ChIP-on-chip
சிஐபி-ஆன்-சிப் (சிஐபி-சிப் என்றும் அழைக்கப்படுகிறது) என்பது குரோமாட்டின் நோயெதிர்ப்பு குறைபாட்டை ('சிஐபி') டிஎன்ஏ மைக்ரோஅரே ("சிப்") உடன் இணைக்கும் ஒரு தொழில்நுட்பமாகும். வழக்கமான சிஐபி போலவே, விவோவில் உள்ள புரதங்களுக்கும் டிஎன்ஏவிற்கும் இடையிலான தொடர்புகளை ஆராய சிஐபி-ஆன்-சிப் பயன்படுத்தப்படுகிறது. குறிப்பாக, இது மரபணு அளவிலான அடிப்படையில் டிஎன்ஏ-பிணைப்பு புரதங்களுக்கான பிணைப்பு தளங்களின் கூட்டுத்தொகையான சிஸ்ட்ரோமை அடையாளம் காண அனுமதிக்கிறது. ஆர்வமுள்ள எந்தவொரு புரதத்திற்கும் பிணைப்பு தளங்களின் இருப்பிடங்களைத் தீர்மானிக்க முழு-மரபணு பகுப்பாய்வு செய்யப்படலாம். நுட்பத்தின் பெயர் குறிப்பிடுவது போல, இத்தகைய புரதங்கள் பொதுவாக குரோமாட்டின் சூழலில் செயல்படுகின்றன. இந்த வகுப்பின் மிக முக்கியமான பிரதிநிதிகள் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகள், பிரதி தொடர்பான புரதங்கள், தோற்றம் அங்கீகாரம் சிக்கலான புரதம் (ஓ. ஆர். சி), ஹிஸ்டோன்கள், அவற்றின் மாறுபாடுகள் மற்றும் ஹிஸ்டோன் மாற்றங்கள் போன்றவை. சிஐபி-ஆன்-சிப்பின் குறிக்கோள், மரபணுவில் உள்ள செயல்பாட்டு கூறுகளை அடையாளம் காண உதவும் புரத பிணைப்பு தளங்களைக் கண்டுபிடிப்பதாகும். எடுத்துக்காட்டாக, ஒரு டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணி ஆர்வமுள்ள புரதமாக இருந்தால், மரபணு முழுவதும் அதன் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணி பிணைப்பு தளங்களை ஒருவர் தீர்மானிக்க முடியும். பிற புரதங்கள் டிஎன்ஏ பிரதிபலிப்பைக் கட்டுப்படுத்தும் ஊக்குவிப்பு பகுதிகள், மேம்பாட்டாளர்கள், அடக்கிகள் மற்றும் அமைதிப்படுத்தும் கூறுகள், மின்கடத்திகள், எல்லை கூறுகள் மற்றும் வரிசைகளை அடையாளம் காண அனுமதிக்கின்றன. ஹிஸ்டோன்கள் ஆர்வத்திற்கு உட்பட்டவை என்றால், மாற்றங்களின் விநியோகம் மற்றும் அவற்றின் உள்ளூர்மயமாக்கல்கள் ஒழுங்குமுறை வழிமுறைகளைப் பற்றிய புதிய நுண்ணறிவுகளை வழங்கக்கூடும் என்று நம்பப்படுகிறது. பல்வேறு உடலியல் நிலைமைகளின் கீழ் அனைத்து புரத-டி. என். ஏ தொடர்புகளையும் பட்டியலிடும் (தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட) உயிரினங்களின் பட்டியலை நிறுவுவதே சிஐபி-ஆன்-சிப் வடிவமைக்கப்பட்ட நீண்டகால இலக்குகளில் ஒன்றாகும். இந்த அறிவு இறுதியில் மரபணு கட்டுப்பாடு, உயிரணு பெருக்கம் மற்றும் நோய் முன்னேற்றத்தின் பின்னணியில் உள்ள இயந்திரங்களைப் புரிந்துகொள்ள உதவும். எனவே, சிஐபி-ஆன்-சிப் நியூக்ளியோடைடு மட்டத்தில் மரபணுவின் ஆர்கெஸ்ட்ரேஷன் பற்றிய நமது