DREAM Challenges
ड्रीम चैलेंजेस (डायलॉग फॉर रिवर्स इंजीनियरिंग असेसमेंट एंड मेथड्स) भीड़-स्रोत प्रतियोगिताओं के माध्यम से जैव चिकित्सा और प्रणाली जीव विज्ञान अनुसंधान को आगे बढ़ाने के लिए एक गैर-लाभकारी पहल है। 2006 में शुरू की गई, ड्रीम चैलेंज ने सिनेप्स प्लेटफॉर्म पर चलने वाली प्रतियोगिताओं के लिए एक मंच प्रदान करने के लिए सेज बायोनेटवर्क्स के साथ सहयोग किया। 15 वर्षों से अधिक की अवधि में 60 से अधिक ड्रीम चैलेंज आयोजित किए गए हैं। ड्रीम चैलेंजेज की स्थापना 2006 में आईबीएम रिसर्च के गुस्तावो स्टोलोविज़की और कोलंबिया विश्वविद्यालय के एंड्रिया कैलिफानो द्वारा की गई थी। ड्रीम संगठन के वर्तमान अध्यक्ष कैलिफोर्निया विश्वविद्यालय के पॉल बुट्रोस हैं। इसके अलावा संगठन में एमेरिटस अध्यक्ष जस्टिन गिनी और गुस्तावो स्टोलोविज़की और कई ड्रीम निदेशक शामिल हैं। व्यक्तिगत चुनौती एक विशिष्ट जैव चिकित्सा अनुसंधान प्रश्न से निपटने पर ध्यान केंद्रित करती है, जो आमतौर पर एक विशिष्ट बीमारी तक सीमित हो जाता है। स्तन कैंसर, तीव्र मायलोइड ल्यूकेमिया और प्रोस्टेट कैंसर या इसी तरह की बीमारियों पर केंद्रित कई पिछली चुनौतियों के साथ एक प्रमुख बीमारी ऑन्कोलॉजी पर केंद्रित रही है। एक व्यक्तिगत चुनौती में शामिल डेटा रोग के संदर्भ को दर्शाता है; जबकि कैंसर में आम तौर पर मानव जीनोम में उत्परिवर्तन, ट्रांसक्रिप्टोमिक्स में जीन अभिव्यक्ति और जीन नेटवर्क और बड़े पैमाने पर प्रोटिओमिक्स जैसे डेटा शामिल होते हैं, नई चुनौतियों ने एकल कोशिका अनुक्रमण प्रौद्योगिकियों के साथ-साथ उभरते आंत माइक्रोबायोम से संबंधित अनुसंधान प्रश्नों की ओर रुख किया है, इस प्रकार व्यापक शोध समुदाय में रुझानों को दर्शाता है। ड्रीम चैलेंजेज के लिए प्रेरणा यह है कि प्रतियोगिताओं के माध्यम से बड़े दर्शकों के लिए क्राउड-सोर्सिंग डेटा के माध्यम से, बेहतर मॉडल और अंतर्दृष्टि प्राप्त की जाती है, अगर विश्लेषण किसी एक इकाई द्वारा किया गया था। प्रकृति पोर्टफोलियो और पी. एल. ओ. एस. प्रकाशन समूहों की प्रमुख पत्रिकाओं जैसे वैज्ञानिक स्थानों पर पिछली प्रतियोगिताओं को प्रकाशित किया गया है। ड्रीम चुनौतियों के परिणाम वेब प्लेटफार्मों के माध्यम से घोषित किए जाते हैं, और शीर्ष प्रदर्शन करने वाले प्रतिभागियों को आई. एस. सी. बी. द्वारा आयोजित आर. एस. जी./ड्रीम के साथ वार्षिक आर. ई. सी. ओ. एम. बी./आई. एस. सी. बी. सम्मेलनों में अपने परिणाम प्रस्तुत करने के लिए आमंत्रित किया जाता है। जबकि ड्रीम चैलेंजेज ने खुले विज्ञान और डेटा पर जोर दिया है, रोगी समूहों में जीनोमिक्स जैसे अत्यधिक संवेदनशील डेटा से उत्पन्न होने वाले मुद्दों को कम करने के लिए, "मॉडल से डेटा" दृष्टिकोण अपनाया गया है। ऐसी चुनौतियों में प्रतिभागी डॉकर या सिंगुलरिटी जैसे कंटेनरों के माध्यम से अपने मॉडल प्रस्तुत करते हैं। यह मूल डेटा की गोपनीयता बनाए रखने की अनुमति देता है क्योंकि इन कंटेनरों को तब आयोजकों द्वारा गोपनीय डेटा पर चलाया जाता है। यह अधिक पारंपरिक खुले डेटा मॉडल से अलग है, जहां प्रतिभागी सीधे प्रदान किए गए खुले डेटा के आधार पर भविष्यवाणियां प्रस्तुत करते हैं। चुनौती संगठन ड्रीम