Chromosome conformation capture
गुणसूत्र संरचना ग्रहण तकनीक (अक्सर 3 सी प्रौद्योगिकियों या 3 सी-आधारित विधियों के लिए संक्षिप्त) एक कोशिका में क्रोमैटिन के स्थानिक संगठन का विश्लेषण करने के लिए उपयोग की जाने वाली आणविक जीव विज्ञान विधियों का एक समूह है। ये विधियाँ जीनोमिक लोकी के बीच बातचीत की संख्या को निर्धारित करती हैं जो 3-डी स्थान में पास में हैं, लेकिन रैखिक जीनोम में कई न्यूक्लियोटाइड्स द्वारा अलग किए जा सकते हैं। इस तरह की अंतःक्रियाएँ जैविक कार्यों के परिणामस्वरूप हो सकती हैं, जैसे कि प्रवर्तक-वर्धक अंतःक्रियाएँ, या यादृच्छिक बहुलक लूपिंग से, जहाँ क्रोमैटिन की दिशाहीन भौतिक गति लोकी को टकराने का कारण बनती है। अंतःक्रिया आवृत्तियों का सीधे विश्लेषण किया जा सकता है, या उन्हें दूरी में परिवर्तित किया जा सकता है और 3-डी संरचनाओं के पुनर्निर्माण के लिए उपयोग किया जा सकता है। 3सी-आधारित विधियों के बीच मुख्य अंतर उनका दायरा है। उदाहरण के लिए, 3सी प्रयोग में अंतःक्रिया का पता लगाने के लिए पीसीआर का उपयोग करते समय, दो विशिष्ट टुकड़ों के बीच अंतःक्रिया की मात्रा निर्धारित की जाती है। इसके विपरीत, हाई-सी एक साथ टुकड़ों के सभी संभावित जोड़े के बीच बातचीत की मात्रा निर्धारित करता है। 3सी द्वारा उत्पादित सामग्री की गहरी अनुक्रमण भी जीनोम-व्यापी अंतःक्रिया मानचित्रों का उत्पादन करती है। ऐतिहासिक रूप से, सूक्ष्मदर्शी परमाणु संगठन की जांच करने का प्राथमिक तरीका था, जिसे 1590 तक का माना जा सकता है। 1879 में, वाल्थेर फ्लेमिंग ने क्रोमैटिन शब्द गढ़ा। 1883 में, अगस्त वीसमैन ने क्रोमैटिन को आनुवंशिकता से जोड़ा। 1884 में, अल्ब्रेक्ट कोसेल ने हिस्टोन की खोज की। 1888 में, सटन और बोवेरी ने कोशिका चक्र के दौरान क्रोमैटिन की निरंतरता के सिद्धांत का प्रस्ताव रखा 1889 में, विल्हेम वॉन वाल्डेमेयर ने "गुणसूत्र" शब्द बनाया। 1928 में, एमिल हेट्ज ने हेटेरोक्रोमैटिन और यूक्रोमैटिन शब्द बनाए। 1942 में, कॉनराड वैडिंगटन ने एपिजेनेटिक परिदृश्य का प्रतिपादन किया। 1948 में, रोलिन हॉचकिस ने डी. एन. ए. मिथाइलेशन की खोज की। 1953 में, वॉटसन और क्रिक ने रोज़लिंड फ्रैंकलिन की एक्स-रे विवर्तन छवियों के आधार पर डी. एन. ए. की दोहरी हेलिक्स संरचना की सूचना दी। 1961 में, मैरी लियोन ने एक्स-निष्क्रियता के सिद्धांत को स्वीकार किया। 1973/1974 में, क्रोमैटिन फाइबर की खोज की गई थी। 1975 में, पियरे चैम्बोन ने न्यूक्लियोसोम शब्द गढ़ा। 1982 में, गुणसूत्र क्षेत्रों की खोज की गई थी। 