Critical Assessment of Function Annotation
द क्रिटिकल असेसमेंट ऑफ फंक्शनल एनोटेशन (सी. ए. एफ. ए.) एक प्रयोग है जिसे प्रोटीन फ़ंक्शन की भविष्यवाणी करने के लिए समर्पित कम्प्यूटेशनल विधियों का बड़े पैमाने पर मूल्यांकन प्रदान करने के लिए डिज़ाइन किया गया है। विभिन्न एल्गोरिदम का मूल्यांकन आणविक कार्य, जैविक प्रक्रिया और कोशिकीय घटक की श्रेणियों में जीन ऑन्टोलॉजी (जी. ओ.) शब्दों की भविष्यवाणी करने की उनकी क्षमता से किया जाता है। प्रयोग में दो ट्रैक होते हैंः (i) यूकेरियोटिक ट्रैक, (ii) प्रोकैरियोटिक ट्रैक। प्रत्येक ट्रैक में, आयोजकों द्वारा लक्ष्यों का एक सेट प्रदान किया जाता है। प्रतिभागियों से अपेक्षा की जाती है कि वे प्रस्तुत करने की समय सीमा तक अपनी भविष्यवाणियां प्रस्तुत करें, जिसके बाद उनका मूल्यांकन विशिष्ट मेट्रिक्स के एक सेट के अनुसार किया जाता है। प्रेरणा एक जीव के जीनोम में सैकड़ों से दसियों हज़ार जीन हो सकते हैं, जो सैकड़ों हजारों विभिन्न प्रोटीन अनुक्रमों के लिए कूटबद्ध होते हैं। जीनोम अनुक्रमण की अपेक्षाकृत कम लागत के कारण, जीन और प्रोटीन अनुक्रमों का निर्धारण करना तेज़ और सस्ता है। अब तक हजारों प्रजातियों को अनुक्रमित किया गया है, फिर भी कई प्रोटीन अच्छी तरह से चिह्नित नहीं हैं। कोशिका में प्रोटीन की भूमिका को प्रयोगात्मक रूप से निर्धारित करने की प्रक्रिया एक महंगा और समय लेने वाला कार्य है। इसके अलावा, जब कार्यात्मक परीक्षण किए जाते हैं तब भी वे प्रोटीन कार्य में पूर्ण अंतर्दृष्टि प्रदान करने की संभावना नहीं रखते हैं। इसलिए प्रोटीन को कार्यात्मक रूप से एनोटेट करने के लिए कम्प्यूटेशनल उपकरणों का उपयोग करना महत्वपूर्ण हो गया है। प्रोटीन कार्य भविष्यवाणी के कई कम्प्यूटेशनल तरीके हैं जो विभिन्न प्रकार के जैविक और विकासवादी डेटा का उपयोग करके प्रोटीन कार्य का अनुमान लगा सकते हैं, लेकिन सुधार के लिए महत्वपूर्ण गुंजाइश है। प्रोटीन कार्य की सटीक भविष्यवाणी का जैव चिकित्सा और औषधीय अनुसंधान पर लंबे समय तक प्रभाव पड़ सकता है। सी. ए. एफ. ए. प्रयोग को कम्प्यूटेशनल विधियों का निष्पक्ष मूल्यांकन प्रदान करने, कम्प्यूटेशनल कार्य भविष्यवाणी में अनुसंधान को प्रोत्साहित करने और कार्य भविष्यवाणी में समग्र अत्याधुनिक अंतर्दृष्टि प्रदान करने के लिए डिज़ाइन किया गया है। संगठन प्रयोग में तीन चरण होते हैंः भविष्यवाणी चरणः ~ 4 महीने आयोजक समुदाय को अज्ञात या अपूर्ण कार्य के साथ प्रोटीन अनुक्रम प्रदान करते हैं और भविष्यवाणियों को प्रस्तुत करने के लिए समय सीमा