Protein domain
आणविक जीवविज्ञान में, एक प्रोटीन क्षेत्र प्रोटीन की पॉलीपेप्टाइड श्रृंखला का एक क्षेत्र है जो आत्म-स्थिर है और जो बाकी से स्वतंत्र रूप से तह करता है। प्रत्येक डोमेन एक कॉम्पैक्ट फोल्डेड त्रि-आयामी संरचना बनाता है। कई प्रोटीन में कई डोमेन होते हैं, और एक डोमेन विभिन्न प्रकार के प्रोटीन में दिखाई दे सकता है। आणविक विकास डोमेन का उपयोग निर्माण खंडों के रूप में करता है और इन्हें विभिन्न कार्यों के साथ प्रोटीन बनाने के लिए विभिन्न व्यवस्थाओं में पुनः संयोजित किया जा सकता है। सामान्य तौर पर, क्षेत्र की लंबाई लगभग 50 एमिनो एसिड से लेकर 250 एमिनो एसिड तक होती है। जस्ता उंगलियों जैसे सबसे छोटे क्षेत्र धातु आयनों या डाईसल्फ़ाइड पुलों द्वारा स्थिर किए जाते हैं। डोमेन अक्सर कार्यात्मक इकाइयों का निर्माण करते हैं, जैसे कि कैलमोडुलिन का कैल्शियम-बाइंडिंग ई. एफ. हैंड डोमेन। चूँकि वे स्वतंत्र रूप से स्थिर हैं, इसलिए चिमेरिक प्रोटीन बनाने के लिए आनुवंशिक इंजीनियरिंग द्वारा एक प्रोटीन और दूसरे के बीच डोमेन की "अदला-बदली" की जा सकती है। पृष्ठभूमि डोमेन की अवधारणा पहली बार 1973 में वेटलाउफर द्वारा मुर्गी लाइसोजाइम और पापेन के एक्स-रे क्रिस्टलोग्राफिक अध्ययनों के बाद और इम्यूनोग्लोबुलिन के सीमित प्रोटीयोलिसिस अध्ययनों द्वारा प्रस्तावित की गई थी। वेटलाउफर ने डोमेन को प्रोटीन संरचना की स्थिर इकाइयों के रूप में परिभाषित किया जो स्वायत्त रूप से मोड़ सकते हैं। अतीत में डोमेन को इकाइयों के रूप में वर्णित किया गया हैः कॉम्पैक्ट स्ट्रक्चर फंक्शन और इवोल्यूशन फोल्डिंग। प्रत्येक परिभाषा मान्य है और अक्सर ओवरलैप होगी, अर्थात। एक सघन संरचनात्मक क्षेत्र जो विविध प्रोटीनों के बीच पाया जाता है, उसके संरचनात्मक वातावरण के भीतर स्वतंत्र रूप से मोड़ने की संभावना है। प्रकृति अक्सर संभावनाओं की एक विशाल संख्या के साथ बहु-डोमेन और बहु-कार्यात्मक प्रोटीन बनाने के लिए कई क्षेत्रों को एक साथ लाती है। मल्टीडोमेन प्रोटीन में, प्रत्येक डोमेन स्वतंत्र रूप से या अपने पड़ोसियों के साथ मिलकर अपने स्वयं के कार्य को पूरा कर सकता है। डोमेन या तो वायरस कणों या मांसपेशियों के तंतुओं जैसे बड़े संयोजनों के निर्माण के लिए मॉड्यूल के रूप में काम कर सकते हैं, या एंजाइम या नियामक प्रोटीन में पाए जाने वाले विशिष्ट उत्प्रेरक या बंधन स्थल प्रदान कर सकते हैं। उदाहरण-पायरूवेट किनेज एक उपयुक्त उदाहरण है पायरूवेट किनेज (पहला चित्र देखें), एक ग्लाइकोलिटिक एंजाइम जो फ्रुक्टोज-1,6-बाइफॉस्फेट से पायरूवेट तक के प्रवाह को नियंत्रित करने में महत्वपूर्ण भूमिका निभाता है। इसमें एक ऑल-बीटा न्यूक्लियोटाइड-बाइंडिंग डोमेन (नीले रंग में), एक α/β-सब्सट्रेट बाइंडिंग डोमेन (ग्रे रंग में) और एक α/β-रेगुलेटरी डोमेन (ऑलिव ग्रीन में) होता है, जो कई पॉलीपेप्टाइड लिंकरों द्वारा जुड़ा होता है। इस प्रोटीन में प्रत्येक क्षेत्र प्रोटीन परिवारों के विभिन्न समूहों में पाया जाता है। केंद्रीय α/β-बैरल सब्सट्रेट बाइंडिंग डोमेन सबसे आम एंजाइम फोल्ड्स में से एक है। यह कई अलग-अलग एंजाइम परिवारों में देखा जाता है जो पूरी तरह से असंबंधित प्रतिक्रियाओं को उत्प्रेरित करते हैं। α/β-बैरल को आमतौर पर TIM बैरल कहा जाता है जिसका नाम ट्रायोज फॉस्फेट आइसोमरेज़ के नाम पर रखा गया है, जो हल की जाने वाली पहली ऐसी संरचना थी। वर्तमान में इसे सी. ए. टी. एच. डोमेन डेटाबेस में 26 समरूप परिवारों में वर्गीकृत किया गया है। टीआईएम बैरल β-α-β रूपांकनों के एक अनुक्रम से बनता है जो पहले और अंतिम स्ट्रैंड हाइड्रोजन बंधन द्वारा एक साथ बंद किया जाता है, जिससे आठ फंसे हुए बैरल बनते हैं। इस क्षेत्र की विकासवादी उत्पत्ति के बारे में बहस है। एक अध्ययन ने सुझाव दिया है कि एक एकल पैतृक एंजाइम कई परिवारों में अलग हो सकता है, जबकि एक अन्य सुझाव देता है कि एक स्थिर टीआईएम-बैरल संरचना अभिसारी विकास के माध्यम से विकसित हुई है। पायरूवेट काइनेज में टी. आई. एम.-बैरल 'असंतत' है, जिसका अर्थ है कि डोमेन बनाने के लिए पॉलीपेप्टाइड के एक से अधिक खंड की आवश्यकता होती है। यह प्रोटीन के विकास के दौरान एक क्षेत्र को दूसरे क्षेत्र में डालने का परिणाम होने की संभावना है। ज्ञात संरचनाओं से यह पता चला है कि लगभग एक चौथाई संरचनात्मक क्षेत्र असंतत हैं। अंतःस्थापित β-बैरल नियामक क्षेत्र 'निरंतर' है, जो पॉलीपेप्टाइड के एकल खंड से बना है। प्रोटीन संरचना की इकाइयाँ एक प्रोटीन की प्राथमिक संरचना (अमीनो एसिड की स्ट्रिंग) अंततः इसकी विशिष्ट रूप से मुड़े हुए त्रि-आयामी (3डी) संरचना को कूटबद्ध करती है। 