Autophagy database
ऑटोफैगी डेटाबेस (ओं) का उद्देश्य ऑटोफैगी से संबंधित जीन और प्रोटीन की एक व्यापक सूची प्रदान करना है, चाहे वे अन्य, संभावित रूप से संबंधित, प्रोटीन के ऑर्थोलॉग या होमोलॉग के रूप में पहचाने जाते हैं। अनुक्रमों, कार्यों और 3डी संरचनाओं सहित कई प्रकार की जानकारी को संग्रहीत किया जा सकता है, इस प्रकार उन्हें खोज योग्य प्रारूप में सुलभ बनाया जा सकता है। एकल स्रोत में उपलब्ध जानकारी, एक खोज योग्य प्रारूप का उपयोग करके, भविष्य के शोधकर्ताओं के लिए काम को सरल बनाएगी। ये स्रोत तब उपयोगकर्ता रेटिंग, सूचनात्मक समीक्षाओं की एक सूची और एक मूल विश्लेषण के परिणामों जैसी श्रेणियों के साथ-साथ ऑटोफैगी पर हाल ही में प्रकाशित संदर्भ प्रदान करके इस उद्देश्य को पूरा करने में मदद करेंगे। चूँकि ऑटोफैगी हृदय, यकृत और गुर्दे जैसी कई मानव बीमारियों में भूमिका निभा सकती है, इसलिए इसके तंत्र को और अधिक समझना आवश्यक है। कुछ डेटाबेस के साथ अनुसंधान प्रक्रिया को सरल बनाना तब एक वैज्ञानिक वरदान प्रदान करेगा। ऑटोफैगी [पूर्ण पृष्ठभूमि के लिए, कृपया ऑटोफैगी देखें]। ऑटोफैगी वह प्रक्रिया है जिसके द्वारा किसी जीव में कोशिकाएं गैर-कार्यात्मक या अनावश्यक स्व-घटकों को नष्ट कर देती हैं। विशेष रूप से, ऑटोफैगी एक अपचयी प्रक्रिया है जिसमें लाइसोसोमल मशीनरी के माध्यम से कोशिका के अपने घटकों का क्षरण शामिल है। ऑटोफैगी भुखमरी और संभावित खतरनाक कोशिकीय पदार्थों को हटाने के उदाहरणों के लिए भी महत्वपूर्ण है, जो जीवन को बनाए रखने में इसकी आवश्यकता को दर्शाता है। जैसा कि संबंधित आकृति ऑटोफैगी में देखा गया है, सेलुलर उत्पादों को विनाशकारी सेलुलर घटकों, जैसे कि लाइसोसोम द्वारा विघटित किया जाता है, ताकि कोशिका के उपयोग के लिए नई सामग्री का उत्पादन किया जा सके। ऑटोफैगी और इससे संबंधित प्रक्रियाओं में अनुसंधान हाल के वर्षों में विस्फोट हुआ है, हालांकि, इनमें से कई प्रक्रियाओं को पूरी तरह से समझा नहीं गया है और इनमें से कई प्रोटीन के लिए विभिन्न प्रजातियों में समरूप नहीं पाए गए हैं। क्षेत्र में नाटकीय प्रगति के बावजूद इसके आणविक तंत्र को पूरी तरह से स्पष्ट नहीं किया गया है, जैसा कि सैकड़ों ऑटोफैगी से संबंधित जीन और प्रोटीन द्वारा प्रमाणित किया गया है। इस प्रकार, मानव ऑटोफैगी प्रोटीन और घटकों और/या उनके होमोलॉग के साथ-साथ अन्य प्रजातियों में ऑर्थोलॉग की विशेषता के लिए एक डेटाबेस की आवश्यकता थी। ऑटोफैगी डेटाबेस नेशनल इंस्टीट्यूट ऑफ जेनेटिक्स (एन. आई. जी.) एन. आई. जी. का एक उत्पाद है जिसकी स्थापना जून 1949 में शिक्षा, विज्ञान, खेल और संस्कृति मंत्रालय द्वारा