Community fingerprinting
சமூக கைரேகை என்பது மூலக்கூறு உயிரியல் நுட்பங்களின் தொகுப்பாகும், இது ஒரு நுண்ணுயிர் சமூகத்தின் பன்முகத்தன்மையை விரைவாக சுயவிவரப்படுத்த பயன்படுத்தப்படலாம். சுற்றுச்சூழல் மாதிரியில் தனிப்பட்ட உயிரணுக்களை நேரடியாக அடையாளம் காண்பதற்கோ அல்லது எண்ணுவதற்கோ பதிலாக, இந்த நுட்பங்கள் ஒரு மரபணுவின் எத்தனை மாறுபாடுகள் உள்ளன என்பதைக் காட்டுகின்றன. பொதுவாக, ஒவ்வொரு வெவ்வேறு மரபணு மாறுபாடும் வெவ்வேறு வகையான நுண்ணுயிரியைக் குறிக்கிறது என்று கருதப்படுகிறது. சமூக கைரேகை பல்வேறு நுண்ணுயிர் அமைப்புகளைப் படிக்கும் நுண்ணுயிரியலாளர்களால் பயன்படுத்தப்படுகிறது (எ. கா. கடல், நன்னீர், மண் மற்றும் மனித நுண்ணுயிர் சமூகங்கள்) பல்லுயிர் பெருக்கத்தை அளவிட அல்லது காலப்போக்கில் சமூக கட்டமைப்பில் ஏற்படும் மாற்றங்களைக் கண்காணிக்க. இந்த முறை மரபணு டிஎன்ஏவை மதிப்பீடு செய்வதன் மூலம் சுற்றுச்சூழல் மாதிரிகளை பகுப்பாய்வு செய்கிறது. இந்த அணுகுமுறை நுண்ணுயிர் வளர்ப்புக்கு மாற்றாக வழங்குகிறது, இது முக்கியமானது, ஏனெனில் பெரும்பாலான நுண்ணுயிரிகளை ஆய்வகத்தில் வளர்க்க முடியாது. சமூக கைரேகை தனிப்பட்ட நுண்ணுயிர் இனங்களை அடையாளம் காண்பதில் விளைவதில்லை; அதற்கு பதிலாக, இது ஒரு நுண்ணுயிர் சமூகத்தின் ஒட்டுமொத்த படத்தை வழங்குகிறது. இந்த முறைகள் இப்போது பெரும்பாலும் இலக்கு மைக்ரோபயோம் பகுப்பாய்வு (எ. கா., 16s rRNA வரிசைமுறை) மற்றும் மெட்டஜெனோமிக்ஸ் போன்ற உயர் செயல்திறன் வரிசைமுறைகளால் மாற்றப்படுகின்றன. ஒரு கைரேகை பகுப்பாய்வு ஒரு சுற்றுச்சூழல் மாதிரியுடன் தொடங்குகிறது (எ. கா. கடல் நீர் அல்லது மண்), இதிலிருந்து மொத்த டிஎன்ஏ பிரித்தெடுக்கப்படுகிறது. (மொத்த டிஎன்ஏ மாதிரியில் உள்ள அனைத்து நுண்ணுயிரிகளிலிருந்தும் மரபணு பொருட்களின் கலவையைக் கொண்டுள்ளது.) ஒரு குறிப்பிட்ட மரபணு அல்லது டிஎன்ஏ பகுதி பின்னர் பகுப்பாய்வுக்கான இலக்காக தேர்ந்தெடுக்கப்படுகிறது, ஒவ்வொரு நுண்ணுயிர் இனங்களும் வெவ்வேறு மரபணு மாறுபாட்டைக் கொண்டிருக்கும் என்ற அனுமானத்தின் கீழ் ("பைலோடைப்" என்றும் அழைக்கப்படுகிறது). ஒரு மாதிரியில் உள்ள பைலோடைப்ஸைக் காட்சிப்படுத்த வெவ்வேறு முறைகளைப் பயன்படுத்தலாம் (கீழே காண்க). சமூகக் கட்டமைப்பைப் பற்றிய ஒட்டுமொத்த புரிதலைப் பெறுவதே சமூக கைரேகை நோக்கமாக இருப்பதால், களத்தில் இருந்து சேகரிக்கப்பட்ட நேரத் தொடர் தரவை பகுப்பாய்வு செய்வதற்கு இது ஒரு பயனுள்ள நுட்பமாகும். எடுத்துக்காட்டாக, ஒரு வாழ்விடத்தில் நுண்ணுயிர் தொடர்ச்சியின் வடிவத்தை ஒருவர் ஆய்வு செய்யலாம், அல்லது மாசுபடுத்தியின் வெளியீடு போன்ற சுற்றுச்சூழல் இடையூறுக்கு ஒரு நுண்ணுயிர் சமூகத்தின் பதிலை ஒருவர் ஆராயலாம். என்ன தகவல் விரும்பப்படுகிறது என்பதைப் பொறுத்து, வெவ்வேறு மரபணுக்கள் குறிவைக்கப்படலாம். 