அறிவை பூர்த்தி செய்வதற்கான திறனையும், உயர் மட்ட தகவல் மற்றும் ஒழுங்குமுறை பற்றிய தகவல்களையும் வழங்குகிறது, ஏனெனில் இது எபிஜெனெடிக்ஸ் பற்றிய ஆராய்ச்சியால் பரப்பப்படுகிறது. தொழில்நுட்ப தளங்கள் சிஐபி-ஆன்-சிப் சோதனைகளை நடத்துவதற்கான தொழில்நுட்ப தளங்கள் டிஎன்ஏ மைக்ரோஅரேக்கள் அல்லது "சில்லுகள்" ஆகும். பல்வேறு பண்புகளின்படி அவற்றை வகைப்படுத்தலாம் மற்றும் வேறுபடுத்தலாம்ஃ ஆய்வு வகைஃ டிஎன்ஏ வரிசைகள் இயந்திர ரீதியாக காணப்பட்ட சிடிஎன்ஏக்கள் அல்லது பிசிஆர்-தயாரிப்புகள், இயந்திர ரீதியாக காணப்பட்ட ஒலிகோ நியூக்ளியோடைடுகள் அல்லது ஒலிகோ நியூக்ளியோடைடுகள் ஆகியவற்றைக் கொண்டிருக்கலாம். மைக்ரோஅரேக்களின் ஆரம்ப பதிப்புகள் வெளிப்படுத்தப்பட்ட மரபணு பகுதிகளிலிருந்து ஆர்என்ஏக்களைக் கண்டறிய வடிவமைக்கப்பட்டுள்ளன (திறந்த வாசிப்பு பிரேம்கள் அல்லது ஓஆர்எஃப்கள்). இத்தகைய வரிசைகள் மரபணு வெளிப்பாடு சுயவிவரங்களைப் படிக்க மிகவும் பொருத்தமானவை என்றாலும், சிஐபி சோதனைகளில் அவை மட்டுப்படுத்தப்பட்ட முக்கியத்துவத்தைக் கொண்டுள்ளன, ஏனெனில் இந்த நுட்பத்தைப் பொறுத்தவரை பெரும்பாலான "சுவாரஸ்யமான" புரதங்கள் இன்டர்ஜெனிக் பகுதிகளில் பிணைக்கப்படுகின்றன. இப்போதெல்லாம், தனிப்பயனாக்கப்பட்ட வரிசைகள் கூட ஒரு பரிசோதனையின் தேவைகளுக்கு ஏற்ப வடிவமைக்கப்பட்டு நன்றாக சரிசெய்யப்படலாம். மேலும், நியூக்ளியோடைடுகளின் எந்த வரிசையும் மரபணு மற்றும் இன்டர்ஜெனிக் பகுதிகளை உள்ளடக்குவதற்கு ஒருங்கிணைக்கப்படலாம். ஆய்வு அளவுஃ சி. டி. என். ஏ வரிசைகளின் ஆரம்ப பதிப்பு சுமார் 200 பிபி ஆய்வு நீளத்தைக் கொண்டிருந்தது. சமீபத்திய வரிசை பதிப்புகள் ஒலிகோஸை 70-(மைக்ரோஅரேஸ், இன்க்) முதல் 25-மெர்ஸ் (அஃபிமெட்ரிக்ஸ்) வரை பயன்படுத்துகின்றன. (பிப்ரவரி 2007) ஆய்வு கலவை-ஓடுகள் மற்றும் ஓடுகள் இல்லாத டிஎன்ஏ வரிசைகள் உள்ளன. டைல் இல்லாத வரிசைகள் இடஞ்சார்ந்த அளவுகோல்களின்படி தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட ஆய்வுகளைப் பயன்படுத்துகின்றன, அதாவது, ஆய்வுகளாகப் பயன்படுத்தப்படும் டிஎன்ஏ வரிசைகள் மரபணுவில் நிலையான தூரங்களைக் கொண்டிருக்கவில்லை. இருப்பினும், ஓடுகள் கொண்ட வரிசைகள், ஒரு மரபணு பகுதியைத் தேர்ந்தெடுத்து (அல்லது ஒரு முழு மரபணு கூட) அதை சம துண்டுகளாகப் பிரிக்கின்றன. அத்தகைய பகுதி ஓடுகள் கொண்ட பாதை என்று அழைக்கப்படுகிறது. ஒவ்வொரு ஜோடி அண்டை துண்டுகளுக்கும் இடையிலான சராசரி தூரம் (ஒவ்வொரு துண்டின் மையத்திலிருந்தும் அளவிடப்படுகிறது) ஓடுகள் கொண்ட பாதையின் தெளிவுத்திறனை அளிக்கிறது. ஒரு பாதை