Αr15 RNA
αr15 என்பது ரைசோபியலஸ் வரிசையில் இருந்து α-புரோட்டியோபாக்டீரியாவின் பரந்த குழுவில் பிரதிநிதிகளைக் கொண்ட சிறிய குறியீட்டு அல்லாத ஆர். என். ஏ பாக்டீரியாவின் குடும்பமாகும். இந்த குடும்பத்தின் முதல் உறுப்பினர்கள் (எஸ்எம்ஆர்15சி1 மற்றும் எஸ்எம்ஆர்சி15சி2) சினோர்ஹிசோபியம் மெலிலோட்டி 1021 குரோமோசோமின் (சி) அதே இன்டர்ஜெனிக் பகுதியில் (ஐஜிஆர்) ஒன்றாக அமைக்கப்பட்டிருப்பது கண்டறியப்பட்டது. மேலும் ஒத்திசைவு மற்றும் கட்டமைப்பு பாதுகாப்பு பகுப்பாய்வு பல நைட்ரஜன்-சரிசெய்தல் சிம்பயாடிக் ரைசோபியாவில் (அதாவது நைட்ரஜன்-சரிசெய்தல் சிம்பயாடிக் ரைசோபியா) முழு நீள எஸ். எம். ஆர் 15 சி 1 மற்றும் எஸ். எம். ஆர் 15 சி 2 ஹோமோலோக்குகளை அடையாளம் கண்டுள்ளது. ஆர். லெகுமினோசரம் பிவி. விசியா, ஆர். லெகுமினோசரம் பிவி. ட்ரைஃபோலி, ஆர். எட்ட்லி மற்றும் பல மெசோர்ஹிசோபியம் இனங்கள்), அக்ரோபாக்டீரியம் இனங்களைச் சேர்ந்த தாவர நோய்க்கிருமிகளில் (அதாவது. ஏ. டுமேஃபேசியன்ஸ், ஏ. வைடிஸ், ஏ. ரேடியோபாக்டர் மற்றும் அக்ரோபாக்டீரியம் எச்13) மற்றும் ப்ரூசெல்லா இனங்களின் பரந்த ஸ்பெக்ட்ரம் (பி. ஓவிஸ், பி. கேனிஸ், பி. அபார்டஸ் மற்றும் பி. மைக்ரோடிஸ் மற்றும் பி. மெலிடென்சிஸின் பல பயோவார்கள்). எஸ்எம்ஆர்15சி1 (115என்டி) மற்றும் எஸ்எம்ஆர்15சி2 (121என்டி) ஹோமோலோக்குகளும் ரைசோபியம் மற்றும் அக்ரோபாக்டீரியம் இனங்களின் அதே ஐஜிஆர் பிராந்தியத்திற்குள் குறியிடப்பட்டுள்ளன, அதேசமயம் ப்ரூசெல்லா இனங்களில் αr15சி இடம் குரோமோசோம் I இன் ஐஜிஆர்களில் பரவுகிறது. மேலும், இந்த பகுப்பாய்வு குறிப்பிடப்பட்ட நைட்ரஜன்-சரிசெய்தல் α-புரோட்டியோபாக்டீரியா மற்றும் புரூசெல்லா இனங்களின் குரோமோசோம் II இன் எக்ஸ்ட்ரா குரோமோசோமல் ரெப்ளிகான்களில் மூன்றாவது αr15 இருப்பிடத்தையும் அடையாளம் கண்டது. αr15 ஆர்என்ஏ இனங்கள் 99-121 என். டி நீளமானவை (அட்டவணை 1) மற்றும் மூன்று தண்டு சுழல்களைக் கொண்ட நன்கு வரையறுக்கப்பட்ட பொதுவான இரண்டாம் நிலை கட்டமைப்பைப் பகிர்ந்து கொள்கின்றன (படம் 1). αr15 குடும்பத்தின் டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களை α-புரோட்டியோபாக்டீரியல் மரபணுக்களின் இன்டர்ஜெனிக் பகுதிகளுக்குள் (ஐ. ஜி. ஆர்) அடையாளம் காணக்கூடிய விளம்பரதாரர் மற்றும் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் டெர்மிஷன் கையொப்பங்களுடன் சுயாதீன டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் அலகுகளால் குறியிடப்பட்ட