Αr35 RNA
αr35 என்பது பாக்டீரியாவின் சிறிய குறியீட்டு அல்லாத ஆர்என்ஏக்களின் குடும்பமாகும், இது ஹைபோமைக்ரோபியல்கள் வரிசையில் இருந்து அல்பாபிரோடியோபாக்டீரியாவின் குறைக்கப்பட்ட குழுவில் பிரதிநிதிகளைக் கொண்டுள்ளது. இந்த குடும்பத்தின் முதல் உறுப்பினர் (எஸ்எம்ஆர்35பி) சிம்பயாடிக் பிளாஸ்மிட் பி (பிஎஸ்ஐஎம்பி) இல் அமைந்துள்ள சினோர்ஹிசோபியம் மெலிலோட்டி 1021 லோகஸில் கண்டுபிடிக்கப்பட்டது. மேலும் ஹோமோலஜி மற்றும் கட்டமைப்பு பாதுகாப்பு பகுப்பாய்வு மற்ற பருப்பு வகைகள் குறியீடுகளில் முழு நீள எஸ். எம். ஆர். பி 35 ஹோமோலோக்குகளை அடையாளம் கண்டுள்ளது (அதாவது. ரைசோபியம் லெகுமினோசரம் bv.viciae, ஆர். லெகுமினோசரம் பிவி. ட்ரைஃபோலி மற்றும் ஆர். எட்ட்லி), அதே போல் மனித மற்றும் தாவர நோய்க்கிருமிகளான புரூசெல்லா ஆன்ட்ரோபி மற்றும் அக்ரோபாக்டீரியம் டுமேஃபாசியன்ஸ் ஆகியவற்றில் முறையே. αr35 ஆர்என்ஏ இனங்கள் 139-142 என். டி நீளமானவை (அட்டவணை 1) மற்றும் இரண்டு தண்டு சுழல்கள் மற்றும் நன்கு பாதுகாக்கப்பட்ட ரோ சுயாதீன முனையத்தைக் கொண்ட ஒரு பொதுவான இரண்டாம் நிலை கட்டமைப்பைப் பகிர்ந்து கொள்கின்றன (படம் 1,2,3). பெரும்பாலான αr35 டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களை ஆல்பா புரோட்டியோபாக்டீரியல் மரபணுக்களின் இன்டர்ஜெனிக் பகுதிகளுக்குள் சுயாதீன டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் அலகுகளின் நன்கு வரையறுக்கப்பட்ட ஊக்குவிப்பு பகுதிகளிலிருந்து வெளிப்படுத்தப்படும் டிரான்ஸ்-ஆக்டிங் எஸ்ஆர்என்ஏக்களாக பட்டியலிட முடியும் (படம் 5). கண்டுபிடிப்பு மற்றும் கட்டமைப்பு எஸ்எம்ஆர் 35 பி எஸ்ஆர்என்ஏ முதன்முதலில் டெல் வால் மற்றும் பலர் விவரித்தனர், இது எஸ். மெலிலோட்டி 1021 திரிபுகளின் இன்டர்ஜெனிக் பகுதிகளில் (ஐஜிஆர்) கணக்கீட்டு ஒப்பீட்டு மரபணு அணுகுமுறையின் விளைவாகும். வடக்கு கலப்பினமயமாக்கல் சோதனைகள் கணிக்கப்பட்ட எஸ். எம். ஆர் 35 பி லோகஸ் எதிர்பார்க்கப்பட்ட அளவின் ஒற்றை டிரான்ஸ்கிரிப்டை வெளிப்படுத்தியது என்பதை உறுதிப்படுத்தியது, இது சுதந்திரமாக வாழும் மற்றும் எண்டோசிம்பியோடிக் பாக்டீரியாவில் வேறுபட்ட அளவில் குவிந்தது. டிஏபி அடிப்படையிலான 5 '-ரேஸ் சோதனைகள் முழு நீள எஸ்எம்ஆர் 35பி டிரான்ஸ்கிரிப்ட்டின் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் தொடக்க தளத்தை (டிஎஸ்எஸ்) எஸ். மெலிலோட்டி 1021 மரபணுவில் (http://iant.toulouse.inra.fr/bacteria/annotation/cgi/rhime.cgi) 577,730 என்டி நிலைக்கு வரைபடமாக்கியது, அதே நேரத்தில் 3'-முனை 577,868 என்டி நிலையில் அமைந்துள்ளது என்று கருதப்பட்டது. எஸ். மெலிலோட்டியின் சிறிய ஆர்என்ஏ பின்னத்தின் (50-350 என்டி) சமீபத்திய ஆழமான