ஒன்றுடன் ஒன்று, முடிவிலிருந்து இறுதி அல்லது இடைவெளியில் இருக்கலாம். வரிசை அளவுஃ சிஐபி-ஆன்-சிப்பில் பயன்படுத்தப்பட்ட முதல் மைக்ரோஅரேக்கள் ஈஸ்ட் மரபணுவிலிருந்து அனைத்து ஓஆர்எஃப்கள் மற்றும் இன்டர்ஜெனிக் பகுதிகளைக் குறிக்கும் சுமார் 13,000 புள்ளி டிஎன்ஏ பிரிவுகளைக் கொண்டிருந்தன. இப்போதெல்லாம், அஃபிமெட்ரிக்ஸ் 5 பிபி தெளிவுத்திறனுடன் முழு-மரபணு ஓடுகள் கொண்ட ஈஸ்ட் வரிசைகளை வழங்குகிறது (அனைத்தும் மொத்தம் 32 லட்சம் ஆய்வுகளில்). மனித மரபணுவுக்கான ஓடுகள் கொண்ட வரிசைகளும் மேலும் மேலும் சக்திவாய்ந்ததாக மாறுகின்றன. ஒரு உதாரணத்திற்கு, அஃபிமெட்ரிக்ஸ் சுமார் 90 மில்லியன் ஆய்வுகளுடன் ஏழு வரிசைகளின் தொகுப்பை வழங்குகிறது, இது மனித மரபணுவின் முழுமையான தொடர்ச்சியற்ற பகுதியை சுமார் 35 பிபி இடைவெளியில் பரப்புகிறது. (பிப்ரவரி 2007) உண்மையான மைக்ரோ அரே தவிர, சிஐபி-ஆன்-சிப் சோதனைகளை இயக்க மற்ற கடின மற்றும் மென்பொருள் உபகரணங்கள் அவசியம். பொதுவாக ஒரு நிறுவனத்தின் மைக்ரோஅரேக்களை மற்றொரு நிறுவனத்தின் செயலாக்க வன்பொருளால் பகுப்பாய்வு செய்ய முடியாது. எனவே, ஒரு வரிசையை வாங்குவதற்கு தொடர்புடைய பணிப்பாய்வு உபகரணங்களையும் வாங்க வேண்டும். மிக முக்கியமான கூறுகள், மற்றவற்றுடன், கலப்பின அடுப்புகள், சிப் ஸ்கேனர்கள் மற்றும் மூல தரவுகளின் அடுத்தடுத்த எண் பகுப்பாய்விற்கான மென்பொருள் தொகுப்புகள் ஆகும். ஒரு சிஐபி-ஆன்-சிப் பரிசோதனையின் பணிப்பாய்வு ஒரு உயிரியல் கேள்வியுடன் தொடங்கி, ஒரு சிஐபி-ஆன்-சிப் பரிசோதனையை மூன்று முக்கிய படிகளாகப் பிரிக்கலாம்ஃ முதலாவது பொருத்தமான வரிசை மற்றும் ஆய்வு வகையைத் தேர்ந்தெடுப்பதன் மூலம் பரிசோதனையை அமைத்து வடிவமைப்பதாகும். இரண்டாவதாக, உண்மையான பரிசோதனை ஈரமான ஆய்வகத்தில் செய்யப்படுகிறது. கடைசியாக, சுழற்சியின் உலர்-ஆய்வகப் பகுதியின் போது, சேகரிக்கப்பட்ட தரவு பகுப்பாய்வு செய்யப்படுகிறது, இது ஆரம்ப கேள்விக்கு பதிலளிக்க அல்லது புதிய கேள்விகளுக்கு வழிவகுக்கும், இதனால் சுழற்சி மீண்டும் தொடங்க முடியும். பணிப்பாய்வின் ஈரமான ஆய்வகப் பகுதி முதல் கட்டத்தில், ஆர்வமுள்ள புரதம் (பிஓஐ) டிஎன்ஏ தளத்துடன் குறுக்கு இணைக்கப்பட்டுள்ளது, இது இன் விட்ரோ சூழலில் பிணைக்கப்பட்டுள்ளது. வழக்கமாக இது ஒரு மென்மையான ஃபார்மால்டிஹைட் நிலைப்படுத்தல் மூலம் செய்யப்படுகிறது, இது வெப்பத்துடன் மாற்றியமைக்கப்படுகிறது. பின்னர், செல்கள் லைஸ் செய்யப்பட்டு, டிஎன்ஏ சோனிகேஷன் அல்லது மைக்ரோகோக்கல் நியூக்ளியேஸைப் பயன்படுத்தி வெட்டப்படுகிறது. இதன் விளைவாக டிஎன்ஏ துண்டுகளின் இரட்டை