BRENDA tissue ontology
बी. आर. ई. एन. डी. ए. ऊतक ऑन्टोलॉजी (बी. टी. ओ.) एक व्यापक संरचित विश्वकोश का प्रतिनिधित्व करता है। यह एंजाइम स्रोतों के रूप में सभी वर्गीकरण समूहों (जानवरों, पौधों, कवक, प्रोटोजून) से ऊतकों, अंगों, शारीरिक संरचनाओं, पौधों के भागों, कोशिका संवर्धन, कोशिका प्रकार और जीवों की कोशिका रेखाओं के शब्द, वर्गीकरण और परिभाषा प्रदान करता है। यह जानकारी बी. आर. ई. एन. डी. ए. ("ब्रौंसच्वीग एंजाइम डी. ए. टी. बेस") एंजाइम सूचना प्रणाली में कार्यात्मक डेटा से जुड़ी हुई है। बी. टी. ओ. जीवन विज्ञान में पहली ऊतक-विशिष्ट ऑन्टोलॉजी में से एक है, जो किसी विशिष्ट जीव या किसी विशिष्ट जीव समूह तक सीमित नहीं है, जो ऊतक और कोशिका-प्रकार की जानकारी की विस्तृत श्रृंखला तक उपयोगकर्ता के अनुकूल पहुंच प्रदान करता है। डेटाबेसेस, जैसे ऑन्टोलॉजी लुकअप सर्विस या एस. ई. एस., जैसे कि एम. आई. आर. आई. ए. एम. रजिस्ट्री या ई. बी. आई.-ई. एम. बी. एल., टिश्यू डिस्ट्रीब्यूशन डी. बी., जिसमें हेडलबर्ग में जर्मन कैंसर रिसर्च सेंटर (डी. के. एफ. जेड.) की टिश्यू पर्यायवाची लाइब्रेरी या स्टैनफोर्ड, यू. एस. ए. में नेशनल सेंटर फॉर बायोमेडिकल ऑन्टोलॉजी का बायोपोर्टल प्लेटफॉर्म शामिल है, बी. टी. ओ. पर भरोसा करते हैं और विश्वकोश को अपने-अपने प्लेटफॉर्म में जानकारी के एक आवश्यक भंडार के रूप में लागू करते हैं। बी. टी. ओ. चिकित्सा अनुसंधान और औषधीय विज्ञान के उपयोगकर्ताओं को ऊतकों में रोग से संबंधित एंजाइमों की घटना और ऊतकीय पहचान की खोज करने में सक्षम बनाता है, जो निदान, उपचार और दवा के विकास में महत्वपूर्ण भूमिका निभाते हैं। जैव रसायन और जैव प्रौद्योगिकी में एंजाइम कार्यात्मक डेटा से जुड़े जीव-विशिष्ट ऊतक शब्द जीवन विज्ञान में चयापचय और विनियमन की समझ के लिए एक महत्वपूर्ण संसाधन हैं। ऑन्टोलॉजी वर्गीकरण प्रणालियों का प्रतिनिधित्व करती हैं जो नियंत्रित और संरचित शब्दावली प्रदान करती हैं। वे विकासवादी सहसंबंधों को स्पष्ट करने और जोड़ने के लिए महत्वपूर्ण उपकरण हैं। बी. टी. ओ. का विकास 2003 में शुरू हुआ, जिसका उद्देश्य बी. आर. ई. एन. डी. ए. के जैव रासायनिक और आणविक जैविक एंजाइम डेटा को ऊतक-विशिष्ट शब्दों के पदानुक्रमित और मानकीकृत संग्रह के साथ जोड़ना था। बी. आर. ई. एन. डी. ए. में कार्यात्मक एंजाइम डेटा और जानकारी को जैव रसायन, जीव विज्ञान और रसायन विज्ञान के विशेषज्ञों द्वारा मैन्युअल रूप से एनोटेट और संरचित किया गया है। अक्टूबर 2022 तक, बी. टी. ओ. में 6,527 से अधिक शब्द थे, जो 6,065 पर्यायवाची शब्दों और 5,474 परिभाषाओं से जुड़े थे। इन शब्दों को जीन ऑन्टोलॉजी कंसोर्टियम (जी. ओ.,) की सामान्य श्रेणियों, नियमों और प्रारूपों के तहत वर्गीकृत किया गया है, जिसे ओपन-सोर्स ओ. बी. ओ.-एडिट का उपयोग करके बनाए गए निर्देशित एसाइक्लिक ग्राफ (डी. ए. जी.) के रूप में व्यवस्थित किया गया है। प्रत्येक स्तर के सभी शब्द सीधे बी. आर. ई. एन. डी. ए. में एंजाइम डेटा से जुड़े हैं। बी. टी. ओ. विभिन्न एंजाइमों के बीच अंतर करने के लिए एक उपयुक्त उपकरण है जो ऊतक-विशिष्ट तरीके से व्यक्त किए जाते हैं। बी. टी. ओ. की सामग्री और विशेषताएँ बी. आर. ई. एन. डी. ए. एंजाइम सूचना प्रणाली के व्यापक एंजाइम विशिष्ट डेटा पर आधारित हैं। वर्तमान में (अक्टूबर 2019) 11,000 से अधिक प्रोटीनों से 112,200 एंजाइम-जीव-ऊतक विशिष्ट डेटा बी. आर. ई. एन. डी. ए. में संग्रहीत हैं। इन प्रविष्टियों को 150,000 से अधिक विभिन्न साहित्य संदर्भों से हाथ से टिप्पणी की गई थी। बी. टी. ओ. में सभी शब्दों का मूल्यांकन और वर्गीकरण ओ. बी. ओ.