டிரான்ஸ்-ஆக்டிங் எஸ்ஆர்என்ஏக்களாக பட்டியலிடலாம் (படம் 5). கண்டுபிடிப்பு மற்றும் கட்டமைப்பு எஸ்எம்ஆர்15சி1 ஒய் எஸ்எம்ஆர்15சி2 எஸ்ஆர்என்ஏக்கள் டெல் வால் மற்றும் பலர் விவரித்தனர், இது எஸ். மெலிலோட்டி 1021 திரிபு (http://iant.toulouse.inra.fr/bacteria/annotation/cgi/rhime.cgi) என்ற குறிப்பின் இன்டர்ஜெனிக் பகுதிகளில் (ஐஜிஆர்) ஒரு கணக்கீட்டு ஒப்பீட்டு மரபணு அணுகுமுறையின் விளைவாகும். எஸ்எம்ஆர்15சி1 ஒய் எஸ்எம்ஆர்15சி2 இன் முதன்மை நியூக்ளியோடைடு வரிசை அதிக ஒற்றுமையைக் காட்டியிருந்தாலும் (84 சதவீதம் அடையாளம்), ஒவ்வொரு எஸ்ஆர்என்ஏவிற்கும் குறிப்பிட்ட ஆய்வுகள் வடிவமைக்கப்படலாம், அவை வெவ்வேறு அளவு மற்றும் வெளிப்பாடு சுயவிவரங்களின் டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களைக் கண்டறிந்தன. டிஏபி அடிப்படையிலான 5 '-ரேஸ் சோதனைகள் எஸ். மெலிலோட்டி 1021 மரபணுவில் (http://iant.toulouse.inra.fr/bacteria/annotation/cgi/rhime.cgi) எஸ்எம்ஆர்15சி1 மற்றும் எஸ்எம்ஆர்15சி2 டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் தொடக்க தளங்களை (டிஎஸ்எஸ்) வரைபடமாக்கியது. எஸ்எம்ஆர்15சி1 டிஎஸ்எஸ் குரோமோசோம் நிலை 1698731 என். டி மற்றும் எஸ்எம்ஆர்15சி2 இன் டிஎஸ்எஸ் என். டி 1698937 க்கு வரைபடமாக்கப்பட்டது. 3 '-முனைகள் முறையே 1698617 nt மற்றும் 1698817 nt இல் அமைந்திருப்பதாகக் கருதப்பட்டன, இது ஒரு நேர்மையான ரோ-சுயாதீன முனையத்தின் (படம் 5) தொடர்ச்சியான யு. எஸ். நீட்சியின் கடைசி எச்சத்துடன் பொருந்துகிறது. எஸ்எம்ஆர்15சி1 மற்றும் எஸ்எம்ஆர்15சி2 டிரான்ஸ்கிரிப்ட்கள் எஸ்ஆர்ஏ41 அல்லது எஸ்எம்3/எஸ்எம்3 'இன் இரண்டு பிரதிகள் என்று குறிப்பிடப்படும் இணையான மற்றும் பிந்தைய ஆய்வுகள், எஸ். மெலில்லோட்டியிலும் அதன் நெருங்கிய தொடர்புடைய திரிபு 2011-லும் இந்த எஸ்ஆர்என்ஏக்களின் வெளிப்பாட்டை சுயாதீனமாக உறுதிப்படுத்தியது. எஸ். மெலிலோட்டி 2011 இன் சிறிய ஆர்என்ஏ பின்னத்தின் (50-350 என். டி) சமீபத்திய ஆழமான வரிசைமுறை அடிப்படையிலான குணாதிசயமும் எஸ்எம்ஆர்15சி1 மற்றும் எஸ்எம்ஆர்15சி2 இன் வெளிப்பாட்டை வெளிப்படுத்தியது, இங்கு முறையே எஸ்எம்எல்சி411 மற்றும் எஸ்எம்எல்சி412 என குறிப்பிடப்பட்டுள்ளது, முழு நீள டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களின் 5 '-மற்றும் 3'-முனைகளை அடிப்படையில் டெல் வால் மற்றும் பலரின் அதே