Αr7 RNA
αr7 என்பது ஹைபோமைக்ரோபியலஸ் வரிசையில் இருந்து ஆல்பாபிரோடியோபாக்டீரியல் இனங்களின் பரந்த குழுவில் பிரதிநிதிகளைக் கொண்ட சிறிய குறியீட்டு அல்லாத ஆர். என். ஏ பாக்டீரியாவின் குடும்பமாகும். இந்த குடும்பத்தின் முதல் உறுப்பினர் (எஸ்எம்ஆர்7சி 150என்டி) குரோமோசோம் (சி) இல் அமைந்துள்ள சினோர்ஹிசோபியம் மெலிலோட்டி 1021 லோகஸில் காணப்பட்டார். மேலும் ஹோமோலஜி மற்றும் கட்டமைப்பு பாதுகாப்பு பகுப்பாய்வு பல நைட்ரஜன்-ஃபிக்ஸிங் சிம்பயாடிக் ரைசோபியாவில் (அதாவது நைட்ரஜன்-ஃபிக்ஸிங் சிம்பயாடிக் ரைசோபியா) முழு நீள ஹோமோலோக்குகளை அடையாளம் கண்டது. ஆர். லெகுமினோசரம் bv.viciae, ஆர். லெகுமினோசரம் பிவி. ட்ரைஃபோலி, ஆர். எட்ட்லி மற்றும் பல மெசோர்ஹிசோபியம் இனங்கள்), அக்ரோபாக்டீரியம் இனங்களைச் சேர்ந்த தாவர நோய்க்கிருமிகளில் (அதாவது. ஏ. டுமேஃபேசியன்ஸ், ஏ. வைடிஸ், ஏ. ரேடியோபாக்டர் மற்றும் அக்ரோபாக்டீரியம் எச்13) மற்றும் ப்ரூசெல்லா இனங்களின் பரந்த ஸ்பெக்ட்ரம் (பி. ஓவிஸ், பி. கேனிஸ், பி. அபார்டஸ் மற்றும் பி. மைக்ரோடிஸ் மற்றும் பி. மெலிடென்சிஸின் பல பயோபார்கள்). αr7 ஆர்என்ஏ இனங்கள் 134-159 நியூக்ளியோடைடுகள் (என். டி) நீளமானவை (அட்டவணை 1) மற்றும் நன்கு வரையறுக்கப்பட்ட பொதுவான இரண்டாம் நிலை கட்டமைப்பைப் பகிர்ந்து கொள்கின்றன (படம் 1, படம் 2). ஆல்ஃபாப்ரோடியோபாக்டீரியல் மரபணுக்களின் (படம் 4) இன்டர்ஜெனிக் பகுதிகளுக்குள் (ஐ. ஜி. ஆர்) சுயாதீன டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் அலகுகளின் நன்கு வரையறுக்கப்பட்ட ஊக்குவிப்பு பகுதிகளிலிருந்து வெளிப்படுத்தப்படும் டிரான்ஸ்-ஆக்டிங் எஸ்ஆர்என்ஏக்களாக αr7 டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களை பட்டியலிடலாம். கண்டுபிடிப்பு மற்றும் கட்டமைப்பு எஸ்எம்ஆர்7சி எஸ்ஆர்என்ஏ டெல் வால் மற்றும் பலர் விவரித்தனர். குறிப்பு எஸ். மெலிலோட்டி 1021 திரிபு (சினோர்ஹிசோபியம் மெலிலோட்டி 1021) இன்டர்ஜெனிக் பகுதிகளில் (ஐஜிஆர்). வடக்கு கலப்பின சோதனைகள் எஸ்எம்ஆர் 7 சி லோகஸிலிருந்து வெளிப்படுத்தப்பட்ட இரண்டு ஆர்என்ஏ இனங்களைக் கண்டறிந்தன, அவை சுதந்திரமாக வாழும் மற்றும் எண்டோசிம்பயாடிக் பாக்டீரியாவில் வேறுபட்ட