இழைகள், பொதுவாக 1 கேபி அல்லது அதற்கும் குறைவான நீளம் இருக்கும். பிஓஐ உடன் குறுக்கு இணைக்கப்பட்டவை பிஓஐ-டிஎன்ஏ வளாகத்தை உருவாக்குகின்றன. அடுத்த கட்டத்தில், இந்த வளாகங்கள் மட்டுமே டிஎன்ஏ துண்டுகளின் தொகுப்பிலிருந்து வடிகட்டப்படுகின்றன, பிஓஐக்கு குறிப்பிட்ட ஆன்டிபாடியைப் பயன்படுத்துகின்றன. ஆன்டிபாடிகள் ஒரு திடமான மேற்பரப்பில் இணைக்கப்படலாம், ஒரு காந்த மணியைக் கொண்டிருக்கலாம் அல்லது குறுக்கு இணைக்கப்பட்ட வளாகங்கள் மற்றும் வரம்பற்ற துண்டுகளைப் பிரிக்க அனுமதிக்கும் வேறு சில இயற்பியல் பண்புகளைக் கொண்டிருக்கலாம். இந்த செயல்முறை அடிப்படையில் புரதத்தின் நோயெதிர்ப்பு ஊடுருவல் (ஐபி) ஆகும். குறிச்சொல்லுக்கு எதிராக ஒரு ஆன்டிபாடியுடன் குறிக்கப்பட்ட புரதத்தைப் பயன்படுத்துவதன் மூலம் இதைச் செய்யலாம் (எ. கா. எஃப்எல்ஏஜி, எச்ஏ, சி-மைக்) அல்லது சொந்த புரதத்திற்கு ஒரு ஆன்டிபாடியுடன். பி. ஓ. ஐ-டி. என். ஏ வளாகங்களின் குறுக்கு இணைப்பு தலைகீழாக மாறுகிறது (பொதுவாக வெப்பமாக்குவதன் மூலம்) மற்றும் டிஎன்ஏ இழைகள் சுத்திகரிக்கப்படுகின்றன. மீதமுள்ள பணிப்பாய்வுக்கு, பிஓஐ இனி தேவையில்லை. பெருக்கம் மற்றும் சிதைவு நடவடிக்கைக்குப் பிறகு, ஒற்றை இழையுள்ள டிஎன்ஏ துண்டுகள் சை 5 அல்லது அலெக்சா 647 போன்ற ஃப்ளோரசன்ட் குறிச்சொல்லுடன் பெயரிடப்படுகின்றன. இறுதியாக, துண்டுகள் டிஎன்ஏ மைக்ரோஅரேயின் மேற்பரப்பில் ஊற்றப்படுகின்றன, இது குறுகிய, ஒற்றை-இழைகள் கொண்ட வரிசைகளுடன் காணப்படுகிறது, இது ஆர்வத்தின் மரபணு பகுதியை உள்ளடக்கியது. பெயரிடப்பட்ட ஒரு துண்டு வரிசையில் ஒரு நிரப்பு துண்டைக் கண்டுபிடிக்கும் போதெல்லாம், அவை கலப்பினமாகி மீண்டும் இரட்டை இழைகள் கொண்ட டிஎன்ஏ துண்டுகளை உருவாக்கும். பணிப்பாய்வின் உலர்-ஆய்வக பகுதி கலப்பினத்தை அனுமதிக்க போதுமான பெரிய காலக்கெடுவுக்குப் பிறகு, வரிசை ஒளிரும் ஒளியுடன் ஒளிரும். பெயரிடப்பட்ட துண்டுகளில் ஒன்றுக்கு கலப்பினமாக இருக்கும் வரிசையில் உள்ள அந்த ஆய்வுகள் ஒரு ஒளி சமிக்ஞையை வெளியிடுகின்றன, இது ஒரு கேமராவால் பிடிக்கப்படுகிறது. இந்த படத்தில் பணிப்பாய்வின் மீதமுள்ள பகுதிக்கான அனைத்து மூல தரவுகளும் உள்ளன. தவறான வண்ணப் படமாக குறியிடப்பட்ட இந்த மூல தரவு, உண்மையான பகுப்பாய்வு செய்யப்படுவதற்கு முன்பு எண் மதிப்புகளாக மாற்றப்பட வேண்டும். மூல தரவுகளின் பகுப்பாய்வு மற்றும் தகவல் பிரித்தெடுத்தல் பெரும்பாலும் சிஐபி-ஆன்-சிப் சோதனைகளுக்கு மிகவும் சவாலான பகுதியாக உள்ளது. பணிப்பாய்வின் இந்த பகுதி முழுவதும் சிக்கல்கள் எழுகின்றன, ஆரம்ப சிப் ரீட்-அவுட் முதல், பின்னணி