நிலைகளுக்கு வரைபடமாக்குகிறது. எஸ். மெலிலோட்டி 1021 குரோமோசோம். இருப்பினும், இந்த ஆய்வு 1698948 நிலையில் எஸ். எம். ஆர் 15 சி 2 க்கான கூடுதல் டி. எஸ். எஸ்ஸை அடையாளம் கண்டது. எஸ்எம்ஆர்15சி1 மற்றும் எஸ்எம்ஆர்15சி2 இன் நியூக்ளியோடைடு வரிசைகள் ஆரம்பத்தில் ஆர்ஃபாம் தரவுத்தளத்திற்கு எதிராக தேடுவதற்கு வினவலாக பயன்படுத்தப்பட்டன (பதிப்பு 10.0; http://rfam.xfam.org). இந்த தேடல் சுஹ் பி (http://rfam.xfam.org/family/RF00519) என்று அழைக்கப்படும் ஆர்எஃப்00519 குடும்ப ஆர்என்ஏக்களுக்கு இரண்டாவது ஹேர்பின் மற்றும் ரோ-இன்டிபென்டென்ட் டெர்மினேட்டருக்கு மட்டுப்படுத்தப்பட்ட இரண்டு டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களின் பகுதியளவு ஒத்த தன்மையை வெளிப்படுத்தியது. இருப்பினும், இந்த தரவுத்தளத்தில் முழு நீள எஸ். ஆர். என். ஏக்களின் கட்டமைப்பு ஒத்த கருத்துக்கள் எதுவும் காணப்படவில்லை. இரண்டு S.melilloti αr15 sRNA களும் தற்போது கிடைக்கக்கூடிய அனைத்து பாக்டீரியா மரபணுக்களுக்கும் எதிராக இயல்புநிலை அளவுருக்களுடன் BLAST செய்யப்பட்டன (20 ஏப்ரல் 2011 அன்று 1,615 வரிசைகள்; https://www.ncbi.nlm.nih.gov). வினவல் வரிசைக்கு குறிப்பிடத்தக்க ஒத்த தன்மையை வெளிப்படுத்தும் பகுதிகள் (78-89% ஒற்றுமை) இன்ஃபெர்னல் (version1.0) (படம் 2) ஐப் பயன்படுத்தி ஒரு விதை சீரமைப்பிலிருந்து ஒரு கோவேரியன்ஸ் மாதிரியை (CM) உருவாக்க பிரித்தெடுக்கப்பட்டன. தற்போதுள்ள பாக்டீரியா மரபணு தரவுத்தளங்களில் αr15 குடும்பத்தின் புதிய உறுப்பினர்களைத் தேடுவதற்கு இந்த CM பயன்படுத்தப்பட்டது. குடும்பத்திற்கான ஒருமித்த இரண்டாம் நிலை கட்டமைப்பைக் கண்டறிய முடிவுகள் கைமுறையாக ஆய்வு செய்யப்பட்டன (படம் 1 மற்றும் படம் 2). ஒருமித்த கட்டமைப்பும் சுயாதீனமாக கணிக்கப்பட்டது, பெறப்பட்ட கணிப்புகளை ஒப்பிடுகையில் லொக்கார்னேட் திட்டத்துடன். இன்ஃபெர்னலைப் பயன்படுத்தி சிஎம் உடன் காணப்படும் வரிசைகளின் கையால் ஆய்வு, பைலோஜெனெட்டிகல் தொடர்புடைய α-புரோட்டியோபாக்டீரியல் மரபணுக்களில் 38 உண்மையான ஹோமோலோக்குகளைக் கண்டறிய அனுமதித்தது. எஸ். மெலில்லோட்டி தவிர பின்வரும் இனங்களுக்கு ஒரே குரோமோசோமால் ஐஜிஆர்களில் 26 நெருங்கிய αr15 குடும்ப உறுப்பினர்கள் ஒன்றாகக் காணப்பட்டனர்ஃ சினோர்ஹிசோபியம் இனங்கள்ஃ எஸ். மெடிகே மற்றும் எஸ். ஃப்ரெடி ரைசோபியம் இனங்கள்ஃ இரண்டு ஆர். லெகுமினோசரம் ட்ரைஃபோலி விகாரங்கள் (டபிள்யூஎஸ்எம்304 