Genotyping by sequencing
மரபணு வரிசைமுறைத் துறையில், வரிசைமுறையின் மூலம் மரபணு வகைப்படுத்துதல், ஜிபிஎஸ் என்றும் அழைக்கப்படுகிறது, இது மரபணு அளவிலான சங்க ஆய்வுகள் (ஜி. டபிள்யூ. ஏ. எஸ்) போன்ற மரபணு வகைப்படுத்தல் ஆய்வுகளைச் செய்வதற்காக ஒற்றை நியூக்ளியோடைடு பாலிமார்பிசம்களைக் (எஸ்என்பி) கண்டுபிடிப்பதற்கான ஒரு முறையாகும். மரபணு சிக்கல் மற்றும் பல டிஎன்ஏ மாதிரிகளை மரபணு வகைப்படுத்துவதைக் குறைக்க ஜிபிஎஸ் கட்டுப்பாட்டு என்சைம்களைப் பயன்படுத்துகிறது. செரிமானத்திற்குப் பிறகு, துண்டுகள் தொகுப்பை அதிகரிக்க பி. சி. ஆர் செய்யப்படுகிறது, பின்னர் ஜிபிஎஸ் நூலகங்கள் அடுத்த தலைமுறை வரிசைமுறை தொழில்நுட்பங்களைப் பயன்படுத்தி வரிசைப்படுத்தப்படுகின்றன, இதன் விளைவாக பொதுவாக சுமார் 100 பிபி ஒற்றை-முனை ரீட்கள் ஏற்படுகின்றன. இது ஒப்பீட்டளவில் மலிவானது மற்றும் தாவர இனப்பெருக்கத்தில் பயன்படுத்தப்படுகிறது. ஜிபிஎஸ் கட்டுப்பாடு-தளம்-தொடர்புடைய டிஎன்ஏ வரிசைமுறை (ஆர்ஏடி-செக்) முறையைப் போன்ற ஒரு அணுகுமுறையை முன்வைத்தாலும், அவை சில கணிசமான வழிகளில் வேறுபடுகின்றன. முறைகள் ஜிபிஎஸ் என்பது எஸ்என்பி கண்டுபிடிப்பு மற்றும் வரைபடத்திற்கான ஒரு வலுவான, எளிய மற்றும் மலிவு செயல்முறையாகும். ஒட்டுமொத்தமாக, இந்த அணுகுமுறை மரபணு சிக்கலைக் குறைக்கிறது, அதிக பன்முகத்தன்மை கொண்ட கட்டுப்பாட்டு என்சைம்கள் (ஆர். இ. க்கள்), திறமையான உயர்-செயல்திறன், அதிக மல்டிபிளெக்ஸ் வரிசைமுறைக்கான பெரிய மரபணு இனங்கள். பொருத்தமான ஆர். இ. களைப் பயன்படுத்துவதன் மூலம், மரபணுக்களின் மீண்டும் மீண்டும் வரும் பகுதிகளைத் தவிர்க்கலாம் மற்றும் குறைந்த நகல் பகுதிகளை இலக்காகக் கொள்ளலாம், இது மரபணு ரீதியாக மிகவும் மாறுபட்ட இனங்களில் சீரமைப்பு சிக்கல்களைக் குறைக்கிறது. இந்த முறையை முதலில் எல்ஷயர் மற்றும் பலர் விவரித்தனர். (2011). சுருக்கமாக, அதிக மூலக்கூறு எடை கொண்ட டிஎன்ஏக்கள் மரபணுவின் முக்கிய மீண்டும் மீண்டும் வரும் பின்னத்தில் அடிக்கடி வெட்டுவதன் மூலம் முன்பு வரையறுக்கப்பட்ட ஒரு குறிப்பிட்ட ஆர்இ ஐப் பயன்படுத்தி பிரித்தெடுக்கப்பட்டு செரிக்கப்படுகின்றன. அபேகி என்பது மிகவும் பயன்படுத்தப்படும் ஆர்இ ஆகும். பார்கோடு அடாப்டர்கள் பின்னர் ஒட்டும் முனைகளில் இணைக்கப்பட்டு பிசிஆர் பெருக்கம் செய்யப்படுகிறது. அடுத்த தலைமுறை வரிசைமுறை தொழில்நுட்பம் நிகழ்த்தப்படுகிறது, இதன் விளைவாக சுமார் 100 பிபி ஒற்றை-முனை ரீட்கள் உள்ளன. மூல வரிசை தரவு வடிகட்டப்பட்டு