சத்தத்தைக் கழிப்பதற்கான பொருத்தமான முறைகள் வரை, இறுதியாக தரவை இயல்பாக்கி, அடுத்தடுத்த புள்ளிவிவர பகுப்பாய்விற்கு கிடைக்கச் செய்யும் பொருத்தமான வழிமுறைகள் வரை, இது சோதனை உரையாற்ற விரும்பும் உயிரியல் கேள்வியைப் பற்றிய சிறந்த புரிதலுக்கு வழிவகுக்கும். மேலும், வெவ்வேறு வரிசை தளங்கள் மற்றும் அவற்றுக்கிடையே தரப்படுத்தல் இல்லாததால், தரவு சேமிப்பு மற்றும் பரிமாற்றம் ஒரு பெரிய பிரச்சினையாகும். பொதுவாக, தரவு பகுப்பாய்வை மூன்று முக்கிய படிகளாகப் பிரிக்கலாம்ஃ முதல் கட்டத்தின் போது, அதே அல்லது இரண்டாவது சிப்பிலிருந்து பெறப்பட்ட கட்டுப்பாட்டு சமிக்ஞைகளைப் பயன்படுத்தி, வரிசையில் இருந்து கைப்பற்றப்பட்ட ஃப்ளோரசன்ஸ் சமிக்ஞைகள் இயல்பாக்கப்படுகின்றன. இத்தகைய கட்டுப்பாட்டு சமிக்ஞைகள் வரிசையில் எந்த ஆய்வுகள் சரியாக கலப்பினமாக்கப்பட்டன, எவை குறிப்பிடப்படாத வகையில் பிணைக்கப்பட்டன என்பதைக் கூறுகின்றன. இரண்டாவது கட்டத்தில், மரபணுவுடன் பிஓஐ செறிவூட்டப்பட்ட பகுதிகளை அடையாளம் காண தரவு மற்றும் ஐபி பின்னத் தரவைக் கட்டுப்படுத்த எண் மற்றும் புள்ளிவிவர சோதனைகள் பயன்படுத்தப்படுகின்றன. பின்வரும் மூன்று முறைகள் பரவலாகப் பயன்படுத்தப்படுகின்றனஃ சராசரி சதவீத தரவரிசை, ஒற்றை வரிசை பிழை மற்றும் நெகிழ் சாளரம். இந்த முறைகள் பொதுவாக குறைந்த தீவிரம் கொண்ட சமிக்ஞைகள் எவ்வாறு கையாளப்படுகின்றன, எவ்வளவு பின்னணி சத்தம் ஏற்றுக்கொள்ளப்படுகிறது மற்றும் கணக்கீட்டின் போது தரவுகளுக்கான எந்த பண்பு வலியுறுத்தப்படுகிறது என்பதில் வேறுபடுகின்றன. சமீப காலங்களில், ஸ்லைடிங்-விண்டோ அணுகுமுறை விரும்பத்தக்கதாகத் தெரிகிறது மற்றும் பெரும்பாலும் மிகவும் சக்திவாய்ந்ததாக விவரிக்கப்படுகிறது. மூன்றாவது கட்டத்தில், இந்த பகுதிகள் மேலும் பகுப்பாய்வு செய்யப்படுகின்றன. எடுத்துக்காட்டாக, பிஓஐ ஒரு டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணியாக இருந்தால், அத்தகைய பகுதிகள் அதன் பிணைப்பு தளங்களைக் குறிக்கும். அடுத்தடுத்த பகுப்பாய்வு பின்னர் மரபணுவின் செயல்பாட்டு சிறுகுறிப்பை அனுமதிக்க நியூக்ளியோடைடு மையக்கருத்துக்கள் மற்றும் பிற வடிவங்களை ஊகிக்க விரும்பலாம். பலம் மற்றும் பலவீனங்கள் ஓடுகள் கொண்ட வரிசைகளைப் பயன்படுத்தி, சிஐபி-ஆன்-சிப் மரபணு அளவிலான வரைபடங்களின் உயர் தெளிவுத்திறனை அனுமதிக்கிறது. இந்த வரைபடங்கள் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகள் மற்றும் குரோமாட்டின் மாற்றங்கள் போன்ற பல டிஎன்ஏ-பிணைப்பு புரதங்களின் பிணைப்பு தளங்களை தீர்மானிக்க