16எஸ் ஆர்ஆர்என்ஏ போன்ற சிறிய துணை அலகு ரைபோசோமல் ஆர்என்ஏ (ஆர்ஆர்என்ஏ) மரபணுக்கள் மிகவும் பொதுவானவை. இந்த மரபணுக்கள் நுண்ணுயிர் பைலோஜெனெடிக் பகுப்பாய்வுகளில் அடிக்கடி பயன்படுத்தப்படுகின்றன, எனவே அவற்றின் ஆய்வுக்கு நன்கு நிறுவப்பட்ட நுட்பங்கள் உள்ளன. ஆர்வமுள்ள பிற மரபணுக்கள் பல்வேறு வளர்சிதை மாற்ற செயல்முறைகளில் முக்கியமானவையாக இருக்கலாம். சமூக கைரேகையின் நன்மைகள் மற்றும் தீமைகள் சமூக கைரேகையின் நன்மைகள் என்னவென்றால், அதை விரைவாகவும் ஒப்பீட்டளவில் மலிவாகவும் செய்ய முடியும், மேலும் பகுப்பாய்வுகள் ஒரே நேரத்தில் அதிக எண்ணிக்கையிலான மாதிரிகளுக்கு இடமளிக்க முடியும். இந்த பண்புகள் சமூக கைரேகைகளை குறிப்பாக காலப்போக்கில் நுண்ணுயிர் சமூகங்களில் ஏற்படும் மாற்றங்களைக் கண்காணிக்க பயனுள்ளதாக இருக்கும். மேலும், கைரேகை நுட்பங்களுக்கு ஒரு மாதிரியில் உள்ள உயிரினங்களுக்கான முன்னுரிமை வரிசை தரவு தேவையில்லை. சமூக கைரேகையின் ஒரு குறைபாடு என்னவென்றால், இது பெரும்பாலும் தரமான தரவுகளில் விளைகிறது, அளவு தரவு அல்ல. தரமான தரவைப் பயன்படுத்தும் போது, வெவ்வேறு ஆய்வுகளில் அல்லது வெவ்வேறு ஆய்வாளர்களிடையே காணப்பட்ட வடிவங்களை ஒப்பிடுவது கடினமாக இருக்கலாம். மேலும், சமூக கைரேகை ஒரு சுற்றுச்சூழல் மாதிரியில் வரிவிதிப்பை நேரடியாக அடையாளம் காணவில்லை, இருப்பினும் சில நுட்பங்களிலிருந்து தரவு வெளியீடு (எ. கா. ஒருவர் அடையாளம் காண விரும்பினால் டி. ஜி. ஜி. இ) மேலும் பகுப்பாய்வு செய்யப்படலாம். சில எழுத்தாளர்கள் சில கைரேகை முறைகளுக்கான முடிவுகளின் மோசமான இனப்பெருக்கம் செய்வதை சுட்டிக்காட்டுகின்றனர், அதே நேரத்தில் மற்ற எழுத்தாளர்கள் ஏராளமான மதிப்பீடுகளின் துல்லியமற்ற தன்மை மற்றும் அரிய வகைப்பாட்டின் இருப்பைப் பிடிக்க சில நுட்பங்களின் இயலாமையை விமர்சித்துள்ளனர். எடுத்துக்காட்டாக, ஒரு பாக்டீரியா சமூகத்தில் 0.5%-1% க்கும் குறைவான நுண்ணுயிரிகளைக் கண்டறிவது DGGE முறைக்கு கடினம். நுட்பங்கள் இந்த பிரிவு சமூக கைரேகைக்கான மூன்று முறைகளை வழங்குகிறது. முனைய கட்டுப்பாடு துண்டு நீளம் பாலிமார்பிசம் (டி-ஆர். எஃப். எல். பி) முனைய கட்டுப்பாடு துண்டு நீளம் பாலிமார்பிசம் (டி-ஆர். எஃப். எல். பி) என்பது ஒரு சமூக கைரேகை உருவாக்க ஒளிரும்-பெயரிடப்பட்ட டிஎன்ஏ துண்டுகளைப் பயன்படுத்தும் ஒரு முறையாகும். இந்த பிரிவு சமூக கைரேகையின் குறிப்பிட்ட சூழலில் டி-ஆர். எஃப். எல். பி பற்றிய சுருக்கமான விளக்கத்தை வழங்குகிறது. மேலும் விரிவான விளக்கத்திற்கு, டி-ஆர். எஃப். எல். பி கட்டுரையைப் பார்க்கவும். செயல்முறை டி-ஆர்எப்எல்பி (படம் 1) செய்ய, ஒருவர் ஒரு இலக்கு மரபணுவைத் தேர்ந்தெடுக்க வேண்டும் (எ. கா. 