की गई थी, जिसमें प्रो. कान ओगुमा को पहला निदेशक चुना गया था। समय के साथ, आनुवंशिकी, जीनोमिक्स, डी. एन. ए. अनुसंधान और विशेष रूप से हमारे उद्देश्यों के लिए, डी. एन. ए. डेटा बैंक जैसे विभिन्न अनुप्रयोगों के लिए कई विभाग जोड़े गए हैं। एन. आई. जी. सूचना और प्रणालियों के जापानी अनुसंधान संगठन का एक प्रभाग है, और वर्तमान में इसके नौवें निदेशक की देखरेख में है। एन. आई. जी. का उद्देश्य सूचना को सुव्यवस्थित करने के साथ-साथ सामाजिक अनुप्रयोग में अनुसंधान से जानकारी का प्रसार करने के लिए शीर्ष-स्तरीय अनुसंधान करना है। इस उद्देश्य के लिए इस संगठन द्वारा बनाया गया एक उपकरण ऑटोफैगी डेटाबेस है। ऑटोफैगी डेटाबेस ऑटोफैगी में शामिल प्रोटीन का एक डेटाबेस है। ऑटोफैगी डेटाबेस का उद्देश्य सभी प्रासंगिक जानकारी एकत्र करना, इसे व्यवस्थित करना और इसे सार्वजनिक रूप से उपलब्ध कराना है ताकि इसके उपयोगकर्ता आसानी से अद्यतन जानकारी प्राप्त कर सकें। विशेष रूप से, ऑटोफैगी डेटाबेस उन लोगों के लिए एक "फ्री-फॉर-ऑल" उपकरण प्रदान करता है जिनकी रुचि, अनुसंधान और अन्यथा, ऑटोफैगी में है। इस उद्देश्य को बेहतर ढंग से पूरा करने के लिए, एन. आई. जी. से उपलब्ध ऑटोफैगी डेटाबेस डेटाबेस के उपयोगकर्ताओं को जानकारी प्रसारित करने और साझा करने के लिए कहता है, ताकि ऑटोफैगी से संबंधित डेटा उन सभी के लिए मुफ्त में उपलब्ध हो सके जिन्हें इसकी आवश्यकता है। एक इच्छुक अनुसंधान समुदाय के लिए, अनुसंधान प्रसार का यह मॉडल आशाजनक है। अब तक, इस डेटाबेस में 582 समीक्षा किए गए प्रोटीन उपलब्ध थे। होमोलोजेन, एन. सी. बी. आई. में उपलब्ध ऑटोफैगिक प्रोटीन सहित कुल 52,000 से अधिक प्रोटीन हैं। ऑटोफैगी डेटाबेस नए और पुराने ऑटोफैगी से संबंधित प्रोटीन की खोज के लिए 41 अलग-अलग प्रजातियों के बीच समरूप प्रोटीन की तुलना प्रदान करता है, ताकि वर्तमान ऑटोफैगी अनुसंधान को सुव्यवस्थित किया जा सके। डाटाबेस मार्च 2010 में सार्वजनिक रूप से उपलब्ध कराया गया था और वर्तमान में 82 यूकेरियोट्स में 7,444 जीन/प्रोटीन शामिल हैं। ह्यूमन ऑटोफैगी डेटाबेस ह्यूमन ऑटोफैगी डेटाबेस लक्ज़मबर्ग इंस्टीट्यूट ऑफ हेल्थ (एल. आई. एच.) का एक उत्पाद है। एल. आई. एच. की पूरे लक्ज़मबर्ग में कई शाखाएँ हैं जो बायोमोनिटरिंग, संक्रमण और प्रतिरक्षा, स्वास्थ्य प्रशासन, ऑन्कोलॉजी, खेल चिकित्सा और बायोबैंक के लिए उपलब्ध हैं। इनमें से प्रत्येक विभाग का उद्देश्य एल. आई. एच. मिशन स्टेटमेंट का समर्थन करना है, जो "स्वास्थ्य देखभाल और व्यक्तिगत चिकित्सा की भविष्य की चुनौतियों पर प्रभाव के साथ नैदानिक अनुप्रयोगों में अनुसंधान ज्ञान उत्पन्न करना