MicroRNA sequencing
மைக்ரோஆர்என்ஏ வரிசைமுறை (மைஆர்என்ஏ-செக்), ஒரு வகை ஆர்என்ஏ-செக், மைக்ரோஆர்என்ஏக்களை வரிசைப்படுத்த அடுத்த தலைமுறை வரிசைமுறை அல்லது பெருமளவில் இணையான உயர்-செயல்திறன் டிஎன்ஏ வரிசைமுறையைப் பயன்படுத்துவதாகும், இது மைஆர்என்ஏக்கள் என்றும் அழைக்கப்படுகிறது. மைஆர்என்ஏ-செக் மற்ற ஆர்என்ஏ-செக் வடிவங்களிலிருந்து வேறுபடுகிறது, அதில் உள்ளீட்டு பொருள் பெரும்பாலும் சிறிய ஆர்என்ஏக்களுக்கு செறிவூட்டப்படுகிறது. மைஆர்என்ஏ-செக் ஆராய்ச்சியாளர்களை திசு-குறிப்பிட்ட வெளிப்பாடு வடிவங்கள், நோய் சங்கங்கள் மற்றும் மைஆர்என்ஏக்களின் ஐசோஃபார்ம்களை ஆராயவும், முன்பு பண்பற்ற மைஆர்என்ஏக்களைக் கண்டறியவும் அனுமதிக்கிறது. புற்றுநோய் போன்ற நோய்களில் ஒழுங்கற்ற மிஆர்என்ஏக்கள் ஒரு பங்கைக் கொண்டுள்ளன என்பதற்கான சான்றுகள், செலவுகள் தொடர்ந்து குறைந்து வருவதால், எதிர்காலத்தில் நோயறிதல் மற்றும் முன்கணிப்புக்கான ஒரு முக்கியமான கருவியாக மிஆர்என்ஏ-செக்கை நிலைநிறுத்தியுள்ளது. மற்ற மிஆர்என்ஏ விவரக்குறிப்பு தொழில்நுட்பங்களைப் போலவே, மிஆர்என்ஏ-செக் நன்மைகள் (வரிசை-சுதந்திரம், பாதுகாப்பு) மற்றும் தீமைகள் (அதிக செலவு, உள்கட்டமைப்பு தேவைகள், ஓட்ட நீளம் மற்றும் சாத்தியமான கலைப்பொருட்கள்) ஆகிய இரண்டையும் கொண்டுள்ளது. மைக்ரோஆர்என்ஏக்கள் (மைஆர்என்ஏக்கள்) என்பது சிறிய ரிபோநியூக்ளிக் அமிலங்களின் குடும்பமாகும், இது நீளத்தில் 21-25 நியூக்ளியோடைடுகள் ஆகும், அவை புரத வெளிப்பாட்டை டிரான்ஸ்கிரிப்ட் சீரழிவு, மொழிபெயர்ப்பைத் தடுப்பது அல்லது டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களைத் தனிமைப்படுத்துவதன் மூலம் மாற்றியமைக்கின்றன. கண்டுபிடிக்கப்பட்ட முதல் மைஆர்என்ஏ, லின்-4, நெமடோட் கேனோராப்டிடிஸ் எலிகான்களின் பிந்தைய எம்பிரியோனிக் வளர்ச்சியைக் கட்டுப்படுத்தும் மூலக்கூறு கூறுகளை அடையாளம் காண ஒரு மரபணு பிறழ்வு திரையில் கண்டறியப்பட்டது. லின்-4 மரபணு லின்-14 எம்ஆர்என்ஏ டிரான்ஸ்கிரிப்ட்டின் 3 '-மொழிபெயர்க்கப்படாத பகுதியில் பாதுகாக்கப்பட்ட நிரப்பு பிணைப்பு தளங்களுடன் 22 நியூக்ளியோடைடு ஆர்என்ஏவை குறியிடுகிறது மற்றும் எல்ஐஎன்-14 புரத வெளிப்பாட்டைக் குறைக்கிறது. மைஆர்என்ஏக்கள் இப்போது பல வளர்ச்சி மற்றும் உயிரியல் செயல்முறைகளை ஒழுங்குபடுத்துவதில் ஈடுபட்டுள்ளதாக கருதப்படுகிறது, இதில் ஹீமாடோபோய்சிஸ் (மஸ் மஸ்குலஸில் எம்ஐஆர்-181), கொழுப்பு