முடியும். சிஐபி-ஆன்-சிப் மரபியல் துறையில் ஒரு சக்திவாய்ந்த நுட்பமாக இருந்தாலும், இது மிகவும் விலை உயர்ந்தது. சிஐபி-ஆன்-சிப்பைப் பயன்படுத்தி வெளியிடப்பட்ட பெரும்பாலான ஆய்வுகள் உயிரியல் ரீதியாக அர்த்தமுள்ள வரைபடங்களை உறுதிப்படுத்த தங்கள் சோதனைகளை குறைந்தது மூன்று முறை மீண்டும் செய்கின்றன. டிஎன்ஏ மைக்ரோஅரேக்களின் விலை பெரும்பாலும் ஒரு ஆய்வகம் சிஐபி-ஆன்-சிப் பரிசோதனையைத் தொடர வேண்டுமா என்பதற்கு ஒரு வரம்புக்குட்பட்ட காரணியாகும். மற்றொரு வரம்பு டிஎன்ஏ துண்டுகளின் அளவை அடைய முடியும். பெரும்பாலான சிஐபி-ஆன்-சிப் நெறிமுறைகள் டிஎன்ஏவை சிறிய துண்டுகளாக உடைக்கும் ஒரு முறையாக சோனிகேஷனைப் பயன்படுத்துகின்றன. இருப்பினும், சோனிகேஷன் 200 பிபி என்ற குறைந்தபட்ச துண்டு அளவிற்கு மட்டுப்படுத்தப்பட்டுள்ளது. உயர் தெளிவுத்திறன் கொண்ட வரைபடங்களுக்கு, சிறிய துண்டுகளை அடைய இந்த வரம்பை கடக்க வேண்டும், முன்னுரிமை ஒற்றை நியூக்ளியோசோம் தீர்மானத்திற்கு. முன்பு குறிப்பிட்டபடி, வரிசைகளிலிருந்து உருவாக்கப்படும் பெரிய அளவிலான தரவுகளின் புள்ளிவிவர பகுப்பாய்வு ஒரு சவாலாகும், மேலும் இயல்பாக்குதல் நடைமுறைகள் கலைப்பொருட்களைக் குறைப்பதையும் உண்மையில் உயிரியல் ரீதியாக முக்கியத்துவம் வாய்ந்தவற்றைத் தீர்மானிப்பதையும் நோக்கமாகக் கொண்டிருக்க வேண்டும். இதுவரை, பாலூட்டி மரபணுக்களுக்கான பயன்பாடு ஒரு பெரிய வரம்பாக இருந்து வருகிறது, எடுத்துக்காட்டாக, மரபணுவின் குறிப்பிடத்தக்க சதவீதம் காரணமாக இது மீண்டும் மீண்டும் பயன்படுத்தப்படுகிறது. இருப்பினும், சிஐபி-ஆன்-சிப் தொழில்நுட்பம் முன்னேறும்போது, உயர் தெளிவுத்திறன் கொண்ட முழு பாலூட்டி மரபணு வரைபடங்களை அடைய முடியும். சிஐபி-ஆன்-சிப்பிற்கு பயன்படுத்தப்படும் ஆன்டிபாடிகள் ஒரு முக்கியமான கட்டுப்படுத்தும் காரணியாக இருக்கலாம். சிஐபி-ஆன்-சிப்-க்கு மிகவும் குறிப்பிட்ட ஆன்டிபாடிகள் தேவைப்படுகின்றன, அவை அதன் எபிடோப்பை இலவச கரைசலிலும் நிலையான நிலைமைகளிலும் அடையாளம் காண வேண்டும். குறுக்கு-இணைக்கப்பட்ட குரோமாடினை வெற்றிகரமாக நோய்த்தடுப்பு ஊடுருவல் நிரூபிக்கப்பட்டால், அது "சிஐபி-கிரேடு" என்று அழைக்கப்படுகிறது. சிஐபி-தர ஆன்டிபாடிகளை வழங்கும் நிறுவனங்களில் அப்கேம், செல் சிக்னலிங் டெக்னாலஜி, சாண்டா குரூஸ் மற்றும் அப்ஸ்டேட் ஆகியவை அடங்கும். குறிப்பிட்ட சிக்கலை சமாளிக்க, ஆர்வமுள்ள புரதத்தை எஃப். எல். ஏ. ஜி அல்லது எச். ஏ போன்ற குறிச்சொல்லுடன் இணைக்கலாம், அவை ஆன்டிபாடிகளால் அங்கீகரிக்கப்படுகின்றன. ஆன்டிபாடிகள் தேவையில்லாத சிஐபி-ஆன்-சிபுக்கு மாற்றாக