InterPro
इंटरप्रो प्रोटीन परिवारों, प्रोटीन डोमेन और कार्यात्मक स्थलों का एक डेटाबेस है जिसमें ज्ञात प्रोटीन में पाई जाने वाली पहचान योग्य विशेषताओं को नए प्रोटीन अनुक्रमों पर लागू किया जा सकता है ताकि उन्हें कार्यात्मक रूप से चिह्नित किया जा सके। इंटरप्रो की सामग्री में नैदानिक हस्ताक्षर और प्रोटीन होते हैं जो वे महत्वपूर्ण रूप से मेल खाते हैं। हस्ताक्षर में मॉडल (सरल प्रकार, जैसे नियमित अभिव्यक्ति या अधिक जटिल, जैसे हिडन मार्कोव मॉडल) होते हैं जो प्रोटीन परिवारों, डोमेन या साइटों का वर्णन करते हैं। मॉडल ज्ञात परिवारों या क्षेत्रों के अमीनो एसिड अनुक्रमों से बनाए जाते हैं और बाद में उनका उपयोग अज्ञात अनुक्रमों (जैसे कि नए जीनोम अनुक्रमण से उत्पन्न होने वाले) को खोजने के लिए किया जाता है ताकि उन्हें वर्गीकृत किया जा सके। इंटरप्रो के प्रत्येक सदस्य डेटाबेस बहुत उच्च-स्तरीय, संरचना-आधारित वर्गीकरण (सुपरफेमिली और कैथ-जीन3डी) से लेकर काफी विशिष्ट उप-परिवार वर्गीकरण (प्रिंट और पैंथर) तक एक अलग स्थान की दिशा में योगदान करते हैं। इंटरप्रो का इरादा प्रोटीन वर्गीकरण के लिए एक-स्टॉप-शॉप प्रदान करना है, जहां विभिन्न सदस्य डेटाबेस द्वारा उत्पादित सभी हस्ताक्षरों को इंटरप्रो डेटाबेस के भीतर प्रविष्टियों में रखा जाता है। हस्ताक्षर जो समकक्ष डोमेन, साइट या परिवारों का प्रतिनिधित्व करते हैं, उन्हें एक ही प्रविष्टि में रखा जाता है और प्रविष्टियां भी एक दूसरे से संबंधित हो सकती हैं। अतिरिक्त जानकारी जैसे विवरण, सुसंगत नाम और जीन ऑन्टोलॉजी (जी. ओ.) शब्द प्रत्येक प्रविष्टि के साथ जुड़े होते हैं, जहां संभव हो। इंटरप्रो इंटरप्रो में निहित डेटा में तीन मुख्य इकाइयाँ होती हैंः प्रोटीन, हस्ताक्षर (जिन्हें "विधियाँ" या "मॉडल" भी कहा जाता है) और प्रविष्टियाँ। यूनीप्रोटकेबी में प्रोटीन भी इंटरप्रो में केंद्रीय प्रोटीन इकाइयाँ हैं। इन प्रोटीनों से महत्वपूर्ण रूप से मेल खाने वाले हस्ताक्षरों के बारे में जानकारी की गणना की जाती है क्योंकि अनुक्रम यूनिप्रोटकेबी द्वारा जारी किए जाते हैं और ये परिणाम जनता के लिए उपलब्ध कराए जाते हैं (नीचे देखें)। प्रोटीन के लिए हस्ताक्षर के मिलान वे हैं जो निर्धारित करते हैं कि इंटरप्रो प्रविष्टियों में हस्ताक्षर को एक साथ कैसे एकीकृत किया जाता हैः मिलान किए गए प्रोटीन सेटों का तुलनात्मक ओवरलैप और अनुक्रमों पर हस्ताक्षर के मिलान का स्थान संबंध के संकेतकों के रूप में उपयोग किया जाता है। केवल पर्याप्त गुणवत्ता वाले माने जाने वाले हस्ताक्षर ही इंटरप्रो में एकीकृत किए जाते हैं। संस्करण 81.0 (21 अगस्त 2020 को जारी) तक इंटरप्रो प्रविष्टियों में यूनीप्रोटकेबी में पाए गए अवशेषों की व्याख्या 73.9% की गई है और अन्य 9.2% हस्ताक्षरों द्वारा टिप्पणी की गई है जो एकीकरण के लिए लंबित हैं। इंटरप्रो में स्प्लाइस प्रकारों और यूनिपार्क और यूनिमेस डेटाबेस में निहित प्रोटीन के लिए डेटा