Biomolecular Object Network Databank
பயோமாலிக்யூலர் ஆப்ஜெக்ட் நெட்வொர்க் டேட்டாபேங்க் என்பது சிறிய மூலக்கூறு கட்டமைப்புகள் மற்றும் தொடர்புகள் பற்றிய தகவல்களைக் கொண்ட ஒரு உயிர் தகவலியல் தரவுத்தளமாகும். கொடுக்கப்பட்ட மூலக்கூறுக்கு தற்போது கிடைக்கும் தகவல்களின் விரிவான கண்ணோட்டத்தை வழங்க தரவுத்தளம் தற்போதுள்ள பல தரவுத்தளங்களை ஒருங்கிணைக்கிறது. பின்னணி புளூபிரிண்ட் முன்முயற்சி டொராண்டோவில் உள்ள மவுண்ட் சினாய் மருத்துவமனையில் உள்ள சாமுவேல் லுனென்ஃபீல்ட் ஆராய்ச்சி நிறுவனத்தில் டாக்டர் கிறிஸ்டோபர் ஹாக் ஆய்வகத்தில் ஒரு ஆராய்ச்சி திட்டமாக தொடங்கியது. டிசம்பர் 14,2005 அன்று, அன்லீஷெட் இன்ஃபர்மேட்டிக்ஸ் லிமிடெட் தி புளூபிரிண்ட் முன்முயற்சி அறிவுசார் சொத்துரிமையின் வணிக உரிமைகளை வாங்கியது. இதில் புரோட்டீன் இன்டராக்ஷன் டேட்டாபேஸ் பி. ஐ. என். டி, சிறிய மூலக்கூறு இன்டராக்ஷன் டேட்டாபேஸ் எஸ். எம். ஐ. டி மற்றும் தரவுக் கிடங்கு செக்ஹவுண்ட் ஆகியவற்றின் உரிமைகளும் அடங்கும். அன்லீஷட் இன்ஃபர்மேட்டிக்ஸ் என்பது ஒரு தரவு மேலாண்மை சேவை வழங்குநராகும், மேலும் டாக்டர் ஹாக் வழிகாட்டுதலின் கீழ் தி புளூபிரிண்ட் முன்முயற்சியின் மேலாண்மை மற்றும் தொகுப்பை மேற்பார்வையிடுகிறது. கட்டுமான பாண்ட் அசல் புளூபிரிண்ட் முன்முயற்சி தரவுத்தளங்களையும், ஜென்பேங்க் போன்ற பிற தரவுத்தளங்களையும் இந்த தரவை பகுப்பாய்வு செய்யத் தேவையான பல கருவிகளுடன் ஒருங்கிணைக்கிறது. வரிவிதிப்பு அடையாளங்காட்டிகள், தேவையற்ற வரிசைகள், மரபணு ஆன்டாலஜி விளக்கங்கள், மனித அடையாளங்காட்டிகளில் ஆன்லைன் மெண்டேலியன் பரம்பரை, பாதுகாக்கப்பட்ட களங்கள், தரவு அடிப்படை குறுக்கு-குறிப்புகள், லோகஸ்லிங்க் அடையாளங்காட்டிகள் மற்றும் முழுமையான மரபணுக்கள் உள்ளிட்ட வரிசைகளுக்கான சிறுகுறிப்பு இணைப்புகளும் கிடைக்கின்றன. BOND குறுக்கு-தரவுத்தள வினவல்களை எளிதாக்குகிறது மற்றும் தொடர்பு மற்றும் வரிசை தரவை ஒருங்கிணைக்கும் ஒரு திறந்த அணுகல் வளமாகும். சிறிய மூலக்கூறு தொடர்பு தரவுத்தளம் (எஸ். எம். ஐ. டி) சிறிய மூலக்கூறு தொடர்பு தரவுத்தளம் என்பது புரத களம்-சிறிய மூலக்கூறு தொடர்புகளைக் கொண்ட ஒரு தரவுத்தளமாகும். பாதுகாக்கப்பட்ட களத் தரவுத்தளத்தில் (சி. டி. டி) காணப்படும் களக் குடும்பங்களை அடையாளம் காண இது ஒரு கள அடிப்படையிலான அணுகுமுறையைப் பயன்படுத்துகிறது, அவை ஒரு வினவல் சிறிய மூலக்கூறுடன் தொடர்பு