Electrophoretic color marker
इलेक्ट्रोफोरेटिक कलर मार्कर एक रसायन है जिसका उपयोग अगरोज जेल इलेक्ट्रोफोरेसिस और पॉलीएक्रिलामाइड जेल इलेक्ट्रोफोरेसिस (पी. ए. जी. ई.) की प्रगति की निगरानी के लिए किया जाता है क्योंकि डी. एन. ए., आर. एन. ए. और अधिकांश प्रोटीन रंगहीन होते हैं। रंग मार्कर रंगों के मिश्रण से बने होते हैं जो रुचि के नमूने के साथ जेल मैट्रिक्स के माध्यम से स्थानांतरित होते हैं। वे आम तौर पर नमूना घटकों से अलग गतिशीलता रखने और रंगीन बैंड उत्पन्न करने के लिए डिज़ाइन किए जाते हैं जिनका उपयोग नमूना घटकों के प्रवास और पृथक्करण का आकलन करने के लिए किया जा सकता है। रंग मार्करों का उपयोग अक्सर आणविक भार मानकों, लोडिंग डाई, ट्रैकिंग डाई या धुंधला समाधान के रूप में किया जाता है। आणविक भार सीढ़ी का उपयोग डीएनए और प्रोटीन के टुकड़ों के आकार का अनुमान लगाने के लिए उनकी प्रवास दूरी की तुलना रंगीन पट्टियों से करके किया जाता है। डी. एन. ए. और प्रोटीन मानक व्यावसायिक रूप से आकारों की एक विस्तृत श्रृंखला में उपलब्ध हैं, और अक्सर आसान पहचान के लिए पूर्व-दाग या रंग-कोडित बैंड प्रदान किए जाते हैं। लोडिंग रंगों को आमतौर पर नमूने को जेल पर लोड करने से पहले नमूना बफर में जोड़ा जाता है, और वे इलेक्ट्रोफोरेसिस के दौरान इसकी प्रगति को ट्रैक करने में मदद करने के लिए नमूने के साथ जेल के माध्यम से स्थानांतरित होते हैं। ट्रैकिंग रंगों को बफर फ्रंट का एक दृश्य मार्कर प्रदान करने के बजाय इलेक्ट्रोफोरेसिस बफर में जोड़ा जाता है। नमूना पट्टियों की कल्पना करने के लिए इलेक्ट्रोफोरेसिस के बाद धुंधला समाधान लागू किया जाता है, और रंगों की एक श्रृंखला में उपलब्ध होते हैं। विभिन्न प्रकार के इलेक्ट्रोफोरेटिक रंग मार्कर व्यावसायिक रूप से उपलब्ध हैं, जिसमें मिश्रण में उपयोग किए जाने वाले रंगों या रंगों की अलग-अलग संख्या और प्रकार हैं। कुछ मार्कर ज्ञात गतिशीलता के साथ रंगीन बैंड की एक श्रृंखला उत्पन्न करते हैं, जबकि अन्य एक विशिष्ट रंग के एकल बैंड का उत्पादन करते हैं जिसका उपयोग संदर्भ बिंदु के रूप में किया जा सकता है। इनका व्यापक रूप से अनुसंधान, नैदानिक निदान और फोरेंसिक विज्ञान में उपयोग किया जाता है। प्रगति मार्कर लोडिंग बफ़र्स में अक्सर आयनिक रंग होते हैं जो दृश्य प्रकाश वर्णक्रम के तहत दिखाई देते हैं, और न्यूक्लिक एसिड से पहले जेल में जोड़े जाते हैं। ट्रैकिंग डाई प्रतिक्रियाशील नहीं होनी चाहिए ताकि नमूने में बदलाव न हो और डीएनए या आरएनए नमूने के साथ जेल को नीचे ले जाया जा सके। आम तौर पर उपयोग किए जाने वाले रंग मार्करों में ब्रोमोफेनॉल ब्लू, क्रेसोल रेड, ऑरेंज जी और ज़ाइलीन साइनॉल शामिल हैं। ज़ाइलीन और ब्रोमोफेनॉल ब्लू सबसे अधिक उपयोग किए जाने वाले रंग हैं। आम तौर पर, ऑरेंज जी ब्रोमोफेनॉल ब्लू की तुलना में तेजी से स्थानांतरित होता है, जो ज़ाइलीन साइनॉल की तुलना में तेजी से स्थानांतरित होता है, लेकिन इन रंगों के स्पष्ट "आकार" (डीएनए अणुओं की तुलना में) अगरोज की सांद्रता और उपयोग की जाने वाली बफर प्रणाली के साथ भिन्न होते हैं। उदाहरण के लिए, टी. ए. ई. बफर (ट्रिस-एसीटेट-ई. डी. टी. ए.) में बने 1 प्रतिशत एगरोज जेल में, ज़ाइलीन सायनॉल डी. एन. ए. के 3000 आधार जोड़ी (बी. पी.) अणु की गति से स्थानांतरित होता है और ब्रोमोफेनॉल ब्लू 400 बी. पी. पर स्थानांतरित होता है। हालांकि, टीबीई बफर (ट्रिस-बोरेट-ईडीटीए) में बने 1 प्रतिशत जेल में, वे क्रमशः 2000 बी. पी. और 250 बी. पी. पर स्थानांतरित होते हैं। डी. एन. ए. और आर. एन. ए. स्टेनिंग अगरोज जेल इलेक्ट्रोफोरेसिस एक ऐसी तकनीक है जिसका व्यापक रूप से न्यूक्लिक एसिड के टुकड़ों के आकार का अनुमान लगाने और जेल में उनकी अंतर गतिशीलता के आधार पर उनकी पहचान करने के लिए उपयोग किया जाता है। न्यूक्लिक एसिड आमतौर पर दागदार होते हैं और इथिडियम ब्रोमाइड या एस. वाई. बी. आर. ग्रीन रंगों का उपयोग करके उनका पता लगाया जाता है। अगरोज जेल में सबसे आम इलेक्ट्रोफोरेटिक दाग ईथिडियम ब्रोमाइड है, हालांकि, एस. वाई. बी. आर. ग्रीन एकल-फंसे हुए न्यूक्लिक एसिड का पता लगाने के लिए अधिक रिज़ॉल्यूशन और उपज प्रदान करता है। रंग 300 एनएम यूवी प्रकाश के तहत डीएनए और आरएनए को प्रतिदीप्ति प्रदान करते हैं। यह उनकी अंतःक्रियाशील प्रकृति के कारण होता है। डबल हेलिकल न्यूक्लिक एसिड में, रंग दो तारों के बीच बांधते हैं, और सिंगल-स्ट्रैंडेड न्यूक्लिक एसिड में, रंग एक तार के भीतर बने छोटे, डुप्लेक्स खंडों को बांधते हैं। डी. एन. ए. और आर. एन. ए. के अगरोज जेल इलेक्ट्रोफोरेसिस में सबसे अधिक उपयोग की जाने वाली डाई, 1970 के दशक से, ईथिडियम ब्रोमाइड (2,7-डायमिनो-10-एथिल-9-फेनिलफेनैन्थ्रिडिनिम्ब्रोमाइड) है। इथिडियम ब्रोमाइड (ई. टी. बी. आर.) एक नारंगी रंग का फ्लोरोसेंट इंटरकेलेटिंग डाई है। डाई न्यूक्लिक एसिड की दोहरी पेचदार संरचना के बीच खुद को सम्मिलित करती है, जिससे यूवी प्रकाश के तहत अणुओं की कल्पना की जा सकती है। ई. टी. बी. आर. में 300-360 एन. एम. पर अवशोषण अधिकतम और 500-590 एन. एम. पर