और अनुवाद करना है।" उसने औजारों की पेशकश की। एल. आई. एच. की प्रायोगिक कैंसर अनुसंधान प्रयोगशाला ने इन उपकरणों में से एक को स्थापित करने में मदद की, वह उपकरण मानव ऑटोफैगी डेटाबेस के रूप में जाना जाने वाला डेटाबेस है। ह्यूमन ऑटोफैगी डेटाबेस (एच. ए. डी. बी.) एक अन्य उपलब्ध ऑटोफैगी संसाधन है। ऑटोफैगी डेटाबेस के विपरीत, मानव ऑटोफैगी डेटाबेस केवल मनुष्यों में पाए जाने वाले प्रोटीन की तुलना करता है। एच. ए. डी. बी. पहला मानव-मात्र ऑटोफैगी डेटाबेस है, जहां शोधकर्ताओं को प्रत्यक्ष और अप्रत्यक्ष रूप से संबंधित ऑटोफैगिक प्रोटीन की एक अद्यतन सूची मिल सकती है, क्योंकि ऑटोफैगी अनुसंधान में भारी विस्तार की भरपाई के लिए पहले कोई सुसंगत डेटाबेस उपलब्ध नहीं था। एच. ए. डी. बी. न केवल रुचि के जीन के बारे में जानकारी प्रदान करता है, बल्कि इसका उद्देश्य एक डेटाबेस के रूप में विकसित होना भी है जिसका उपयोग रुचि के जीन का विश्लेषण करने के लिए किया जा सकता है। इस उद्देश्य के लिए, एच. ए. डी. बी. को ऑटोफैगी से संबंधित प्रोटीन के संदर्भ में यथासंभव पूर्ण बनाया गया था, हालांकि नए खोजे गए प्रोटीन और जीन को विभिन्न उपयोगकर्ताओं द्वारा प्रस्तुति अनुभाग में प्रस्तुत किया जा सकता है। ह्यूमन ऑटोफैगी डेटाबेस द्वारा प्रदान की गई जानकारी का उपयोग जैव सूचना विज्ञान अनुप्रयोगों में आगे किया जा सकता है। जैव सूचना विज्ञान में उपयोग यह देखते हुए कि ये डेटाबेस जैविक जानकारी का एक बड़ा भंडार हैं, इनका उपयोग सूचना संग्रह और विश्लेषण को सरल बनाने के लिए जैव सूचना विज्ञान अनुप्रयोगों में किया जा सकता है। जैव सूचना विज्ञान बेहतर वैज्ञानिक खोजों में सहायता के लिए बड़े डेटा के साथ जैविक खोजों को जोड़ता है। प्रत्येक डेटाबेस का उपयोग एक ऑटोफैगिक प्रोटीन या रुचि के जीन का अध्ययन करने के लिए किया जा सकता है, जहां इन डेटाबेस को उपयोगकर्ता प्रस्तुतियों द्वारा बनाए रखा जाता है। प्रत्येक जीन के लिए जानकारी का उपयोग एंट्रेज़, एन्सेम्बल और पबमेड तक पहुँचने के लिए किया जा सकता है। ब्लास्ट जैसी साइटों का उपयोग करके अनुक्रम विश्लेषण के लिए फास्टा अनुक्रम भी उपलब्ध है। ऑटोफैगी डेटाबेस और ह्यूमन ऑटोफैगी डेटाबेस के लिए उपलब्ध विशिष्ट उपयोग नीचे दिखाए गए हैं। ऑटोफैगी डेटाबेस में विभिन्न प्रजातियों में ऑटोफैगी से संबंधित प्रोटीन की खोज के लिए कई उपलब्ध कार्य हैं। एक उपयोगकर्ता http://www.tanpaku.org/autophagy/index.html पर ऑटोफैगी डेटाबेस तक पहुँच सकता है। दी गई छवि, "एडीबी के लिए विकल्प", इस डेटाबेस के लिए उपलब्ध विकल्पों की विविधता को दर्शाती है। सभी अप्रकाशित टैब जीन खोज से असंबंधित