1984 में, जॉन टी. लिस ने क्रोमैटिन इम्यूनोप्रेसिपिटेशन तकनीक का आविष्कार किया। 1993 में, परमाणु बंधन परख प्रकाशित किया गया था, एक ऐसी विधि जो समाधान में डी. एन. ए. की वृत्ताकार आवृत्ति निर्धारित कर सकती थी। इस परख का उपयोग यह दिखाने के लिए किया गया था कि एस्ट्रोजन प्रोलैक्टिन जीन प्रवर्तक और पास के संवर्धक के बीच एक अंतःक्रिया को प्रेरित करता है। 2002 में, जॉब डेकर ने नया विचार पेश किया कि जीनोम के स्थानिक संगठन का अनुमान लगाने के लिए लोकी के बीच अंतःक्रिया आवृत्तियों के घने मैट्रिक्स का उपयोग किया जा सकता है। यह विचार गुणसूत्र संरचना ग्रहण (3सी) परख के उनके विकास का आधार था, जिसे 2002 में हार्वर्ड विश्वविद्यालय में क्लेकनर प्रयोगशाला में जॉब डेकर और सहयोगियों द्वारा प्रकाशित किया गया था। 2003 में, मानव जीनोम परियोजना पूरी हो गई थी। 2006 में, मैरीके सिमोनिस ने 4सी का आविष्कार किया, दोस्ती ने डेकर प्रयोगशाला में 5सी का आविष्कार किया। 2007 में, बी. फ्रैंकलिन पुघ ने चिप-सेक तकनीक का आविष्कार किया। 2009 में, एरेज लिबरमैन एडेन और जॉब डेकर ने हाई-सी का आविष्कार किया, मेलिसा जे. फुलवुड और यिजुन रुआन ने चिया-पीईटी का आविष्कार किया। 2012 में, द रेन समूह और एडिथ हर्ड और जॉब डेकर के नेतृत्व वाले समूहों ने स्तनधारियों में टोपोलॉजिकल रूप से संबद्ध डोमेन (टी. ए. डी.) की खोज की। 2013 में, ताकाशी नागानो और पीटर फ्रेजर ने हाई-सी और सिंगल-सेल हाई-सी के लिए इन-न्यूक्लिय लाइगेशन पेश किया। 2014 में, सुहास राव, मिरियम हंटले और अन्य। इन-सीटू हाई-सी और 4-कटर प्रतिबंध एंजाइमों का उपयोग विकसित किया, और कई मानव कोशिका लाइनों के लिए किलोबेस रिज़ॉल्यूशन तक पहला उच्च-रिज़ॉल्यूशन डेटासेट जारी किया। उन्होंने हाई-सी मानचित्रों में सी. टी. सी. एफ.-कोहेसिन लूपिंग के पहले स्पष्ट साक्ष्य की भी पहचान की और इन लूपों में अंतर्निहित अभिसारी सी. टी. सी. एफ. मोटिफ नियम की पहचान की। प्रायोगिक विधियाँ सभी 3सी विधियाँ कोशिकाओं के नमूने पर किए गए चरणों के एक समान समूह के साथ शुरू होती हैं। सबसे पहले, कोशिका जीनोम फॉर्मेल्डिहाइड के साथ क्रॉस-लिंक्ड होते हैं, जो उन बंधनों का परिचय देता है जो जीनोमिक लोकी के बीच बातचीत को "फ्रीज" करते हैं। कमरे के तापमान पर 10-30 मिनट के लिए 1-3% फॉर्मेल्डिहाइड के साथ कोशिकाओं का उपचार सबसे आम है, हालांकि, उच्च प्रोटीन-DNA क्रॉस लिंकिंग को रोकने के लिए मानकीकरण आवश्यक है, क्योंकि यह बाद के चरण में प्रतिबंध पाचन की दक्षता को नकारात्मक रूप से प्रभावित कर सकता है। फिर जीनोम को