Genome mining
மரபணுச் சுரங்கம் இயற்கை பொருட்களின் உயிரியக்கவியல் பாதைகள் மற்றும் அவற்றின் சாத்தியமான தொடர்புகளைக் கண்டுபிடிப்பதற்கான மரபணுத் தகவல்களைப் பயன்படுத்துவதை விவரிக்கிறது. இது கணக்கீட்டு தொழில்நுட்பம் மற்றும் உயிர் தகவலியல் கருவிகளைப் பொறுத்தது. சுரங்க செயல்முறை மரபணு தரவுத்தளங்களில் அணுகக்கூடிய ஒரு பெரிய அளவிலான தரவை (டிஎன்ஏ வரிசைகள் மற்றும் சிறுகுறிப்புகளால் குறிப்பிடப்படுகிறது) நம்பியுள்ளது. தரவு சுரங்க வழிமுறைகளைப் பயன்படுத்துவதன் மூலம், புதிய இயற்கை தயாரிப்புகளைக் கண்டுபிடிப்பது போன்ற மருத்துவ வேதியியலின் பல பகுதிகளில் புதிய அறிவை உருவாக்க தரவைப் பயன்படுத்தலாம். 1980 களின் நடுப்பகுதி முதல் பிற்பகுதி வரை, ஆராய்ச்சியாளர்கள் மேம்பட்ட வரிசைமுறை தொழில்நுட்பங்களுடன் மரபணு ஆய்வுகளில் அதிக கவனம் செலுத்தியுள்ளனர். டிஎன்ஏ வரிசைகள் அதிகரித்து வருவதால் டிஎன்ஏ வரிசை தரவுகளை சேகரித்தல், நிர்வகித்தல், சேமித்தல் மற்றும் விநியோகம் செய்வதற்காக 1982 ஆம் ஆண்டில் ஜென்பேங்க் தரவுத்தளம் நிறுவப்பட்டது. மரபணு தரவுகளின் எண்ணிக்கை அதிகரித்து வருவதால், உயிரி தொழில்நுட்ப நிறுவனங்கள் 1992 முதல் மரபணு சுரங்கத்தின் மூலம் புரதம் மற்றும் ஆன்டிபாடி மருந்துகளை உருவாக்க மனித டிஎன்ஏ வரிசையைப் பயன்படுத்த முடிந்தது. 1990 களின் பிற்பகுதியில், அம்ஜென், இம்யூனெக், ஜெனெண்டெக் போன்ற பல நிறுவனங்கள் மரபணு சுரங்கத்தை ஏற்றுக்கொள்வதன் மூலம் மருத்துவ கட்டத்திற்கு முன்னேறிய மருந்துகளை உருவாக்க முடிந்தது. 2000 ஆம் ஆண்டின் தொடக்கத்தில் மனித மரபணுத் திட்டம் நிறைவடைந்ததிலிருந்து, ஆராய்ச்சியாளர்கள் பல நுண்ணுயிரிகளின் மரபணுக்களை வரிசைப்படுத்தி வருகின்றனர். அதைத் தொடர்ந்து, இந்த மரபணுக்களில் பல புதிய மரபணுக்கள் மற்றும் உயிரியக்கவியல் பாதைகளை அடையாளம் காண கவனமாக ஆய்வு செய்யப்பட்டுள்ளன. பொதுத் தரவுத்தளங்களில் பெரிய அளவிலான மரபணு வரிசைத் தரவுகள் குவியத் தொடங்கியதால், மரபணுத் தரவுகளின் மகத்தான சேகரிப்பைப் புரிந்துகொள்ள மரபணு வழிமுறைகள் முக்கியமானவையாக மாறின. பிறழ்வு, குறுக்குவெட்டு மற்றும் தேர்வு போன்ற உயிர்-ஈர்க்கப்பட்ட ஆபரேட்டர்களை நம்புவதன் மூலம் உகப்பாக்கம் மற்றும் தேடல் சிக்கல்களுக்கு உயர்தர தீர்வுகளை உருவாக்க அவை பொதுவாகப் பயன்படுத்தப்படுகின்றன. பின்வருபவை பொதுவாக மரபணு வழிமுறைகளைப் பயன்படுத்துகின்றனஃ ஆண்டிஸ்மாஷ் (நுண்ணுயிர் எதிர்ப்பிகள் மற்றும் இரண்டாம் நிலை வளர்சிதை மாற்ற பகுப்பாய்வு ஷெல்) இரண்டாம் நிலை வளர்சிதை மாற்ற மரபணு குழாய்களைக் குறிக்கிறது. PRISM (இரண்டாம் நிலை வளர்சிதை மாற்றங்களுக்கான முன்கணிப்பு தகவலியல்) என்பது மரபணு ரீதியாக குறியிடப்பட்ட அல்லாத ரைபோசோமல் பெப்டைடுகள் மற்றும் வகை I மற்றும் II பாலிகேடைடுகளுக்கான வேதியியல் அமைப்பு முன்கணிப்புக்கான ஒருங்கிணைந்த அணுகுமுறையாகும். சிம் (புள்ளியியல் அடிப்படையிலான வரிசை ஒற்றுமை) முறை, ஃபாஸ்டா அல்லது