भी शामिल है। इंटरप्रो कंसोर्टियम सदस्य डेटाबेस इंटरप्रो के हस्ताक्षर 13 "सदस्य डेटाबेस" से आते हैं, जो नीचे सूचीबद्ध हैं। कैथ-जीन3डी पूर्ण जीनोम में प्रोटीन परिवारों और डोमेन संरचनाओं का वर्णन करता है। प्रोटीन परिवार एक मार्कोव क्लस्टरिंग एल्गोरिदम का उपयोग करके बनाए जाते हैं, जिसके बाद अनुक्रम पहचान के अनुसार बहु-संयोजन क्लस्टरिंग होती है। अनुमानित संरचना और अनुक्रम डोमेन का मानचित्रण सी. ए. टी. एच. और पी. एफ. ए. एम. डोमेन का प्रतिनिधित्व करने वाले छिपे हुए मार्कोव मॉडल पुस्तकालयों का उपयोग करके किया जाता है। कई संसाधनों से प्रोटीन को कार्यात्मक एनोटेशन प्रदान किया जाता है। कार्यात्मक भविष्यवाणी और डोमेन संरचनाओं का विश्लेषण जीन3डी वेबसाइट से उपलब्ध है। सीडीडी संरक्षित डोमेन डेटाबेस एक प्रोटीन एनोटेशन संसाधन है जिसमें प्राचीन डोमेन और पूर्ण-लंबाई वाले प्रोटीन के लिए एनोटेटेड कई अनुक्रम संरेखण मॉडल का संग्रह होता है। ये आरपीएस-ब्लास्ट के माध्यम से प्रोटीन अनुक्रमों में संरक्षित क्षेत्रों की तेजी से पहचान के लिए स्थिति-विशिष्ट स्कोर मैट्रिक्स (पीएसएसएम) के रूप में उपलब्ध हैं। एच. ए. एम. ए. पी. का अर्थ है सूक्ष्मजीव प्रोटिओम के उच्च गुणवत्ता वाले स्वचालित और मैनुअल एनोटेशन। एच. ए. एम. ए. पी. प्रोफाइल विशेषज्ञ क्यूरेटरों द्वारा मैन्युअल रूप से बनाए जाते हैं जो प्रोटीन की पहचान करते हैं जो अच्छी तरह से संरक्षित बैक्टीरिया, आर्कियल और प्लास्टिड-एन्कोडेड (यानी। क्लोरोप्लास्ट, साइनेल, एपिकोप्लास्ट, गैर-फोटोसिंथेटिक प्लास्टिड) प्रोटीन परिवार या उप-परिवार। एम. ओ. बी. डी. बी. प्रोटीन में आंतरिक विकार की व्याख्या करने वाला डेटाबेस है। पैंथर पैंथर प्रोटीन परिवारों का एक बड़ा संग्रह है जिसे मानव विशेषज्ञता का उपयोग करके कार्यात्मक रूप से संबंधित उप-परिवारों में विभाजित किया गया है। ये उप-परिवार प्रोटीन परिवारों के भीतर विशिष्ट कार्यों के विचलन को मॉडल करते हैं, जिससे कार्य (मानव-क्यूरेटेड आणविक कार्य और जैविक प्रक्रिया वर्गीकरण और मार्ग आरेख) के साथ अधिक सटीक संबंध की अनुमति मिलती है, साथ ही कार्यात्मक विशिष्टता के लिए महत्वपूर्ण अमीनो एसिड का अनुमान भी मिलता है। अतिरिक्त प्रोटीन अनुक्रमों को वर्गीकृत करने के लिए प्रत्येक परिवार और उप-परिवार के लिए हिडन मार्कोव मॉडल (एच. एम. एम.) बनाए जाते हैं। पी. एफ. ए. एम. कई सामान्य प्रोटीन डोमेन और परिवारों को शामिल करते हुए कई अनुक्रम संरेखण और छिपे हुए मार्कोव मॉडल का एक बड़ा संग्रह है। पी. आई. आर. एस. एफ. प्रोटीन वर्गीकरण प्रणाली सुपरफैमिलियों से लेकर उप-परिवारों तक अनुक्रम विविधता के कई स्तरों वाला एक नेटवर्क है जो पूर्ण-लंबाई वाले प्रोटीन और डोमेन के विकासवादी संबंध को दर्शाता है। प्राथमिक पी. आई. आर. एस. एफ. वर्गीकरण इकाई समरूपी परिवार है, जिसके सदस्य समरूपी (एक सामान्य पूर्वज से विकसित) और समरूपी (पूर्ण-लंबाई अनुक्रम समानता और एक