கொள்கின்றன. என். சி. பி. ஐ. யின் சி. டி. டி பல்வேறு ஆதாரங்களிலிருந்து தரவை ஒருங்கிணைக்கிறது; புரோட்டீன் ஃபேமிலிஸ் (பி. எஃப். ஏ. எம்), சிம்பிள் மாடுலர் ஆர்கிடெக்சர் ரிசர்ச் டூல் (எஸ். எம். ஏ. ஆர். டி), கிளஸ்டர் ஆஃப் ஆர்த்தோலோகஸ் ஜீன்ஸ் (சிஓஜி) மற்றும் என். சி. பி. ஐ. யின் சொந்த தொகுக்கப்பட்ட வரிசைகள். அறியப்பட்ட புரத படிக கட்டமைப்புகளின் தரவுத்தளமான புரோட்டீன் தரவு வங்கியிலிருந்து (பி. டி. பி) எஸ். எம். ஐ. டி. யில் உள்ள தரவு பெறப்படுகிறது. புரதம் ஜிஐ, டொமைன் அடையாளங்காட்டி, பிடிபி ஐடி அல்லது எஸ்எம்ஐடி ஐடி ஆகியவற்றை உள்ளிடுவதன் மூலம் எஸ்எம்ஐடி கேட்கப்படலாம். ஒரு தேடலின் முடிவுகள் தரவுத்தளத்தில் அடையாளம் காணப்பட்ட ஒவ்வொரு தொடர்புக்கும் சிறிய மூலக்கூறு, புரதம் மற்றும் களத் தகவல்களை வழங்குகின்றன. உயிரியல் அல்லாத தொடர்புகளுடனான தொடர்புகள் பொதுவாக இயல்பாகவே திரையிடப்படுகின்றன. எஸ்எம்ஐடி-பிளாஸ்ட் என்பது அறியப்பட்ட சிறிய மூலக்கூறு பிணைப்பு தளங்களை குறிக்கவும், படிக கட்டமைப்புகள் இன்னும் தீர்மானிக்கப்படாத புரதங்களில் பிணைப்பு தளங்களை கணிக்கவும் உருவாக்கப்பட்ட ஒரு கருவியாகும். PDB இல் காணப்படும் அறியப்பட்ட தொடர்புகளின் எக்ஸ்ட்ராபோலேஷனை அடிப்படையாகக் கொண்டது, ஒரு சிறிய மூலக்கூறு ஆர்வத்துடன் படிகப்படுத்தப்படாத புரதத்திற்கு இடையிலான தொடர்புகளுக்கு. பி. டி. பியிலிருந்து அறியப்பட்ட சிறிய மூலக்கூறு தொடர்புகளின் சோதனை தொகுப்புக்கு எதிராக எஸ். எம். ஐ. டி-பிளாஸ்ட் சரிபார்க்கப்பட்டது. இது புரத-சிறிய மூலக்கூறு தொடர்புகளின் துல்லியமான முன்கணிப்பாளராகக் காட்டப்பட்டது; கணிக்கப்பட்ட தொடர்புகளில் 60 சதவீதம் பி. டி. பி சிறுகுறிப்பு பிணைப்பு தளத்துடன் ஒத்திருந்தது, மேலும் இவற்றில் 73 சதவீதம் புரதத்தின் பிணைப்பு எச்சங்களில் 80 சதவீதத்திற்கும் அதிகமாக சரியாக அடையாளம் காணப்பட்டது. ஹாக், சி மற்றும் பலர். பி. டி. பி தரவுகளில் கவனிக்கப்படாத கணிப்புகளில் 45 சதவீதம் உண்மையில் உண்மையான நேர்மறைகளைக் குறிக்கின்றன என்று மதிப்பிடப்பட்டுள்ளது. அறியப்பட்ட அனைத்து மூலக்கூறு தொடர்புகளையும் ஆவணப்படுத்த ஒரு தரவுத்தளத்தின் யோசனை முதலில் 1990 களில் டோனி பாவ்சனால் முன்வைக்கப்பட்டது, பின்னர் பிரிட்டிஷ் கொலம்பியா பல்கலைக்கழகத்துடன் இணைந்து டொராண்டோ பல்கலைக்கழக விஞ்ஞானிகளால் உருவாக்கப்பட்டது. பயோமாலிக்யூலர் இன்டராக்ஷன் நெட்வொர்க் டேட்டாபேஸ் (பி. ஐ. என். டி) வளர்ச்சிக்கு