ORF1ab
ORF1ab (மேலும் ORF1a/b) என்பது கூட்டாக இரண்டு திறந்த வாசிப்பு பிரேம்களை (ORFs) குறிக்கிறது, ORF1a மற்றும் ORF1b, அவை நிடோவைரஸ்களின் மரபணுக்களில் பாதுகாக்கப்பட்டுள்ளன, இது கரோனாவைரஸ்களை உள்ளடக்கிய வைரஸ்களின் குழுவாகும். புரோட்டீஸ்கள் மற்றும் ரெப்ளிகேஸ்-டிரான்ஸ்கிரிப்டேஸ் காம்ப்ளக்ஸ் (ஆர். டி. சி) கூறுகள் உட்பட வைரஸ் வாழ்க்கைச் சுழற்சியில் பல்வேறு செயல்பாடுகளுடன் பல கட்டமைப்பு அல்லாத புரதங்களை உருவாக்க புரோட்டியோலிசிஸுக்கு உட்படும் பெரிய பாலிப்ரோடைன்களை மரபணுக்கள் வெளிப்படுத்துகின்றன. இரண்டு ORF களும் சேர்ந்து சில நேரங்களில் ரெப்ளிகேஸ் மரபணு என்று குறிப்பிடப்படுகின்றன. அவை ஒரு திட்டமிடப்பட்ட ரைபோசோமல் பிரேம்ஷிஃப்ட் மூலம் தொடர்புடையவை, இது ரைபோசோம் ORF1a இன் முடிவில் ஸ்டாப் கோடானைக் கடந்து-1 வாசிப்பு சட்டகத்தில் தொடர்ந்து மொழிபெயர்க்க அனுமதிக்கிறது. இதன் விளைவாக உருவாகும் பாலிப்ரோடைன்கள் pp1a மற்றும் pp1ab என அழைக்கப்படுகின்றன. வெளிப்பாடு ORF1a என்பது மரபணுவின் 5 'முடிவில் உள்ள முதல் திறந்த வாசிப்பு சட்டகமாகும். ORF1ab ஒன்றாக மரபணுவில் மூன்றில் இரண்டு பங்கை ஆக்கிரமித்துள்ளது, மீதமுள்ள மூன்றில் ஒரு பங்கு 3 'முனையில் கட்டமைப்பு புரதங்கள் மற்றும் துணை புரதங்களை குறியாக்கம் செய்கிறது. இது 5 'மூடப்பட்ட ஆர்என்ஏவிலிருந்து தொப்பி சார்ந்த மொழிபெயர்ப்பு மூலம் மொழிபெயர்க்கப்பட்டுள்ளது. நிடோ வைரஸ்கள் அவற்றின் ஒப்பீட்டளவில் பெரிய ஆர்என்ஏ மரபணுக்களில் (பொதுவாக கரோனாவைரஸ்களுக்கு 27-32 கேபி) மரபணுக்களின் வெளிப்பாட்டை செயல்படுத்த தொடர்ச்சியற்ற துணை மரபணு ஆர்என்ஏ உற்பத்தியின் சிக்கலான அமைப்பைக் கொண்டுள்ளன, ஆனால் ஓஆர்எஃப்1ஏபி மரபணு ஆர்என்ஏவிலிருந்து நேரடியாக மொழிபெயர்க்கப்பட்டுள்ளது. ORF1ab வரிசைகள் கானோனிக்கல் அல்லாத துணை மரபணு ஆர்என்ஏக்களில் காணப்படுகின்றன, இருப்பினும் அவற்றின் செயல்பாட்டு முக்கியத்துவம் தெளிவாக இல்லை. ஒரு திட்டமிடப்பட்ட ரைபோசோமல் பிரேம்ஷிஃப்ட் ஸ்டாப் கோடான் வழியாக படிக்க அனுமதிக்கிறது, இது ORF1a ஐ-1 வாசிப்பு சட்டகத்தில் தொடர அனுமதிக்கிறது, இது நீண்ட பாலிப்ரோடைன் pp1ab ஐ உருவாக்குகிறது. சட்டக மாற்றம் ஒரு வழுக்கும் வரிசையில் நிகழ்கிறது, அதைத் தொடர்ந்து ஒரு சூடோக்னாட் ஆர்என்ஏ இரண்டாம் நிலை அமைப்பு உள்ளது. இது முரைன் கரோனாவைரஸிற்கான 20-50% செயல்திறன் அல்லது SARS-CoV-2 இல் 45-70% க்கு இடையில் அளவிடப்பட்டுள்ளது, இது pp1ab புரதத்தை விட தோராயமாக 1.5 முதல் 2 மடங்கு pp1a இன் ஸ்டோக்கியோமெட்ரியை வழங்குகிறது. செயலாக்கம் பாலிப்ரோடைன்கள் pp1a மற்றும் pp1ab சுமார் 13 முதல் 17 கட்டமைப்பு அல்லாத