பொதுவாக பர்ரோஸ்-வீலர் சீரமைப்பு கருவி (பி. டபிள்யூ. ஏ) அல்லது பௌட்டி 2 ஐப் பயன்படுத்தி ஒரு குறிப்பு மரபணுவுடன் சீரமைக்கப்படுகிறது. அடுத்த கட்டமாக சீரமைக்கப்பட்ட குறிச்சொற்களிலிருந்து எஸ். என். பி. க்களை அடையாளம் கண்டு, கண்டுபிடிக்கப்பட்ட அனைத்து எஸ். என். பி. களையும் பல்வேறு கவரேஜ், ஆழம் மற்றும் மரபணு வகை புள்ளிவிவரங்களுக்கு மதிப்பெண் பெறுவது ஆகும். ஒரு பெரிய அளவிலான, இனங்கள் முழுவதும் SNP உற்பத்தி செய்யப்பட்டவுடன், புதிதாக வரிசைப்படுத்தப்பட்ட மாதிரிகளில் அறியப்பட்ட SNP களை விரைவாக அழைக்க முடியும். ஆரம்பத்தில் உருவாக்கப்பட்டபோது, ஜிபிஎஸ் அணுகுமுறை உயர் தெளிவுத்திறன் கொண்ட மக்காச்சோள மேப்பிங் மக்கள்தொகை (ஐபிஎம்) மற்றும் ஓரிகான் வோல்ஃப் பார்லி (ஓ. டபிள்யூ. பி) மேப்பிங் மக்கள்தொகையிலிருந்து இரட்டை ஹாப்லோயிட் (டிஹெச்) பார்லி கோடுகளிலிருந்து மறுசீரமைப்பு இனப்பெருக்க கோடுகளில் (ஆர்ஐஎல்) சோதிக்கப்பட்டு சரிபார்க்கப்பட்டது. ஜிபிஎஸ் நூலக கட்டுமானத்தின் போது 96 ஆர்இ (அபெகி) வரை செரிக்கப்பட்ட டிஎன்ஏ மாதிரிகள் ஒரே நேரத்தில் சேகரிக்கப்பட்டு செயலாக்கப்பட்டன, இது ஒரு மரபணு பகுப்பாய்வு II (இல்லுமினா, இன்க்.) இல் சரிபார்க்கப்பட்டது. மொத்தத்தில், 25,185 இருவேறு குறிச்சொற்கள் மக்காச்சோளத்திலும், 24,186 வரிசை குறிச்சொற்கள் பார்லி குறிச்சொற்களிலும் வரையப்பட்டன. ஒற்றை DH லைன் (OWB003) ஐப் பயன்படுத்தி பார்லி ஜிபிஎஸ் மார்க்கர் சரிபார்ப்பு குறிப்பு குறிப்பான்கள் மற்றும் வரைபட ஜிபிஎஸ் ரீட்களுக்கு இடையே 99 சதவீதம் உடன்பாட்டைக் காட்டியது. பார்லி ஒரு முழுமையான மரபணு வரிசை இல்லை என்றாலும், ஜிபிஎஸ் வரிசை குறிச்சொல் வரைபடத்திற்கு ஒரு குறிப்பு மரபணு தேவையில்லை, மாதிரி மரபணு வகைப்படுத்தல் செயல்பாட்டின் போது குறிப்பு உருவாக்கப்படுகிறது. குறிப்பு மரபணு இல்லாத நிலையில் மாற்று மரபணு பகுப்பாய்விற்கான மேலாதிக்க குறிப்பான்களாகவும் குறிச்சொற்கள் கருதப்படலாம். மல்டிபிளெக்ஸ் ஜிபிஎஸ் ஸ்கிம்மிங் தவிர, காணாமல் போன எஸ்என்பிக்களின் குற்றச்சாட்டு ஜிபிஎஸ் செலவுகளை மேலும் குறைக்கும் ஆற்றலைக் கொண்டுள்ளது. ஜிபிஎஸ் என்பது ஒரு பல்துறை மற்றும் செலவு குறைந்த செயல்முறையாகும், இது எந்தவொரு இனத்தின் மரபணு கட்டமைப்பைப் பற்றிய முன் அறிவு இல்லாமல் மரபணுக்களை சுரங்கப்படுத்த அனுமதிக்கும். மேலும் காண்க கட்டுப்பாட்டு தளத்துடன் தொடர்புடைய டிஎன்ஏ குறிப்பான்கள் குறிப்புகள் மரபியல் உயிரி தொழில்நுட்ப டிஎன்ஏ வரிசைமுறை