Phylogenetic reconciliation
फाइलोजेनेटिक्स में, सुलह दो या दो से अधिक सह-विकसित जैविक संस्थाओं के इतिहास को जोड़ने का एक तरीका है। सुलह का सामान्य विचार यह है कि एक जातिजनित वृक्ष एक इकाई के विकास का प्रतिनिधित्व करता है (जैसे। समरूपी जीन या प्रतीक) को एक अन्य जातिजनित वृक्ष के भीतर खींचा जा सकता है जो एक परिवेष्टित इकाई (क्रमशः, प्रजाति, मेजबान) का प्रतिनिधित्व करता है ताकि उनकी परस्पर निर्भरता और विकासवादी घटनाओं को प्रकट किया जा सके जिन्होंने उनके साझा इतिहास को चिह्नित किया है। सुलह दृष्टिकोण का विकास 1980 के दशक में शुरू हुआ, मुख्य रूप से एक जीन और एक जीनोम के सह-विकास को दर्शाने के लिए, और एक मेजबान और एक प्रतीक, जो पारस्परिक, साम्यवादी या परजीवी हो सकते हैं। इसका उपयोग उदाहरण के लिए क्षैतिज जीन हस्तांतरण का पता लगाने या जीनोम विकास की गतिशीलता को समझने के लिए भी किया गया है। जातिजनित मेलजोल जीवन के इतिहास को बनाने वाले विकासवादी प्रक्षेपवक्रों की विविधता के लिए जिम्मेदार हो सकता है, जो अणुओं से लेकर आबादी या संस्कृतियों तक सभी पैमानों पर एक-दूसरे के साथ जुड़ा हुआ है। संगठन के स्तरों के बीच बातचीत के महत्व का एक हालिया अवतार होलोबियंट अवधारणा है, जहां एक मैक्रो-जीव को विविध प्रजातियों की एक जटिल साझेदारी के रूप में देखा जाता है। ऐसी जटिल संस्थाओं के विकास का प्रतिरूपण करना सुलह पर वर्तमान शोध की चुनौतीपूर्ण और रोमांचक दिशाओं में से एक है। नेस्टेड संरचनाओं के रूप में फाइलोजेनेटिक पेड़ संगठन के सभी स्तरों पर आपस में जुड़े हुए हैं, जो स्तरों के भीतर और बीच संघर्षों और निर्भरताओं को एकीकृत करते हैं। मैक्रो-ऑर्गैनिज्म आबादी महाद्वीपों के बीच प्रवास करती है, उनके सूक्ष्मजीव प्रतीक आबादी के बीच बदलते हैं, उनके प्रतीक के जीन सूक्ष्मजीव प्रजातियों के बीच स्थानांतरित होते हैं, और जीनों के बीच डोमेन का आदान-प्रदान होता है। संगठन स्तरों की यह सूची प्रतिनिधि या संपूर्ण नहीं है, लेकिन उन स्तरों का एक दृष्टिकोण देती है जहां सुलह विधियों का उपयोग किया गया है। एक सामान्य विधि के रूप में, सुलह कई अन्य स्तरों को ध्यान में रख सकती है। उदाहरण के लिए, यह जीन के संश्लेषित संगठन, पारगम्य तत्वों और प्रजातियों के परस्पर संबंध के इतिहास, प्रजातियों में एक प्रोटीन परिसर के विकास पर विचार कर सकता है। विचार की जाने वाली विकासवादी घटनाओं का पैमाना जनसंख्या की घटनाओं जैसे कि भौगोलिक विविधीकरण से लेकर न्यूक्लियोटिड्स के स्तर तक जा सकता है, जिसमें उदाहरण के लिए जीनोम के अंदर गुणसूत्र स्तर की घटनाएं जैसे कि पूरे जीनोम डुप्लिकेशन शामिल हैं। संगठन के कई स्तरों पर जीवन के विविधीकरण का प्रतिनिधित्व करने के लिए जातिजनन का उपयोग किया गया हैः मैक्रो-जीव, विकास के दौरान उनकी कोशिकाएं, मार्कर जीन, गुणसूत्र, प्रोटीन, प्रोटीन डोमेन के माध्यम से सूक्ष्म जीव, और मानव संस्कृति के तत्वों के विकास को समझने में भी सहायक हो सकते हैं जैसे कि भाषाएँ या परी कथाएँ। इनमें से प्रत्येक स्तर पर, जातिजनित पेड़ विशिष्ट विविधीकरण घटनाओं से बनी विभिन्न कहानियों का वर्णन करते हैं, जिन्हें स्तरों के बीच साझा किया जा सकता है या नहीं भी किया जा सकता है। फिर भी क्योंकि वे संरचनात्मक रूप से घोंसले (मातृशका गुड़ियों के समान) या कार्यात्मक रूप से निर्भर हैं, एक विशेष स्तर पर विकास अन्य स्तरों पर उन लोगों के लिए बाध्य है। जातिजनित सामंजस्य कम से कम दो संबंधित पेड़ों की तुलना के माध्यम से स्तरों के बीच संबंधों की पहचान है। मूल रूप से दो पेड़ों के लिए विकसित, दो से अधिक स्तरों के लिए सामंजस्य का हाल ही में निर्माण किया गया है (खंड तीन या अधिक स्तरों का स्पष्ट प्रतिरूपण देखें)। इस प्रकार, सुलह विकासवादी परिदृश्य प्रदान करता है जो विकसित संस्थाओं के बीच संघर्ष और सहयोग को प्रकट करता है। ये लिंक सहज ज्ञानहीन हो सकते हैं, उदाहरण के लिए, एक ही जीनोम में मौजूद जीन असंबंधित विकासवादी इतिहास दिखा सकते हैं जबकि एक सहजीवी के जीनोम में मौजूद कुछ जीन मेजबान जातिजनन के साथ एक मजबूत सह-विकास संकेत दिखा सकते हैं। इसलिए, सामंजस्य एक होलोबियंट बनाने वाले संयोजन में अंतर्निहित बाधाओं और विकासवादी रणनीतियों को समझने के लिए एक उपयोगी उपकरण हो सकता है। क्योंकि सभी स्तर अनिवार्य रूप से एक ही वस्तु के साथ काम करते हैं, एक जातिजनित वृक्ष, सुलह के समान मॉडल-विशेष रूप से वे जो दोहराव-हस्तांतरण-हानि की घटनाओं पर आधारित हैं, जो इस लेख के लिए केंद्रीय हैं-थोड़े संशोधनों के साथ, किसी भी जोड़े में स्थानांतरित किए जा सकते हैं जुड़े स्तरः एक "आंतरिक", "निचला", या "सहयोगी" इकाई (जैसे। जीन, सहजीवी प्रजाति, जनसंख्या) एक "ऊपरी" या "मेजबान" (क्रमशः प्रजाति, मेजबान या भौगोलिक क्षेत्र) के अंदर विकसित होता है। ऊपरी और निचली इकाइयाँ आंशिक रूप से एक ही इतिहास से बंधी होती हैं, जिससे उनके जातिजनित पेड़ों में समानताएँ होती हैं, लेकिन संघ समय के साथ बदल सकते हैं, कमोबेश सख्त हो सकते हैं या अन्य भागीदारों पर स्विच कर सकते हैं। वंशजनन समन्वय का सिद्धांत 1979 में जीन और प्रजाति-स्तर के वंशजनन के बीच अंतर के लिए पेश किया गया था। एक अस्पष्ट परिवेश में, एक जीन वृक्ष और एक प्रजाति वृक्ष के बीच विसंगतियों को समझाने के लिए दो विकासवादी घटनाओं, जीन दोहराव और जीन हानि का आह्वान किया गया था। इसने संरेखित अनुक्रम के विकास के लिए जीन डुप्लिकेशन, लॉस और न्यूक्लियोटाइड प्रतिस्थापन की संख्या का उपयोग करके प्रजातियों के पेड़ और एक संरेखित अनुक्रम को जानने वाले जीन पेड़ों पर एक स्कोर का भी वर्णन किया, एक दृष्टिकोण जो आज भी सुलह और फ़ाइलोजेनी अनुमान के नए मॉडल के साथ केंद्रीय है। रिकंसिलेशन शब्द का उपयोग वेन मेडिसन द्वारा 1997 में जीन स्तर की विकासवादी घटनाओं के परिणामस्वरूप "जातिजनित कलह" की एक विपरीत अवधारणा के रूप में किया गया है। इसके बाद मेजबान और प्रतीक के सह-विकास और प्रजातियों के भौगोलिक विविधीकरण के लिए संयुक्त रूप से सामंजस्य विकसित किया गया था। दोनों सेटिंग्स में, एक क्षैतिज घटना का मॉडल बनाना महत्वपूर्ण था जो मेजबान पेड़ की समानांतर शाखाओं को निहित करता थाः मेजबान और प्रतीक के लिए मेजबान स्विच और जैव भूगोल में एक क्षेत्र से दूसरे क्षेत्र में प्रजातियों का फैलाव। जीन और जीनोम के विपरीत, मेजबान और प्रतीक का सह-विकास और भूगोल द्वारा प्रजातियों के विविधीकरण की व्याख्या हमेशा शून्य परिकल्पना नहीं होती है। एक टेंगलेग्राम में दो जातिजननों का एक दृश्य चित्रण इस तरह के सह-विकास का आकलन करने में मदद कर सकता है, हालांकि इसकी कोई सांख्यिकीय स्पष्ट व्याख्या नहीं है। सह-विकास का परीक्षण करने और सह-विकास के परिदृश्यों के पुनर्निर्माण के लिए ब्रूक्स पारसीमनी एनालिसिस जैसी चरित्र विधियों का प्रस्ताव किया गया था। इन विधियों में, एक पेड़ को उसके पत्तों को छोड़कर भुला दिया जाता है, जिसे फिर दूसरे पेड़ पर विकसित होने वाले चरित्र के रूप में उपयोग किया जाता है। मेल-मिलाप के लिए पहले मॉडल, स्पष्ट रूप से दो टोपोलॉजी को ध्यान में रखते हुए और एक यंत्रवत घटना-आधारित दृष्टिकोण का उपयोग करते हुए, मेजबान और प्रतीक और जैव भूगोल के लिए प्रस्तावित किए गए थे। बहसों का पालन किया