P-site
पी-साइट (पेप्टिडाइल के लिए) राइबोसोम में टी. आर. एन. ए. के लिए दूसरा बंधन स्थल है। अन्य दो स्थल ए-साइट (एमिनोसेल) हैं, जो राइबोसोम में पहला बंधन स्थल है, और ई-साइट (निकास), तीसरा है। प्रोटीन ट्रांसलेशन के दौरान, पी-साइट में टी. आर. एन. ए. होता है जो बढ़ती पॉलीपेप्टाइड श्रृंखला से जुड़ा होता है। जब एक स्टॉप कोडन पहुँच जाता है, तो पी-साइट में स्थित टी. आर. एन. ए. के पेप्टिडाइल-टी. आर. एन. ए. बंधन को नए संश्लेषित प्रोटीन को छोड़ते हुए तोड़ दिया जाता है। विस्तार चरण के स्थानांतरण चरण के दौरान, एम. आर. एन. ए. को एक कोडॉन द्वारा उन्नत किया जाता है, जो राइबोसोमल ए से पी और पी से ई साइटों तक टी. आर. एन. ए. की गति से जुड़ा होता है, जो विस्तार कारक ई. एफ.-जी. द्वारा उत्प्रेरित होता है। अवलोकन राइबोसोमल पी-साइट अनुवाद के सभी चरणों में एक महत्वपूर्ण भूमिका निभाता है। आरंभ में पी-साइट में आरंभकर्ता टी. आर. एन. ए. द्वारा प्रारंभ कोडन (ए. यू. जी.) की पहचान शामिल है, विस्तार में पी साइट के माध्यम से कई विस्तारित टी. आर. एन. ए. का मार्ग शामिल है, समाप्ति में पी-साइट से बंधे टी. आर. एन. ए. से परिपक्व पॉलीपेप्टाइड का हाइड्रोलिसिस शामिल है, और राइबोसोम रीसाइक्लिंग में डीएसीलेटेड टी. आर. एन. ए. का रिलीज शामिल है। एम. आर. एन. ए. की उपस्थिति में पी-साइट पर एक टी. आर. एन. ए. को बांधने से कोडन-एंटीकोडन अंतःक्रिया स्थापित होती है, और यह अंतःक्रिया टी. आर. एन. ए. के छोटे उप-इकाई राइबोसोम (30एस) संपर्कों के लिए महत्वपूर्ण है। शास्त्रीय दो-अवस्था मॉडल का प्रस्ताव है कि राइबोसोम में टी. आर. एन. ए., पी-साइट और ए-साइट के लिए दो बाध्यकारी स्थल हैं। ए-साइट आने वाले एमिनोसेल-टी. आर. एन. ए. से जुड़ती है जिसमें ए-साइट में प्रस्तुत एम. आर. एन. ए. में संबंधित कोडन के लिए एंटी-कोडन होता है। बढ़ती पॉलीपेप्टाइड श्रृंखला के सी-टर्मिनल कार्बोनिल समूह (पी-साइट बाउंड टीआरएनए से जुड़े) और एमिनोसिल-टीआरएनए (ए-साइट बाउंड) के एमिनो समूह के बीच पेप्टाइड बनने के बाद, पॉलीपेप्टाइड श्रृंखला को ए-साइट में टीआरएनए से जोड़ा जाता है। डीएसीलेटेड टीआरएनए पी-साइट में रहता है और पेप्टिडाइल-टीआरएनए को पी-साइट पर स्थानांतरित करने के बाद जारी किया जाता है। चक्र को पूरा करने के लिए ए-साइट से पी-साइट पर पेप्टिडाइल-टी. आर. एन. ए. का स्थानांतरण कैसे प्राप्त किया जाता है? यह प्रस्तावित किया गया था कि यह एक दूसरे के संबंध में दो राइबोसोमल उप-इकाइयों के आंदोलन द्वारा दो चरणों में किया जाता है, एक मध्यवर्ती संकर संरचना के गठन के साथः एक उप-इकाई का ए-साइट दूसरे उप-इकाई के पी-साइट के साथ। यह एक बड़ी वस्तु को घुमाने के समान हैः आप पहले एक छोर को हिलाते हैं, फिर दूसरा। रासायनिक संशोधन प्रयोगों ने इस संकर मॉडल का प्रमाण प्रदान किया, जिसमें टी. आर. एन. ए. विस्तार चरण (पूर्व-स्थानान्तरण चरण) के दौरान बंधन की एक संकर स्थिति का नमूना ले सकते हैं। बाइंडिंग की इन संकर अवस्थाओं में, टी. आर. एन. ए. के स्वीकारक और विरोधी कोडॉन छोर अलग-अलग स्थलों (ए, पी और ई) में होते हैं। रासायनिक जांच विधियों का उपयोग करते हुए, राइबोसोमल आर. एन. ए. में जातिजनित रूप से संरक्षित क्षारों का एक समूह जहां टी. आर. एन. ए. बंधन की जांच की गई है, और प्रोकैरियोटिक राइबोसोम के साथ टी. आर. एन. ए. के बंधन में सीधे शामिल होने का सुझाव दिया गया है। आर. आर. एन. ए. में ऐसे स्थल-विशिष्ट संरक्षित आधारों के सहसंबंध और ए, पी और ई स्थलों के अधिभोग ने इन आधारों के नैदानिक