16S rRNA மரபணு) பி. சி. ஆர் மூலம் பெருக்கப்படுகிறது. பி. சி. ஆர் எதிர்வினையில் பயன்படுத்தப்படும் குறைந்தபட்சம் ஒரு ப்ரைமர் 5 'முனையில் ஒளிரும் வகையில் பெயரிடப்பட்டுள்ளது. பி. சி. ஆர் பெருக்கத்திற்குப் பிறகு, நகலெடுக்கப்பட்ட ஒவ்வொரு டிஎன்ஏ பிரிவும் ஃப்ளோரசன்ட் லேபிளைக் கொண்டுள்ளது. அடுத்து, குறிப்பிட்ட அங்கீகார தளங்களில் பெருக்கப்பட்ட டிஎன்ஏவை வெட்ட கட்டுப்பாடு என்சைம்கள் பயன்படுத்தப்படுகின்றன. மாதிரியில் உள்ள ஒவ்வொரு நுண்ணுயிரியும் இலக்கு மரபணுவில் வேறுபட்ட வரிசையைக் கொண்டிருக்கும் என்பது அடிப்படை அனுமானம், எனவே ஒரு கட்டுப்பாடு நொதி ஒவ்வொரு நுண்ணுயிரியின் டி. என். ஏவையும் வேறு இடத்தில் வெட்டுகிறது. (ஒவ்வொரு வெவ்வேறு கட்டுப்பாட்டு தளமும் ஒற்றை செயல்பாட்டு வகைபிரித்தல் அலகு [OTU] ஐக் குறிக்கும் என்று கருதப்படுகிறது). இவ்வாறு, நொதி மாதிரியில் இருக்கும் ஒவ்வொரு வகை நுண்ணுயிரிக்கும் ஒரு துண்டு நீளத்தை உருவாக்கும். செரிமானத்தின் விளைவாக வெவ்வேறு நீளங்களின் கட்டுப்பாடு துண்டுகளின் தொகுப்பாகும், அவை ஒவ்வொன்றும் ஒரு முனையில் ஒளிரும் வகையில் பெயரிடப்பட்டுள்ளன. இவை "முனைய துண்டுகள்" என்று அழைக்கப்படுகின்றன, ஏனெனில் அவை பி. சி. ஆர் ப்ரைமர் இணைக்கப்பட்ட இடத்தில் இறுதியில் பெயரிடப்பட்டுள்ளன. (பெயரிடப்படாத முனைகள் இறுதி பகுப்பாய்வில் பதிவு செய்யப்படவில்லை.) அடுத்து, துண்டுகள் ஜெல் அல்லது கேபில்லரி எலக்ட்ரோபோரேசிஸ் மூலம் அளவால் பிரிக்கப்படுகின்றன. லேசர் கண்டறிதல் முனைய துண்டுகளின் அளவு மற்றும் ஒளிரும்-தீவிரம் வடிவங்களைப் பிடிக்கிறது. அறியப்பட்ட அளவு மற்றும் ஒளிரும் டிஎன்ஏ தரநிலைகள் பகுப்பாய்வில் குறிப்புகளாக சேர்க்கப்பட்டுள்ளன. ஃப்ளோரசன்ஸிற்கான குறைந்தபட்ச வரம்பை அமைப்பதன் மூலம், பின்னணி சத்தம் விலக்கப்படும். தரவு வெளியீடு மற்றும் விளக்கம் லேசர் கண்டறிதல் படியின் வெளியீடு ஒரு எலக்ட்ரோஃபெரோகிராம் ஆகும், இது தொடர்ச்சியான சிகரங்களைக் காட்டுகிறது, கிடைமட்ட அச்சில் துண்டு நீளம் மற்றும் செங்குத்து அச்சில் ஃப்ளோரசன்ஸ் தீவிரம் (படம் 1). இரண்டாவது வெளியீடு ஒரு தரவு அட்டவணையாகும், இது துண்டுகளின் இடம்பெயர்வு நேரம், ஒவ்வொரு உச்சியின் அடிப்படை ஜோடிகளில் உள்ள அளவு மற்றும் ஒவ்வொரு உச்சியின் கீழ் உள்ள உயரம் மற்றும் பரப்பளவை பட்டியலிடுகிறது. டி-ஆர். எஃப். எல். பி இன் தத்துவார்த்த அடிப்படை, கிடைமட்ட அச்சில் வெவ்வேறு நிலைகளில் உள்ள சிகரங்கள் பல்வேறு வகையான உயிரினங்களை (அல்லது ஓடியு) குறிக்கின்றன என்று கருதுகிறது. ஒவ்வொரு ஃப்ளோரசன்ஸ் தீவிர