வளர்சிதை மாற்றம் (ட்ரோசோபிலா மெலனோகாஸ்டரில் எம்ஐஆர்-14) மற்றும் நரம்பியல் வளர்ச்சி (கேனோராப்டிடிஸ் எலிகான்ஸில் எல்எஸ்ஐ-6) ஆகியவை அடங்கும். இந்த கண்டுபிடிப்புகள் மிஆர்என்ஏ-செக் போன்ற மிஆர்என்ஏக்களை அடையாளம் கண்டு வகைப்படுத்தக்கூடிய நுட்பங்களின் வளர்ச்சியை அவசியமாக்கியது. ஒரு குறிப்பிட்ட மாதிரியில் புதிய மிஆர்என்ஏக்கள் மற்றும் அவற்றின் வெளிப்பாடு சுயவிவரங்களைக் கண்டுபிடிப்பதற்காக அடுத்த தலைமுறை வரிசைமுறை அல்லது பெருமளவில் இணையான உயர்-செயல்திறன் வரிசைமுறை தொழில்நுட்பங்களைப் பயன்படுத்திக் கொள்வதற்காக மைக்ரோஆர்என்ஏ வரிசைமுறை (மிஆர்என்ஏ-செக்) உருவாக்கப்பட்டது. மிஆர்என்ஏ வரிசைமுறை ஒரு புதிய யோசனை அல்ல, வரிசைமுறையின் ஆரம்ப முறைகள் சாங்கர் வரிசைமுறை முறைகளைப் பயன்படுத்தின. வரிசைமுறை தயாரிப்பு என்பது நெடுவரிசை மற்றும் ஜெல் எலக்ட்ரோபோரேசிஸ் மூலம் தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட 21-25 பிபி அளவு கொண்ட எண்டோஜெனஸ் சிறிய ஆர்என்ஏக்களிலிருந்து டிரான்ஸ்கிரிப்ட் செய்யப்பட்ட டிஎன்ஏ தலைகீழ் குளோனிங் மூலம் நூலகங்களை உருவாக்குவதை உள்ளடக்கியது. இருப்பினும், இந்த முறை நேரம் மற்றும் வளங்களின் அடிப்படையில் முழுமையானது, ஏனெனில் ஒவ்வொரு குளோனும் தனித்தனியாக பெருக்கப்பட்டு வரிசைப்படுத்தலுக்கு தயாராக இருக்க வேண்டும். இந்த முறை கவனக்குறைவாக மிகவும் வெளிப்படுத்தப்படும் மிஆர்என்ஏக்களை ஆதரிக்கிறது. அடுத்த தலைமுறை வரிசைமுறை டிஎன்ஏ மைக்ரோஅரே பகுப்பாய்வில் தேவைப்படும் வரிசை குறிப்பிட்ட கலப்பின ஆய்வுகள் மற்றும் சாங்கர் வரிசைமுறை முறையில் தேவைப்படும் கடினமான குளோனிங் முறைகளின் தேவையை நீக்குகிறது. கூடுதலாக, மிஆர்என்ஏ-எஸ்ஈக்யூ முறையில் அடுத்த தலைமுறை வரிசைமுறை தளங்கள் ஒற்றை வரிசைமுறை ஓட்டத்தில் சிறிய ஆர்என்ஏக்களின் பெரிய குளங்களின் வரிசைமுறையை எளிதாக்குகின்றன. மிஆர்என்ஏ-செக் பல்வேறு வரிசைமுறை தளங்களைப் பயன்படுத்தி நிகழ்த்தப்படலாம். மைஆர்என்ஏ-செக் முறைகளைப் பயன்படுத்தி சிறிய ஆர்என்ஏக்களின் முதல் பகுப்பாய்வு லின்க்ஸ் தெரபியூட்டிக்ஸின் மாபெரும் இணையான கையொப்ப வரிசைமுறை (எம். பி. எஸ். எஸ்) வரிசைமுறை தளத்தைப் பயன்படுத்தி அரபிடோப்ஸிஸ் தலியானா மாதிரி ஆலையில் இருந்து சுமார் 14 லட்சம் சிறிய ஆர்என்ஏக்களை ஆய்வு செய்தது. இந்த ஆய்வு சிறிய ஆர்என்ஏக்களை ஆய்வு செய்வதற்கான