Death Domain database
டெத் டொமைன் தரவுத்தளம் என்பது டெத் டொமைன் சூப்பர்ஃபேமிலியின் புரத-புரத தொடர்புகளின் (பிபிஐ) இரண்டாம் நிலை தரவுத்தளமாகும். இந்த சூப்பர்ஃபேமிலியின் உறுப்பினர்கள் அப்போப்டொசிஸ், வீக்கம், நெக்ரோசிஸ் மற்றும் நோயெதிர்ப்பு உயிரணு சமிக்ஞை பாதைகளில் முக்கிய பங்கு வகிக்கின்றனர். எதிர்மறை இறப்பு களம் சூப்பர்ஃபேமிலி-மத்தியஸ்த சமிக்ஞை நிகழ்வுகள் பல்வேறு மனித நோய்களை விளைவிக்கின்றன, இதில் புற்றுநோய்கள், நரம்பியக்கடத்தல் நோய்கள் மற்றும் நோயெதிர்ப்பு கோளாறுகள் அடங்கும். இறப்பு களத் தரவுத்தளங்களை உருவாக்குவது உயிரியல் மருத்துவத் துறையில் உள்ள ஆராய்ச்சியாளர்களுக்கு குறிப்பாக ஆர்வத்தை ஏற்படுத்துகிறது, ஏனெனில் இது இறப்பு களத் தொடர்புகளில் ஈடுபடும் மூலக்கூறு வழிமுறைகளைப் பற்றி மேலும் புரிந்துகொள்ள உதவுகிறது, அதே நேரத்தில் புரத-புரதத் தொடர்பு வலையமைப்பு மற்றும் தகவல்களை விளக்கும் ஒரு தொடர்பு வரைபடம் போன்ற கருவிகளுக்கு எளிதாக அணுகலை வழங்குகிறது. தற்போது ஒரே ஒரு தரவுத்தளம் மட்டுமே உள்ளது, இது பிரத்தியேகமாக இறப்பு களங்களைப் பார்க்கிறது, ஆனால் இந்த சூப்பர்ஃபேமிலி பற்றிய தகவல்களைக் கொண்ட பிற தரவுத்தளங்களும் வளங்களும் உள்ளன. பப்மெட்டின் கூற்றுப்படி, இந்த தரவுத்தளம் இறப்பு களங்கள் மற்றும் அவற்றின் பிபிஐ சுருக்கங்கள் பற்றிய விரிவான மற்றும் குறிப்பிட்ட தகவல்களின் காரணமாக இன்றுவரை ஏழு சக மதிப்பாய்வு செய்யப்பட்ட கட்டுரைகளால் மேற்கோள் காட்டப்பட்டுள்ளது. டெத் டொமைன் சூப்பர்ஃபேமிலி பரிணாம ரீதியாக பாதுகாக்கப்பட்ட டெத் டொமைன் சூப்பர்ஃபேமிலி பல புரத-தொடர்பு களங்களால் உருவாக்கப்பட்ட டெத் ஃபோல்ட் மையக்கருத்தால் வரையறுக்கப்படுகிறது. களங்கள் ஆறு-ஏழு இறுக்கமாக சுருட்டப்பட்ட ஆல்பா-ஹெலிக்ஸ்களை "கிரேக்க-விசை மடிப்பில்" ஏற்பாடு செய்துள்ளன. இந்த சூப்பர்ஃபேமிலி மிகப்பெரிய மற்றும் மிகவும் ஆய்வு செய்யப்பட்ட புரத-புரத தொடர்பு (பிபிஐ) நெட்வொர்க்கில் ஒன்றாக கருதப்படுகிறது. டெத் எஃபெக்டர் டொமைன் (DED), காஸ்பேஸ் ஆட்சேர்ப்பு டொமைன் (CARD), பைரின் டொமைன் (PYD) மற்றும் டெத் டொமைன் (DD) என நான்கு வகையான டெத் டொமைன் துணை குடும்பங்கள் உள்ளன. இந்த துணைக்குடும்ப களங்கள் அவற்றின் வரிசை மற்றும் கட்டமைப்பில் உள்ள ஒற்றுமையின் காரணமாக ஒன்றாக தொகுக்கப்பட்டுள்ளன. இருப்பினும், ஒத்திருந்தாலும், ஒவ்வொரு களமும் அதன் சொந்த வரையறுக்கும் கட்டமைப்பு