Linguistic sequence complexity
மொழியியல் வரிசை சிக்கலானது (எல். சி.) என்பது மரபணு வரிசைகளில் ஒரு மரபணு உரையின் 'சொற்களஞ்சியம் செழுமையின்' அளவீடு ஆகும். ஒரு நியூக்ளியோடைடு வரிசை நான்கு எழுத்து எழுத்துக்களைப் பயன்படுத்தி உரையாக எழுதப்படும்போது, உரையின் மீண்டும் மீண்டும், அதாவது அதன் என்-கிராம் (சொற்கள்) மீண்டும் மீண்டும் கணக்கிடப்படலாம் மற்றும் வரிசை சிக்கலின் அளவீடாக செயல்படுகிறது. எனவே, ஒரு டிஎன்ஏ வரிசை மிகவும் சிக்கலானது, அதன் ஒலிகோ நியூக்ளியோடைடு சொற்களஞ்சியம் வளமானது, அதேசமயம் மீண்டும் மீண்டும் வரும் வரிசைகள் ஒப்பீட்டளவில் குறைந்த சிக்கல்களைக் கொண்டுள்ளன. மொழியியல் சிக்கலான அணுகுமுறையின் சாரத்தை மாற்றாமல், டிரிஃபோனோவ் (1990) இல் விவரிக்கப்பட்ட அசல் வழிமுறையை அடுத்தடுத்த வேலைகள் மேம்படுத்தின. கொடுக்கப்பட்ட வரிசையின் அனைத்து தொடர்ச்சிகளின் மரமாக ஒரு வரிசையை வழங்குவதன் மூலம் எல். சி. யின் அர்த்தத்தை நன்கு புரிந்து கொள்ளலாம். மிகவும் சிக்கலான வரிசைகள் அதிகபட்சமாக சமநிலையான மரங்களைக் கொண்டுள்ளன, அதே நேரத்தில் சமநிலையின்மை அல்லது மர சமச்சீரற்ற தன்மையின் அளவீடு ஒரு சிக்கலான நடவடிக்கையாக செயல்படுகிறது. மர மட்டத்தில் உள்ள முனைகளின் எண்ணிக்கை கொடுக்கப்பட்ட வரிசையில் உள்ள நீளத்துடன் கூடிய சொற்களின் உண்மையான சொற்களஞ்சிய அளவிற்கு சமம்; மர மட்டத்தில் N நீளத்தின் மிகவும் சிக்கலான வரிசைக்கு ஒத்திருக்கும் மிகவும் சீரான மரத்தில் உள்ள முனைகளின் எண்ணிக்கை 4i அல்லது N-i + 1, இதில் எது சிறியதோ அது. ஒரு வரிசை துண்டு (நீளம் RW உடன்) இன் சிக்கலானது () சொற்களஞ்சியம்-பயன்பாட்டு நடவடிக்கைகளின் (Ui) பெருக்கலாக நேரடியாகக் கணக்கிடப்படலாம்ஃ கொடுக்கப்பட்ட அளவின் ஒலிகோமர்களுக்கான சொற்களஞ்சியம் பயன்பாடு என்பது கொடுக்கப்பட்ட வரிசையின் உண்மையான சொற்களஞ்சிய அளவின் விகிதமாகவும், அந்த நீளத்தின் வரிசைக்கு அதிகபட்ச சாத்தியமான சொற்களஞ்சிய அளவாகவும் வரையறுக்கப்படலாம். எடுத்துக்காட்டாக, ஏ. சி. ஜி. ஜி. ஏ. ஏ. ஜி. சி. டி. ஜி. ஏ. டி. சி. சி. சி. ஏ = 14/16 என்ற வரிசைக்கு யு2, ஏனெனில் இது 16 சாத்தியமான வெவ்வேறு டைனியூக்ளியோடைடுகளில் 14 ஐக் கொண்டுள்ளது; அதே வரிசைக்கு யு3 = 15/15, மற்றும் யு4 = 14/14. ஏ. சி. ஏ. சி. ஏ. சி. ஏ. சி. ஏ. சி. ஏ வரிசைக்கு, யு1 = 1/2; யு2 = 2/16 = 0.125, ஏனெனில் இது இரண்டு டைனியூக்ளியோடைடுகளின் எளிய சொற்களஞ்சியத்தைக் கொண்டுள்ளது; இந்த வரிசைக்கு யு3 = 2/15. k-டப்பிள்கள் k உடன் இரண்டு முதல் W வரை கருதப்படுகின்றன, அதே நேரத்தில் W என்பது RW ஐப் பொறுத்தது. 18 க்கும் குறைவான RW மதிப்புகளுக்கு, W என்பது 3 க்கு சமம்; 67 க்கும் குறைவான RW க்கு, W என்பது 4 க்கு சமம்; RW <260 க்கு, W = 5; RW <1029 க்கு, W = 6, மற்றும் பல. அதன் மதிப்பு கொடுக்கப்பட்ட நீளத்தின் பல்வேறு டிஎன்ஏ வரிசை துண்டுகளுக்கு 0 <சி <1 வரம்பில் வரிசை சிக்கலின் அளவை வழங்குகிறது. இந்த சூத்திரம் அசல் எல். சி அளவீட்டிலிருந்து இரண்டு விஷயங்களில் வேறுபட்டதுஃ சொற்களஞ்சிய பயன்பாடு யுஐ கணக்கிடப்படும் விதத்தில், மேலும் இது 2 முதல் என்-1 வரம்பில் இல்லை, ஆனால் டபிள்யூ வரை மட்டுமே உள்ளது. யுஐ வரம்பில் இந்த வரம்பு வழிமுறையை கணிசமாக அதிக செயல்திறன் கொண்டதாக ஆக்குகிறது. மற்றொரு மாற்றியமைக்கப்பட்ட பதிப்பு பயன்படுத்தப்பட்டது, இதில் மொழியியல் சிக்கலானது (எல். சி.) சரத்தில் இருக்கும் எந்த நீளத்தின் அடி மூலக்கூறுகளின் எண்ணிக்கையின் விகிதம் மற்றும் அதிகபட்ச எண்ணிக்கையிலான அடி மூலக்கூறுகளின் விகிதம் என வரையறுக்கப்படுகிறது. 1 முதல் மீ வரையிலான வார்த்தை அளவுகளில் அதிகபட்ச சொற்களஞ்சியத்தை எளிய சூத்திரத்தின் படி கணக்கிட முடியும். இந்த வரிசை பகுப்பாய்வு சிக்கலான கணக்கீடு எளிய வரிசை மீள்நிகழ்வுகள், அபூரண நேரடி அல்லது தலைகீழ் மீள்நிகழ்வுகள், பாலிபுரைன் மற்றும் பாலிபிரிமிடின் மூன்று இழைகள் கொண்ட டிஎன்ஏ கட்டமைப்புகள் மற்றும் நான்கு இழைகள் கொண்ட கட்டமைப்புகள் (ஜி-குவாட்ரூப்லெக்ஸ் போன்றவை) உள்ளிட்ட குறைந்த சிக்கலான பகுதிகளைக் கண்டறிவதற்கான ஒப்பீட்டு வரிசைகளுக்கு இடையில் பாதுகாக்கப்பட்ட பகுதிகளைத் தேட பயன்படுத்தப்படலாம். குறிப்புகள் நியூக்ளிக் அமிலங்கள் உயிர் தகவலியல்