प्रतिबंध एंडोन्यूक्लीज़ के साथ टुकड़ों में काटा जाता है। प्रतिबंध टुकड़ों का आकार अंतःक्रिया मानचित्रण के संकल्प को निर्धारित करता है। रिस्ट्रिक्शन एंजाइम (आरई) जो 6बीपी पहचान अनुक्रमों में कटौती करते हैं, जैसे कि इकोआर1 या हिंदIII, का उपयोग इस उद्देश्य के लिए किया जाता है, क्योंकि वे हर 4000बीपी में एक बार जीनोम को काटते हैं, जिससे मानव जीनोम में लगभग 10 लाख टुकड़े मिलते हैं। अधिक सटीक अंतःक्रिया मानचित्रण के लिए, आरई को पहचानने वाले 4बीपी का भी उपयोग किया जा सकता है। अगला कदम निकटता आधारित बंधन है। यह कम डी. एन. ए. सांद्रता पर या टी4 डी. एन. ए. लिगाज़ की उपस्थिति में अक्षुण्ण, पारगम्य नाभिक के भीतर होता है, जैसे कि क्रॉस-लिंक्ड परस्पर क्रिया करने वाले टुकड़ों के बीच बंधन उन टुकड़ों के बीच बंधन पर अनुकूल होता है जो क्रॉस-लिंक्ड नहीं होते हैं। इसके बाद, परस्पर क्रिया करने वाले स्थान को पी. सी. आर. विधियों द्वारा लिगेटेड जंक्शनों को प्रवर्धित करके निर्धारित किया जाता है। मूल विधियाँ 3सी (एक-बनाम-एक) गुणसूत्र संरचना ग्रहण (3सी) प्रयोग जीनोमिक लोकी की एकल जोड़ी के बीच बातचीत की मात्रा निर्धारित करता है। उदाहरण के लिए, 3सी का उपयोग उम्मीदवार प्रवर्तक-वर्धक अंतःक्रिया का परीक्षण करने के लिए किया जा सकता है। ज्ञात प्राइमर के साथ पी. सी. आर. का उपयोग करके लिगटेड टुकड़ों का पता लगाया जाता है। यही कारण है कि इस तकनीक के लिए परस्पर क्रिया करने वाले क्षेत्रों के पूर्व ज्ञान की आवश्यकता होती है। 4सी (वन-वर्सेज-ऑल) क्रोमोजोम कन्फॉर्मेशन कैप्चर-ऑन-चिप (4सी) (जिसे सर्कुलर क्रोमोजोम कन्फॉर्मेशन कैपचर के रूप में भी जाना जाता है) एक लोकस और अन्य सभी जीनोमिक लोकी के बीच बातचीत को पकड़ता है। इसमें स्व-वृत्ताकार डी. एन. ए. टुकड़े बनाने के लिए एक दूसरा बंधन चरण शामिल है, जिसका उपयोग व्युत्क्रम पी. सी. आर. करने के लिए किया जाता है। व्युत्क्रम पी. सी. आर. ज्ञात अनुक्रम का उपयोग उससे जुड़े अज्ञात अनुक्रम को बढ़ाने के लिए करने की अनुमति देता है। 3सी और 5सी के विपरीत, 4सी तकनीक के लिए दोनों परस्पर गुणसूत्र क्षेत्रों के पूर्व ज्ञान की आवश्यकता नहीं होती है। 4सी का उपयोग करके प्राप्त परिणाम एक दूसरे के निकटवर्ती क्षेत्रों के बीच पाए जाने वाले अधिकांश अंतःक्रियाओं के साथ अत्यधिक पुनरुत्पादक होते हैं। एक एकल माइक्रोएरे पर, लगभग दस लाख अंतःक्रियाओं का विश्लेषण किया जा सकता है। 