ChIA-PET
ஜோடி-இறுதி குறிச்சொல் வரிசைமுறையின் மூலம் குரோமாட்டின் தொடர்பு பகுப்பாய்வு (சிஐஏ-பிஇடி அல்லது சிஐஏ-பிஇடிஎஸ்) என்பது குரோமாட்டின் நோயெதிர்ப்பு ஊடுருவல் (சிஐபி) அடிப்படையிலான செறிவூட்டல், குரோமாட்டின் அருகாமை பிணைப்பு, ஜோடி-இறுதி குறிச்சொற்கள் மற்றும் உயர்-செயல்திறன் வரிசைமுறை ஆகியவற்றை உள்ளடக்கிய ஒரு நுட்பமாகும். ஒழுங்குமுறை கூறுகள், மின்கடத்திகள் மற்றும் எல்லை கூறுகள் மற்றும் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன்-காரணி பிணைப்பு தளங்கள் (டி. எஃப். பி. எஸ்) போன்ற விளம்பரதாரரிடமிருந்து வெகு தொலைவில் உள்ள பகுதிகளால் மரபணுக்களை கட்டுப்படுத்த முடியும். சுகாதாரம் மற்றும் நோய்களில் மரபணு ஒழுங்குமுறையை நிர்வகிக்கும் வழிமுறைகளைப் புரிந்துகொள்வதற்கு ஒழுங்குமுறை பகுதிகளுக்கும் மரபணு குறியீட்டு பகுதிகளுக்கும் இடையிலான தொடர்புகளை வெளிப்படுத்துவது அவசியம் (மாஸ்டன் மற்றும் பலர், 2006). தொலைதூர மற்றும் அருகிலுள்ள ஒழுங்குமுறை டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன்-காரணி பிணைப்பு தளங்களுக்கும் அவை தொடர்பு கொள்ளும் மரபணுக்களின் ஊக்குவிப்பாளர்களுக்கும் இடையிலான தனித்துவமான, செயல்பாட்டு குரோமாட்டின் தொடர்புகளை அடையாளம் காண சியா-பிஇடி பயன்படுத்தப்படலாம். உயிரணு வேறுபாடு, பெருக்கம் மற்றும் வளர்ச்சி போன்ற செயல்முறைகளின் போது மரபணுக் கட்டுப்பாட்டின் வழிமுறைகளை அவிழ்க்கவும் சியா-பிஇடி பயன்படுத்தப்படலாம். டிஎன்ஏ-பிணைப்பு ஒழுங்குமுறை புரதங்கள் மற்றும் ஊக்குவிப்பு பகுதிகளுக்கான சியா-பிஇடி ஊடாடும் வரைபடங்களை உருவாக்குவதன் மூலம், சிகிச்சை தலையீட்டிற்கான தனித்துவமான இலக்குகளை நாம் சிறப்பாக அடையாளம் காணலாம் (ஃபுல்வுட் & யிஜுன், 2009). சிஐஏ-பிஇடி முறை சிஐபி அடிப்படையிலான முறைகள் மற்றும் குரோமோசோம் இணக்கம் பிடிப்பு (3சி) அடிப்படையிலான முறைகளை ஒருங்கிணைக்கிறது, இது இரண்டு அணுகுமுறைகளின் திறன்களையும் விரிவுபடுத்துகிறது. சிஐபி-சீக்வென்சிங் (சிஐபி-செக்) என்பது டிஎஃப்பிஎஸ்ஸை அடையாளம் காண பயன்படுத்தப்படும் ஒரு பிரபலமான முறையாகும், அதே நேரத்தில் 3சி நீண்ட தூர குரோமாட்டின் தொடர்புகளை அடையாளம் காண பயன்படுத்தப்படுகிறது. சுயாதீனமாக, இரண்டும் டி-நோவோ நீண்ட தூர தொடர்புகளை மரபணு பரவலாக அடையாளம் காண்பதில் வரம்புகளால் பாதிக்கப்படுகின்றன. சிஐபி-செக் டிஎஃப்பிஎஸ் மரபணு-பரந்த அளவை அடையாளம் காண முடியும் என்றாலும், இது குரோமோசோம்களுடன் புரத பிணைப்பு தளங்களின் நேரியல் தகவல்களை மட்டுமே வழங்குகிறது (ஆனால் அவற்றுக்கிடையேயான தொடர்புகள் அல்ல), மேலும் அதிக மரபணு பின்னணி சத்தத்தால் (தவறான நேர்மறைகள்) பாதிக்கப்படலாம். 