புதுமையான, உயர்-செயல்திறன் வரிசைமுறை தொழில்நுட்பங்களின் திறனை நிரூபித்தது, மேலும் மரபணுக்கள் அதிக எண்ணிக்கையிலான சிறிய ஆர்என்ஏக்களை தாவரங்களுடன் குறிப்பாக சிறிய ஆர்என்ஏக்களின் வளமான ஆதாரங்களாக உருவாக்குகின்றன என்பதை இது காட்டுகிறது. பிற்கால ஆய்வுகள் சி. எலிகான்ஸில் நடத்தப்பட்ட ஒரு ஆய்வு போன்ற பிற வரிசைமுறை தொழில்நுட்பங்களைப் பயன்படுத்தின, இது 18 புதிய மைஆர்என்ஏ மரபணுக்களையும், 21 யு-ஆர்என்ஏக்கள் என்று அழைக்கப்படும் நெமடோட் சிறிய ஆர்என்ஏக்களின் புதிய வகுப்பையும் அடையாளம் கண்டது. மனித கர்ப்பப்பை வாய் கட்டிகள் மற்றும் சாதாரண திசுக்களின் சிறிய ஆர்என்ஏ சுயவிவரங்களை ஒப்பிட்டுப் பார்த்த மற்றொரு ஆய்வு, இல்லுமினா (நிறுவனம்) மரபணு பகுப்பாய்வியைப் பயன்படுத்தி 64 புதிய மனித மிஆர்என்ஏ மரபணுக்களையும் 67 வேறுபட்ட முறையில் வெளிப்படுத்தப்பட்ட மிஆர்என்ஏக்களையும் அடையாளம் கண்டது. மனித மார்பக புற்றுநோயைக் கண்டறிவதில் மிஆர்என்ஏக்களின் முன்கணிப்பு மதிப்பை ஆராய பயன்பாட்டு உயிரியல் அமைப்புகள் சோல்ட் வரிசைமுறை தளமும் பயன்படுத்தப்பட்டுள்ளது. முறைகள் சிறிய ஆர்என்ஏ தயாரிப்பு வரிசை நூலக கட்டுமானம் பயன்படுத்தப்படும் உயர்-செயல்திறன் வரிசைமுறை தளத்தைப் பொறுத்து பல்வேறு வகையான கருவிகளைப் பயன்படுத்தி செய்யப்படலாம். இருப்பினும், சிறிய ஆர்என்ஏ வரிசைமுறை தயாரிப்புக்கு பல பொதுவான படிகள் உள்ளன. மொத்த ஆர்என்ஏ தனிமைப்படுத்தல் கொடுக்கப்பட்ட மாதிரியில் அனைத்து ஆர்என்ஏவும் ஒரு ஐசோதியோசயனேட்/பினோல்/குளோரோஃபார்ம் (ஜிஐடிசி/பினோல்) முறை அல்லது ட்ரைசோல் (இன்விட்ரோஜன்) உலை போன்ற வணிக தயாரிப்பு பயன்படுத்தி பிரித்தெடுக்கப்பட்டு தனிமைப்படுத்தப்படுகிறது. 50-100 μg மொத்த ஆர்என்ஏவின் தொடக்க அளவு, 1 கிராம் திசு பொதுவாக மொத்த ஆர்என்ஏவின் 1 மி. கி. யை உற்பத்தி செய்கிறது, இது பொதுவாக ஜெல் சுத்திகரிப்பு மற்றும் அளவு தேர்வுக்கு தேவைப்படுகிறது. ஆர்என்ஏவின் தரக் கட்டுப்பாடு அளவிடப்படுகிறது, எடுத்துக்காட்டாக காலிபர் லாப்சிப்ஜிஎக்ஸ் (காலிபர் லைஃப் சயின்சஸ்) இல் ஆர்என்ஏ சிப்பை இயக்குவது. ஜெல் எலக்ட்ரோபோரேசிஸ் மூலம் சிறிய ஆர்என்ஏக்களின் அளவு பின்னம் தனிமைப்படுத்தப்பட்ட ஆர்என்ஏ ஒரு டினேச்சரிங் பாலியாக்ரிலாமைடு ஜெல்லில் மூலம் இயக்கப்படுகிறது. ரேடியோஆக்டிவ் 5 '-32 பி-லேபிள் செய்யப்பட்ட ஒலிகோ நியூக்ளியோடைடுகள் போன்ற ஒரு இமேஜிங் முறை ஒரு