புரதங்களைக் கொண்டுள்ளன. உட்புற சிஸ்டைன் புரோட்டீஸ் களங்களின் செயல்பாடுகள் காரணமாக கட்டமைப்பு அல்லாத புரதங்களை வெளியிட அவை தானாகவே புரோட்டியோலிசிஸுக்கு உட்படுத்தப்படுகின்றன. கரோனாவைரஸ்களில், மொத்தம் 16 கட்டமைப்பு அல்லாத புரதங்கள் உள்ளன; pp1a புரதத்தில் கட்டமைப்பு அல்லாத புரதங்கள் nsp 1-11 மற்றும் pp1ab புரதத்தில் nsp 1-10 மற்றும் nsp 12-16 உள்ளன. புரோட்டியோலிடிக் செயலாக்கம் இரண்டு புரோட்டியேஸ்களால் செய்யப்படுகிறதுஃ மல்டிடோமைன் புரதமான என்எஸ்பி 3 இல் அமைந்துள்ள பாப்பெய்ன் போன்ற புரோட்டீஸ் புரத களம் என்எஸ்பி 4 வரை பிளவுபடுகிறது, மேலும் 3சிஎல் புரோட்டீஸ் (முக்கிய புரோட்டீஸ், என்எஸ்பி 5 என்றும் அழைக்கப்படுகிறது) பாலிப்ரோடைன் சி-டெர்மினஸ் வழியாக என்எஸ்பி 5 இன் மீதமுள்ள பிளவுகளை செய்கிறது. புரதங்கள் nsp 12-16, pp1ab பாலிப்ரோடைனின் சி-முனைய கூறுகள், வைரஸ் பிரதிபலிப்புக்குத் தேவையான முக்கிய நொதி செயல்பாடுகளைக் கொண்டுள்ளன. புரோட்டியோலிடிக் செயலாக்கத்திற்குப் பிறகு, பல கட்டமைப்பு அல்லாத புரதங்கள் ரெப்ளிகேஸ்-டிரான்ஸ்கிரிப்டேஸ் காம்ப்ளக்ஸ் (ஆர். டி. சி) எனப்படும் ஒரு பெரிய புரத வளாகத்திற்குள் ஒருங்கிணைக்கப்படுகின்றன, இது மரபணு பிரதி மற்றும் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனை செய்கிறது. கூறுகள் கோர் ரெப்ளிகேஸ் களங்கள் ஐந்து பாதுகாக்கப்பட்ட "கோர் ரெப்ளிகேஸ்" புரத களங்களின் தொகுப்பு அனைத்து நிடோவைரஸ் வம்சாவளிகளிலும் (தமனி வைரஸ்கள், மெசோனிவைரஸ்கள், ரோனிவைரஸ்கள் மற்றும் கரோனாவைரஸ்கள்) உள்ளனஃ ORF1a இலிருந்து, முக்கிய புரோட்டீஸ் இரு முனைகளிலும் டிரான்ஸ்மெம்பிரேன் களங்களால் சூழப்பட்டுள்ளது; மற்றும் ORF1b இலிருந்து, NiRAN என்று அழைக்கப்படும் நியூக்ளியோடிடைல் டிரான்ஸ்ஃபெரேஸ் களம், RNA-சார்ந்த RNA பாலிமரேஸ் (RdRp), துத்தநாகம்-பிணைப்பு களம் மற்றும் ஒரு ஹெலிகேஸ். (இது சில நேரங்களில் ஏழு களங்களாகக் கருதப்படுகிறது, இது டிரான்ஸ்மெம்பிரேன் பகுதிகளை தனித்தனியாக எண்ணுகிறது.) கூடுதலாக, முதுகெலும்பு புரவலன்களைப் பாதிக்கும் அனைத்து நிடோ வைரஸ்களிலும் ஒரு எண்டோரிபோநியூக்ளியேஸ் களம் காணப்படுகிறது. மற்ற நிடோவைரஸ் வம்சாவளிகளை விட சிறிய மரபணுக்களைக் கொண்ட ஆர்டெரிவைரஸ்கள், மெத்தில் டிரான்ஸ்ஃபெரேஸ்களையும், பெரிய மரபணுக்களைக் கொண்ட நிடோவைரஸ்களில் பாதுகாக்கப்படும் ஒரு களமான ப்ரூஃப் ரீடிங் எக்ஸோரிபோநியூக்லீஸையும் கொண்டிருக்கவில்லை. பெரிய ஆர்என்ஏ மரபணுக்களைப் பிரதிபலிக்க போதுமான நம்பகத்தன்மைக்கு இந்த சரிபார்ப்பு செயல்பாடு தேவை என்று கருதப்படுகிறது, ஆனால் சில வைரஸ்களிலும் கூடுதல் பாத்திரங்களை வகிக்கலாம். கரோனாவைரஸ்களில், pp1a