5सी (कई-बनाम-कई) गुणसूत्र संरचना कार्बन प्रतिलिपि पकड़ती है (5सी) किसी दिए गए क्षेत्र के भीतर सभी प्रतिबंध टुकड़ों के बीच बातचीत का पता लगाती है, इस क्षेत्र का आकार आमतौर पर एक मेगाबेज़ से अधिक नहीं होता है। यह सार्वभौमिक प्राइमर को सभी टुकड़ों से जोड़कर किया जाता है। हालांकि, 5सी का कवरेज अपेक्षाकृत कम है। 5सी तकनीक इंट्रामोलिक्युलर बंधन चरण में संयुग्म समस्याओं को दूर करती है और रुचि के विशिष्ट स्थान की जटिल अंतःक्रियाओं के निर्माण के लिए उपयोगी है। यह दृष्टिकोण जीनोम-व्यापी जटिल अंतःक्रियाओं के संचालन के लिए अनुपयुक्त है क्योंकि इसके लिए लाखों 5 सी प्राइमर का उपयोग करने की आवश्यकता होगी। हाई-सी (सभी बनाम सभी) हाई-सी टुकड़ों के न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम को खोजने के लिए उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण का उपयोग करता है और युग्मित अंत अनुक्रमण का उपयोग करता है, जो प्रत्येक लिगेटेड टुकड़े के प्रत्येक छोर से एक छोटा अनुक्रम प्राप्त करता है। इस प्रकार, किसी दिए गए बंधन वाले टुकड़े के लिए, प्राप्त दो अनुक्रमों को दो अलग-अलग प्रतिबंध टुकड़ों का प्रतिनिधित्व करना चाहिए जिन्हें निकटता आधारित बंधन चरण में एक साथ जोड़ दिया गया था। अनुक्रमों की जोड़ी व्यक्तिगत रूप से जीनोम के साथ संरेखित होती है, इस प्रकार उस बंधन घटना में शामिल टुकड़ों का निर्धारण होता है। इसलिए, टुकड़ों के बीच सभी संभावित जोड़ीदार अंतःक्रियाओं का परीक्षण किया जाता है। अनुक्रम ग्रहण-आधारित विधियाँ रुचि के विशिष्ट स्थान के लिए 3सी और हाई-सी पुस्तकालयों को समृद्ध करने के लिए कई विधियों में ऑलिगोन्यूक्लियोटाइड ग्रहण का उपयोग किया जाता है। इन विधियों में कैपचर-सी, एन. जी. कैपचर-सी, कैपचर-3सी, हाईकैप, कैपचर हाई-सी और माइक्रो कैपचर-सी शामिल हैं। ये विधियाँ 4सी आधारित विधियों की तुलना में उच्च रिज़ॉल्यूशन और संवेदनशीलता का उत्पादन करने में सक्षम हैं, माइक्रो कैप्चर-सी उपलब्ध 3सी तकनीकों का उच्चतम रिज़ॉल्यूशन प्रदान करता है और आधार जोड़ी रिज़ॉल्यूशन डेटा उत्पन्न करना संभव है। एकल-कोशिका विधियाँ इन विधियों के एकल-कोशिका अनुकूलन, जैसे कि चीप-सेक और हाई-सी का उपयोग व्यक्तिगत कोशिकाओं में होने वाली अंतःक्रियाओं की जांच करने के लिए किया जा सकता है। मल्टी-इंटरेक्शन विधियाँ उच्च-क्रम संरचनाओं का पता लगाने के लिए कई विधियाँ एक साथ कई बंधन जंक्शनों को अनुक्रमित करती हैं जहाँ क्रोमैटिन के कई क्षेत्र परस्पर क्रिया कर सकते हैं। इन विधियों में ट्राई-सी, 3वे 4सी/सी-वॉक और मल्टी-कॉन्टैक्ट 4सी (एमसी-4सी) शामिल हैं। इम्यूनोप्रेसिपिटेशन-आधारित विधियां चीप-लूप चीप-लूप रुचि के प्रोटीन द्वारा मध्यस्थता किए गए रुचि के दो स्थानों के बीच बातचीत का पता लगाने के लिए चीप-सेक के साथ 3सी को जोड़ती हैं। चीप-लूप लंबी दूरी की सी. आई. एस.