चैलेंज में एक मुख्य ड्रीम/सेज बायोनेटवर्क्स संगठन समूह के साथ-साथ एक विस्तारित वैज्ञानिक विशेषज्ञ समूह शामिल है, जिन्होंने चुनौती के निर्माण और अवधारणा में या प्रमुख डेटा प्रदान करके योगदान दिया हो सकता है। इसके अतिरिक्त, व्यापक शोध समुदाय द्वारा नई ड्रीम चुनौतियों का प्रस्ताव किया जा सकता है। दवा कंपनियाँ या अन्य निजी संस्थाएं भी ड्रीम चुनौतियों में शामिल हो सकती हैं, उदाहरण के लिए डेटा प्रदान करने में। चुनौती संरचना प्रमुख चरणों के लिए समय-सीमा (जैसे परिचय वेबिनार, मॉडल प्रस्तुत करने की समय-सीमा और भागीदारी के लिए अंतिम समय-सीमा) पहले से प्रदान की जाती है। विजेताओं की घोषणा के बाद, आयोजक प्रतियोगिता के प्रमुख निष्कर्षों का वर्णन करने वाले प्रकाशन के लिए पोस्ट हॉक विश्लेषण करने के लिए शीर्ष प्रदर्शन करने वाले प्रतिभागियों के साथ सहयोग करना शुरू करते हैं। चुनौतियों को उप-चुनौतियों में विभाजित किया जा सकता है, जिनमें से प्रत्येक शोध प्रश्न के भीतर एक अलग उप-विषय को संबोधित करता है। उदाहरण के लिए, कैंसर उपचार की प्रभावकारिता की भविष्यवाणियों के संबंध में, ये प्रगति-मुक्त उत्तरजीविता, समग्र उत्तरजीविता, RECIST के अनुसार सर्वोत्तम समग्र प्रतिक्रिया, या घटना (प्रगति या मृत्यु) तक सटीक समय के लिए अलग-अलग भविष्यवाणियां हो सकती हैं। भागीदारी ड्रीम चुनौतियों के दौरान, प्रतिभागी आम तौर पर प्रदान किए गए डेटा पर मॉडल बनाते हैं, और भविष्यवाणियों या मॉडल प्रस्तुत करते हैं जिन्हें आयोजकों द्वारा रखे गए डेटा पर मान्य किया जाता है। जबकि ड्रीम चैलेंज प्रतिभागियों को सत्यापन डेटा लीक करने से बचाते हैं, आमतौर पर प्रतिभागियों को उप-नमूना या स्क्रैम्बल डेटासेट पर उनके प्रदर्शन का मूल्यांकन करने में सहायता करने के लिए मध्य-चुनौती प्रस्तुत करने वाले लीडरबोर्ड उपलब्ध होते हैं। प्रतिभागियों के लिए ड्रीम चैलेंज निःशुल्क हैं। खुले चरण के दौरान कोई भी व्यक्तिगत रूप से या एक टीम के रूप में भाग लेने के लिए सिनेप्स के माध्यम से पंजीकरण कर सकता है। एक व्यक्ति केवल एक बार पंजीकरण कर सकता है और किसी भी उपनाम का उपयोग नहीं कर सकता है। कुछ अपवाद हैं, जो किसी व्यक्ति को भाग लेने से अयोग्य ठहराते हैं, उदाहरण के लिएः व्यक्ति को विशेष चुनौती के लिए डेटा तक पहुंच का विशेषाधिकार प्राप्त है, इस प्रकार उन्हें अनुचित लाभ प्रदान करता है। व्यक्ति को पकड़ा गया है या धोखाधड़ी या पिछली ड्रीम चुनौतियों का दुरुपयोग करने के संदेह में है। व्यक्ति नाबालिग है (18 वर्ष से कम आयु या निवास के अधिकार क्षेत्र में वयस्क होने की आयु)। माता-पिता की सहमति से इसे कम किया जा सकता है। क्राउडसोर्सिंग परियोजनाओं की सूची भी देखें-क्रिटिकल असेसमेंट ऑफ फंक्शन एनोटेशन (सी. ए. एफ. ए.) क्रिटिकल असेसमेंट ऑफ जीनोम इंटरप्रिटेशन (सी. ए. जी. आई.) क्रिटिकल असेसमेंट ऑफ प्रेडिक्शन ऑफ इंटरेक्शन (सी. ए. पी. आर. आई.) क्रिटिकल असेसमेंट ऑफ प्रोटीन स्ट्रक्चर प्रेडिक्शन (सी. ए. एस. पी.) कैगल रेफेरेंस एप्लाइड मशीन लर्निंग बायोइन्फॉर्मेटिक्स कंप्यूटर विज्ञान प्रतियोगिताएं क्राउडसोर्सिंग फोरकास्टिंग प्रतियोगिताएं आणविक मॉडलिंग प्रोग्रामिंग प्रतियोगिताएं