प्रतिदीप्ति उत्सर्जन अधिकतम है, जिसमें 0.5-5.0 एन. जी./बैंड की पहचान सीमा है। हालांकि, डाई ने एकल-फंसे हुए न्यूक्लिक एसिड के नमूनों का पता लगाने में संवेदनशीलता को कम कर दिया है ETBr को सावधानी से संभाला जाना चाहिए, क्योंकि यह एक शक्तिशाली उत्परिवर्तन है। जेल इलेक्ट्रोफोरेसिस में न्यूक्लिक एसिड स्टेनिंग के लिए एक अधिक संवेदनशील विकल्प एस. वाई. बी. आर. टी. एम. ग्रीन I है। डाई डी. एस. डी. एन. ए. के धुंधलेपन में ई. टी. बी. आर. की तुलना में 25 गुना अधिक संवेदनशील है, और विशेष रूप से एकल-फंसे हुए न्यूक्लिक एसिड वाले धुंधलेपन परख में उपयोगी है। हालाँकि, एस. वाई. बी. आर. ग्रीन ई. टी. बी. आर. की तुलना में अधिक महंगा है। प्रोटीन स्टेनिंग कूमासी ब्लू प्रोटीन परिमाणीकरण के लिए एस. डी. एस. पॉलीएक्रिलामाइड जेल इलेक्ट्रोफोरेसिस में सबसे अधिक उपयोग किया जाने वाला गैर-सहसंयोजक दाग है। दागदार रंग प्रोटीन बैंड से जुड़ जाता है और एक नीला रंग बनाता है जिसका नेत्रहीन रूप से पता लगाया जा सकता है। कूमैसी ब्रिलियंट ब्लू आर-250 (लाल), आमतौर पर इलेक्ट्रोफोरेसिस के लिए उपयोग किया जाता है, जबकि कूमैसी ब्रिलियंट ब्लू जी-250 (हरा), ब्रैडफोर्ड परख के लिए। इस रंग की सीमा यह है कि यह गैर-विशिष्ट है, और घोल में लगभग किसी भी प्रोटीन से जुड़ जाएगा, और कम संवेदनशील है। जेल में प्रोटीन के दृश्य की एक अन्य सामान्य विधि सिल्वर स्टेनिंग है, जहां घुलनशील सिल्वर आयन स्थायी रूप से प्रोटीन को चिह्नित करते हैं और फॉर्मेल्डिहाइड द्वारा कम करके ब्राउन अवक्षेप बनाते हैं। कूमासी ब्लू की तुलना में सिल्वर स्टेनिंग एक अधिक संवेदनशील स्टेनिंग विधि है, हालांकि, परिणाम संदूषण के प्रति अधिक संवेदनशील होते हैं। अनुप्रयोग डीएनए टुकड़ों के पृथक्करण में जेल इलेक्ट्रोफोरेसिस के लिए रंग मार्करों को कभी-कभी लोड करने वाले रंगों में जोड़ा जाता है। लोडिंग डाई डी. एन. ए. के नमूनों को अगरोज जेल की सतह के नीचे रखते हैं, और अंदर के रंग मार्कर डी. एन. ए. के माइग्रेशन फ्रंट पर नज़र रखने में मदद करते हैं क्योंकि यह जेल के साथ चलता है। पेज के लिए, कुछ व्यावसायिक रूप से उपलब्ध आणविक भार मार्करों (जिन्हें "सीढ़ी" भी कहा जाता है क्योंकि वे अलग होने के बाद सीढ़ी के पायदान की तरह दिखते हैं) में विभिन्न रंगों के पूर्व-दाग वाले प्रोटीन होते हैं, इसलिए अधिक सटीक रूप से यह निर्धारित करना संभव है कि नमूनों में रुचि के प्रोटीन कहां हो सकते हैं। संदर्भ जैविक तकनीक और उपकरण इलेक्ट्रोफोरेसिस आनुवंशिकी तकनीक