गया, क्योंकि तरीके अभी तक पूरी तरह से ठोस नहीं थे, लेकिन एक नए ढांचे में एकीकृत उपयोगी जानकारी थी। प्रत्येक घटना के लिए लागत और मेजबान और सहजीवी नोड्स के सभी जोड़ों पर विचार करने वाली एक गतिशील प्रोग्रामिंग तकनीक को फिर एक मेजबान और सहजीवी दृष्टिकोण में पेश किया गया, जो दोनों अभी भी मेजबान और सहजीवी के साथ-साथ प्रजातियों और जीन के लिए अधिकांश वर्तमान सुलह विधियों को रेखांकित करते हैं। सामंजस्य उस ढांचे में लौट आया जिसे जीन और प्रजातियों में पेश किया गया था। क्षैतिज जीन हस्तांतरण के लिए चरित्र मॉडल पर विचार किए जाने के बाद, एक नया सुलह मॉडल, मेजबान और सहजीवन के लिए प्रस्तुत गतिशील प्रोग्रामिंग दृष्टिकोण का पालन और सुधार करते हुए, डुप्लिकेशन और लॉस मॉडल के शीर्ष पर जीन और प्रजातियों के सुलह के लिए क्षैतिज जीन हस्तांतरण को प्रभावी ढंग से पेश किया। इस प्रकार मेजबान और सहजीवी, जीन और प्रजातियों, या जैव भूगोल स्तरों पर जातिजनन का अध्ययन करने वाले कई शोध समुदायों के बीच आदान-प्रदान के माध्यम से जातिजनित सुलह का प्रगतिशील विकास संभव था। इस कहानी और इसके आधुनिक विकास की कई बार समीक्षा की गई है, आम तौर पर कुछ अपवादों के साथ स्तरों के विशिष्ट जोड़े पर ध्यान केंद्रित किया गया है। नए विकास नए एकीकृत मॉडल के साथ विभिन्न ढांचे को एक साथ लाना शुरू करते हैं। पॉकेट गोफर्स और उनके चबाने वाले जूः एक शास्त्रीय उदाहरण पॉकेट गोफर्स (जियोमाइडे) और उनके चबाने वाले जू (ट्राइकोडेक्टिडे) मेजबान और सहजीवी सह-विकास की एक अच्छी तरह से अध्ययन की गई प्रणाली बनाते हैं। मेजबान और प्रतीक की जातिजनन और उनके पेड़ों की पत्तियों के मिलान को बाईं ओर दर्शाया गया है। मेजबान के लिए, ओ. का अर्थ है ऑर्थोजिओमिस, जी. का अर्थ है जियोमिस और टी. का अर्थ है थॉमस; प्रतीक के लिए, जी. का अर्थ है जियोमाइडोइकस और टी. का अर्थ है थॉमॉयडोइकस। दो पेड़ों को फिर से जोड़ने का मतलब है विकासवादी घटनाओं के साथ एक परिदृश्य देना और दोनों पेड़ों के सह-विकास को दर्शाने वाले पैतृक नोड्स पर मिलान करना। इस प्रणाली में जिन घटनाओं पर विचार किया जाता है वे डी. टी. एल. मॉडल की घटनाएं हैंः दोहराव, स्थानांतरण (या मेजबान स्विच), हानि, और कॉस्पेसिएशन, सह-विकास की शून्य घटना। दो अलग-अलग ढांचे का उपयोग करते हुए दो अध्ययनों में दो परिदृश्य प्रस्तावित किए गए थे, जिन्हें पूर्व-गतिशील प्रोग्रामिंग डी. टी. एल. सुलह माना जा सकता है। आधुनिक डी. टी. एल. सुलह ढांचे में, घटनाओं के लिए लागत निर्धारित की जाती है। दोनों परिदृश्यों को तब अलग-अलग लागत असाइनमेंट के साथ अधिकतम अस्पष्ट सुलह के अनुरूप दिखाया गया था। परिदृश्य ए में दो पेड़ों का मिलान करने के लिए 6 कॉस्पेसिएशन, 2 डुप्लिकेशन, 3 लॉस और 2 होस्ट स्विच का उपयोग किया जाता है, जबकि परिदृश्य बी में 5 कॉस्पेसिएशन, 3 डुप्लिकेशन, 3 लॉस और 2 होस्ट स्विच का उपयोग किया जाता है। एक परिदृश्य की लागत इसकी घटनाओं की लागत का योग है। उदाहरण के लिए, कॉस्पेसिएशन के लिए 0, डुप्लिकेशन के लिए 2, लॉस के लिए 1 और होस्ट स्विच के लिए 3 की लागत के साथ, परिदृश्य ए की लागत और परिदृश्य बी है, और इसलिए एक पार्सिमोनियस सिद्धांत के अनुसार, परिदृश्य ए को अधिक संभावना माना जाएगा (परिदृश्य ए तब तक अधिक संभावना रखता है जब तक कि कॉस्पेसिएशन की लागत डुप्लिकेशन की लागत से कम है)। फाइलोजेनेटिक रिकंसिलिएटन मॉडलों का विकास फाइलोजेनी में आज उपयोग किए जाने वाले मॉडल और विधियां कई दशकों के शोध का परिणाम हैं, जिन्हें उत्तरोत्तर जटिल बनाया गया है, जो डेटा की प्रकृति और एक तरफ जैविक यथार्थवाद की खोज और दूसरी तरफ गणितीय और एल्गोरिथमिक विधियों की सीमाओं और प्रगति से प्रेरित हैं। पूर्व-सुलह मॉडलः पेड़ों पर वर्ण वर्ण विधियों का उपयोग तब किया जा सकता है जब किसी एक स्तर के लिए कोई वृक्ष उपलब्ध न हो, लेकिन दूसरे स्तर के लिए एक जातिजनित पेड़ की पत्तियों पर केवल एक चरित्र के लिए मान हो। एक मॉडल चरित्र मूल्य परिवर्तन की घटनाओं, उनकी दर, संभावनाओं या लागतों को परिभाषित करता है। उदाहरण के लिए, चरित्र एक प्रतीक वृक्ष पर एक मेजबान की उपस्थिति, एक प्रजाति के पेड़ पर भौगोलिक क्षेत्र, एक जीनोम पेड़ पर जीन की संख्या, या एक अनुक्रम में न्यूक्लियोटाइड्स हो सकता है। इस प्रकार इस तरह के तरीकों का उद्देश्य पेड़ के आंतरिक नोड्स पर पैतृक पात्रों का पुनर्निर्माण करना है। हालाँकि इन विधियों ने जीनोम विकास पर परिणाम दिए हैं, लेकिन दूसरे पेड़ की उपयोगिता बहुत सरल उदाहरणों के साथ दिखाई देती है। यदि एक प्रतीक ने हाल ही में प्रजातियों के एक समूह में फैलने की क्षमता हासिल की है और इस प्रकार यह उनमें से अधिकांश में मौजूद है, तो चरित्र विधियाँ गलत तरीके से इंगित करेंगी कि मेजबानों के सामान्य पूर्वज में पहले से ही प्रतीक था। इसके विपरीत, प्रतीक और मेजबान पेड़ों की तुलना क्षैतिज स्थानान्तरण को प्रकट करने वाली विसंगतियों को दर्शाएगी। मेल-मिलाप की उत्पत्तिः डुप्लिकेशन लॉस मॉडल और सबसे कम सामान्य पूर्वज मानचित्रण डुप्लिकेशन और लॉस को जीनोम में एक जीन की कई प्रतियों की उपस्थिति या कुछ प्रजातियों में इसकी अनुपस्थिति की व्याख्या करने के लिए सबसे पहले लागू किया गया था। उन दो घटनाओं के साथ किसी भी दो पेड़ों का मिलान करना संभव है, अर्थात। निचले और ऊपरी पेड़ों की नोड्स और शाखाओं का नक्शा बनाना, या ऊपरी पेड़ और निचले पेड़ के बीच विसंगतियों को समझाते हुए विकासवादी घटनाओं की एक सूची देना। सबसे पारसीमोनियस डुप्लिकेशन एंड लॉस (डी. एल.) सुलह की गणना सबसे कम सामान्य पूर्वज (एल. सी. ए.) मानचित्रण के माध्यम से की जाती हैः पत्तियों से जड़ तक आगे बढ़ते हुए, प्रत्येक आंतरिक नोड को उसके दो बच्चों के मानचित्रण के सबसे कम सामान्य पूर्वज के लिए मैप किया जाता है। सुलह के लिए एक मार्कोवियन मॉडल डी. एल. मॉडल में एल. सी. ए. मानचित्रण एक पारसीमनी सिद्धांत का पालन करता हैः यदि आवश्यक नहीं है तो किसी भी घटना का आह्वान नहीं किया जाना चाहिए। हालाँकि इस सिद्धांत के उपयोग पर बहस की जाती है, और आमतौर पर यह स्वीकार किया जाता है कि आणविक विकास में एक संभावित मॉडल को यादृच्छिक चलने के रूप में फिट करना अधिक सटीक है, जो आवश्यक रूप से अस्पष्ट परिदृश्य पैदा नहीं करता है। एक जन्म और मृत्यु मार्कोवियन मॉडल एक ऐसा मॉडल है जो जड़ से लेकर पत्तियों तक एक निश्चित ऊपरी पेड़ "अंदर" एक निचला पेड़ उत्पन्न कर सकता है। सांख्यिकीय अनुमान सबसे अधिक संभावित परिदृश्यों को खोजने के लिए एक रूपरेखा प्रदान करता है, और उस मामले में, दो पेड़ों का अधिकतम संभावना मिलान भी एक अस्पष्ट है। इसके अलावा, इस तरह के ढांचे के साथ परिदृश्यों का नमूना लेना, या विभिन्न परिकल्पनाओं का परीक्षण करने के लिए कई संभावित परिदृश्यों को एकीकृत करना संभव है, उदाहरण के लिए निचले पेड़ों के स्थान का पता लगाना। इसके अलावा, संभावित मॉडल को बड़े मॉडल में एकीकृत किया जा सकता है, क्योंकि स्वतंत्रता ग्रहण करते समय संभावनाएं बस गुणा होती हैं, उदाहरण के लिए अनुक्रम विकास और डी. एल. सुलह का संयोजन। क्षैतिज स्थानांतरण मेजबान स्विच का परिचय, अर्थात। एक रिश्तेदार वंश से एक प्रतीक की विरासत, प्रजातियों के बीच परजीवी या सहजीवी संबंधों के विकास में एक महत्वपूर्ण