TRANSFAC
TRANSFAC (ट्रांसक्रिप्शन फैक्टर डेटाबेस) यूकेरियोटिक ट्रांसक्रिप्शन कारकों, उनके जीनोमिक बाइंडिंग साइटों और DNA बाइंडिंग प्रोफाइल का एक मैन्युअल रूप से क्यूरेट किया गया डेटाबेस है। डेटाबेस की सामग्री का उपयोग संभावित प्रतिलेखन कारक बाध्यकारी साइटों की भविष्यवाणी करने के लिए किया जा सकता है। परिचय डेटाबेस की उत्पत्ति 1988 में प्रकाशित एक प्रारंभिक डेटा संग्रह था। TRANSFAC के नाम से जारी किया गया पहला संस्करण पूर्व जर्मन राष्ट्रीय जैव प्रौद्योगिकी अनुसंधान केंद्र में विकसित किया गया था और स्थानीय स्थापना के लिए डिज़ाइन किया गया था (अबः संक्रमण अनुसंधान के लिए हेल्महोल्ट्ज़ केंद्र)। 1993 में शुरू की गई पहली सार्वजनिक रूप से वित्त पोषित जैव सूचना विज्ञान परियोजनाओं में से एक में, TRANSFAC एक ऐसे संसाधन के रूप में विकसित हुआ जो इंटरनेट पर उपलब्ध हो गया। 1997 में, डेटाबेस के दीर्घकालिक वित्तपोषण को सुरक्षित करने के लिए TRANSFAC को एक नई स्थापित कंपनी, बायोबेस को स्थानांतरित कर दिया गया था। तब से, सबसे अद्यतित संस्करण को लाइसेंस देना पड़ता है, जबकि पुराने संस्करण गैर-वाणिज्यिक उपयोगकर्ताओं के लिए मुफ़्त हैं। जुलाई 2016 से, TRANSFAC का रखरखाव और वितरण जीनएक्सप्लेन GmbH, वोल्फेनबुटेल, जर्मनी द्वारा किया जाता है। सामग्री और विशेषताएं डेटाबेस की सामग्री को इस तरह से व्यवस्थित किया जाता है कि यह प्रतिलेखन कारकों (टी. एफ.) और उनके डी. एन. ए. बाध्यकारी स्थलों (टी. एफ. बी. एस.) के बीच बातचीत के आसपास केंद्रित हो। मूल वैज्ञानिक साहित्य से निकाले गए टी. एफ. को उनकी संरचनात्मक और कार्यात्मक विशेषताओं के संबंध में वर्णित किया गया है। उन्हें उनके डीएनए बाइंडिंग डोमेन की विशेषताओं के अनुसार परिवारों, वर्गों और सुपरक्लास में वर्गीकृत किया जाता है। एक जीनोमिक साइट के लिए एक टी. एफ. के बंधन को साइट के स्थानीयकरण, इसके अनुक्रम और लागू प्रयोगात्मक विधि को निर्दिष्ट करके प्रलेखित किया जाता है। सभी साइटें जो एक टी. एफ., या निकट से संबंधित टी. एफ. के समूह को संदर्भित करती हैं, संरेखित होती हैं और एक स्थिति-विशिष्ट स्कोरिंग मैट्रिक्स (पी. एस. एस. एम.), या काउंट मैट्रिक्स के निर्माण के लिए उपयोग की जाती हैं। TRANSFAC मैट्रिक्स पुस्तकालय के कई मैट्रिक्स का निर्माण क्यूरेटरों की एक टीम द्वारा किया गया है, अन्य वैज्ञानिक प्रकाशनों से लिए गए थे। अनुप्रयोग TRANSFAC डाटाबेस का उपयोग यूकेरियोटिक प्रतिलेखन कारकों के विश्वकोश के रूप में किया जा सकता है। लक्ष्य अनुक्रम और विनियमित जीन को प्रत्येक टी. एफ. के लिए सूचीबद्ध किया जा सकता है, जिसका उपयोग टी. एफ. बी. एस. पहचान उपकरण के लिए बेंचमार्क के रूप में या नए प्रतिलेखन कारक बाध्यकारी साइटों (टी. एफ. बी. एस.) पहचान एल्गोरिदम के लिए प्रशिक्षण सेट के रूप में किया जा सकता है। टी. एफ. वर्गीकरण डी. एन. ए.