HITS-CLIP
क्रासलिंकिंग इम्यूनोप्रेसिपिटेशन (एच. आई. टी. एस.-सी. एल. आई. पी.) द्वारा पृथक आर. एन. ए. की उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण विवो में जीनोम-वाइड मैपिंग प्रोटीन-आर. एन. ए. बाइंडिंग साइटों या आर. एन. ए. संशोधन साइटों के लिए सी. एल. आई. पी. का एक प्रकार है। एच. आई. टी. एस.-सी. एल. आई. पी. का उपयोग मूल रूप से न्यूरॉन-विशिष्ट आर. एन. ए.-बाध्यकारी प्रोटीन और स्प्लिसिंग कारक एन. ओ. वी. ए. 1 और एन. ओ. वी. ए. 2 के लिए जीनोम-वाइड प्रोटीन-आर. एन. ए. अंतःक्रिया मानचित्र उत्पन्न करने के लिए किया गया था; तब से कई अन्य स्प्लिसिंग कारक मानचित्र उत्पन्न किए गए हैं, जिनमें पी. टी. बी., आर. बी. फॉक्स 2, एस. एफ. आर. एस. 1, एच. एन. आर. एन. पी. सी. और यहां तक कि एन. 6-मिथाइलएडेनोसिन (एम. 6. ए.) एम. आर. एन. ए. संशोधन शामिल हैं। आर. एन. ए.-बाइंडिंग प्रोटीन आर्गोनाउट की एच. आई. टी. एस.-सी. एल. आई. पी. का प्रदर्शन चूहे के मस्तिष्क में माइक्रो आर. एन. ए.-एम. आर. एन. ए. और प्रोटीन-आर. एन. ए. अंतःक्रिया मानचित्रों को डिकोड करके माइक्रो आर. एन. ए. लक्ष्यों की पहचान के लिए किया गया है, और बाद में कैनोरहाबैडिटिस एलिगेंस, भ्रूण स्टेम कोशिकाओं और ऊतक संवर्धन कोशिकाओं में किया गया है। एचआईटीएस-सीएलआईपी के एक नए संशोधन के रूप में, एम6ए-सीएलआईपी को लक्षित आरएनए के लिए यूवी-क्रॉसलिंकिंग एम6ए एंटीबॉडी द्वारा एमआरएनए में एन6-मिथाइलडेनोसिन (एम6ए) स्थानों को सटीक रूप से मैप करने के लिए विकसित किया गया था। हाल ही में, आर्गोनॉट एच. आई. टी. एस.-सी. एल. आई. पी. पर लागू बेहतर जैव सूचना विज्ञान एकल न्यूक्लियोटाइड रिज़ॉल्यूशन के साथ बाध्यकारी स्थलों की पहचान करने में सक्षम बनाता है। इसी तरह के तरीके पी. ए. आर.-सी. एल. आई. पी., ऊतक संवर्धन कोशिकाओं में सेलुलर आर. एन. ए.-बाइंडिंग प्रोटीन (आर. बी. पी.) और माइक्रो आर. एन. ए. युक्त रिबोन्यूक्लियोप्रोटीन कॉम्प्लेक्स (एम. आई. आर. एन. पी.) के बंधन स्थलों की पहचान करने के लिए। आई. सी. एल. आई. पी., सी. डी. एन. ए. पुस्तकालय के पूर्ण प्रवर्धन के लिए, जिसमें कटे हुए सी. डी. एन. ए. शामिल हैं, इस प्रकार क्रॉस लिंक साइटों की पहचान करने के लिए एक अतिरिक्त साधन भी सक्षम करता है। संदर्भ बाहरी लिंक सी. एल. आई. पी. एस. आई. एम. सी.: सी. एल. आई. पी. एस. आई. एम. सी. एक उपकरण है जो मोंटे-कार्लो-आधारित दृष्टिकोण का उपयोग करके एम. आई. आर. एन. ए./एम. आर. ई. जोड़ी खोजने के लिए सी. एल. आई. पी.-एस. ई. क्यू. डेटा का उपयोग करता है। स्टारबेस डाटाबेसः हिट्स-सी. एल. आई. पी. (सी. एल. आई. पी.-सेक, पी. ए. आर.-सी. एल. आई. पी., आई. सी. एल. आई. पी., सी. एल. ए. एस.) डेटा, और टारगेटस्कैन, पिकटार, आर. एन. ए. 22, एम. आई. आर. एन. ए., एम. आई. आर. एन. ए.-एस. एन. सी. आर. एन. ए., एम. आई. आर. एन. ए.-एस. एन. सी. आर. एन. ए., एम. आई. आर. एन. ए.-सी. आर. एन. ए., एम. आई. आर. एन. ए.-स्यूडोजेन, प्रोटीन-एल. एन. सी. आर. एन. ए., प्रोटीन-आर. एन. ए. इंटरै क्लिप्जः एच. आई. टी. एस.-सी. एल. आई. पी. प्रयोगों से पढ़ने वाले छोटे आर. एन. ए. का विश्लेषण करने के लिए एक पाइपलाइन। डी. सी. एल. आई. पी.: डी. सी. एल. आई. पी. दो तुलनात्मक सी. एल. आई. पी.-सेक (एच. आई. टी. एस.-सी. एल. आई. पी., पी. ए. आर.-सी. एल. आई. पी. या आई. सी. एल. आई. पी.) प्रयोगों में अंतर बंधन क्षेत्रों की खोज के लिए एक पर्ल कार्यक्रम है। आर. एन. ए. आणविक आनुवंशिकी माइक्रो आर. एन. ए.