Small Molecule Pathway Database
स्मॉल मॉलिक्यूल पाथवे डेटाबेस (एस. एम. पी. डी. बी.) एक व्यापक, उच्च गुणवत्ता वाला, स्वतंत्र रूप से सुलभ, ऑनलाइन डेटाबेस है जिसमें 600 से अधिक छोटे अणु हैं। मनुष्यों में पाए जाने वाले चयापचय) मार्ग। एस. एम. पी. डी. बी. को विशेष रूप से मेटाबोलोमिक्स, ट्रांसक्रिप्टोमिक्स, प्रोटिओमिक्स और सिस्टम बायोलॉजी में मार्ग व्याख्या और मार्ग खोज का समर्थन करने के लिए डिज़ाइन किया गया है। यह आंशिक रूप से पांच प्रकार के छोटे अणु मार्गों के रंगीन, विस्तृत, पूरी तरह से खोज योग्य, हाइपरलिंक्ड आरेख प्रदान करके ऐसा करने में सक्षम हैः 1) सामान्य मानव चयापचय मार्ग; 2) मानव चयापचय रोग मार्ग; 3) मानव चयापचय संकेत मार्ग; 4) दवा-क्रिया मार्ग और 5) दवा चयापचय मार्ग। एस. एम. पी. डी. बी. मार्गों को गूगल मैप्स जैसे इंटरफेस का उपयोग करके अंतःक्रियात्मक रूप से नेविगेट, देखा और ज़ूम किया जा सकता है। सभी एस. एम. पी. डी. बी. मार्गों में संबंधित अंगों, उपकोशिकीय डिब्बों, प्रोटीन सह-कारकों, प्रोटीन स्थानों, चयापचय स्थानों, रासायनिक संरचनाओं और प्रोटीन चतुर्थक संरचनाओं (चित्र। 1)। एस. एम. पी. डी. बी. में प्रत्येक छोटे अणु को एच. एम. डी. बी. या ड्रगबैंक में निहित विस्तृत विवरणों से जोड़ दिया जाता है और प्रत्येक प्रोटीन या एंजाइम परिसर को यूनीप्रोट से जोड़ दिया जाता है। इसके अतिरिक्त, सभी एस. एम. पी. डी. बी. मार्ग विस्तृत विवरण और संदर्भों के साथ हैं, जो प्रत्येक आरेख में दर्शाए गए मार्ग, स्थिति या प्रक्रियाओं का अवलोकन प्रदान करते हैं। उपयोगकर्ता एस. एम. पी. डी. बी. ब्राउज़ कर सकते हैं (चित्र। 2) या पाठ खोज द्वारा इसकी सामग्री की खोज करें (चित्र। 3), अनुक्रम खोज या रासायनिक संरचना खोज। जीन या प्रोटीन के नाम, दवा के नाम, मेटाबोलाइट के नाम, जेनबैंक आईडी, स्विस-प्रोट आईडी, एजिलेंट या एफिमेट्रिक्स माइक्रोएरे आईडी की सूची के साथ खोज करने सहित अधिक शक्तिशाली प्रश्न भी संभव हैं। ये प्रश्न मेल खाने वाले मार्गों की सूची तैयार करेंगे और प्रत्येक मार्ग आरेख पर मेल खाने वाले अणुओं को उजागर करेंगे। एस. एम. पी. डी. बी. के मानचित्रण इंटरफेस के माध्यम से जीन, मेटाबोलाइट और प्रोटीन सांद्रता डेटा को भी देखा जा सकता है। एस. एम. पी. डी. बी. मेटाबोलोमिक्स डेटाबेस के एक समूह का हिस्सा है जिसमें मानव मेटाबोलोम डेटाबेस, ड्रगबैंक और टॉक्सिन और टॉक्सिन-टारगेट डेटाबेस (टी3डीबी) भी शामिल हैं। जबकि ड्रगबैंक में 7000 दवाओं और> 4200 गैर-अनावश्यक दवा लक्ष्यों, एंजाइमों, ट्रांसपोर्टरों और वाहकों के बारे में जानकारी शामिल है, एच. एम. डी. बी. में मानव शरीर में पाए जाने वाले 40,000 से अधिक छोटे अणु चयापचय होते हैं। सुइट अपने 3100 से अधिक सामान्य विषाक्त पदार्थों और 1300 से अधिक संबंधित विषाक्त लक्ष्यों के साथ टी3डीबी द्वारा पूरक है। एस. एम. पी. डी. बी. का पहला संस्करण 1 जनवरी, 2010 को जारी किया गया था। इस रिलीज में छोटे अणु मार्गों के लिए 350 से अधिक छवि-मानचित्रित मार्ग शामिल थे। दर्शक इंटरफेस 3-चरण (छोटे, मध्यम, बड़े) ज़ूमिंग के साथ स्क्रॉल-बार छवि नेविगेशन तक सीमित था। इस पहले संस्करण में मार्ग 1) मानव चयापचय मार्ग; 2) मानव चयापचय रोग मार्ग; और 3) मानव चयापचय संकेत मार्ग तक सीमित थे। एस. एम. पी. डी. बी. का दूसरा संस्करण 2014 में जारी किया गया था। इस संस्करण में 620 से अधिक छोटे अणु मार्ग शामिल थे। क्लिक-एन-ड्रैग इमेज नेविगेशन और असीमित, इंटरैक्टिव ज़ूमिंग के साथ गूगल-मैप जैसे इंटरफेस को शामिल करने के लिए दर्शक इंटरफेस को बढ़ाया गया था। इस दूसरे संस्करण में मार्गों का विस्तार किया गया जिसमें शामिल हैंः 1) सामान्य मानव चयापचय मार्ग; 2) मानव चयापचय रोग मार्ग; 3) मानव चयापचय संकेत मार्ग; 4) दवा क्रिया मार्ग और 5) दवा चयापचय मार्ग। के. ई. जी. जी. एच. एम. डी. बी. ड्रगबैंक रिएक्टोम मेटासाइक जैविक डेटाबेस की सूची भी देखें संदर्भ चयापचय डेटाबेस चिकित्सा डेटाबेस जैविक डेटाबेस