அளவில் குவிந்தன. டிஏபி அடிப்படையிலான 5 '-ரேஸ் சோதனைகள் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் தொடக்க தளத்தை (டிஎஸ்எஸ்) இரண்டு நெருக்கமான ஜி எச்சங்களாக வரைபடமாக்கியது. பெறப்பட்ட ஆறு சுயாதீன வரிசைகளிலிருந்து, ஐந்து குரோமோசோமில் 201,681 மற்றும் மேல்நோக்கிய எச்சத்திற்கு 201,679 என வரையறுக்கப்பட்டுள்ளன. மேலும், டிஏபி-மற்றும் மாதிரி-சிகிச்சையளிக்கப்பட்ட ஆர்என்ஏ மாதிரிகள் இரண்டிலும் இந்த டிரான்ஸ்கிரிப்ட்டிலிருந்து கூடுதலாக 5 '-ரேஸ் தயாரிப்பைப் பெற முடியும். இந்த இரண்டாவது RACE உற்பத்தியின் வரிசை எஸ். மெலிலோட்டி 1021 மரபணுவில் 201,723 nt எஞ்சியிருக்கும் வகையில் எஸ். எம். ஆர். 7. சி. யின் செயலாக்க தளத்தை வரைபடமாக்கியது. 3 '-முனை 201,828 nt நிலையில் அமைந்துள்ளது என்று கருதப்பட்டது, இது ஒரு நேர்மையான ரோ-சுயாதீன முனையத்தின் தொடர்ச்சியான யு. எஸ். இன் கடைசி எச்சத்துடன் பொருந்துகிறது. எஸ்எம்ஆர்7சி டிரான்ஸ்கிரிப்ட் எஸ்ஆர்ஏ03 அல்லது எஸ்எம்13 என குறிப்பிடப்படும் இணையான மற்றும் பிற்கால ஆய்வுகள், எஸ். மெலில்லோட்டியிலும் அதன் நெருங்கிய தொடர்புடைய திரிபு 2011-லும் இந்த எஸ்ஆர்என்ஏ வெளிப்பாட்டை சுயாதீனமாக உறுதிப்படுத்தியது. எஸ். மெலிலோட்டி 2021 இன் சிறிய ஆர்என்ஏ பின்னத்தின் (50-350 என். டி) சமீபத்திய ஆழமான வரிசைமுறை அடிப்படையிலான குணாதிசயமும் எஸ்எம்ஆர்7சி இன் வெளிப்பாட்டை உறுதிப்படுத்தியது (இங்கே ஸ்மெல்சி023 என்று குறிப்பிடப்படுகிறது), மேலும் முழு நீள டிரான்ஸ்கிரிப்ட்டின் 5 '-முனையை எஸ். மெலிலோட்டி 1021 மரபணுவில் அதே நிலைக்கு வரைபடமாக்கியது, மேலும் 3' முனை முதல் நிலை 201,825 வரை. எஸ்எம்ஆர்7சி இன் நியூக்ளியோடைடு வரிசை ஆரம்பத்தில் ஆர்ஃபாம் தரவுத்தளத்திற்கு எதிராக தேடுவதற்கு வினவலாக பயன்படுத்தப்பட்டது (பதிப்பு 10.0;). இந்த ஹோமோலஜி தேடல் இந்த தரவுத்தளத்தில் அறியப்பட்ட பாக்டீரியா எஸ். ஆர். என். ஏ உடன் எந்த பொருத்தத்தையும் வழங்கவில்லை. தற்போது கிடைக்கக்கூடிய அனைத்து பாக்டீரியா மரபணுக்களுக்கும் (20 ஏப்ரல் 2011 அன்று 1,615 வரிசைகள்) எதிராக இயல்புநிலை அளவுருக்களுடன் எஸ்எம்ஆர்7சி அடுத்ததாக பிளாஸ்ட் செய்யப்பட்டது. வினவல் வரிசைக்கு குறிப்பிடத்தக்க