மற்றும் டபிள்யூஎஸ்எம்35), இரண்டு ஆர். எட்ட்லி விகாரங்கள் சிஎஃப்என் 42 மற்றும் சிஐஏடி 652, குறிப்பு ஆர். லெகுமினோசரம் பிவி. விசியா 3841 திரிபு அக்ரோபாக்டீரியம் இனங்கள்ஃ ஏ. வைடிஸ், ஏ. டுமேஃபேசியன்ஸ், ஏ. ரேடியோபாக்டர் மற்றும் ஏ. எச்13 இந்த வரிசைகள் அனைத்தும் குறிப்பிடத்தக்க பிட் மதிப்பெண்கள் மற்றும் இன்ஃபெர்னல் ஈ-மதிப்புகள் (1.71e-28-2.03e-20) ஆகியவற்றைக் காட்டின. இருப்பினும், குறிப்பிடப்பட்ட அனைத்து α-புரோட்டியோபாக்டீரியல் மரபணுக்களின் பிளாஸ்மிடிக் பிரதிகள் மற்றும் ப்ரூசெல்லா இனங்கள் (பி. ஓவிஸ், பி. கேனிஸ், பி. அபோர்டஸ், பி. மைக்ரோடிஸ் மற்றும் பி. மெலிடென்சிஸின் பல பயோவார்கள்) குறியிடப்பட்ட அந்த αr15 உறுப்பினர்களின் பிளாஸ்மிடிக் பிரதிகள், ப்ரூசெல்லா ஆன்ட்ரோபி மற்றும் மெசோர்ஹிசோபியம் லாட்டிஷ் (1e-19 மற்றும் 8e-03) இடையே அதிக ஈ-மதிப்புகளைக் காட்டியது, ஆனால் மிகக் குறைந்த பிட்-மதிப்பெண்கள். வெளிப்பாடு மற்றும் செயல்பாட்டுத் தகவல் பல ஆய்வுகள் எஸ். மெலிலோட்டி 1021 இல் உள்ள எஸ்எம்ஆர்15சி1 மற்றும் எஸ்எம்ஆர்15சி2 வெளிப்பாட்டை வெவ்வேறு உயிரியல் நிலைமைகளின் கீழ் மதிப்பிட்டுள்ளன. டிஒய், குறைந்தபட்ச நடுத்தர (எம்எம்) மற்றும் லுடியோலின்-எம்எம் குழம்பு மற்றும் எண்டோசிம்பயாடிக் பாக்டீரியாவில் பாக்டீரியா வளர்ச்சி (அதாவது. முதிர்ந்த சிம்பயாடிக் ஆல்ஃபால்பா முடிச்சுகள்), அதிக உப்பு அழுத்தம், ஆக்ஸிஜனேற்ற அழுத்தம் மற்றும் குளிர் மற்றும் சூடான அதிர்ச்சி அழுத்தங்கள். முடிவுகள் இரண்டு எஸ்ஆர்என்ஏக்களுக்கும் வெவ்வேறு வெளிப்பாடு சுயவிவரங்களைக் காட்டின, இது ஒரே ஐஜிஆருக்குள் சுயாதீனமான மற்றும் வேறுபட்ட ஒழுங்குபடுத்தப்பட்ட டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் அலகுகளில் அவற்றின் அமைப்புடன் ஒத்துப்போகிறது (படம் 4 மற்றும் படம் 5). சுதந்திரமாக வாழும் பாக்டீரியாவில் உள்ள எஸ். எம். ஆர்15சி1 மற்றும் எஸ். எம். ஆர்15சி2 இன் வெளிப்பாடு வளர்ச்சியைப் பொறுத்தது ஆனால் அதற்கு நேர்மாறான முறையில் இருப்பது கண்டறியப்பட்டது. எஸ்எம்ஆர்15சி1 நிலையான கட்டத்தில் திரட்டப்பட்டாலும் எஸ்எம்ஆர்15சி2 என்பது சுதந்திரமாக வாழும் பாக்டீரியாவில் எஸ்எம்ஆர்15சி1 மற்றும் எஸ்எம்ஆர்15சி2 ஆகியவற்றின் வெளிப்பாடு வளர்ச்சி சார்ந்ததாக இருப்பது கண்டறியப்பட்டது, ஆனால் அதற்கு நேர்மாறான முறையில். எஸ்எம்ஆர்15சி1 நிலையான கட்டத்தில் திரட்டப்பட்டாலும், எஸ்எம்ஆர்15சி2 