BioSamples
बायोसैंपल्स (बायोएसडी) अनुक्रमण में उपयोग किए जाने वाले जैविक नमूनों के बारे में जानकारी के लिए यूरोपीय जैव सूचना विज्ञान संस्थान में एक डेटाबेस है। यह जैविक सामग्रियों के बारे में प्रस्तुतकर्ता द्वारा आपूर्ति किए गए मेटाडेटा को संग्रहीत करता है जिनसे राष्ट्रीय जैव प्रौद्योगिकी सूचना केंद्र (एन. सी. बी. आई.) के प्राथमिक डेटा अभिलेखागार में संग्रहीत डेटा प्राप्त किया जाता है। एन. सी. बी. आई. के अभिलेखागार कई प्रजातियों के विभिन्न प्रकार के नमूनों से संबंधित डेटा को होस्ट करते हैं, और इस तरह बायोसाम्पल डेटाबेस समान रूप से विविध है। एक जैव नमूने के उदाहरणों में एक प्राथमिक ऊतक बायोप्सी, एक व्यक्तिगत जीव या एक पर्यावरणीय पृथक शामिल हैं। बायोसैंपल्स डेटाबेस नियंत्रित नमूना विशेषता क्षेत्र नाम शब्दावली के उपयोग को प्रोत्साहित करके एक संरचित तरीके से नमूना मेटाडेटा को पकड़ता है। यह मेटाडेटा नमूना डेटा संदर्भ देने में महत्वपूर्ण है, जिससे इसे अधिक पूरी तरह से समझा जा सकता है, पुनः उपयोग किया जा सकता है और विभिन्न डेटा सेटों के एकत्रीकरण को सक्षम बनाता है। नमूना मेटाडेटा कई अभिलेखीय डेटाबेस में प्रासंगिक प्रयोगात्मक डेटा से जुड़ा हुआ है जो नमूना विवरण को एक बार प्रस्तुत करने में सक्षम करके प्रस्तुतकर्ता के बोझ को कम करता है। इसके बाद वे अन्य अभिलेखागारों में डेटा जमा करते समय, जब आवश्यक हो, उस नमूने का संदर्भ ले सकते हैं। बायोसाम्पल रिकॉर्ड अनुक्रमित और खोज योग्य होते हैं, जो नमूना विवरण द्वारा क्रॉस-डेटाबेस प्रश्नों का समर्थन करते हैं। इतिहास बायोसैंपल्स डेटाबेस को 2011 में नमूना मेटाडेटा को एकत्रित करने और मानकीकृत करने में मदद करने के लिए शुरू किया गया था। ऐतिहासिक रूप से, प्रत्येक अभिलेखागार ने नमूना मेटाडेटा संग्रह के लिए अपनी परंपरा बनाई थी। ये आमतौर पर अपने मानकीकरण में सीमित थे और यह इंगित करने के लिए कोई विधि नहीं थी कि कब एक नमूने का उपयोग कई डेटा सेटों में किया गया था। इसके अलावा, शोध समुदाय के बीच जागरूकता बढ़ रही है कि अंतर्निहित डेटा को समझने के लिए नमूना मेटाडेटा महत्वपूर्ण है। इसके अलावा, बेहतर मेटाडेटा के साथ डेटा के पुनः उपयोग, एकत्रीकरण और एकीकरण की संभावना बढ़ जाती है। डेटाबेस शुरू में एस. आर. ए., ई. एस. टी., जी. एस. एस. और डी. बी. जी. ए. पी. से निकाले गए मौजूदा विवरणों से भरा हुआ था। मई 2013 तक, डेटाबेस में 18,000 प्रजातियों को शामिल करते हुए लगभग 20 लाख जैव नमूना रिकॉर्ड हैं। सामग्री बायोसाम्पल्स डेटाबेस का आकार जनवरी 2012 से दोगुना हो गया है जब अक्टूबर 2013 तक बायोसाम्पल्स डेटाबेस में 10 लाख नमूनों का वर्णन किया गया था। तेजी से वृद्धि मुख्य रूप से नए डेटा स्रोतों और मौजूदा स्रोतों से डेटा की मात्रा में वृद्धि के कारण हुई है। नए डेटा स्रोतों में द कैंसर जीनोम एटलस के 22,288 नमूने और कैटलॉग ऑफ सोमेटिक म्यूटेशन इन कैंसर (सी. ओ. एस. एम. आई. सी.) के 920,441 नमूने शामिल हैं। विशेषताएँ संरचित नाम का उपयोग करके जांच के तहत सामग्री को परिभाषित करती हैंः मूल्य जोड़े, उदाहरण के लिएः ऊतकः यकृत संग्रह की तारीखः 31-जनवरी-2013 नमूना प्रकार को निर्दिष्ट करने के बाद, उपयोगकर्ता को भरने के लिए आवश्यक और वैकल्पिक विशेषता क्षेत्रों की एक सूची के साथ-साथ किसी भी संख्या में कस्टम वर्णनात्मक विशेषताओं की आपूर्ति करने का अवसर प्रस्तुत किया