ஒத்த தன்மையை வெளிப்படுத்தும் பகுதிகள் (78-89% ஒற்றுமை) இன்ஃபெர்னல் (version1.0) ஐப் பயன்படுத்தி ஒரு விதை சீரமைப்பிலிருந்து ஒரு கோவேரியன்ஸ் மாதிரியை (CM) உருவாக்க பிரித்தெடுக்கப்பட்டன. தற்போதுள்ள பாக்டீரியா மரபணு தரவுத்தளங்களில் (அட்டவணை 1) αr7 குடும்பத்தின் புதிய உறுப்பினர்களைத் தேடுவதற்கும், இறுதி CM மாதிரியை உருவாக்குவதற்கும் இந்த CM பயன்படுத்தப்பட்டது (படம் 1). குடும்பத்திற்கான ஒருமித்த இரண்டாம் நிலை கட்டமைப்பைக் கண்டறிய முடிவுகள் கைமுறையாக ஆய்வு செய்யப்பட்டன (படம் 1 மற்றும் படம் 2). ஒருமித்த கட்டமைப்பும் மிகவும் ஒத்த கணிப்புகளுடன் LocARNATE திட்டத்துடன் சுயாதீனமாக கணிக்கப்பட்டது. இன்ஃபெர்னலைப் பயன்படுத்தி சிஎம் உடன் காணப்படும் வரிசைகளின் கையால் ஆய்வு 26 உண்மையான ஹோமோலோக் காட்சிகளைக் கண்டறிய அனுமதித்தது, அவை அனைத்தும் அல்பாபிரோடியோபாக்டீரியல் மரபணுக்களில் ஒற்றை குரோமோசோம் நகல்களாக உள்ளன. எஸ்எம்ஆர்7சி-க்கு நெருக்கமான ஓரினச்சேர்க்கைகளை குறியாக்கம் செய்யும் ரைசோபியல் இனங்கள்ஃ எஸ். மெடிகே மற்றும் எஸ். ஃப்ரெடி, இரண்டு ஆர். லெகுமினோசரம் ட்ரைஃபோலி விகாரங்கள் (டபிள்யூஎஸ்எம்2304 மற்றும் டபிள்யூஎஸ்எம்1325), இரண்டு ஆர். எட்ட்லி விகாரங்கள் சிஎஃப்என் 42 மற்றும் சிஐஏடி 652, குறிப்பு ஆர். லெகுமினோசரம் பிவி. விசியா 3841 திரிபு, மற்றும் அக்ரோபாக்டீரியம் இனங்கள் ஏ. வைடிஸ், ஏ. டுமேஃபேசியன்ஸ், ஏ. ரேடியோபாக்டர் மற்றும் ஏ. எச்13 மற்றும் மெசோர்ஹிசோபம் இனங்கள் லோட்டி, எம். சிசேரி மற்றும் எம். பிஎன்சி. இந்த வரிசைகள் அனைத்தும் குறிப்பிடத்தக்க இன்ஃபெர்னல் ஈ-மதிப்புகள் (3.66E-49-2.93E-12) மற்றும் பிட்-மதிப்பெண்களைக் காட்டின. மாதிரியுடன் காணப்படும் மீதமுள்ள வரிசைகள் (1.58E-10 மற்றும் 2.88E-09) இடையே அதிக E-மதிப்புகளைக் காட்டியது, ஆனால் குறைந்த பிட்-மதிப்பெண்கள் மற்றும் ப்ரூசெல்லா இனங்கள் (பி. ஓவிஸ், பி. கேனிஸ், பி. அபோர்டஸ், பி. மைக்ரோடிஸ், பி. மெலிடென்சிஸின் பல பயோபார்கள் மற்றும் பி. ஆன்ட்ரோபி) மூலம் குறியிடப்பட்டுள்ளன. வெளிப்பாட்டுத் தகவல் இணையான ஆய்வுகள் எஸ். மெலிலோட்டி 1021 இல் உள்ள எஸ்எம்ஆர்7சி வெளிப்பாட்டை வெவ்வேறு உயிரியல் நிலைமைகளின் கீழ் மதிப்பீடு செய்தன. டிஒய், குறைந்தபட்ச நடுத்தர (எம்எம்) மற்றும் லுடியோலின்-எம்எம் குழம்பு மற்றும் எண்டோசிம்பயாடிக் பாக்டீரியாவில் பாக்டீரியா வளர்ச்சி (அதாவது. முதிர்ந்த சிம்பயாடிக் ஆல்ஃபால்பா முடிச்சுகள்). சுதந்திரமாக வாழும் பாக்டீரியாவில் எஸ். எம். ஆர். 