Retrozyme
ரெட்ரோசைம்கள் என்பது தாவரங்களின் மரபணுக்களில் முதன்முதலில் கண்டுபிடிக்கப்பட்ட ரெட்ரோட்ரான்ஸ்போசான்களின் குடும்பமாகும், ஆனால் இப்போது விலங்குகளின் மரபணுக்களிலும் அறியப்படுகிறது. ரெட்ரோசைம்கள் அவற்றின் வரிசைகளில் ஒரு ஹாம்மர்ஹெட் ரைபோசைமை (எச். எச். ஆர்) கொண்டுள்ளன (எனவே ரெட்ரோசைம் என்பது ரெட்ரோட்ரான்ஸ்போசன் மற்றும் ஹாம்மர்ஹெட் ரைபோசைம் ஆகியவற்றின் கலவையாகும்), இருப்பினும் அவை எந்த குறியீட்டு பகுதிகளையும் கொண்டிருக்கவில்லை. ரெட்ரோசைம்கள் தன்னாட்சி அல்லாத ரெட்ரோலேமென்ட்கள் ஆகும், எனவே பிற உறுப்புகளிலிருந்து புரதங்களை கடன் வாங்கி ஒரு மரபணுவின் புதிய பகுதிகளுக்குச் செல்கின்றன. ரெட்ரோசைம்கள் சகப்பிணைப்பு மூடிய வட்ட ஆர்என்ஏக்களாக (சர்க்ஆர்என்ஏக்கள் அல்லது சிசிஆர்என்ஏக்கள்) தீவிரமாக படியெடுக்கப்படுகின்றன, மேலும் அவை இரு துருவங்களிலும் கண்டறியப்படுகின்றன, இது அவற்றின் வாழ்க்கைச் சுழற்சியில் சுழலும் வட்டப் பிரதி பயன்பாட்டைக் குறிக்கலாம். தாவரங்களில் உள்ள ஒரு ரெட்ரோசைமின் மரபணு அமைப்பு ஒரு மைய குறியீட்டு அல்லாத பகுதியை உள்ளடக்கியது, இது HHR மையக்கருத்தைக் கொண்ட 300-400 nt பற்றி நீண்ட முனைய மீள்நிகழ்வுகளால் பக்கவாட்டில் நீட்டிக்கப்படலாம். அவை இரண்டு வரிசைகளையும் கொண்டுள்ளன (ஒரு ப்ரைமர் பைண்டிங் சைட் (பிபிஎஸ்) டிஆர்என்ஏ-மெட் வரிசைக்கு நிரப்பு மற்றும் ஒரு பாலி-பியூரின் டிராக்ட் (பிபிடி)) அணிதிரட்டலின் போது முதன்மை டிஎன்ஏ தொகுப்புக்கு தேவைப்படுகிறது. தாவர மரபணுக்களின் பிற கூறுகளுடன் ஒப்பிடும்போது ரெட்ரோசைமின் மிகவும் தனித்துவமான அம்சம் ஹாமர்ஹெட் ரைபோசைம் ஆகும். இல்லையெனில், அவை தாவர மரபணுக்களின் பிற அறியப்பட்ட அம்சங்களான மினியேச்சர் (TRIMs) மற்றும் சிறிய LTR ரெட்ரோட்ரான்ஸ்போசான்கள் (ஸ்மார்ட்) போன்ற முனைய-மீண்டும் மீண்டும் ரெட்ரோட்ரான்ஸ்போசான்களை ஒத்திருக்கின்றன. பி. பி. எஸ், பிபிடி மற்றும் எச். எச். ஆர் மையக்கருத்து ஆகியவை மட்டுமே ரெட்ரோசைம் வரிசைகளின் பகுதிகளாகும், அவை பாதுகாப்பு மற்றும் ஒத்த தன்மையைக் காட்டுகின்றன. தற்போது, பெனிலோப் போன்ற கூறுகள் (பி. எல். இ. க்கள்) என்று பல யூகாரியோட்டுகளில் அறியப்பட்ட ஒரு பெரிய ரெட்ரோட்ரான்ஸ்போசன் குடும்பத்திலிருந்து ரெட்ரோசைம்கள் உருவானதாக கருதப்படுகிறது. ரெட்ரோசைம்கள் பி. எல். இ. களுடன் பல விசித்திரமான அம்சங்களைப் பகிர்ந்து கொள்கின்றன, இதில் ஒரு வகை I