அளவு ஏணியுடன் பொருத்தமான அளவிலான ஆர். என். ஏ கொண்ட ஜெல்லின் ஒரு பகுதியை அடையாளம் காண பயன்படுத்தப்படுகிறது, இது இறுதியில் வரிசைப்படுத்தப்பட்ட பொருளின் அளவைக் குறைக்கிறது. கீழே கோடிட்டுக் காட்டப்பட்டுள்ள பிணைப்பு மற்றும் தலைகீழ் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் படிகளுக்கு முன் இந்த படி மேற்கொள்ளப்பட வேண்டியதில்லை. பிணைப்பு படி சிறிய ஆர்என்ஏக்களின் இரு முனைகளிலும் டிஎன்ஏ அடாப்டர்களைச் சேர்க்கிறது, அவை தலைகீழ் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் மற்றும் பிசிஆர் பெருக்கத்தின் போது ப்ரைமர் பிணைப்பு தளங்களாக செயல்படுகின்றன. ஒரு அடினைலேட்டட் ஒற்றை ஸ்ட்ராண்ட் டிஎன்ஏ 3 'அடாப்டரைத் தொடர்ந்து 5' அடாப்டர் டி 4 ஆர்என்ஏ லிகேஸ் 2 போன்ற லிகேட்டிங் நொதியைப் பயன்படுத்தி சிறிய ஆர்என்ஏக்களுடன் இணைக்கப்படுகிறது. 5 'ஹைட்ராக்சில் குழுவுடன் ஆர்என்ஏ சீரழிவு தயாரிப்புகளை விட, 5' பாஸ்பேட் குழு, சிறப்பியல்பு மைக்ரோஆர்என்ஏக்கள் கொண்ட சிறிய ஆர்என்ஏக்களைப் பிடிக்கவும் அடாப்டர்கள் வடிவமைக்கப்பட்டுள்ளன. தலைகீழ் படியெடுத்தல் மற்றும் பி. சி. ஆர் பெருக்கம் இந்த படி சிறிய அடாப்டர் இணைக்கப்பட்ட ஆர்என்ஏக்களை வரிசைமுறை எதிர்வினையில் பயன்படுத்தப்படும் சிடிஎன்ஏ குளோன்களாக மாற்றுகிறது. பல வணிக கருவிகள் கிடைக்கின்றன, அவை ஒருவித தலைகீழ் டிரான்ஸ்கிரிப்டேஸைப் பயன்படுத்தி இந்த நடவடிக்கையை மேற்கொள்ளும். பின்னர் சி. டி. என். ஏ வரிசைகளின் தொகுப்பை அதிகரிக்க பி. சி. ஆர் மேற்கொள்ளப்படுகிறது. தனித்துவமான நியூக்ளியோடைடு குறிச்சொற்களுடன் வடிவமைக்கப்பட்ட ப்ரைமர்கள் இந்த கட்டத்தில் தொகுக்கப்பட்ட நூலக மல்டிபிளெக்ஸ் வரிசைமுறையில் ஐடி குறிச்சொற்களை உருவாக்க பயன்படுத்தப்படலாம். உண்மையான ஆர்என்ஏ வரிசைமுறை பயன்படுத்தப்படும் தளத்தைப் பொறுத்து கணிசமாக மாறுபடும். 454 உயிர் அறிவியல் மேடையில் பைரோசீக்வென்சிங், இல்லுமினா (நிறுவனம்) மேடையில் பாலிமரேஸ் அடிப்படையிலான வரிசை-மூலம்-தொகுப்பு அல்லது ஏபிஐ திட வரிசைமுறை மேடையில் பிணைப்பு மூலம் வரிசைப்படுத்துதல் ஆகியவை மூன்று பொதுவான அடுத்த தலைமுறை வரிசைமுறை தளங்களாகும். தரவு பகுப்பாய்வு மையத்திலிருந்து மிஆர்என்ஏ-செக் தரவு பகுப்பாய்வு என்பது 1) வரிசை வாசிப்புகளிலிருந்து மிஆர்என்ஏ மிகுதியான அளவைப் பெறுதல், 2) புதிய மிஆர்என்ஏக்களைக் கண்டறிந்து பின்னர் 