Morphobank
मॉर्फोबैंक सहयोगी विकासवादी अनुसंधान के लिए एक वेब अनुप्रयोग है, विशेष रूप से फ़ाइलोजेनेटिक प्रणाली या क्लैडिस्टिक्स, फेनोटाइप पर। ऐतिहासिक रूप से, जातिजनित प्रणाली विज्ञान पर शोध करने वाले वैज्ञानिकों ने व्यक्तिगत रूप से या छोटे समूहों में पारंपरिक एकल-उपयोगकर्ता सॉफ्टवेयर अनुप्रयोगों जैसे मैकक्लेड, मेस्काइट और नेक्सस डेटा एडिटर को नियोजित करते हुए काम किया है। जैसे-जैसे अध्ययन के तहत परिकल्पनाएं अधिक जटिल हो गई हैं, बड़ी शोध टीमें अनुमानित <ID1 मिलियन जीवित प्रजातियों और जीवाश्मों से ज्ञात कई हजारों और विलुप्त प्रजातियों के लिए ट्री ऑफ लाइफ की खोज की समस्या से निपटने के लिए इकट्ठी हुई हैं। क्योंकि फेनोटाइप मौलिक रूप से दृश्य है, और जैसा कि फेनोटाइप-आधारित फ़ाइलोजेनेटिक अध्ययनों ने आकार में वृद्धि जारी रखी है, यह महत्वपूर्ण हो जाता है कि टिप्पणियों को लेबल की गई छवियों द्वारा समर्थित किया जाए। वर्तमान में व्यापक उपयोग में पारंपरिक डेस्कटॉप सॉफ्टवेयर अनुप्रयोग टीम-आधारित अनुसंधान या छवि हेरफेर और भंडारण के लिए मजबूत समर्थन प्रदान नहीं करते हैं। मॉर्फोबैंक फेनोमिक्स के बढ़ते वैज्ञानिक क्षेत्र के लिए एक विशेष रूप से महत्वपूर्ण उपकरण है। मॉर्फोबैंक का विकास, जो 2001 में शुरू हुआ था, राष्ट्रीय विज्ञान फाउंडेशन के भूविज्ञान, जैविक विज्ञान और कंप्यूटर और सूचना विज्ञान और इंजीनियरिंग निदेशालयों द्वारा वित्त पोषित किया गया है। मॉर्फोबैंक पर वैज्ञानिक कार्य के महत्व को अन्य प्रकाशनों के साथ न्यूयॉर्क टाइम्स (यहाँ और यहाँ) में चित्रित किया गया है। लाभ ट्री ऑफ लाइफ के निर्माण के लिए फाइलोजेनेटिक्स का अध्ययन करने वाले वैज्ञानिकों की टीमें प्रजातियों के बारे में टिप्पणियों की बड़ी स्प्रेडशीट इकट्ठा करती हैं (जिन्हें "मैट्रिक्स" कहा जाता है)। इन टीमों को एक वैज्ञानिक अनुसंधान परियोजना के दौरान टीम के डेटा की एक एकल और सुरक्षित प्रति के लिए प्रत्येक टीम के सदस्य द्वारा एक साथ पहुंच की आवश्यकता होती है। डेटा की यह एकल प्रति भी डेटा संग्रह चरण के दौरान बड़ी आवृत्ति के साथ बदलती है। समरूपता कथनों के दस्तावेजीकरण के लिए बहुत सहायक हो सकने वाली छवियों को समरूपता कथनों के विकास के रूप में प्रदर्शित, लेबल और साझा किया जाना चाहिए। इसे केवल एक डेस्कटॉप सॉफ्टवेयर पैकेज के साथ खूबसूरती से पूरा नहीं किया जा सकता है क्योंकि एक डेस्कटॉप वातावरण में प्रत्येक सहयोगी परियोजना डेटा की अपनी निजी प्रति पर काम कर रहा है। एक प्रतिभागी द्वारा किए गए परिवर्तन स्वचालित रूप से दूसरों को प्रसारित नहीं कर सकते हैं, जो सहयोगियों को एक-दूसरे के डेटा संपादन को देखने से रोकते हैं जब तक कि वे मैन्युअल रूप से (और इसमें शामिल प्रयास के कारण, अक्सर केवल समय-समय पर) एक एकल "सही" डेटासेट में विलय नहीं हो जाते हैं। सबसे छोटी और सबसे अनुशासित टीमों को छोड़कर, फ़ाइल संस्करण नियंत्रण और डेटा की कई प्रतियों पर किए गए परिवर्तनों का मिलान उत्पादकता पर महत्वपूर्ण खिंचाव के रूप में जल्दी से उभरता है। मॉर्फोबैंक वेब की सर्वव्यापीता और आधुनिक वेब-आधारित अनुप्रयोग तकनीकों का लाभ उठाकर इन मुद्दों को संबोधित करने का एक प्रयास