கனடியன் இன்ஸ்டிடியூட் ஆஃப் ஹெல்த் ரிசர்ச் (சி. ஐ. எச். ஆர்), ஜீனோம் கனடா, கனடியன் ஃபவுண்டேஷன் ஃபார் இன்னோவேஷன் மற்றும் ஒன்ராறியோ ரிசர்ச் அண்ட் டெவலப்மென்ட் ஃபண்ட் ஆகியவற்றின் மானியங்கள் ஆதரவளித்துள்ளன. உயிரி மூலக்கூறு தொடர்புகள், மூலக்கூறு வளாகங்கள் மற்றும் பாதைகள் தொடர்பான தகவல்களுக்காக தொடர்ந்து வளர்ந்து வரும் வைப்புத்தொகையாக பி. ஐ. என். டி முதலில் வடிவமைக்கப்பட்டது. புரோட்டியோமிக்ஸ் என்பது வேகமாக முன்னேறி வரும் துறையாக இருப்பதால், விஞ்ஞான இதழ்களில் இருந்து தகவல்களை ஆராய்ச்சியாளர்களுக்கு உடனடியாக கிடைக்க வேண்டிய அவசியம் உள்ளது. செல்லுலார் செயல்முறைகளில் ஈடுபடும் மூலக்கூறு தொடர்புகள் மற்றும் பாதைகள் பற்றிய புரிதலை பி. ஐ. என். டி எளிதாக்குகிறது, மேலும் இறுதியில் விஞ்ஞானிகளுக்கு வளர்ச்சி செயல்முறைகள் மற்றும் நோய் நோய்க்கிருமி உருவாக்கம் பற்றிய சிறந்த புரிதலை வழங்கும். பி. ஐ. என். டி திட்டத்தின் முக்கிய குறிக்கோள்கள்ஃ அனைவருக்கும் கிடைக்கக்கூடிய ஒரு பொது புரோட்டியோமிக்ஸ் வளத்தை உருவாக்குவது; பிற மூலங்களிலிருந்து தரவுத்தொகுப்பை (ப்ரீபிண்ட்) செயல்படுத்த ஒரு தளத்தை உருவாக்குவது; சிக்கலான மூலக்கூறு தொடர்புகளின் காட்சிப்படுத்தல்களை வழங்கும் திறன் கொண்ட ஒரு தளத்தை உருவாக்குவது. தொடக்கத்திலிருந்தே, பைண்ட் திறந்த அணுகலாக இருந்து வருகிறது, மேலும் மென்பொருளை இலவசமாக விநியோகிக்கவும் மாற்றியமைக்கவும் முடியும். தற்போது, பிண்ட் ஒரு தரவு விவரக்குறிப்பு, ஒரு தரவுத்தளம் மற்றும் தொடர்புடைய தரவு சுரங்க மற்றும் காட்சிப்படுத்தல் கருவிகளை உள்ளடக்கியது. இறுதியில், பிணைப்பு என்பது ஒவ்வொரு முக்கிய மாதிரி உயிரினங்களிலும் நிகழும் அனைத்து தொடர்புகளின் தொகுப்பாக இருக்கும் என்று நம்பப்படுகிறது. தரவுத்தள அமைப்பு பி. ஐ. என். டி மூன்று வகையான தரவுகளைப் பற்றிய தகவல்களைக் கொண்டுள்ளதுஃ தொடர்புகள், மூலக்கூறு வளாகங்கள் மற்றும் பாதைகள். இடைவினைகள் பிணைப்பின் அடிப்படை அங்கமாகும், மேலும் 2 அல்லது அதற்கு மேற்பட்ட பொருள்கள் (ஏ மற்றும் பி) ஒருவருக்கொருவர் எவ்வாறு தொடர்பு கொள்கின்றன என்பதை விவரிக்கின்றன. பொருள்கள் பல்வேறு விஷயங்களாக இருக்கலாம்ஃ டிஎன்ஏ, ஆர்என்ஏ, மரபணுக்கள், புரதங்கள், ஈந்தணைவிகள் அல்லது ஃபோட்டான்கள். தொடர்பு உள்ளீட்டில் ஒரு மூலக்கூறு பற்றிய பெரும்பாலான தகவல்கள் உள்ளன; இது அதன் பெயர் மற்றும் ஒத்த