3) வேறுபட்ட முறையில் வெளிப்படுத்தப்பட்ட மிஆர்என்ஏ மற்றும் அவற்றின் 4) தொடர்புடைய எம்ஆர்என்ஏ மரபணு இலக்குகளைத் தீர்மானிக்கும் திறன் ஆகும். மைஆர்என்ஏ சீரமைப்பு மற்றும் மிகுதியான அளவீட்டு மைஆர்என்ஏக்கள் சில உயிரணு வகைகள், திசுக்கள், வளர்ச்சியின் நிலைகள் அல்லது புற்றுநோய் போன்ற குறிப்பிட்ட நோய் நிலைகளில் முன்னுரிமை அளிக்கப்படலாம். ஆழமான வரிசைமுறை (miRNA-SEQ) கொடுக்கப்பட்ட மாதிரியிலிருந்து மில்லியன் கணக்கான வாசிப்புகளை உருவாக்குவதால், இது miRNAகளை சுயவிவரப்படுத்த அனுமதிக்கிறது; அவற்றின் முழுமையான மிகுதியை அளவிடுவதன் மூலம், அவற்றின் மாறுபாடுகளைக் கண்டறிய (ஐசோமிர்கள் என்று அழைக்கப்படுகிறது) குறிப்பு, வரிசை வாசிப்புகளின் சராசரி நீளம் சராசரி miRNA (17-25 nt) ஐ விட நீளமானது, அதே வாசிப்பில் miRNA இன் 3 'மற்றும் 5' முனைகளைக் காண வேண்டும். பல மைஆர்என்ஏ மிகுதியான அளவீட்டு வழிமுறைகள் உள்ளன. அவற்றின் பொதுவான படிகள் பின்வருமாறுஃ வரிசைப்படுத்தலுக்குப் பிறகு, மூல வரிசை அளவீடுகள் தரத்தின் அடிப்படையில் வடிகட்டப்படுகின்றன. அடாப்டர் வரிசைகளும் மூல வரிசை வாசிப்புகளிலிருந்து வெட்டப்படுகின்றன. இதன் விளைவாக வரும் வாசிப்புகள் பின்னர் ஒரு ஃபாஸ்டா கோப்பாக வடிவமைக்கப்படுகின்றன, அங்கு ஒவ்வொரு தனித்துவமான குறிச்சொல்லுக்கும் நகல் எண் மற்றும் வரிசை பதிவு செய்யப்படுகிறது. ஈ. கோலி மாசுபாட்டைக் குறிக்கும் வரிசைகள் ஈ. கோலி தரவுத்தளத்திற்கு எதிரான பிளாஸ்ட் தேடல் மூலம் அடையாளம் காணப்படுகின்றன, மேலும் அவை பகுப்பாய்விலிருந்து அகற்றப்படுகின்றன. மீதமுள்ள வரிசைகள் ஒவ்வொன்றும் ஒரு மைஆர்என்ஏ வரிசை தரவுத்தளத்திற்கு (மைஆர்பேஸ் போன்றவை) எதிராக சீரமைக்கப்பட்டுள்ளன. அபூரணமான டைசர் செயலாக்கத்தைக் கணக்கிடுவதற்காக, 3 'முனையில் 6' ஓவர்ஹாங் மற்றும் 5 'முனையில் 3' அனுமதிக்கப்படுகிறது. மிஆர்என்ஏ தரவுத்தளத்துடன் சீரமைக்கப்படாத ரீட்கள் பின்னர் மிஆர்என்ஏ முன்னோடிகளுடன் தளர்வாக சீரமைக்கப்பட்டு, பிறழ்வுகளைக் கொண்டிருக்கக்கூடிய மிஆர்என்ஏக்கள் அல்லது ஆர்என்ஏ எடிட்டிங் வழியாகச் சென்றவற்றைக் கண்டறியும். ஒவ்வொரு மிஆர்என்ஏவிற்கும் ரீட் எண்ணிக்கைகள் பின்னர் ஒவ்வொரு மிஆர்என்ஏவின் மிகுதியைப் புகாரளிக்க வரைபடம் செய்யப்பட்ட மிஆர்என்ஏக்களின் மொத்த எண்ணிக்கையாக இயல்பாக்கப்படுகின்றன. நாவல் மைஆர்என்ஏ கண்டுபிடிப்பு மைஆர்என்ஏ-செக்கின் மற்றொரு நன்மை