अतिरिक्त जानकारी और संपर्क जानकारी प्रदान करते हैं। एक उपयोगकर्ता उल्लेख कर सकता हैः प्रोटीन सूची, हाइलाइट किया गया पीला, जहां उपयोगकर्ता एक जीव का चयन कर सकता है और अन्य कार्यों के साथ समानार्थक शब्द, जीन आईडी और प्रोटीन परिग्रहण की खोज कर सकता है। ये कार्य उपयोगकर्ता को रुचि के जीन के बारे में जानकारी खोजने के लिए कई विकल्प प्रदान करते हैं। प्रोटीन सूची के लिए ऑटोफैगी डेटाबेस पर उपलब्ध विकल्पों को दाईं ओर दी गई सही प्रोटीन सूची में दिए गए उदाहरण में देखा जा सकता है। विभिन्न विकल्पों का चयन करना, जैसे कि पर्यायवाची शब्द, उपयोगकर्ता को विशिष्ट प्रश्नों का उपयोग करके खोजने की अनुमति देता है। होमोलॉग्स टैब के तहत होमोलॉग्स और ऑर्थोलॉग्स के बीच ऑटोफैगी से संबंधित प्रोटीन के मिलान, हरे रंग में हाइलाइट किए गए हैं। इसका उपयोग दाईं ओर की छवि, होमोलॉग्स के अनुसार किया जा सकता है, जहां आवश्यक बक्से का चयन करके विभिन्न जीवों और टैक्सों के बीच ऑर्थोलॉग्स और होमोलॉग्स की तुलना की जा सकती है। विशिष्ट जीन की खोज करें। यह शब्द खोज का उपयोग करके पूरा किया जा सकता है, जिसे नीले रंग में हाइलाइट किया गया है, और इसका उपयोग किसी निश्चित प्रजाति के लिए रुचि के ज्ञात जीन से मिलान करने के लिए भी किया जा सकता है। यह संभावित ऑर्थोलॉग को निर्धारित करने में मदद करता है। रुचि के जीन के लिए होमोलॉग और ऑर्थोलॉग। नारंगी रंग में हाइलाइट की गई समरूपता खोज का उपयोग किसी ज्ञात जीन के एफ. ए. एस. टी. ए. या गैर-स्वरूपित पाठ अनुक्रम को खोजने के लिए किया जा सकता है। यह जुड़े हुए ऑटोफैगी से संबंधित प्रोटीन को खोजने में, या होमोलॉग या ऑर्थोलॉग को खोजने में सहायता कर सकता है। होमोलॉग और ऑर्थोलॉग की तुलना उपयोगकर्ता द्वारा प्रजातियों के भीतर या उनके बीच की जा सकती है, विभिन्न प्रजातियों और टैक्स विकल्पों को देखते हुए जैसा कि संबंधित आकृति में देखा गया है। डेटाबेस में उपलब्ध एक जीन और ऑटोफैगी जीन के बीच संबंधों का विश्लेषण करें। मूल विश्लेषण, धूसर रंग में हाइलाइट किए गए, एक ज्ञात जीन के लिए संभावित ऑटोफैगी-संबंधित जीन मिलान खोजने के लिए उपयोग किया जा सकता है। इन कार्यों का सर्वोत्तम उपयोग करने के लिए, उपयोगकर्ता को सभी जीन फ़ाइलों को डाउनलोड करने के लिए "डाउनलोड" टैब का संदर्भ लेना चाहिए, ताकि ऑटोफैगी डेटाबेस के कार्य का पूरी तरह से उपयोग किया जा सके। ह्यूमन ऑटोफैगी डेटाबेस में लुक फॉर जीन और क्लस्टरिंग के लिए उपलब्ध कार्य हैं। http://autophagy.lu/index.html तक पहुँचते समय, इन विकल्पों तक पहुँचा जा सकता है। इच्छुक पक्ष डेटाबेस में नए मानव ऑटोफैगी प्रोटीन