அம்சத்தைக் கொண்டுள்ளதுஃ டி. இ. டி. களில் ஒரு ஆர். எக்ஸ். டி. எல்-உந்துதல், கார்டுகளில் ஒரு குறுக்கீடு, முதல் ஹெலிக்ஸ், பி. ஒய். டி. களில் ஒரு சிறிய (அல்லது சில நேரங்களில் தெளிவற்ற) மூன்றாவது ஹெலிக்ஸ் மற்றும் டி. டி. களில் மிகவும் வெளிப்படையான, நெகிழ்வான மூன்றாவது ஹெலிக்ஸ். இந்த துணைக்குடும்பத்தின் உறுப்பினர்கள் ஒரே வகையான துணைக்குடும்ப களத்துடன் ஒரே மாதிரியான பிணைப்புகளை மட்டுமே உருவாக்குகிறார்கள். எடுத்துக்காட்டாக, DED என்பது DED, CARD-CARD, PYD-PYD மற்றும் DD-DD ஆகியவற்றுடன் மட்டுமே பிணைக்கப்படும். இந்த ஒரே மாதிரியான தொடர்புகள் ஒரே களத்தின் இரண்டு உறுப்பினர்களுடன் மட்டுமே உள்ளன (அல்லது அரிதான சந்தர்ப்பங்களில் அதிகமானவற்றுடன்) மேலும் இந்த களங்கள் ஒருவருக்கொருவர் பன்முகத்தன்மை கொண்ட தொடர்புகளைக் கொண்டுள்ளன என்பதற்கு எந்த ஆதாரமும் இல்லை. டெத் டொமைன் துணை குடும்பங்கள் டெத் எஃபெக்டர் டொமைன் (டிஇடி) டிஇடி டொமைன்கள் கோர்டாட்டா பைலத்தில் மிகவும் பாதுகாக்கப்பட்டுள்ளன, மேலும் இவை எச்சினோடெர்மாட்டா பைலம் மற்றும் வைரஸ்களில் சிறிய சதவீதங்களிலும் காணப்படுகின்றன. டி. இ. டி கொண்ட புரதங்கள் காஸ்பேஸ் புரதத் தொடர்புடன் அப்போப்டொசிஸ் ஒழுங்குமுறையுடன் தொடர்புடையவை மற்றும் பாலூட்டிகளில் குறிப்பிடத்தக்க வகையில் ஆவணப்படுத்தப்பட்டுள்ளன. டிஇடி களங்கள் மற்ற களங்களுடன் தொடர்பு கொள்வதாக அறியப்படுகிறது, மேலும் அவை பின்வருமாறுஃ அணு உள்ளூர்மயமாக்கல் வரிசைகள் (டிஇடிடியில்), டிரான்ஸ்மெம்பிரேன் களங்கள் (பாப் 31 மற்றும் பட்டியில்), நியூக்ளியோடைடு-பிணைப்பு களங்கள் (டிஏபி 3 இல்), எஸ்ஏஎம் களங்கள் (பட்டியில்), சுருள்-சுருள் களங்கள் (ஹிப் மற்றும் ஹிப்பியில்), மற்றும் ஈ2-பிணைப்பு ரிங் களங்கள் (பட்டியில்). காஸ்பேஸ் ஆட்சேர்ப்பு களம் (கார்டு) கார்டு களங்கள் முதன்மையாக கார்டேட்களில் காணப்படுகின்றன, அவற்றில் பல விலங்கு இராச்சியத்தைச் சேர்ந்தவை, மேலும் அவை நெமடோடா மற்றும் எச்சினோடெர்மாட்டா பைலாவில் சிறிய சதவீதங்களில் காணப்படுகின்றன. கார்டு களத்தைக் கொண்ட புரதத் தொகுதிகள் அப்போப்டொசிஸுடன் தொடர்புடையவை, அவை தொடர்பு கொள்ளும் காஸ்பேஸ்களை ஒழுங்குபடுத்துவதன் மூலமும், என். எஃப்-கப்பா பி சமிக்ஞை பாதைகளில் பங்கேற்பதன் மூலம் அழற்சி செயல்முறைகளிலும் தொடர்புடையவை. பைரன் களம் (பி. ஒய். டி) அப்போப்டொசிஸ் மற்றும் இன்டர்ஃபெரான் ரெஸ்பான்ஸ் (டி. ஏ. பி. ஐ. என்) களத்தில் களம் என்றும் அழைக்கப்படும் பி. ஒய். டி