டாமிட் உள்ளது. H3 ட்ரை மெத்தில் K4 போன்ற ஒரு குறிப்பிட்ட ஹிஸ்டோன் மாற்றத்திற்கு எதிரான ஆன்டிபாடிகளும் கிடைக்கின்றன. முன்பு குறிப்பிட்டபடி, இந்த ஆன்டிபாடிகள் மற்றும் சிஐபி-ஆன்-சிப் ஆகியவற்றின் கலவையானது ஹிஸ்டோன் மாற்ற முறைகளின் முழு மரபணு பகுப்பாய்வையும் தீர்மானிப்பதில் மிகவும் சக்திவாய்ந்ததாக மாறியுள்ளது, மேலும் ஹிஸ்டோன் குறியீடு மற்றும் எபிஜெனெடிக்ஸ் பற்றிய நமது புரிதலுக்கு இது பெரிதும் பங்களிக்கும். டிஎன்ஏ பிணைப்பு புரதங்களின் குறிப்பிட்ட தன்மையை நிரூபிக்கும் ஒரு ஆய்வு பிஎல்ஓஎஸ் உயிரியலில் வெளியிடப்பட்டுள்ளது. எந்தவொரு சிஐபி-சிப் பரிசோதனையிலும் செயல்பாட்டு பொருத்தத்தின் மாற்று உறுதிப்படுத்தல் ஒரு அவசியமான படியாகும் என்பதை இது குறிக்கிறது. வளர்ந்து வரும் ஈஸ்ட் குரோமோசோம் III உடன் கோஹேசின் பரவலை பகுப்பாய்வு செய்ய 1999 ஆம் ஆண்டில் முதல் சிஐபி-ஆன்-சிப் சோதனை நடத்தப்பட்டது. மரபணு முழுமையாக குறிப்பிடப்படவில்லை என்றாலும், இந்த ஆய்வில் உள்ள நெறிமுறை பிற்கால ஆய்வுகளில் பயன்படுத்தப்பட்டதற்கு சமமாக உள்ளது. சிஐபி-ஆன்-சிப் நுட்பம் மரபணுவின் அனைத்து ஓஆர்எஃப்களையும் பயன்படுத்தி (இருப்பினும் அது முழுமையடையாமல், இன்டர்ஜெனிக் பகுதிகளைக் காணவில்லை) பின்னர் 2000 மற்றும் 2001 ஆம் ஆண்டுகளில் வெளியிடப்பட்ட மூன்று ஆவணங்களில் வெற்றிகரமாகப் பயன்படுத்தப்பட்டது. வளர்ந்து வரும் ஈஸ்ட் சாக்கரோமைசஸ் செரிவிசியாவில் தனிப்பட்ட டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகளுக்கான பிணைப்பு தளங்களை ஆசிரியர்கள் அடையாளம் கண்டனர். 2002 ஆம் ஆண்டில், ரிச்சர்ட் யங்கின் குழு ஈஸ்டில் சி-மைக் குறிச்சொல் முறையைப் பயன்படுத்தி 106 டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகளின் மரபணு அளவிலான நிலைகளை தீர்மானித்தது. பாலூட்டி சிஐபி-ஆன்-சிப் நுட்பத்தின் முதல் செயல்விளக்கம் பலவீனமான மற்றும் வலுவான ஈ2எஃப் பிணைப்பு தளத்தைக் கொண்ட ஒன்பது குரோமாட்டின் துண்டுகளை தனிமைப்படுத்துவதாக அறிவித்தது, இது பெக்கி ஃபார்ன்ஹாமின் ஆய்வகத்தால் மைக்கேல் ஜாங்கின் ஆய்வகத்துடன் இணைந்து 2001 இல் வெளியிடப்பட்டது. இந்த ஆய்வு பல மாதங்களுக்குப் பிறகு யங் ஆய்வகத்திற்கும் பிரையன் டின்லாக்ட்டின் ஆய்வகத்திற்கும் இடையிலான ஒத்துழைப்பில் பின்பற்றப்பட்டது, இது சிஐபி-ஆன்-சிப் நுட்பத்தைப் பயன்படுத்தி முதல் முறையாக டிஎன்ஏ சேத சோதனைச் சாவடி மற்றும் பழுதுபார்க்கும் பாதைகளின் குறியாக்க கூறுகளையும், குரோமாட்டின் அசெம்பிளி/ஒடுக்கம், குரோமோசோம் பிரிப்பு மற்றும் மைட்டோடிக் சுழல் சோதனைச் சாவடி