3 சி நேரியல் அல்லாத, நீண்ட தூர குரோமாட்டின் தொடர்புகளை பகுப்பாய்வு செய்யும் திறன் கொண்டதாக இருந்தாலும், அதை மரபணு அகலமாகப் பயன்படுத்த முடியாது, மேலும் சிஐபி-செக் போலவே, அதிக அளவிலான பின்னணி சத்தத்தால் பாதிக்கப்படுகிறது. தொடர்பு பகுதிகளுக்கு இடையிலான தூரத்துடன் (அதிகபட்சம் 100kb) சத்தம் அதிகரிப்பதால், குரோமாட்டின் தொடர்புகளின் துல்லியமான தன்மைக்கு கடினமான மற்றும் கடினமான கட்டுப்பாடுகள் தேவைப்படுகின்றன. 3 சி போலல்லாமல், இது ஒரு லோகஸ்-குறிப்பிட்ட தொடர்பு விவரக்குறிப்பு முறையாகும், ஹை-சி போன்ற மாற்று முறைகள் மரபணு அளவிலான தொடர்புகளை சுயவிவரப்படுத்த நிறுவப்பட்டுள்ளன. டிஎஃப்பிஎஸ் மற்றும் நீண்ட தூர தொடர்புகளுக்கான முழு மரபணு விவரக்குறிப்பு முறைகள் இருந்தபோதிலும், சியா-பிஇடி முறையுடன் அணுகுமுறைகளை இணைப்பது, ஆர்வமுள்ள புரதம் பிணைக்கப்பட்டுள்ள மரபணு பகுதிகளையும், அது தொடர்பு கொள்ளும் மரபணு பகுதியையும் அடையாளம் காண அனுமதிக்கிறது. குறிப்பிட்ட இடைவினை வளாகங்களிலிருந்து சீரற்ற இணைப்புகளைப் பிரிப்பதற்காக சிஐபி துண்டுகளை சோனிகேட்டிங் செய்வதன் மூலம் சிஐபி-செக்கில் காணப்படும் குறிப்பிட்ட அல்லாத தொடர்பு சத்தத்தின் சிக்கல்களை சியா-பிஇடி முறை வெற்றிகரமாக தீர்க்கிறது. செறிவூட்டல் என்று குறிப்பிடப்படும் அடுத்த கட்டம், மரபணு அளவிலான பகுப்பாய்விற்கான சிக்கலைக் குறைக்கிறது மற்றும் முன்கூட்டியே தீர்மானிக்கப்பட்ட டி. எஃப். களால் (டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகள்) பிணைக்கப்பட்ட குரோமாட்டின் தொடர்புகளுக்கு குறிப்பிட்ட தன்மையை சேர்க்கிறது. நீண்ட தூர தொடர்புகளை அடையாளம் காண 3சி அணுகுமுறைகளின் திறன் அருகாமை பிணைப்புக் கோட்பாட்டை அடிப்படையாகக் கொண்டது. டிஎன்ஏ இடை-பிணைப்பைப் பொறுத்தவரை, பொதுவான புரதச் சேர்மங்களால் பிணைக்கப்பட்டிருக்கும் துண்டுகள் கரைசலில் சுதந்திரமாக பரவுவதையோ அல்லது வெவ்வேறு சேர்மங்களில் நங்கூரமிடுவதையோ விட, நீர்த்த நிலைமைகளின் கீழ் அதிக இயக்க நன்மைகளைக் கொண்டுள்ளன. சியா-பிஇடி புரதச் சேர்மங்களுடன் பிணைக்கப்பட்ட டிஎன்ஏ துண்டுகளின் இலவச முனைகளில் லிங்கர் வரிசைகளை இணைப்பதன் மூலம் இந்த கருத்தை பயன்படுத்திக் கொள்கிறது. ஒழுங்குமுறை வளாகங்களால் பிணைக்கப்பட்ட துண்டுகளின் இணைப்பை உருவாக்குவதற்காக, இணைப்பான் வரிசைகள் அணு அருகாமை பிணைப்பின் போது இணைக்கப்படுகின்றன. எனவே, லிங்கர்-இணைக்கப்பட்ட பிணைப்பின் தயாரிப்புகளை அல்ட்ரா-ஹை-த்ரூபுட் PET வரிசைமுறை மூலம் பகுப்பாய்வு செய்து குறிப்பு மரபணுவுடன் வரைபடமாக்கலாம். 