3डी संरचना में प्रोटीन के तह को नियंत्रित करने वाला सबसे महत्वपूर्ण कारक ध्रुवीय और गैर-ध्रुवीय पार्श्व श्रृंखलाओं का वितरण है। जलीय वातावरण के संपर्क से बचने के लिए अणु के अंदरूनी हिस्से में हाइड्रोफोबिक साइड चेन को दफन करके तह किया जाता है। आम तौर पर प्रोटीन में हाइड्रोफोबिक अवशेषों का एक मूल होता है जो हाइड्रोफिलिक अवशेषों के खोल से घिरा होता है। चूँकि पेप्टाइड बंधन स्वयं ध्रुवीय होते हैं, वे हाइड्रोफोबिक वातावरण में एक दूसरे के साथ हाइड्रोजन बंधन द्वारा बेअसर हो जाते हैं। यह पॉलीपेप्टाइड के क्षेत्रों को जन्म देता है जो माध्यमिक संरचना नामक नियमित 3 डी संरचनात्मक पैटर्न बनाते हैं। द्वितीयक संरचना के दो मुख्य प्रकार हैंः α-हेलिसेस और β-शीट्स। द्वितीयक संरचना तत्वों के कुछ सरल संयोजन अक्सर प्रोटीन संरचना में पाए जाते हैं और इन्हें सुपरसेकंडरी संरचना या रूपांकनों के रूप में संदर्भित किया जाता है। उदाहरण के लिए, β-हेयरपिन मोटिफ में दो आसन्न एंटीपैरलल β-स्ट्रैंड होते हैं जो एक छोटे लूप से जुड़े होते हैं। यह अधिकांश एंटीपैरल β संरचनाओं में एक पृथक रिबन के रूप में और अधिक जटिल β-शीट के हिस्से के रूप में मौजूद है। एक अन्य आम अति-द्वितीयक संरचना β-α-β रूपांकन है, जिसका उपयोग अक्सर दो समानांतर β-स्ट्रैंड को जोड़ने के लिए किया जाता है। केंद्रीय α-हेलिक्स पहले स्ट्रैंड के C-टर्मिनल को दूसरे स्ट्रैंड के N-टर्मिनल से जोड़ता है, अपनी साइड चेन को β-शीट के खिलाफ पैक करता है और इसलिए सतह से β-स्ट्रैंड के हाइड्रोफोबिक अवशेषों को बचाता है। दो क्षेत्रों का सहसंयोजक संबंध एक कार्यात्मक और संरचनात्मक लाभ का प्रतिनिधित्व करता है क्योंकि गैर-सहसंयोजक रूप से जुड़ी समान संरचनाओं की तुलना में स्थिरता में वृद्धि होती है। अन्य, फायदे अंतर-डोमेन एंजाइमेटिक दरारों के भीतर मध्यवर्ती की सुरक्षा हैं जो अन्यथा जलीय वातावरण में अस्थिर हो सकते हैं, और प्रतिक्रियाओं के अनुक्रमिक सेट के लिए आवश्यक एंजाइमेटिक गतिविधि का एक निश्चित स्टोइकोमेट्रिक अनुपात आवश्यक है। संरचनात्मक संरेखण क्षेत्र निर्धारित करने के लिए एक महत्वपूर्ण उपकरण है। तृतीयक संरचना कई रूपांकनों को एक साथ पैक करके कॉम्पैक्ट, स्थानीय, अर्ध-स्वतंत्र इकाइयाँ बनाई जाती हैं जिन्हें डोमेन कहा जाता है। पॉलीपेप्टाइड श्रृंखला की समग्र 3डी संरचना को प्रोटीन की तृतीयक संरचना के रूप में संदर्भित किया जाता है। डोमेन तृतीयक संरचना की मौलिक इकाइयाँ हैं, प्रत्येक डोमेन में लूप क्षेत्रों द्वारा जुड़ी माध्यमिक संरचनात्मक इकाइयों से निर्मित एक व्यक्तिगत हाइड्रोफोबिक कोर होता है। पॉलीपेप्टाइड की पैकिंग आमतौर पर डोमेन के बाहरी हिस्से की तुलना में अंदर की ओर बहुत सख्त होती है जो एक ठोस जैसी कोर और एक तरल जैसी सतह का उत्पादन करती है। कोर अवशेषों को अक्सर एक प्रोटीन परिवार में संरक्षित किया जाता है, जबकि लूप में अवशेष कम संरक्षित होते हैं, जब तक कि वे प्रोटीन के कार्य में शामिल न हों। प्रोटीन तृतीयक संरचना को क्षेत्र की द्वितीयक संरचनात्मक सामग्री के आधार पर चार मुख्य वर्गों में विभाजित किया जा सकता है। सभी-α डोमेन में विशेष रूप से α-हेलिसेस से निर्मित एक डोमेन कोर होता है। इस वर्ग में छोटे तहों का वर्चस्व है, जिनमें से कई ऊपर और नीचे चलने वाले हेलिक्स के साथ एक साधारण बंडल बनाते हैं। ऑल-बीटा डोमेन में एक कोर होता है जो एंटीपैरल β-शीट से बना होता है, आमतौर पर दो शीट एक दूसरे के खिलाफ पैक किए जाते हैं। तारों की व्यवस्था में विभिन्न प्रतिरूपों की पहचान की जा सकती है, जो अक्सर आवर्ती रूपांकनों की पहचान को जन्म देते हैं, उदाहरण के लिए यूनानी प्रमुख रूपांकन। α + β डोमेन सभी-α और सभी-β रूपांकनों का मिश्रण हैं। अन्य तीन वर्गों के ओवरलैप होने के कारण इस वर्ग में प्रोटीन का वर्गीकरण करना मुश्किल है और इसलिए इसका उपयोग सीएटीएच डोमेन डेटाबेस में नहीं किया जाता है। α/β डोमेन β-α-β रूपांकनों के संयोजन से बने होते हैं जो मुख्य रूप से एम्फीपैथिक α-हेलिक्स से घिरे एक समानांतर β-शीट बनाते हैं। द्वितीयक संरचनाओं को परतों या बैरल में व्यवस्थित किया जाता है। आकार डोमेन पर सीमाएँ आकार पर सीमाएँ हैं। अलग-अलग संरचनात्मक क्षेत्रों का आकार ई-सेलेक्टिन में 36 अवशेषों से लेकर लाइपोक्सीजेनेस-1 में 692 अवशेषों तक भिन्न होता है, लेकिन अधिकांश, 90 प्रतिशत, में औसतन लगभग 100 अवशेषों के साथ 200 से कम अवशेष होते हैं। बहुत छोटे क्षेत्र, 40 से कम अवशेष, अक्सर धातु आयनों या डाइसल्फ़ाइड बंधनों द्वारा स्थिर किए जाते हैं। 