घटना है। यह क्षैतिज स्थानांतरण जैव-भूगोल में प्रवास की घटनाओं को भी मॉडल करता है और जीन और प्रजाति के पेड़ों के सामंजस्य के लिए रुचि का विषय बन गया जब यह प्रतीत हुआ कि कई विसंगतियों को केवल दोहराव और हानि द्वारा समझाया नहीं जा सकता है और क्षैतिज जीन हस्तांतरण (एचजीटी) सूक्ष्म जीवों के विकास में एक प्रमुख विकासवादी प्रक्रिया थी। यह स्विचिंग, या क्षैतिज स्थानांतरण, पैटर्न मिश्रण या इंट्रोग्रेशन को भी मॉडल कर सकता है। इसे चरित्र विधियों में माना जाता है, बिना सहजीवी जातिजनन की जानकारी के। डी. एल. मॉडल के शीर्ष पर, क्षैतिज हस्तांतरण नए और बहुत अलग सुलह परिदृश्यों को सक्षम बनाता है। सरल लेकिन शक्तिशाली गतिशील प्रोग्रामिंग दृष्टिकोण एल. सी. ए. सुलह विधि एक अनूठा समाधान प्रदान करती है, जिसे घटनाओं की भारित संख्या को कम करने की समस्या के लिए इष्टतम दिखाया गया है, चाहे दोहराव और हानि का सापेक्ष भार कुछ भी हो। इसके विपरीत, डुप्लिकेशन, हॉरिजॉन्टल ट्रांसफर एंड लॉस (डी. टी. एल.) के साथ, कई समान रूप से अस्पष्ट सामंजस्य हो सकते हैं। उदाहरण के लिए, दोहराव और नुकसान के एक क्रम को एकल हस्तांतरण द्वारा प्रतिस्थापित किया जा सकता है। एक कम्प्यूटेशनल समस्या को परिभाषित करने और एक समाधान तक पहुंचने के लिए पहले विचारों में से एक, एक मेजबान/सहजीवी ढांचे में, एक शोधात्मक एल्गोरिथ्म के साथ सह-प्रजातियों की संख्या को अधिकतम करना था। एक अन्य समाधान घटनाओं को सापेक्ष लागत देना और एक ऐसा परिदृश्य खोजना है जो इसकी घटनाओं की लागतों के योग को कम करता है। संभाव्यता मॉडल ढांचे में, समतुल्य कार्य में घटनाओं के लिए दरें या संभावनाएं निर्धारित करना और उनकी संभावना के अनुसार अधिकतम संभावना परिदृश्यों या नमूना परिदृश्यों की खोज करना शामिल है। इन सभी समस्याओं को एक गतिशील प्रोग्रामिंग दृष्टिकोण के साथ हल किया जाता है। इस गतिशील प्रोग्रामिंग विधि में एक पोस्टऑर्डर में दो पेड़ों को पार करना शामिल है। पत्तियों से आगे बढ़ते हुए और फिर दो पेड़ों में ऊपर जाते हुए, प्रत्येक दो आंतरिक नोड्स (प्रत्येक पेड़ के लिए एक) के लिए, सबसे अस्पष्ट डी. टी. एल. सुलह की लागत की गणना की जाती है। एक पार्सिमोनी ढांचे में, एक ऊपरी उप-वृक्ष के साथ जड़ वाले निचले उप-वृक्ष के मिलान की लागत को उनके मिलान के साथ पत्तों के लिए आरंभ किया जाता हैः और फिर प्रेरक रूप से, बच्चों के बच्चों को क्रमशः विशिष्टता, दोहराव, क्षैतिज हस्तांतरण और हानि से जुड़ी लागतों को दर्शाते हुए (अक्सर 0 पर निर्धारित), लागत और, क्योंकि वे निर्भर नहीं हैं, सभी के लिए एक बार गणना की जा सकती है, इसलिए और के सभी जोड़ों के लिए गणना करने के लिए द्विघात जटिलता प्राप्त होती है। हानि की लागत केवल अन्य घटनाओं के संयोजन में दिखाई देती है क्योंकि व्यामोह में, हानि को हमेशा वृक्ष में पूर्ववर्ती घटना के साथ जोड़ा जा सकता है। गतिशील प्रोग्रामिंग के उपयोग के पीछे का प्रेरण हमेशा पेड़ों में जड़ों की ओर बढ़ने पर आधारित है। हालांकि घटनाओं के कुछ संयोजन जो लगातार हो सकते हैं, इस प्रेरण को गलत तरीके से परिभाषित कर सकते हैं। इस तरह के एक संयोजन में एक स्थानांतरण होता है जिसके तुरंत बाद दाता वंश (टी. एल.) में नुकसान होता है। इस टी. एल. आयोजन के उपयोग को प्रतिबंधित करने से प्रवेश की मरम्मत होती है। असीमित उपयोग के साथ, निश्चित बिंदु विधियों, या विभेदक समीकरणों के संख्यात्मक समाधान जैसे समीकरणों की प्रणालियों को हल करने के लिए अन्य ज्ञात विधियों का उपयोग करना या जोड़ना आवश्यक है। 2016 में, सबसे अधिक उपयोग किए जाने वाले सात पार्सिमोनी सुलह कार्यक्रमों में से केवल दो ने टी. एल. घटनाओं को संभाला, हालांकि उनका विचार एक सुलह के परिणाम को काफी हद तक बदल सकता है। एल. सी. ए. मानचित्रण के विपरीत, डी. टी. एल. सुलह आमतौर पर न्यूनतम लागत के कई परिदृश्य प्रदान करता है, कुछ मामलों में एक घातीय संख्या। गतिशील प्रोग्रामिंग दृष्टिकोण की ताकत यह है कि यह द्विघात समय में इनपुट ऊपरी और निचले पेड़ के सह-विकास की न्यूनतम लागत की गणना करने में सक्षम बनाता है, और बैकट्रैकिंग के माध्यम से सबसे अस्पष्ट परिदृश्य प्राप्त करने में सक्षम बनाता है। इसे सह-विकास की संभावना की गणना करने और दरों के साथ लागत, न्यूनतम राशि और उत्पादों द्वारा राशि को प्रतिस्थापित करने के लिए एक संभावित ढांचे में भी परिवर्तित किया जा सकता है। इसके अलावा, कई बैकट्रैक के माध्यम से, दृष्टिकोण सभी अस्पष्ट समाधानों की गणना करने या उनकी संभावना के अनुसार इष्टतम और उप-इष्टतम परिदृश्यों का नमूना लेने के लिए उपयुक्त है। घटना की लागत और दरों का अनुमान गतिशील कार्यक्रम केवल एक आंशिक समाधान है और सुलह द्वारा उठाई गई कई समस्याओं का समाधान नहीं करता है। सबसे अस्पष्ट डी. टी. एल. सुलह को परिभाषित करने के लिए विभिन्न प्रकार की घटनाओं (डी, टी और एल) को लागत निर्धारित करने की आवश्यकता होती है। अलग-अलग लागत असाइनमेंट से अलग-अलग सुलह परिदृश्य प्राप्त हो सकते हैं, इसलिए उन लागतों को चुनने के तरीके की आवश्यकता है। ऐसा करने के लिए दृष्टिकोण की विविधता है। सी. ओ. आर. ई.-पी. ए. एक पुनरावर्ती तरीके से लागत वैक्टरों के स्थान की खोज करता है, सामंजस्य में घटना आवृत्तियों के साथ एक अच्छे मिलान की खोज करता है। ए. एल. ई. अधिकतम संभावना द्वारा घटना दर का अनुमान लगाने के लिए एक संभावित ढांचे में एक ही विचार का उपयोग करता है। वैकल्पिक रूप से, सी. ओ. ए. एल. ए. एक पूर्व-प्रक्रिया है जिसमें अनुक्रमिक मोंटे कार्लो के साथ अनुमानित बायेसियन गणना का उपयोग किया जाता हैः अनुकरण और सांख्यिकीय अस्वीकृति या क्रमिक परिशोधन के साथ मापदंडों की स्वीकृति। पार्सिमोनी ढांचे में, संभावित घटना लागतों के स्थान को लागत के क्षेत्रों में विभाजित करना भी संभव है जो एक ही पारेटो इष्टतम समाधान की ओर ले जाता है। पेरेटो इष्टतम सुलह ऐसे होते हैं कि किसी अन्य सुलह की लागत एक प्रकार की घटना (दोहराव, हस्तांतरण या हानि) के लिए सख्ती से कम नहीं होती है, और दूसरों के लिए कम या बराबर होती है। आयोजन लागत चुनने के लिए बाहरी विचारों पर भरोसा करना भी संभव है। उदाहरण के लिए, सॉफ्टवेयर एंगस्ट उन लागतों को चुनता है जो माता-पिता और बच्चों की प्रजातियों के बीच जीनोम आकार, जीन की संख्या में भिन्नता को कम करते हैं। अस्थायी व्यवहार्यता की समस्या गतिशील प्रोग्रामिंग विधि दिनांकित (आंतरिक नोड्स पूरी तरह से क्रमबद्ध हैं) या अनिर्धारित ऊपरी पेड़ों के लिए काम करती है। हालांकि, दिनांकित पेड़ों के साथ, एक अस्थायी व्यवहार्यता मुद्दा है। वास्तव में, एक क्षैतिज स्थानांतरण का तात्पर्य है कि दाता और प्राप्तकर्ता समकालीन हैं, इसलिए पेड़ पर समय की कमी का संकेत देते हैं। परिणामस्वरूप, दो क्षैतिज स्थानान्तरण असंगत हो सकते हैं, क्योंकि वे समय की बाधाओं का विरोध करते हैं। गतिशील प्रोग्रामिंग दृष्टिकोण आसानी से ऐसी असंगतियों की जांच नहीं कर सकता है। यदि ऊपरी वृक्ष दिनांकित नहीं है, तो एक अस्थायी रूप से व्यवहार्य सबसे अस्पष्ट सुलह खोजना एन. पी.-कठिन है। यह निश्चित पैरामीटर ट्रैक्टेबल है, जिसका अर्थ है कि आउटपुट परिदृश्यों में स्थानान्तरण की संख्या के घातांक से बंधे समय में चलने वाले एल्गोरिदम हैं। कुछ समाधान पूर्णांक रैखिक प्रोग्रामिंग या शाखा और बाध्य अन्वेषण का संकेत देते हैं। यदि ऊपरी वृक्ष दिनांकित है, तो कोई असंगतता समस्या नहीं है क्योंकि क्षैतिज स्थानांतरण को समय में कभी भी पीछे नहीं जाने के लिए विवश किया जा सकता है। एक सुसंगत इष्टतम सुलह का पता लगाने के बाद बहुपद समय में या आर. ए. एस. सी. ए. एल. में गति के साथ, नोड मानचित्रण के केवल एक अंश का परीक्षण करके हल किया जाता है। दिनांकित पेड़ों को लेने वाले अधिकांश सॉफ्टवेयर अस्थायी व्यवहार्यता की तलाश नहीं करते हैं, सिवाय जेन के, जो एक आनुवंशिक एल्गोरिदम के माध्यम से कुल आदेशों के स्थान की खोज करता है, या, एक पोस्ट प्रक्रिया में, नोटंग और यूकेलिप्ट, जो समय सुसंगत लोगों के लिए इष्टतम समाधानों के सेट के अंदर खोज करता है। अन्य विधियाँ सामंजस्य के लिए पूरक परतों के रूप में काम करती हैं, सामंजस्य को सही करती हैं या व्यवहार्य स्थानान्तरण के एक उपसमुच्चय को लौटाती हैं, जिसका उपयोग एक प्रजाति के पेड़ की तारीख निर्धारित करने के लिए किया जा सकता है। फैलोजेनीज़ का विस्तारः मृत से स्थानांतरण सामान्य रूप से फाइलोजेनेटिक्स में, यह ध्यान रखना महत्वपूर्ण है कि किसी भी फाइलोजेनी में दिखाई देने वाली मौजूदा और पैतृक प्रजातियाँ केवल उन प्रजातियों का एक विरल नमूना हैं जो वर्तमान में मौजूद हैं या कभी मौजूद हैं। यही कारण है कि कोई भी सुरक्षित रूप से यह मान सकता है कि जातिजनित विधियों का उपयोग करके जिन सभी स्थानान्तरणों का पता लगाया जा सकता है, वे वंशावली में उत्पन्न हुए हैं, जो सख्ती से बोलते हुए, एक अध्ययन किए गए जातिजन्य से अनुपस्थित हैं। जातिजनित अध्ययनों में विलुप्त या बिना नमूने वाली जैव विविधता के लिए लेखांकन इन प्रक्रियाओं की बेहतर समझ दे सकता है। मूल रूप से, डी. टी. एल. सुलह विधियों ने इस घटना को नहीं पहचाना और केवल पेड़ की समकालीन शाखाओं के बीच स्थानांतरण की अनुमति दी, इसलिए अधिकांश प्रशंसनीय समाधानों की अनदेखी की गई। हालांकि, दिनांकित ऊपरी पेड़ों पर काम करने के तरीकों को एक जातिजनन के दृष्टिकोण से "भविष्य में" स्थानांतरण की अनुमति देकर अज्ञात विविधता को निहित रूप से संभालने के रूप में देखा जा सकता है, यानी दाता प्राप्तकर्ता की तुलना में अधिक प्राचीन है। भविष्य में स्थानांतरण का अनुवाद अज्ञात प्रजातियों के लिए एक प्रजाति में किया जा सकता है, जिसके बाद अज्ञात प्रजातियों से स्थानांतरण किया जा सकता है। ए. एल. ई. अपने दिनांकित संस्करण में स्पष्ट रूप से जीन विकास के दिनांकित जन्म/मृत्यु मॉडल में प्रजातियों के प्रजातिकरण/विलुप्त होने की मोरन प्रक्रिया को जोड़कर अज्ञात विविधता को ध्यान में रखता है। मृतकों में से स्थानांतरण को भी तेरा और एक्सेटेरा द्वारा एक अस्पष्ट सेटिंग में संभाला जाता है, जो दर्शाता है कि इन स्थानांतरणों पर विचार करने से मिलान का उपयोग करके जीन पेड़ों के पुनर्निर्माण की क्षमता में सुधार होता है, और एक अधिक स्पष्ट मॉडल के साथ और एक संभावित सेटिंग में, ए. एल. ई. में दिनांकित नहीं है। जैव भूगोल की विशिष्टताः क्षेत्रों के "विकास" के लिए एक पेड़ जैसी संरचना जैव भूगोल में, सुलह दृष्टिकोण के कुछ अनुप्रयोग एक ऊपरी पेड़ को परिभाषित पैतृक नोड्स के साथ एक क्षेत्र क्लैडोग्राम मानते हैं। उदाहरण के लिए, इसकी जड़ पैंजिया और नोड्स समकालीन महाद्वीप हो सकते हैं। कभी-कभी, आंतरिक नोड्स पैतृक क्षेत्र नहीं होते हैं, बल्कि उनके बच्चों के क्षेत्रों के संघ होते हैं, जो एक या कई क्षेत्रों में रहने के लिए निचले पेड़ के साथ प्रजातियों के विकसित होने की संभावना के लिए जिम्मेदार होते हैं। इस मामले में, विकासवादी घटनाएं प्रवास हैं, जहां एक प्रजाति एक नए क्षेत्र, एलोपैट्रिक विशिष्टता, या विकेरियंस का उपनिवेश करती है, जो मेजबान/सहजीवी तुलना में सह-विशिष्टता के बराबर है। भले ही यह दृष्टिकोण हमेशा एक पेड़ नहीं देता है (यदि ए, बी, सी पत्तियों के एबी और बीसी संघ मौजूद हैं, तो एक बच्चे के कई माता-पिता हो सकते हैं), और यह संरचना समय से जुड़ी नहीं है (एक प्रजाति के लिए प्रवास द्वारा ए से एबी तक जाना संभव है, साथ ही विलुप्त होने से एबी से ए तक), सुलह विधियाँ-घटनाओं और गतिशील प्रोग्रामिंग के साथ-ऊपरी भौगोलिक संरचना और निचली प्रजाति के पेड़ के बीच विकासवादी परिदृश्यों का अनुमान लगा सकती हैं। दिवा और लैग्रेंज दो सुलह मॉडल हैं जो इस तरह की पेड़ जैसी संरचना का निर्माण करते हैं और फिर सुलह को लागू करते हैं, पहला एक पारसीमनी सिद्धांत के साथ, दूसरा एक संभावित ढांचे में। इसके अतिरिक्त, BioGeoBEARS एक जैव-भूगोल अनुमान पैकेज है जो डी. आई. वी. ए. और लैग्रेंज मॉडल को फिर से लागू करता है और नए विकल्पों की अनुमति देता है, जैसे कि दूर से निर्भर स्थानांतरण और सांख्यिकीय मॉडल चयन पर चर्चा। ग्राफिकल आउटपुट दो पेड़ों और उन्हें प्रतिनिधित्व करने के लिए जोड़ने वाली कई विकासवादी घटनाओं के साथ, सामंजस्यपूर्ण अध्ययनों को अधिक सुलभ बनाने के लिए सामंजस्यपूर्ण पेड़ों को देखना एक चुनौतीपूर्ण लेकिन आवश्यक प्रश्न है। कुछ सुलह सॉफ्टवेयरों में निचले पेड़ों पर विकासवादी घटनाओं की व्याख्या शामिल है, जबकि अन्य, और विशिष्ट पैकेज, डी. एल. या डी. टी. एल. में, ऊपरी पेड़ में अंतर्निहित निचले पेड़ का पता लगाते हैं। इस संबंध में एक कठिनाई विभिन्न सुलह सॉफ्टवेयरों के लिए आउटपुट प्रारूपों की विविधता है। एक सामान्य मानक, रेक्फिलोक्सएमएल, समुदाय के हिस्से द्वारा स्थापित और समर्थित किया गया है, और एक दर्शक उपलब्ध है, जो बहु स्तरीय प्रणालियों में सुलह प्रदर्शित करने में सक्षम है। जैविक डेटा पर डी. टी. एल. सुलह को लागू करने से निवेश और उत्पादन की अनिश्चितता और आत्मविश्वास के स्तर से संबंधित कई समस्याएं पैदा होती हैं। उत्पादन के संबंध में, उत्तर की अनिश्चितता पूरे समाधान स्थान की खोज की मांग करती है। इनपुट के संबंध में, जातिजनित सुलह को ऊपरी या निचले पेड़ों के समाधान या जड़ों में अनिश्चितताओं को संभालना पड़ता है, या यहां तक कि उनके विश्वास के अनुसार जड़ों या संकल्पों का प्रस्ताव करना पड़ता है। सामंजस्य के स्थान की खोज करना गतिशील प्रोग्रामिंग इष्टतम लोगों के बीच या उनकी संभावना के अनुसार समान रूप से सामंजस्य का नमूना लेना संभव बनाता है। समाधानों की संख्या के आनुपातिक समय में उनकी गणना करना भी संभव है, एक ऐसी संख्या जो जल्दी से अव्यवहारिक हो सकती है (यहां तक कि केवल इष्टतम लोगों के लिए भी)। संभावित सामंजस्यों की भीड़ के बीच संरचना का पता लगाना और प्रस्तुत करना हाल के पद्धतिगत विकास के केंद्र में रहा है, विशेष रूप से मेजबान और सहजीवी लक्षित विधियों के लिए। कई कार्यों ने इष्टतम लोगों के एक समान नमूने से या इष्टतम समाधानों को सारांशित करते हुए एक ग्राफ का निर्माण करके, एक संक्षिप्त तरीके से सामंजस्य के एक समूह का प्रतिनिधित्व करने पर ध्यान केंद्रित किया है। यह सभी इष्टतम (या उप-इष्टतम) सामंजस्यों के आधार पर विशिष्ट घटनाओं को समर्थन मूल्य देकर, या एक सर्वसम्मति सामंजस्य वृक्ष के उपयोग के साथ प्राप्त किया जा सकता है। डी. एल. मॉडल में, साझा घटनाओं के आधार पर एक माध्यिका सुलह को परिभाषित करना और बहुपद समय में इसकी गणना करना संभव है। ई. एम. पी. आर. ई. एस. क्लस्टरिंग के