In silico PCR
சிலிகோ பி. சி. ஆரில், ஒரு வரிசைப்படுத்தப்பட்ட மரபணு அல்லது டிரான்ஸ்கிரிப்டோமில் இருந்து டிஎன்ஏ காட்சிகளைப் பெருக்குவதற்கு கொடுக்கப்பட்ட ப்ரைமர்களின் (ஆய்வுகள்) தொகுப்பைப் பயன்படுத்தி கோட்பாட்டு பாலிமரேஸ் சங்கிலி எதிர்வினை (பி. சி. ஆர்) முடிவுகளைக் கணக்கிட பயன்படுத்தப்படும் கணக்கீட்டு கருவிகளைக் குறிக்கிறது. இலக்கு டிஎன்ஏ அல்லது சிடிஎன்ஏ காட்சிகளுக்கான ப்ரைமர்களின் வடிவமைப்பை மேம்படுத்த இந்த கருவிகள் பயன்படுத்தப்படுகின்றன. முதன்மை உகப்பாக்கம் இரண்டு குறிக்கோள்களைக் கொண்டுள்ளதுஃ செயல்திறன் மற்றும் தேர்ந்தெடுப்பு. GC-உள்ளடக்கம், பிணைப்பின் செயல்திறன், நிரப்பு, இரண்டாம் நிலை அமைப்பு மற்றும் அனீலிங் மற்றும் உருகுதல் புள்ளி (Tm) போன்ற காரணிகளை கணக்கில் எடுத்துக்கொள்வது செயல்திறனில் அடங்கும். முதன்மையான தேர்ந்தெடுக்கும் தன்மைக்கு முதன்மையான ஜோடிகள் ஆர்வத்தின் இலக்கைத் தவிர வேறு சீரற்ற தளங்களுடன் தற்செயலாக பிணைக்கப்படக்கூடாது, அல்லது முதன்மையான ஜோடிகள் ஒரு மரபணு குடும்பத்தின் பாதுகாக்கப்பட்ட பகுதிகளுடன் பிணைக்கப்படக்கூடாது. தேர்ந்தெடுக்கும் திறன் குறைவாக இருந்தால், ப்ரைமர்களின் தொகுப்பு வட்டி இலக்கைத் தவிர பல தயாரிப்புகளை பெருக்கும். பொருத்தமான குறுகிய அல்லது நீண்ட ப்ரைமர் ஜோடிகளின் வடிவமைப்பு பி. சி. ஆர் தயாரிப்பு கணிப்பின் ஒரு குறிக்கோள் மட்டுமே. சிலிகோ பி. சி. ஆர் கருவிகளில் வழங்கப்படும் பிற தகவல்களில் ப்ரைமர் இருப்பிடம், நோக்குநிலை, ஒவ்வொரு பெருக்கியின் நீளம், எலக்ட்ரோபோரேடிக் இயக்கத்தின் உருவகப்படுத்துதல், திறந்த வாசிப்பு பிரேம்களை அடையாளம் காணுதல் மற்றும் பிற வலை வளங்களுக்கான இணைப்புகள் ஆகியவை அடங்கும். பல மென்பொருள் தொகுப்புகள் அம்ச தொகுப்பு, பயன்பாட்டின் எளிமை, செயல்திறன் மற்றும் செலவு ஆகியவற்றின் மாறுபட்ட சமநிலைகளை வழங்குகின்றன. ப்ரைமர்-பிளாஸ்ட் பரவலாகப் பயன்படுத்தப்படுகிறது, மேலும் தேசிய உயிரி தொழில்நுட்பத் தகவல் மையத்தின் (என். சி. பி. ஐ) வலைத்தளத்திலிருந்து இலவசமாக அணுகலாம். மறுபுறம், ஃபாஸ்ட்பிசிஆர், ஒரு வணிக பயன்பாடு, ஒற்றை ப்ரைமர் அல்லது மல்டிபிளெக்ஸ் இலக்கு காட்சிகளுக்காக வடிவமைக்கப்பட்ட ப்ரைமர்களின் தொகுப்பை ஒரே நேரத்தில் சோதிக்க அனுமதிக்கிறது. இலக்கு வரிசைகளுக்கு ப்ரைமர்களின் நிரப்பு தன்மையை சோதிக்க இது ஒரு வேகமான, இடைவெளி இல்லாத சீரமைப்பைச் செய்கிறது. நிலையான அல்லது தலைகீழ் பி. சி. ஆர் மற்றும் மல்டிபிளெக்ஸ் பி. சி. ஆர் ஆகியவற்றைப் பயன்படுத்தி நேரியல் மற்றும் வட்ட வார்ப்புருக்களுக்கு சாத்தியமான பி. சி. ஆர் தயாரிப்புகளைக் காணலாம். வி. பி. சி. ஆர் மல்டிபிளெக்ஸ் பி. சி. ஆரின் மாறும் உருவகப்படுத்துதலை இயக்குகிறது, இது ஒரு எதிர்வினையில் பல பெருக்கிகளுக்கு இடையிலான அளவு போட்டி விளைவுகளை மதிப்பிட அனுமதிக்கிறது. யு. சி. எஸ். சி மரபணு உலாவி ஐ. எஸ். பி. சி. ஆரை வழங்குகிறது, இது 100 க்கும் மேற்பட்ட வரிசைப்படுத்தப்பட்ட மரபணுக்களில் பி. சி. ஆர் தயாரிப்புகளைக் காண வரைகலை மற்றும் உரை கோப்பு வெளியீட்டை வழங்குகிறது. ஒரு ப்ரைமர் பல கணிக்கப்பட்ட வரிசைகளுடன் பிணைக்கப்படலாம், ஆனால் ப்ரைமரின் 3 'முனையில் உள்ள சில பொருந்தாத அல்லது சில பொருந்தாத (1 அல்லது 2, இருப்பிடம் மற்றும் நியூக்ளியோடைடைப் பொறுத்து) வரிசைகளை மட்டுமே பாலிமரேஸ் நீட்டிப்புக்கு பயன்படுத்தலாம். ஒரு ப்ரைமரின் 3 'முனையில் உள்ள கடைசி 10-12 தளங்கள் பாலிமரேஸ் நீட்டிப்பின் துவக்கம் மற்றும் டெம்ப்ளேட் பிணைப்பு தளத்தில் பொதுவான ப்ரைமர் நிலைத்தன்மைக்கு உணர்திறன் கொண்டவை. ப்ரைமரின் 3 'முனையில் உள்ள இந்த கடைசி 10 தளங்களில் ஒற்றை பொருந்தாத தன்மையின் விளைவு அதன் நிலை மற்றும் உள்ளூர் கட்டமைப்பைப் பொறுத்தது, இது ப்ரைமர் பிணைப்பு, தேர்ந்தெடுப்பு மற்றும் பி. சி. ஆர் செயல்திறனைக் குறைக்கிறது. குறிப்புகள் வெளிப்புற இணைப்புகள் பிசிஆர், க்யூபிசிஆர், சிலிகோ பிசிஆர் மற்றும் ஒலிகோ நியூக்ளியோடைடுகளுக்கான வெப்டூல்கள் மூலக்கூறு உயிரியல் சோதனைகளின் சிலிகோ உருவகப்படுத்துதலில் நியூக்ளிக் அமிலங்கள் உயிர் தகவலியல்