Nest (protein structural motif)
கூடு என்பது ஒரு வகை புரத கட்டமைப்பு மையக்கருத்து ஆகும். இது புரதங்கள் மற்றும் பெப்டைடுகள் இரண்டின் ஒரு சிறிய தொடர்ச்சியான எதிர்மின் அயனி-பிணைப்பு அம்சமாகும். ஒவ்வொன்றும் மூன்று தொடர்ச்சியான அமினோ அமில எச்சங்களின் முக்கிய சங்கிலி அணுக்களைக் கொண்டுள்ளன. முக்கிய சங்கிலி என். எச் குழுக்கள் எதிர்மின் அயனிகளை பிணைக்கின்றன, அதே நேரத்தில் பக்க சங்கிலி அணுக்கள் பெரும்பாலும் ஈடுபடுவதில்லை. புரோலைன் எச்சங்களில் என். எச் குழுக்கள் இல்லை, எனவே அவை கூடுகளில் அரிதானவை. புரதங்களில் உள்ள அமினோ அமில எச்சங்களில் சுமார் 12 இல் ஒன்று, சராசரியாக, ஒரு கூட்டைச் சேர்ந்தது. கூடு இணைவுகள் ஒரு கூட்டின் இணக்கம் என்னவென்றால், முதல் மற்றும் மூன்றாவது அமினோ அமில எச்சங்களின் என். எச் குழுக்கள் எதிர்மறையாக சார்ஜ் செய்யப்பட்ட அல்லது ஓரளவு எதிர்மறையாக சார்ஜ் செய்யப்பட்ட அணுவுடன் ஹைட்ரஜனுடன் பிணைக்கப்படலாம், பெரும்பாலும் ஒரு ஆக்ஸிஜன் அணு. இரண்டாவது எச்சத்தின் NH அதே அணுவுடன் பிணைக்கப்பட்ட ஹைட்ரஜனாக இருக்கலாம், ஆனால் பொதுவாக ஓரளவு தொலைவில் சுட்டிக்காட்டுகிறது. இந்த முக்கிய சங்கிலி அணுக்கள் ஒரு கூடு என்று அழைக்கப்படும் ஒரு குழிவான அமைப்பை உருவாக்குகின்றன, இதில் ஒரு எதிர்மின் அயனி அணு பொருந்துகிறது. இத்தகைய அயனி அணுக்கள் சில நேரங்களில் முட்டைகள் என்று அழைக்கப்படுகின்றன, மேலும் ஒன்றுக்கு மேற்பட்ட முட்டைகள் ஒரு கூட்டுடன் பிணைக்கப்படலாம். குடல் செரின் புரோட்டியேஸ்களின் ஆக்சயனியன் துளை ஒரு கூட்டுக்கு ஒரு செயல்பாட்டு எடுத்துக்காட்டு. மற்றொன்று ஆண்டிபயாடிக் பெப்டைட் வான்கோமைசினில் உள்ள ஆழமான குழியின் அடிப்பகுதியில் நிகழ்கிறது, இது பாக்டீரியா செல் சுவர் தொகுப்பின் இறுதி கட்டங்களில் பயன்படுத்தப்படும் ஒரு முக்கிய கார்பாக்சிலேட் குழுவை பிணைக்கிறது, இதன் மூலம் பாக்டீரியா செல்கள் பெருகுவதைத் தடுக்கிறது. முக்கிய சங்கிலி அணுக்களின் இணக்கத்தால் கூடுகள் வரையறுக்கப்படுகின்றன, அதாவது கூட்டில் உள்ள முதல் இரண்டு அமினோ அமிலங்களின் ஃபை, சை டைஹெட்ரல் கோணங்கள். ஒரு பொதுவான (ஆர்எல்) கூடு ஃபை =-90°; சை = 0°; ஃபை + 1 = 80°; சை + 1 = 20°. கூடுகள் அவற்றின் குழிவான தன்மையில் வேறுபடுகின்றன. சிலவற்றில் கான்காவிட்டி இழக்கும் அளவுக்கு மிகக் குறைவாகவே உள்ளன; இந்த பெப்டைடுகள் பெரும்பாலும் அவற்றின் என். எச் குழுக்கள் வழியாக எதிர்மின் அயனிகளுக்கு பதிலாக அவற்றின் முக்கிய சங்கிலி சிஓ குழுக்கள் வழியாக நேர்மின் அயனிகளை பிணைக்கின்றன. பொட்டாசியம் கால்வாயின் குறிப்பிட்ட வடிகட்டி மற்றும் அக்வாபோரின் நீர் கால்வாய் ஆகியவை இந்த நேரியல் இணக்கத்தை வெளிப்படுத்துகின்றன, இதில் கார்போனைல் குழுக்கள் புரதங்களால் சவ்வுகள் முழுவதும் மூலக்கூறுகளை கொண்டு செல்ல பயன்படுத்தப்படுகின்றன. இந்த அருகிலுள்ள நேரியல் இணக்கம் ஆல்பா தாள் கலப்பு கூடுகளின் ஒரு இழையில் காணப்படுகிறது, முதல் கூட்டின் எஞ்சிய