உச்சத்தின் கீழும் உள்ள பகுதி சமூகத்தில் உள்ள ஒவ்வொரு பைலோடைப்பின் ஒப்பீட்டளவில் மிகுதியான ஒரு பதிலாளராகும். இருப்பினும், பல எச்சரிக்கைகளை கணக்கில் எடுத்துக் கொள்ள வேண்டும். வெவ்வேறு வகையான உயிரினங்கள் ஆர்வமுள்ள மரபணுவில் ஒரு கட்டுப்பாட்டு தளத்தைப் பகிர்ந்து கொள்ளலாம்; அப்படியானால், இந்த உயிரினங்கள் எலக்ட்ரோஃபெரோகிராமில் வெவ்வேறு சிகரங்களாக வேறுபடுத்தப்படாது. மேலும், ஒரு உச்சத்தின் கீழ் உள்ள பகுதி முழுமையான மிகுதியைக் காட்டிலும் ஒப்பீட்டளவில் மிகுதியைக் குறிக்கிறது, மேலும் மிகுதியான அளவீடு மற்றும் பி. சி. ஆர் பெருக்கத்தில் சார்புகள் உள்ளன. எடுத்துக்காட்டாக, அசல் மொத்த டிஎன்ஏ மாதிரியில் பற்றாக்குறையாக இருக்கும் உயிரினங்கள் இறுதி பகுப்பாய்வில் கண்டறியப்படும் அளவுக்கு பெருக்கப்படாது. இது சமூக பன்முகத்தன்மையை குறைத்து மதிப்பிடுவதற்கு வழிவகுக்கிறது. லியு மற்றும் பலர். "செல் லைசிஸ், டிஎன்ஏ பிரித்தெடுத்தல் மற்றும் பிசிஆர் பெருக்கம் ஆகியவற்றின் போது அறிமுகப்படுத்தப்பட்ட இனங்கள் மற்றும் சார்புகளுக்கு இடையிலான மரபணு நகல் எண்ணிக்கையில் உள்ள வேறுபாடுகள்" (ப. 4521) உள்ளிட்ட முடிவுகளை சிதைக்கக்கூடிய பிற சாத்தியமான காரணிகளை மேற்கோள் காட்டுங்கள். விரிவான தொழில்நுட்பத் தகவல்களைத் தேடுபவர்களுக்கு, டி-ஆர். எஃப். எல். பி செயல்முறையின் ஒவ்வொரு கட்டத்திலும் அறிமுகப்படுத்தப்படக்கூடிய சாத்தியமான சார்புகளின் பட்டியலை மார்ஷ் வழங்குகிறது. டி-ஆர். எஃப். எல். பி. யின் முக்கிய நன்மைகள் என்னவென்றால், இது வேகமானது மற்றும் பல மாதிரிகளுக்கு எளிதில் இடமளிக்க முடியும். மேலும், காட்சி வெளியீடு வெவ்வேறு மாதிரிகளில் சமூக அமைப்பு வடிவங்களின் ஒப்பீட்டை எளிதாக்குகிறது. தரவு வெளியீட்டின் பரந்த, தரமான தன்மை ஒரு குறைபாடு, இது மேற்கூறிய எச்சரிக்கைகளை மனதில் கொண்டு விளக்கப்பட வேண்டும். மேலும், ஒரு மாதிரியில் நுண்ணுயிரிகளை நேரடியாக அடையாளம் காண்பது டி-ஆர். எஃப். எல். பி மூலம் சாத்தியமில்லை. பயன்பாடுகள் Disayathanoowat மற்றும் பலர். தாய்லாந்தில் உள்ள இரண்டு வகையான தேனீக்களில் நுண்ணுயிர் குடல் சமூகத்தை அல்லது மைக்ரோபயோமை மதிப்பிட டி-ஆர். எஃப். எல். பி பயன்படுத்தப்பட்டது. இரண்டு இனங்களும் வெவ்வேறு நுண்ணுயிர் சமூகங்களை அடைவதையும், தேனீக்களின் வாழ்நாளில் நுண்ணுயிரிகள் மாறுவதையும் அவர்கள் கண்டறிந்தனர். ஜூ மற்றும் பலர். பைட்டோபிளாங்க்டன் கண்காணிப்புக்கான ஒரு முறையாக டி-ஆர். எஃப். எல். பி சோதனை செய்யப்பட்டது. ஆசிரியர்கள் ஒரு நேரத் தொடரில் நீர்த்தேக்கங்களிலிருந்து சுற்றுச்சூழல் நீர் மாதிரிகளை சேகரித்தனர். அறியப்பட்ட முனைய கட்டுப்பாடு துண்டுகளுடன் (கலாச்சாரங்களிலிருந்து