3 சி மற்றும் 4 சி என கண்டறிய குறிப்பிட்ட தளங்களை சியா-பிஇடி சார்ந்து இல்லை என்பதால், இது குரோமாட்டின் தொடர்புகளின் பக்கச்சார்பற்ற, மரபணு அளவிலான டி-நோவோ கண்டறிதலை அனுமதிக்கிறது. ஹை-சி உடன் ஒப்பிடும்போது, ஆன்டிபாடி புல்டவுனின் பயன்பாடு தொடர்ச்சியான துண்டுகளின் எண்ணிக்கையை ஆர்வமுள்ள புரதத்தால் பிணைக்கப்பட்ட குரோமாட்டின் தொடர்புகளுக்கு கட்டுப்படுத்துகிறது, இது தரவு பகுப்பாய்வையும் எளிதாக்கும். பணிப்பாய்வின் ஈரமான ஆய்வகப் பகுதிஃ டிஎன்ஏ-புரதச் சேர்மங்களை இணைக்க ஃபார்மால்டிஹைடு பயன்படுத்தப்படுகிறது. குரோமாடினை உடைக்கவும், குறிப்பிட்ட அல்லாத தொடர்புகளைக் குறைக்கவும் சோனிகேஷன் பயன்படுத்தப்படுகிறது. விருப்பமான ஒரு குறிப்பிட்ட ஆன்டிபாடி புரதம்-வட்டி-பிணைக்கப்பட்ட குரோமாட்டின் துண்டுகளை வளப்படுத்த பயன்படுத்தப்படுகிறது. சிஐஏ-பிஇடி உருவாக்க ஆன்டிபாடியால் பிணைக்கப்பட்ட சிஐபி பொருள் பயன்படுத்தப்படுகிறது. படம் 1. அருகிலுள்ள பிணைக்கப்பட்ட டிஎன்ஏ துண்டுகளை இணைக்க பக்கவாட்டு எம்எம்இஐ தளங்களைக் கொண்ட பயோடினைலேட்டட் ஒலிகோ நியூக்ளியோடைடு அரை-இணைப்பிகள் பயன்படுத்தப்படுகின்றன. இரண்டு வெவ்வேறு இணைப்பான்கள் வடிவமைக்கப்பட்டுள்ளன (ஏ மற்றும் பி) இரண்டு இணைப்பான் வரிசைகளில் ஒவ்வொன்றிற்கும் குறிப்பிட்ட நியூக்ளியோடைடு பார்கோடுகளுடன் (சிஜி அல்லது ஏடி) (இது படம் 5 இல் விவரிக்கப்பட்டுள்ளபடி சிமெரிக் பிணைப்பு தயாரிப்பை அடையாளம் காண அனுமதிக்கும்.). படம் 2. இணைப்பிகள் பிணைக்கப்பட்ட டிஎன்ஏ துண்டுகளுடன் இணைக்கப்பட்டுள்ளன. படம் 3. லிங்கர் துண்டுகள் நீர்த்த நிலைமைகளின் கீழ் சிஐபி மணிகளில் இணைக்கப்படுகின்றன. சுத்திகரிக்கப்பட்ட டிஎன்ஏ பின்னர் எம்எம்இஐ மூலம் செரிக்கப்படுகிறது, இது டேக்-லிங்கர்-டேக் கட்டமைப்பை வெளியிட அதன் அங்கீகார தளத்திலிருந்து தூரத்தை வெட்டுகிறது. படம் 4. பயோடினைலேட்டட் PET கள் பின்னர் ஸ்ட்ரெப்டாவிடின்-இணைந்த காந்த மணிகளில் நிலைநிறுத்தப்படுகின்றன. படம் 5. ஏஏ (சிஜி/சிஜி) மற்றும் பிபி (ஏடி/ஏடி) இணைப்பு பார்கோடு கலவையுடன் கூடிய பிஇடி வரிசைகள் சாத்தியமான உள்-சிக்கலான பிணைப்பு தயாரிப்புகளாகக் கருதப்படுகின்றன, அதே நேரத்தில் ஏபி (சிஜி/ஏடி) இணைப்பு கலவையுடன் கூடிய பிஇடி வரிசைகள் வெவ்வேறு குரோமாட்டின் வளாகங்களில் வரையறுக்கப்பட்ட டிஎன்ஏ துண்டுகளுக்கு இடையிலான சிமெரிக் பிணைப்பு தயாரிப்புகளிலிருந்து