-अंतःक्रियाओं और प्रोटीन के माध्यम से मध्यस्थ ट्रांस अंतःक्रिया की पहचान करने में उपयोगी हो सकता है क्योंकि बार-बार डी. एन. ए. टकराव नहीं होंगे। जीनोम व्यापक विधियाँ चीआ-पीईटी रुचि के प्रोटीन द्वारा मध्यस्थता की गई सभी अंतःक्रियाओं का पता लगाने के लिए चीप-सेक के साथ हाई-सी को जोड़ती हैं। हाईचिप को कम इनपुट सामग्री के साथ चिया-पीईटी के समान विश्लेषण की अनुमति देने के लिए डिज़ाइन किया गया था। जैविक प्रभाव 3सी विधियों ने कई जैविक अंतर्दृष्टि को जन्म दिया है, जिसमें गुणसूत्रों की नई संरचनात्मक विशेषताओं की खोज, क्रोमैटिन लूप की सूचीकरण और प्रतिलेखन विनियमन तंत्र की समझ में वृद्धि (जिसका व्यवधान रोग का कारण बन सकता है) शामिल हैं। 3सी विधियों ने उन जीनों के लिए नियामक तत्वों की स्थानिक निकटता के महत्व को प्रदर्शित किया है जिन्हें वे नियंत्रित करते हैं। उदाहरण के लिए, उन ऊतकों में जो ग्लोबिन जीन को व्यक्त करते हैं, β-ग्लोबिन लोकस नियंत्रण क्षेत्र इन जीनों के साथ एक लूप बनाता है। यह लूप ऊतकों में नहीं पाया जाता है जहां जीन व्यक्त नहीं होता है। इस तकनीक ने मॉडल जीवों और मनुष्यों दोनों में गुणसूत्रों के आनुवंशिक और एपिजेनेटिक अध्ययन में और सहायता की है। इन विधियों ने जीनोम के बड़े पैमाने पर संगठन को टोपोलॉजिकली एसोसिएटिंग डोमेन (टी. ए. डी.) में प्रकट किया है, जो एपिजेनेटिक मार्करों के साथ संबंधित हैं। कुछ टी. ए. डी. प्रतिलेखन रूप से सक्रिय होते हैं, जबकि अन्य दबाए जाते हैं। डी. मेलानोगास्टर, चूहे और मनुष्य में कई टी. ए. डी. पाए गए हैं। इसके अलावा, सी. टी. सी. एफ. और कोहेसिन टी. ए. डी. निर्धारित करने और प्रवर्तक-प्रवर्तक अंतःक्रियाओं को बढ़ाने में महत्वपूर्ण भूमिका निभाते हैं। परिणाम से पता चलता है कि एन्हांसर-प्रमोटर लूप में सी. टी. सी. एफ. बाइंडिंग रूपांकनों का अभिविन्यास एक दूसरे के सामने होना चाहिए ताकि एन्हांसर को अपना सही लक्ष्य मिल सके। मानव रोग प्रवर्तक-वर्धक अंतःक्रिया में दोषों के कारण होने वाली कई बीमारियाँ हैं, जिनकी समीक्षा इस लेख में की गई है। बीटा थैलेसीमिया एक निश्चित प्रकार का रक्त विकार है जो एल. सी. आर. बढ़ाने वाले तत्व के विलोपन के कारण होता है। होलोप्रोसेन्सफेली एस. बी. ई. 2 वर्धक तत्व में उत्परिवर्तन के कारण होने वाला सेफालिक विकार है, जिसने बदले में एस. एच. एच. जीन के उत्पादन