வரிசைமுறை அடிப்படையிலான தன்மை எஸ்எம்ஆர்35பி இன் வெளிப்பாட்டை மேலும் உறுதிப்படுத்தியது (இங்கே எஸ்எம்எல்பி053 என்று குறிப்பிடப்படுகிறது), மேலும் மூலக்கூறின் 5 '-மற்றும் 3'-முனைகளை முன்பு முன்மொழியப்பட்ட நிலைகளுக்கு வரைபடமாக்கியது. எஸ்எம்ஆர்35பி இன் நியூக்ளியோடைடு வரிசை ஆரம்பத்தில் ஆர்ஃபாம் தரவுத்தளத்திற்கு எதிராக தேடுவதற்கு வினவலாக பயன்படுத்தப்பட்டது. இந்த ஹோமோலஜி தேடல் இந்த தரவுத்தளத்தில் அறியப்பட்ட பாக்டீரியா எஸ். ஆர். என். ஏ உடன் எந்த பொருத்தத்தையும் வழங்கவில்லை. தற்போது கிடைக்கக்கூடிய அனைத்து பாக்டீரியா மரபணுக்களுக்கும் எதிராக இயல்புநிலை அளவுருக்களுடன் எஸ்எம்ஆர்35பி அடுத்ததாக பிளாஸ்ட் செய்யப்பட்டது (20 ஏப்ரல் 2011 அன்று 1,615 வரிசைகள்; https://www.ncbi.nlm.nih.gov;). வினவல் வரிசைக்கு குறிப்பிடத்தக்க ஒத்த தன்மையை வெளிப்படுத்தும் பகுதிகள் (78-89% ஒற்றுமை) இன்ஃபெர்னல் (version1.0) (படம் 2) ஐப் பயன்படுத்தி ஒரு விதை சீரமைப்பிலிருந்து ஒரு கோவேரியன்ஸ் மாதிரியை (CM) உருவாக்க பிரித்தெடுக்கப்பட்டன. தற்போதுள்ள பாக்டீரியா மரபணு தரவுத்தளங்களில் αr35 குடும்பத்தின் புதிய உறுப்பினர்களைத் தேடுவதற்கு இந்த CM பயன்படுத்தப்பட்டது. குடும்பத்திற்கான ஒருமித்த இரண்டாம் நிலை கட்டமைப்பைக் கண்டறிய முடிவுகள் கைமுறையாக ஆய்வு செய்யப்பட்டன (படம் 1 மற்றும் படம் 2). ஒருமித்த கட்டமைப்பும் மிகவும் ஒத்த கணிப்புகளுடன் LocARNATE திட்டத்துடன் சுயாதீனமாக கணிக்கப்பட்டது. இன்ஃபெர்னலைப் பயன்படுத்தி CM உடன் கண்டுபிடிக்கப்பட்ட 84 காட்சிகளின் கையால் ஆய்வு ஏழு உண்மையான ஒத்த காட்சிகளைக் கண்டறிய அனுமதித்ததுஃ ரைசோபியம் லெகுமினோசரம் bv இல் இரண்டு பிரதிகள். விசியா (குரோமோசோம் மற்றும் பிளாஸ்மிட் பி. ஆர். எல் 11), ரைசோபியம் லெகுமினோசரம்ப்வில் இரண்டு பிரதிகள். ட்ரைஃபோலி டபிள்யூஎஸ்எம்1325 (பிளாஸ்மிட் பிஆர்132504 மற்றும் பிளாஸ்மிட் பிஆர்132502), ரைசோபியம் எட்ட்லி சிஎஃப்என் 42 பிளாஸ்மிட் பி42எஃப் மற்றும் அக்ரோபாக்டீரியம் டுமேஃபேசியன்ஸ் மற்றும் புரூசெல்லா ஆன்த்ரோபியின் குரோமோசோம்களில். இந்த வரிசைகள் அனைத்தும் குறிப்பிடத்தக்க இன்ஃபெர்னல் ஈ-மதிப்புகள் (1.38e-33-1.05e-11) மற்றும் பிட்-மதிப்பெண்களைக் காட்டின. எஸ். மெலிலோட்டியின் விஷயத்தில் இரண்டாவது நகல் சிம்பயாடிக் பிளாஸ்மிட் pSymB (574630-574766) இல் குறிப்பிடத்தக்க E-மதிப்புடன் (3.73e-07) அடையாளம் காணப்பட்டது, ஆனால் சோதிக்கப்பட்ட எந்த நிபந்தனைகளிலும் (வெளியிடப்படாத தரவு) எந்த வெளிப்பாடும் கண்டறியப்படவில்லை. மாதிரியுடன் காணப்படும் மீதமுள்ள வரிசைகள் (8.76e-12 மற்றும் 1.e-3) இடையே அதிக E-மதிப்புகளைக் காட்டின, ஆனால் மிகக் குறைந்த