Sirius visualization software
सिरियस सैन डिएगो सुपर कंप्यूटर सेंटर में विकसित एक आणविक मॉडलिंग और विश्लेषण प्रणाली है। सिरियस को उन्नत उपयोगकर्ता आवश्यकताओं का समर्थन करने के लिए डिज़ाइन किया गया है जो छोटे अणुओं और प्रोटीन के सरल प्रदर्शन से परे है। सिरियस उच्च गुणवत्ता वाले इंटरैक्टिव 3डी ग्राफिक्स, संरचना निर्माण, प्रोटीन या डीएनए प्राथमिक अनुक्रमों को प्रदर्शित करने, दूरस्थ डेटा स्रोतों तक पहुंच और आणविक गतिशीलता प्रक्षेपवक्रों की कल्पना करने का समर्थन करता है। इसका उपयोग वैज्ञानिक दृश्य और विश्लेषण, और रसायन विज्ञान और जीव विज्ञान निर्देश के लिए किया जा सकता है। यह सॉफ्टवेयर अब 2011 तक समर्थित नहीं है। प्रमुख विशेषताएँ सिरियस विशेषताओं के एक समूह के साथ विभिन्न प्रकार के अनुप्रयोगों का समर्थन करता है, जिनमें शामिल हैंः टुकड़ों के पुस्तकालय का उपयोग करके रासायनिक संरचनाओं का निर्माण और संपादन प्रोटीन संरचना और अनुक्रम संरेखण कमांड लाइन दुभाषिया और स्क्रिप्टिंग समर्थन मौजूदा रासमोल लिपियों के साथ पूरी तरह से संगत है आणविक गतिकी प्रक्षेपवक्र के लिए पूर्ण समर्थन जो सीधे प्रोटीन डेटा बैंक और यूनीप्रोट डेटाबेस में ब्लास्ट खोज की कल्पना करता है हाइड्रोजन बंधन, स्टेरिक क्लैश, रामचंद्रन प्लॉट्स की बाकी इंटरैक्टिव गणना को फ्रीज करते हुए लोड किए गए डेटा के कुछ हिस्सों को स्थानांतरित करने की क्षमता सभी प्रमुख संरचना और अनुक्रम प्रारूपों के लिए समर्थन फोटोरियलिस्टिक छवियों को बनाने के लिए बंडल किए गए पीओवी-रे एकीकृत चयन और व्यक्तिगत दृश्य घटकों में रंग सिरियस आणविक ग्राफिक्स कोड और आणविक जीव विज्ञान टूलकिट के एक भाग के रूप में विकसित डेटा संरचनाओं पर आधारित है। रासमोल-संगत स्क्रिप्टिंग सिरियस में एक कमांड लाइन दुभाषिया है जिसका उपयोग संरचना की उपस्थिति और अभिविन्यास में जल्दी से हेरफेर करने के लिए किया जा सकता है। आदेशों के समूह को रासमोल के बाद बनाया गया है, इसलिए यह मौजूदा लिपियों के साथ पूरी तरह से संगत है। सिरियस में शुरू किए गए जोड़े गए आदेश एक ही समय में लोड की गई कई संरचनाओं में हेरफेर करने के लिए समर्थन प्रदान करते हैं, और अधिक लचीले चयन को सक्षम करते हैं। एन्कोडेड आणविक दृश्यों के उच्च गुणवत्ता वाले प्रतिनिधित्व का उत्पादन करने के लिए वर्तमान रासमोल लिपियों को आयात किया जा सकता है और सिरियस के भीतर चलाया जा सकता है। चूँकि रासमोल एक समन्वय प्रणाली का उपयोग करता है जो उस सिरियस से अलग है, आंतरिक रूपांतरण तब किया जाता है जब रासमोल लिपियों को आयात किया जाता है, ताकि किसी भी अभिविन्यास परिवर्तन को सही ढंग से दिखाया जा सके। हालांकि, हाथ से दर्ज किए गए किसी भी आदेश को सिरियस समन्वय प्रणाली के अनुसार निष्पादित किया जाता है। सिरियस कई पूर्वनिर्धारित परमाणु-अवशेष सेट और रंग योजनाओं का समर्थन करता है, कमांड पैनल इंटरफेस का उपयोग करके स्क्रिप्ट के संपादन की अनुमति देता है, और तार्किक ऑपरेटरों और कोष्ठकों का उपयोग जटिल चयन आदेश बनाने के लिए किया जा सकता है। आणविक गतिकी प्रक्षेपवक्रों की कल्पना करते हुए सिरियस में एक पूर्ण विशेषताओं वाला आणविक गतिकी दृश्य घटक होता है। यह संपीड़ित और ए. एम. बी. ई. आर. आउट फ़ाइलों सहित ए. एम. बी. ई. आर. और सी. एच. ए. आर. एम. एम. सिमुलेशन से आउटपुट फ़ाइलों को पढ़ सकता है। प्रक्षेपवक्र के साथ आर. एम. एस. डी. परिवर्तनों की गणना उपयोगकर्ता-परिभाषित परमाणु उपसमुच्चय का उपयोग करके की जा सकती है और एक अंतःक्रियात्मक रूप से अद्यतन ग्राफ में प्रदर्शित की जा सकती है। स्मृति आवश्यकताओं को कम करने के लिए, बड़े मल्टीफाइल सिमुलेशन को बफर मोड में लोड किया जा सकता है। यदि एक अनुकरण में प्रोटीन तह में परिवर्तन शामिल हैं, तो सिरियस को वास्तविक समय में प्रदर्शित माध्यमिक संरचना सुविधाओं को ट्रैक करने और पुनः गणना करने के लिए सेट किया जा सकता है, जो संरचना के परिवर्तनों का निरीक्षण करने का एक सुविधाजनक तरीका प्रदान करता है। पूर्ण प्रक्षेपवक्र या चयनित फ्रेम को क्विकटाइम वीडियो या पी. ओ. वी.-रे दृश्य स्नैपशॉट के एक सेट के रूप में निर्यात किया जा सकता है जिसे बाद में एक उच्च गुणवत्ता वाली फिल्म में परिवर्तित किया जा सकता है। सिरियस तक पहुँच और डाउनलोड परियोजना वेबसाइट से शैक्षणिक और गैर-लाभकारी संगठनों से संबद्ध व्यक्तियों को स्वतंत्र रूप से वितरित किया जाता है। नेटिव डेस्कटॉप एप्लीकेशन इंस्टॉलर विंडोज, लिनक्स और मैकओएस के लिए उपलब्ध हैं। आणविक यांत्रिकी मॉडलिंग के लिए सॉफ्टवेयर की तुलना भी देखें आणविक ग्राफिक्स प्रणालियों की सूची आणविक संपादक आणविक मॉडलिंग आणविक ग्राफिक्स आणविक गतिकी संदर्भ बाहरी लिंक आधिकारिक वेबसाइट का इंटरनेट अभिलेखागार आणविक जीव विज्ञान टूलकिट सैन डिएगो सुपर कंप्यूटर सेंटर यूनिवर्सिटी ऑफ कैलिफोर्निया सैन डिएगो आणविक मॉडलिंग सॉफ्टवेयर