7. சி இன் வெளிப்பாடு வளர்ச்சியைப் பொறுத்தது என்று கண்டறியப்பட்டது, பாக்டீரியா நிலையான கட்டத்திற்குள் நுழையும் போது மரபணு வலுவாகக் கட்டுப்படுத்தப்படுகிறது. சுதந்திரமாக வாழும் பாக்டீரியாவுடன் (பதிவு கட்டம் டி. ஒய் அல்லது எம். எம் கலாச்சாரங்கள்) ஒப்பிடும்போது எஸ். எம். ஆர். சி 7 இன் வெளிப்பாடு முடிச்சுகளில் 13 மடங்கு அதிகரித்துள்ளது, இது பாக்டீரியா தொற்று மற்றும்/அல்லது பாக்டீராய்டு வேறுபாட்டின் போது இந்த எஸ். ஆர். என். ஏக்களைத் தூண்டுவதைக் குறிக்கிறது. எஸ்எம்ஆர்சி7 வெளிப்பாடு இணையான ஆய்வுகளிலும் நிரூபிக்கப்பட்டுள்ளது. விளம்பரதாரர் பகுப்பாய்வு இதுவரை பரிசோதிக்கப்பட்ட αr7 குடும்ப உறுப்பினர்களின் அனைத்து விளம்பரதாரர் பகுதிகளும் sRNA இன் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் தொடக்க தளத்தின் மேல்நோக்கி 80 பிபி வரை நீட்டிக்கப்பட்ட ஒரு வரிசையில் மிகவும் பாதுகாக்கப்பட்டுள்ளன. அனைத்து நெருக்கமான ஒரே மாதிரியான இருப்பிடங்களும்-35/- 10 ஒருமித்த மையக்கருத்தை காட்டும் அங்கீகரிக்கக்கூடிய σ70-சார்ந்த ஊக்குவிப்பாளர்களைக் கொண்டுள்ளன CTTAGAC-n17-CTATAT, இது முன்பு ஆல்பாபிரோடியோபாக்டீரியாவில் உள்ள பல பிற இனங்களில் பரவலாக பாதுகாக்கப்படுவதாகக் காட்டப்பட்டுள்ளது. அறியப்பட்ட பிற டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகளுக்கான பிணைப்பு தளங்களை அடையாளம் காண ரெக்பிரெடிக்ஷன் வழங்கிய ஃபாஸ்டா வரிசைகளைப் பயன்படுத்தினோம், மேலும் ரெகுலன்டிபியால் வழங்கப்பட்ட அந்த நிலை எடை மேட்ரிக்ஸ்களைப் (பி. எஸ். டபிள்யூ. எம்) பயன்படுத்தினோம். ஒருமித்த/பேட்சர் நிரலைப் பயன்படுத்தி ரெக்பிரெடிக்ஷன் வரிசைகளிலிருந்து ஒவ்வொரு டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிக்கும் பி. எஸ். டபிள்யூ. எம். ஐ உருவாக்கி, 14 முதல் 30 வரையிலான மையக்கருத்து நீளங்களுக்கு சிறந்த இறுதி