எச். எச். ஆர், டாண்டம் நகல்களாக நிகழ்வு மற்றும் இன்றுவரை பகுப்பாய்வு செய்யப்பட்ட அனைத்து மெட்டாசோவான்களிலும் சக-இருப்பு ஆகியவை அடங்கும். ரெட்ரோசைம்கள் தற்போது 170என்டி வரை சிறியதாகவும், 1,116என்டி வரை பெரியதாகவும் இருக்கும் என்று அறியப்படுகிறது. சிறிய ரெட்ரோசைம்கள் பொதுவாக முதுகெலும்பற்ற விலங்குகளில் காணப்படுகின்றன, அதாவது மத்திய தரைக்கடல் முசலின் (மைட்டிலஸ் கால்லோப்ரோவின்சியலிஸ்) மரபணுவில் உள்ள 300என்ட் ரெட்ரோசைம் போன்றவை. அறியப்பட்ட மிகப்பெரிய ரெட்ரோசைம் 1,116என்டி நீளம் கொண்டது, இது ஜட்ரோபா குர்காஸின் ஒரு திரிபுகளின் மரபணுவில் கண்டுபிடிக்கப்பட்டுள்ளது. தற்போது, ரெட்ரோசைம்கள் மற்றும் ஒத்த கூறுகளுக்கான ஒரே தரவுத்தளம் வைராய்டிடிபி ஆகும், இது தற்போது தேசிய உயிரி தொழில்நுட்ப தகவல் நியூக்ளியோடைடு தரவுத்தள மையத்திலிருந்து எடுக்கப்பட்ட 73 ரெட்ரோசைம்களின் வரிசைகளைக் கொண்டுள்ளது. குறிப்பாக ரெட்ரோசைம்களின் வரிசைகள் ஆரம்பத்தில் நேரடியாகவும் தனித்தனியாகவும் ஜென்பேங்கிலிருந்து கண்டுபிடிக்கப்பட்டு பதிவிறக்கம் செய்யப்பட்டன, ஏனெனில் ரெட்ரோசைம்களுக்கு தற்போது வகைபிரித்தல் வகைப்பாடு இல்லை. ஆய்வகத்தில் ரெட்ரோசைம்களைப் படிக்க சில முறைகள் உருவாக்கப்பட்டுள்ளன. பண்புகள் ரெட்ரோசைம்கள் தாவரங்களின் வெவ்வேறு திசுக்களில் வேறுபட்ட அளவில் குவிகின்றன. மேலும், சில தாவர இனங்களின் வளர்க்கப்பட்ட சமமானவை ரெட்ரோசைம்களின் கணிசமாக குறைவான நகல்களைக் கொண்டுள்ளன, இது ரெட்ரோசைம் வரிசைகளில் எதிர்மறை தேர்வு அழுத்தத்தைப் பயன்படுத்துகிறது என்பதைக் குறிக்கிறது. தாவரங்களில் உள்ள ரெட்ரோசைம்களின் மற்றொரு சுவாரஸ்யமான பண்பு அவற்றின் செயலில் உள்ள டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் ஆகும், இருப்பினும் பெரும்பாலான ரெட்ரோட்ரான்ஸ்போசான்கள் செயலற்றவை. அறியப்பட்ட மிகச்சிறிய ரெட்ரோசைம்கள் முதுகெலும்பற்ற விலங்குகளில் காணப்படுகின்றன, அவை 170-400 nt வரை இருக்கலாம். அவை குறைந்தபட்சம் பெரும்பாலான உயிரணு வகைகளில் வெளிப்படுத்தப்படுவதாகத் தெரிகிறது. தாவரங்களைப் போலவே, விலங்குகளில் உள்ள ரெட்ரோசைம்களும் உடல் செல்கள் மற்றும் கிருமி செல்கள் இரண்டிலும் அதிக அளவில் வெளிப்படுத்தப்படுகின்றன. ரெட்ரோசைம்கள் நேரியல் மற்றும் வட்டமயமாக்கப்பட்ட வடிவங்களில் காணப்பட்டாலும், வட்டமயமாக்கப்பட்ட ரெட்ரோசைம்களின் அளவுகள் விவோவில் மிகவும் ஏராளமாகக் காணப்படுகின்றன, மேலும் நேரியல் வடிவங்கள் பிரதிபலிப்பின் போது