என்னவென்றால், இது பாரம்பரிய திரையிடல் மற்றும் விவரக்குறிப்பு முறைகளைத் தவறவிட்டிருக்கக்கூடிய புதிய மைஆர்என்ஏக்களைக் கண்டுபிடிக்க அனுமதிக்கிறது. பல புதிய மிஆர்என்ஏ கண்டுபிடிப்பு வழிமுறைகள் உள்ளன. அவற்றின் பொதுவான படிகள் பின்வருமாறுஃ அறியப்பட்ட மிஆர்என்ஏ வரிசைகளுடன் சீரமைக்கப்படாத வாசிப்புகளைப் பெற்று, அவற்றை மரபணுவுடன் வரைபடமாக்குங்கள். ஆர்என்ஏ மடிப்பு முறை மிஆர்என்ஏ வரிசைகளுக்கு ஒரு சரியான பொருத்தம் கண்டறியப்பட்டது, இருபுறமும் ~ 100 பிபி பக்கவாட்டு வரிசை உட்பட மரபணு வரிசையைப் பெறுங்கள், மேலும் வியன்னா தொகுப்பு போன்ற ஆர்என்ஏ மடிப்பு மென்பொருள் மூலம் ஆர்என்ஏவை இயக்கவும். மைஆர்என்ஏ ஹேர்பினின் ஒரு கையில் இருக்கும் மற்றும் குறைந்தபட்ச இலவச ஆற்றல் ~ 25 கிலோகலோரி/மோலுக்கு குறைவாக இருக்கும் மடிப்பு வரிசைகள் புட்டேடிவ் மைஆர்என்ஏவாக பட்டியலிடப்படுகின்றன. பட்டியலிடப்பட்ட வரிசைகள் சாத்தியமான முன்னோடி வரிசையை மட்டுமே சேர்க்க வெட்டப்படுகின்றன, பின்னர் முன்னோடி அண்டை வரிசைகளால் செயற்கை முறையில் உறுதிப்படுத்தப்படவில்லை என்பதை உறுதிப்படுத்த மறுதொடக்கம் செய்யப்படுகின்றன. மிஆர்என்ஏ வரிசை முடியின் ஒரு கைக்குள் விழுந்தால், அதன் விளைவாக மடிந்த வரிசைகள் புதிய மிஆர்என்ஏக்களாக கருதப்படுகின்றன, மேலும் அவை இனங்களுக்கு இடையில் மிகவும் பாதுகாக்கப்பட்டுள்ளன. ஸ்டார் ஸ்ட்ராண்ட் எக்ஸ்பிரஷன் மெத்தட் (மைஆர்டீப்) நாவல் மைஆர்என்ஏ வரிசைகள் டைசர் செயலாக்கத்தின் காரணமாக அவை வெளிப்படுத்தும் சிறப்பியல்பு வெளிப்பாடு முறையின் அடிப்படையில் அடையாளம் காணப்படுகின்றனஃ ஸ்டார் ஸ்ட்ராண்ட் மற்றும் லூப் காட்சிகளில் முதிர்ந்த மைஆர்என்ஏவின் அதிக வெளிப்பாடு. வேறுபட்ட வெளிப்பாடு பகுப்பாய்வு ஒவ்வொரு மாதிரிக்கும் ஏராளமான மிஆர்என்ஏக்கள் அளவிடப்பட்ட பிறகு, அவற்றின் வெளிப்பாடு நிலைகளை மாதிரிகளுக்கு இடையில் ஒப்பிடலாம். அந்த குறிப்பிட்ட நேர புள்ளிகளில் அல்லது குறிப்பிட்ட திசுக்கள் அல்லது நோய் நிலைகளில் முன்னுரிமை அளிக்கப்படும் மிஆர்என்ஏவை அடையாளம் காண முடியும். மாதிரிகளுக்கு இடையில் வரைபடம் செய்யப்பட்ட வாசிப்புகளின் எண்ணிக்கையை இயல்பாக்கிய பிறகு, வேறுபட்ட வெளிப்பாட்டைத் தீர்மானிக்க ஒருவர் பல புள்ளிவிவர சோதனைகளைப் பயன்படுத்தலாம் (மரபணு வெளிப்பாடு விவரக்குறிப்பில் பயன்படுத்தப்படுவதைப் போல) இலக்கு கணிப்பு ஒரு மைஆர்என்ஏவின் எம்ஆர்என்ஏ இலக்குகளை அடையாளம் காண்பது மரபணுக்கள் அல்லது நெட்வொர்க்குகளைப் பற்றிய புரிதலை வழங்கும் அவற்றின் வெளிப்பாட்டை அவை கட்டுப்படுத்துகின்றன. பொது தரவுத்தளங்கள் மிஆர்என்ஏ இலக்குகள் பற்றிய கணிப்புகளை வழங்குகின்றன. ஆனால் உண்மையான நேர்மறை கணிப்புகளையும் தவறான நேர்மறை கணிப்புகளையும் நன்கு வேறுபடுத்திப் பார்க்க, மிஆர்என்ஏ-செக்யூ தரவை எம்ஆர்என்ஏ-செக்யூ தரவுகளுடன் ஒருங்கிணைக்க முடியும். ஆர்என்ஏ22, டார்கெட்ஸ்கேன், மிராண்டா மற்றும் பிக்டார் ஆகியவை இந்த நோக்கத்திற்காக வடிவமைக்கப்பட்ட மென்பொருள்கள் ஆகும். முன்கணிப்பு மென்பொருளின் பட்டியல் இங்கே கொடுக்கப்பட்டுள்ளது. பொதுவான படிகள் பின்வருமாறுஃ miRNA ஐ தீர்மானிக்கவும்ஃ mRNA பிணைப்பு ஜோடிகள், mRNA வரிசையின் 3 '-UTR இல் உள்ள miRNA வரிசைகளுக்கு இடையிலான நிரப்பு அடையாளம் காணப்படுகிறது. மிஆர்என்ஏ பாதுகாப்பின் அளவை தீர்மானிக்கவும்ஃ இனங்கள் முழுவதும் எம்ஆர்என்ஏ பிணைப்பு ஜோடிகள். பொதுவாக, அதிக பிணைப்பு ஜோடிகள் கணிப்பின் தவறான நேர்மறைகளாக இருக்க வாய்ப்பில்லை. எம்ஆர்என்ஏ-செக் அல்லது புரத வெளிப்பாட்டுத் தரவுகளில் எம்ஆர்என்ஏ இலக்கு வைத்திருப்பதற்கான ஆதாரங்களைக் கவனியுங்கள்ஃ எம்ஆர்என்ஏ வெளிப்பாடு அதிகமாக இருக்கும்போது, அதன் இலக்கு மரபணுவின் மரபணு மற்றும் புரத வெளிப்பாடு குறைவாக இருக்க வேண்டும். பிளவுபட்ட எம்ஆர்என்ஏ இலக்குகளுக்கான இலக்கு சரிபார்ப்பு பல எம்ஆர்என்ஏக்கள் அவற்றின் எம்ஆர்என்ஏ இலக்குகளை பிளவுபடுத்துவதற்கு செயல்படுகின்றன; இது தாவரங்களில் குறிப்பாக உண்மை, எனவே பிளவுபட்ட அல்லது சீரழிந்த எம்ஆர்என்ஏக்களின் 3 'முனைகளை வரிசைப்படுத்துவதன் மூலம் எம்ஆர்என்ஏக்களின் இந்த பண்பைப் பயன்படுத்த உயர்-செயல்திறன் வரிசைமுறை முறைகள் உருவாக்கப்பட்டுள்ளன. இந்த முறைகள் சிதைவு வரிசைமுறை அல்லது PARE என்று அழைக்கப்படுகின்றன. குறிப்பிட்ட எம்ஆர்என்ஏக்களில் இலக்கு பிளவுகளின் சரிபார்ப்பு பொதுவாக ஒரு மரபணு-குறிப்பிட்ட ப்ரைமருடன் முடிவடையும் சிடிஎன்ஏவின் 5 'விரைவான பெருக்கத்தின் மாற்றியமைக்கப்பட்ட பதிப்பைப் பயன்படுத்தி செய்யப்படுகிறது. பயன்பாடுகள் நாவல் மைஆர்என்ஏவின் மைஆர்என்ஏ-செக்கின் அடையாளம் பாரம்பரிய மைஆர்என்ஏ விவரக்குறிப்பு முறைகளில் முன்பு தவிர்க்கப்பட்ட புதிய மைஆர்என்ஏக்களை வெளிப்படுத்தியுள்ளது. கரு ஸ்டெம் செல்கள், கோழி கருக்கள், கடுமையான லிம்போபிளாஸ்டிக் லுகேமியா, பரவலான