i + 1 இரண்டாவது கூட்டின் எஞ்சிய i ஆக இருக்கும் வகையில் இரண்டு கூடுகள் ஒன்றுடன் ஒன்று இருந்தால், ஒரு கலப்பு கூடு உருவாகிறது. இது மூன்றுக்கு பதிலாக நான்கு தேசிய நெடுஞ்சாலை குழுக்களைக் கொண்டுள்ளது. முதல் கூட்டின் i + 1 மற்றும் i + 2 எச்சங்கள் இரண்டாவது மற்றும் மூன்றாவது கூட்டின் எஞ்சியவையாக இருக்கும் வகையில் மூன்று கூடுகள் ஒன்றுடன் ஒன்று இருந்தால், ஐந்து NH குழுக்களுடன் ஒரு பரந்த கலவை கூடு உருவாகிறது. முக்கிய சங்கிலி அணுக்கள் ஒரு முழுமையற்ற வளையத்தின் ஒரு பகுதியாகும், NH குழுக்கள் அனைத்தும் வளையத்தின் மையத்தை நோக்கி தோராயமாக சுட்டிக்காட்டுகின்றன. அவற்றின் குழிவானவை பெரும்பாலும் எளிய கூடுகளை விட அகலமாக இருப்பதால், பி-லூப் அல்லது வாக்கர் மையக்கருத்துக்கள் மற்றும் இரும்பு-சல்பர் கொத்துக்களில் உள்ளதைப் போல பாஸ்பேட்டுகள் போன்ற பல அணு எதிர்மின் அயனிகளை பிணைக்க கலவை கூடுகள் பொதுவாக புரதங்களால் பயன்படுத்தப்படுகின்றன. குறைந்தபட்ச பெப்டைடு பி-லூபாக வடிவமைக்கப்பட்ட ஒருங்கிணைந்த பெப்டைடு செர்-கிளை-அலா-கிளை-லைஸ்-த்ரர், நடுநிலை pH இல் கனிம பாஸ்பேட்டை வலுவாக பிணைப்பதாகக் காட்டப்பட்டது. கூடு வகைகள் எளிய கூடுகள் முதல் இரண்டு கூடு எச்சங்களின் ஃபை கோணங்களின் அடையாளத்தைப் பொறுத்து ஆர்எல் மற்றும் எல்ஆர் என்று அழைக்கப்படும் இரண்டு வகைகளாகும். ஆர் எச்சங்கள் எதிர்மறை ஃபை மதிப்புகளைக் கொண்டுள்ளன (வலது கை ஆல்பா-ஹெலிக்ஸ்களைப் போல) மற்றும் எல் எச்சங்கள் நேர்மறை ஃபை மதிப்புகளைக் கொண்டுள்ளன (இடது கை ஆல்பா ஹெலிக்ஸைப் போல). எண்பது சதவீதம் கூடுகள் ஆர்எல் மற்றும் 20 சதவீதம் எல்ஆர் ஆகும். இரண்டு கூடுகள் ஒன்றுடன் ஒன்று இருக்கும்போது அவை ஆர். எல். ஆர் அல்லது எல். ஆர். எல் ஆக இருக்கலாம். மூன்று கூடுகள் ஒன்றுடன் ஒன்று இருக்கும்போது அவை ஆர்எல்ஆர்எல் அல்லது எல்ஆர்எல்ஆர் மற்றும் பலவாக இருக்கலாம். ஒவ்வொரு ஷெல்மேன் வளையமும் அதன் ஆறு எச்சங்களில் கடைசி மூன்றில் ஒரு ஆர். எல் கூட்டை உள்ளடக்கியது. கூடு அதற்கு முந்தைய கார்பனைல் ஆக்ஸிஜன் அணுக்களை வரிசையாக பிணைக்கிறது. பல ஆன்டிபாடி புரதங்கள் கார்பாக்சிலேட் பக்கச் சங்கிலியுடன் பிணைக்கப்பட்ட அவற்றின் எச்-சங்கிலி சி. டி. ஆர்களின் (நிரப்பு நிர்ணயிக்கும் பகுதிகள்) ஹேர்பின் சுழல்களுக்குள் ஆர். எல். ஆர் கூடுகளைக் கொண்டுள்ளன. இவை மோனோக்ளோனல் கூடு கொண்ட ஆன்டிபாடிகளை உருவாக்க வடிவமைக்கப்பட்டுள்ளன, அவை பாஸ்பரிலேட்டட் செரின் மற்றும் த்ரியோனைன்களுடன் புரதங்களுக்கு குறிப்பிட்டவை. பெரும்பாலான PDZ களங்கள் முதல் பீட்டா-ஸ்ட்ராண்டின் தொடக்கத்தில் ஒரு RL கூட்டைக் கொண்டுள்ளன, களத்தின் பெப்டைட் அல்லது புரத ஈந்தணைவியின் சி-முனையத்தில் உள்ள கார்பாக்சிலேட் குழுவை அங்கீகரிக்கும் செயல்பாட்டுடன். குறிப்புகள் வெளிப்புற இணைப்புகள் உந்துதல் புரதங்கள்ஃ; PDBeMotif:. புரோட்டீன் கட்டமைப்பு மையக்கருத்துக்கள் ட்ரிபெப்டைட்ஸ்