களம், பொதுவாக முதுகெலும்புள்ள விலங்குகள் மற்றும் வைரஸ் புரதங்களில் காணப்படுகிறது மற்றும் அவை அப்போப்டொசிஸ், புற்றுநோய் மற்றும் வீக்கத்தில் ஈடுபட்டுள்ளன. டெத் டொமைன் சூப்பர்ஃபேமிலியின் 4 உறுப்பினர்களில் இந்த குழுவின் செயல்பாடுகள் மிகக் குறைவாக புரிந்து கொள்ளப்படுகின்றன. இறப்பு களம் (டிடி) இந்த களம் முக்கியமாக விலங்கு இராச்சியத்தில் காணப்படுகிறது, குறிப்பாக பாலூட்டிகளிடையே, பல வகையான பிபிஐகளைக் கொண்ட இறப்பு களங்களைக் கொண்டுள்ளது. எஸ். எம். ஏ. ஆர். டி. யின் பற்றாக்குறை இல்லாத தரவுத்தளத்தின்படி, பாலூட்டிகள் அறியப்பட்ட டிடி-களங்களில் 61 சதவீதத்தைக் கொண்டுள்ளன. டிடி கொண்ட புரதங்கள் கார்டு களத்தைப் போலவே அப்போப்டொசிஸ் மற்றும் வீக்கத்துடன் தொடர்புடையவை. இது உள்ளார்ந்த நோய் எதிர்ப்பு சக்தியுடனும் இணைக்கப்பட்டுள்ளது. டிடிகளை அன்கிரின் ரிபீட்ஸ், காஸ்பேஸ் போன்ற மடிப்புகள், கைனேஸ் களங்கள், லியூசின் சிப்பர்கள், லியூசின் நிறைந்த ரிபீட்ஸ் (எல். ஆர். ஆர்), டி. ஐ. ஆர் களங்கள் மற்றும் ZU5 களங்கள் உள்ளிட்ட பிற வகை களங்களுடனும் காணலாம். கண்ணோட்டம் Deathdomain.org ஆரம்பத்தில் க்வோன் மற்றும் பலர் உருவாக்கினர். (2012) இறப்பு களம் சூப்பர்ஃபேமிலி மத்தியஸ்த சமிக்ஞை பாதை குறித்து மேலும் ஆராய்ச்சியைத் தூண்டுவதற்காக. அவர்களின் தரவுத்தளம் கைமுறையாக தொகுக்கப்பட்டுள்ளது மற்றும் டெத் டொமைன் சூப்பர்ஃபேமிலி மற்றும் அதன் புரத-புரத தொடர்புகள் பற்றிய விரிவான தகவல்களை வழங்குவதில் கவனம் செலுத்துகிறது. குவானும் அவரது குழுவும் பிபிஐ தொகுதிகள் மற்றும் அவற்றுடன் தொடர்புடைய இறப்பு களங்களில் கவனம் செலுத்திய 295 வெளியிடப்பட்ட சக மதிப்பாய்வு செய்யப்பட்ட ஆய்வுகளை ஆராய்ச்சி செய்து, தொகுத்து, குணப்படுத்துவதன் மூலம் தொடங்கினர். தரவுத்தளம் இப்போது பயனர்களுக்கு 311 சக மதிப்பாய்வு செய்யப்பட்ட ஆய்வுகளிலிருந்து தகவல்களை வழங்குகிறது, இது அசல் வெளியீட்டை விட சற்று அதிகரிப்பு ஆகும். இந்த தரவுத்தளம் வழங்குகிறதுஃ இறப்பு டொமைன் சூப்பர்ஃபேமிலி புரதங்கள் மற்றும் அதனுடன் தொடர்புடைய பிபிஐ தரவுகளின் விரிவான சுருக்கங்கள் இலக்கியம், டொமைன் அமைப்பு மற்றும் சோதனை வளங்களிலிருந்து பொருத்தமான பகுப்பாய்வு முறைகள் பற்றிய தகவல்கள் இறப்பு டொமைன் சூப்பர்ஃபேமிலியால் மத்தியஸ்தம் செய்யப்பட்ட சமிக்ஞை நெட்வொர்க்கில் கற்றல் மற்றும் ஆராய்ச்சியை