பெரிய பி-செல் லிம்போமா மற்றும் பி-செல்கள், கடுமையான மைலாய்டு லுகேமியா மற்றும் நுரையீரல் புற்றுநோய் ஆகியவற்றில் இத்தகைய கண்டுபிடிப்புகளுக்கு எடுத்துக்காட்டுகள் உள்ளன. நோய் பயோமார்க்கர்கள் மைக்ரோ ஆர்என்ஏக்கள் உயிர்வாழ்வு, பெருக்கம் மற்றும் வேறுபாடு போன்ற கிட்டத்தட்ட அனைத்து செல்லுலார் செயல்முறைகளின் முக்கிய கட்டுப்பாட்டாளர்களாகும். இதன் விளைவாக, மிஆர்என்ஏக்கள் ஆன்கோ-மற்றும் கட்டி ஒடுக்கும் மரபணு வெளிப்பாட்டை ஒழுங்குபடுத்துவதன் மூலம் புற்றுநோயின் பல்வேறு அம்சங்களில் ஈடுபட்டுள்ளன என்பது எதிர்பாராதது அல்ல. உயர்-செயல்திறன் விவரக்குறிப்பு முறைகளின் வளர்ச்சியுடன் இணைந்து, மிஆர்என்ஏக்கள் புற்றுநோய் வகைப்பாடு, சிகிச்சைக்கு பதில் மற்றும் முன்கணிப்பு ஆகியவற்றிற்கான பயோமார்க்கர்களாக அடையாளம் காணப்பட்டுள்ளன. கூடுதலாக, மைஆர்என்ஏக்கள் மரபணு வெளிப்பாட்டைக் கட்டுப்படுத்துவதால், அவை ஒரு குறிப்பிட்ட கோளாறுக்கு வழிவகுக்கும் முக்கியமான ஒழுங்குமுறை நெட்வொர்க்குகளில் உள்ள இடையூறுகளையும் வெளிப்படுத்தலாம். பயோமார்க்கர்கள் மற்றும் நோயை முன்கணிப்பவர்களாக மிஆர்என்ஏக்களின் பல பயன்பாடுகள் கீழே கொடுக்கப்பட்டுள்ளன. α இது இந்த புற்றுநோய்களுடன் தொடர்புடைய மிஆர்என்ஏக்களின் விரிவான பட்டியல் அல்ல. மிஆர்என்ஏ விவரக்குறிப்பின் பிற முறைகளுடன் ஒப்பீடு மிஆர்என்ஏ விவரக்குறிப்பின் பிற முறைகளை விட மிஆர்என்ஏ-செக்கைப் பயன்படுத்துவதில் உள்ள குறைபாடுகள் என்னவென்றால், இது மிகவும் விலை உயர்ந்தது, பொதுவாக மொத்த ஆர்என்ஏவின் அதிக அளவு தேவைப்படுகிறது, விரிவான பெருக்கத்தை உள்ளடக்கியது மற்றும் மைக்ரோஅரே மற்றும் க்யூபிசிஆர் முறைகளை விட அதிக நேரம் எடுக்கும். மேலும், மிஆர்என்ஏ-செக் நூலகத் தயாரிப்பு முறைகள் மிஆர்என்ஏ நிரப்பு முறையான முன்னுரிமை பிரதிநிதித்துவத்தைக் கொண்டிருப்பதாகத் தெரிகிறது, மேலும் இது மிஆர்என்ஏ மிகுதியை துல்லியமாக தீர்மானிப்பதைத் தடுக்கிறது. அதே நேரத்தில், அணுகுமுறை கலப்பினமயமாக்கல் சுயாதீனமானது, எனவே ஒரு முன்னுரிமை வரிசை தகவல் தேவையில்லை. இதன் காரணமாக, ஒருவர் புதிய மைஆர்என்ஏக்கள் மற்றும் மைஆர்என்ஏ ஐசோஃபார்ம்களின் (ஐசோமிர்ஸ்) வரிசைகளைப் பெறலாம், தொடர்ச்சியான ஒத்த மைஆர்என்ஏக்களை வேறுபடுத்தி, புள்ளி பிறழ்வுகளை அடையாளம் காணலாம். மிஆர்என்ஏ விவரக்குறிப்பு குறிப்புகளின் தள ஒப்பீடு டிஎன்ஏ வரிசைமுறை