माध्यम से समान सामंजस्यों को समूहित कर सकता है, बहुपद समय में संगणनीय सामंजस्यों के बीच सभी जोड़ीदार दूरी के साथ (सबसे पारसीमोनियस सामंजस्यों की संख्या से स्वतंत्र)। इसी उद्देश्य के साथ, कैपिबारा सामंजस्य के बीच समानता वर्गों को परिभाषित करता है, सभी वर्गों के लिए प्रतिनिधियों की कुशलता से गणना करता है, और रैखिक देरी के साथ दिए गए समन्वय (पहले इष्टतम, फिर उप इष्टतम) के साथ आउटपुट करता है। क्षैतिज स्थानांतरण अनुमत दूरी को बढ़ाते या घटाते समय अधिकांश अस्पष्ट सुलह के स्थान का विस्तार या कमी की जा सकती है, जो आसानी से गतिशील प्रोग्रामिंग द्वारा किया जाता है। सामंजस्य सुलह और निवेश अनिश्चितता के साथ जातिजनित पेड़ों को संदर्भित करना सुलह दो निश्चित पेड़ों के साथ काम करता है, एक निचला और एक ऊपरी, दोनों को सही और जड़ माना जाता है। हालाँकि, वे पेड़ प्रत्यक्ष जानकारी नहीं हैं। फाइलोजेनेटिक्स के लिए सबसे अधिक उपयोग किए जाने वाले डेटा में संरेखित न्यूक्लियोटिडिक या प्रोटिक अनुक्रम होते हैं। डी. एन. ए. निकालना, जीनोम का अनुक्रमण, संयोजन और व्याख्या करना, जीन के बीच समरूपता संबंधों को पहचानना और जातिजनित पुनर्निर्माण के लिए कई संरेखण का उत्पादन करना सभी जटिल प्रक्रियाएं हैं जहां त्रुटियां अंततः पुनर्निर्मित पेड़ को प्रभावित कर सकती हैं। किसी भी टोपोलॉजी या रूटिंग त्रुटि की गलत व्याख्या की जा सकती है और व्यवस्थित पूर्वाग्रह का कारण बन सकती है। उदाहरण के लिए, डी. एल. सुलह में, निचले पेड़ के पूर्वाग्रह पर त्रुटियां जड़ के करीब अधिक दोहराव की घटनाओं और पत्तियों के करीब अधिक नुकसान की ओर सुलह करती हैं। दूसरी ओर, एक वृहत विकासवादी मॉडल के रूप में सुलह, अनुक्रम विकास के सूक्ष्म विकासवादी मॉडल के लिए एक पूरक परत के रूप में काम कर सकता है, पॉलीटोमी (दो से अधिक बच्चों के साथ नोड्स) या जड़ वाले पेड़ों को हल कर सकता है, या बेहतर जातिजनन प्राप्त करने के लिए एकीकृत मॉडल के माध्यम से इसके साथ जुड़ा जा सकता है। इस दिशा में अधिकांश कार्य जीन/प्रजातियों के सामंजस्य पर केंद्रित हैं, फिर भी मेजबान/सहजीवन में कुछ पहले कदम उठाए गए हैं, जैसे कि जड़हीन सहजीवन पेड़ों पर विचार करना या जेन में पॉलीटोमी से निपटना। मेल-मिलाप सुलह के साथ निचले पेड़ों के स्थान की खोज आसानी से बिना जड़ वाले निचले पेड़ों को इनपुट के रूप में ले सकती है, जो कि अक्सर उपयोग की जाने वाली विशेषता है क्योंकि आणविक डेटा से अनुमानित पेड़ आमतौर पर बिना जड़ वाले होते हैं। सभी संभावित जड़ों का परीक्षण करना संभव है, या बिना जड़ वाले पेड़ का एक विचारशील ट्रिपल ट्रैवर्सल बिना किसी अतिरिक्त समय जटिलता के ऐसा करने की अनुमति देता है। डुप्लिकेशन-लॉस मॉडल में, लागत को कम करने वाली जड़ों का समूह एक दूसरे के करीब पाया जाता है, जिससे एक "पठार" बनता है, एक ऐसा गुण जो डी. टी. एल. के लिए सामान्य नहीं होता है। सुलह को इनपुट गैर द्विआधारी वृक्षों के रूप में भी लिया जा सकता है, यानी दो से अधिक बच्चों के साथ आंतरिक नोड्स के साथ। इस तरह के पेड़ों को उदाहरण के लिए कम सांख्यिकीय समर्थन के साथ शाखाओं को संकुचित करके प्राप्त किया जा सकता है। एक गैर द्विआधारी वृक्ष से एक द्विआधारी वृक्ष को सुलह अंकों के अनुसार डी. एल. में कुशल तरीकों से हल किया जाता है। डी. टी. एल. में, समस्या एन. पी. हार्ड है। ह्यूरिस्टिक्स और सटीक निश्चित पैरामीटर ट्रैक्टेबल एल्गोरिदम संभावित समाधान हैं। निचले पेड़ों में अनिश्चितता से निपटने का एक और तरीका यह है कि एक के बजाय वैकल्पिक निचले पेड़ों का एक नमूना इनपुट के रूप में लिया जाए। उदाहरण के लिए, जिस पेपर में इसका नाम मिलान किया गया था, उसमें सभी संभावित निचले पेड़ों पर विचार करने और इन पेड़ों में से उनकी डी. एल. लागत के अनुसार सबसे अच्छा चुनने का प्रस्ताव किया गया था, एक सिद्धांत जिसका उपयोग ट्रीफिक्स-डी. टी. एल. द्वारा भी किया जाता है। निचले पेड़ों का नमूना समान रूप से संरेखित अनुक्रमों के अनुसार उनकी संभावना को प्रतिबिंबित कर सकता है, जैसा कि बायेसियन मार्कोव श्रृंखला मोंटे कार्लो विधियों से प्राप्त किया गया है जैसा कि उदाहरण के लिए फाइलोबायस में लागू किया गया है। ए. एन. जी. एस. टी., ए. एल. ई. और ई. सी. सी. ई. टी. ई. आर. ए. "समामेलन" का उपयोग करते हैं, जो डी. टी. एल. गतिशील प्रोग्रामिंग का एक विस्तार है जो एक पेड़ के बजाय वैकल्पिक निचले पेड़ों के एक समूह को कुशलता से पार करने में सक्षम है। एक तरफ कई अनुक्रम संरेखणों से और दूसरी तरफ ऊपरी पेड़ के साथ सुलह से, एक संयुक्त संभावना द्वारा निर्देशित निचले पेड़ों के स्थान में एक स्थानीय खोज, एक डी. एल. मॉडल के साथ फिलडॉग में और डी. टी. एल. के साथ जीनरैक्स में प्राप्त की जाती है। अनुक्रम विकास और आरामदायक आणविक घड़ी के साथ एक डी. एल. मॉडल में, एक एम. सी. एम. सी. के साथ निचले वृक्ष स्थान का पता लगाया जा सकता है। मोगलीएनएनआई डीटीएल स्कोर बढ़ाने के लिए खराब समर्थित नोड्स पर इनपुट जीन ट्री को संशोधित कर सकता है, जबकि ट्रीसॉल्व खराब समर्थित नोड्स को ध्वस्त करके जोड़े गए मल्टीफर्केशंस को हल करता है। अंत में, एकीकृत मॉडल-मिश्रण अनुक्रम विकास और सुलह-गतिशील प्रोग्रामिंग (सुलह और जीन अनुक्रम विकास दोनों के लिए) के माध्यम से एक संयुक्त संभावना की गणना कर सकते हैं, मार्कोव श्रृंखला मोंटे कार्लो का उपयोग शाखा की लंबाई का अनुमान लगाने के लिए आणविक घड़ी को शामिल करने के लिए, डीएल मॉडल में या एक आराम से आणविक घड़ी के साथ, और एक डीटीएल मॉडल में कर सकते हैं। इन मॉडलों को जीन/प्रजाति ढांचे में लागू किया गया है, न कि अभी तक मेजबान/प्रतीक या जैव भूगोल संदर्भों में। मेल-मिलाप का उपयोग करके ऊपरी पेड़ों का उल्लेख करना निचले पेड़ों के एक समूह से एक ऊपरी पेड़ का उल्लेख करना सुपरट्री समस्या से संबंधित एक लंबे समय से चला आ रहा सवाल है। यह विशेष रूप से जीन/प्रजातियों के मिलान के मामले में दिलचस्प है जहां पूर्ण जीनोम अनुक्रमों से कई (आमतौर पर हजारों) जीन पेड़ उपलब्ध हैं। सुपरट्री विधियाँ पेड़ों के सेट के आधार पर एक प्रजाति के पेड़ को इकट्ठा करने का प्रयास करती हैं जो समकालीन प्रजाति सेट और टोपोलॉजी के संदर्भ में भिन्न हो सकते हैं, लेकिन आमतौर पर इन अंतरों को समझाते हुए जैविक प्रक्रिया पर विचार किए बिना। हालांकि, कुछ सुपरट्री दृष्टिकोण प्रजाति के पेड़ के पुनर्निर्माण के लिए सांख्यिकीय रूप से सुसंगत हैं यदि जीन पेड़ों को डी. एल. मॉडल के तहत अनुकरण किया जाता है। इसका मतलब है कि यदि डी. एल. मॉडल के माध्यम से वास्तविक ऊपरी पेड़ से उत्पन्न इनपुट निचले पेड़ों की संख्या अनंत की ओर बढ़ती है, यह देखते हुए कि कोई अतिरिक्त त्रुटियां नहीं हैं, तो आउटपुट ऊपरी पेड़ लगभग निश्चित रूप से सही पेड़ में परिवर्तित हो जाता है। यह एक चौकड़ी दूरी के मामले में दिखाया गया है, और एक सामान्यीकृत रॉबिन्सन फोल्ड की बहु-प्रतिलिपि दूरी के साथ, बेहतर चलने के समय के साथ, लेकिन यह मानते हुए कि जीन पेड़ों में प्रजाति के पेड़ के विरोधाभासी द्विदल नहीं होते हैं, जो एक डी. एल. मॉडल के तहत दुर्लभ लगता है। ऊपरी वृक्षों के अनुमान के लिए भी सुलह का उपयोग किया जा सकता है। यह एक कम्प्यूटेशनल रूप से कठिन समस्या हैः पहले से ही एक गैर द्विआधारी ऊपरी पेड़ में बहुपतियों को द्विआधारी निचले पेड़ के साथ हल करना-एक डी. एल. सुलह स्कोर को कम करना-एन. पी.