சொற்கள் பற்றிய தகவல்களை வழங்குகிறது, அது எங்கு காணப்படுகிறது (எ. கா. உயிரணுவில் எங்கே, எந்த இனங்கள், அது எப்போது செயலில் உள்ளது போன்றவை. ), மற்றும் அதன் வரிசை அல்லது அதன் வரிசையை எங்கே காணலாம். இடைவினை உள்ளீடு விட்ரோ, வேதியியல் இயக்கவியல் (வெப்ப இயக்கவியல் மற்றும் இயக்கவியல் உட்பட) பிணைப்பைக் கவனிக்கத் தேவையான சோதனை நிலைமைகளையும் கோடிட்டுக் காட்டுகிறது. இரண்டாவது வகை பிணைப்பு உள்ளீடுகள் மூலக்கூறு வளாகங்கள் ஆகும். மூலக்கூறு வளாகங்கள் நிலையான மூலக்கூறுகளின் தொகுப்பாக வரையறுக்கப்படுகின்றன மற்றும் ஒருவருக்கொருவர் பிணைக்கப்படும்போது ஒரு செயல்பாட்டைக் கொண்டுள்ளன. பல்வேறு தொடர்புகளில் வளாகத்தின் பங்கு மற்றும் 2 அல்லது அதற்கு மேற்பட்ட தொடர்பு பதிவுகளிலிருந்து மூலக்கூறு சிக்கலான நுழைவு இணைப்புகள் தரவு பற்றிய சில தகவல்களும் பதிவில் இருக்கலாம். பிணைப்பின் மூன்றாவது கூறு பாதை பதிவு பிரிவு ஆகும். செல்லுலார் செயல்முறைகளை ஒழுங்குபடுத்துவதில் ஈடுபட்டுள்ள தொடர்புகளின் வலையமைப்பை ஒரு பாதை கொண்டுள்ளது. இந்தப் பிரிவில் பினோட்டைப்கள் மற்றும் பாதை தொடர்பான நோய்கள் பற்றிய தகவல்களும் இருக்கலாம். பிண்டில் ஒரு உள்ளீட்டை உருவாக்கத் தேவையான குறைந்தபட்ச தகவல் ஒரு பப்மெட் வெளியீட்டு குறிப்பு மற்றும் மற்றொரு தரவுத்தளத்தில் உள்ளீடு (எ. கா. ஜென்பேங்க்). தரவுத்தளத்தில் உள்ள ஒவ்வொரு உள்ளீடும் தரவுகளுக்கான குறிப்புகள்/ஆசிரியர்களை வழங்குகிறது. பைண்ட் என்பது தொடர்ந்து வளர்ந்து வரும் தரவுத்தளமாக இருப்பதால், பைண்டின் அனைத்து கூறுகளும் புதுப்பிப்புகளையும் மாற்றங்களையும் கண்காணிக்கின்றன. சுருக்க தொடரியல் குறிப்பு 1 (ASN.1) மொழியைப் பயன்படுத்தி எழுதப்பட்ட தரவு விவரக்குறிப்பை அடிப்படையாகக் கொண்டது. என். சி. பி. ஐ தங்கள் என்ட்ரெஸ் அமைப்பிற்கான தரவைச் சேமிக்கும்போது ASN.1 பயன்படுத்தப்படுகிறது, இதன் காரணமாக பிண்ட் தரவு பிரதிநிதித்துவத்திற்கு என். சி. பி. ஐ போன்ற அதே தரங்களைப் பயன்படுத்துகிறது. ASN.1 மொழி விரும்பப்படுகிறது, ஏனெனில் இது மற்ற தரவு விவரக்குறிப்பு மொழிகளில் எளிதாக மொழிபெயர்க்கப்படலாம் (எ. கா. எக்ஸ்எம்எல்), சிக்கலான தரவை எளிதில் கையாள முடியும் மற்றும் அனைத்து உயிரியல் தொடர்புகளுக்கும் பயன்படுத்தப்படலாம்-புரதங்கள் மட்டுமல்ல. பேடர் மற்றும் ஹாக் (2000) ஆகியோர் BIND ஆல் பயன்படுத்தப்படும் ASN.1 தரவு விவரக்குறிப்பு குறித்து ஒரு