List of systems biology modeling software
प्रणाली जीव विज्ञान जैविक प्रक्रियाओं को समझने और भविष्यवाणियां करने में मदद करने के लिए गणितीय मॉडल बनाने पर बहुत अधिक निर्भर करता है। मॉडल के निर्माण में सहायता के लिए विशेष सॉफ्टवेयर पहले डिजिटल कंप्यूटर के आगमन के बाद से विकसित किया गया है। निम्नलिखित सूची शोधकर्ताओं के लिए उपलब्ध वर्तमान में समर्थित सॉफ्टवेयर अनुप्रयोग देती है। आधुनिक सिस्टम बायोलॉजी मॉडलिंग सॉफ्टवेयर का विशाल बहुमत एस. बी. एम. एल. का समर्थन करता है, जो जैविक सेलुलर प्रक्रियाओं के मॉडल के आदान-प्रदान के लिए वास्तविक मानक है। कुछ उपकरण सेलएमएल का भी समर्थन करते हैं, जो शारीरिक प्रक्रियाओं का प्रतिनिधित्व करने के लिए उपयोग किया जाने वाला एक मानक है। मानक प्रारूपों का उपयोग करने का लाभ यह है कि भले ही एक विशेष सॉफ्टवेयर अनुप्रयोग अंततः असमर्थित और यहां तक कि अनुपयोगी हो सकता है, उस अनुप्रयोग द्वारा विकसित मॉडल को आसानी से अधिक आधुनिक समकक्षों में स्थानांतरित किया जा सकता है। यह काम के मूल प्रकाशन के लंबे समय बाद वैज्ञानिक अनुसंधान को पुनः प्रस्तुत करने की अनुमति देता है। किसी विशेष उपकरण के बारे में अधिक जानकारी प्राप्त करने के लिए, उपकरण के नाम पर क्लिक करें। यह आपको या तो सहकर्मी-समीक्षित प्रकाशन या कुछ दुर्लभ मामलों में, एक समर्पित विकिपीडिया पृष्ठ पर ले जाएगा। सक्रिय रूप से समर्थित ओपन-सोर्स सॉफ्टवेयर अनुप्रयोग सामान्य जानकारी जब एस. बी. एम. एल. कॉलम में एक प्रविष्टि में कहा गया है "हां, लेकिन केवल प्रतिक्रियाओं के लिए। ", इसका मतलब है कि उपकरण केवल एस. बी. एम. एल. के प्रतिक्रिया घटक का समर्थन करता है। उदाहरण के लिए, नियम, घटनाएँ आदि। समर्थित नहीं हैं। विशेषज्ञ उपकरण निम्नलिखित तालिका विशेषज्ञ उपकरणों को सूचीबद्ध करती है जिन्हें मॉडलिंग उपकरणों के साथ समूहीकृत नहीं किया जा सकता है। फ़ीचर टेबल्स समर्थित मॉडलिंग प्रतिमान विभेदक समीकरण विशिष्ट विशेषताएं फ़ाइल प्रारूप समर्थन और इंटरफेस प्रकार उन्नत विशेषताएं (जहां लागू हो) अन्य विशेषताएं कण-आधारित सिमुलेटर कण आधारित सिमुलेटर रुचि के प्रत्येक अणु को निरंतर स्थान में एक व्यक्तिगत कण के रूप में मानते हैं, आणविक प्रसार, अणु-झिल्ली बातचीत और रासायनिक प्रतिक्रियाओं का अनुकरण करते हैं। कण-आधारित सिमुलेटरों की तुलना निम्नलिखित सूची कई कण-आधारित सिमुलेटरों की विशेषताओं की तुलना करती है। यह तालिका एक ऐसे संस्करण से संपादित की गई है जो मूल रूप से एनसाइक्लोपीडिया ऑफ कम्प्यूटेशनल न्यूरोसाइंस में प्रकाशित हुआ था। प्रणाली सीमा कोडः आर = प्रतिबिंबित, ए = अवशोषित, टी = संचारित, पी = आवधिक, और आई = अंतःक्रिया। एल्गोरिदम सटीक है लेकिन मूल तालिका संकलन के समय सॉफ्टवेयर ने गलत परिणाम दिए। * ये बेंचमार्क रन टाइम विवरण के अलग-अलग स्तरों के कारण दूसरों के साथ तुलनीय नहीं हैं। प्रणाली जीव विज्ञान मॉडल विकसित करते समय मॉडल अंशांकन एक प्रमुख गतिविधि है। यह तालिका सिस्टम जीव विज्ञान मॉडलरों के लिए उपलब्ध कुछ वर्तमान मॉडल अंशांकन उपकरणों पर प्रकाश डालती है। पहली तालिका सूची उपकरण जो एस. बी. एम. एल. संगत हैं। पी. ई. टी. ए. बी. मॉडल अंशांकन रन को निर्दिष्ट करने के लिए एक सामुदायिक मानक है। विरासत मुक्त-स्रोत सॉफ्टवेयर अनुप्रयोग जैव रासायनिक प्रणालियों के प्रतिरूपण के लिए कुछ बहुत ही प्रारंभिक सॉफ्टवेयर की निम्नलिखित सूची जो 1980 के दशक से पहले विकसित किए गए थे, ऐतिहासिक रुचि के लिए सूचीबद्ध हैं। निम्नलिखित सूची कुछ सॉफ्टवेयर मॉडलिंग अनुप्रयोगों को दिखाती है जिन्हें 1980 और 1990 के दशक में विकसित किया गया था। ऐतिहासिक रुचि के लिए सूचीबद्ध हैं। संदर्भ प्रणाली जीव विज्ञान जैव सूचना विज्ञान सॉफ्टवेयर प्रणाली