300 से अधिक अवशेषों वाले बड़े क्षेत्रों में कई हाइड्रोफोबिक कोर होने की संभावना है। चतुर्धातुक संरचना कई प्रोटीनों में एक चतुर्धातुक संरचना होती है, जिसमें कई पॉलीपेप्टाइड श्रृंखलाएँ होती हैं जो एक ऑलिगोमेरिक अणु में जुड़ती हैं। इस तरह के प्रोटीन में प्रत्येक पॉलीपेप्टाइड श्रृंखला को सबयूनिट कहा जाता है। उदाहरण के लिए, हीमोग्लोबिन में दो α और दो β उप-इकाइयाँ होती हैं। चार जंजीरों में से प्रत्येक में एक हेम पॉकेट के साथ एक ऑल-ए ग्लोबिन फोल्ड होता है। डोमेन अदला-बदली ओलिगोमेरिक सभाओं के निर्माण के लिए एक तंत्र है। डोमेन अदला-बदली में, एक मोनोमेरिक प्रोटीन के एक द्वितीयक या तृतीयक तत्व को दूसरे प्रोटीन के समान तत्व द्वारा प्रतिस्थापित किया जाता है। डोमेन अदला-बदली माध्यमिक संरचना तत्वों से लेकर पूरे संरचनात्मक डोमेन तक हो सकती है। यह ऑलिगोमेराइजेशन द्वारा कार्यात्मक अनुकूलन के लिए विकास के एक मॉडल का भी प्रतिनिधित्व करता है, जैसे। ओलिगोमेरिक एंजाइम जिनका सबयूनिट इंटरफेस पर सक्रिय स्थान होता है। विकासवादी मॉड्यूल के रूप में क्षेत्र प्रकृति एक टिंकर है और एक आविष्कारक नहीं है, नए अनुक्रमों को आविष्कार के बजाय पहले से मौजूद अनुक्रमों से अनुकूलित किया जाता है। डोमेन प्रकृति द्वारा नए अनुक्रम उत्पन्न करने के लिए उपयोग की जाने वाली सामान्य सामग्री है; उन्हें आनुवंशिक रूप से गतिशील इकाइयों के रूप में सोचा जा सकता है, जिन्हें 'मॉड्यूल' कहा जाता है। अक्सर, डोमेन के सी और एन टर्मिनस अंतरिक्ष में एक दूसरे के करीब होते हैं, जिससे उन्हें विकास की प्रक्रिया के दौरान आसानी से मूल संरचनाओं में "स्लॉट" किया जा सकता है। कई क्षेत्र परिवार जीवन के तीनों रूपों, आर्किया, बैक्टीरिया और यूकेरिया में पाए जाते हैं। प्रोटीन मॉड्यूल प्रोटीन डोमेन का एक उपसमुच्चय है जो विशेष रूप से बहुमुखी संरचना के साथ विभिन्न प्रोटीनों की एक श्रृंखला में पाया जाता है। थक्का जमने, फाइब्रिनोलिसिस, पूरक, बाह्य कोशिकीय मैट्रिक्स, कोशिका सतह आसंजन अणुओं और साइटोकिन रिसेप्टर्स से जुड़े बाह्य कोशिकीय प्रोटीनों के बीच उदाहरण पाए जा सकते हैं। व्यापक प्रोटीन मॉड्यूल के चार ठोस उदाहरण निम्नलिखित क्षेत्र हैंः एसएच2, इम्यूनोग्लोबुलिन, फाइब्रोनेक्टिन प्रकार 3 और क्रिंगल। आणविक विकास समान अनुक्रम और संरचना वाले संबंधित प्रोटीनों के परिवारों को जन्म देता है। हालांकि, एक ही संरचना साझा करने वाले प्रोटीनों के बीच अनुक्रम समानताएं बेहद कम हो सकती हैं। प्रोटीन संरचनाएँ समान हो सकती हैं क्योंकि प्रोटीन एक सामान्य पूर्वज से अलग हो गए हैं। वैकल्पिक रूप से, कुछ परतें दूसरों की तुलना में अधिक अनुकूल हो सकती हैं क्योंकि वे माध्यमिक संरचनाओं की स्थिर व्यवस्था का प्रतिनिधित्व करती हैं और कुछ प्रोटीन विकास के दौरान इन परतों की ओर अभिसरण कर सकते हैं। वर्तमान में प्रोटीन डेटा बैंक (पी. डी. बी.) के भीतर लगभग 110,000 प्रायोगिक रूप से निर्धारित प्रोटीन 3डी संरचनाएं जमा हैं। हालाँकि, इस समूह में कई समान या बहुत समान संरचनाएँ हैं। सभी प्रोटीनों को उनके विकासवादी संबंधों को समझने के लिए संरचनात्मक परिवारों में वर्गीकृत किया जाना चाहिए। संरचनात्मक तुलनाएँ क्षेत्र स्तर पर सबसे अच्छी तरह से प्राप्त की जाती हैं। इस कारण से ज्ञात 3डी संरचना के साथ प्रोटीन में डोमेन को स्वचालित रूप से निर्दिष्ट करने के लिए कई एल्गोरिदम विकसित किए गए हैं (देखें)। के. ए. टी. एच. डोमेन डेटाबेस डोमेन को लगभग 800 गुना परिवारों में वर्गीकृत करता है; इनमें से दस गुना अत्यधिक आबादी वाले हैं और इन्हें 'सुपर-फोल्ड' के रूप में संदर्भित किया जाता है। सुपर-फोल्ड्स को ऐसे फोल्ड्स के रूप में परिभाषित किया जाता है जिनके लिए महत्वपूर्ण अनुक्रम समानता के बिना कम से कम तीन संरचनाएँ होती हैं। सबसे अधिक आबादी वाला α/β-बैरल सुपर-फोल्ड है, जैसा कि पहले वर्णित है। मल्टीडोमेन प्रोटीन अधिकांश प्रोटीन, एककोशिकीय जीवों में दो-तिहाई और मेटाज़ोआ में 80 प्रतिशत से अधिक, मल्टीडोमेन प्रोटीन हैं। हालांकि, अन्य अध्ययनों ने निष्कर्ष निकाला कि 40 प्रतिशत प्रोकैरियोटिक प्रोटीन में कई डोमेन होते हैं जबकि यूकेरियोट्स में लगभग 65 प्रतिशत बहु-डोमेन प्रोटीन होते हैं। यूकेरियोटिक मल्टीडोमेन प्रोटीन में कई डोमेन प्रोकैरियोट्स में स्वतंत्र प्रोटीन के रूप में पाए जा सकते हैं, यह सुझाव देते हुए कि मल्टीडोमेन प्रोटीन में डोमेन कभी स्वतंत्र प्रोटीन के रूप में मौजूद थे। उदाहरण के लिए, कशेरुकी जीवों में एक बहु-एंजाइम पॉलीपेप्टाइड होता है जिसमें जी. ए. आर. सिंथेटेज, ए. आई. आर. सिंथेटेज और जी. ए. आर. ट्रांसफॉर्माइलेज डोमेन होते हैं (जी. ए. आर.