-बाइंडिंग डोमेन के गुणों के संबंध में ऐसे डेटा सेट का विश्लेषण करने में सक्षम बनाता है। एक अन्य अनुप्रयोग सभी टी. एफ. को पुनः प्राप्त करना है जो किसी दिए गए (जीन के समूह) को नियंत्रित करते हैं। प्रणाली-जैविक अध्ययनों के संदर्भ में, ट्रांसफैक्स में प्रलेखित टीएफ-लक्ष्य जीन संबंधों का उपयोग प्रतिलेखन नियामक नेटवर्क के निर्माण और विश्लेषण के लिए किया गया था। TRANSFAC का अब तक का सबसे अधिक उपयोग संभावित TFBS की कम्प्यूटेशनल भविष्यवाणी है। कई एल्गोरिदम मौजूद हैं जो या तो इस उद्देश्य के लिए व्यक्तिगत बाइंडिंग साइटों या मैट्रिक्स लाइब्रेरी का उपयोग करते हैंः पैच-TRANSFAC में प्रलेखित बाइंडिंग साइटों के साथ अनुक्रम समानताओं का विश्लेषण करता है; यह डेटाबेस के साथ प्रदान किया जाता है। SiteSeer-TRANSFAC में प्रलेखित बाध्यकारी साइटों के साथ अनुक्रम समानताओं का विश्लेषण करता है। मिलान-मैट्रिक्स लाइब्रेरी का उपयोग करके संभावित टी. एफ. बी. एस. की पहचान करता है; यह डेटाबेस के साथ प्रदान किया जाता है। टीईएसएस (प्रतिलेखन तत्व खोज प्रणाली)-ट्रांसफैक्स और तीन अन्य स्रोतों के मैट्रिक्स पुस्तकालयों का उपयोग करके ट्रांसफैक्स की बाध्यकारी साइटों के साथ-साथ संभावित बाध्यकारी साइटों के साथ अनुक्रम समानताओं का विश्लेषण करता है। टी. ई. एस. एस. सी. आई. एस.-नियामक मॉड्यूल (सी. आर. एम., टी. एफ. बी. एस. के विशिष्ट संयोजन) की पहचान के लिए एक कार्यक्रम भी प्रदान करता है, जो टी. आर. ए. एन. एस. एफ. ए. सी. मैट्रिक्स का उपयोग करता है। प्रोमो-वाणिज्यिक डेटाबेस संस्करण टी. एफ. एम. एक्सप्लोरर की सहायता से टी. एफ. बी. एस. की मैट्रिक्स-आधारित भविष्यवाणी-जीनों के एक समूह में सामान्य संभावित टी. एफ. बी. एस. की पहचान मोटिफमोगुल-कई अलग-अलग एल्गोरिदम के साथ मैट्रिक्स-आधारित अनुक्रम विश्लेषण कॉनट्रा-संरक्षित प्रवर्तक क्षेत्रों में मैट्रिक्स-आधारित अनुक्रम विश्लेषण पी. एम. एस. (पॉली मैट्रिक्स खोज)-संरक्षित प्रवर्तक क्षेत्रों में मैट्रिक्स-आधारित अनुक्रम विश्लेषण ट्रांसफैक्स और अन्य स्रोतों के मैट्रिक्स पुस्तकालय के साथ मैट्रिक्स की तुलनाः ट्रांसफैक्स या अन्य पुस्तकालयों के साथ व्यक्तिगत या मैट्रिक्स के समूहों की तुलना करने के लिए टी-रेग कम्पैरेटर। एम. ए. सी. ओ. (पॉली मैट्रिक्स सर्च)-मैट्रिक्स पुस्तकालयों के साथ मैट्रिक्स तुलना। कई सर्वर TRANSFAC की सहायता से संगणित जीनोमिक एनोटेशन प्रदान करते हैं। अन्य लोगों ने लक्षित जीन समुच्चय का अनुमान लगाने के लिए इस तरह के विश्लेषणों का उपयोग किया है। एडगर विंगेंडर ट्रांसक्रिप्शन फैक्टर्स जेनेटिक्स डेटाबेस के होमपेज पर ट्रांसक्रिप्शन फैक्टर बाइंडिंग साइट डेटाबेस संदर्भ बाहरी लिंक ट्रांसफैक्स डेटाबेस का इतिहास भी देखें।