-प्रारूप के अनुसार किया जाता है, और वे विशिष्ट संबंधों से जुड़े होते हैं। प्रत्येक शब्द ऑन्टोलॉजी के भीतर एक अलग प्रविष्टि है और स्वचालित रूप से एक अद्वितीय बीटीओ-पहचानकर्ता (बीटीओ-आईडी) को सौंपा जाता है। बी. टी. ओ.-आई. डी. आगे के बाहरी जैव रासायनिक डेटाबेस के लिए क्रॉस-संदर्भ बनाने के लिए स्थिर परिग्रहण संख्या के रूप में कार्य करते हैं। आगे बाहरी डेटाबेस से ऊतक और कोशिका-प्रकार विशिष्ट शब्द (अर्थात। यूनीप्रोट) बी. टी. ओ. में एकीकृत हैं। इन शब्दों को 4 मुख्य श्रेणियों (उपग्राफ) में वर्गीकृत किया गया हैः पशु पादप कवक अन्य स्रोत आगे के स्तरों को मुख्य श्रेणियों (= नोड्स) के नीचे परिभाषित किया गया है, जिसमें "माता-पिता", "बच्चे" और "पोते" को वर्गीकृत किया गया है जो सभी विशिष्ट संबंधों (= किनारों) के माध्यम से जुड़े हुए हैं। कंकाल मांसपेशी रेशा एक मांसपेशी रेशा है (जैसे। मांसपेशियों का मांसपेशी तंतु भाग) विकसित/व्युत्पन्न होता है (e.g.myoma कोशिका मांसपेशियों के तंतु से विकसित/व्युत्पन्न होती है) संबंधित से (शब्दों के बीच अधिक सामान्य संबंधों का विवरण जो अन्य शब्दों द्वारा कवर नहीं किए जाते हैं) अधिकांश शब्द स्पष्ट रूप से विशिष्ट जीवों, अंगों, ऊतकों या कोशिका प्रकारों से जुड़े होते हैं। पौधों और जानवरों दोनों में ऊतकों के लिए कई समान पदनाम हैं, जैसे। "एपिडर्मिस"। उन ऊतक शब्दों के बीच अंतर करने और उन्हें पौधे के ऊतकों के लिए बी. टी. ओ. में सही ढंग से वर्गीकृत करने के लिए उपसर्ग "पौधा" शब्द से पहले रखा जाता है, जैसे। "प्लांट एपिडर्मिस"। 80 प्रतिशत से अधिक ऊतक शब्दों की परिभाषाएँ हैं जो अर्थ और संदर्भ का वर्णन करती हैं। इन परिभाषाओं से प्राप्त किया जाता है अर्थात। चिकित्सा शब्दकोश और सेल लाइन डेटाबेस (वेबस्टर्स डिक्शनरी, डी. एस. एम. जेड.)। उपलब्धता बी. टी. ओ. में प्रविष्टियों को बी. आर. ई. एन. डी. ए. के प्रमुख अद्यतन के हिस्से के रूप में द्विवार्षिक रूप से अद्यतन किया जाता है। यह "ऑन्टोलॉजी एक्सप्लोरर" श्रेणी में बी. आर. ई. एन. डी. ए. वेबसाइट के माध्यम से उपलब्ध है। एन्जाइम स्रोत शब्दों को बी. टी. ओ. क्वेरी फॉर्म के माध्यम से खोजा जा सकता है। नतीजतन, उपयोगकर्ता को ईसी नंबरों की एक सूची प्राप्त होती है जो सीधे बी. आर. ई. एन. डी. ए. के एंजाइम जानकारी से जुड़े होते हैं। बी. आर. ई. एन. डी. ए. "स्रोत ऊतक" खोज प्रपत्र ("क्लासिक व्यू") के माध्यम से भी खोज करना संभव है। परिणाम पृष्ठ उन सभी एंजाइमों को प्रदर्शित करता है जो अलग किए जाते हैं या खोजे गए ऊतक शब्द में पाए जाते हैं, जो सीधे बी. टी. ओ. से जुड़े होते हैं। बी. टी. ओ. और बी. आर. ई. एन. डी. ए. शैक्षणिक उपयोगकर्ताओं के लिए स्वतंत्र रूप से सुलभ हैं। इसे बीआरईएनडीए वेबसाइट के "ऑन्टोलॉजी एक्सप्लोरर" के माध्यम से या "ओबोफाउंड्री" से ओबीओ प्रारूप में स्वतंत्र रूप से डाउनलोड किया जा सकता है। संदर्भ लिंक बी. टी. ओ. (बी. आर. ई. एन. डी. ए. ऊतक ऑन्टोलॉजी) बी. आर. ई. एन. डी. ए. ऑन्टोलॉजी एक्सप्लोरर बी. आर. ई. एन. डी. ए.-वेबसाइट एक्सप्लोरएनज़-एंजाइम नामकरण ओबोफाउंड्री जीन ऑन्टोलॉजी कंसोर्टियम ई. बी. आई.-ई. एम. बी. एल. बायोपोर्टल डेस नेशनल सेंटर फॉर बायोमेडिकल ऑन्टोलॉजी, स्टैनफोर्ड, यू. एस. ए. जैविक डेटाबेस ऑन्टोलॉजी (सूचना विज्ञान) कोशिका संस्कृति विकासात्मक जीव रसायन एंजाइम