भी जमा कर सकते हैं। एक उपयोगकर्ता निम्नलिखित विकल्पों के अनुसार डेटाबेस का उपयोग कर सकता हैः एक उपयोगकर्ता लुक फॉर जीन श्रेणी में नाम से एक जीन की खोज कर सकता है। इसके जीन प्रतीक, एन्सेम्बल परिग्रहण संख्या, गुणसूत्र स्थान, या एक प्रासंगिक मुख्य शब्द का उपयोग करने के लिए एक जीन की तलाश की जा सकती है। इस विधि का उपयोग करके रुचि के जीन तक पहुँचने के लिए सरल निर्देश "जीन की तलाशः एच. ए. डी. बी". के लिए चित्र में दिए गए हैं। संक्षेप में, उपयोगकर्ता वेबसाइट का उपयोग करेगा, हाइलाइट किए गए टैब का चयन करेगा, और संबंधित छवि में दिए गए उपलब्ध टैब का उपयोग करके अपनी रुचि के जीन की खोज करेगा। विशेष रूप से, उपयोगकर्ता यह चुनेंगे कि वे संबंधित तालिका में किस विकल्प का उपयोग करना चाहते हैं, और फिर वांछित टैब के लिए जानकारी भरें, चाहे वह प्रतीक हो या समानार्थी शब्द, गुणसूत्र, परिग्रहण संख्या, या मुख्य शब्द। एक बार टैब का चयन हो जाने के बाद, किसी भी जुड़े हुए ऑटोफैगी-संबंधित प्रोटीन को निर्धारित करने के लिए जानकारी दर्ज की जा सकती है और खोजी जा सकती है। उपयोगकर्ता क्लस्टरिंग का भी उल्लेख कर सकता है जहाँ जीन को वर्णानुक्रम में देखा जा सकता है। इस खोज को कैसे संचालित किया जाए, इसका एक सरल मानचित्र "क्लस्टरिंगः एचएडीबी" छवि में दिखाया गया है। उपयोगकर्ता पहले http://autophagy.lu/index.html का उल्लेख करेगा, जिसके बाद वे अपनी रुचि के जीन तक पहुंचने के लिए "क्लस्टरिंग" छवि में हाइलाइट किए गए टैब का चयन करेंगे। उपयोगकर्ता तब आगे की जानकारी एकत्र करने के लिए वर्णानुक्रम में अपनी रुचि के जीन का चयन कर सकता है। हालाँकि इस डेटाबेस में केवल मानव ऑटोफैगी जीन हैं, उपयोगकर्ता को उपयोग के लिए डेटाबेस डाउनलोड करने की आवश्यकता नहीं है, और ऑटोफैगी की जटिल प्रक्रिया में शामिल जीन और प्रोटीन पा सकते हैं। डेटाबेस की सीमाएँ प्रत्येक डेटाबेस अपनी ताकत और कमजोरियाँ प्रदान करता है। ऑटोफैगी डेटाबेस-अवधारणात्मक रूप से, ऑटोफैगी डेटाबेस विभिन्न प्रजातियों में ऑटोफैगी से संबंधित प्रोटीन पर आसानी से जानकारी प्राप्त करने का अवसर प्रदान करता है। हालाँकि, इस डेटाबेस का उपयोग करने में कुछ समस्याएं हैं। उपयोगकर्ता एडीबी के लिए उपलब्ध टैब विकल्पों के वर्गीकरण का प्रयास कर सकता है, हालांकि इन विकल्पों का उपयोग ऑटोफैगी डेटाबेस से सामग्री डाउनलोड किए बिना नहीं किया जा सकता है। हालाँकि उपयोगकर्ता डाउनलोड टैब तक पहुँच सकता है (सफेद रंग में "एडीबी के लिए विकल्प" में देखा गया है), यह U.S.