பெறப்பட்டதாகக் கருதப்படுகின்றன. பணிப்பாய்வின் உலர் ஆய்வகப் பகுதிஃ PET பிரித்தெடுத்தல், வரைபடம் மற்றும் புள்ளிவிவர பகுப்பாய்வு PET குறிச்சொற்கள் பிரித்தெடுக்கப்பட்டு சிலிகோவில் உள்ள குறிப்பு மனித மரபணுவுடன் வரைபடமாக்கப்படுகின்றன. சிஐபி செறிவூட்டப்பட்ட சிகரங்களை அடையாளம் காணுதல் (பிணைப்பு தளங்கள்) சிஐபி செறிவூட்டப்பட்ட தளங்களை அடையாளம் காண சுய-பிணைக்கப்பட்ட பிஇடி பயன்படுத்தப்படுகிறது, ஏனெனில் அவை குறிப்பு மரபணுவுக்கு மிகவும் நம்பகமான வரைபடத்தை (20 + 20 பிட்/வி) வழங்குகின்றன. சிஐபி செறிவூட்டல் உச்ச-கண்டுபிடிப்பு வழிமுறை ஏ என்று அழைக்கப்படும் உச்சநிலை ஒரு பிணைப்பு தளமாக கருதப்படுகிறது, பல ஒன்றுடன் ஒன்று சுய-பிணைக்கப்பட்ட பிஇடிக்கள் இருந்தால். PET-பெறப்பட்ட மெய்நிகர் DNA ஒன்றுடன் ஒன்று சீரற்ற பின்னணி மற்றும் மதிப்பிடப்பட்ட பின்னணி சத்தத்தை மதிப்பிடுவதற்கு புள்ளிவிவர உருவகப்படுத்துதல்களைப் பயன்படுத்தி தவறான கண்டுபிடிப்பு விகிதம் (FDR) தீர்மானிக்கப்படுகிறது. தொடர்ச்சியான டிஎன்ஏவை வடிகட்டுவது (குறிப்பிட்ட பிணைப்பை பாதிக்காது) செயற்கைக்கோள் பகுதிகள் மற்றும் கடுமையான கட்டமைப்பு மாறுபாடுகள் உள்ள பகுதிகளில் உள்ள பிணைப்பு தளங்கள் அகற்றப்படுகின்றன. சிஐபி செறிவூட்டல் எண்ணிக்கை சுய-பிணைப்பு மற்றும் இடை-பிணைப்பு பிஇடி-களின் எண்ணிக்கை (+ 250 பிபி சாளரத்திற்குள்) ஒவ்வொரு தளத்திலும் தெரிவிக்கப்படுகின்றன. ஒரு குறிப்பிட்ட இடத்தில் சுய-கட்டுப்பாடு மற்றும் இடை-கட்டுப்பாடு கொண்ட PET களின் மொத்த எண்ணிக்கை சிஐபி செறிவூட்டல் எண்ணிக்கை என்று அழைக்கப்படுகிறது. படம் 6. PET வகைப்பாடுஃ தனித்துவமாக சீரமைக்கப்பட்ட PET வரிசைகளை அவை ஒரு டிஎன்ஏ துண்டு அல்லது இரண்டு டிஎன்ஏ துண்டுகளிலிருந்து பெறப்பட்டதா என்பதைப் பொறுத்து வகைப்படுத்தலாம். சுய-பிணைப்பு PET கள் ஒரு PET இன் இரண்டு குறிச்சொற்கள் ஒரே குரோமோசோமில் சிஐபி டிஎன்ஏ துண்டுகளின் வரம்பில் (3 Kb க்கும் குறைவாக) மரபணு இடைவெளியில் வரைபடமாக்கப்பட்டால், எதிர்பார்க்கப்பட்ட சுய-பிணைப்பு நோக்குநிலையுடனும் அதே இழையிலும், அவை ஒற்றை சிஐபி டிஎன்ஏ துண்டின் சுய-பிணைப்பிலிருந்து பெறப்பட்டதாகக் கருதப்படுகின்றன, மேலும் அவை சுய-பிணைப்பு PET ஆகக் கருதப்படுகின்றன. இடை-பிணைப்பு PET கள் ஒரு PET இந்த அளவுகோல்களுக்குள் பொருந்தவில்லை என்றால், PET பெரும்பாலும் இரண்டு டிஎன்ஏ துண்டுகளுக்கு இடையிலான பிணைப்பு தயாரிப்பின் விளைவாக இருக்கலாம் மற்றும் இடை-பிணைப்பு PET என்று குறிப்பிடப்படுகிறது. இடை-பிணைப்பு PET