கட்டப்பட்ட தரவுத்தளத்திலிருந்து) மாதிரிகளை ஒப்பிட்டுப் பார்த்த பிறகு, பைட்டோபிளாங்க்டன் சமூகத்தில் ஏற்படும் மாற்றங்களைக் கண்காணிப்பதற்கான ஒரு நுட்பமாக டி-ஆர். எஃப். எல். பி திறம்பட பயன்படுத்தப்படலாம் என்று அவர்கள் முடிவு செய்தனர். இருப்பினும், பன்முகத்தன்மை மற்றும் மிகுதியான மதிப்பீடுகள் மற்ற முறைகள் மூலம் கண்டறியப்பட்டதை விட குறைவான துல்லியமாக இருப்பது கண்டறியப்பட்டது. சாய்வு ஜெல் எலக்ட்ரோபோரேசிஸ் (டி. ஜி. ஜி. இ) செயல்முறை சாய்வு ஜெல் எலக்ட்ரோபோரேசிஸ் (டி. ஜி. ஜி. இ) என்பது ஒரு நுண்ணுயிர் கைரேகை நுட்பமாகும், இது வரிசை பண்புகளின் அடிப்படையில் தோராயமாக ஒரே அளவிலான பெருக்கிகளைப் பிரிக்கிறது (படம் 2). இந்த பண்புகள் டிஎன்ஏ சிதைவடையும் வரம்பை ஆணையிடுகின்றன. டி. ஜி. ஜி. இ ஜெல் ஒரு சாய்வு டிஎன்ஏ இயற்கைக்கு மாறான (யூரியா மற்றும் ஃபார்மைடு கலவை) அல்லது ஒரு நேரியல் வெப்பநிலை சாய்வு பயன்படுத்துகிறது. துண்டு அதன் உருகுதல் புள்ளியை அடையும் போது (போதுமான டினேச்சுரண்டின் வாசல்), அது நகர்வதை நிறுத்துகிறது. ஓரளவு உருகிய இரட்டை இழைகள் கொண்ட டிஎன்ஏ இனி ஜெல் வழியாக இடம்பெயர முடியாது என்பதே இதற்குக் காரணம். ஒரு ஜி. சி கிளாம்ப் (அதிக ஜி. சி உள்ளடக்கத்துடன் சுமார் 40 தளங்கள்) பி. சி. ஆர் துண்டுகள் சிதைந்தவுடன் அவற்றை ஒன்றாக நங்கூரமிட ஒரு சிறப்பு ப்ரைமராகப் பயன்படுத்தப்படுகிறது. தரவு வெளியீடு மற்றும் விளக்கம் ஒரு ஜெல்லில் உள்ள ஒவ்வொரு பாதையும் ஒரு நுண்ணுயிர் சமூகத்தைக் குறிக்கிறது. மாதிரிகள் இடையே பகிரப்பட்ட பட்டைகள் அதே அளவு மற்றும் ஜெல் மீது தோராயமாக அதே நிலையில் உள்ளன. நுண்ணுயிர் சமூக மாதிரிகளிடையே பகிரப்படாத மரபணு மாறுபாடுகள் மற்றவர்களுடன் கிடைமட்டமாக பொருந்தாது. எடுத்துக்காட்டாக, ஆர்வமுள்ள மரபணு 16S rRNA ஆக இருந்தால், நுட்பம் முதன்முதலில் விவரிக்கப்பட்டபோது இருந்ததைப் போல, பிசிஆர்-பெருக்கப்பட்ட துண்டுகள் ஒரே செங்குத்து இடத்தில் இருக்கும், ஏனெனில் அவை அனைத்தும் தோராயமாக ஒரே அளவு கொண்டவை. மற்றொரு இலக்கு மரபணு நீளத்தில் அதிக மாறுபாட்டைக் கொண்டிருக்கலாம், ஆனால் இயற்கைக்கு மாறான சாய்வு மாதிரிகளுக்கு இடையில் மேலும் வேறுபடுத்துவதற்கு இரண்டாவது உறுப்பை (உருகும் புள்ளியின்) பயன்படுத்துகிறது. டிஜிஜிஇ ஜெல் அடிப்படை வரிசையின் அடிப்படையில் ஒரே அளவிலான மரபணுக்களைப் பிரிக்கும். வகைபிரித்தல் கலவையில் நுண்ணுயிர் சமூகங்கள் எந்த அளவிற்கு ஒரே மாதிரியானவை அல்லது வேறுபட்டவை என்பதை இந்த நுட்பம் காட்டுகிறது. ஜெல்லில் வெவ்வேறு இடத்தில் உள்ள ஒவ்வொரு பட்டையும் வெவ்வேறு பைலோடைப் (ஒரு பைலோஜெனெடிக் மார்க்கர் மரபணுவின் ஒரு தனித்துவமான