மற்றும் pp1ab ஆகியவை ஒன்றாக பதினாறு கட்டமைப்பு அல்லாத புரதங்களைக் கொண்டுள்ளன, அவை பின்வரும் செயல்பாடுகளைக் கொண்டுள்ளனஃ பரிணாமம் ORF1a, ORF1b உள்ளிட்ட மரபணுவின் அமைப்பு மற்றும் அமைப்பு மற்றும் அவற்றைப் பிரிக்கும் சட்டகம் ஆகியவை நிடோ வைரஸ்களிடையே பாதுகாக்கப்படுகிறது. சில "கேனோனிக்கல் அல்லாத" நிடோவைரஸ் கட்டமைப்புகள் விவரிக்கப்பட்டுள்ளன, முக்கியமாக மரபணு இணைப்புகளை உள்ளடக்கியது. 41kb மரபணு கொண்ட மிகப்பெரிய நிடோவைரஸ், பிளானேரியன் சுரக்கும் செல் நிடோவைரஸ் (பி. எஸ். சி. என். வி), ஒரு கேனோனிக்கல் அல்லாத மரபணு கட்டமைப்பைக் கொண்டுள்ளது, இதில் ORF1a, ORF1b மற்றும் கீழ்நிலை ORF கள் கட்டமைப்பு புரதங்களைக் கொண்டுள்ளன, மேலும் அவை 13,000 அமினோ அமிலங்களின் பாலிப்ரோடைனை குறியாக்கம் செய்யும் ஒற்றை பெரிய ORF குறியீடாக வெளிப்படுத்தப்படுகின்றன. இந்த கேனோனிக்கல் அல்லாத மரபணுக்களில், வைரஸ் புரதங்களின் ஸ்டோச்சியோமெட்ரியை ஒழுங்குபடுத்த மற்ற பிரேம்ஷிஃப்ட் இடங்கள் அல்லது ஸ்டாப் கோடான் ரீட்ரூ பயன்படுத்தப்படலாம். நிடோ வைரஸ்கள் மரபணு அளவில் பரவலாக வேறுபடுகின்றன, பொதுவாக 12-15 kb மரபணுக்களைக் கொண்ட தமனி வைரஸ்கள் முதல் 27-32 kb இல் உள்ள கரோனாவைரஸ்கள் வரை. வைரஸ் ஆர்என்ஏ-சார்ந்த ஆர்என்ஏ பாலிமரேஸின் (ஆர்டிஆர்பி) ஒப்பீட்டளவில் குறைந்த நம்பகத்தன்மை பிரதி பொறிமுறை இருந்தபோதிலும், மிகப் பெரிய ஆர்என்ஏ மரபணுக்களின் பிரதிபலிப்பைப் புரிந்துகொள்வதில் அவர்களின் பரிணாம வரலாறு ஆராய்ச்சி ஆர்வமாக உள்ளது. பெரிய நிடோவைரஸ் மரபணுக்கள் (சுமார் 20kb க்கு மேல்) ரெப்ளிகேஷன் நம்பகத்தன்மைக்கு தேவை என்று கருதப்படும் ஒரு ப்ரூஃப் ரீடிங் எக்ஸோரிபோநியூக்லீஸை (கரோனாவைரஸ்களில் nsp14) குறியாக்கம் செய்கின்றன. கரோனாவைரஸ்களில், 3 'ORFs குறியீட்டு கட்டமைப்பு புரதங்களை விட ORF1ab மிகவும் பாதுகாக்கப்படுகிறது. COVID-19 தொற்றுநோய் முழுவதும், SARS-CoV-2 வைரஸ்களின் மரபணு பல முறை வரிசைப்படுத்தப்பட்டுள்ளது, இதன் விளைவாக ஆயிரக்கணக்கான தனித்துவமான மாறுபாடுகள் அடையாளம் காணப்பட்டுள்ளன. ஜூலை 2020 முதல் உலக சுகாதார அமைப்பின் பகுப்பாய்வில், ORF1ab மிகவும் அடிக்கடி பிறழ்ந்த மரபணு, அதைத் தொடர்ந்து S மரபணு ஸ்பைக் புரதத்தை குறியாக்கம் செய்கிறது. ஓஆர்எஃப்1ஏபி-க்குள் மிகவும் பொதுவாக பிறழ்ந்த புரதம் பாப்பைன் போன்ற புரோட்டீஸ் (என்எஸ்பி3) ஆகும், மேலும் ஆர்என்ஏ-சார்ந்த ஆர்என்ஏ பாலிமரேஸில் மிகவும் பொதுவாகக் காணப்பட்ட ஒற்றை மிஸ்ஸென்ஸ் பிறழ்வு இருந்தது. COVID-19 ஐக் கண்டறியும் சில பி. சி. ஆர் சோதனைகள் ORF1ab மரபணுவுக்கான மாதிரியை பகுப்பாய்வு செய்கின்றன. குறிப்புகள் கரோனாவைரஸ் புரதங்கள்