முன்னுரிமை பதிவு பாக்டீரியா கலாச்சாரங்களில் வெளிப்படுத்தப்படுகிறது. கூடுதலாக, ஷ்லட்டர் மற்றும் பலர். சமீபத்தில் குளிர் அதிர்ச்சி அழுத்தத்தின் கீழ் எஸ். எம். ஆர் 15 சி 2 இன் மேல்-கட்டுப்பாடு விவரிக்கப்பட்டது, அதே நேரத்தில் எஸ். எம். ஆர் 15 சி 1 இன் வெளிப்பாட்டில் வெப்பநிலை சரிவின் விளைவுகள் எதுவும் காணப்படவில்லை. எஸ்எம்ஆர்15சி1 மற்றும் எஸ்எம்ஆர்15சி2 ஆகியவற்றின் வளர்ச்சி சார்ந்த எதிர் வெளிப்பாடு சுயவிவரங்கள், வில்ம்ஸ் மற்றும் பலர் முறையே ஏபிசிஆர்1 மற்றும் ஏபிசிஆர்2 என குறிப்பிடப்படும் அவற்றின் அக்ரோபாக்டீரியம் டுமேஃபேசியன்ஸ் சகாக்களில் காணப்படவில்லை. (இந்த படைப்பில் ஏ. டி. ஆர் 15சி1 மற்றும் ஏ. டி. ஆர் 15சி2). ஏ. பி. சி. ஆர் 1 மற்றும் ஏ. பி. சி. ஆர் 2 ஆகியவை ஒரே நேரத்தில் தூண்டப்படுகின்றன, மேலும் இரண்டும் நிலையான கட்டத்தில் குவிகின்றன. இந்த நடத்தை ஏ. பி. சி. ஆர் 1 மற்றும் ஏ. பி. சி. ஆர் 2 ஒரே மாதிரியான விளம்பரதாரர் போன்ற வரிசைகளைக் கொண்டுள்ளன என்ற உண்மையுடன் உடன்படுகிறது, இவை எஸ். எம். ஆர் 15 சி 2 உடன் மிகவும் ஒத்திருக்கின்றன, ஆனால் எஸ். எம். ஆர் 15 சி 1 இன் விளம்பரதாரர் வரிசைக்கு அல்ல (விளம்பரதாரர் பகுப்பாய்வைப் பார்க்கவும்). மேலும், ஏபிசிஆர் மரபணுக்களின் செயல்பாட்டிற்கான முதல் அணுகுமுறை, இந்த எஸ்ஆர்என்ஏக்கள் எச்எஃப்க்யூ-சார்பு முறையில் தொடர்புடைய ஏபிசி டிரான்ஸ்போர்ட்டர் மரபணுக்களைக் குறைப்பதன் மூலம் ஜிபிஏ உறிஞ்சும் அமைப்பை அமைதிப்படுத்துகின்றன என்பதை வெளிப்படுத்தியது. சில தாவர-பாக்டீரியா தொடர்புகளில் வேர் தண்டு பாக்டீரியாவால் அங்கீகரிக்கப்பட்ட தாவர சமிக்ஞைகளில் GABA ஒன்றாகும். எனவே, இந்த முடிவுகள், தாவர பாதுகாப்பு பொறிமுறையைத் தகர்த்தெறிய ஏ. டுமேஃபேசியன்ஸ் பயன்படுத்தும் ஒரு வழியாக GABA உறிஞ்சுதல் அமைப்பின் தொகுப்பை நிறுத்துவதை சுட்டிக்காட்டுகின்றன. சமீபத்திய இணை நோயெதிர்ப்பு தேய்மான பரிசோதனை, எஸ். எம். ஆர்15சி1 மற்றும் எஸ். எம். ஆர்15சி2 ஆகிய இரண்டும் எஸ். மெலிலோட்டி ஆர்என்ஏ சேப்பரோன் எச்எஃப்க்யூவை பிணைக்கின்றன என்பதைக் காட்டுகிறது, மேலும் இந்த பாக்டீரியத்தில் இந்த டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களுக்கு ஒரு பங்கை ஆதரிக்கிறது, ஏனெனில் டிரான்ஸ்-ஆக்டிங் ஆன்டிசென்ஸ் riboregulators.They ஊட்டச்சத்து உறிஞ்சுதலை நன்றாக சரிசெய்கிறது. ஊக்குவிப்பாளர் பகுப்பாய்வு அனைத்து αr15 