AMRFinderPlus
தேசிய உயிரி தொழில்நுட்ப தகவல் மையத்தின் (என். சி. பி. ஐ) ஏஎம்ஆர்ஃபைண்டர் பிளஸ் கருவி ஒரு உயிர் தகவலியல் கருவியாகும், இது பாக்டீரியா மரபணுக்களில் நுண்ணுயிர் எதிர்ப்பு தீர்மானிப்பவர்கள், மன அழுத்த பதில் மற்றும் வைரஸ் மரபணுக்களை அடையாளம் காண பயனர்களை அனுமதிக்கிறது. இந்த கருவியின் வளர்ச்சி 2018 இல் தொடங்கியது (AMRFinder ஆக) மற்றும் இன்னும் நடந்து வருகிறது. தேசிய சுகாதார நிறுவனங்கள் மென்பொருள் மற்றும் அது பயன்படுத்தும் தரவுத்தளங்களின் வளர்ச்சிக்கு நிதியளிக்கின்றன. பயன்பாடு AMRFinderPlus NCBI இன் நோய்க்கிருமி கண்டறிதல் திட்டத்தால் பயன்படுத்தப்படுகிறது, இது உணவு, சுற்றுச்சூழல் ஆதாரங்கள் மற்றும் நோயாளிகளிடமிருந்து ஒத்த நோய்க்கிருமி மரபணு வரிசைகளை தொகுத்து கண்டறிகிறது. நோய்க்கிருமி கண்டறிதல் திட்டத்தில் ஒவ்வொரு பாக்டீரியா தனிமைப்படுத்தலுக்கும் AMRFinderPlus இயக்கப்படுகிறது, மேலும் கண்டுபிடிப்புகள் பொது பயன்பாட்டிற்காக வழங்கப்படுகின்றன. 2021 ஆம் ஆண்டில் அதன் அறிவியல் வெளியீட்டிலிருந்து, இது மற்ற பயனர்களிடமிருந்தும் மேற்கோள்களை சேகரித்துள்ளது. தரவுத்தள வடிவமைப்பு மற்றும் சிகிச்சை AMRFinderPlus கையகப்படுத்தப்பட்ட ஆண்டிபயாடிக் எதிர்ப்பு, மன அழுத்த பதில் மற்றும் வைரஸ் மரபணுக்கள் மற்றும் ஆண்டிபயாடிக் எதிர்ப்பை வழங்க அறியப்பட்ட மரபணு பிறழ்வுகள் ஆகியவற்றைக் கண்டறிய முடியும். AMRFinderPlus ஆரம்பத்தில் உருவாக்கப்பட்டு விநியோகிக்கப்பட்டபோது, ஆண்டிபயாடிக் எதிர்ப்பு நிர்ணயிப்பாளர்களைக் கொண்ட பல தரவுத்தளங்கள் ஏற்கனவே இருந்தன. தரவுத்தள உருவாக்குநர்கள், நிபுணர் குழுக்கள் மற்றும் பிறருடன் குழு ஒத்துழைத்து இந்த ஆதாரங்களை ஒருங்கிணைத்து, அந்த நேரத்தில் சமூகம் முன்னிலைப்படுத்திய இந்த வெவ்வேறு தரவு ஆதாரங்களில் உள்ள வரம்புகளை நிவர்த்தி செய்யும் உயர்தர வளத்தை உருவாக்குகிறது. என். சி. பி. ஐ குழு நிபுணர் குழுக்களுடன் இணைந்து தரவுத்தளத்தையும் அதன் சிறுகுறிப்பையும் தவறாமல் உருவாக்குகிறது. மறுஆய்வு ஆவணங்களின் தொடர்ச்சியான மதிப்பீடு மற்றும் எதிர்ப்பு புரதங்களின் புதிய அறிக்கைகள் இந்த ஆதாரங்களை அதிகரிக்கின்றன. சில ஏஎம்ஆர் மரபணு அடையாளக் கருவிகள் பிளாஸ்ட் அடிப்படையிலான முறைகளை நம்பியிருந்தாலும், மற்றவை மறைக்கப்பட்ட மார்கோவ் மாதிரி (எச்எம்எம்) அணுகுமுறைகளைப் பயன்படுத்துகின்றன. பிளேஸ்ட் அடிப்படையிலான முறைகள் நெருக்கமாக தொடர்புடைய குறிப்பிட்ட அல்லீல்கள் மற்றும் மரபணுக்களை அடையாளம் காண முடியும், ஆனால் அவை பெரும்பாலும் ஏஎம்ஆர் மரபணுக்களை தவறாக அடையாளம் காணக்கூடிய அல்லது ஏஎம்ஆர் அல்லாத மரபணுக்களுக்கு எதிர்ப்பை ஒதுக்கும் தன்னிச்சையான வெட்டுக்களைப் பயன்படுத்துகின்றன. AMRFinderPlus இல், உணர்திறன் மற்றும் கண்டறிதலின் தனித்துவத்தை மேம்படுத்த