-ए. आई. आर.-जी. ए. आर. टी.; जी. ए. आर.: ग्लाइसिनामाइड रिबोन्यूक्लियोटाइड सिंथेटेज/ट्रांसफर; ए. आई. आर.: एमिनोइमिडाज़ोल रिबोन्यूक्लियोटाइड सिंथेटेज)। कीटों में, पॉलीपेप्टाइड जी. ए. आर.-(ए. आई. आर.) 2-जी. ए. आर. टी. के रूप में दिखाई देता है, खमीर में जी. ए. आर.-ए. आई. आर. जी. ए. आर. टी. से अलग एन्कोड किया जाता है, और बैक्टीरिया में प्रत्येक डोमेन को अलग से एन्कोड किया जाता है। नए कार्यों को बनाने के लिए विकास के दौरान चयनात्मक दबाव से मल्टीडोमेन प्रोटीन के उभरने की संभावना है। विभिन्न प्रोटीन विभिन्न संयोजनों और क्षेत्रों के संघों द्वारा सामान्य पूर्वजों से अलग हो गए हैं। मॉड्यूलर इकाइयाँ अक्सर आनुवंशिक फेरबदल के तंत्र के माध्यम से जैविक प्रणालियों के भीतर और बीच में चलती हैंः क्षैतिज स्थानांतरण (प्रजातियों के बीच) सहित गतिशील तत्वों का स्थानांतरण; व्युत्क्रम, स्थानांतरण, विलोपन और दोहराव जैसे सकल पुनर्व्यवस्था; समरूप पुनर्संयोजन; प्रतिकृति के दौरान डीएनए पोलीमरेज़ का फिसलन। संगठन के प्रकार प्रोटीन में देखा जाने वाला सबसे सरल मल्टीडोमेन संगठन एक एकल डोमेन का है जिसे एक साथ दोहराया जाता है। डोमेन एक दूसरे के साथ अंतःक्रिया कर सकते हैं (डोमेन-डोमेन अंतःक्रिया) या अलग-थलग रह सकते हैं, जैसे स्ट्रिंग पर मोती। विशाल 30,000 अवशिष्ट मांसपेशी प्रोटीन टाइटिन में लगभग 120 फाइब्रोनेक्टिन-III-प्रकार और Ig-प्रकार के क्षेत्र शामिल हैं। सेरीन प्रोटीज में, एक जीन डुप्लिकेशन घटना से दो बीटा-बैरल डोमेन एंजाइम का निर्माण हुआ है। पुनरावृत्तियाँ इतनी व्यापक रूप से अलग हो गई हैं कि उनके बीच कोई स्पष्ट अनुक्रम समानता नहीं है। सक्रिय स्थल दो बीटा-बैरल डोमेन के बीच एक दरार पर स्थित है, जिसमें प्रत्येक डोमेन से कार्यात्मक रूप से महत्वपूर्ण अवशेषों का योगदान दिया जाता है। काइमोट्रिप्सिन सेरीन प्रोटीज के आनुवंशिक रूप से इंजीनियर उत्परिवर्तकों में कुछ प्रोटीनेज गतिविधि दिखाई गई थी, भले ही उनके सक्रिय साइट अवशेषों को समाप्त कर दिया गया था और इसलिए यह माना गया है कि दोहराव घटना एंजाइम की गतिविधि को बढ़ाती है। मॉड्यूल अक्सर अलग-अलग संपर्क संबंधों को प्रदर्शित करते हैं, जैसा कि किनेसिन और एबीसी ट्रांसपोर्टरों द्वारा चित्रित किया गया है। काइनेसिन मोटर क्षेत्र एक पॉलीपेप्टाइड श्रृंखला के किसी भी छोर पर हो सकता है जिसमें एक कुंडलित-कुंडल क्षेत्र और एक माल क्षेत्र शामिल है। ए. बी. सी. ट्रांसपोर्टरों को चार डोमेन के साथ बनाया जाता है जिसमें दो असंबंधित मॉड्यूल, ए. टी. पी.-बाइंडिंग कैसेट और एक अभिन्न झिल्ली मॉड्यूल होते हैं, जिन्हें विभिन्न संयोजनों में व्यवस्थित किया जाता है। न केवल डोमेन पुनर्संयोजन करते हैं, बल्कि एक डोमेन को दूसरे में डालने के कई उदाहरण हैं। अन्य डोमेन के लिए अनुक्रम या संरचनात्मक समानताएं दर्शाती हैं कि अंतःस्थापित और मूल डोमेन के समरूप स्वतंत्र रूप से मौजूद हो सकते हैं। एक उदाहरण पोल I परिवार के पोलीमरेज़ के भीतर 'हथेली' क्षेत्र में डाली गई 'उंगलियों' का है। चूँकि एक डोमेन को दूसरे में डाला जा सकता है, इसलिए एक मल्टीडोमेन प्रोटीन में हमेशा कम से कम एक निरंतर डोमेन होना चाहिए। संरचनात्मक क्षेत्रों और विकासवादी/कार्यात्मक क्षेत्रों की परिभाषाओं के बीच यह मुख्य अंतर है। एक विकासवादी डोमेन डोमेन के बीच एक या दो कनेक्शन तक सीमित होगा, जबकि संरचनात्मक डोमेन में एक सामान्य कोर के अस्तित्व के दिए गए मानदंड के भीतर असीमित कनेक्शन हो सकते हैं। कई संरचनात्मक क्षेत्रों को एक विकासवादी क्षेत्र को सौंपा जा सकता है। एक सुपरडोमेन में नाममात्र स्वतंत्र मूल के दो या दो से अधिक संरक्षित डोमेन होते हैं, लेकिन बाद में एक एकल संरचनात्मक/कार्यात्मक इकाई के रूप में विरासत में मिले। यह संयुक्त सुपरडोमेन विविध प्रोटीनों में हो सकता है जो अकेले जीन दोहराव से संबंधित नहीं हैं। सुपरडोमेन का एक उदाहरण पीटीईएन, टेंसिन, ऑक्सीलिन और झिल्ली प्रोटीन टीपीटीई2 में प्रोटीन टायरोसिन फॉस्फेट-सी2 डोमेन जोड़ी है। यह सुपरडोमेन जानवरों, पौधों और कवक में प्रोटीन में पाया जाता है। पी. टी. पी.