வரிசை) குறிக்கிறது. நுண்ணுயிர் சமூகங்களுக்கு இந்த முறை பல தனிப்பட்ட 16S rRNA வரிசைகளை சுயவிவரப்படுத்துகிறது. வெவ்வேறு கிடைமட்ட நிலைகளில் உள்ள பட்டைகளின் எண்ணிக்கையை அந்த மாதிரியில் உள்ள பல்லுயிர் அளவை மதிப்பிடுவதற்கும், பைலோஜெனெடிக் இணைப்பை ஊகிப்பதற்கும் பயன்படுத்தலாம். பைலோஜெனெடிக் இணைப்பு பற்றி மேலும் அறிய, ஒருவர் அந்த பட்டைகளை ஜெல்லிலிருந்து பிரித்தெடுக்கலாம், பின்னர் அவற்றை வரிசைப்படுத்தலாம். நன்மைகள் மற்றும் தீமைகள் டினேச்சரிங் சுயவிவரத்தைப் பயன்படுத்துவது ஒத்த அளவுகளின் டிஎன்ஏ துண்டுகளைப் பிரிப்பதற்கான ஒரு வழியாக செயல்படுகிறது. நுண்ணுயிர் பன்முகத்தன்மையை மதிப்பிடுவதில் இது நன்மை பயக்கும், ஏனெனில் 16S rRNA மரபணு பாக்டீரியா பைலா முழுவதும் அளவில் அதிகம் மாறுபடாது. டி. ஜி. ஜி. இ ஜெல் ஒரு நுண்ணுயிர் மாதிரியில் பல்லுயிர் பெருக்கத்தைப் பார்ப்பதற்கான விரைவான வழியை வழங்குகிறது, மேலும் ஆர்வமுள்ள பட்டைகளை வரிசைப்படுத்துவதற்கான விருப்பத்தைத் தடுக்காது. இந்த முறைக்கு நுண்ணுயிரிகளை ஆய்வகத்தில் வளர்க்க வேண்டிய அவசியமில்லை மற்றும் கலப்பின முறைகளுக்கான ஆய்வுகளை வடிவமைக்க தேவையான எந்த வரிசை தரவுகளும் தேவையில்லை. முக்கிய குறைபாடு என்னவென்றால், இது பல்லுயிர் பெருக்கத்தின் தரமான மதிப்பீடாகும், மேலும் பைலோஜெனெடிக் தொடர்பைப் பற்றிய அனுமானங்களைச் செய்ய ஒருவர் மரபணுக்களை வரிசைப்படுத்த வேண்டும். மற்றொரு குறைபாடு என்னவென்றால், ஜி. சி கிளாம்ப் ஒவ்வொரு முறையும் ஒருங்கிணைக்கப்படும்போது மாறுபடும். இது ஒரே 16S rRNA வரிசைக்கு வெவ்வேறு DGGE சுயவிவரங்களுக்கான சாத்தியத்திற்கு வழிவகுக்கிறது. பயன்பாடுகள் ஸ்டீபன் மற்றும் பலர். மண்ணில் உள்ள புரோட்டியோபாக்டீரியாவை விரைவாக பகுப்பாய்வு செய்ய டி. ஜி. ஜி. இ பயன்படுத்தப்பட்டது. பல்வேறு pH மதிப்புகளில் 36 ஆண்டுகளாக பராமரிக்கப்பட்ட மண்ணிலிருந்து தங்கள் சுற்றுச்சூழல் மாதிரிகளில் நுண்ணுயிர் பன்முகத்தன்மை பற்றிய ஆரம்ப மதிப்பீட்டை அவர்கள் பெற்றனர். இயற்கையான மக்கள்தொகை பற்றிய கூடுதல் விவரங்களைப் பெற டிஎன்ஏ துண்டுகளை ஆராய்வதன் மூலம் அவர்கள் டிஜிஜிஇ மற்றும் கலப்பின நுட்பங்களை இணைத்தனர். இந்த ஆய்வில், அவர்கள் நெருங்கிய தொடர்புடைய பாக்டீரியா வகைகளின் குழுவைப் பார்த்துக் கொண்டிருந்தனர், இவை அனைத்தும் ஆட்டோட்ரோபிக் β-புரோட்டியோபாக்டீரியல் அம்மோனியா ஆக்சிடைசர்கள். 