-कठिन है। विशेष रूप से, कई जीन पेड़ों के लिए सबसे अच्छी डी. एल. लागत देने वाले प्रजाति के पेड़ का पुनर्निर्माण एन. पी.-कठोर और 2-अनुकूल है। इसे जीन डुप्लिकेशन समस्या या आम तौर पर जीन ट्री पार्सिमोनी कहा जाता है। इस समस्या को बेहतर प्रजाति वृक्ष पुनर्निर्माण प्राप्त करने के लिए समानता का पता लगाने के तरीके के रूप में देखा गया था। यह एन. पी.-हार्ड है, समस्या की जटिलता और विभिन्न इनपुट आकार, संरचना और आई. एल. एस. उपस्थिति के साथ मॉडल के व्यवहार पर दिलचस्प परिणामों के साथ। आई. एल. पी. या ह्यूरिस्टिक्स के साथ और एक गहरे समन्वय स्कोर की संभावना के साथ कई समाधान मौजूद हैं। ओ. डी. टी. एल. इनपुट जीन ट्री के रूप में लेता है और पहाड़ी-चढ़ाई खोज के साथ डी. टी. एल. मॉडल के अनुसार अधिकतम संभावना वाले प्रजाति ट्री की खोज करता है। यह दृष्टिकोण समय पर आदेशित आंतरिक नोड्स के साथ एक प्रजाति वृक्ष का उत्पादन करता है, जो निचले पेड़ों के बीच स्थानांतरण के परिदृश्यों के लिए एक समय संगतता सुनिश्चित करता है। एक अधिक सामान्य समस्या को संबोधित करते हुए, फिलडॉग स्थानीय खोज के कई दौरों के माध्यम से कई पारिवारिक संरेखणों से अधिकतम संभावना वाले प्रजाति वृक्ष, जीन वृक्ष और डी. एल. मापदंडों की खोज करता है। इस प्रकार यह एक ही समय में ऊपरी और निचले दोनों पेड़ों की खोज करता है। मिक्सट्रीम एक तेज़ समाधान प्रस्तुत करता है। दो-स्तरीय डी. टी. एल. मॉडल की सीमाएँ गतिशील प्रोग्रामिंग की एक सीमाः बच्चों के वंश का गैर-स्वतंत्र विकास गतिशील प्रोग्रामिंग ढांचा, सामान्य जन्म और मृत्यु मॉडल की तरह, निचले पेड़ में बच्चों के वंश के स्वतंत्र विकास की परिकल्पना के तहत काम करता है। हालांकि, यह परिकल्पना तब लागू नहीं होती है जब मॉडल कई अन्य प्रलेखित विकासवादी घटनाओं के साथ पूरक है, जैसे कि प्राप्तकर्ता वंश में एक समरूप जीन के प्रतिस्थापन के साथ क्षैतिज हस्तांतरण, या जीन रूपांतरण। प्रतिस्थापन के साथ क्षैतिज स्थानांतरण आमतौर पर ऊपरी पेड़ की पुनर्व्यवस्था द्वारा किया जाता है, जिसे सबट्री प्रून एंड रीग्राफ्ट (एस. पी. आर.) कहा जाता है। एस. पी. आर. के तहत सुलह एन. पी.-हार्ड है, यहां तक कि दिनांकित पेड़ों में भी, और उत्पादन के आकार के संबंध में निश्चित-पैरामीटर ट्रैक्टेबल है। क्षैतिज स्थानान्तरण को प्रतिस्थापित करने और अनुमान लगाने का एक अन्य तरीका अधिकतम समझौते वाले वन के माध्यम से है, जहां दो समान (या सांख्यिकीय रूप से अप्रभेद्य) ऊपरी और निचले वनों को प्राप्त करने के लिए निचले और ऊपरी पेड़ों में शाखाओं को काटा जाता है। समस्या एनपी-हार्ड है, लेकिन कई अनुमान प्रस्तावित किए गए हैं। स्थानांतरण को बदलने पर डी. एल. मॉडल के शीर्ष पर विचार किया जा सकता है। उसी नस में, जीन रूपांतरण को "प्रतिस्थापन दोहराव" के रूप में देखा जा सकता है। इस बाद के मामले में, एक बहुपद एल्गोरिथ्म जो गतिशील प्रोग्रामिंग का उपयोग नहीं करता है और एलसीए विधि का एक विस्तार है, जीन रूपांतरण सहित सभी इष्टतम समाधान पा सकता है। जनसंख्या स्तरों को एकीकृत करनाः अलग होने में विफलता और अपूर्ण वंश वर्गीकरण मेजबान/सहजीवी ढांचे में, एक एकल सहजीवी प्रजाति कभी-कभी कई मेजबान प्रजातियों से जुड़ी होती है। इसका मतलब है कि जबकि मेजबान में एक विशिष्टता या विविधीकरण देखा गया है, आबादी प्रतीक में अप्रभेद्य है। इसे उदाहरण के लिए सिम्बायंट ट्री में अतिरिक्त पॉलीटोमी द्वारा संभाला जाता है, जो संभवतः जटिल अनुमान समस्याओं का कारण बनता है, क्योंकि पॉलीटोमी को हल करने की आवश्यकता होती है। यह एक अतिरिक्त विकासवादी घटना "अलग होने में विफलता" (जेन, अमोकोला) द्वारा भी तैयार किया गया है। विचलन में विफलता आबादी में "मुक्त" मेजबान स्विच की अनुमति देने का एक तरीका हो सकता है, जो निकट से संबंधित मेजबानों के बीच प्रतीकों का प्रवाह है। उस दृष्टि के बाद, यूकेलिप्ट में केवल करीबी मेजबानों के लिए अनुमति प्राप्त मेजबान स्विच माना जाता है। निकट आबादी के बीच क्षैतिज प्रवाह के इस विचार को जीन/प्रजाति ढांचे पर भी लागू किया जा सकता है, जिसमें आबादी के बीच जीन प्रवाह के ढाल के आधार पर प्रजातियों की परिभाषा दी गई है। विचलन में विफलता सुलह में जनसंख्या गतिशीलता को पेश करने का एक तरीका है, एक ढांचा जो मुख्य रूप से बहु-प्रजाति स्तर के लिए अनुकूलित है, जहां आबादी को अच्छी तरह से अलग किया जाना चाहिए। अन्य जनसंख्या घटनाएं हैं जो इस ढांचे को सीमित करती हैं, उनमें से एक वंशावली का गहरा संयोजन है, जिससे अपूर्ण वंश वर्गीकरण (आई. एल. एस.) होता है, जिसे डी. टी. एल. मॉडल द्वारा नियंत्रित नहीं किया जाता है। बहु-प्रजाति एकत्रीकरण एक प्रजाति के पेड़ के साथ एलील विकास का एक शास्त्रीय मॉडल है, जिसमें एलील का जन्म होता है और विशिष्टताओं पर एलील की छंटाई होती है, जो जनसंख्या के आकार को ध्यान में रखता है और स्वाभाविक रूप से आई. एल. एस. को शामिल करता है। सुलह के संदर्भ में, जनसंख्या मॉडल के जटिल एकीकरण के बिना आई. एल. एस. के लिए कई प्रयास किए गए हैं। उदाहरण के लिए, आई. एल. एस. को जीन वृक्ष के लिए एक संभावित विकासवादी पैटर्न के रूप में देखा जा सकता है। उस स्थिति में, बच्चों की वंशावली एक दूसरे से स्वतंत्र नहीं होती है, जिससे जटिल परिणाम सामने आते हैं। अकेले आई. एल. एस. को एल. सी. ए. के साथ संभाला जा सकता है, लेकिन आई. एल. एस. + डी. एल. सुलह एन. पी. कठिन है, यहां तक कि हस्तांतरण के बिना भी। नोटुंग पॉलीटोमी में प्रजाति के पेड़ की छोटी शाखाओं को ध्वस्त करके आई. एल. एस. को संभालता है और आई. एल. एस. को उन पॉलीटोमी पर जीन पेड़ों के मुक्त विविधीकरण के रूप में अनुमति देता है। ई. सी. सी. ई. टी. ई. आर. ए. प्रजाति वृक्ष के जुड़े हुए भागों के अधिकतम आकार को बांधता है जहां आई. एल. एस. हो सकता है, उस पैरामीटर में एक निश्चित पैरामीटर ट्रैक्टेबल एल्गोरिथ्म का प्रस्ताव करता है। आई. एल. एस. और डी. एल. को पेड़ के बजाय ऊपरी नेटवर्क पर माना जा सकता है। यह मॉडल विशेष रूप से इंट्रोग्रेशन में, मॉडल मापदंडों का अनुमान लगाने की संभावना के साथ। आई. एल. एस. के लिए लेखांकन करने वाले अधिक एकीकृत सुलह मॉडल प्रस्तावित किए गए हैं, जिसमें डी. एल. सी. ओ. एल. के साथ डी. एल. और बहु-प्रजातियां दोनों शामिल हैं। यह एक पारसीमनी अनुवाद के साथ एक संभावित मॉडल है, जिसमें जीन और प्रजातियों के बीच एक मध्यवर्ती लोकस ट्री के माध्यम से नियंत्रित दो अनुक्रमिक एलसीए-प्रकार के शोध का प्रस्ताव है। हालांकि, जीन/प्रजाति सुलह ढांचे के बाहर, आई. एल. एस., बिना किसी विशेष कारण के, कभी भी मेजबान/प्रतीक में नहीं माना जाता है, न ही जैव भूगोल में। दो से अधिक स्तरों के साथ कोफिलोजेनी समन्वय का एक उल्लेखनीय पहलू संगठन के विभिन्न स्तरों को संभालने वाली सामान्य पद्धति हैः इसका उपयोग डोमेन और प्रोटीन पेड़ों, जीन और प्रजातियों के पेड़ों, मेजबान और सहजीवी पेड़ों, जनसंख्या और भौगोलिक पेड़ों की तुलना करने के लिए किया जाता है। हालाँकि, अब जब वैज्ञानिक इस बात पर विचार करते हैं कि जैविक कार्यप्रणाली के बहु-स्तरीय मॉडल जीवों और उनके पर्यावरण के बारे में एक