Patrocladogram
एक पैट्रोक्लैडोग्राम एक क्लैडिस्टिक शाखा पैटर्न है जिसे पैट्रिस्टिक दूरी (यानी, वंशावली के बीच विचलन) के उपयोग से सटीक रूप से संशोधित किया गया है; एक प्रकार का फाइलोग्राम। पैट्रिस्टिक दूरी को "क्लैडोग्राम पर दो टैक्सों को अलग करने वाले एपोमोर्फिक चरण परिवर्तनों की संख्या" के रूप में परिभाषित किया गया है, और इसका उपयोग विशेष रूप से एक सामान्य पूर्वज से एक विशेषता के विचलन की मात्रा निर्धारित करने के लिए किया जाता है। इसका मतलब है कि क्लैडिस्टिक और पैट्रिस्टिक दूरी को विभिन्न फेनेटिक एल्गोरिदम का उपयोग करके एक नए पेड़ का निर्माण करने के लिए जोड़ा जाता है। जैविक वर्गीकरण में पैट्रोक्लैडोग्राम का उद्देश्य एक परिकल्पना बनाना है जिसके बारे में वर्गीकरण संबंधी निर्णय लेने से पहले विकासवादी प्रक्रियाएं वास्तव में शामिल हैं। पैट्रोक्लैडोग्राम बायोस्टैटिस्टिक्स पर आधारित हैं जिनमें शामिल हैं लेकिन इन तक सीमित नहीं हैंः पारसीमोनी, दूरी मैट्रिक्स, संभावना विधियाँ और बायेसियन संभावना। जीनोमिक रूप से संबंधित डेटा के कुछ उदाहरण जिनका उपयोग इन विधियों के लिए इनपुट के रूप में किया जा सकता हैः आणविक अनुक्रम, पूरे जीनोम अनुक्रम, जीन आवृत्तियाँ, प्रतिबंध स्थल, दूरी मैट्रिक्स, अद्वितीय वर्ण, उत्परिवर्तन जैसे एसएनपी, और माइटोकॉन्ड्रियल जीनोम डेटा। पैट्रोक्लैडोग्राम उपयोग के साथ सावधानी ऐसे ग्राफ हैं जो समानता की परिकल्पनाओं का दावा करते हैं जबकि जातिजनित पेड़ ऐसे ग्राफ हैं जो सामान्य वंशावली की परिकल्पनाओं का दावा करते हैं। जब एक पैट्रोक्लैडोग्राम तार्किक रूप से एक तुलनीय जातिजनित वृक्ष परिकल्पना के साथ मेल नहीं खाता है तो इसका उपयोग मोनोफाइलेटिक समूहों को परिभाषित करने के लिए नहीं किया जाना चाहिए। पैट्रोक्लैडोग्राम का उपयोग नए विकास की व्याख्याओं को तिरछा कर सकता है या समरूप लक्षणों को होमोप्लास्टिक के रूप में चित्रित कर सकता है। पैट्रोक्लैडोग्राम विश्लेषण के लिए कार्यक्रम अधिकांश फाइलोग्राम को न्यूक प्रारूप के कुछ प्रकारों में सहेजा जाता है जैसे किः पी. ए. यू. पी. *, एम. ई. जी. ए., आणविक विकासात्मक आनुवंशिकी विश्लेषण, क्लस्टल, पी. एच. वाई. एल. आई. पी., या नेक्सस फ़ाइल। न्यूक प्रारूप के इन विभिन्न संस्करणों का उपयोग पैट्रोक्लैडोग्राम गठन में पैट्रिस्टिक दूरी के लिए एक इनपुट के रूप में किया जा सकता है। सॉफ्टवेयर के दो व्यापक रूप से उपयोग किए जाने वाले टुकड़े हैं; एक का उपयोग पैट्रिस्टिक दूरी का विश्लेषण करने के लिए किया जाता है, और दूसरा एक देखने योग्य पैट्रोक्लैडोग्राम बनाने के लिए। नीचे दिए गए दोनों प्रोग्राम देखें-पैट्रिस्टिक पैट्रिस्टिक एक जावा प्रोग्राम है जो इनपुट के रूप में विभिन्न ट्री फ़ाइलों का उपयोग करता है और उनकी पैट्रिस्टिक दूरी की गणना करता है। पैट्रिस्टिक उन दूरियों को बचाने और संपादित करने की अनुमति देता है। पेट्रिस्टिक परिणामों के विभिन्न ग्राफिक दृश्य प्रदान करता है और साथ ही एक्सेल का उपयोग करके ग्राफिक्स बनाने के लिए उन्हें सी. एस. वी. प्रारूप में सहेजने की संभावना भी प्रदान करता है। आर. ए. एम. आई. आर. ए. एम. आई. गुच्छ बनाने के लिए शाखा लंबाई का उपयोग करता है जिसे फिर एक पैट्रोक्लैडोग्राम के रूप में देखा जा सकता है। संदर्भ आगे पढ़ने के लिए बाहरी लिंक पी. ए. टी. आर. आई. एस. टी. आई. सी. सॉफ्टवेयर आर. ए. एम. आई. सॉफ़्टवेयर जैव सूचना विज्ञान वर्गीकरण (जीव विज्ञान)