-सी. 2 सुपरडोमेन की एक प्रमुख विशेषता डोमेन इंटरफेस में एमिनो एसिड अवशेष संरक्षण है। डोमेन स्वायत्त फोल्डिंग इकाइयाँ हैं फोल्डिंग प्रोटीन फोल्डिंग-अनसुलझी समस्याः 1960 के दशक की शुरुआत में एनफिनसेन के मौलिक कार्य के बाद से, उस तंत्र को पूरी तरह से समझने का लक्ष्य जिसके द्वारा एक पॉलीपेप्टाइड तेजी से अपने स्थिर मूल संरचना में फोल्ड हो जाता है, मायावी बना रहता है। कई प्रयोगात्मक तह अध्ययनों ने हमारी समझ में बहुत योगदान दिया है, लेकिन प्रोटीन तह को नियंत्रित करने वाले सिद्धांत अभी भी तह के पहले अध्ययनों में खोजे गए सिद्धांतों पर आधारित हैं। एनफिनसेन ने दिखाया कि एक प्रोटीन की मूल स्थिति ऊष्मागतिकीय रूप से स्थिर है, संरचना इसकी मुक्त ऊर्जा के वैश्विक न्यूनतम पर है। फोल्डिंग संरचनात्मक स्थान की एक निर्देशित खोज है जो प्रोटीन को जैविक रूप से व्यवहार्य समय पैमाने पर फोल्ड करने की अनुमति देती है। लेविनथल विरोधाभास में कहा गया है कि यदि एक औसत आकार का प्रोटीन सबसे कम ऊर्जा वाले प्रोटीन को खोजने से पहले सभी संभावित संरचनाओं का नमूना लेगा, तो पूरी प्रक्रिया में अरबों साल लगेंगे। प्रोटीन आमतौर पर 0.01 और 1000 सेकंड के भीतर मुड़ जाते हैं। इसलिए, प्रोटीन फोल्डिंग प्रक्रिया को एक विशिष्ट फोल्डिंग मार्ग के माध्यम से किसी न किसी तरह से निर्देशित किया जाना चाहिए। इस खोज को निर्देशित करने वाली शक्तियाँ स्थानीय और वैश्विक प्रभावों का एक संयोजन होने की संभावना है जिनके प्रभाव प्रतिक्रिया के विभिन्न चरणों में महसूस किए जाते हैं। प्रयोगात्मक और सैद्धांतिक अध्ययनों में प्रगति से पता चला है कि तह को ऊर्जा परिदृश्य के संदर्भ में देखा जा सकता है, जहां तह गतिविज्ञान को आंशिक रूप से मुड़े हुए संरचनाओं के एक समूह के प्रगतिशील संगठन के रूप में माना जाता है, जिसके माध्यम से एक प्रोटीन मुड़े हुए संरचना तक अपने रास्ते से गुजरता है। इसे एक तह फ़नल के संदर्भ में वर्णित किया गया है, जिसमें एक अनफोल्डेड प्रोटीन में बड़ी संख्या में संरचनात्मक अवस्थाएँ उपलब्ध होती हैं और मुड़े हुए प्रोटीन के लिए कम अवस्थाएँ उपलब्ध होती हैं। एक फ़नल का तात्पर्य है कि प्रोटीन फोल्डिंग के लिए ऊर्जा में कमी और तृतीयक संरचना के गठन में वृद्धि के साथ एन्ट्रापी का नुकसान होता है। फनल की स्थानीय खुरदरापन गतिज जाल को दर्शाती है, जो गलत मोड़ वाले मध्यवर्ती के संचय के अनुरूप है। एक तह श्रृंखला अपनी सघनता को बढ़ाकर कम अंतर-श्रृंखला मुक्त-ऊर्जा की ओर बढ़ती है। श्रृंखला के संरचनात्मक विकल्प अंततः एक मूल संरचना की ओर तेजी से संकुचित हो जाते हैं। प्रोटीन फोल्डिंग में डोमेन का लाभ संरचनात्मक डोमेन द्वारा बड़े प्रोटीन का संगठन प्रोटीन फोल्डिंग के लिए एक लाभ का प्रतिनिधित्व करता है, जिसमें प्रत्येक डोमेन व्यक्तिगत रूप से फोल्ड करने में सक्षम होता है, फोल्डिंग प्रक्रिया को तेज करता है और अवशिष्ट अंतःक्रियाओं के संभावित रूप से बड़े संयोजन को कम करता है। इसके अलावा, प्रोटीन में हाइड्रोफोबिक अवशेषों के यादृच्छिक वितरण को देखते हुए, डोमेन गठन एक बड़े प्रोटीन के लिए सतह पर हाइड्रोफिलिक अवशेषों को रखते हुए अपने हाइड्रोफोबिक अवशेषों को दफन करने के लिए इष्टतम समाधान प्रतीत होता है। हालांकि, प्रोटीन को मोड़ने और मूल संरचना के स्थिरीकरण के ऊर्जाविज्ञान में अंतर-डोमेन अंतःक्रियाओं की भूमिका, संभवतः प्रत्येक प्रोटीन के लिए भिन्न होती है। टी4 लाइसोजाइम में, एक क्षेत्र का दूसरे क्षेत्र पर प्रभाव इतना प्रबल होता है कि पूरा अणु प्रोटीयोलिटिक दरार के लिए प्रतिरोधी होता है। इस मामले में, मोड़ना एक अनुक्रमिक प्रक्रिया है जहां सी-टर्मिनल डोमेन को शुरुआती चरण में स्वतंत्र रूप से मोड़ना आवश्यक है, और दूसरे डोमेन को मोड़ने और स्थिरीकरण के लिए मोड़ने वाले सी-टर्मिनल डोमेन की उपस्थिति की आवश्यकता होती है। यह पाया गया है कि एक पृथक क्षेत्र का मोड़ना उसी दर से या कभी-कभी एकीकृत क्षेत्र की तुलना में तेजी से हो सकता है, यह सुझाव देते हुए कि मोड़ने के दौरान बाकी प्रोटीन के साथ प्रतिकूल बातचीत हो सकती है। कई तर्क बताते हैं कि बड़े प्रोटीन के तह में सबसे धीमा कदम मुड़े हुए क्षेत्रों की जोड़ी