எளிதாக்குவதற்கான அம்சங்கள் மற்றும் கருவிகள் (தேடுபொறி, ஒரு தொடர்பு வரைபடம் மற்றும் பிற தரவுத்தளங்களுடன் தகவல்களை ஒப்பிடுவதற்கான இணைப்புகள்) தரவுத்தளத்தை உருவாக்குவது பப்மெட் தரவுத்தளத்தை உருவாக்குவது DeathDomain.org தரவுத்தளத்தில் தரவு சேகரிப்புக்கு பயன்படுத்தப்படும் முதன்மை ஆதாரமாகும். யுனிப்ரோட்கேபி மற்றும் என்ட்ரெஸ் ஜீன் ஆகியவற்றிலிருந்து 99 டெத் டொமைன் சூப்பர்ஃபேமிலி புரதங்களுக்கான ஒத்த சொற்களைக் கண்டுபிடிப்பதன் மூலம் தளத்தின் ஆசிரியர்கள் தொடங்கினர். புரதத்தின் பெயருடன், பிற புரதங்களுடன் உடல் பிணைப்பில் ஈடுபட்டுள்ள இறப்பு கள புரதங்களுக்கான புட்மெட் தரவுத்தளத்தில் உள்ள கட்டுரைகளைத் தேடுவதற்கு ஒத்த சொற்கள் பயன்படுத்தப்பட்டன. தொடர்புடைய அனைத்து கட்டுரைகளும் ஆய்வில் சேர்க்கப்பட்டுள்ளதா என்பதை உறுதிப்படுத்த டிஐபி, இன்டாக்ட், மைன்ட் மற்றும் ஸ்ட்ரிங் தரவுத்தளங்களில் மேலும் தேடல்கள் செய்யப்பட்டன. 99 டிடி சூப்பர்ஃபேமிலி புரதங்களில் 175 பிபிஐ ஜோடிகள் பற்றி விவாதித்த 295 சக மதிப்பாய்வு செய்யப்பட்ட கட்டுரைகளை ஆசிரியர்களால் கண்டுபிடித்து கைமுறையாக தொகுக்க முடிந்தது. 99 டிடி சூப்பர்ஃபேமிலி புரதங்களில் 181 பிபிஐ ஜோடிகளைப் பற்றி விவாதிக்கும் 311 சக மதிப்பாய்வு செய்யப்பட்ட ஆவணங்களுக்கு அசல் வெளியீட்டிலிருந்து இந்த எண்கள் அதிகரித்துள்ளன. இலக்கியத்தில் தரவைச் சரிசெய்ய, ஆசிரியர்கள் பகுப்பாய்வு முறைகள், சோதனை முடிவுகள், வளங்கள் மற்றும் பெயரிடல் ஆகியவற்றில் கவனம் செலுத்தத் தேர்ந்தெடுத்தனர். காகிதங்களில் போதுமான தரவு இல்லையென்றால், பயனர்கள் இந்த பிரிவுகளில் "குறிப்பிடப்படவில்லை" என்பதைக் காண்பார்கள். டிடி சூப்பர்ஃபேமிலி மற்றும் பிபிஐ சுருக்கங்கள் இந்த அம்சத்தை ஆர்வமுள்ள டெத் டொமைனைத் தேர்ந்தெடுப்பதன் மூலமும், இந்த டொமைனைக் கொண்ட புரதத்தைத் தேர்ந்தெடுக்க சப்டாபைப் பயன்படுத்துவதன் மூலமும் அணுகலாம். இது பயனரை ஏராளமான தகவல்களுக்கு அழைத்துச் செல்லும், அவை மிக விரிவாக ("விரிவாக" தாவல்) அல்லது குறைந்த விவரங்களுடன் ("ஒரு பார்வையில்" தாவல்) மேலே (படம். 