नया और खेल बदलने वाला दृष्टिकोण लाते हैं, तो सवाल यह है कि इस होलोबियंट युग में फ़ाइलोजेनेटिक्स को लाने के लिए सामंजस्य का उपयोग कैसे किया जाए। विकास के विभिन्न पैमानों पर संस्थाओं का सह-विकास होलोबियंट विचार के आधार पर हैः मैक्रो-जीव, सूक्ष्म जीव और उनके जीन सभी का एक अलग इतिहास है जो एक ही पारिस्थितिकी तंत्र में एक सामान्य कार्यप्रणाली से बंधा हुआ है। मेजबान, प्रतीक और उनके जीन की उलझाव जैसी जैविक प्रणालियाँ दो से अधिक स्तरों के बीच कार्यात्मक और विकासवादी निर्भरताओं को दर्शाती हैं। जटिल विकासवादी अंतर-निर्भरताओं के साथ बहु-स्तरीय प्रणालियों के उदाहरण जीन जीनोम सीमाओं से परे सह-विकसित हो रहे हैं होलोबियंट अवधारणा विभिन्न जीनोम से जीन के सहयोग और सह-विकसित होने की संभावना पर जोर देती है। उदाहरण के लिए, एक सहजीवी जीनोम में कुछ जीन अपने मेजबान को एक कार्य प्रदान कर सकते हैं, जैसे कि उपलब्ध आहार स्रोतों से अनुपस्थित एक महत्वपूर्ण यौगिक का उत्पादन। एक प्रतिष्ठित उदाहरण रक्त-आहार या रस-आहार देने वाले कीड़ों का मामला है, जो अक्सर चीनी में प्रचुर मात्रा में संसाधन पर पनपने के लिए एक या कई जीवाणु प्रतीकों पर निर्भर करते हैं, लेकिन आवश्यक अमीनो-एसिड या विटामिन का अभाव होता है। एक अन्य उदाहरण नाइट्रोजन-फिक्सिंग बैक्टीरिया के साथ फैबेसी का संबंध है। मेजबान के लिए यौगिक लाभार्थी आमतौर पर सहजीवी जीनोम में कूटबद्ध जीन के एक समूह द्वारा उत्पादित किया जाता है, जो पूरे विकास के दौरान, अन्य सहजीवी में स्थानांतरित किया जा सकता है, और/या मेजबान जीनोम के अंदर और बाहर। सुलह विधियों में विभिन्न प्रजातियों के जीनोम के हिस्सों के बीच विकासवादी संबंधों को प्रकट करने की क्षमता है। जिन जीनोमों में उन्हें कूटबद्ध किया गया है, उनकी सीमाओं से परे सह-विकसित होने वाले जीनों की खोज होलोबियंट में जीवों के जुड़ाव के आधार को उजागर करेगी। क्षैतिज जीन स्थानांतरण मार्ग कई स्तरों पर निर्भर करते हैं अंतःकोशिकीय पारस्परिक सहजीवी कीट प्रणालियों में, क्षैतिज जीन स्थानांतरण की कई घटनाओं की पहचान की गई है, चाहे वे मेजबान से सहजीवी, सहजीवी से मेजबान या सहजीवी से सहजीवी हों। पोषण मार्गों में शामिल एंडोसिम्बायंट जीन का कीट मेजबान को हस्तांतरण अधिमानतः तब होता है जब दाता और प्राप्तकर्ता एक ही मेजबान को साझा करते हैं। रक्षात्मक प्रोटीन प्रदान करने वाले बैक्टीरियल प्रतीकों वाले कीड़ों या पौधों से जुड़े अनिवार्य लीफ नोड्यूल बैक्टीरियल प्रतीकों में भी ऐसा ही होता है। मानव मेजबान में, जीन हस्तांतरण समान अंगों में होस्ट किए गए प्रतीकों के बीच अधिमानतः होता हुआ दिखाया गया है। मेजबान/सहजीवी प्रणालियों में क्षैतिज जीन स्थानान्तरण की समीक्षा कई साक्ष्यों के साथ एच. जी. टी. का समर्थन करने के महत्व पर जोर देती है। विशेष रूप से यह तर्क दिया जाता है कि आवास, भौगोलिक क्षेत्र या एक ही मेजबान को साझा करने वाले प्रतीकों को शामिल करते समय स्थानांतरण को बेहतर समर्थित माना जाना चाहिए। हालाँकि, यह ध्यान रखना चाहिए कि मेजबानों और प्रतीकों की अधिकांश विविधता अज्ञात है और यह स्थानांतरण बिना नमूने वाली निकट संबंधित प्रजातियों, मेजबानों या प्रतीकों में हुआ हो सकता है। यह विचार कि प्रतीक में जीन हस्तांतरण मेजबान द्वारा बाधित है, मेजबान के जातिजनित इतिहास की जांच करने के लिए भी इस्तेमाल किया जा सकता है। उदाहरण के लिए, जातिभौगोलिक अध्ययनों के आधार पर, अब यह स्वीकार किया जाता है कि जीवाणु हेलिकोबैक्टर पाइलोरी मानव प्रजातियों की उत्पत्ति के बाद से मानव आबादी के साथ जुड़ा हुआ है। यूरोप में हेलिकोबैक्टर पाइलोरी के जीनोम के एक विश्लेषण से पता चलता है कि वे अफ्रीकी और एशियाई हेलिकोबैक्टर पाइलोरी के बीच पुनर्संयोजन से जारी किए जाते हैं। यह संबंधित मानव आबादी के बीच प्रारंभिक संपर्कों को दृढ़ता से दर्शाता है। इसी तरह, सुलह विधियों का उपयोग करते हुए विभिन्न स्तनधारी प्रजातियों के कोरोनावायरस में एच. जी. टी. के विश्लेषण से वायरल वंशावली के बीच लगातार संपर्क का पता चला है, जिसे लगातार मेजबान स्विच के रूप में व्याख्या की जा सकती है। सांस्कृतिक विकास मानव संस्कृति के तत्वों के विकास, उदाहरण के लिए भाषाएँ और लोककथाएँ, मानव जनसंख्या आनुवंशिकी के सहयोग से, जातिजनन विज्ञान की अवधारणाओं का उपयोग करके अध्ययन किया गया है। हालांकि इस ढांचे में सुलह का कभी भी उपयोग नहीं किया गया है, इनमें से कुछ अध्ययनों में संगठन के कई स्तर शामिल हैं, जिनमें से प्रत्येक का प्रतिनिधित्व एक पेड़ या एक चरित्र के विकास द्वारा किया जाता है, जिसमें इन स्तरों के सह-विकास पर ध्यान केंद्रित किया जाता है। इस भाषा के पेड़ पर एक चरित्र मॉडल के माध्यम से ऊर्ध्वाधर रूप से प्रसारित लोककथाओं को प्रकट करने के लिए भाषा के पेड़ों की तुलना जनसंख्या के पेड़ों से की जा सकती है। लोककथा विविधता को एक तरफ भाषाओं के साथ और दूसरी तरफ भूगोल के साथ जोड़ने के लिए प्रत्येक लोककथा के परिवार, भाषाओं, आनुवंशिक विविधता, आबादी और भूगोल में भिन्नताओं की तुलना दो-दो करके की जा सकती है। जैसे आनुवंशिकी में एच. जी. टी. को बढ़ावा देने वाले मेजबान साझा करने वाले प्रतीकों के साथ, भाषाई बाधाएं लोककथाओं या भाषा तत्वों के संचरण को रोक सकती हैं। दो-स्तरीय सुलह का उपयोग करके तीन-स्तरीय प्रणालियों की जांच करना बहु-स्तरीय सुलह दो-स्तरीय सुलह के रूप में विकसित नहीं है। संगठन के दो से अधिक स्तरों के बीच विकासवादी निर्भरताओं तक पहुंचने का एक तरीका जैविक प्रणाली की जटिलता में पहली अंतर्दृष्टि देने के लिए उपलब्ध मानक दो-स्तरीय विधियों का उपयोग करने का प्रयास करना है। बहु-जीन घटनाएँः एक मध्यवर्ती स्तर पर अंतर्निहित विचार जीन/प्रजाति वृक्ष स्तर पर, एक आम तौर पर कई अलग-अलग जीन पेड़ों से संबंधित होता है। इस मामले में, यह परिकल्पना कि विभिन्न जीन परिवार स्वतंत्र रूप से विकसित होते हैं, निहित रूप से बनाई गई है। हालाँकि, ऐसा होने की आवश्यकता नहीं है। उदाहरण के लिए, अनुवर्ती जीन की एक मनमाने संख्या में फैले जीनोम के खंडों के लिए दोहराव, स्थानांतरण और हानि हो सकती है। ऊपरी पेड़ के अंदर निचले पेड़ों के लिए एक मध्यवर्ती गाइड का उपयोग करके ऐसी बहु-जीन घटनाओं पर विचार करना संभव है। उदाहरण के लिए, डुप्लिकेशन, लॉस और पूरे जीनोम डुप्लिकेशन के साथ या एक पार्सिमोनियस सेटिंग में एक दिनांकित प्रजाति के पेड़ के साथ कई जीन ट्री मिलान की संयुक्त संभावना की गणना की जा सकती है, और समस्या की एक परिभाषा एनपी-हार्ड है। इसी तरह, डी. एल. ढांचे को एकल जीन के बजाय गुणसूत्र खंडों के दोहराव और हानि के साथ समृद्ध किया जा सकता है। हालाँकि, उस नई संभावना के साथ डी. एल. सुलह मुश्किल हो जाती है। दो लगातार जीन के बीच की कड़ी को एक विकसित चरित्र के रूप में भी मॉडल किया जा सकता है, जो लाभ, हानि, उत्पत्ति, टूटना, दोहराव और हस्तांतरण के अधीन है। जीनोम संगठन के अनुसार, इस कड़ी का विकास प्रजातियों और जीन पेड़ों के लिए एक अतिरिक्त स्तर के रूप में दिखाई देता है, जो आंशिक रूप से जीन/प्रजाति वृक्ष सुलह द्वारा बाधित होता है, आंशिक रूप से अपने आप विकसित होता है। इस प्रकार यह जीन के बीच समन्वय या निकटता का मॉडल बनाता है। एक अन्य पैमाने पर, यह एक