है, जिसमें अजाक्स, वेब सेवा परतें और समृद्ध वेब अनुप्रयोग शामिल हैं, ताकि जातिजनित अनुसंधान के लिए एक पूर्ण-विशेषता, नेट-सुलभ सहयोगी कार्यस्थल प्रदान किया जा सके। विशेष रूप से, मॉर्फोबैंक इसे आसान बनाता हैः भौगोलिक रूप से अलग किए गए टीम के सदस्यों के साथ सभी प्रकार के डेटा को साझा करना, जिसमें वर्गीकरण, चरित्र और नमूना डेटा, मीडिया (चित्र, वीडियो और ऑडियो सहित), फाइलोजेनेटिक मैट्रिक्स (व्यापक रूप से उपयोग किए जाने वाले नेक्सस और टीएनटी प्रारूप में डेटा सहित) और अन्य डेटा जैसे दस्तावेज़ और आनुवंशिक अनुक्रम शामिल हैं। वेब-आधारित छवि एनोटेशन एप्लिकेशन का उपयोग करके उच्च-रिज़ॉल्यूशन वाली छवियों को लेबल करें। एक अंतर्निहित वेब-आधारित मैट्रिक्स संपादक का उपयोग करके फ़ाइलोजेनेटिक मैट्रिक्स जैसे परियोजना डेटा को सहयोगात्मक रूप से संपादित करें। संपादक एक मैट्रिक्स के अलग-अलग कक्षों में लेबल की गई छवियों को जोड़ने की अनुमति देता है। परियोजना डेटा तक पहुँच का प्रबंधन करें। पहुँच टीम के सदस्यों के लिए पूर्ण पहुँच से लेकर संभावित समीक्षकों के लिए अनाम पढ़ने-योग्य पहुँच तक है। एक स्थायी यू. आर. एल. के साथ एक प्रकाशित पेपर के समर्थन में वेब पर पूर्ण परियोजना डेटा प्रकाशित करें। टैक्सोन अनुकरणीय छवियों के लिए द एनसाइक्लोपीडिया ऑफ लाइफ खोजें। उच्च रिज़ॉल्यूशन वाला सी. टी. डेटा संग्रहीत करें मैट्रिक्स कोशिकाओं को अद्यतन करने और उन्हें आबाद करने के लिए ऑन्टोलॉजी बनाएँ। अधिकांश मौजूदा सॉफ्टवेयर अनुप्रयोगों में ये कार्य कठिन या असंभव हैं। 2001 में नेशनल साइंस फाउंडेशन (एन. एस. एफ.) ने मॉर्फोलॉजिकल फाइलोजेनेटिक्स के लिए एक सहयोगी, मीडिया-समृद्ध अनुसंधान उपकरण के लिए एक वेब-आधारित प्रणाली की रूपरेखा विकसित करने के लिए न्यूयॉर्क में अमेरिकन म्यूजियम ऑफ नेचुरल हिस्ट्री में एक कार्यशाला को प्रायोजित किया। कार्यशाला में प्रस्तुत एक अनुप्रयोग प्रोटोटाइप को बाद में कार्यशाला से प्रतिक्रिया के साथ परिष्कृत किया गया और मॉर्फोबैंक संस्करण 1 बन गया। यू. एस. नेशनल ओशनिक एंड एटमॉस्फेरिक एडमिनिस्ट्रेशन से एक अनुदान ने 2005 में जारी किए गए संस्करण 2 के परिणामस्वरूप आगे के संशोधनों को वित्त पोषित किया। एन. एस. एफ. से वर्तमान समर्थन मॉर्फोबैंक को वर्तमान सुविधा संवर्द्धन के लिए धन दे रहा है। मॉर्फोबैंक की मेजबानी स्टोनी ब्रुक विश्वविद्यालय द्वारा अक्टूबर 2021 के अंत तक की गई थी और इसे अमेरिकन म्यूजियम ऑफ नेचुरल हिस्ट्री से समर्थन मिला था। वर्तमान संस्करण 3 है। सॉफ्टवेयर के लिए तर्क का वर्णन पत्रिका क्लैडिस्टिक्स में किया गया था। मॉर्फोबैंक को एनईएससीईएनटी और सैन डिएगो सुपरकंप्यूटर सेंटर से भी समर्थन मिला है। 2018 से, मॉर्फोबैंक को फीनिक्स बायोइन्फॉर्मेटिक्स द्वारा आंशिक रूप से समर्थन दिया गया है, जो बुनियादी विज्ञानों के लिए डेटाबेस को बनाए रखने के लिए स्थापित एक गैर-लाभकारी कंपनी है। मॉर्फोबैंक का स्थायी स्थानांतरण स्टोनी ब्रुक विश्वविद्यालय से फीनिक्स जैव सूचना विज्ञान में अक्टूबर 2021 के अंत में पूरा हुआ। सैन डिएगो सुपरकंप्यूटर सेंटर ने पहले मॉर्फोबैंक परियोजना को तकनीकी और होस्टिंग संसाधन प्रदान किए हैं। उपयोग मॉर्फोबैंक फेनोटाइप पर सहकर्मी-समीक्षित वैज्ञानिक अनुसंधान के उत्पादों को होस्ट करता है। प्रणालीगत डेटा की बढ़ती मात्रा "बोर्न डिजिटल" है और मॉर्फोबैंक इस प्रकार की सामग्री को संभालने के लिए अच्छी तरह से उपयुक्त है। 