ரெஃப்டிபியில் உள்ள அனைத்து இரசாயன மாற்றங்களும் கணக்கீட்டு ரீதியாக டிஎஸ்எஸ் (ஒரு பொதுவான என்எம்ஆர் இரசாயன மாற்ற தரநிலை) க்கு மீண்டும் குறிப்பிடப்பட்டுள்ளன. ரெஃப்டிபி என்பது தொடர்ந்து புதுப்பிக்கப்பட்ட வளமாகும், இது பொது தரவுத்தளங்களை (பி. எம். ஆர். பி, ஜென்பேங்க், புரோட்டீன் டேட்டா வங்கி) விசாரிக்கவும், வாராந்திர அடிப்படையில் பணி, வரிசை மற்றும் கட்டமைப்பு தரவைப் பெறவும் வெப்-போட்களைப் பயன்படுத்துகிறது. இது பின்னர் தொடர்ச்சியான தரவுச் சரிபார்ப்பு நடைமுறைகளைப் பயன்படுத்துகிறது (பாரா காந்த அல்லது இயல்பற்ற புரதங்களை அகற்ற முக்கிய வார்த்தைகளைப் பயன்படுத்துகிறது) அதைத் தொடர்ந்து வேதியியல் மாற்றக் குறிப்பு பிழைகளை அடையாளம் கண்டு சரிசெய்ய தொடர்ச்சியான கணக்கீடுகள் செய்யப்படுகின்றன. ரெஃப்டிபி என்பது முற்றிலும் வலை-இயக்கப்பட்ட தரவுத்தளமாகும், இது தரவை இரண்டு நிலையான வடிவங்களில் (என்எம்ஆர்-ஸ்டார் மற்றும் ஷிஃப்டி) சேமிக்கிறது, இது தானியங்கி தரவு புதுப்பித்தல், சரிபார்ப்பு மற்றும் சரிபார்ப்பு ஆகியவற்றைச் செய்கிறது, மேலும் இது வெளியீட்டு தரவை முழுமையாக பதிவிறக்கம் செய்யக்கூடிய தட்டையான கோப்பு வடிவத்திலும் ஹைப்பர்லிங்க் செய்யப்பட்ட உலாவக்கூடிய அட்டவணையிலும் வழங்குகிறது (படத்தைப் பார்க்கவும்). 2). ரெஃப்டிபி முக்கிய சொல் வினவல்கள் மற்றும் வரிசை தேடல்களை (உள்ளூர் பிளாஸ்டைப் பயன்படுத்தி) ஆதரிக்கிறது. ரெஃப்டிபி வழக்கமாக வாராந்திர அடிப்படையில் புதுப்பிக்கப்படுகிறது. ரெஃப்டிபி தரவுத்தளம், அதனுடன் தொடர்புடைய மென்பொருளுடன், http://refdb.wishartlab.com மற்றும் பிஎம்ஆர்பி இணையதளத்தில் இலவசமாகக் கிடைக்கிறது. மூன்று வெவ்வேறு கணினி நிரல்களின் கலவையைப் பயன்படுத்தி முன்மாதிரிகள் ரெஃப்டிபி தயாரிக்கப்பட்டுள்ளது. முதல் நிரல் (SHIFTX) புரத 3D ஒருங்கிணைப்பு தரவுகளிலிருந்து முதுகெலும்பு 1H, 13C மற்றும் 15N இரசாயன மாற்றங்களைக் கணக்கிடுகிறது. இரண்டாவது நிரல் (ஷிஃப்ட்கோர்) கணக்கிடப்பட்ட மாற்றங்களை கவனிக்கப்பட்ட மாற்றங்களுடன் ஒப்பிடுகிறது, புள்ளிவிவர ரீதியாக குறிப்பிடத்தக்க வேறுபாடுகளை மதிப்பீடு செய்கிறது மற்றும் தேவையான இரசாயன மாற்ற திருத்தங்களைச் செய்கிறது. மூன்றாவது நிரல் (புதுப்பிப்பு) தானாகவே புதிதாக டெபாசிட் செய்யப்பட்ட பி. எம். ஆர். பி தரவை ஏதேனும் தொடர்புடைய பி. டி. பி தரவுகளுடன் மீட்டெடுக்கிறது. அப்டேட் தரவை ஷிஃப்ட்கோர் நிறுவனத்திற்கு அனுப்புகிறது மற்றும் 'சரிசெய்யப்பட்ட' இரசாயன மாற்றக் கோப்பை ரெஃப்டிபி தரவுத்தளத்தில் சேர்க்கிறது. என்ன ரிஃப்டிபி வழங்குகிறது 2162 மறு-குறிப்பிடப்பட்ட புரத வேதியியல் ஷிப்ட் கோப்புகளின் பதிவிறக்கம் செய்யக்கூடிய தரவுத்தளம் பிஎம்ஆர்பி மற்றும் மறு-குறிப்பிடப்பட்ட பிஎம்ஆர்பி உள்ளீடுகளின் விரிவான பட்டியல் தொடர்புடைய பிடிபி உள்ளீடுகளுடன் (படத்தைப் பார்க்கவும். 2) அனைத்து ரெஃப்டிபி உள்ளீடுகளின் அட்டவணை-வரையறுக்கப்பட்ட சுருக்கம் முதுகெலும்பு அணுக்களுக்கான புள்ளிவிவரக் குறிப்பு பிழைகள் (பிபிஎம்மில்)-முதுகெலும்பு அணுக்களுக்கான புள்ளிவிவரக் குறிப்பு தகவல்-இரண்டாம் நிலை அமைப்பு ஒதுக்கீடுகளுக்கான சராசரி முதுகெலும்பு வேதியியல் மாற்ற மதிப்புகள் (ஆல்பா-ஹெலிக்ஸ், பீட்டா மற்றும் சுருள்) மேலும் காண்க வேதியியல் மாற்றம் ஷிஃப்ட்கோர் புரத அமைப்பு தரவுத்தளம் புரதம் வேதியியல் மாற்றம் இரண்டாம் நிலை அமைப்பு புரதம் வேதியியல் மாற்றம் கணிப்பு வேதியியல் மாற்றம் குறியீடு புரதம் என்எம்ஆர் குறிப்புகள் பொதுவான குறிப்புகள் வேதியியல் தரவுத்தளங்கள் அணு காந்த அதிர்வு மென்பொருள் புரத முறைகள் உயிரியல் தரவுத்தளங்கள்