है। ऐसा या तो इसलिए है क्योंकि डोमेन पूरी तरह से सही ढंग से मुड़े नहीं हैं या क्योंकि उनकी बातचीत के लिए आवश्यक छोटे समायोजन ऊर्जावान रूप से प्रतिकूल हैं, जैसे कि डोमेन इंटरफेस से पानी को हटाना। डोमेन और प्रोटीन लचीलापन प्रोटीन डोमेन गतिशीलता आणविक पहचान और संकेत प्रक्रियाओं की एक भीड़ में एक महत्वपूर्ण भूमिका निभाते हैं। आंतरिक रूप से अव्यवस्थित लचीले लिंकर डोमेन द्वारा जुड़े प्रोटीन डोमेन, प्रोटीन डोमेन डायनामिक्स के माध्यम से लंबी दूरी के अलॉस्टरी को प्रेरित करते हैं। परिणामी गतिशील मोड की भविष्यवाणी आम तौर पर पूरे प्रोटीन या व्यक्तिगत डोमेन की स्थिर संरचनाओं से नहीं की जा सकती है। हालाँकि प्रोटीन की विभिन्न संरचनाओं की तुलना करके उनका अनुमान लगाया जा सकता है (जैसा कि आणविक गतियों के डेटाबेस में)। उन्हें व्यापक आणविक गतिकी प्रक्षेपवक्र और प्रमुख घटक विश्लेषण में नमूने लेकर भी सुझाया जा सकता है, या उन्हें न्यूट्रॉन स्पिन इको स्पेक्ट्रोस्कोपी द्वारा मापा गया स्पेक्ट्रा का उपयोग करके सीधे देखा जा सकता है। संरचनात्मक समन्वय से क्षेत्र की परिभाषा संरचनात्मक निर्माण खंडों और विकास के तत्वों के रूप में क्षेत्र के महत्व ने ज्ञात संरचना के प्रोटीन में उनकी पहचान और वर्गीकरण के लिए कई स्वचालित विधियों को लाया है। विश्वसनीय डोमेन असाइनमेंट के लिए स्वचालित प्रक्रियाएं डोमेन डेटाबेस की पीढ़ी के लिए आवश्यक हैं, विशेष रूप से ज्ञात प्रोटीन संरचनाओं की संख्या बढ़ रही है। हालाँकि एक क्षेत्र की सीमाओं को दृश्य निरीक्षण द्वारा निर्धारित किया जा सकता है, एक स्वचालित विधि का निर्माण सीधा नहीं है। समस्याएँ तब होती हैं जब असंगत या अत्यधिक संबद्ध क्षेत्रों का सामना करना पड़ता है। यह तथ्य कि डोमेन वास्तव में क्या है, इसकी कोई मानक परिभाषा नहीं है, इसका मतलब है कि डोमेन असाइनमेंट में बहुत भिन्नता है, जिसमें प्रत्येक शोधकर्ता मानदंडों के एक अद्वितीय सेट का उपयोग करता है। एक संरचनात्मक क्षेत्र एक सघन, गोलाकार उप-संरचना है जिसमें बाकी प्रोटीन की तुलना में इसके भीतर अधिक अंतःक्रिया होती है। इसलिए, एक संरचनात्मक क्षेत्र को दो दृश्य विशेषताओं द्वारा निर्धारित किया जा सकता हैः इसकी सघनता और इसकी अलगाव की सीमा। प्रोटीन में स्थानीय सघनता के उपायों का उपयोग डोमेन असाइनमेंट के कई शुरुआती तरीकों और कई हाल के तरीकों में किया गया है। विधियाँ पहले एल्गोरिदम में से एक ने एक पदानुक्रमित क्लस्टरिंग दिनचर्या के साथ एक Cα-Cα दूरी मानचित्र का उपयोग किया जो प्रोटीन को कई छोटे खंडों, लंबाई में 10 अवशेषों के रूप में मानता था। प्रारंभिक खंडों को अंतर-खंड दूरी के आधार पर एक के बाद एक क्लस्टर किया गया था; सबसे कम दूरी वाले खंडों को क्लस्टर किया गया था और उसके बाद एकल खंड माना जाता था। चरणबद्ध क्लस्टरिंग में अंत में पूर्ण प्रोटीन शामिल था। गो ने इस तथ्य का भी फायदा उठाया कि अंतर-क्षेत्र दूरी आम तौर पर अंतर-क्षेत्र दूरी से बड़ी होती है; सभी संभावित Cα-Cα दूरी को विकर्ण भूखंडों के रूप में दर्शाया गया था जिसमें हेलिक्स, विस्तारित स्ट्रैंड और माध्यमिक संरचनाओं के संयोजन के लिए अलग-अलग पैटर्न थे। सौधमिनी और ब्लंडेल की विधि उनके सी. ए.-सी. ए. दूरी के आधार पर एक प्रोटीन में द्वितीयक संरचनाओं को समूहित करती है और उनके डेंड्रोग्राम में पैटर्न से डोमेन की पहचान करती है। चूंकि प्रक्रिया प्रोटीन को अमीनो एसिड की एक निरंतर श्रृंखला के रूप में नहीं मानती है, इसलिए असंतत क्षेत्रों के उपचार में कोई समस्या नहीं है। इन डेंड्रोग्रामों में विशिष्ट नोड्स को प्रोटीन के तृतीयक संरचनात्मक समूहों के रूप में पहचाना जाता है, इनमें सुपर-सेकेंडरी संरचनाएं और डोमेन दोनों शामिल हैं। डी. ओ. एम. ए. के. एल्गोरिथम का उपयोग 3डी. ई. डोमेन डेटाबेस बनाने के लिए किया जाता है। यह प्रत्येक प्रकार के संपर्क की संख्या से एक 'विभाजित मूल्य' की गणना करता है जब प्रोटीन को मनमाने ढंग से दो भागों में विभाजित किया जाता है। यह विभाजन मूल्य तब बड़ा होता है जब संरचना के दो भाग अलग-अलग होते हैं। वोडक और जैनिन की विधि विभिन्न अवशेष स्थितियों पर बार-बार विभाजित दो श्रृंखला खंडों के बीच गणना किए गए इंटरफेस क्षेत्रों पर आधारित थी। अंतःपृष्ठ क्षेत्रों की गणना मूल संरचना के साथ कटे हुए खंडों के सतह क्षेत्रों की तुलना करके की गई थी। संभावित डोमेन सीमाओं को उस साइट पर पहचाना जा सकता है जहां इंटरफेस