Accessible surface area
அணுகக்கூடிய மேற்பரப்பு பகுதி (ஏஎஸ்ஏ) அல்லது கரைப்பான் அணுகக்கூடிய மேற்பரப்பு பகுதி (எஸ்ஏஎஸ்ஏ) என்பது ஒரு கரைப்பானுக்கு அணுகக்கூடிய ஒரு உயிரணு மூலக்கூறின் மேற்பரப்பு பகுதியாகும். ஏஎஸ்ஏவின் அளவீடு பொதுவாக சதுர ஆங்ஸ்ட்ரோம்களின் அலகுகளில் விவரிக்கப்படுகிறது (மூலக்கூறு உயிரியலில் அளவீட்டின் ஒரு நிலையான அலகு). ஏஎஸ்ஏ முதன்முதலில் 1971 இல் லீ & ரிச்சர்ட்ஸால் விவரிக்கப்பட்டது மற்றும் சில நேரங்களில் லீ-ரிச்சர்ட்ஸ் மூலக்கூறு மேற்பரப்பு என்று அழைக்கப்படுகிறது. ஏஎஸ்ஏ பொதுவாக 1973 ஆம் ஆண்டில் ஷ்ரேக் & ரூப்லி உருவாக்கிய 'உருளும் பந்து' வழிமுறையைப் பயன்படுத்தி கணக்கிடப்படுகிறது. இந்த வழிமுறை மூலக்கூறின் மேற்பரப்பை 'ஆய்வு' செய்ய ஒரு குறிப்பிட்ட ஆரம் கொண்ட ஒரு கோளத்தை (கரைப்பானின்) பயன்படுத்துகிறது. ஏஎஸ்ஏ ஷ்ரேக்-ரூப்லி வழிமுறை கணக்கிடும் முறைகள் ஷ்ரேக்-ரூப்லி வழிமுறை என்பது ஒரு எண் முறையாகும், இது மூலக்கூறின் ஒவ்வொரு அணுவிலிருந்தும் சம தூர புள்ளிகளின் வலையை ஈர்க்கிறது மற்றும் மேற்பரப்பு பகுதியை தீர்மானிக்க அணுகக்கூடிய கரைப்பானின் இந்த புள்ளிகளின் எண்ணிக்கையைப் பயன்படுத்துகிறது. வான் டெர் வால்ஸ் ஆரத்திற்கு அப்பால் ஒரு நீர் மூலக்கூறின் மதிப்பிடப்பட்ட ஆரத்தில் புள்ளிகள் வரையப்படுகின்றன, இது மேற்பரப்பில் 'பந்தை உருட்டுவது' போன்றது. அனைத்து புள்ளிகளும் அண்டை அணுக்களின் மேற்பரப்பில் சரிபார்க்கப்படுகின்றன, அவை புதைக்கப்பட்டுள்ளனவா அல்லது அணுகக்கூடியவையா என்பதை தீர்மானிக்க. அணுகக்கூடிய புள்ளிகளின் எண்ணிக்கை மேற்பரப்பு பரப்பளவின் பகுதியால் பெருக்கப்படுகிறது, ஒவ்வொரு புள்ளியும் ஏஎஸ்ஏவைக் கணக்கிடுவதைக் குறிக்கிறது. சிறிய ஆய்வு ஆரத்தைப் பயன்படுத்துவது அதிக மேற்பரப்பு விவரங்களைக் கண்டறிந்து, எனவே ஒரு பெரிய மேற்பரப்பைப் புகாரளிப்பதால், 'ஆய்வு ஆரம்' தேர்வு கவனிக்கப்பட்ட மேற்பரப்பு பகுதியில் ஒரு விளைவை ஏற்படுத்துகிறது. ஒரு பொதுவான மதிப்பு 1.4 ஆல் ஆகும், இது ஒரு நீர் மூலக்கூறின் ஆரத்தை தோராயமாக மதிப்பிடுகிறது. முடிவுகளை பாதிக்கும் மற்றொரு காரணி, ஆய்வில் உள்ள மூலக்கூறில் உள்ள அணுக்களின் வி. டி. டபிள்யூ ஆரங்களின் வரையறை ஆகும். எடுத்துக்காட்டாக, மூலக்கூறில் பெரும்பாலும் ஹைட்ரஜன் அணுக்கள் இல்லாமல் இருக்கலாம், அவை கட்டமைப்பில் மறைமுகமாக உள்ளன. ஹைட்ரஜன் அணுக்கள் 'கனமான' அணுக்களின் அணு ஆரங்களில் மறைமுகமாக சேர்க்கப்படலாம், இது 'குழு ஆரம்' என்று அழைக்கப்படுகிறது. கூடுதலாக, ஒவ்வொரு அணுவின் வான் டெர் வால்ஸ் மேற்பரப்பில் உருவாக்கப்பட்ட புள்ளிகளின் எண்ணிக்கை வேறுபடுத்தலின் மற்றொரு அம்சத்தை தீர்மானிக்கிறது, அங்கு அதிக புள்ளிகள் அதிகரித்த அளவிலான விவரங்களை வழங்குகின்றன. எல். சி. பி. ஓ முறை ஏ. எஸ். ஏ இன் விரைவான பகுப்பாய்வுக் கணக்கீட்டிற்கு இரு-உடல் சிக்கலின் நேரியல் தோராயத்தைப் பயன்படுத்துகிறது. எல். சி. பி. ஓ. வில் பயன்படுத்தப்படும் தோராயங்கள் 1-3 Å2 வரம்பில் ஒரு பிழையை விளைவிக்கின்றன. பவர் வரைபட முறை சமீபத்தில், ஒரு சக்தி வரைபடத்தைப் பயன்படுத்தி ஏஎஸ்ஏவை