களின் இரண்டு குறிச்சொற்கள் நிலையான குறிச்சொல் நோக்குநிலைகளைக் கொண்டிருக்கவில்லை, ஒரே இழைகளில் காணப்படவில்லை, எந்த மரபணு இடைவெளியும் இருக்கலாம், அதே குரோமோசோமுடன் வரைபடமாக்கப்படாமல் இருக்கலாம். இன்ட்ராக்ரோமோசோமல் இன்டர்-லைகேஷன் PET கள் ஒரு இன்டர்-லைகேஷன் PET இன் இரண்டு குறிச்சொற்கள் ஒரே குரோமோசோமில் வரைபடமாக்கப்பட்டாலும், எந்த நோக்குநிலையிலும் ஒரு இடைவெளி> 3 Kb உடன் இருந்தால், இந்த PET கள் இன்ட்ராக்ரோமோசோமல் இன்டர்-லைகேஷன் PET கள் என்று அழைக்கப்படுகின்றன. வெவ்வேறு குரோமோசோம்களுடன் வரைபடமாக்கப்பட்ட இன்டர்குரோமோசோமல் இன்டர்-லைகேஷன் PET கள் இன்டர்குரோமோசோமல் இன்டர்-லைகேஷன் PET கள் என்று அழைக்கப்படுகின்றன. படம் 7. தொலைதூர ஒழுங்குமுறை கூறுகள் இலக்கு மரபணுக்களின் ஊக்குவிப்பு பகுதிகளை உள்ளடக்கிய நீண்ட தூர குரோமாட்டின் தொடர்புகளை எவ்வாறு தொடங்கலாம் என்பதைக் காட்டும் முன்மொழியப்பட்ட பொறிமுறை. இடைவினைகள் நங்கூரமிடும் மையத்தில் பல டி. எஃப். பி. எஸ் உடன் டிஎன்ஏ வளைய கட்டமைப்புகளை உருவாக்குகின்றன. சிறிய சுழல்கள் நங்கூரமிடும் மையத்திற்கு அருகில் ஒரு இறுக்கமான துணைப் பிரிவில் மரபணுக்களை தொகுக்கலாம், இது மேம்பட்ட டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனல் செயல்பாட்டிற்கான ஒழுங்குமுறை புரதங்களின் உள்ளூர் செறிவை அதிகரிக்கக்கூடும். இந்த வழிமுறை டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் செயல்திறனை மேம்படுத்தலாம், இது ஆர்என்ஏ போல் II ஐ இறுக்கமான வட்ட மரபணு வார்ப்புருக்கள் சுழற்ற அனுமதிக்கிறது. பெரிய தொடர்பு சுழல்கள் ஒருங்கிணைந்த ஒழுங்குமுறைக்காக நங்கூரம் தளங்களுக்கு அருகில் வசிக்கும் வளையத்தின் இரு முனைகளிலும் தொலைதூர மரபணுக்களை ஒன்றாக இணைக்க அதிக வாய்ப்புள்ளது, அல்லது அவற்றின் செயல்பாட்டைத் தடுக்க நீண்ட சுழல்களில் மரபணுக்களைப் பிரிக்கலாம். ஃபுல்வுட் மற்றும் பலரிடமிருந்து தழுவி எடுக்கப்பட்டது. (2009). சியா-பிஇடி முறையின் பலம் மற்றும் பலவீனங்கள் சியா-பிஇடி நீண்ட தூர குரோமாட்டின் தொடர்பு பகுப்பாய்விற்கான ஒரு பக்கச்சார்பற்ற, முழு-மரபணு மற்றும் டி-நோவோ அணுகுமுறையாக இருக்க முடியும் (ஃபுல்வுட் & யிஜுன், 2009). ஒரு சியா-பிஇடி பரிசோதனை இரண்டு உலகளாவிய தரவுத்தொகுப்புகளை வழங்கும் திறன் கொண்டதுஃ புரத காரணி பிணைப்பு தளங்கள் (சுய-பிணைக்கப்பட்ட பிஇடிக்கள்); மற்றும் பிணைப்பு தளங்களுக்கு இடையிலான தொடர்புகள் (இடை-பிணைக்கப்பட்ட பிஇடிக்கள்). சிஐஏ-பிஇடி என்பது மரபணு அளவிலான பகுப்பாய்விற்கான சிக்கலைக் குறைப்பதற்கான