பிட்-மதிப்பெண்களைக் காட்டின, இது பொதுவாக தொலைதூர ஒத்த கருத்தின் அறிகுறியாகும். இருப்பினும், இந்த நிகழ்வுகளின் கையால் செய்யப்பட்ட ஆய்வில், ரோ சுயாதீன முனையமும் இரண்டாவது தண்டும் மட்டுமே பாதுகாக்கப்பட்ட பகுதிகள் என்பதைக் காட்டியது, முதல் தண்டு தோல்வியடைந்தது. இந்த இரண்டு தண்டு ஒழுங்கமைப்பு கட்டுமானம் பெரும்பாலும் அனைத்து அல்பாபிரோடியோபாக்டீரியாவிலும் விரிவுபடுத்தப்பட்டது, இது புரூசெல்லா இனங்களில் சிறப்பாக பாதுகாக்கப்படுகிறது. வெளிப்பாட்டுத் தகவல் எஸ். எம். ஆர் 35 பி வெளிப்பாடு முதலில் டெல் வால் மற்றும் பலர் மதிப்பீடு செய்தனர். எஸ். மெலிலோட்டி 1021 இல் வெவ்வேறு உயிரியல் நிலைமைகளின் கீழ்; அதாவது. டிஒய், குறைந்தபட்ச நடுத்தர (எம்எம்) மற்றும் லுடியோலின்-எம்எம் குழம்பு மற்றும் எண்டோசிம்பயாடிக் பாக்டீரியாவில் பாக்டீரியா வளர்ச்சி (அதாவது. முதிர்ந்த சிம்பயாடிக் ஆல்ஃபால்பா முடிச்சுகள்). சுதந்திரமாக வாழும் பாக்டீரியாவில் எஸ். எம். ஆர் 35 பி இன் வெளிப்பாடு வளர்ச்சி சார்ந்ததாக இருப்பது கண்டறியப்பட்டது, பாக்டீரியா நிலையான கட்டத்திற்குள் நுழையும் போது மரபணு குறை-கட்டுப்படுத்தப்படுகிறது. எஸ். மெலிலோட்டி முடிச்சு மரபணுக்களின் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனைத் தூண்டும் தாவர ஃப்ளேவோனான லூடியோலின் மூலம் எம்எம்-ஐ நிரப்புவது, எஸ்எம்ஆர்35பி-யின் வெளிப்பாட்டை ~ 4 மடங்கு தூண்டியது. இதற்கு மாறாக, முதிர்ந்த முடிச்சு திசுக்களில் எஸ். எம். ஆர் 35 பி டிரான்ஸ்கிரிப்ட் கண்டறியப்படவில்லை. ஷ்லட்டர் மற்றும் பலர். ஒரு ஆஸ்மோடிக் மேல்நோக்கிய மாற்றத்தின் மீது எஸ். எம். ஆர் 35 பி இன் மேல்நிலைக் கட்டுப்பாடு மேலும் விவரிக்கப்பட்டது. விளம்பரதாரர் பகுப்பாய்வு அனைத்து αr35 இடங்களும் அங்கீகரிக்கக்கூடிய σ70-சார்ந்த ஊக்குவிப்பாளர்களைக் கொண்டுள்ளன, அவை-35/- 10 ஒருமித்த மையக்கருத்தைக் காட்டுகின்றன சி. டி. டி. ஏ. ஜி. ஏ. சி-என் 17-சி. டி. ஏ. டி. ஏ. டி முன்பு ஆல்பாபிரோடியோபாக்டீரியாவில் உள்ள பல பிற இனங்களில் பரவலாக பாதுகாக்கப்படுவதாகக் காட்டப்பட்டது. அறியப்பட்ட பிற டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகளுக்கான பிணைப்பு தளங்களை அடையாளம் காண ரெக்பிரெடிக்ஷன் (http://regpredict.lbl.gov/regpredict/help.html) வழங்கிய ஃபாஸ்டா வரிசைகளைப் பயன்படுத்தினோம், மேலும் ரெகுலன்டிபி (http://regulondb.ccg.unam.mx) வழங்கிய அந்த நிலை எடை மேட்ரிக்ஸ்களைப் (பி. எஸ். டபிள்யூ. எம்) பயன்படுத்தினோம். ஒருமித்த/பேட்சர் நிரலைப் பயன்படுத்தி ரெக்பிரெக்டிக்ஷன் வரிசைகளிலிருந்து ஒவ்வொரு டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிக்கும் நாங்கள் பி. எஸ். டபிள்யூ. எம். ஐ உருவாக்கினோம், தொடர்புடைய