प्रोटीन से संबंधित दो क्षेत्रों के विकास का मॉडल भी बना सकता है। "स्थानान्तरण के राजमार्गों" का पता लगाना, एक विशिष्ट दाता से जीन के समूहों का अधिमान्य अधिग्रहण, जीन इतिहास की गैर-स्वतंत्रता का एक और उदाहरण है। इसी तरह, बहु-जीन स्थानान्तरण का पता लगाया जा सकता है। इसने पद्धतिगत विकास को भी जन्म दिया है जैसे कि जातिजनित नेटवर्क का उपयोग करके सामंजस्य, जिसे स्थानांतरण किनारों के साथ संवर्धित पेड़ के रूप में देखा जाता है, जिसका उपयोग डी. टी. एल. मॉडल में स्थानांतरण को बाधित करने के लिए किया जा सकता है। नेटवर्क का उपयोग इंट्रोग्रेशन और अपूर्ण वंश छँटाई के मॉडल के लिए भी किया जा सकता है। कई जोड़े के स्तरों में सह-विकास का पता लगाना यह जानने के लिए कि एक दूसरे के साथ सह-विकसित होने वाले स्तर क्या हैं, उदाहरण के लिए मेजबान प्रजातियों, मेजबान जीन, सहजीवन और सहजीवन जीन के बीच, एक होलोबियंट के विकास को समझना एक केंद्रीय प्रश्न है। दो विकसित संस्थाओं की कई जोड़ीदार तुलनाओं द्वारा विकास के सभी स्तरों के बीच कई अंतर-निर्भरताओं तक पहुंचना संभव है। एक तरफ मेजबान और प्रतीक का सामंजस्य और दूसरी तरफ भूगोल और प्रतीक भी मेजबान और प्रतीक के विविधीकरण के पैटर्न की पहचान करने में मदद कर सकते हैं जो या तो सह-विकास या पैटर्न को दर्शाते हैं जिन्हें एक सामान्य भौगोलिक विविधीकरण द्वारा समझाया जा सकता है। इसी तरह, एक अध्ययन ने स्तनधारी आंत सूक्ष्मजीवों की संरचना पर आहार विकास और जातिजनित जड़ता के प्रभाव को अलग करने के लिए सुलह विधियों का उपयोग किया। एक स्तनधारी जातिजनन पर पैतृक आहार और सूक्ष्मजीव संरचना का पुनर्निर्माण करके, अध्ययन से पता चला कि दोनों प्रभाव योगदान करते हैं लेकिन अलग-अलग समय पैमाने पर। तीन या अधिक स्तरों का स्पष्ट प्रतिरूपण मेजबान/प्रतीक/जीन के रूप में एक बहु-स्तरीय प्रणाली के मॉडल में, क्षैतिज जीन स्थानान्तरण एक ही मेजबान के दो प्रतीकों के बीच होने की अधिक संभावना होनी चाहिए। यह दो-स्तरीय जीन वृक्ष/प्रजाति वृक्ष या मेजबान/सहजीवी सुलह के लिए अदृश्य हैः कुछ मामलों में, दो स्तरों के किसी भी संयोजन को देखने से एक विकासवादी परिदृश्य गायब हो सकता है जो केवल तभी सबसे अधिक संभावना हो सकती है जब तीन पेड़ों की जानकारी को एक साथ माना जाए। कई स्तरों पर अंतर-निर्भरताओं से जुड़ी प्रणालियों के साथ मानक दो-स्तरीय सामंजस्य के इन उपयोगों की सीमा का सामना करने की कोशिश करते हुए, पिछले दशक में बहु-स्तरीय मॉडल के निर्माण और उपयोग के लिए एक पद्धतिगत प्रयास किया गया है। इसके लिए ऊपरी और निचले स्तर के बीच कम से कम एक "मध्यवर्ती" स्तर की पहचान की आवश्यकता होती है। समन्वित तीन-स्तरीय मॉडल की दिशा में पहला कदम दो स्तरों पर जातिजनित पेड़ों पर विचार करना है और दूसरा स्तर केवल एक पेड़ की पत्तियों पर वर्णों के साथ दर्शाया गया है। उदाहरण के लिए, मेजबान और सहजीवी जातिजनन का सामंजस्य भौगोलिक डेटा द्वारा सूचित किया जा सकता है। एक चरित्र अनुमान विधि के माध्यम से प्राप्त मेजबान और सहजीवी प्रजातियों के पूर्वज भौगोलिक स्थानों का उपयोग मेजबान/सहजीवी सुलह को बाधित करने के लिए किया जा सकता हैः पैतृक मेजबान और सहजीवी केवल तभी जुड़े हो सकते हैं जब वे एक ही भौगोलिक स्थिति से संबंधित हों। एक अन्य पैमाने पर, उप-जीन स्तर पर विकास को एक चरित्र विधि के साथ देखा जा सकता है। यहाँ, जीन के भाग (जैसे। प्रोटीन डोमेन के लिए अनुक्रम कोडिंग) को एक प्रजाति के पेड़ के साथ एक डी. एल. मॉडल के अनुसार मिलान किया जाता है, और जिन जीनों से वे संबंधित हैं, उन्हें इन भागों के वर्णों के रूप में उल्लेख किया जाता है। पूर्वज जीन को फिर जीन भागों के विलय और विभाजन के माध्यम से एक पश्चवर्ती का पुनर्निर्माण किया जाता है। जैसा कि कई अध्ययनों में उल्लेख किया गया है, एक उच्च स्तर एक मध्यवर्ती और निचले स्तर के बीच एक सुलह की सूचना दे सकता है, विशेष रूप से क्षैतिज स्थानान्तरण के लिए। तीन-स्तरीय मॉडल इन धारणाओं को ध्यान में रखते हुए एक मध्यवर्ती पेड़ और निचले स्तरों के बीच एक ऊपरी पेड़ के ज्ञान के साथ सामंजस्य का मार्गदर्शन कर सकते हैं। उदाहरण के लिए मॉडल सुलह परिदृश्यों को उच्च संभावना दे सकता है जहां एक ही निवास स्थान साझा करने वाली संस्थाओं के बीच क्षैतिज जीन स्थानांतरण होता है। डी. टी. एल. जीन डोमेन और जीन रिकंसिलेशन के साथ निहित डी. टी. एल. जीन/प्रजातियों के सामंजस्य के साथ यह पहली बार हासिल किया गया है। अंतर और अंतर स्थानांतरण के लिए अलग-अलग लागत इस बात पर निर्भर करती है कि एक ही जीनोम के जीन के बीच स्थानांतरण होता है या नहीं। ध्यान दें कि यह मॉडल स्पष्ट रूप से तीन स्तरों और तीन पेड़ों पर विचार करता है, लेकिन अभी तक एक वास्तविक तीन-स्तर के सुलह को परिभाषित नहीं करता है, जिसमें एक संभावना या स्कोर जुड़ा हुआ है। यह एक क्रमिक ऑपरेशन पर निर्भर करता है, जहां दूसरे सुलह को पहले के परिणाम से सूचित किया जाता है। बहु-स्तरीय मॉडल में सुलह की समस्या अगला कदम तीन गुच्छेदार पेड़ों से युक्त सुलह के अंक को परिभाषित करना और तीन पेड़ों को देखते हुए, उनके अंक के अनुसार तीन-स्तरीय सुलह की गणना करना है। यह एक प्रजाति/जीन/डोमेन प्रणाली के साथ हासिल किया गया है, जहां जीन एक डी. एल. मॉडल के साथ प्रजाति के पेड़ के भीतर विकसित होते हैं और डोमेन एक डी. टी. एल. मॉडल के साथ जीन/प्रजाति प्रणाली के भीतर विकसित होते हैं, जो दो अलग-अलग प्रजातियों के जीन के बीच डोमेन हस्तांतरण को प्रतिबंधित करता है। निष्कर्ष में संयुक्त अंकों के साथ उम्मीदवार परिदृश्य शामिल हैं। न्यूनतम स्कोर परिदृश्य की गणना करना एन. पी.-कठिन है, लेकिन गतिशील प्रोग्रामिंग या पूर्णांक रैखिक प्रोग्रामिंग ह्यूरिस्टिक्स प्रदान कर सकती है। कई डोमेन पर विचार करते हुए समस्या के परिवर्तन उपलब्ध हैं, और इसी तरह एक अनुकरण ढांचा भी है। 3-स्तरीय निम्न/मध्यवर्ती/ऊपरी सुलह के मॉडल का उपयोग करके मध्यवर्ती वृक्ष का उल्लेख करना जिस तरह दो-स्तरीय सुलह का उपयोग निचले या ऊपरी जातिजनन में सुधार के लिए किया जा सकता है, या उन्हें संरेखित अनुक्रमों से बनाने में मदद करने के लिए, संयुक्त सुलह मॉडल का उपयोग उसी तरीके से किया जा सकता है। इस नस में, बायेसियन ढांचे में एक युग्मित जीन/प्रजाति डी. एल., डोमेन जीन डी. एल. और जीन अनुक्रम विकास मॉडल जीन पेड़ों के पुनर्निर्माण में सुधार करता है। सॉफ़्टवेयर सुलह के विभिन्न मॉडलों को लागू करने के लिए सॉफ़्टवेयर के कई टुकड़े विकसित किए गए हैं। निम्नलिखित तालिका संपूर्णता के लिए लक्षित नहीं है, लेकिन कई सॉफ्टवेयर उपकरण प्रस्तुत करती है जिसका उद्देश्य पेड़ों को सुलह परिदृश्यों का अनुमान लगाने के लिए या संबंधित उपयोग के लिए मिलान करना है, जैसे कि पेड़ों को सही करना या अनुमान लगाना, या सह-विकास का परीक्षण करना। रुचि खंड के स्तर उन स्तरों का विवरण देते हैं जिनके लिए सॉफ्टवेयर को लागू किया गया था, भले ही यह पूरी तरह से संभव है, उदाहरण के लिए, मेजबान और प्रतीकों को मिलाने के लिए प्रजातियों और जीन सुलह के लिए बनाए गए सॉफ्टवेयर का उपयोग करना। पारसीमनी या प्रायिकता अंतर्निहित मॉडल है जिसका उपयोग सुलह के लिए किया जाता है। संदर्भ बाहरी लिंक फाइलोजेनेटिक्स विकासवादी जीव विज्ञान