இடங்களும் அடையாளம் காணக்கூடிய σ70-சார்ந்த ஊக்குவிப்பாளர்களைக் கொண்டுள்ளன, அவை-35/- 10 ஒருமித்த மையக்கருத்து CTTGAC-n17-CTATAT ஐக் காட்டுகின்றன, இது முன்பு புரோட்டியோபாக்டீரியாவின் α-துணைக்குழுவில் உள்ள பல பிற இனங்களில் பரவலாக பாதுகாக்கப்படுவதாகக் காட்டப்பட்டுள்ளது. இந்த விளம்பரதாரர் பகுதிகளின் பல வரிசை சீரமைப்பு, எஸ். மெலிலோட்டி, S.fredii மற்றும் எஸ். மெடிகேஆர்15சி1 விளம்பரதாரர்கள் தவிர அனைத்து ஆர்15 இடங்களிலும் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் தொடக்க தளத்தின் மேல்நோக்கி 80 பிபி வரை நீட்டிக்கப்பட்ட ஒரு பாதுகாக்கப்பட்ட வரிசை நீட்சியை வெளிப்படுத்தியது. அறியப்பட்ட பிற டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகளுக்கான பிணைப்பு தளங்களை அடையாளம் காண ரெக்பிரெடிக்ஷன் (http://regpredict.lbl.gov/regpredict/help.html) வழங்கிய ஃபாஸ்டா வரிசைகளைப் பயன்படுத்தினோம், மேலும் ரெகுலன்டிபி (http://regulondb.ccg.unam.mx) வழங்கிய அந்த நிலை எடை மேட்ரிக்ஸ்களைப் (பி. எஸ். டபிள்யூ. எம்) பயன்படுத்தினோம். ஒருமித்த/பேட்சர் நிரலைப் பயன்படுத்தி ரெக்பிரெடிக்ஷன் வரிசைகளிலிருந்து ஒவ்வொரு டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிக்கும் பி. எஸ். டபிள்யூ. எம். ஐ உருவாக்கி, 14 முதல் 30 வரையிலான மையக்கருத்து நீளங்களுக்கு சிறந்த இறுதி மேட்ரிக்ஸைத் தேர்ந்தெடுத்து, ஒவ்வொரு மேட்ரிக்ஸுக்கும் ஒரு வாசல் சராசரி ஈ-மதிப்பு <10இ-10 நிறுவப்பட்டது, (http://gps-tools2.its.yale.edu இல் "வரம்புக்குட்பட்ட ஒருமித்த கருத்து" ஐப் பார்க்கவும்). மேலும், எம்இஎம்இ (http://meme.sdsc.edu/meme4_6_1/intro.html) ஐப் பயன்படுத்தி பாதுகாக்கப்பட்ட அறியப்படாத மையக்கருத்துக்களை நாங்கள் தேடினோம், மேலும் நிதானமான வழக்கமான வெளிப்பாடுகளைப் பயன்படுத்தினோம் (அதாவது. முறை பொருத்தம்) அனைத்து αr15 ஹோமோலோக்ஸ் விளம்பரதாரர்களுக்கும் மேல். இந்த ஆய்வுகள் எஸ். மெலில்லோட்டி, S.fredii மற்றும் எஸ். மெடிகே αr15சி1 எஸ்ஆர்என்ஏக்கள் மற்றும் மீதமுள்ள αr15 குடும்ப உறுப்பினர்களுக்கு இடையிலான ஒழுங்குமுறை வேறுபாட்டை வெளிப்படுத்தியது, அவற்றின் தோற்றம் (ரைசோபியம் அல்லது அக்ரோபாக்டீரியம்) மற்றும் மரபணு இருப்பிடம் (αr15சி1, αr15சி2, αr15பிளாஸ்மிட்) (படம் 4) ஆகியவற்றிலிருந்து சுயாதீனமாக. மீதமுள்ள குடும்ப உறுப்பினர்கள்-36 மற்றும்-75 நிலைகளுக்கு இடையில் மிகவும் நன்கு பாதுகாக்கப்பட்ட 