क्षेत्र कम से कम था। अन्य विधियों ने सघनता की गणना करने के लिए विलायक सुलभता के उपायों का उपयोग किया है। पी. यू. यू. एल्गोरिदम एक हार्मोनिक मॉडल को शामिल करता है जिसका उपयोग अंतर-डोमेन गतिकी को अनुमानित करने के लिए किया जाता है। अंतर्निहित भौतिक अवधारणा यह है कि प्रत्येक क्षेत्र के भीतर कई कठोर अंतःक्रियाएँ होंगी और क्षेत्र के बीच शिथिल अंतःक्रियाएँ होंगी। इस एल्गोरिथ्म का उपयोग एफ. एस. एस. पी. डोमेन डेटाबेस में डोमेन को परिभाषित करने के लिए किया जाता है। स्विंडेल्स (1995) ने प्रोटीन संरचनाओं में डोमेन की पहचान के लिए एक विधि, DETECTIVE विकसित की, इस विचार के आधार पर कि डोमेन में एक हाइड्रोफोबिक इंटीरियर है। जब विभिन्न क्षेत्रों से हाइड्रोफोबिक कोर इंटरफेस क्षेत्र के माध्यम से जारी रहते हैं तो कमियां पाई गईं। रिजिडफाइंडर दो अलग-अलग संरचनाओं से प्रोटीन रिजिड ब्लॉक (डोमेन और लूप) की पहचान के लिए एक नई विधि है। कठोर खंडों को उन खंडों के रूप में परिभाषित किया जाता है जहां सभी अंतर अवशिष्ट दूरी को संरचनाओं में संरक्षित किया जाता है। पांडुरंगन और टोफ द्वारा विकसित आर. आई. बी. एफ. आई. एन. डी. विधि प्रोटीन में द्वितीयक संरचनात्मक तत्वों के स्थानिक समूह का प्रदर्शन करके प्रोटीन संरचनाओं में कठोर निकायों की पहचान करती है। आर. आई. बी. एफ. आई. एन. डी. कठोर निकायों का उपयोग क्रायो इलेक्ट्रॉन सूक्ष्मदर्शी घनत्व मानचित्रों में प्रोटीन संरचनाओं को लचीले ढंग से फिट करने के लिए किया गया है। गतिशील क्षेत्रों की पहचान करने के लिए एक सामान्य विधि, जो कि प्रोटीन क्षेत्र हैं जो संरचनात्मक उतार-चढ़ाव के दौरान लगभग कठोर इकाइयों के रूप में व्यवहार करते हैं, पोटेस्टियो एट अल द्वारा पेश की गई है। और, अन्य अनुप्रयोगों के बीच मानक संरचना-आधारित उपखंडों के साथ गतिशीलता-आधारित क्षेत्र उपखंडों की स्थिरता की तुलना करने के लिए भी उपयोग किया गया था। यह विधि, जिसे पी. आई. एस. क्यू. आर. डी. कहा जाता है, एक वेब सर्वर के रूप में सार्वजनिक रूप से उपलब्ध है। उत्तरार्द्ध उपयोगकर्ताओं को प्रणाली के उतार-चढ़ाव के सामूहिक तरीकों के आधार पर एकल-श्रृंखला या मल्टीमेरिक प्रोटीन को अर्ध-कठोर क्षेत्रों में इष्टतम रूप से उपविभाजित करने की अनुमति देता है। डिफ़ॉल्ट रूप से उत्तरार्द्ध की गणना एक लोचदार नेटवर्क मॉडल के माध्यम से की जाती है; वैकल्पिक रूप से पूर्व-गणना किए गए आवश्यक गतिशील स्थानों को उपयोगकर्ता द्वारा अपलोड किया जा सकता है। उदाहरण डोमेन आर्मडिलो दोहराता हैः फलों की मक्खी ड्रोसोफिला मेलानोगास्टर के β-कैटेनिन जैसे आर्मडिलो प्रोटीन के नाम पर रखा गया। बेसिक ल्यूसीन ज़िपर डोमेन (बी. जेड. आई. पी. डोमेन): कई डी. एन. ए.-बाइंडिंग यूकेरियोटिक प्रोटीनों में पाया जाता है। क्षेत्र के एक भाग में एक ऐसा क्षेत्र होता है जो अनुक्रम-विशिष्ट डी. एन. ए.-बंधन गुणों में मध्यस्थता करता है और ल्यूसीन जिपर जो दो डी. एन. ए.-बंधन क्षेत्रों के द्विमितीकरण के लिए आवश्यक है। डी. एन. ए.-बाध्यकारी क्षेत्र में आर्जिनिन और लाइसिन जैसे कई बुनियादी अमीनो एसिड होते हैं। कैडेरीन दोहराता हैः कैडेरीन Ca2 +-आश्रित कोशिका-कोशिका आसंजन प्रोटीन के रूप में कार्य करता है। कैडेरीन क्षेत्र बाह्य कोशिकीय क्षेत्र हैं जो आसन्न कोशिकाओं की सतह पर कैडेरीन के बीच कोशिका-से-कोशिका होमोफिलिक बंधन में मध्यस्थता करते हैं। डेथ इफेक्टर डोमेन (डी. ई. डी.): प्रोटीन-प्रोटीन बाइंडिंग को होमोटाइपिक इंटरैक्शन (डी. ई. डी.-डी. ई. डी.) द्वारा अनुमति देता है। कैस्पेज़ प्रोटीज प्रोटीयोलिटिक कैस्केड के माध्यम से एपोप्टोसिस को ट्रिगर करते हैं। प्रो-कैस्पेस-8 और प्रो-कैस्पेस-9 डी. ई. डी. डोमेन के माध्यम से विशिष्ट एडाप्टर अणुओं से जुड़ते हैं, जिससे कैस्पेस स्वचालित रूप से सक्रिय हो जाते हैं। ई. एफ. हाथः संकेत देने वाले प्रोटीन कैलमोडुलिन के प्रत्येक संरचनात्मक क्षेत्र और मांसपेशी प्रोटीन ट्रोपोनिन-सी. इम्यूनोग्लोबुलिन जैसे क्षेत्र में पाया जाने वाला एक हेलिक्स-टर्न-हेलिक्स संरचनात्मक रूपांकनः इम्यूनोग्लोबुलिन सुपरफेमिली (आई. जी. एस. एफ.) के प्रोटीन में पाया जाता है। इनमें लगभग 70-110 अमीनो एसिड होते हैं और इन्हें उनके आकार और कार्य के अनुसार विभिन्न श्रेणियों (IgV, IgC1, IgC2 और IgI) में वर्गीकृत किया जाता है। उनके पास एक विशिष्ट तह होती है जिसमें दो बीटा शीट एक "सैंडविच" बनाते हैं जो संरक्षित सिस्टीन