को कमजोर कर दिया। पीपीडी2 (ट्राइफैलेंजल अंगूठे का पॉलीडैक्टिली) जेडआरएस एन्हांसर के उत्परिवर्तन के कारण होता है, जिसने बदले में एसएचएच जीन के उत्पादन को मजबूत किया। फेफड़े का एडेनोकार्सिनोमा एम. वाई. सी. जीन के लिए वर्धक तत्व के दोहराव के कारण हो सकता है। टी-कोशिका तीव्र लिम्फोब्लास्टिक ल्यूकेमिया एक नए वर्धक के परिचय के कारण होता है। डेटा विश्लेषण विभिन्न 3सी-शैली के प्रयोग बहुत अलग संरचनाओं और सांख्यिकीय गुणों के साथ डेटा का उत्पादन करते हैं। इस प्रकार, प्रत्येक प्रयोग प्रकार के लिए विशिष्ट विश्लेषण पैकेज मौजूद हैं। हाई-सी डेटा का उपयोग अक्सर जीनोम-वाइड क्रोमैटिन संगठन का विश्लेषण करने के लिए किया जाता है, जैसे कि टोपोलॉजिकली एसोसिएटिंग डोमेन (टी. ए. डी.), जीनोम के रैखिक रूप से सन्निहित क्षेत्र जो 3-डी स्पेस में जुड़े होते हैं। हाई-सी डेटा से टी. ए. डी. की पहचान करने के लिए कई एल्गोरिदम विकसित किए गए हैं। हाई-सी और इसके बाद के विश्लेषण विकसित हो रहे हैं। फिट-हाई-सी एक ऐसी विधि है जो परस्पर क्रिया की दूरी (प्रारंभिक स्प्लाइन फिटिंग, उर्फ स्प्लाइन-1) को जोड़ने और नल मॉडल (स्प्लाइन-2) को परिष्कृत करने के संशोधनों के साथ एक असतत बाइनिंग दृष्टिकोण पर आधारित है। फिट-हाई-सी का परिणाम उनके पी-मानों और क्यू-मानों के साथ जोड़ीदार अंतर-गुणसूत्र अंतःक्रियाओं की एक सूची है। जीनोम के 3-डी संगठन का विश्लेषण संपर्क मैट्रिक्स के ईगेनडेकंपोजीशन के माध्यम से भी किया जा सकता है। प्रत्येक आइगेनवेक्टर लोकी के एक समूह से मेल खाता है, जो आवश्यक रूप से रैखिक रूप से सन्निहित नहीं हैं, जो संरचनात्मक विशेषताओं को साझा करते हैं। 3सी प्रौद्योगिकियों में एक महत्वपूर्ण भ्रमित करने वाला कारक जीनोमिक लोकी के बीच लगातार गैर-विशिष्ट अंतःक्रिया है जो यादृच्छिक बहुलक व्यवहार के कारण होती है। सांख्यिकीय महत्व परीक्षण के माध्यम से दो स्थानों के बीच बातचीत की पुष्टि की जानी चाहिए। हाई-सी संपर्क मानचित्र का सामान्यीकरण कच्चे हाई-सी संपर्क गर्मी मानचित्र को सामान्य बनाने के दो प्रमुख तरीके हैं। पहला तरीका समान दृश्यता को मान लेना है, जिसका अर्थ है कि प्रत्येक गुणसूत्र स्थिति के लिए एक परस्पर क्रिया करने की समान संभावना है। इसलिए, एक हाई-सी संपर्क मानचित्र का सही संकेत एक संतुलित मैट्रिक्स होना चाहिए (संतुलित मैट्रिक्स में निरंतर पंक्ति योग और स्तंभ योग होते हैं)। समान दृश्यता मानने वाले एल्गोरिदम का एक उदाहरण सिंकहॉर्न-नॉप एल्गोरिदम है, जो कच्चे हाई-सी संपर्क मानचित्र को एक संतुलित