வேகமாகவும் பகுப்பாய்வாகவும் கணக்கிடும் ஒரு முறை வழங்கப்பட்டது. பயன்பாடுகள் அணுகக்கூடிய மேற்பரப்பு பகுதி பெரும்பாலும் ஒரு உயிரணு மூலக்கூறை நீரிய கரைப்பானிலிருந்து லிப்பிட் சூழல் போன்ற துருவமற்ற கரைப்பானுக்கு நகர்த்துவதற்குத் தேவையான பரிமாற்ற இலவச ஆற்றலைக் கணக்கிடும்போது பயன்படுத்தப்படுகிறது. AMBER மூலக்கூறு இயக்கவியல் மென்பொருள் தொகுப்பில் மறைமுகமான கரைப்பான் விளைவுகளைக் கணக்கிடும் போது எல். சி. பி. ஓ முறையும் பயன்படுத்தப்படுகிறது. புரதத்தின் இரண்டாம் நிலை கட்டமைப்பின் முன்கணிப்பை மேம்படுத்த (கணிக்கப்பட்ட) அணுகக்கூடிய மேற்பரப்பு பகுதியைப் பயன்படுத்தலாம் என்று சமீபத்தில் பரிந்துரைக்கப்படுகிறது. கரைப்பான்-விலக்கப்பட்ட மேற்பரப்புடன் தொடர்பு ஏஎஸ்ஏ கரைப்பான்-விலக்கப்பட்ட மேற்பரப்பு (கொன்னோலியின் மூலக்கூறு மேற்பரப்பு பகுதி அல்லது வெறுமனே கொன்னோலி மேற்பரப்பு என்றும் அழைக்கப்படுகிறது) என்ற கருத்துடன் நெருக்கமாக தொடர்புடையது, இது மொத்த கரைப்பானில் ஒரு குழி என்று கருதப்படுகிறது. இது ஃப்ரெடெரிக் ரிச்சர்ட்ஸ் உருவாக்கிய உருளும் பந்து வழிமுறை மூலம் நடைமுறையில் கணக்கிடப்படுகிறது மற்றும் 1983 இல் மைக்கேல் கொன்னோலி மற்றும் 1984 இல் டிம் ரிச்மண்ட் ஆகியோரால் முப்பரிமாணமாக செயல்படுத்தப்பட்டது. கொன்னோலி இந்த முறையை முழுமையாக்க இன்னும் பல ஆண்டுகள் செலவிட்டார். பெப்டைட் மற்றும் புரத கட்டமைப்புகளை பகுப்பாய்வு செய்வதற்கான மறைமுக தீர்வு வான் டெர் வால்ஸ் மேற்பரப்பு VADAR கருவியையும் பார்க்கவும் தொடர்புடைய அணுகக்கூடிய மேற்பரப்பு பகுதி குறிப்புகள் குறிப்புகள் வெளிப்புற இணைப்புகள் நெட்வொர்க் அறிவியல், பகுதி 5: கரைப்பான்-அணுகக்கூடிய மேற்பரப்புகள் AREAIMOL என்பது ASA ஐக் கணக்கிடுவதற்கான CCP4 நிரல் தொகுப்பில் உள்ள ஒரு கட்டளை வரி கருவியாகும். NACCESS கரைப்பான் அணுகக்கூடிய பகுதி கணக்கீடுகள். ஃப்ரீசாசா திறந்த மூல கட்டளை வரி கருவி, சி நூலகம் மற்றும் ஏஎஸ்ஏ கணக்கிடுவதற்கான பைதான் தொகுதி. மேற்பரப்பு பந்தய வீரர் ஒலெக் சோடிகோவின் மேற்பரப்பு பந்தய வீரர் திட்டம். கரைப்பான் அணுகக்கூடிய மற்றும் மூலக்கூறு மேற்பரப்பு மற்றும் சராசரி வளைவு கணக்கீடு. கல்வி பயன்பாட்டிற்கு இலவசம். ASA.py-ஷ்ரேக்-ரூப்லி வழிமுறையின் பைதான் அடிப்படையிலான செயல்படுத்தல். மைக்கேல் சானரின் மூலக்கூறு மேற்பரப்பு-விலக்கப்பட்ட மேற்பரப்பைக் கணக்கிடுவதற்கான வேகமான நிரல். pov4grasp மூலக்கூறு மேற்பரப்புகளை வழங்குகிறது. மூலக்கூறு மேற்பரப்பு தொகுப்பு-மைக்கேல் கொன்னோலியின் திட்டம். தொகுதி வோக்ஸிலேட்டர்-விலக்கப்பட்ட மேற்பரப்புகளை உருவாக்க ஒரு வலை அடிப்படையிலான கருவி. ஏஎஸ்வி ஃப்ரீவேர் n கோளங்களின் சங்கமத்தின் அளவு மற்றும் மேற்பரப்பின் பகுப்பாய்வுக் கணக்கீடு (மான்டே-கார்லோ கணக்கீடும் வழங்கப்பட்டது). வோர்லூம் கம்ப்யூட்டிங் மேற்பரப்பு பகுதி மற்றும் 3டி பந்துகளின் குடும்பத்தின் அளவு. GetArea புரதங்களின் கரைப்பான் அணுகக்கூடிய மேற்பரப்பு பகுதியை ஆன்லைனில் கணக்கிடுங்கள். மூலக்கூறு மாதிரியாக்கம் கணக்கீட்டு வேதியியல் மூலக்கூறு இயக்கவியல் புரத அமைப்பு