ஒவ்வொரு மரபணுவிற்கும் தனிப்பயன் BLAST கட்ஆஃப்கள் உருவாக்கப்படுகின்றன. எந்தவொரு வரிசையிலும் வரிசை பொருந்தாதவற்றுக்கு ஒரே அபராதத்தைப் பயன்படுத்தும் பிளேஸ்ட் அடிப்படையிலான அணுகுமுறைகளைப் போலல்லாமல், எச். எம். எம். க்கள் இயற்கையில் அவை எவ்வளவு பரவலாக உள்ளன என்பதை அடிப்படையாகக் கொண்ட வரிசை பொருந்தாத தன்மைகளை எடைபோட அனுமதிக்கின்றன, இதன் விளைவாக பிளேஸ்ட் அடிப்படையிலான அணுகுமுறைகளை விட உண்மையான ஒத்த சொற்களைக் கண்டறிவதில் அதிக துல்லியம் ஏற்படுகிறது, ஆனால் இந்த மாதிரிகளுக்கு துல்லியத்தை உறுதிப்படுத்த குணப்படுத்துதல் மற்றும் சரிபார்ப்பு தேவைப்படுகிறது. கருவியின் பாக்டீரியா நுண்ணுயிர் எதிர்ப்பு குறிப்பு மரபணு தரவுத்தளம் புதுப்பித்த மரபணு பெயரிடல், மறைக்கப்பட்ட மார்கோவ் மாதிரிகளின் (எச். எம். எம்) தொகுப்பு மற்றும் ஒரு தொகுக்கப்பட்ட புரத குடும்ப படிநிலை ஆகியவற்றைக் கொண்டுள்ளது. தரவுத்தளத்தில் 627 க்கும் மேற்பட்ட ஏஎம்ஆர் எச்எம்எம்கள், 6,428 மரபணுக்கள் மற்றும் 682 பிறழ்வுகள் உள்ளன, இந்தத் தரவை பல குழுக்களுடன் இணைந்து மரபணு குடும்பங்கள், சின்னங்கள் மற்றும் பெயர்களின் படிநிலை கட்டமைப்பில் வைக்கிறது. தரவுத்தளத்தில் உள்ள மரபணுக்கள் 5588 ஏஎம்ஆர் மரபணுக்கள், 210 மன அழுத்த மறுமொழி மரபணுக்கள் மற்றும் 630 வைரஸ் மரபணுக்களைக் கொண்டுள்ளன. ஏஎம்ஆர் மரபணுக்கள் 31 வெவ்வேறு வகை ஆண்டிபயாடிக் மற்றும் 58 குறிப்பிட்ட மருந்துகளுக்கு எதிர்ப்பை உள்ளடக்கியது. வரிசைப் பதிவுகளில், முடிந்தவரை, ப்ரைமர்களின் வடிவமைப்பிற்கு உதவுவதற்காக குறியீட்டு பகுதியின் இருபுறமும் கூடுதலாக 100 பிபி உள்ளது. ஒவ்வொரு எச். எம். எம்-க்கும் தனித்தனியாக ஒரு கையேடு செயல்முறை மூலம் கட்ஆஃப்கள் அமைக்கப்பட்டன, இதில் துணை இலக்கியத்தை உறுதிப்படுத்துதல், தொடர்புடைய குடும்பங்களிலிருந்து பிற ஏஎம்ஆர் புரதங்களுக்கு எதிராக தரப்படுத்துதல் மற்றும் என்சிபிஐயின் தேவையற்ற புரத வரிசை தரவுத்தளத்தில் சேர்க்கப்பட்ட மில்லியன் கணக்கான கூடுதல் புரதங்களின் பின்னணி ஆகியவை அடங்கும். யுனைடெட் ஸ்டேட்ஸ் பதிப்புரிமைச் சட்டத்தின் விதிகளின் கீழ், NCBI AMRFinderPlus "யுனைடெட் ஸ்டேட்ஸ் கவர்ன்மென்ட் வொர்க்" என வகைப்படுத்தப்பட்டுள்ளது. இது டெவலப்பர்களின் "அமெரிக்க அரசாங்கத்திற்கான அதிகாரப்பூர்வ கடமைகளின்" ஒரு பகுதியாக நிகழ்த்தப்பட்ட வேலையாகக் கருதப்படுகிறது, எனவே இது பதிப்புரிமையால் பாதுகாக்கப்படவில்லை. எனவே மென்பொருள் பயன்பாட்டிற்காக பொதுமக்களுக்கு இலவசமாக அணுகக்கூடியது மற்றும் அதன் தற்போதைய அல்லது எதிர்கால பயன்பாட்டிற்கு வரம்புகள் எதுவும் இல்லை. நுண்ணுயிர் எதிர்ப்பு மரபியல் உயிர் தகவலியல் குறிப்புகள் வெளிப்புற இணைப்புகள் கிட்ஹப் பக்கம் ஆவணப்படுத்தல் இலவச உயிர் தகவலியல் மென்பொருள் கணக்கீட்டு அறிவியல்