எச். எச். ஆர் மையக்கருத்தால் சுய-சிதைவின் விளைவாகவோ அல்லது சுத்திகரிப்பின் போது தன்னிச்சையான உடைவின் விளைவாகவோ இருக்கலாம். விலங்கு ரெட்ரோசைம்கள் தாவர ரெட்ரோசைம்களுடன் பல வேறுபாடுகளைக் கொண்டுள்ளன. வெவ்வேறு புரதங்கள் ரெப்ளிகேஷன் சுழற்சியின் போது தாவர மற்றும் விலங்கு ரெட்ரோசைம்களை வட்டமாக மற்றும் தலைகீழாக படியெடுத்தல் செய்கின்றன. விலங்கு ரெட்ரோசைம்களில் தாவர ரெட்ரோசைம்களில் அறியப்பட்ட அனைத்து சிறப்பியல்பு நீண்ட-முனைய மீள்நிகழ்வுகள், பிபிஎஸ் மற்றும் பிபிடிக்கள் இல்லை. தாவர ரெட்ரோசைம்களில் எச். எச். ஆர் மையக்கருத்தின் ஒன்று அல்லது இரண்டு பிரதிகள் மட்டுமே இருக்கும்போது, விலங்கு ரெட்ரோசைம்களில் இதுபோன்ற பல பிரதிகள் இருக்கலாம். விலங்கு ரெட்ரோசைம்கள் சிறிய டாண்டம் மீள்நிகழ்வுகளையும் கொண்டுள்ளன, அவை பெரும்பாலும் இலக்கு பக்க நகல்களால் (டி. எஸ். டி) பக்கவாட்டில் உள்ளன. விலங்குகளில் உள்ள டிஎஸ்டிக்கள் பொதுவாக 8-12 பிபி ஆகும், இது தாவரங்களில் காணப்படும் 4 பிபி டிஎஸ்டிக்களை விட சற்றே பெரியது. ரெப்ளிகேஷன் சுழற்சி ரெட்ரோசைம் வரிசை முதலில் ஹோஸ்டில் உள்ள ஒரு பாலிமரேஸ் மூலம் படியெடுக்கப்படுகிறது. தயாரிப்பு ஒரு ஒலிகோமெரிக் ஆர்என்ஏ வரிசை ஆகும், இது ரெட்ரோசைம் வரிசையின் பல நகல்களைக் கொண்ட ஒற்றை டிரான்ஸ்கிரிப்ட் ஆகும். ஹாமர்ஹெட் ரைபோசைம் மையக்கருத்து பின்னர் தன்னியக்கமாக ஒலிகோமெரிக் டிரான்ஸ்கிரிப்ட்டை பல மோனோமெரிக் டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களாக பிரிக்க சுய-அகற்றலைச் செய்கிறது, ஒவ்வொன்றும் ரெட்ரோசைம் வரிசையின் ஒரு நகலை மட்டுமே கொண்டுள்ளது. இந்த நகல் ரெப்ளிகேஷன் சுழற்சியின் இடைநிலை ஆகும், இது 5 '-ஹைட்ராக்சில் மற்றும் 2'-3 '-சுழற்சி பாஸ்பேட் முனைகளுடன் அசல் வரிசையின் எதிர் துருவமுனைப்பைக் கொண்டுள்ளது. புரவலனில் உள்ள ஒரு லிகேஸ் புரதம் இந்த இடைநிலையை ஒரு நிலையான, வட்டமான ஆர்என்ஏ மூலக்கூறாக சுழற்றலாம். தாவரங்களில், இந்த லிகேஸ் ஒரு குளோரோபிளாஸ்ட் டி. ஆர். என். ஏ லிகேஸ் ஆகும். வட்டமயமாக்கலுக்கான குளோரோபிளாஸ்ட் டி. ஆர். என். ஏ லிகேஸைச் சார்ந்திருப்பது வைராய்டுகளின் அவ்சுன்வைராய்டே குடும்பத்திலும் காணப்படுகிறது. விலங்குகளில், லிகேஸ் ஒரு ஆர். டி. சி. பி. டி. ஆர். என். ஏ லிகேஸ் ஆகும். ரெட்ரோசைம் ஆர்என்ஏவின் தொடர்புடைய நிரப்பு டிஎன்ஏவை உருவாக்க வேறு ரெட்ரோட்ரான்ஸ்போசனில் இருந்து