और अन्य आवेशित अमीनो एसिड के बीच बातचीत से स्थिर होता है। वे कोशिका आसंजन, कोशिका सक्रियण और आणविक पहचान की प्रक्रियाओं में प्रोटीन-प्रोटीन अंतःक्रियाओं के लिए महत्वपूर्ण हैं। ये क्षेत्र आमतौर पर प्रतिरक्षा प्रणाली में भूमिकाओं वाले अणुओं में पाए जाते हैं। फॉस्फोटाइरोसिन-बाइंडिंग डोमेन (पीटीबी): पीटीबी डोमेन आमतौर पर फॉस्फोराइलेटेड टायरोसिन अवशेषों से जुड़ते हैं। वे अक्सर सिग्नल ट्रांसडक्शन प्रोटीन में पाए जाते हैं। पीटीबी-डोमेन बाइंडिंग विशिष्टता फॉस्फोटाइरोसिन के अमीनो-टर्मिनल पक्ष के अवशेषों द्वारा निर्धारित की जाती है। उदाहरण-एस. एच. सी. और आई. आर. एस.-1 दोनों के पी. टी. बी. क्षेत्र एन. पी. एक्स. पी. वाई. अनुक्रम से जुड़ते हैं। एस. एच. सी. और आई. आर. एस.-1 जैसे पी. टी. बी. युक्त प्रोटीन मानव कोशिकाओं की इंसुलिन प्रतिक्रियाओं के लिए महत्वपूर्ण हैं। प्लेकस्ट्रिन होमोलॉजी डोमेन (पी. एच.): पी. एच. डोमेन उच्च आत्मीयता के साथ फॉस्फोइनोसाइटाइड्स को बांधते हैं। पी. टी. डी. आई. एन. एस. (3) पी., पी. टी. डी. आई. एन. एस. (4) पी., पी. टी. डी. आई. एन. एस. (3,4) पी. 2, पी. टी. डी. आई. एन. एस. (4,5) पी. 2, और पी. टी. डी. आई. एन. एस. (3,4,5) पी. 3 सभी के लिए विशिष्टता देखी गई है। इस तथ्य को देखते हुए कि फॉस्फोइनोसाइटाइड्स को विभिन्न कोशिका झिल्ली में अलग किया जाता है (उनकी लंबी लिपोफिलिक पूंछ के कारण) पीएच डोमेन आमतौर पर एक झिल्ली में प्रोटीन की भर्ती का कारण बनता है जहां प्रोटीन कोशिका संकेत, साइटोस्केलेटल पुनर्गठन या झिल्ली तस्करी में एक निश्चित कार्य कर सकता है। एस. आर. सी. होमोलॉजी 2 डोमेन (एस. एच. 2): एस. एच. 2 डोमेन अक्सर सिग्नल ट्रांसडक्शन प्रोटीन में पाए जाते हैं। एस. एच. 2 डोमेन फॉस्फोराइलेटेड टायरोसिन (पी. टी. आई. आर) को बंधन प्रदान करते हैं। इसका नाम एस. आर. सी. वायरल ऑन्कोजीन के फॉस्फोटाइरोसिन बाइंडिंग डोमेन के नाम पर रखा गया है, जो स्वयं एक टायरोसिन किनेज है। यह भी देखें-SH3 डोमेन। जिंक फिंगर डीएनए-बाइंडिंग डोमेन (ZnF _ GATA): ZnF _ GATA डोमेन-युक्त प्रोटीन आमतौर पर प्रतिलेखन कारक होते हैं जो आमतौर पर प्रवर्तकों के डीएनए अनुक्रम [AT] GATA [AG] से जुड़ते हैं। अज्ञात कार्य के डोमेन डोमेन का एक बड़ा अंश अज्ञात कार्य का होता है। एक डोमेन ऑफ अननोन फंक्शन (डीयूएफ) एक प्रोटीन डोमेन है जिसका कोई विशिष्ट कार्य नहीं है। इन परिवारों को पी. एफ. ए. एम. डेटाबेस में उपसर्ग डी. यू. एफ. के बाद एक संख्या का उपयोग करके एकत्र किया गया है, जिसके उदाहरण डी. यू. एफ. 2992 और डी. यू. एफ. 1220 हैं। पी. एफ. ए. एम. डाटाबेस के भीतर अब 3,000 से अधिक डी. यू. एफ. परिवार हैं जो ज्ञात परिवारों के 20 प्रतिशत से अधिक का प्रतिनिधित्व करते हैं। आश्चर्यजनक रूप से, पी. एफ. ए. एम. में डी. यू. एफ. की संख्या 20 प्रतिशत (2010 में) से बढ़कर 22 प्रतिशत (2019 में) हो गई है, जो ज्यादातर नए जीनोम अनुक्रमों की बढ़ती संख्या के कारण है। पी. एफ. ए. एम. रिलीज़ 32.0 (2019) में 3,961 डी. यू. एफ. शामिल थे। बाइंडिंग डोमेन कोफैक्टर ट्रांसफर फैमिली पैनडिट, प्रोटीन डोमेन को कवर करने वाला एक जैविक डेटाबेस पी. एफ. ए. एम.: प्रोटीन डोमेन का डेटाबेस प्रोटीन संरचना भविष्यवाणी प्रोटीन संरचना भविष्यवाणी सॉफ्टवेयर प्रोटीन सुपरफेमिली प्रोटीन टेंडम दोहराता है प्रोटीन परिवार प्रोटीन उप-परिवार लघु रैखिक रूपांकन संरचनात्मक जीव विज्ञान प्रोटीन का संरचनात्मक वर्गीकरण (एस. सी. ओ. पी.) सी. ए. टी. एच. प्रोटीन संरचना वर्गीकरण डेटाबेस अनुक्रम रूपांकन संरचनात्मक रूपांकन संदर्भ जॉर्ज, आर. ए. (2002) "प्रोटीन में संरचनात्मक क्षेत्रों की भविष्यवाणी" थीसिस, यूनिवर्सिटी कॉलेज लंदन (इसके लेखक द्वारा योगदान)। प्रमुख पत्र बाहरी लिंक संरचनात्मक डोमेन डेटाबेस राष्ट्रीय जैव प्रौद्योगिकी केंद्र की वेबसाइट पर संरक्षित डोमेन 3डी कैथ डाली पी. एफ. ए. एम. कबीले ब्राउज़र अनुक्रम डोमेन डेटाबेस इंटरप्रो प्रोसाइट प्रोडम स्मार्ट एन. सी. बी. आई. संरक्षित डोमेन डेटाबेस सुपरफैमिली लाइब्रेरी एच. एम. एम. का प्रतिनिधित्व करने वाले सुपर फैमिली और सभी पूरी तरह से अनुक्रमित जीवों के लिए (सुपर फैमिली और परिवार) एनोटेशन के डेटाबेस कार्यात्मक डोमेन डेटाबेस डी. सी. जी. ओ. कार्यों, फेनोटाइप और बीमारियों पर डोमेन-केंद्रित ऑन्टोलॉजी का एक व्यापक डेटाबेस। प्रोटीन संरचना प्रोटीन परिवार प्रोटीन सुपर फैमिली