परीक्षणों को अनुवाद चक्र की किसी भी स्थिति में टी. आर. एन. ए. के स्थान का अध्ययन करने की अनुमति दी है। लेखकों ने एक संकर मॉडल का प्रस्ताव रखा जिसमें 50एस उप-इकाई के ई और पी स्थलों के लिए निष्क्रिय टीआरएनए और पेप्टाइड टीआरएनए की उच्च आत्मीयता, ऊष्मागतिकीय रूप से पी/पी से पी/ई और ए/ए से ए/पी संक्रमण का समर्थन करती है, जिन्हें आगे क्रायो-ई. एम. प्रयोगों के माध्यम से प्रदर्शित किया गया था। इसके अलावा, एकल अणु एफ. आर. ई. टी. अध्ययनों ने टी. आर. एन. ए. की स्थिति में उतार-चढ़ाव का पता लगाया है, जिससे यह निष्कर्ष निकला है कि टी. आर. एन. ए. की शास्त्रीय (ए/ए-पी/पी) और संकर अवस्थाएं (ए/पी-पी/ई) निश्चित रूप से गतिशील संतुलन में हैं। पेप्टाइड बॉन्ड बनने से पहले, एक एमिनोसिल-टीआरएनए ए-साइट में बंधा होता है, एक पेप्टिडाइल-टीआरएनए पी-साइट में बंधा होता है, और एक डिसिलेटेड टीआरएनए (राइबोसोम से बाहर निकलने के लिए तैयार) ई-साइट से बंधा होता है। अनुवाद टी. आर. एन. ए. को ए-साइट से पी-और ई-साइटों के माध्यम से स्थानांतरित करता है, आरंभकर्ता टी. आर. एन. ए. के अपवाद के साथ, जो सीधे पी-साइट से जुड़ता है। हाल के प्रयोगों ने बताया है कि प्रोटीन अनुवाद ए-साइट से भी शुरू किया जा सकता है। टोप्रिंटिंग परख का उपयोग करते हुए, यह दिखाया गया है कि प्रोटीन संश्लेषण क्रिकेट पक्षाघात वायरस (सी. आर. पी. वी.) में राइबोसोम (यूकेरियोटिक) के ए-साइट से शुरू होता है। आई. जी. आर.-आई. आर. ई. एस. (इंट्राजेनिक क्षेत्र-आंतरिक राइबोसोम प्रवेश स्थल) ई. आई. एफ. 2, मेट-टी. आर. एन. ए. आई., या जी. टी. पी. हाइड्रोलिसिस के अभाव में और राइबोसोमल पी-साइट में कोडिंग ट्रिपलेट के बिना 40एस और 60एस राइबोसोमल उप-इकाइयों से 80एस राइबोसोम को इकट्ठा कर सकता है। लेखकों ने यह भी दिखाया कि आई. जी. आर.-आई. आर. ई. एस. एक ऐसे प्रोटीन का प्रत्यक्ष अनुवाद कर सकता है जिसका एन-टर्मिनल अवशेष मेथियोनीन नहीं है। संरचना टी. थर्मोफिलस 70एस राइबोसोम की पूर्ण त्रि-आयामी संरचना को एक्स-रे क्रिस्टलोग्राफी का उपयोग करके निर्धारित किया गया था, जिसमें 5.5 Å रिज़ॉल्यूशन पर पी और ई साइटों से और 7 Å रिज़ॉल्यूशन पर ए साइट से बंधे एमआरएनए और टीआरएनए शामिल थे। लेखकों ने पाया कि राइबोजोम के सभी तीन टी. आर. एन. ए. बाध्यकारी स्थल (ए, पी और ई) अपनी संरचनाओं के सार्वभौमिक रूप से संरक्षित हिस्सों में सभी तीन संबंधित टी. आर. एन. ए. से संपर्क करते हैं। यह राइबोसोम को विभिन्न टी. आर. एन. ए. प्रजातियों को ठीक उसी तरह से बांधने की अनुमति देता है। प्रोटीन संश्लेषण के स्थानांतरण चरण के लिए टी. आर. एन. ए. द्वारा 20 Å या उससे अधिक की गतिविधियों की आवश्यकता होती है, क्योंकि वे ए से पी से ई साइटों पर टी. आर. एन. ए.-लक्षित एंटीबायोटिक्स ऑक्साज़ोलिडीन (जैसे। लाइनज़ोलिड) पी-साइट पर इनिशिएटर टी. आर. एन. ए. के बंधन को रोकता है। ऑक्साज़ोलिडीन को प्लियोट्रोपिक रूप से इनिशिएटर-टी. आर. एन. ए. बाइंडिंग, ई. एफ.-पी. (एलोंगेशन फैक्टर पी)-पेप्टाइड बॉन्ड के उत्तेजित संश्लेषण, और पी-साइट में इनिशिएटर-टी. आर. एन. ए. के ई. एफ.-जी.-मध्यस्थ स्थानान्तरण को प्रभावित करने के लिए प्रदर्शित किया गया है। एंटीबायोटिक दवाओं के मैक्रोलाइड, लिंकोसामाइड और स्ट्रेप्टोग्रामिन वर्ग पेप्टाइड बॉन्ड के गठन और/या राइबोसोम पर ए-साइट से पी-साइट पर टीआरएनए के स्थानांतरण को रोकते हैं जो अंततः विस्तार चरण में हस्तक्षेप की ओर ले जाता है और इस प्रकार प्रोटीन अनुवाद का अवरोध होता है। संदर्भ राइबोसोमल आरएनए