16S ஆர். டி. என். ஏ மாதிரிகள் ஒரு ஜெல்லில் வெளியேறும் போது தெளிவற்ற ஒன்றுடன் ஒன்று பட்டைகளை அளித்தன. தெளிவற்ற ஒன்றுடன் ஒன்று இணைந்த பட்டைகள் கிளஸ்டர்-குறிப்பிட்ட ரேடியோலேபிள் ஆய்வுகளுடன் பிரிக்கப்பட்டன, இது மாதிரிகளில் உள்ள வெவ்வேறு மரபணு வகைகளின் ஒப்பீட்டளவில் மிகுதியான தகவல்களை வழங்கியது. வார்டு மற்றும் பலர். ஏரோபிக் கீமோர்கனோட்ரோபிக் மக்கள்தொகையின் 16S rRNA மரபணு பிரிவுகளின் DGGE பகுப்பாய்வைப் பயன்படுத்தி யெல்லோஸ்டோன் சூடான நீரூற்றில் உள்ள சயனோபாக்டீரியல் பாய் சமூகங்களை ஆய்வு செய்தனர். பன்முகத்தன்மை குறித்த புதிய நுண்ணறிவைப் பெறும் சமூகத்தை சுயவிவரப்படுத்த டிஜிஜிஇ அவர்களை அனுமதித்தது. அவர்கள் தூய்மைப்படுத்துவதன் மூலமும் வரிசைப்படுத்துவதன் மூலமும் ஆர்வமுள்ள பட்டைகளை வகைப்படுத்தினர், மேலும் முன்பு அறியப்படாத பல வம்சாவளிகளைக் கண்டறிந்தனர். (தானியங்கி) ரைபோசோமல் இன்டர்ஜெனிக் ஸ்பேசர் பகுப்பாய்வு (ஏஆர்ஐஎஸ்ஏ) செயல்முறை (தானியங்கி) ரைபோசோமல் இன்டர்ஜெனிக் ஸ்பேசர் பகுப்பாய்வு, அல்லது (ஏ) ஆர்ஐஎஸ்ஏ (படம் 3), 16 எஸ்ஆர்ஆர்என்ஏ மரபணு மற்றும் 23 எஸ்ஆர்ஆர்என்ஏ மரபணு ஆகிய இரண்டு மிகவும் பாதுகாக்கப்பட்ட மரபணுக்களுக்கு புரோக்கரியோடிக் டிஎன்ஏ குறியீடுகள் என்ற உண்மையைப் பயன்படுத்திக் கொள்கிறது. இவை ஆர். ஆர். என். ஏ ஓபரானில் உள்ள சிறிய மற்றும் பெரிய துணை அலகு மரபணுக்களை குறியாக்கம் செய்கின்றன. இந்த இரண்டு மரபணுக்களுக்கும் இடையில், ஒரு உள் டிரான்ஸ்கிரிப்ட் ஸ்பேசர் (ஐ. டி. எஸ்) பகுதி உள்ளது. இது புரதங்களுக்கு குறியீட்டு அல்லாதது என்பதால், இது மிகவும் மாறுபட்ட நியூக்ளியோடைடு வரிசை மற்றும் நீளம் ஆகும். ஒரு சமூகத்திலிருந்து டிஎன்ஏ தனிமைப்படுத்தப்பட்டவுடன், பிசிஆர் இந்த ஸ்பேசர் பகுதியை அதிகரிக்கிறது. துண்டுகள் ஒரு ஜெல்லில் (ஆர்ஐஎஸ்ஏ) ரன் அவுட் செய்யப்படலாம் அல்லது ஃப்ளோரசன்ட் ப்ரைமர்களை ஒரு எலக்ட்ரோஃபெரோகிராமில் (ஏஆர்ஐஎஸ்ஏ) வெவ்வேறு துண்டுகள் நீளங்களின் மிகுதியாக சிகரங்களாக மொழிபெயர்க்கலாம். தரவு வெளியீடு மற்றும் விளக்கம் மாறுபட்ட குறியீட்டு அல்லாத பகுதிகளின் காரணமாக, ஆர்ஐஎஸ்ஏ-க்கான வெளியீடு வெவ்வேறு பேண்டிங் வடிவங்களைக் கொண்ட ஒரு ஜெல் ஆகும், மேலும் ஏஆர்ஐஎஸ்ஏ-க்கான வெளியீடு வெவ்வேறு சிகரங்களைக் கொண்ட ஒரு எலக்ட்ரோஃபெரோகிராம் ஆகும் (டி-ஆர்எஃப்எல்பி போன்றது). ஒளிரும் வகையில் பெயரிடப்பட்ட ப்ரைமர்களின் பிரகாசம் சமூகத்தில் அந்த பாக்டீரியா வகை எவ்வளவு பரவலாக உள்ளது என்பதோடு தொடர்புடையது. ஜெல்லில் உள்ள கட்டு முறை ஒரு சமூக-குறிப்பிட்ட சுயவிவரமாக விளக்கப்படலாம். ஒவ்வொரு டிஎன்ஏ பட்டையும் அல்லது உச்சநிலையும் அந்த உயிரினத்தின் குறைந்தபட்சம் ஒரு பிரதிநிதியையாவது குறிக்கிறது. ஆர்ஐஎஸ்ஏவில், நீளத்தில் பொருந்தாத ஜெல்லில் உள்ள பட்டைகள் சமூகத்தில் உள்ள வெவ்வேறு உயிரினங்களைக் குறிக்கின்றன, ஏனெனில் அவை மிகவும் பாதுகாக்கப்பட்ட இரண்டு மரபணுக்களுக்கு இடையில் வெவ்வேறு இடைவெளி பகுதிகளைக் கொண்டுள்ளன. எலக்ட்ரோஃபெரோகிராம் மாதிரியில் அந்த