-based वाईफाई सेवा का उपयोग करते समय केवल टेक्स्ट आउटपुट प्रदान करता है। जैसे, उपयोगकर्ता जी. यू. आई. प्रारूप में ऊपर उल्लिखित विकल्पों की विविधता तक नहीं पहुंच सकता है, बल्कि उसे पाठ आउटपुट की खोज करनी चाहिए। उपयोगकर्ता ऑटोफैगी डेटाबेस डाउनलोड कर सकता है, लेकिन ऐप्पल ओएस का उपयोग करके इन फ़ाइलों तक पहुंचना मुश्किल हो सकता है। यह U.S.-based उपयोगकर्ता के लिए उपयोग में आसानी को जटिल बनाता है, जिससे ऑटोफैगी डेटाबेस की उपयोगिता कम हो जाती है। यह अंतरराष्ट्रीय स्तर पर उपलब्ध डेटाबेस की एक संभावित जटिलता है, जो इसके उपयोग में आसानी को जटिल बनाती है। मानव ऑटोफैगी डेटाबेस-हालांकि एक अंतरराष्ट्रीय स्तर पर उपलब्ध डेटाबेस भी है, मानव ऑटोफैगी डेटाबेस के लिए उपयोग में आसानी में काफी सुधार हुआ है। सभी उपलब्ध विकल्प, हालांकि सीमित हैं, एक U.S.-based वाईफाई सेवा का उपयोग करके एक्सेस किए जा सकते हैं। मानव ऑटोफैगी डेटाबेस डेटा संग्रह और विश्लेषण के लिए उपलब्ध विकल्पों की श्रृंखला में सीमित है, क्योंकि ऑटोफैगी डेटाबेस द्वारा प्रदान किए गए विकल्पों की तुलना में कम विकल्प उपलब्ध हैं। डेटाबेस केवल मानव ऑटोफैगी से संबंधित जीन और प्रोटीन को भी संग्रहीत करता है, जबकि ऑटोफैगी डेटाबेस में विभिन्न प्रजातियों के लिए उपलब्ध ऑटोफैगी से संबंधित जीन और प्रोटीन के बारे में जानकारी होती है। डेटाबेस के लाभ हालांकि प्रत्येक डेटाबेस की अपनी ताकत और कमजोरियां होती हैं, वे प्रत्येक अंतराल को भरने में मदद करते हैं। आगे के परिवर्धन भविष्य में इन डेटाबेस को बेहतर बनाने में मदद कर सकते हैं। हालांकि ऐसे डेटाबेस उपलब्ध हो सकते हैं जो सामान्य जीन या प्रोटीन खोजों के लिए अधिक पूर्ण दिखाई देते हैं, जैसे कि एन. सी. बी. आई., एच. ए. डी. बी. और ऑटोफैगी डेटाबेस ऑटोफैगी से संबंधित जीन और प्रोटीन पर सबसे पूर्ण जानकारी प्रदान करते हैं। जी. यू. आई. प्रत्येक के लिए पूरी तरह से परिष्कृत नहीं है, और इसे प्राप्त करना कठिन हो सकता है, लेकिन इनमें से प्रत्येक डेटाबेस ऑटोफैगी पर ध्यान केंद्रित करता है, जबकि एन. सी. बी. आई. ऑटोफैगी पर समान केंद्रित दृष्टिकोण का उपयोग नहीं करता है। इस प्रकार, एच. ए. डी. बी. और ऑटोफैगी डेटाबेस ऑटोफैगी से संबंधित जीन और प्रोटीन की खोज के लिए एक दिलचस्प मार्ग प्रदान कर सकते हैं। ऑटोफैगी ऑर्थोलॉग होमोलॉग होमोलजीन नेशनल सेंटर फॉर बायोटेक्नोलॉजी इंफॉर्मेशन एंट्रेज़ एनसेम्बल पबमेड फास्टा ब्लास्ट संदर्भ बाहरी लिंक https://web.archive.org/web/20110309173256/http:// tp-apg.genes.nig.ac.jp/autophagy मानव ऑटोफैगी (http://autophagy.lu) में विशेषज्ञता रखने वाला एक अन्य डेटाबेस भी सार्वजनिक रूप से उपलब्ध है। जैविक डेटाबेस क्रमादेशित कोशिका मृत्यु