தலைகீழ் டிரான்ஸ்கிரிப்டேஸ் செயல்பாடு தேவைப்படுகிறது, மேலும் இந்த சிடிஎன்ஏவின் துருவமுனைப்பு அசல் வரிசையின் துருவமுனைப்புடன் ஒத்திருக்கிறது. தாவர மற்றும் விலங்கு ரெட்ரோசைம்கள் அவற்றின் ஆர்என்ஏ மூலக்கூறின் சிடிஎன்ஏ நகலை உருவாக்க வெவ்வேறு ரெட்ரோட்ரான்ஸ்போசான்களை நம்பியுள்ளன. தாவரங்களில், ஜிப்சி குடும்பத்தின் எல்டிஆர் ரெட்ரோட்ரான்ஸ்போசான்கள் பயன்படுத்தப்படுகின்றன. விலங்குகளில் எந்த வகையான ரெட்ரோட்ரான்ஸ்போசான்கள் நம்பப்படுகின்றன என்பது தெளிவாகத் தெரியவில்லை என்றாலும், இவை லைன்கள் அல்லது பி. எல். இ. க்கள் போன்ற வகுப்புகளாக இருக்கலாம். டிஎன்ஏ நகல் தயாரிக்கப்பட்ட பிறகு, ரெட்ரோசைம் வரிசை ஒரு மரபணு இருப்பிடத்தில் தன்னை மீண்டும் செருகுவதற்கான வாய்ப்பைக் கொண்டுள்ளது. நடமாடும் மரபணு கூறுகளுடனான உறவுகள் நடமாடும் மரபணு கூறுகளின் (எம்ஜிஇ) வகைகளுடன் நெருக்கமான ஒற்றுமைகளைக் கொண்டுள்ளன, குறிப்பாக வைராய்டுகள், செயற்கைக்கோள் ஆர்என்ஏக்கள் (சாடிஆர்என்ஏக்கள்) மற்றும் ரிபோசைவிரியா (சமீபத்தில் விவரிக்கப்பட்ட வைரஸ்கள்). ஒன்று, ஹாமர்ஹெட் ரைபோசைம் (எச். எச். ஆர்) மையக்கருத்து இந்த அனைத்து கூறுகளிலும் காணப்படுகிறது. இந்த கூறுகள் உருளும் வட்ட பிரதி மூலம் பிரதிபலிக்கின்றன, அங்கு எச். எச். ஆர் மையக்கருத்து ஒரு பாதுகாக்கப்பட்ட தளத்தில் வட்ட ஆர்என்ஏ மூலக்கூறை பிளவுபடுத்துவதில் தன்னியக்க வினையூக்கி பாத்திரத்தை வகிக்கிறது. மேலும், இந்த உறுப்புகள் அனைத்தும் அவற்றின் வரிசையை படியெடுப்பதற்கு ஒரு புரவலன் பாலிமரேஸ் மற்றும் அவற்றை ஒரு வட்டமான ஆர்என்ஏ மூலக்கூறாக மறுசுழற்சி செய்ய ஒரு லிகேஸ் ஆகியவற்றைப் பொறுத்தது. ரெட்ரோசைம்கள், சில சட்ஆர்என்ஏக்கள் மற்றும் அவ்சுன்வைராய்டே (வைராய்டுகளின் இரண்டு வகுப்புகளில் ஒன்று) போன்ற கிளைகள் கொண்ட இணக்கங்களை உருவாக்குகின்றன. அவற்றின் எளிமை காரணமாக, வைராய்டுகள் தோன்றி ஆர்என்ஏ உலகின் எச்சங்கள் என்று பலர் பரிந்துரைத்துள்ளனர். பிற பரிந்துரைகளில் வைராய்டுகள் மற்ற வைரஸ்களிலிருந்து பெறப்படுகின்றன, அவை அளவில் சீரழிந்து, புரத-குறியீட்டு மரபணுக்களை இழந்துள்ளன. இந்த ஆலோசனைகளுக்கு பல சவால்கள் எழுப்பப்பட்டுள்ளன. பூக்கும் தாவரங்களில் உள்ள வைராய்டுகள் மற்றும் செயற்கைக்கோள் ஆர்என்ஏக்களின் வரையறுக்கப்பட்ட வரம்பு (பாக்டீரியா மற்றும் ஆர்க்கியாவில் எதுவும் கண்டுபிடிக்கப்படவில்லை) அவற்றின் தோற்றம் யூகாரியோட்டுகளின் தோற்றத்திற்குப் பிந்தைய