சிஐபியை உள்ளடக்கியது மற்றும் ஆர்வமுள்ள குறிப்பிட்ட காரணிகளால் பிணைக்கப்பட்ட குரோமாட்டின் தொடர்புகளுக்கு குறிப்பிட்ட தன்மையை சேர்க்கிறது. ரோச் 454 பைரோசீக்வென்சிங், இல்லுமினா ஜி. ஏ, ஏபிஐ சோல்ட் மற்றும் ஹெலிகோஸ் போன்ற குறிச்சொல் அடிப்படையிலான அடுத்த தலைமுறை வரிசைமுறை அணுகுமுறைகளுடன் சியா-பிஇடி இணக்கமானது. டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனல் ரெகுலேஷன் அல்லது குரோமாட்டின் கட்டமைப்பு இணக்கத்தில் ஈடுபடும் பல்வேறு புரத காரணிகளுக்கு சியா-பிஇடி பொருந்தும். ஒரு குறிப்பிட்ட அணுசக்தி செயல்பாட்டில் ஈடுபடும் குரோமாட்டின் தொடர்புகளுக்கு சியா-பிஇடி பகுப்பாய்வு பயன்படுத்தப்படலாம். ஆர்என்ஏ பாலிமரேஸ் II போன்ற பொதுவான டிஎஃப்களைப் பயன்படுத்துவதன் மூலம், டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் ஒழுங்குமுறையில் ஈடுபடும் அனைத்து குரோமாட்டின் தொடர்புகளையும் அடையாளம் காண முடியும். மேலும், டிஎன்ஏ பிரதி அல்லது குரோமாட்டின் கட்டமைப்பில் ஈடுபடும் புரத காரணிகளின் பயன்பாடு டிஎன்ஏ பிரதி மற்றும் குரோமாட்டின் கட்டமைப்பு மாற்றம் காரணமாக அனைத்து தொடர்புகளையும் அடையாளம் காண அனுமதிக்கும் (ஃபுல்வுட் மற்றும் பலர், 2009). பலவீனங்கள் சிஸ் மற்றும் டிரான்ஸ்-ரெகுலேட்டரி காம்ப்ளக்ஸ் செல் மற்றும் திசு குறிப்பிட்ட நிலைமைகளின் அடிப்படையில் புரதங்களின் தனித்துவமான சேர்க்கைகளைக் கொண்டுள்ளன என்பது நன்கு நிறுவப்பட்டுள்ளது (டெக்கர் மற்றும் பலர், 2006). ஒற்றை, செயல்பாட்டு டி. எஃப். பி. எஸ்ஸை அடையாளம் காண்பது ஒரு குறிப்பிடத்தக்க முன்னேற்றமாக இருந்தாலும், ஒரு வளாகத்தில் உள்ள தனிப்பட்ட புரதங்களை அடையாளம் காண சியா-பிஇடி பயன்பாட்டிற்கு ஊக வேலை மற்றும் ஒவ்வொரு தொடர்பு புரதத்தையும் அடையாளம் காண பல சோதனைகள் தேவைப்படும். இது ஒரு விலையுயர்ந்த மற்றும் நேரத்தை எடுக்கும் முயற்சியாக இருக்கும். சியா-பிஇடி பயன்படுத்தப்படும் ஆன்டிபாடிகளின் தரம், தூய்மை மற்றும் குறிப்பிட்ட தன்மை ஆகியவற்றால் வரையறுக்கப்பட்டுள்ளது (ஃபுல்வுட் மற்றும் பலர், 2009). சியா-பிஇடி என்பது குறிப்பு வரிசைக்கு (குறிப்பு) வரைபடமாக்கக்கூடிய வரிசைகளை அடையாளம் காண்பதை சார்ந்துள்ளது. குறிப்பு மரபணுவிற்கு PET வாசிப்புகளை ஒழுங்கமைக்கவும் வரைபடமாக்கவும் உச்ச-அழைப்பு கணினி வழிமுறைகளைப் பயன்படுத்த சியா-PET தேவைப்படுகிறது. மென்பொருள் தளங்களுக்கு இடையிலான வேறுபாடுகள் காரணமாக, எந்த நிரல் பயன்படுத்தப்படுகிறது என்பதைப் பொறுத்து முடிவுகள் மாறுபடும். மீண்டும் மீண்டும் வரும் டிஎன்ஏ பகுதிகள் மரபணு ஒழுங்குமுறையுடன் தொடர்புடையதாக இருந்தாலும் (போலாக் & டொமனி, 2006), அவை தரவை பாதிக்கக்கூடும் என்பதால் அவற்றை அகற்ற வேண்டும் (ஃபுல்வுட் மற்றும் பலர், 2009). இரண்டு தளங்களிலிருந்து செறிவூட்டல் ஒரே நேரத்தில் சுற்றியுள்ள பகுதிகளுக்கு எதிரான சார்பை அறிமுகப்படுத்துகிறது. வரலாறு ஃபுல்வுட் மற்றும் பலர். (2009), மனித புற்றுநோய் உயிரணுக்களில் ஈஸ்ட்ரோஜன் ஏற்பி ஆல்பா (ஈஆர்-ஆல்பா) மூலம் மத்தியஸ்தம் செய்யப்பட்ட குரோமாட்டின் தொடர்பு வலையமைப்பைக் கண்டறிந்து வரைபடமாக்க சியா-பிஇடி பயன்படுத்தப்பட்டது. இதன் விளைவாக உருவான உலகளாவிய குரோமாட்டின் இன்டராக்டோம் வரைபடம், தொலைதூர ஈஆர்-ஆல்பா-பிணைப்பு தளங்களும் நீண்ட தூர குரோமாட்டின் தொடர்புகள் மூலம் மரபணு ஊக்குவிப்பாளர்களுக்கு நங்கூரமிடப்பட்டிருப்பதை வெளிப்படுத்தியது, ஒருங்கிணைந்த டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனல் ஒழுங்குமுறைக்கு மரபணுக்களை ஒன்றாகக் கொண்டுவருவதற்காக விரிவான குரோமாட்டின் சுழற்சி மூலம் ஈஆர்-ஆல்பா செயல்படுகிறது என்பதைக் குறிக்கிறது. பகுப்பாய்வு மற்றும் மென்பொருள் மாற்றுகள் குரோமாட்டின் நோயெதிர்ப்பு குறைபாடு (சிஐபி): அசல் சிஐபி முறை ஒரு ஆன்டிபாடி அடிப்படையிலான தொழில்நுட்பமாகும், இது குரோமாட்டின் நிலைகள் மற்றும் மரபணு டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் தொடர்பான தகவல்களை வழங்குவதற்காக புரதங்களைத் தேர்ந்தெடுத்து பிணைக்கிறது. மரபணு கட்டிடக்கலை வரைபடம் (GAM): இந்த நுட்பம் 3C-அடிப்படையிலான நுட்பங்களுடன் தொடர்புடைய பல குறைபாடுகளை நீக்குகிறது, எந்த எண்ணிக்கையிலான மரபணு இருப்பிடங்களுக்கும் இடையில் முப்பரிமாண அருகாமைகளை சேகரிப்பதன் மூலம். ஸ்ப்லிட்-பூல் ரெகக்னிஷன் ஆஃப் இன்டராக்ஷன்ஸ் பை டேக் எக்ஸ்டென்ஷன் (ஸ்பிரிட்) ஸ்பிரிட் என்பது மரபணு முழுவதும் உள்ள நியூக்ளியஸில் உயர்-வரிசை தொடர்புகளை வரைபடமாக்குவதற்கான ஒரு நுட்பமாகும். இந்த அணுகுமுறை அதிக இடஞ்சார்ந்த தூரங்களில் நிகழும் தொடர்புகளைக் கண்டறிந்து, ஒரே நேரத்தில் நிகழும் ஏராளமான ஆர்என்ஏ மற்றும் டிஎன்ஏ தொடர்புகளின் மரபணு அளவிலான கண்டறிதலை அனுமதிக்கிறது. சிஐஏ-டிராப் சிஐஏ-டிராப் என்பது ஒற்றை மூலக்கூறு துல்லியத்தில் நீர்த்துளி அடிப்படையிலான மற்றும் பார்கோடு இணைக்கப்பட்ட வரிசைமுறையைப் பயன்படுத்தி மல்டிபிளெக்ஸ் குரோமாட்டின் தொடர்புகளை பகுப்பாய்வு செய்வதற்கான ஒரு நேரடியான முறையாகும். ஹை-சி மற்றும் சியா-பிஇடி போன்ற முந்தைய ஜோடி வாரியான மக்கள் தொகை நிலை