விரிவான கையெழுத்துப் பிரதியைத் தயாரித்துள்ளனர். தரவுத்தளத்தில் தரவு சமர்ப்பிப்பு மற்றும் தொகுப்பு பயனர் சமர்ப்பிப்பு ஊக்குவிக்கப்படுகிறது. தரவுத்தளத்திற்கு பங்களிக்க, ஒருவர் சமர்ப்பிக்க வேண்டும்ஃ தொடர்பு தகவல், பப்மெட் அடையாளங்காட்டி மற்றும் தொடர்பு கொள்ளும் இரண்டு மூலக்கூறுகள். ஒரு பதிவை சமர்ப்பிக்கும் நபர் அதன் உரிமையாளர் ஆவார். அனைத்து பதிவுகளும் பகிரங்கப்படுத்தப்படுவதற்கு முன்பு சரிபார்க்கப்படுகின்றன மற்றும் தர உத்தரவாதத்திற்காக பைண்ட் தொகுக்கப்பட்டுள்ளது. பைண்ட் கியூரேஷன் இரண்டு தடங்களைக் கொண்டுள்ளதுஃ உயர்-செயல்திறன் (HTP) மற்றும் குறைந்த செயல்திறன் (LTP). எச். டி. பி பதிவுகள் ஒரு சோதனை முறையிலிருந்து 40 க்கும் மேற்பட்ட தொடர்பு முடிவுகளைப் புகாரளித்த ஆவணங்களிலிருந்து வந்தவை. எச். டி. பி கியூரேட்டர்கள் பொதுவாக உயிர் தகவலியல் பின்னணியைக் கொண்டுள்ளனர். எச். டி. பி கியூரேட்டர்கள் சோதனைத் தரவுகளின் சேமிப்பைச் சேகரிப்பதற்கு பொறுப்பானவர்கள், மேலும் அவர்கள் புதிய வெளியீடுகளின் அடிப்படையில் பி. ஐ. என். டி புதுப்பிக்க ஸ்கிரிப்ட்களையும் உருவாக்குகிறார்கள். எல்டிபி பதிவுகள் எம்எஸ்சி அல்லது பிஎச்டி மற்றும் தொடர்பு ஆராய்ச்சியில் ஆய்வக அனுபவம் கொண்ட தனிநபர்களால் நிர்வகிக்கப்படுகின்றன. எல்டிபி கண்காணிப்பாளர்களுக்கு கனேடிய உயிர் தகவலியல் பட்டறைகள் மூலம் மேலும் பயிற்சி அளிக்கப்படுகிறது. சிறிய மூலக்கூறு வேதியியல் பற்றிய தகவல்கள் வேதியியலாளர்களால் தனித்தனியாக தொகுக்கப்படுகின்றன, இது கண்காணிப்பாளர் இந்த விஷயத்தைப் பற்றி அறிந்திருப்பதை உறுதி செய்கிறது. LTP வெளியிடப்படும்போது தகவல்களைச் சேகரிப்பதில் கவனம் செலுத்துவதே BIND கியூரேஷனுக்கான முன்னுரிமையாகும். இருப்பினும், எச். டி. பி ஆய்வுகள் ஒரே நேரத்தில் கூடுதல் தகவல்களை வழங்குகின்றன, மேலும் எல். டி. பி ஆய்வுகள் பதிவாகியுள்ளன, மேலும் இரு தடங்களாலும் ஒத்த எண்ணிக்கையிலான தொடர்புகள் பதிவாகியுள்ளன. 2004 ஆம் ஆண்டில், பிண்ட் 110 பத்திரிகைகளிலிருந்து தரவுகளை சேகரித்தது. தரவுத்தள வளர்ச்சி பிண்ட் அதன் கருத்தாக்கத்திலிருந்து கணிசமாக வளர்ந்துள்ளது; உண்மையில், தரவுத்தளம் 2003 மற்றும் 2004 க்கு இடையில் உள்ளீடுகளில் 10 மடங்கு அதிகரிப்பைக் கண்டது. 