COPASI
सी. ओ. पी. ए. एस. आई. (कॉम्प्लेक्स पाथवे सिम्युलेटर) चयापचय नेटवर्क, कोशिका-संकेत मार्ग, नियामक नेटवर्क, संक्रामक रोग और कई अन्य जैविक प्रक्रियाओं के गणितीय मॉडल बनाने और उन्हें हल करने के लिए एक मुक्त स्रोत सॉफ्टवेयर अनुप्रयोग है। इतिहास COPASI गेपासी सिमुलेशन सॉफ्टवेयर पर आधारित है जिसे 1990 के दशक की शुरुआत में पेड्रो मेंडेस द्वारा विकसित किया गया था। सी. ओ. पी. ए. एस. आई. के प्रारंभिक विकास को वर्जीनिया जैव सूचना विज्ञान संस्थान और क्लाउस श्चिरा फाउंडेशन द्वारा वित्त पोषित किया गया था। वर्तमान विकास प्रयासों को राष्ट्रीय स्वास्थ्य संस्थान, बीबीएसआरसी और जर्मन शिक्षा मंत्रालय से अनुदान द्वारा समर्थित किया जाता है। विकास दल सी. ओ. पी. ए. एस. आई. मैनचेस्टर विश्वविद्यालय (यू. के.), हीडलबर्ग विश्वविद्यालय (जर्मनी) और वर्जीनिया जैव सूचना विज्ञान संस्थान (यू. एस. ए.) के बीच एक अंतर्राष्ट्रीय सहयोग का परिणाम है। परियोजना के प्रमुख जांचकर्ता पेड्रो मेंडेस और उर्सुला कुम्मर हैं। मुख्य सॉफ्टवेयर वास्तुकार स्टीफन हूप्स और स्वेन साहले हैं। विशेषताएँ सी. ओ. पी. ए. एस. आई. में जैविक प्रक्रियाओं के मॉडल को परिभाषित करने, इन मॉडल का अनुकरण और विश्लेषण करने, विश्लेषण रिपोर्ट उत्पन्न करने और एस. बी. एम. एल. प्रारूप में आयात/निर्यात मॉडल शामिल हैं। मॉडल परिभाषाः मॉडल को आणविक प्रजातियों के बीच रासायनिक प्रतिक्रियाओं के रूप में परिभाषित किया जाता है। मॉडल की गतिशीलता व्यक्तिगत प्रतिक्रियाओं से जुड़े दर नियम द्वारा निर्धारित की जाती है। मॉडल में डिब्बे, घटनाएँ और अन्य वैश्विक चर भी शामिल हो सकते हैं जो प्रणाली की गतिशीलता को निर्दिष्ट करने में मदद कर सकते हैं। कार्यः कार्य विभिन्न प्रकार के विश्लेषण हैं जिन्हें एक मॉडल पर किया जा सकता है। इनमें स्थिर-अवस्था विश्लेषण, स्टोइकिओमेट्रिक विश्लेषण, नियतात्मक और यादृच्छिक अनुकरण एल्गोरिदम का उपयोग करके समय पाठ्यक्रम अनुकरण, चयापचय नियंत्रण विश्लेषण, लियापुनोव प्रतिपादक की गणना, समय पैमाने का पृथक्करण, पैरामीटर स्कैन, अनुकूलन और पैरामीटर अनुमान शामिल हैं। आयात और निर्यातः सी. ओ. पी. ए. एस. आई. एस. बी. एम. एल. प्रारूप के साथ-साथ जी. पी. ए. एस. आई. प्रारूप में भी मॉडल पढ़ सकता है। सी. ओ. पी. ए. एस. आई. एस. बी. एम. एल., सी. प्रोग्रामिंग भाषा में स्रोत कोड, बर्कले मैडोना फ़ाइलों और एक्स. पी. पी. ए. यू. टी. फ़ाइलों सहित कई अलग-अलग प्रारूपों में मॉडल लिख सकता है। सिस्टम बायोलॉजी मॉडलिंग सॉफ्टवेयर संदर्भों की सूची भी देखें बाहरी लिंक COPASI होम पेज मेंडेस समूह, जैविक प्रक्रियाओं का विभाग मॉडलिंग, हीडलबर्ग विश्वविद्यालय सिस्टम बायोलॉजी सामान्य विभेदक समीकरण कंप्यूटर विज्ञान विभाग, मैनचेस्टर विश्वविद्यालय सॉफ्टवेयर कलात्मक लाइसेंस का उपयोग करते हुए