அணுகுமுறைகள் இந்த தொழில்நுட்பத்திலிருந்து வேறுபட்டவை. குறிப்புகள் பார்ஸ்கி மற்றும் பலர், (2007). மனித மரபணுவில் ஹிஸ்டோன் மெத்திலேஷன்களின் உயர் தெளிவுத்திறன் விவரக்குறிப்பு. செல். (129); 823-37. டெக்கர், (2002). குரோமோசோம் இணக்கத்தை பிடிப்பது. அறிவியல். (295); 1306-1311. டெக்கர், (2006). குரோமோசோம் இணக்கத்தின் மூன்று 'சி' கள் பிடிக்கின்றனஃ கட்டுப்பாடுகள், கட்டுப்பாடுகள், கட்டுப்பாடுகள். நாட். முறைகள். (3); 17-21. ஃபுல்வுட் மற்றும் பலர், (2009). ஒரு ஈஸ்ட்ரோஜன்-ஏற்பி-α பிணைக்கப்பட்ட மனித குரோமாட்டின் ஊடாடும். இயற்கை. (462); 58-64. ஃபுல்வுட் & யிஜுன், (2009). நீண்ட தூர குரோமாட்டின் தொடர்புகளை அடையாளம் காண்பதற்கான சிஐபி அடிப்படையிலான முறைகள். ஜே செல் உயிர்வேதியியல். 107 (1); 30-39. ஜான்சன் மற்றும் பலர், (2007). இன் விவோ புரதம்-டிஎன்ஏ தொடர்புகளின் மரபணு அளவிலான வரைபடம். அறிவியல். (316); 1497-502. குவோ & அல்லிஸ், (1999). மாறும் புரதத்தைப் படிப்பதற்கான இன்-விவோ குறுக்கு இணைப்பு மற்றும் நோயெதிர்ப்பு ஊடுருவல்ஃ குரோமாட்டின் சூழலில் டிஎன்ஏ சங்கங்கள். முறைகள். (19); 425-33. லி, ஜி., ஃபுல்வுட், எம். ஜே., சூ, எச்., முலவாடி, எஃப். எச்., வெல்கோவ், எஸ்., வேகா, வி., அரியரத்னே, பி. என்., முகமது, ஒய். பி., ஊய், எச். எஸ்., தெனகூன், சி., வெய், சி. எல்., ருவான், ஒய். மற்றும் சுங், டபிள்யூ. கே. ஜோடி-இறுதி குறிச்சொல் வரிசைமுறையுடன் விரிவான குரோமாட்டின் தொடர்பு பகுப்பாய்விற்கான சியா-பிஇடி கருவி. ஜீனம் பயோல், 11 (2). R22. மாஸ்டன் மற்றும் பலர், (2006). மனித மரபணுவில் உள்ள படியெடுத்தல் ஒழுங்குமுறை கூறுகள். அனு. ரெவ்ஃ மரபியல். ஹம் ஜீனெட். (7); 29-59. போலக் & டொமனி, (2006). அலூ கூறுகள் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகளுக்கான பல பிணைப்பு தளங்களைக் கொண்டுள்ளன, மேலும் வளர்ச்சி செயல்முறைகளை ஒழுங்குபடுத்துவதில் பங்கு வகிக்கலாம். பிஎம்சி மரபியல். (7); 133. வெய் மற்றும் பலர், (2006). மனித மரபணுவில் p53 படியெடுத்தல்-காரணி பிணைப்பு தளங்களின் உலகளாவிய வரைபடம். செல். (124); 207-19. வெளிப்புற இணைப்புகள் சியா-பிஇடி மரபணு உலாவி-இந்த உலாவி ஃபுல்வுட் மற்றும் பிறரிடமிருந்து தரவைப் பார்ப்பதற்கானது. (2009), மற்றும் ஒரு தனிப்பயன் முழு மரபணு இடைவினை பார்வையாளரை உள்ளடக்கியது, இது ஒரு முழு மரபணு நிலப்பரப்புடன் பிணைப்பு தளங்கள் மற்றும் தொடர்புகளின் மேக்ரோஸ்கோபிக் படத்தை வழங்குகிறது. மூலக்கூறு உயிரியல் நுட்பங்கள் அணு அமைப்பு