निर्धारित करते हैं लक्ष्य संचयः 6-12 महीनों के बाद सभी भविष्यवाणियों को संग्रहीत किया जाता है और प्रयोग एक प्रतीक्षा अवधि में प्रवेश करता है जिसमें प्रोटीन कार्यों के सार्वजनिक डेटाबेस में जमा होने की उम्मीद होती है विश्लेषण चरणः 1 महीने के भविष्यवक्ताओं को उनके प्रदर्शन के अनुसार स्थान दिया जाता है। परिणाम सार्वजनिक रूप से वैज्ञानिक बैठकों में साझा किए जाते हैं और सहकर्मी समीक्षा के बाद प्रकाशित किए जाते हैं। सी. ए. एफ. ए. प्रयोग स्वचालित कार्य भविष्यवाणी (ए. एफ. पी.) विशेष रुचि समूह (ए. एफ. पी./एस. आई. जी.) द्वारा आयोजित किया जाता है। सी. ए. एफ. ए. की कल्पना डॉ. इनबल (हैल्पेरिन) लैंड्सबर्ग ने की थी, और प्रो. रस ऑल्टमैन और डॉ. इडो फ्रीडबर्ग के साथ उनके द्वारा इसका आयोजन किया गया था। 2005, 2006, 2008, 2011 और 2012 में आणविक जीव विज्ञान सम्मेलन के लिए बुद्धिमान प्रणालियों के साथ-साथ ए. एफ. पी./एस. आई. जी. की एक बैठक आयोजित की गई है। सी. ए. एफ. ए. 2010-2012 पहला सी. ए. एफ. ए. प्रयोग शरद ऋतु 2010 और वसंत 2012 के बीच आयोजित किया गया था। आयोजकों ने इन अनुक्रमों में से प्रत्येक के लिए जीन ऑन्टोलॉजी एनोटेशन की भविष्यवाणी करने के कार्य के साथ समुदाय के लिए 48,000 अनुक्रम प्रदान किए। उन 48,000 प्रोटीनों में से 866 को लक्ष्य संचय चरण के दौरान प्रयोगात्मक रूप से एनोटेट किया गया था। परिणामों से पता चला कि वर्तमान कार्य भविष्यवाणी एल्गोरिदम एक साधारण डोमेन असाइनमेंट या ब्लास्ट पैकेज के सीधे उपयोग की तुलना में काफी बेहतर प्रदर्शन करते हैं। हालाँकि, उन्होंने यह भी खुलासा किया कि प्रोटीन के जैविक कार्य की सटीक भविष्यवाणी अभी भी एक खुली और चुनौतीपूर्ण समस्या है। सी. ए. एफ. ए. 2013-2014 दूसरा सी. ए. एफ. ए. प्रयोग शरद ऋतु 2013 में शुरू हुआ। अगस्त से, इच्छुक पक्ष 27 प्रजातियों में 100,000 से अधिक लक्ष्य अनुक्रम डाउनलोड कर सकते हैं। पंजीकृत दलों को चुनौती दी जाती है कि वे जीन ऑन्टोलॉजी शब्दों के साथ अनुक्रमों की व्याख्या करें, साथ ही मानव फेनोटाइप ऑन्टोलॉजी शब्दों के साथ मानव अनुक्रमों की व्याख्या करने के लिए एक अतिरिक्त चुनौती दी जाती है। जमा करने की समय सीमा 15 जनवरी, 2014 थी। भविष्यवाणियों का मूल्यांकन जून 2014 में किया जाएगा। सी. ए. एस. पी.: प्रोटीन संरचना भविष्यवाणी का महत्वपूर्ण आकलन सी. ए. पी. आर. आई.: अंतःक्रियाओं की भविष्यवाणी का महत्वपूर्ण आकलन संदर्भ बाहरी लिंक स्वचालित कार्य भविष्यवाणी विशेष रुचि समूह-सी. ए. एफ. ए. चुनौती भागीदारी जानकारी जैव सूचना विज्ञान