RaptorX
रैप्टरएक्स प्रोटीन संरचना और कार्य भविष्यवाणी के लिए एक सॉफ्टवेयर और वेब सर्वर है जो गैर-व्यावसायिक उपयोग के लिए मुफ़्त है। रैप्टरएक्स प्रोटीन संरचना भविष्यवाणी के लिए सबसे लोकप्रिय तरीकों में से एक है। अन्य दूरस्थ समरूपता पहचान/प्रोटीन थ्रेडिंग तकनीकों की तरह, रैप्टरएक्स नियमित रूप से विश्वसनीय प्रोटीन मॉडल उत्पन्न करने में सक्षम है जब व्यापक रूप से उपयोग किया जाने वाला पीएसआई-ब्लास्ट नहीं कर सकता है। हालाँकि, रैप्टरएक्स उन प्रोफ़ाइल-आधारित विधियों (जैसे, एच. एच. पी. रेड और फ़ायर2) से भी काफी अलग है, जिसमें रैप्टरएक्स संरचना की जानकारी का दोहन करके बड़ी संख्या में अनुक्रम समरूपता के बिना प्रोटीन अनुक्रमों के मॉडलिंग में उत्कृष्टता प्राप्त करता है। रैप्टरएक्स सर्वर को प्रोटीन संरचना भविष्यवाणी विधियों में अक्षम उपयोगकर्ताओं के लिए एक उपयोगकर्ता के अनुकूल इंटरफेस सुनिश्चित करने के लिए डिज़ाइन किया गया है। विवरण रैप्टरएक्स परियोजना 2008 में शुरू की गई थी और रैप्टरएक्स सर्वर को 2011 में जनता के लिए जारी किया गया था। मानक उपयोग रैप्टरएक्स जमा करने के प्रपत्र में एक प्रोटीन अनुक्रम चिपकाने के बाद, एक उपयोगकर्ता आमतौर पर एक भविष्यवाणी को पूरा करने के लिए कुछ घंटे (अनुक्रम की लंबाई के आधार पर) इंतजार करेगा। परिणामों के वेब पेज के लिंक के साथ उपयोगकर्ता को एक ईमेल भेजा जाता है। रैप्टरएक्स सर्वर वर्तमान में निम्नलिखित परिणाम उत्पन्न करता हैः 3-अवस्था और 8-अवस्था माध्यमिक संरचना भविष्यवाणी, अनुक्रम-टेम्पलेट संरेखण, 3डी संरचना भविष्यवाणी, विलायक अभिगम्यता भविष्यवाणी, विकार भविष्यवाणी और बाध्यकारी साइट भविष्यवाणी। अनुमानित परिणाम दृश्य परीक्षा का समर्थन करने के लिए प्रदर्शित किए जाते हैं। परिणाम की फाइलें डाउनलोड करने के लिए भी उपलब्ध हैं। रैप्टरएक्स सर्वर कुछ आत्मविश्वास स्कोर भी उत्पन्न करता है जो अनुमानित 3डी मॉडल की गुणवत्ता को दर्शाता है (उनकी संबंधित मूल संरचनाओं के अभाव में)। उदाहरण के लिए, यह 3डी मॉडल की सापेक्ष वैश्विक गुणवत्ता के लिए पी-मान, 3डी मॉडल की पूर्ण वैश्विक गुणवत्ता के लिए जीडीटी (वैश्विक दूरी परीक्षण) और यूजीडीटी (असामान्य-जीडीटी) और 3डी मॉडल के प्रत्येक अवशेष पर पूर्ण स्थानीय गुणवत्ता के लिए प्रति स्थिति आरएमएसडी का उत्पादन करता है। रैप्टरएक्स के अनुप्रयोगों और प्रदर्शन अनुप्रयोगों में प्रोटीन संरचना भविष्यवाणी, कार्य भविष्यवाणी, प्रोटीन अनुक्रम-संरचना संरेखण, प्रोटीन का विकासवादी वर्गीकरण, साइट-निर्देशित उत्परिवर्तन का मार्गदर्शन और आणविक प्रतिस्थापन द्वारा प्रोटीन क्रिस्टल संरचनाओं को हल करना शामिल है। CASP9 ब्लाइंड प्रोटीन स्ट्रक्चर प्रेडिक्शन एक्सपेरिमेंट में, रैप्टरएक्स को लगभग 80 स्वचालित संरचना प्रेडिक्शन सर्वरों में से दूसरे स्थान पर रखा गया था। रैप्टरएक्स ने 50 सबसे कठिन सीएएसपी9 टीबीएम (टेम्पलेट-आधारित मॉडलिंग) लक्ष्यों के लिए सबसे अच्छा संरेखण भी उत्पन्न किया। CASP10 में, 15 सबसे कठिन CASP10 TBM लक्ष्यों के लिए शीर्ष 10 मानव/सर्वर समूहों में रैप्टरएक्स एकमात्र सर्वर समूह है। इतिहास रैप्टरएक्स रैप्टर प्रोटीन संरचना भविष्यवाणी प्रणाली का उत्तराधिकारी है। रैप्टर को वाटरलू विश्वविद्यालय में डॉ. जिनबो जू और डॉ. मिंग ली द्वारा डिजाइन और विकसित किया गया था। रैप्टरएक्स को शिकागो में टोयोटा टेक्नोलॉजिकल इंस्टीट्यूट में प्रो. जिनबो जू के नेतृत्व में एक शोध समूह द्वारा डिजाइन और विकसित किया गया था। प्रोटीन संरचना भविष्यवाणी सीएएसपी प्रोटीन संरचना भविष्यवाणी सॉफ्टवेयर संदर्भों की सूची बाहरी लिंक संरचना और कार्य भविष्यवाणी के लिए रैप्टरएक्स वेब सर्वर सीएएसपी वेबसाइट अन्य संरचनात्मक जैव सूचना विज्ञान सॉफ्टवेयर संरचनात्मक जैव सूचना विज्ञान सॉफ्टवेयर कम्प्यूटेशनल विज्ञान