பிஎஸ்ஐ-பிளாஸ்ட் போன்றவை, ஆர்த்தோலோகஸ் ஹோமோலஜியை ஊகிக்கின்றன. BLAST (அடிப்படை உள்ளூர் சீரமைப்பு தேடல் கருவி) என்பது விரைவான வரிசை ஒப்பீட்டிற்கான ஒரு அணுகுமுறையாகும். புதிய மூலக்கூறுகள் மற்றும் உயிரியக்கவியல் பாதைகளின் குணாதிசயத்தை எளிதாக்குவதன் மூலம் இயற்கையான தயாரிப்புகளின் கண்டுபிடிப்புக்கு மரபணு சுரங்கம் பயன்படுத்தப்படுகிறது. இயற்கை தயாரிப்பு கண்டுபிடிப்பு இயற்கை பொருட்களின் உற்பத்தி நுண்ணுயிரிகளில் குறியிடப்பட்ட உயிரியக்கவியல் மரபணு கிளஸ்டர்களால் (பி. ஜி. சி) கட்டுப்படுத்தப்படுகிறது. மரபணுச் சுரங்கத்தைப் பின்பற்றுவதன் மூலம், இலக்கு இயற்கை உற்பத்தியை உற்பத்தி செய்யும் பி. ஜி. சி. க்களைக் கணிக்க முடியும். பாலிகெடைடு சிந்தேஸ்கள் (பி. கே. எஸ்), ரைபோசோமல் அல்லாத பெப்டைடு சிந்தேஸ்கள் (என். ஆர். பி. எஸ்), ரைபோசோமலி மற்றும் பிந்தைய மொழிபெயர்ப்பு மாற்றியமைக்கப்பட்ட பெப்டைடுகள் (ஆர். ஐ. பி. பி) மற்றும் டெர்பெனாய்டுகள் மற்றும் பல இயற்கை தயாரிப்புகளின் உருவாக்கத்திற்கு காரணமான சில முக்கியமான நொதிகள் ஆகும். என்சைம்களுக்கான சுரங்கத்தில், பி. ஜி. சி. க்கள் குறியாக்கம் செய்யும் வகுப்புகளை ஆராய்ச்சியாளர்கள் கண்டுபிடிக்கலாம் மற்றும் இலக்கு மரபணு கிளஸ்டர்களை அறியப்பட்ட மரபணு கிளஸ்டர்களுடன் ஒப்பிடலாம். BGC களுக்கும் இயற்கை பொருட்களுக்கும் இடையிலான உறவை சரிபார்க்க, இலக்கு BGC களை மூலக்கூறு குளோனிங்கைப் பயன்படுத்துவதன் மூலம் பொருத்தமான புரவலன் மூலம் வெளிப்படுத்தலாம். தரவுத்தளங்கள் மற்றும் கருவிகள் மரபணு தரவு தரவுத்தளங்களில் திரட்டப்பட்டுள்ளன. புதிய செயல்முறைகள், இலக்குகள் மற்றும் தயாரிப்புகளின் கண்டுபிடிப்புக்காக தரவுத்தளங்களிலிருந்து அணுகக்கூடிய தரவைப் புரிந்துகொள்ள ஆராய்ச்சியாளர்களால் வழிமுறைகளைப் பயன்படுத்த முடியும். பின்வருபவை தரவுத்தளங்கள் மற்றும் கருவிகள்ஃ ஜென்பேங்க் தரவுத்தளம் பகுப்பாய்விற்கான மரபணு தரவுத்தொகுப்புகளை வழங்குகிறது. யுசிஎஸ்சி மரபணு உலாவி ஆன்டிஎஸ்எம்ஏஎஸ்-டிபி புதிதாக வரிசைப்படுத்தப்பட்ட பிஜிஸிகளின் வரிசைகளை முன்பு கணிக்கப்பட்ட மற்றும் சோதனை ரீதியாக வகைப்படுத்தப்பட்டவற்றுடன் ஒப்பிட அனுமதிக்கிறது. பிஐஜி-எஃப்ஏஎம் என்பது ஒரு உயிரியக்கவியல் மரபணு தொகுப்பு குடும்ப தரவுத்தளமாகும். DoBISCUIT என்பது இரண்டாம் நிலை வளர்சிதை மாற்ற உயிரியக்கவியல் மரபணு தொகுப்புகளின் தரவுத்தளமாகும். எம்ஐபிஐஜி (உயிரியக்கவியல் மரபணு தொகுப்பு விவரக்குறிப்பு பற்றிய குறைந்தபட்ச தகவல்) உயிரியக்கவியல் மரபணு தொகுப்புகள் மற்றும் அவற்றின் மூலக்கூறு தயாரிப்புகளில் சிறுகுறிப்புகள் மற்றும் மெட்டாடேட்டாவுக்கான தரநிலையை வழங்குகிறது. இன்டராக்டிவ் ட்ரீ ஆஃப் லைஃப் (ஐ. டி. ஓ. எல்) என்பது பைலோஜெனெடிக் மரங்களின் காட்சி, கையாளுதல் மற்றும் சிறுகுறிப்புக்கான வலை அடிப்படையிலான கருவியாகும். குறிப்புகள் விக்கிப்பீடியா மாணவர் திட்டம் மருத்துவ வேதியியல் டிஎன்ஏ சுரங்கம்