2004 செப்டம்பருக்குள், 100,000 க்கும் மேற்பட்ட தொடர்பு பதிவுகள் இருந்தன (இதில் 58,266 புரத-புரதம், 4,225 மரபணு, 874 புரத-சிறிய மூலக்கூறு, 25,857 புரத-டி. என். ஏ மற்றும் 19,348 பயோபாலிமர் தொடர்புகள் அடங்கும்). இந்த தரவுத்தளத்தில் 31,972 புரதங்கள், 4560 டிஎன்ஏ மாதிரிகள் மற்றும் 759 ஆர்என்ஏ மாதிரிகளுக்கான வரிசை தகவல்களும் உள்ளன. இந்த உள்ளீடுகள் 11,649 வெளியீடுகளிலிருந்து சேகரிக்கப்பட்டுள்ளன; எனவே, தரவுத்தளம் தரவுகளின் முக்கியமான ஒருங்கிணைப்பைக் குறிக்கிறது. தரவுத்தளத்தில் உள்ளீடுகளைக் கொண்ட உயிரினங்கள் பின்வருமாறுஃ சாக்கரோமைசஸ் செரிவிஸியா, ட்ரோசோபிலா மெலனோகாஸ்டர், ஹோமோ சேபியன்ஸ், மஸ் மஸ்குலஸ், கேனோராப்டிடிஸ் எலிகான்ஸ், ஹெலிகோபாக்டர் பைலோரி, பாஸ் டாரஸ், எச். ஐ. வி-1, கால்லஸ் கால்லஸ், அராபிடோப்ஸிஸ் தலியானா மற்றும் பிற. மொத்தத்தில், செப்டம்பர் 2004 க்குள் 901 வரிவிதிப்புகள் சேர்க்கப்பட்டன, மேலும் பைண்ட் பைண்ட்-மெட்டாசோவா, பைண்ட்-பூஞ்சை மற்றும் பைண்ட்-டாக்ஸ்ரூட் என பிரிக்கப்பட்டுள்ளது. தரவுத்தளத்தில் உள்ள தகவல்கள் தொடர்ந்து புதுப்பிக்கப்படுவது மட்டுமல்லாமல், மென்பொருளே பல திருத்தங்களைச் சந்தித்துள்ளது. BIND இன் பதிப்பு 1 1999 இல் வெளியிடப்பட்டது மற்றும் பயனர் பின்னூட்டத்தின் அடிப்படையில் பிணைப்புக்குத் தேவையான சோதனை நிலைமைகள் குறித்த கூடுதல் விவரங்களையும், தொடர்புகளின் செல்லுலார் இருப்பிடத்தின் படிநிலை விளக்கத்தையும் சேர்க்க இது மாற்றியமைக்கப்பட்டது. பதிப்பு 2 2001 இல் வெளியிடப்பட்டது மற்றும் பிற தரவுத்தளங்களில் கிடைக்கும் தகவல்களுடன் இணைக்கும் திறனை உள்ளடக்கியது. பதிப்பு 3 (2002) மரபணு தொடர்புகளையும் சேர்க்க உடல்/உயிர்வேதியியல் தொடர்புகளிலிருந்து தரவுத்தளத்தை விரிவுபடுத்தியது. பதிப்பு 3.5 (2004) தகவல் மீட்டெடுப்பை எளிதாக்குவதை நோக்கமாகக் கொண்ட ஒரு சுத்திகரிக்கப்பட்ட பயனர் இடைமுகத்தை உள்ளடக்கியது. 2006 ஆம் ஆண்டில், பைண்ட் உயிரியல் மூலக்கூறு பொருள் நெட்வொர்க் தரவுத்தளத்தில் (BOND) இணைக்கப்பட்டது, அங்கு அது தொடர்ந்து புதுப்பிக்கப்பட்டு மேம்படுத்தப்படுகிறது. உயிரி மூலக்கூறு தொடர்புகள், எதிர்வினைகள் மற்றும் பாதைகள் பற்றிய தகவல்களை ஒரு ஸ்கீமாவில் கொண்ட முதல் தரவுத்தளமாக சிறப்பு அம்சங்கள் பி. ஐ. என். டி இருந்தது. மூலக்கூறு தொடர்புகளின் 3டி பிரதிநிதித்துவத்தை அனுமதிக்கும் வேதியியலில் அதன் ஆன்டாலஜியை அடிப்படையாகக் கொண்ட முதல் நிறுவனம் இதுவாகும். அடிப்படை வேதியியல் மூலக்கூறு தொடர்புகளை அணு நிலை தீர்மானம் வரை விவரிக்க