30 பிபி நீளமான பகுதியை வழங்கினர். இந்த பாதுகாக்கப்பட்ட பகுதி, டாம்டாமுடன் அறியப்பட்ட டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணி மையக்கருத்துக்களின் தரவுத்தளங்களை வினவ பயன்படுத்தப்பட்டது, சிறந்த பொருந்தும் மையக்கருத்து எஸ். எம். பி20667 _ ரைசோபியலஸ் ஆகும், இது ரெக்ட்ரான்ஸ்பேஸ் (http://regtransbase.lbl.gov/cgi-bin/regtransbase?page=main) க்கு சொந்தமானது. லாசி குடும்பத்தைச் சேர்ந்த ரைசோபியலிஸில் உள்ள டைகார்பாக்சிலேட் வளர்சிதை மாற்றக் கட்டுப்பாட்டாளருக்கான பிணைப்பு தளத்துடன் எஸ். எம். பி20667 ஒத்திருக்கிறது. இந்த மையக்கருத்து டார்ட்ரேட் டீஹைட்ரஜனேஸ், சக்சினேட் செமியால்டிஹைட் டீஹைட்ரஜனேஸ், எஸ். மெலிலோட்டியில் 3-ஹைட்ராக்ஸிஐசோபியூட்டிரேட் டீஹைட்ரஜனேஸ் மற்றும் ஹைட்ராக்ஸிபைருவேட் ஐசோமரேஸ் மற்றும் பல ரைசோபியங்களின் கிளஸ்டரிங் மரபணுக்கள் அடையாளம் காணப்பட்டன, மேலும் இது விளம்பரதாரர் சீரமைப்பு உருவத்தில் (படம் 5) ஆரஞ்சு பெட்டியில் குறிக்கப்பட்டுள்ளது. மேலும், சினோர்ஹிசோபியம் இனங்கள் αr15C1 இன் ஊக்குவிப்பு பகுதியில் மெமியைப் பயன்படுத்தி மற்றொரு பாதுகாக்கப்பட்ட வரிசை கண்டறியப்பட்டது. இந்த பாதுகாக்கப்பட்ட பகுதி டாம்டாமுடன் அறியப்பட்ட டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணி மையக்கருத்துக்களின் தரவுத்தளங்களை வினவ பயன்படுத்தப்பட்டது, மேலும் சிறந்த பொருந்தும் மையக்கருத்து எஸ். எம். பி20537 _ ரைசோபியலஸ் (சிவப்பு நிறத்தில் படம் 5) ஆகும், இது லாசி குடும்பத்தைச் சேர்ந்த ரைசோபியலிஸில் உள்ள சர்க்கரை பயன்பாட்டு கட்டுப்பாட்டாளருக்கான பிணைப்பு தளத்தை அடையாளம் காட்டுகிறது. மரபியல் சூழல் αr15 குடும்ப உறுப்பினர்களில் பெரும்பாலோர் குரோமோசோமல் ஐ. ஜி. ஆர்களில் சுயாதீன விளம்பரதாரர்களிடமிருந்து படியெடுத்த டிரான்ஸ்-என்கோட் செய்யப்பட்ட எஸ். ஆர். என். ஏக்கள். αr15 உறுப்பினர்களில் பலர் அண்டை மரபணுக்கள் சிறுகுறிப்பு செய்யப்படவில்லை, இதனால் அவை மேலும் கைமுறையாக தொகுக்கப்பட்டன. இதன் விளைவாக, குடும்ப உறுப்பினர்களை அவர்களின் மரபணு சூழலுக்கு ஏற்ப நான்கு துணைக்குழுக்களாக வகைப்படுத்த முடியும். முதல் குழுவில் ரைசோபியம், சினோர்ஹிசோபியம் மற்றும் அக்ரோபாக்டீரியம் இனங்களின் αr15C1 மற்றும் αr15C2 இருப்பிடங்கள் உள்ளன. அவர்கள் மேல் மற்றும் கீழ்நிலை மரபணுக்களில் ஒரு பெரிய அளவிலான பாதுகாப்பை வெளிப்படுத்தினர், அவை முறையே ஒரு