Swiss-model
ஸ்விஸ்-மாடல் என்பது 3டி புரத கட்டமைப்புகளின் ஒத்த மாதிரியாக்கத்திற்கு அர்ப்பணிக்கப்பட்ட ஒரு கட்டமைப்பு உயிர் தகவலியல் வலை சேவையகம் ஆகும். ஹோமோலஜி மாடலிங் என்பது தற்போது நம்பகமான முப்பரிமாண புரத அமைப்பு மாதிரிகளை உருவாக்குவதற்கான மிகவும் துல்லியமான முறையாகும், மேலும் இது பல நடைமுறை பயன்பாடுகளில் வழக்கமாக பயன்படுத்தப்படுகிறது. பரிணாமம் தொடர்பான புரதங்களுக்கான ("இலக்குகள்") மாதிரிகளை உருவாக்க ஹோமாலஜி (அல்லது ஒப்பீட்டு) மாடலிங் முறைகள் சோதனை புரத கட்டமைப்புகளை ("வார்ப்புருக்கள்") பயன்படுத்துகின்றன. இன்று, ஸ்விஸ்-மாடல் மூன்று இறுக்கமான ஒருங்கிணைந்த கூறுகளைக் கொண்டுள்ளதுஃ (1) ஸ்விஸ்-மாடல் குழாய்-தானியங்கி புரத அமைப்பு மாடலிங்கிற்கான மென்பொருள் கருவிகள் மற்றும் தரவுத்தளங்களின் தொகுப்பு, (2) ஸ்விஸ்-மாடல் பணியிடம்-ஒரு வலை அடிப்படையிலான வரைகலை பயனர் பணிமனை, (3) ஸ்விஸ்-மாடல் களஞ்சியம்-உயர் உயிரியல் மருத்துவ ஆர்வமுள்ள மாதிரி உயிரின புரோட்டியோம்களின் தொகுப்பிற்கான ஒத்த மாதிரிகளின் தொடர்ச்சியான புதுப்பிக்கப்பட்ட தரவுத்தளம். பைப்லைன் ஸ்விஸ்-மாடல் குழாய்த்திட்டம் கொடுக்கப்பட்ட புரத கட்டமைப்பின் ஒத்த மாதிரியை உருவாக்குவதில் ஈடுபடும் நான்கு முக்கிய படிகளைக் கொண்டுள்ளதுஃ கட்டமைப்பு வார்ப்புருவை (களின்) அடையாளம் காணுதல். வார்ப்புருக்கள் அடையாளம் காண BLAST மற்றும் HHblitகள் பயன்படுத்தப்படுகின்றன. வார்ப்புருக்கள் பி. டி. பியிலிருந்து பெறப்பட்ட ஸ்விஸ்-மாடல் வார்ப்புரு நூலகத்தில் (எஸ். எம். டி. எல்) சேமிக்கப்படுகின்றன. இலக்கு வரிசை மற்றும் வார்ப்புரு அமைப்பு (களின்) சீரமைப்பு. மாதிரி கட்டிடம் மற்றும் ஆற்றல் குறைத்தல். ஸ்விஸ்-மாடல் மாடலிங்கிற்கான ஒரு கடினமான துண்டு அசெம்பிளி அணுகுமுறையை செயல்படுத்துகிறது. சராசரி சக்தியின் புள்ளிவிவர ஆற்றலான கியூஎம்இஏஎன்-ஐப் பயன்படுத்தி மாதிரியின் தரத்தை மதிப்பீடு செய்தல். சுவிஸ்-மாடல் பணியிடம் ஒரு வலை அடிப்படையிலான பணியிடத்தில் புரத அமைப்பு மாடலிங்கிற்குத் தேவையான நிரல்கள் மற்றும் தரவுத்தளங்களை ஒருங்கிணைக்கிறது. மாடலிங் பணியின் சிக்கலைப் பொறுத்து, வெவ்வேறு பயன்பாட்டு முறைகளைப் பயன்படுத்தலாம், இதில் பயனர் தனிப்பட்ட மாடலிங் படிகளின் மீது வெவ்வேறு அளவிலான கட்டுப்பாட்டைக் கொண்டிருக்கிறார்ஃ தானியங்கி முறை, சீரமைப்பு முறை மற்றும் திட்ட முறை. இலக்கும் வார்ப்புருவும் (> 50 சதவீதம்) இடையே போதுமான உயர் வரிசை அடையாளம் எந்த மனித தலையீட்டையும் அனுமதிக்காதபோது ஒரு முழுமையான தானியங்கி முறை பயன்படுத்தப்படுகிறது. இந்த விஷயத்தில் புரதத்தின் வரிசை அல்லது யூனிபிரோட் அணுகல் குறியீடு மட்டுமே உள்ளீடாக தேவைப்படுகிறது. சீரமைப்பு முறை பயனர் தங்கள் சொந்த இலக்கு-வார்ப்புரு சீரமைப்புகளை உள்ளிட உதவுகிறது, அதில் இருந்து மாடலிங் செயல்முறை தொடங்குகிறது (அதாவது. வார்ப்புருக்கள் படிக்கான தேடல் தவிர்க்கப்படுகிறது மற்றும் அரிதாக வழங்கப்பட்ட சீரமைப்பில் சிறிய மாற்றங்கள் மட்டுமே செய்யப்படுகின்றன). இதன் விளைவாக வரும் மாதிரியின் தரத்தை மேம்படுத்த இலக்கு-வார்ப்புரு சீரமைப்புகளின் கையால் திருத்தங்கள் தேவைப்படும்போது, மிகவும் கடினமான சந்தர்ப்பங்களில் திட்ட முறை பயன்படுத்தப்படுகிறது. இந்த முறையில் உள்ளீடு என்பது ஒரு திட்டக் கோப்பாகும், இது டீப்வியூ (சுவிஸ் பிடிபி பார்வையாளர்) காட்சிப்படுத்தல் மற்றும் கட்டமைப்பு பகுப்பாய்வு கருவியால் உருவாக்கப்படலாம், இது பயனர் அதன் கட்டமைப்பு சூழலில் இலக்கு-வார்ப்புரு சீரமைப்பை ஆராய்ந்து கையாள அனுமதிக்கிறது. மூன்று நிகழ்வுகளிலும் வெளியீடு என்பது மாதிரியின் அணு ஆயத்தொகுதிகளைக் கொண்ட ஒரு பி. டி. பி கோப்பு அல்லது டீப்வியூ திட்டக் கோப்பு ஆகும். ஒரு திருப்திகரமான மாதிரியை அடையும் வரை ஹோமாலஜி மாடலிங்கின் நான்கு முக்கிய படிகள் மீண்டும் மீண்டும் செய்யப்படலாம். ஸ்விஸ்-மாடல் பணியிடத்தை எக்ஸ்பேசி வலை சேவையகம் வழியாக அணுகலாம் அல்லது டீப்வியூ (சுவிஸ் பி. டி. பி-வியூவர்) திட்டத்தின் ஒரு பகுதியாக இதைப் பயன்படுத்தலாம். செப்டம்பர் 2015 நிலவரப்படி இது அறிவியல் இலக்கியத்தில் 20000 முறை மேற்கோள் காட்டப்பட்டுள்ளது, இது புரத அமைப்பு மாடலிங்கிற்கு மிகவும் பரவலாகப் பயன்படுத்தப்படும் கருவிகளில் ஒன்றாகும். இந்த கருவி கல்வி பயன்பாட்டிற்கு இலவசம். சுவிஸ்-மாடல் களஞ்சியம் அதிக பொது ஆர்வமுள்ள மாதிரி உயிரினங்களின் தொகுப்பிற்கான சிறுகுறிப்பு முப்பரிமாண புரத மாதிரிகளின் புதுப்பித்த தொகுப்புக்கான அணுகலை வழங்குகிறது. மாதிரி உயிரினங்களில் மனித, சுட்டி, C.elegans, E.coli மற்றும் கடுமையான கடுமையான சுவாச நோய்க்குறி கொரோனா வைரஸ் 2 (SARS-CoV-2) உள்ளிட்ட பல்வேறு நோய்க்கிருமிகள் அடங்கும். சுவிஸ்-மாடல் களஞ்சியம் யூனிபிரோட், இன்டர்ப்ரோ, ஸ்ட்ரிங் மற்றும் நேச்சர் பிஎஸ்ஐ எஸ். பி. கே. பி போன்ற பல வெளிப்புற வளங்களுடன் ஒருங்கிணைக்கப்பட்டுள்ளது. ஸ்விஸ்-மாடல் நிபுணர் அமைப்பின் புதிய வளர்ச்சிகள் (1) ஹோமோ-ஒலிகோமெரிக் அசெம்பிளிகளின் தானியங்கி மாடலிங்; (2) அத்தியாவசிய உலோக அயனிகளின் மாடலிங் மற்றும் புரத கட்டமைப்புகளில் உயிரியல் ரீதியாக பொருத்தமான ஈந்தணைவிகள்; (3) கியூஎம்இஏஎன் உள்ளூர் மதிப்பெண் செயல்பாட்டின் அடிப்படையில் உள்ளூர் (ஒரு-எச்சத்திற்கு) மாதிரி நம்பகத்தன்மை மதிப்பீடுகள்; (4) யூனிபிரோட் அம்சங்களை மாதிரிகளுக்கு வரைபடமாக்குதல். (1) மற்றும் (2) ஸ்விஸ்-மாடல் பணியிடத்தின் தானியங்கி முறையைப் பயன்படுத்தும் போது கிடைக்கின்றன; (3) ஸ்விஸ்-மாடல் பணியிடத்தைப் பயன்படுத்தி ஒரு ஒத்த மாதிரியைக் கணக்கிடும்போது எப்போதும் வழங்கப்படுகிறது, மேலும் (4) ஸ்விஸ்-மாடல் களஞ்சியத்தில் கிடைக்கிறது. முறையின் துல்லியம் மற்றும் நம்பகத்தன்மை கடந்த காலத்தில், ஸ்விஸ்-மாடல் சர்வர் குழாயின் துல்லியம், ஸ்திரத்தன்மை மற்றும் நம்பகத்தன்மை ஈ. வி. ஏ-சி. எம் அளவுகோல் திட்டத்தால் சரிபார்க்கப்பட்டது. தற்போது, சுவிஸ்-மாடல் சர்வர் குழாய் CAMEO3D (தொடர்ச்சியான தானியங்கி மாடல் EvaluatiOn) திட்டத்தில் பங்கேற்கிறது, இது புரத அமைப்பு முன்கணிப்பு சேவைகளின் துல்லியம் மற்றும் நம்பகத்தன்மையை முழுமையாக தானியங்கி முறையில் தொடர்ந்து மதிப்பீடு செய்கிறது. குறிப்புகள் வெளிப்புற இணைப்புகள் ஸ்விஸ்-மாடல் மேலும் காண்க ஹோமோலஜி மாடலிங் புரோட்டீன் கட்டமைப்பு முன்கணிப்பு புரோட்டீன் கட்டமைப்பு முன்கணிப்பு மென்பொருள் CASP (புரோட்டீன் கட்டமைப்பு முன்கணிப்புக்கான நுட்பங்களின் விமர்சன மதிப்பீடு) உயிர் தகவலியல் மூலக்கூறு மாடலிங் மென்பொருள்