அனுமதிக்கிறது. அறிவியல் இலக்கியத்தில் உயிரியல் மூலக்கூறு தொடர்பு தகவல்களைக் கண்டறிய தரவு சுரங்கத்திற்கான தொடர்புடைய அமைப்பை ப்ரீபிண்ட் செய்யுங்கள். ஒரு புரதத்தின் பெயர் அல்லது சேர்க்கை எண்ணை உள்ளிடலாம் மற்றும் ப்ரீபிண்ட் இலக்கியத்தை ஸ்கேன் செய்து, ஊடாடும் புரதங்களின் பட்டியலைத் திருப்பித் தரும். வினவலில் குறிப்பிடப்பட்டுள்ளதைப் போன்ற புரதங்களுடனான தொடர்புகளைக் கண்டறிய பைண்ட் பிளாஸ்ட் கிடைக்கிறது. பல புரோட்டியோமிக்ஸ் தரவுத்தளங்கள் சேர்க்காத பல "அம்சங்களை" பைண்ட் வழங்குகிறது. அமினோ அமிலங்களுக்கு ஏற்படும் மொழிபெயர்ப்புக்கு பிந்தைய மாற்றங்களை விவரிக்க உதவும் வகையில் இந்த திட்டத்தின் ஆசிரியர்கள் பாரம்பரிய IUPAC பெயரிடலுக்கு ஒரு விரிவாக்கத்தை உருவாக்கியுள்ளனர். இந்த மாற்றங்களில் பின்வருவன அடங்கும்ஃ அசிட்டிலேஷன், ஃபார்மைலேஷன், மெத்திலேஷன், பால்மிடோய்லேஷன் போன்றவை. பாரம்பரிய IUPAC குறியீடுகளின் நீட்டிப்பு இந்த அமினோ அமிலங்களை வரிசை வடிவத்திலும் குறிப்பிட அனுமதிக்கிறது. பைண்ட் ஒன்டோகிளிஃப்ஸ் எனப்படும் தனித்துவமான காட்சிப்படுத்தல் கருவியையும் பயன்படுத்துகிறது. ஒன்டோகிளிஃப்ஸ் மரபணு ஒன்டாலஜி (ஜி. ஓ.) அடிப்படையில் உருவாக்கப்பட்டது மற்றும் அசல் ஜி. ஓ தகவல்களுக்கு ஒரு இணைப்பை வழங்குகிறது. பல கோ சொற்கள் பிரிவுகளாக வகைப்படுத்தப்பட்டுள்ளன, ஒவ்வொன்றும் ஒரு குறிப்பிட்ட செயல்பாடு, பிணைப்பு தனித்துவம் அல்லது செல்லில் உள்ளூர்மயமாக்கல் ஆகியவற்றைக் குறிக்கின்றன. மொத்தம் 83 ஒன்டோகிளிஃப் எழுத்துக்கள் உள்ளன. 34 செயல்பாட்டு ஒன்டோகிளிஃப்கள் உள்ளன, அவை மூலக்கூறின் பங்கு பற்றிய தகவல்களைக் கொண்டுள்ளன (எ. கா. செல் உடலியல், அயனி போக்குவரத்து, சமிக்ஞை). மூலக்கூறு எதை பிணைக்கிறது என்பதை விவரிக்கும் 25 பிணைப்பு ஒன்டோகிளிஃப்கள் உள்ளன (எ. கா. ஈந்தணைவிகள், டிஎன்ஏ, அயனிகள்). மற்ற 24 ஒன்டோகிளிஃப்கள் ஒரு உயிரணுக்குள் மூலக்கூறின் இருப்பிடம் பற்றிய தகவல்களை வழங்குகின்றன (எ. கா. நியூக்ளியஸ், சைட்டோஸ்கெலிடன்). தேடல் முடிவுகளில் இருந்து சில பண்புகளைச் சேர்க்கவோ அல்லது விலக்கவோ ஒன்டோகிளிஃப்களைத் தேர்ந்தெடுத்து கையாளலாம். ஒன்டோகிளிஃப்களின் காட்சி இயல்பு தேடல் முடிவுகளைப் பார்க்கும்போது முறை அங்கீகாரத்தையும் எளிதாக்குகிறது. புரோட்டியோகிளிஃப்கள் என்பது பாதுகாக்கப்பட்ட களங்களின் மட்டத்தில் புரதங்களின் கட்டமைப்பு மற்றும் பிணைப்பு பண்புகளின் வரைகலை