மேட்ரிக்ஸைத் தேர்ந்தெடுத்து, ஒவ்வொரு மேட்ரிக்ஸுக்கும் ஒரு வாசல் சராசரி ஈ-மதிப்பு <10இ-10 நிறுவப்பட்டது, (gps-tools2.its.yale.edu இல் "வரம்புக்குட்பட்ட ஒருமித்த கருத்து" ஐப் பார்க்கவும்). மேலும், எம். இ. எம். இ. ஐப் பயன்படுத்தி பாதுகாக்கப்பட்ட அறியப்படாத மையக்கருத்துக்களை நாங்கள் தேடினோம், மேலும் நிதானமான வழக்கமான வெளிப்பாடுகளைப் பயன்படுத்தினோம் (அதாவது. முறை பொருத்தம்) எஸ். எம். ஆர் 7 சி ஹோமோலோக்ஸ் விளம்பரதாரர்களின் அனைத்து விளம்பரதாரர்களுக்கும் மேல். இந்த ஆய்வுகள் எல்எல் விளம்பரதாரர் பகுதிகளில் 20 பிபி பாதுகாக்கப்பட்ட மையக்கருத்தை வெளிப்படுத்தின, இது (படம் 4) இல் எம்இஎம்இ பாதுகாக்கப்பட்ட மையக்கருவாக ஆரஞ்சு நிறத்தில் குறிக்கப்பட்டுள்ளது, ஆனால் அறியப்பட்ட டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணி பிணைப்பு தள மேட்ரிக்ஸ்களுடன் குறிப்பிடத்தக்க ஒற்றுமையை நிறுவ முடியவில்லை. மரபணு சூழல் αr7 குடும்பத்தின் அடையாளம் காணப்பட்ட அனைத்து உறுப்பினர்களும் குரோமோசோமால் ஐ. ஜி. ஆர்களில் சுயாதீன விளம்பரதாரர்களிடமிருந்து படியெடுத்த டிரான்ஸ்-என்கோட் செய்யப்பட்ட எஸ். ஆர். என். ஏக்கள். விதை சீரமைப்பின் உறுப்பினர்களின் அண்டை மரபணுக்களில் பெரும்பாலானவை சிறுகுறிப்பு செய்யப்படவில்லை, இதனால் மேலும் கைமுறையாக தொகுக்கப்பட்டன. சினோர்ஹிசோபியம், ரைசோபியம் மற்றும் அக்ரோபாக்டீரியம் குழு உறுப்பினர்களின் αr7 sRNA களின் மரபணு பகுதிகள் முறையே ஒரு டிஎன்ஏ பாலிமரேஸ் மற்றும் ஒரு மார்ஆர் குடும்ப டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனல் ரெகுலேட்டருக்கான மேல்நோக்கிய மற்றும் கீழ்நிலை மரபணுக்களின் குறியீட்டுடன் ஒரு பெரிய அளவிலான பாதுகாப்பை வெளிப்படுத்தின. மெசோர்ஹிசோபியம் மற்றும் புரூசெல்லா குழுவில் αr7 மரபணு பகுதிகளின் பகுதி ஒத்திசைவு காணப்பட்டது, அங்கு MarR குடும்ப டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனல் ரெகுலேட்டர் மரபணுவுக்குப் பதிலாக, ஒரு பெப்டிடேஸ் குறியீட்டு மரபணு கண்டுபிடிக்கப்பட்டது. தரவு பதிவிறக்க கோவரியன்ஸ் மாதிரியை ஸ்டாக்ஹோம் வடிவத்தில் gps-tools2.its.yale.edu இல் பதிவிறக்கம் செய்யலாம். குறிப்புகள் ஆர்என்ஏ