24 अगस्त, 2007 को मॉर्फोबैंक द्वारा 62 सक्रिय अनुसंधान परियोजनाओं के साथ-साथ 6 पूर्ण (और प्रकाशित) परियोजनाओं की मेजबानी की गई। 2017 तक 2000 से अधिक वैज्ञानिक और उनके छात्र पंजीकृत सामग्री निर्माता थे (उपयोगकर्ताओं को पंजीकरण करने की आवश्यकता नहीं है और और भी अधिक संख्या में हैं) और लगभग 80,000 छवियों के साथ 500 से अधिक सार्वजनिक रूप से उपलब्ध परियोजनाएं हैं जो वैज्ञानिक अनुसंधान के उत्पाद हैं। मॉर्फोबैंक द्वारा 1,500 से अधिक सक्रिय अनुसंधान परियोजनाओं की मेजबानी की जाती है। सॉफ्टवेयर का उपयोग स्तनधारियों जैसे स्तनधारियों, चमगादड़ से लेकर व्हेल, बाइवल्व मोलस्क, अराक्निड, जीवाश्म पौधों और जीवित और विलुप्त एम्नियोट्स जैसे समूहों पर जातिजनित अनुसंधान को इकट्ठा करने के लिए किया गया है। इसका व्यापक रूप से विकासवादी और जीवाश्म विज्ञान संबंधी अनुसंधान में भी उपयोग किया गया है ताकि लेसविंग कीड़ों, गेकोस, रैप्टर पक्षियों, डायनासोर, मेंढकों और नेमाटोड्स पर प्रकाशित शोध से जुड़ी क्यूरेटेड छवियों को होस्ट किया जा सके। मॉर्फोबैंक का उपयोग पेलियोबायोलॉजी डेटाबेस के संयोजन में तेजी से किया जा रहा है। उदाहरण प्रकाशित परियोजनाएंः परियोजना 1097: खाली सी. ई., 2013 ताजे पानी के वातावरण में प्रकाश संश्लेषक यूकेरियोट्स की उत्पत्ति और प्रारंभिक विकास-विशेषता विकास परियोजना 2520 के प्रकाश में प्रोटेरोजोइक पेलियोबायोलॉजी और जैव-भूरासायनिक प्रक्रियाओं की पुनः व्याख्याः कार्वाल्हो, टी. पी., आर. ई. रीस, और जे. पी. फ्रियल, 2017 माराकाइबो बेसिन, वेनेजुएला से हॉप्लोमाइज़ोन (सिलुरिफॉर्मसः एस्प्रेडिनिडे) की एक नई प्रजातिः उच्च-रिज़ॉल्यूशन परियोजना 2651 का उपयोग करके ऑस्टियोलॉजिकल विवरणः बैरन, एम. जी., नॉर्मन, डी. बी., बैरेट, पी. एम., 2017 डायनासोर संबंधों की एक नई परिकल्पना और प्रारंभिक डी. वर्गीकरण, चरित्र और मैट्रिक्स-आधारित डेटा के साथ-साथ इसकी सहयोगी विशेषताओं के विलय के लिए अपने उपकरणों के कारण मॉर्फोबैंक ऐसी परियोजनाओं के लिए अच्छी तरह से अनुकूल है। इस शोध की मुख्य विशेषताओं में विज्ञान में प्रकाशित स्तनपायी विकास पर एक सहयोगी मैट्रिक्स शामिल है जिसमें 80 से अधिक प्रजातियों के लिए 4,000 से अधिक फेनोमिक वर्ण, लगभग 600 छवियों वाली मौजूदा बेलीन व्हेल पर एक मैट्रिक्स और बहुत कुछ शामिल हैं। संदर्भ उद्धरण। बाहरी लिंक मॉर्फोबैंक होम पेज मॉडर्नाइजिंग द ट्री ऑफ लाइफ, साइंस, 10 जून 2003,300:1692-1697। जैव विविधता के मूल्यांकन को सरल और तेज करने के लिए मॉर्फोबैंक सहित परियोजनाओं के प्रयासों पर चर्चा करने वाला लेख। "मॉर्फोलॉजीः द शेप ऑफ थिंग्स टू कम", पॉल डी. थाकर, बायोसाइंस, जून 2003, वॉल्यूम। 53 नं. 6, 544। मॉर्फोबैंक सहित रूपात्मक अनुसंधान में समकालीन पहलों पर एक रिपोर्ट। वेब अनुप्रयोग जैव सूचना विज्ञान सॉफ्टवेयर जीवाश्म विज्ञान विकास आकृति विज्ञान (जीव विज्ञान) वर्गीकरण प्रजाति जीवाश्म