பிரதிநிதித்துவங்கள் ஆகும். புரதம் ஒரு நேரான கிடைமட்ட கோடு வரைபடமாக்கப்பட்டு, பாதுகாக்கப்பட்ட களங்களைக் குறிக்க கிளைஃப்கள் செருகப்படுகின்றன. ஒவ்வொரு கிளைப்பும் புரத வரிசையில் அதன் சீரமைப்பின் ஒப்பீட்டு நிலை மற்றும் நீளத்தைக் குறிக்கும் வகையில் காட்டப்படுகிறது. தரவுத்தளத்தை அணுகுவது தரவுத்தள பயனர் இடைமுகம் வலை அடிப்படையிலானது மற்றும் உரை அல்லது அணுகல் எண்கள்/அடையாளங்காட்டிகளைப் பயன்படுத்தி விசாரிக்கப்படலாம். பாண்டின் மற்ற கூறுகளுடன் ஒருங்கிணைக்கப்பட்டதிலிருந்து, முடிவுகளில் இடைவினைகள், மூலக்கூறு வளாகங்கள் மற்றும் பாதைகளில் வரிசைகள் சேர்க்கப்பட்டுள்ளன. பதிவுகளில் பின்வருவன அடங்கும்ஃ பிண்ட் ஐடி, தொடர்பு/சிக்கலான/பாதை பற்றிய விளக்கம், வெளியீடுகள், புதுப்பிப்பு பதிவுகள், உயிரினம், ஒன்டோகிளிஃப்ஸ், புரோட்டியோகிளிஃப்ஸ் மற்றும் கூடுதல் தகவல்களைக் காணக்கூடிய பிற தரவுத்தளங்களுக்கான இணைப்புகள். பிணைப்பு பதிவுகள் பல்வேறு பார்வை வடிவங்களை உள்ளடக்கியது (எ. கா. எச். டி. எம். எல், ASN.1, எக்ஸ்எம்எல், ஃபாஸ்டா), முடிவுகளை ஏற்றுமதி செய்வதற்கான பல்வேறு வடிவங்கள் (எ. கா. ASN.1, XML, GI பட்டியல், PDF), மற்றும் காட்சிப்படுத்தல்கள் (எ. கா. சைட்டோஸ்கேப்). எந்த வகையான தரவு மீட்டெடுக்கப்பட்டது என்பதைப் பொறுத்து சரியான பார்வை மற்றும் ஏற்றுமதி விருப்பங்கள் மாறுபடும். பயனர் புள்ளிவிவரங்கள் பி. ஐ. என். டி ஒருங்கிணைக்கப்பட்டதிலிருந்து வெளியிடப்படாத பதிவாளர்களின் எண்ணிக்கை 10 மடங்கு அதிகரித்துள்ளது. டிசம்பர் 2006 நிலவரப்படி பதிவு 10,000 ஆக குறைந்தது. பாண்டின் வணிக ரீதியான பதிப்புகளுக்கான சந்தாதாரர்கள் விவசாயம் மற்றும் உணவு, உயிரி தொழில்நுட்பம், மருந்துகள், தகவல் தொழில்நுட்பம், பொருட்கள் மற்றும் பிற ஆறு பொதுவான பிரிவுகளாகப் பிரிக்கப்படுகிறார்கள். இந்த குழுக்களில் உயிரி தொழில்நுட்பத் துறை மிகப்பெரியது, இது 28 சதவீத சந்தாக்களைக் கொண்டுள்ளது. மருந்துகள் மற்றும் தகவல் தொழில்நுட்பம் முறையே 22 சதவீதம் மற்றும் 18 சதவீதமாக உள்ளன. இந்த சந்தாக்களில் 69 சதவீதத்தை அமெரிக்கா கொண்டுள்ளது. பாண்டின் வணிக ரீதியான பதிப்புகளை அணுகக்கூடிய பிற நாடுகளில் கனடா, ஐக்கிய இராச்சியம், ஜப்பான், சீனா, கொரியா, ஜெர்மனி, பிரான்ஸ், இந்தியா மற்றும் ஆஸ்திரேலியா ஆகியவை அடங்கும். இந்த நாடுகள் அனைத்தும் பயனர் பங்கில் 6 சதவீதத்திற்கும் கீழே உள்ளன. குறிப்புகள் உயிரியல் தரவுத்தளங்கள்