सामान्य डोमेन वास्तुकला साझा करने वाले) दोनों हैं। प्रिंट्स प्रिंट्स प्रोटीन फिंगरप्रिंट्स का एक संग्रह है। एक फिंगरप्रिंट संरक्षित रूपांकनों का एक समूह है जिसका उपयोग एक प्रोटीन परिवार की विशेषता के लिए किया जाता है; इसकी नैदानिक शक्ति को यूनीप्रोट की पुनरावृत्ति स्कैनिंग द्वारा परिष्कृत किया जाता है। आम तौर पर रूपांकनों को ओवरलैप नहीं किया जाता है, लेकिन एक अनुक्रम के साथ अलग किया जाता है, हालांकि वे 3 डी-स्पेस में सन्निहित हो सकते हैं। उंगलियों के निशान प्रोटीन की परतों और कार्यात्मकताओं को एकल रूपांकनों की तुलना में अधिक लचीले ढंग से और शक्तिशाली रूप से कूटबद्ध कर सकते हैं, उनकी पूर्ण नैदानिक शक्ति रूपांकनों के पड़ोसियों द्वारा प्रदान किए गए पारस्परिक संदर्भ से प्राप्त होती है। PROSITE PROSITE प्रोटीन परिवारों और डोमेन का एक डेटाबेस है। इसमें जैविक रूप से महत्वपूर्ण साइट, पैटर्न और प्रोफाइल शामिल हैं जो विश्वसनीय रूप से यह पहचानने में मदद करते हैं कि एक नया अनुक्रम किस ज्ञात प्रोटीन परिवार (यदि कोई हो) से संबंधित है। स्मार्ट सिंपल मॉड्यूलर आर्किटेक्चर रिसर्च टूल आनुवंशिक रूप से मोबाइल डोमेन की पहचान और एनोटेशन और डोमेन आर्किटेक्चर के विश्लेषण की अनुमति देता है। सिग्नलिंग, एक्स्ट्रासेलुलर और क्रोमैटिन से जुड़े प्रोटीन में पाए जाने वाले 800 से अधिक डोमेन परिवारों का पता लगाया जा सकता है। इन क्षेत्रों को फाइलेटिक वितरण, कार्यात्मक वर्ग, तृतीयक संरचनाओं और कार्यात्मक रूप से महत्वपूर्ण अवशेषों के संबंध में व्यापक रूप से टिप्पणी की जाती है। सुपरफेमिली प्रोफाइल छिपे हुए मार्कोव मॉडल का एक पुस्तकालय है जो ज्ञात संरचना के सभी प्रोटीन का प्रतिनिधित्व करता है। पुस्तकालय प्रोटीन के एस. सी. ओ. पी. वर्गीकरण पर आधारित हैः प्रत्येक मॉडल एक एस. सी. ओ. पी. डोमेन से मेल खाता है और इसका उद्देश्य पूरे एस. सी. ओ. पी. सुपरफ़ैमिली का प्रतिनिधित्व करना है जिससे डोमेन संबंधित है। सुपरफैमिली का उपयोग सभी पूरी तरह से अनुक्रमित जीनोम के लिए संरचनात्मक कार्य करने के लिए किया गया है। एस. एफ. एल. डी. एंजाइमों का एक पदानुक्रमित वर्गीकरण जो विशिष्ट अनुक्रम-संरचना विशेषताओं को विशिष्ट रासायनिक क्षमताओं से संबंधित करता है। टी. आई. जी. आर. एफ. ए. एम. एस. टी. आई. जी. आर. एफ. ए. एम. एस. प्रोटीन परिवारों का एक संग्रह है, जिसमें क्यूरेटेड कई अनुक्रम संरेखण, छिपे हुए मार्कोव मॉडल (एच. एम. एम.) और एनोटेशन शामिल हैं, जो अनुक्रम समरूपता के आधार पर कार्यात्मक रूप से संबंधित प्रोटीन की पहचान करने के लिए एक उपकरण प्रदान करता है। वे प्रविष्टियाँ जो "समतुल्य" समूह के समरूप प्रोटीन हैं जो कार्य के संबंध में संरक्षित हैं। डेटा प्रकार इंटरप्रो में संघ के विभिन्न सदस्यों द्वारा प्रदान किए गए सात प्रकार के डेटा होते हैंः इंटरप्रो प्रविष्टि प्रकार इंटरप्रो प्रविष्टियों को आगे पांच प्रकारों में विभाजित किया जा सकता हैः