Random coil index
रैंडम कॉइल इंडेक्स (आर. सी. आई.) बैकबोन सेकेंडरी केमिकल शिफ्ट्स के एक व्युत्क्रम भारित औसत की गणना करके और मॉडल-मुक्त क्रम मापदंडों के साथ-साथ एन. एम. आर. के प्रति-अवशेष आर. एम. एस. डी. और इस पैरामीटर से आणविक गतिकी समूहों के मूल्यों की भविष्यवाणी करके प्रोटीन लचीलेपन की भविष्यवाणी करता है। प्रोटीन लचीलेपन का अध्ययन करने के मौजूदा तरीकों की तुलना में इस प्रोटोकॉल के प्रमुख लाभ यह हैं कि इसे प्रोटीन की तृतीयक संरचना के पूर्व ज्ञान की आवश्यकता नहीं है, यह प्रोटीन के समग्र पतन के प्रति संवेदनशील नहीं है और इसे रीढ़ की हड्डी के कार्य के लिए मानक प्रयोगों से परे अतिरिक्त एन. एम. आर. माप की आवश्यकता नहीं है। प्रोटीन लचीलेपन की विशेषता के लिए द्वितीयक रासायनिक परिवर्तनों का अनुप्रयोग इस धारणा पर आधारित है कि यादृच्छिक कुंडल मानों में रासायनिक परिवर्तनों की निकटता प्रोटीन गतिशीलता में वृद्धि की अभिव्यक्ति है, जबकि यादृच्छिक कुंडल मानों से महत्वपूर्ण अंतर अपेक्षाकृत कठोर संरचना का संकेत हैं। भले ही कठोर अवशेषों के रासायनिक परिवर्तन यादृच्छिक कुंडल मूल्यों को संरक्षण और निर्जलीकरण प्रभावों के तुलनीय योगदान के परिणामस्वरूप अपना सकते हैं (जैसे। मरोड़ कोणों, हाइड्रोजन बंधनों, वलय धाराओं आदि से। ), कई नाभिकों से रासायनिक बदलावों को एक ही पैरामीटर में संयोजित करने से इन लचीले गलत सकारात्मक के प्रभाव को कम करने में मदद मिलती है। बेहतर प्रदर्शन लचीले क्षेत्रों बनाम कठोर क्षेत्रों में अमीनो एसिड अवशेषों के बीच पाए जाने वाले विभिन्न नाभिकों से यादृच्छिक कुंडल रासायनिक बदलाव की विभिन्न संभावनाओं से उत्पन्न होता है। आमतौर पर, कठोर हेलिक्स या कठोर बीटा-स्ट्रैंड में अवशेषों में गतिशील क्षेत्रों में अवशेषों की तुलना में उनकी रीढ़ की हड्डी के बीच एक से अधिक यादृच्छिक कुंडल रासायनिक बदलाव होने की संभावना कम होती है। आर. सी. आई. की वास्तविक गणना में कई अतिरिक्त कदम शामिल हैं जिनमें कई आसन्न अवशेषों पर द्वितीयक बदलावों को सुचारू बनाना, पड़ोसी अवशेष सुधारों का उपयोग, रासायनिक बदलाव को फिर से संदर्भित करना, अंतराल भरना, रासायनिक बदलाव स्केलिंग और शून्य-से-शून्य समस्याओं को विभाजित करने से रोकने के लिए संख्यात्मक समायोजन शामिल हैं। 13 सी, 15 एन और 1 एच द्वितीयक रासायनिक बदलावों को फिर इन नाभिकों की विशेषता अनुनाद आवृत्तियों के लिए और प्रोटोकॉल के विभिन्न हिस्सों के बीच संख्यात्मक स्थिरता प्रदान करने के लिए मापा जाता है। एक बार जब ये स्केलिंग सुधार किए जा चुके हैं, तो आर. सी. आई. की गणना की जाती है। इस बिंदु पर "अंतिम-प्रभाव सुधार" भी लागू किया जा सकता है। प्रोटोकॉल के अंतिम चरण में आर. सी. आई. मूल्यों के प्रारंभिक सेट को तीन-बिंदु औसत से सुचारू बनाना शामिल है। रासायनिक बदलाव रासायनिक बदलाव सूचकांक प्रोटीन गतिकी प्रोटीन एन. एम. आर. एन. एम. आर. परमाणु चुंबकीय अनुनाद स्पेक्ट्रोस्कोपी प्रोटीन परमाणु चुंबकीय अनुनाद स्पेक्ट्रोस्कोपी प्रोटीन dynamics#Domains और प्रोटीन लचीलापन प्रोटीन संदर्भ परमाणु चुंबकीय अनुनाद परमाणु चुंबकीय अनुनाद सॉफ्टवेयर प्रोटीन विधियां प्रोटीन संरचना जैवभौतिकी वैज्ञानिक तकनीक रसायन विज्ञान सॉफ्टवेयर देखें।