நீளம் முன்பு குறிப்பிடப்படவில்லை என்றால் 14 முதல் 30 வரையிலான மையக்கருத்து நீளங்களுக்கு சிறந்த இறுதி மேட்ரிக்ஸைத் தேர்ந்தெடுத்தோம் (ஒவ்வொரு மேட்ரிக்ஸுக்கும் "ஒருமித்த மேட்ரிக்ஸ்" வரம்பு (சராசரி ஈ-மதிப்பு <10E-10) நிறுவப்பட்டது (http://gps-tools2.its.yale.edu இல் "வரம்புக்குட்பட்ட ஒருமித்த கருத்து" ஐப் பார்க்கவும்). மேலும், எம்இஎம்இ (http://meme.sdsc.edu/meme4_6_1/intro.html) ஐப் பயன்படுத்தி பாதுகாக்கப்பட்ட அறியப்படாத மையக்கருத்துக்களை நாங்கள் தேடினோம், மேலும் நிதானமான வழக்கமான வெளிப்பாடுகளைப் பயன்படுத்தினோம் (அதாவது. முறை பொருத்தம்) அனைத்து எஸ். எம். ஆர் 35 பி ஹோமோலோக்ஸ் விளம்பரதாரர்களுக்கும் மேல். டி-என்11-ஏ மையக்கருத்தைச் சுற்றி கட்டப்பட்ட ஒரு தலைகீழ் மீண்டும் மீண்டும் கட்டப்பட்ட அமைப்பு மட்டுமே எஸ். மெலிலோட்டியில் உள்ள எஸ். எம். ஆர். பி35 இன் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் தொடக்க தளத்தின் 55 என். டி மேல்நோக்கி கண்டுபிடிக்கப்பட்டது, இது அறியப்பட்ட பாதுகாக்கப்பட்ட முடிச்சு பெட்டிகளின் சீரழிந்த மையக்கருவாகும் (படம் 4). இந்த சிறப்பியல்பு வரிசை LysR-வகை புரதங்களுக்கான குறிப்பிட்ட பிணைப்பு தளமாக முன்மொழியப்பட்டுள்ளது. விதையின் அனைத்து ஊக்குவிப்பு பகுதிகளான எஸ். எம். ஆர். பி. 35 ஹோமோலோக்குகளும் மையக்கருத்தை வழங்கின. αr35 குடும்பத்தின் பெரும்பாலான உறுப்பினர்கள் ரைசோபியல் மெகாபிளாஸ்மிட்களின் ஐ. ஜி. ஆர்களில் உள்ள சுயாதீன விளம்பரதாரர்களிடமிருந்து படியெடுத்த டிரான்ஸ்-என்கோட் செய்யப்பட்ட எஸ்ஆர்என்ஏக்கள். விதிவிலக்குகள் ஆர். லெகுமினோசரம் பிவி இன் எஸ்எம்ஆர்பி35 ஹோமோலோக்குகள் ஆகும். விசியா (ஆர்எல்விஆர்35சி), மற்றும் ஆர். எட்ட்லி சிஎஃப்என் 42 பிளாஸ்மிட் பி42எஃப் (ஆர்இசிஎஃப்என்ஆர்35எஃப்), இவை ஓரளவு ஒன்றுடன் ஒன்று இணைந்திருக்கும் குறிப்பு மரபணுக்களின் எதிர் இழையில் குறியிடப்பட்டுள்ளன. அமினோ அமில வரிசை ஒத்த தன்மையின் அடிப்படையில் இந்த ஒன்றுடன் ஒன்று இணைந்த ORF களின் கணிக்கப்பட்ட புரத தயாரிப்புகளை எந்த செயல்பாட்டு வகைக்கும் ஒதுக்க முடியாது. எனவே, இந்த αr35 உறுப்பினர்கள் சிஸ்-குறியிடப்பட்ட ஆன்டிசென்ஸ் எஸ்ஆர்என்ஏக்கள். டிரான்ஸ்-என்கோட் செய்யப்பட்ட αr35 sRNA களின் மரபணு பகுதிகள் முக்கியமாக sRNA-குறியீட்டு வரிசை மற்றும் ஒரு பக்கவாட்டு மரபணுவுடன் மட்டுப்படுத்தப்பட்ட பகுதியளவு பாதுகாப்பை வெளிப்படுத்துகின்றன. αr35 லோகியின் பெரும்பாலான பக்கவாட்டு மரபணுக்கள் நைட்ரஜன் மற்றும் குளுட்டமைன் வளர்சிதை மாற்றம் தொடர்பான டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகள் மற்றும் புரதங்களை குறியாக்கம் செய்கின்றன. குறிப்புகள் ஆர்என்ஏ