எல். ஐ. எஸ். ஆர் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனல் ரெகுலேட்டர் மற்றும் ஒரு ஏ. எஸ். ஆர் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனல் ரெகுலேட்டர் புரதத்திற்கான குறியீட்டைக் கணிக்கின்றன (படம் 5). இந்த குழுவில் உள்ள ஒரே விதிவிலக்கு எஸ். ஃப்ரெடிக்கு மிகவும் மாறுபட்ட மரபணு சூழலை வழங்கியது. இரண்டாவது குழுவில் ப்ரூசெல்லா இனங்களில் உள்ள αr15CI1 இடம் (கூடுதல் கோப்பு 2) அடங்கும், இது முதல் குழுவிற்கு பகுதி ஒத்திசைவுடன் மிகவும் நன்கு பாதுகாக்கப்பட்ட மரபணு சூழலை (அஸ்பார்டேட் அமினோ டிரான்ஸ்பரேஸ் மற்றும் LysR/அறியப்படாத டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனல் ரெகுலேட்டர்) வழங்கியது. மிகவும் மாறுபட்ட மரபியல் சூழல், பெரும்பாலான சந்தர்ப்பங்களில் ஓரளவு கூட பாதுகாக்கப்படவில்லை, அனைத்து பிளாஸ்மிட் மூலம் பரவும் αr15 லோக்கியிலும் (கூடுதல் கோப்பு 1) இருந்தது, இது வரையறுக்கப்பட்ட குழு மூன்றை ஒருங்கிணைக்கிறது, அங்கு பக்கவாட்டு மரபணுக்கள் ஏபிசி டிரான்ஸ்போர்ட்டர் புரதங்கள், எக்ஸிசோனேஸ் அல்லது டிரான்ஸ்போசேஸ் ஆகியவற்றுடன் ஒத்திருக்கின்றன. ப்ரூசெல்லா இனங்களில் உள்ள αr15CI2 இடம் (கூடுதல் கோப்பு 3) குழு நான்குக்கு இணங்குகிறது மற்றும் ஒரு மேல் மற்றும் கீழ்நிலை பாதுகாக்கப்பட்ட மரபணு சூழலை வழங்கியது, யுடிபி-3-ஓ-ஹைட்ராக்ஸிமைரிஸ்டாயில் என்-அசிடைல் குளுக்கோசமைன் டீசிடைலேஸ் மற்றும் ஜிடிபிஏஎஸ் செல் பிரிவு புரதம் எஃப். டி. எஸ். டி ஆகியவற்றிற்கான அனைத்து பகுதிகளையும் குறியிடுகிறது. கடைசி குழுவிற்கு ப்ரூசெல்லா குழுவில் (கூடுதல் கோப்பு 4) உள்ள αr15CII இருப்பிடத்துடன் ஒத்திருக்கிறது, அங்கு மரபணுக்களில் ஒன்றை மட்டுமே எப்போதும் கிளைசின் டெஷைட்ரஜனேஸ் என்று குறிப்பிட முடியும், மற்ற எஸ். ஆர். என். ஏ பக்கவாட்டு நிலை பெரும்பாலும் ப்ரூசெல்லா குழுவில் பாதுகாக்கப்பட்ட ஒரு கற்பனையான புரதத்தால் சமாளிக்கப்பட்டது, அதற்கு எந்த களம், மையக்கருத்து அல்லது கோ செயல்பாட்டு சிறுகுறிப்பு ஒதுக்கப்பட முடியாது. கூடுதல் கோப்புகள்ஃ αr15 குடும்ப பிளாஸ்மிட் நகல்களின் மரபியல் சூழல் வரைபடம்ஃ படம்ஃ ப்ரூசெல்லா குழுவில் உள்ள αr15CI1 இருப்பிடத்தின் மரபியல் சூழல் வரைபடம்ஃ படம்ஃ ப்ரூசெல்லா குழுவில் உள்ள αr15CI2 இருப்பிடத்தின் மரபியல் சூழல் வரைபடம்ஃ படம்ஃ ப்ரூசெல்லா குழுவில் உள்ள αr15CII இருப்பிடத்தின் மரபியல் சூழல் வரைபடம்ஃ படம்ஃ smbr15 3.png