காலத்தைக் குறிக்கிறது. சமீபத்திய கண்டுபிடிப்பு மற்றும் ரெட்ரோசைம்கள் தொடர்பான முன்னேற்றங்கள், ரெட்ரோசைம்கள் வைராய்டுகள் மற்றும் சட்ஆர்என்ஏக்களின் தோற்றத்திற்கு ஆதாரமாக இருந்தன என்ற தற்போதைய கருதுகோளுக்கு வழிவகுத்தன. ரைபோசைவைரஸுடனான உறவு குறைவான நேரடியான முன்னோக்கி உள்ளது. ரெட்ரோசைம்கள், வைராய்டுகள் மற்றும் செயற்கைக்கோள்களை விட ரைபோசைவைரஸ்கள் மிகவும் சிக்கலானவை. புரத-குறியீட்டு மரபணுவைக் கொண்ட ஒரே வைராய்டு போன்ற உறுப்பு அவை மட்டுமே. இந்த மரபணு குறியீடுகள் ஒரு கேப்சிட்டுக்கானது, இது மொழிபெயர்ப்புக்குப் பிந்தைய மாற்றங்களுக்கு உட்பட்டு வெவ்வேறு வடிவங்களுக்கு வழிவகுக்கிறது, அவை ஒன்றாக ஹோஸ்டில் பல்வேறு செயல்பாடுகளைச் செய்கின்றன, அவற்றின் வாழ்க்கைச் சுழற்சியை செயல்படுத்துகின்றன. மேலும், ரைபோசைவைரஸ்கள் விலங்கு வம்சாவளிகளில் மட்டுமே குறுகிய அளவில் காணப்படுகின்றன, அதே நேரத்தில் வைராய்டுகள் மற்றும் செயற்கைக்கோள் ஆர். என். ஏக்கள் இரண்டும் தாவரங்களில் மட்டுமே தொற்றுநோயாக அறியப்படுகின்றன. விலங்குகளில் ரைபோசைவைரஸ்களின் குறுகிய பரவல், தாவரங்களில் வைராய்டுகளின் தோற்றத்திற்கான வலுவான ஆதாரங்களுடன் இணைந்து, ரைபோசைவைரஸ்கள் எம். ஜி. இ. களின் மிக சமீபத்திய வகுப்பாகும் என்று கூறுகிறது. ரைபோசைவைரஸ்கள் வைராய்டுகளிலிருந்து வெளிப்பட்டு பின்னர் கிடைமட்ட மரபணு பரிமாற்றத்தின் மூலம் விலங்குகளுக்குள் மாற்றப்பட்டிருக்கலாம், ஒரு கட்டத்தில் புரத-குறியீட்டு மரபணுவைப் பெற்றிருக்கலாம். மாற்றாக, தாவரங்கள் மற்றும் விலங்குகள் இரண்டிலும் ரெட்ரோசைம்கள் அறியப்படுவதால், ரெட்ரோசைம்கள் சுயாதீனமாக விலங்கு வம்சாவளிகளில் ரைபோசைவைரஸ்களுக்கு வழிவகுத்திருக்கலாம். வைராய்டுகள் மற்றும் பிற வைராய்டு போன்ற கூறுகள் ரெட்ரோசைம்களிலிருந்து ஒரு முறை அல்லது பல முறை வெளிவந்தனவா என்பது தெளிவாகத் தெரியவில்லை, மேலும் அவை ஆர். என். ஏ உலகில் மீண்டும் கண்டுபிடிக்க வாய்ப்பில்லை என்றாலும், சில இன்னும் ரெப்ளிகேட்டர் அளவின் கோட்பாட்டு குறைந்த வரம்பிற்கு நெருக்கமான குறைந்தபட்ச ரெப்ளிகேட்டர்களாக அவற்றின் முக்கியத்துவத்தை வலியுறுத்துகின்றன. மேலும் காண்க ஹாமர்ஹெட் ரைபோசைம் ரெட்ரோட்ரான்ஸ்போசன் ரைபோசைவிரியா செயற்கைக்கோள் (உயிரியல்) வைராய்டு வைரஸ் குறிப்புகள் வெளிப்புற இணைப்புகள் வைராய்டுடிபி, வைராய்டு மற்றும் வைராய்டு போன்ற வட்ட ஆர்என்ஏக்களின் மொபைல் மரபணு கூறுகளின் தரவுத்தளம்