ஸ்பேசர் பகுதியின் ஒப்பீட்டளவில் மிகுதியுடன் தொடர்புடைய சிகரங்களைக் காட்டுகிறது. டி-ஆர். எஃப். எல். பி உடன் ஒப்பிடும்போது நுண்ணுயிர் பன்முகத்தன்மையைக் கண்டறிவதில் அரிசா அதிக தெளிவுத்திறனைக் கொண்டிருக்கலாம். இந்த கைரேகை முறை நுண்ணுயிர் பன்முகத்தன்மையை மதிப்பிடுவதற்கான விரைவான மற்றும் உணர்திறன் கொண்ட முறையாகும். கவனிக்கப்பட்ட நீளம் பன்முகத்தன்மையை வளர்க்கக்கூடிய உயிரினங்களுடன் ஒன்றுடன் ஒன்று இணைப்பதற்கான தரவுத்தளங்களுடன் ஒப்பிடலாம். பைலோஜெனெடிக் குழுக்கள் தொடர்பான கேள்விகளைப் பெற ஒருவர் பைலம்-நிலை ஒலிகோனியூக்ளியோடைட் ப்ரைமர்களை வடிவமைக்கலாம். ஏ. ஆர். ஐ. எஸ். ஏ-வுக்கு ஒரு குறைபாடு என்னவென்றால், ஒரு உயிரினம் சமூக சுயவிவரத்திற்கு ஒன்றுக்கு மேற்பட்ட உச்சத்தை பங்களிக்கக்கூடும். தொடர்பில்லாத உயிரினங்களும் ஒத்த இடைவெளி நீளங்களைக் கொண்டிருக்கலாம், இது சமூக பன்முகத்தன்மையை குறைத்து மதிப்பிடுவதற்கு வழிவகுக்கிறது. இந்த சார்புகள் காரணமாக, ஆராய்ச்சியாளர்கள் பெரும்பாலும் சராசரி மதிப்பீட்டைப் பெறுவதற்காக ஒவ்வொரு சமூகத்திலிருந்தும் பல மாதிரிகளில் இந்த முறையைப் பயன்படுத்துகின்றனர். பயன்பாடுகள் ரஞ்சார்ட் மற்றும் பலர். ஆர்ஐஎஸ்ஏ பயன்படுத்தக்கூடிய ஆய்வுகளின் வகைகளின் பல எடுத்துக்காட்டுகளைப் பற்றி விவாதிக்கவும். ஆண்டிபயாடிக் சிகிச்சை, பாதரச அழுத்தம் மற்றும் காடழிப்பு போன்ற இடையூறுகளைத் தொடர்ந்து கைரேகை பாக்டீரியா சமூகங்களுக்கு இந்த நுட்பத்தைப் பயன்படுத்திய பல ஆய்வுகளை அவர்கள் மேற்கோள் காட்டுகிறார்கள். பூஞ்சை சமூகங்களை வகைப்படுத்துவதற்கு அரிசாவின் வெற்றிகரமான பயன்பாட்டையும் அவர்கள் நிரூபித்தனர், இது நுண்ணுயிர் சூழலியலின் ஒரு அம்சமாகும், இது முழுமையாக ஆராயப்பட உள்ளது. ஷ்லோஸ் மற்றும் பலர். சுற்றுச்சூழல் மாறுபாடுகளை ஆராய்ந்து அவற்றை உரக் குவியலின் நுண்ணுயிர் சூழலியலில் ஏற்படும் மாற்றங்களுடன் இணைக்கும் ஒரு ஆய்வை நடத்தியது. அவர்கள் சமூக கட்டமைப்பை சுயவிவரப்படுத்தவும், உரம் தயாரிக்கும் செயல்பாட்டின் கட்டங்களில் நுண்ணுயிரிகளின் தொடர்ச்சியைப் பார்க்கவும் ஏ. ஆர். ஐ. எஸ். ஏ. வைப் பயன்படுத்தினர். அவர்கள் டிஎன்ஏ மாதிரிகளை எடுத்து, செயல்முறையின் பல்வேறு கட்டங்களில் சமூக உறுப்பினர்களை அடையாளம் காண 16 எஸ் ஆர்ஆர்என்ஏ மரபணுவை வரிசைப்படுத்தினர். பின்னர் அவர்கள் சமூக அளவிலான மாற்றங்களைப் பார்க்க ஏஆர்ஐஎஸ்ஏவைப் பயன்படுத்தினர், பின்னர் இந்த நுண்ணுயிர் சமூக உறுப்பினர்களை அடையாளம் காண 16எஸ் ஆர்ஆர்என்ஏ மரபணு வரிசையை மிகவும் பொதுவான ஏஆர்ஐஎஸ்ஏ துண்டுகளுடன் இணைத்தனர். குறிப்புகள் பல்லுயிர்ச் சூழல் நுண்ணுயிரியல் மரபியல் நுட்பங்கள் மூலக்கூறு உயிரியல் நுட்பங்கள்