Rule-based modeling
नियम-आधारित मॉडलिंग एक मॉडलिंग दृष्टिकोण है जो नियमों के एक समूह का उपयोग करता है जो अप्रत्यक्ष रूप से एक गणितीय मॉडल को निर्दिष्ट करता है। नियम-सेट को या तो मार्कोव श्रृंखला या विभेदक समीकरण जैसे मॉडल में अनुवादित किया जा सकता है, या उन उपकरणों का उपयोग करके इलाज किया जा सकता है जो सीधे अनुवादित मॉडल के स्थान पर नियम-सेट पर काम करते हैं, क्योंकि बाद वाला आमतौर पर बहुत बड़ा होता है। नियम-आधारित मॉडलिंग विशेष रूप से उन मामलों में प्रभावी है जहां नियम-सेट मॉडल की तुलना में काफी सरल है, जिसका अर्थ है कि मॉडल सीमित संख्या में पैटर्न की बार-बार अभिव्यक्ति है। एक महत्वपूर्ण क्षेत्र जहां अक्सर ऐसा होता है, वह है जीवित जीवों के जैव रासायनिक मॉडल। पारस्परिक रूप से संबंधित पदार्थों के समूह पारस्परिक रूप से संबंधित अंतःक्रियाओं के अधीन हैं। बायोनेटजेन सॉफ्टवेयर उपकरणों का एक समूह है जिसका उपयोग सीधे समीकरणों को उत्पन्न किए बिना साधारण विभेदक समीकरणों से युक्त गणितीय मॉडल उत्पन्न करने के लिए किया जाता है। उदाहरण के लिए नीचे बायोनेटजेन प्रारूप में एक उदाहरण नियम दिया गया हैः जहांः ए (ए, ए): दो मुक्त बंधन स्थलों के साथ एक मॉडल प्रजाति ए का प्रतिनिधित्व करता है ए बी (बी): एक मुक्त बंधन स्थल ए (ए! 1) के साथ एक मॉडल प्रजाति बी का प्रतिनिधित्व करता है। बी (बी! 1): मॉडल प्रजातियों का प्रतिनिधित्व करता है जहां ए का कम से कम एक बंधन स्थल बी के बंधन स्थल से बंधा होता है। उपरोक्त कोड की रेखा के साथ, बायोनेटजेन स्वचालित रूप से प्रत्येक मॉडल प्रजाति के लिए सही द्रव्यमान संतुलन के साथ एक ओडीई बनाएगा। इसके अतिरिक्त, एक अतिरिक्त प्रजाति बनाई जाएगी क्योंकि उपरोक्त नियम का तात्पर्य है कि दो बी अणु एक एकल ए अणु से जुड़ सकते हैं क्योंकि दो बंधन स्थल हैं। अतः निम्नलिखित प्रजातियाँ उत्पन्न होंगीः 4. ए (ए! 1, ए! 2). बी (बी! 1). बी (बी! 2): दो अलग-अलग बी अणुओं द्वारा कब्जा किए गए दोनों बंधन स्थलों के साथ अणु ए। जैव रासायनिक प्रणालियों के लिए जैव रासायनिक प्रणालियों के अनुकरण में नियम-आधारित प्रतिरूपण का उपयोग करने के प्रारंभिक प्रयासों में यादृच्छिक प्रतिरूपण प्रणाली शामिल है स्टोचसिम जैव रासायनिक नेटवर्क के नियम-आधारित प्रतिरूपण के लिए व्यापक रूप से उपयोग किया जाने वाला उपकरण बायोनेटजेन है जिसे जी. एन. यू. जी. पी. एल., संस्करण 3 के तहत जारी किया गया है। बायोनेटजेन में रासायनिक पदार्थों का वर्णन करने के लिए एक भाषा शामिल है, जिसमें वे अवस्थाएँ भी शामिल हैं जिन्हें वे मान सकते हैं और जिन बंधनों से वे गुजर सकते हैं। इन नियमों का उपयोग प्रतिक्रिया नेटवर्क मॉडल बनाने या सीधे नियम सेट पर कंप्यूटर सिमुलेशन करने के लिए किया जा सकता है। बायोकेमिकल मॉडलिंग फ्रेमवर्क वर्चुअल सेल में एक बायोनेटजेन दुभाषिया शामिल है। एक करीबी विकल्प कप्पा भाषा है। एक अन्य विकल्प जैव रासायनिक अंतरिक्ष भाषा है। संदर्भ प्रणाली जीव विज्ञान आणविक जीव विज्ञान यादृच्छिक अनुकरण मुक्त विज्ञान सॉफ्टवेयर