होमोलॉगस सुपरफैमिलीः प्रोटीन का एक समूह जो एक सामान्य विकासवादी उत्पत्ति साझा करता है जैसा कि उनकी संरचनात्मक समानताओं में देखा गया है, भले ही उनके अनुक्रम अत्यधिक समान न हों। ये प्रविष्टियाँ विशेष रूप से केवल दो सदस्य डेटाबेस द्वारा प्रदान की जाती हैंः कैथ-जीन3डी और सुपरफैमिली। परिवारः प्रोटीनों का एक समूह जिसमें संरचनात्मक समानताओं, संबंधित कार्यों या अनुक्रम समरूपता के माध्यम से निर्धारित एक सामान्य विकासवादी उत्पत्ति होती है। डोमेनः एक विशेष कार्य, संरचना या अनुक्रम के साथ एक प्रोटीन में एक अलग इकाई। दोहराएँः अमीनो एसिड का एक क्रम, जो आमतौर पर 50 अमीनो एसिड से अधिक नहीं होता है, जो एक प्रोटीन में कई बार दोहराया जाता है। साइटः अमीनो एसिड का एक छोटा अनुक्रम जहां कम से कम एक अमीनो एसिड संरक्षित है। इनमें अनुवाद के बाद संशोधन साइटें, संरक्षित साइटें, बाध्यकारी साइटें और सक्रिय साइटें शामिल हैं। अभिगम डेटाबेस एक वेब सर्वर के माध्यम से पाठ-और अनुक्रम-आधारित खोजों के लिए और अनाम एफ़. टी. पी. के माध्यम से डाउनलोड करने के लिए उपलब्ध है। अन्य ईबीआई डेटाबेस की तरह, यह सार्वजनिक क्षेत्र में है, क्योंकि इसकी सामग्री का उपयोग "किसी भी व्यक्ति द्वारा और किसी भी उद्देश्य के लिए" किया जा सकता है। इंटरप्रो का उद्देश्य हर 8 सप्ताह में जनता के लिए डेटा जारी करना है, आमतौर पर उसी प्रोटीन के यूनीप्रोटकेबी रिलीज के एक दिन के भीतर। इंटरप्रो एप्लिकेशन प्रोग्रामिंग इंटरफेस (एपीआई) इंटरप्रो सभी इंटरप्रो प्रविष्टियों और जेसन प्रारूप में उनकी संबंधित प्रविष्टियों तक प्रोग्रामेटिक पहुंच के लिए एक एपीआई प्रदान करता है। विभिन्न इंटरप्रो डेटा प्रकारों के अनुरूप एपीआई के लिए छह मुख्य अंतिम बिंदु हैंः प्रविष्टि, प्रोटीन, संरचना, वर्गीकरण, प्रोटिओम और सेट। इंटरप्रोस्कैन एक सॉफ्टवेयर पैकेज है जो उपयोगकर्ताओं को सदस्य डेटाबेस हस्ताक्षरों के खिलाफ अनुक्रमों को स्कैन करने की अनुमति देता है। उपयोगकर्ता इस हस्ताक्षर स्कैनिंग सॉफ्टवेयर का उपयोग नए न्यूक्लियोटाइड या प्रोटीन अनुक्रमों को कार्यात्मक रूप से चिह्नित करने के लिए कर सकते हैं। इंटरप्रोस्कैन का उपयोग अक्सर जीनोम परियोजनाओं में किया जाता है ताकि रुचि के जीनोम का "फर्स्ट-पास" लक्षण वर्णन प्राप्त किया जा सके। इंटरप्रोस्कैन (v5. x) का सार्वजनिक संस्करण जावा-आधारित वास्तुकला का उपयोग करता है। सॉफ्टवेयर पैकेज वर्तमान में केवल 64-बिट लिनक्स ऑपरेटिंग सिस्टम पर समर्थित है। इंटरप्रोस्कैन, कई अन्य ई. एम. बी. एल.-ई. बी. आई. जैव सूचना विज्ञान उपकरणों के साथ, आर. ई. एस. टी. एफ. एल. और एस. ओ. ए. पी. वेब सेवा ए. पी. आई. का उपयोग करके प्रोग्राम के रूप में भी पहुँचा जा सकता है। अज्ञात कार्य का प्रोटीन परिवार डोमेन भी देखें अनुक्रम रूपांकन संदर्भ बाहरी लिंक-वेब सर्वर जैविक डेटाबेस प्रोटीन वर्गीकरण कैम्ब्रिजशायर दक्षिण कैम्ब्रिजशायर जिले में विज्ञान और प्रौद्योगिकी