ஆகியவற்றில் உள்ள காரணிகளையும் குறிவைக்கிறது என்பதைக் காட்டுகிறது. அப்போதிருந்து, ஹிஸ்டோன் மாற்றங்கள் மற்றும் பல டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகளின் மரபணு அளவிலான வரைபடங்களை தீர்மானிப்பதில் சிஐபி-ஆன்-சிப் ஒரு சக்திவாய்ந்த கருவியாக மாறியுள்ளது. பெரிய மற்றும் மீண்டும் மீண்டும் நிகழும் மரபணுக்கள் காரணமாக பாலூட்டி அமைப்புகளில் சிஐபி-ஆன்-சிப் கடினமாக உள்ளது. எனவே, பாலூட்டி உயிரணுக்களில் பல ஆய்வுகள் தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட ஊக்குவிப்பு பகுதிகளில் கவனம் செலுத்தியுள்ளன, அவை டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகளை பிணைக்கும் என்று கணிக்கப்பட்டுள்ளன மற்றும் முழு மரபணுவையும் பகுப்பாய்வு செய்யவில்லை. இருப்பினும், முழு பாலூட்டி மரபணு வரிசைகள் சமீபத்தில் நிம்பிள்ஜென் போன்ற நிறுவனங்களிலிருந்து வணிக ரீதியாக கிடைக்கின்றன. எதிர்காலத்தில், சிஐபி-ஆன்-சிப் வரிசைகள் மேலும் மேலும் முன்னேறும்போது, டிஎன்ஏ-பிணைப்பு புரதங்கள் மற்றும் பாலூட்டிகளுக்கான குரோமாட்டின் கூறுகளின் உயர் தெளிவுத்திறன் கொண்ட முழு மரபணு வரைபடங்களும் இன்னும் விரிவாக பகுப்பாய்வு செய்யப்படும். 2007 ஆம் ஆண்டில் அறிமுகப்படுத்தப்பட்ட மாற்றுகள், சிஐபி வரிசைமுறை (சிஐபி-செக்) என்பது டிஎன்ஏவுடன் ஆர்வமுள்ள புரதங்களை இணைக்க குரோமாட்டின் நோயெதிர்ப்பு குறைபாட்டைப் பயன்படுத்தும் ஒரு தொழில்நுட்பமாகும், ஆனால் பின்னர் ஒரு மைக்ரோ-வரிசையைப் பயன்படுத்துவதற்குப் பதிலாக, இது மிகவும் துல்லியமான, அதிக செயல்திறன் முறையைப் பயன்படுத்துகிறது. டாமிட் என்பது ஆன்டிபாடிகள் தேவையில்லாத ஒரு மாற்று முறையாகும். சிஐபி-எக்ஸோ ஒற்றை அடிப்படை ஜோடி தீர்மானம் வரை அடைய எக்ஸோ நியூக்ளியேஸ் சிகிச்சையைப் பயன்படுத்துகிறது. சிஐபியின் சில தொழில்நுட்ப வரம்புகளை நிவர்த்தி செய்ய CUT & RUN வரிசைமுறை இலக்கு நொதி பிளவுடன் ஆன்டிபாடி அங்கீகாரத்தைப் பயன்படுத்துகிறது. குறிப்புகள் மேலும் வாசிப்பு வெளிப்புற இணைப்புகள் http://www.genome.gov/10005107 ENCODE திட்டம் சிப்-ஆன்-சிப் (CoC) தொகுப்பு அம்கோர் தொழில்நுட்ப பகுப்பாய்வு மற்றும் மென்பொருளிலிருந்து தகவல் CoCAS: சுறுசுறுப்பான சிப்-ஆன்-சிப் சோதனைகளுக்கான ஒரு இலவச பகுப்பாய்வு மென்பொருள் rMAT: டைலிங் வரிசைகள் மற்றும் சிப்-சிப் தரவை இயல்பாக்கவும் பகுப்பாய்வு செய்யவும் MAT நிரலில் இருந்து R செயல்படுத்தல். மரபியல் நுட்பங்கள் மூலக்கூறு உயிரியல் மூலக்கூறு உயிரியல் நுட்பங்கள் புரத முறைகள் உயிர் தகவலியல் மைக்ரோஅரேக்கள்