1டி மற்றும் 1சி, முறையே). தரவு மேலும் மூன்று பிரிவுகளாக பிரிக்கப்பட்டுள்ளதுஃ தொடர்பு, தன்மை மற்றும் செயல்பாட்டு பங்கு. இந்த பிரிவுகள் தேர்ந்தெடுக்கப்பட்டன, ஏனெனில் அவை ஒத்த ஆய்வுகளில் பயன்படுத்தப்பட்டன. பெரும்பாலான சந்தர்ப்பங்களில், ஒவ்வொரு பிபிஐக்கும், பயனர்கள் பப்மெட் ஐடியைக் கிளிக் செய்வதன் மூலம், தலைப்பு, சுருக்கம், ஆசிரியர்கள், கட்டுரையில் குறிப்பிடப்பட்டுள்ள தொடர்புகள் மற்றும் வெளியீட்டிற்கான இணைப்பு உள்ளிட்ட விவரங்களை வழங்குவதன் மூலம் அவர்களைப் பற்றி மேலும் அறியலாம். பிற துணைத் தலைப்பு தாவல்கள் புரதங்களின் முழு பெயர், மாற்று பெயர்கள், செயல்பாடு மற்றும் இறப்பு களத்தின் துணைக்குடும்பம் மற்றும் எல்லை பகுதி உள்ளிட்ட புரதத் தகவல்களுக்கான அணுகலை வழங்குகின்றன. பிந்தையது பயனர்களுக்கு அமினோ அமில வரிசைகள் மற்றும் கள எல்லைகளை யூனிபிரோட் கேபி/சுவிஸ்-புரோட் மற்றும் யூனிபிரோட் கேபி/டிரெம்ப்எல் தரவுத்தளங்களிலிருந்து எம்பிஎல், ஜென்பேங்க் அல்லது ஃபாஸ்டா வடிவத்தில் பெற அனுமதிக்கிறது. வெளிப்புற தரவுத்தள இணைப்பைக் கிளிக் செய்வதன் மூலம், பயனர்கள் மற்ற இனங்களில் காணப்படும் டொமைன் கொண்ட புரதத்திற்கான இந்தத் தகவலைப் பெறலாம். பொருத்தமான அடையாளங்காட்டி எண்ணைக் கிளிக் செய்வதன் மூலம் ஒத்த தரவுத்தளங்கள் (யூனிப்ராட், டிஐபி, ஸ்ட்ரிங், கேஇஜிஜி, இன்டாக்ட் மற்றும் எம்ஐஎன்டி) பற்றிய கூடுதல் தகவல்களையும் அவர்கள் அணுகலாம். கடைசி இரண்டு தாவல்கள் பயனர்களுக்கு "3-டி கட்டமைப்பு" தாவலின் கீழ் பதிவிறக்கம் செய்யக்கூடிய 3-டி கட்டமைப்பு படங்களையும், "நோய்" தாவலின் கீழ் அவர்கள் ஈடுபடும் இயற்கை பிறழ்வுகள் மற்றும் தொடர்புடைய நோய்களையும் வழங்கும் (படம். 1இ). புள்ளிவிவரப் பக்கம் தரவுத்தளத்தில் பயன்படுத்தப்படும் வெளியீடுகளின் பட்டியலைக் கொண்டுள்ளது (வெளியீட்டின் ஆண்டைப் பொறுத்து பிரிக்கப்பட்டுள்ளது) மேலும் ஹைப்பர்லிங்க் வழியாக அணுகலாம். இந்தப் பக்கம் ஒரு களத்திற்கு பிபிஐகளின் எண்ணிக்கையின் அட்டவணைப்படுத்தப்பட்ட சுருக்கங்களையும் வழங்குகிறது, மேலும் அவற்றின் பிபிஐ சுருக்கப் பக்கத்துடன் ஹைப்பர்லிங்க் செய்யப்பட்டுள்ளன. டெத் டொமைன் தரவுத்தளத்தில் காணப்படும் டிடி சூப்பர்ஃபேமிலி மத்தியஸ்தம் செய்யப்பட்ட பிபிஐ ஜோடிகளை மற்ற பிபிஐ தரவுத்தளங்களுடன் ஒப்பிடுவது மற்றொரு அட்டவணைப்படுத்தப்பட்ட அம்சமாகும். பயனர்களின் தரவுத்தளத்தில் Deathbase.org ஐ விட அதிக பிபிஐ ஜோடிகள் மற்றும் இன்டாக்ட் மற்றும் மின்ட் போன்ற அதே எண் இருப்பதை இந்தப் பக்கம் விளக்குகிறது. பிற வளங்கள் குறிப்புகள் வெளிப்புற இணைப்புகள் http://www.deathdomain.org http://arquivo.pt/wayback/20160515224643/http:// www. deathbase. org/Biology தரவுத்தளங்கள் புரோட்டீன் களங்கள்