मैट्रिक्स में मापता है। दूसरा तरीका यह मान लेना है कि प्रत्येक गुणसूत्र स्थिति से जुड़ा एक पूर्वाग्रह है। प्रत्येक निर्देशांक पर संपर्क मानचित्र मूल्य उस स्थिति के समय दो संपर्क स्थितियों से जुड़े पूर्वाग्रह का सही संकेत होगा। पूर्वाग्रह के इस मॉडल को हल करने का उद्देश्य रखने वाले एल्गोरिदम का एक उदाहरण पुनरावृत्त सुधार है, जो कच्चे हाई-सी संपर्क मानचित्र से पंक्ति और स्तंभ पूर्वाग्रह को पुनरावृत्त रूप से हटा देता है। हाई-सी डेटा के विश्लेषण के लिए कई सॉफ्टवेयर उपकरण उपलब्ध हैं। डी. एन. ए. रूपांकन विश्लेषण डी. एन. ए. रूपांकन विशिष्ट लघु डी. एन. ए. अनुक्रम होते हैं, अक्सर लंबाई में 8-20 न्यूक्लियोटाइड्स जो एक सामान्य जैविक कार्य के साथ अनुक्रमों के एक समूह में सांख्यिकीय रूप से अधिक प्रस्तुत किए जाते हैं। वर्तमान में, लंबी दूरी के क्रोमैटिन अंतःक्रियाओं पर नियामक रूपांकनों का व्यापक रूप से अध्ययन नहीं किया गया है। कई अध्ययनों ने प्रवर्तक-वर्धक अंतःक्रियाओं में डी. एन. ए. रूपांकनों के प्रभाव को स्पष्ट करने पर ध्यान केंद्रित किया है। बेली एट अल। इसने पहचान की है कि प्रवर्तक क्षेत्रों में ZNF143 रूपांकन प्रवर्तक-वर्धक अंतःक्रियाओं के लिए अनुक्रम विशिष्टता प्रदान करता है। जेड. एन. एफ. 143 मोटिफ के उत्परिवर्तन ने प्रवर्तक-वर्धक अंतःक्रियाओं की आवृत्ति को कम कर दिया जो यह सुझाव देता है कि जेड. एन. एफ. 143 एक नया क्रोमैटिन-लूपिंग कारक है। जीनोम-स्केल मोटिफ विश्लेषण के लिए, 2016 में, वोंग एट अल। प्रवर्तक-वर्धक अंतःक्रियाओं पर के562 कोशिका रेखा के लिए 19,491 डी. एन. ए. मोटिफ जोड़े की एक सूची की सूचना दी। नतीजतन, उन्होंने प्रस्ताव दिया कि रूपांकन जोड़ीदार बहुलता (रूपांकनों की संख्या जो एक दिए गए रूपांकन के साथ जोड़ी गई है) बातचीत की दूरी और नियामक क्षेत्र के प्रकार से जुड़ी हुई है। अगले वर्ष, वोंग ने 6 मानव कोशिका रेखाओं में 18,879 मोटिफ जोड़े की रिपोर्ट करते हुए एक और लेख प्रकाशित किया। इस काम का एक नया योगदान मोटिफहाइडस है, जो एक रूपांकन खोज उपकरण है जिसे सीधे युग्मित अनुक्रमों पर लागू किया जा सकता है। कैंसर जीनोम विश्लेषण 3सी-आधारित तकनीक कैंसर जीनोम में गुणसूत्र पुनर्व्यवस्था में अंतर्दृष्टि प्रदान कर सकती है। इसके अलावा, वे नियामक तत्वों और उनके लक्षित जीन के लिए स्थानिक निकटता के परिवर्तन दिखा सकते हैं, जो जीनोम के संरचनात्मक और कार्यात्मक आधार की गहरी समझ लाते हैं। संदर्भ आगे पढ़ने के लिए देखें जैव रासायनिक पृथक्करण प्रक्रियाएँ गुणसूत्र परमाणु संगठन