जाता है। बायोसाम्पल डेटाबेस का विस्तार किया जा सकता है क्योंकि नए मानकों के विकास के साथ नए प्रकार और विशेषताओं को जोड़ा जा सकता है। बायोसाम्पल प्रकार और विशेषताओं के अलावा, प्रत्येक बायोसाम्पल रिकॉर्ड में ये भी शामिल हैंः बायोसाम्पल प्रकार और विशेषताओं की पूरी सूची और परिभाषाएँ पूर्वावलोकन और डाउनलोड के लिए उपलब्ध हैं। डेटा अभिगम कई तरीके हैं जिनसे डेटाबेस तक पहुँचा जा सकता है। जनता के लिए बायोएसडी के प्रारंभिक विमोचन ने केवल एक वेब इंटरफेस के माध्यम से डेटाबेस तक पहुंच प्रदान की। इस वेब इंटरफेस को बाद में नवंबर 2012 में और फिर मार्च 2013 में ईबीआई साइट-वाइड री-लॉन्च के बाद फिर से अपडेट किया गया था। फरवरी 2013 में, एक सार्वजनिक अनुप्रयोग प्रोग्रामिंग इंटरफेस (एपीआई) को एक प्रतिनिधि राज्य हस्तांतरण (आरईएसटी) प्रणाली का उपयोग करके जारी किया गया था। अक्टूबर 2013 में, ई. बी. आई. के नए आर. डी. एफ. प्लेटफॉर्म के एक हिस्से के रूप में एक एस. पी. ए. आर. क्यू. एल. अंतिम बिंदु जारी किया गया था, जो आर. डी. एफ. प्रारूप में डेटा तक पहुंच प्रदान करता है। इसके अतिरिक्त, डेटाबेस को ईबीआई की एफटीपी सेवा के माध्यम से डाउनलोड किया जा सकता है। वेब इंटरफेस वेब इंटरफेस उपयोगकर्ताओं को वेब ब्राउज़र के माध्यम से बायोएसडी डेटाबेस तक पहुँचने की अनुमति देता है। यह नमूना समूहों द्वारा और स्वयं नमूनों द्वारा खोज दोनों के लिए कार्यक्षमता प्रदान करता है। खोज में उपयोगकर्ताओं को टाइप करते समय संभावित खोज शब्द प्रदान करके उनकी सहायता करने के लिए वृद्धिशील खोज की सुविधा है। उन्नत खोज प्रदान की जाती है और उपयोगकर्ताओं को अपने खोज शब्दों में द्विआधारी शब्दों, AND, OR और NOT को लागू करके खोज करने की अनुमति देती है। इसके अतिरिक्त, एक वाइल्डकार्ड वर्ण का उपयोग वर्णों के किसी भी संयोजन से मेल खाने के लिए किया जा सकता है जिसमें कोई वर्ण शामिल नहीं है। एक प्रश्न चिह्न वर्ण का उपयोग किसी एक अक्षर से मेल खाने के लिए भी किया जा सकता है। इनके उदाहरण निम्नलिखित तालिका में देखे जा सकते हैंः वेब इंटरफेस उपयोगकर्ताओं को खोज परिणामों का चयन करने और उस खोज परिणाम का अधिक विवरण देखने की भी अनुमति देता है। विस्तृत दृश्य आगे की जानकारी प्रदान करता है और परख डेटाबेस (ओं) के लिए एक लिंक उपलब्ध कराता है जिससे डेटा प्राप्त किया गया था। कॉलम द्वारा आदेश भी प्रदान किया जाता है। एप्लिकेशन प्रोग्रामिंग इंटरफेस एपीआई प्रोग्रामेटिक तरीके से डेटा पुनर्प्राप्त करने के लिए एक उपयुक्त विधि प्रदान करता है। यह एक आरईएसटीफुल प्रणाली का उपयोग करता है जो उपयोगकर्ताओं को यूआरआई अंतिम बिंदुओं से पूछताछ करने और परिणाम के रूप में एक्सएमएल प्राप्त करने की अनुमति देता है। ए. पी. आई. में विभिन्न प्रकार के अनुरोधों के लिए यू. आर. आई. अंतिम बिंदु होते हैं। इन अनुरोधों का उपयोग विशिष्ट नमूने खोजने, विशिष्ट समूहों को खोजने, समूहों की खोज करने, नमूनों की खोज करने और समूह के भीतर नमूनों की खोज करने के लिए किया जा सकता है। एस. पी. ए. आर. क्यू. एल. एंडप्वाइंट एस. पी. ए. आर. क्यू. एल. एंडप्वाइंट उपयोगकर्ताओं को मानक वेब इंटरफेस की तुलना में अधिक व्यापक तरीके से डेटाबेस खोजने की अनुमति देता है जबकि अभी भी वेब ब्राउज़र से उपयोग करने योग्य है। इस इंटरफेस के माध्यम से, उपयोगकर्ताओं को उनकी खोजों में सक्षम बनाने के लिए कहीं अधिक जटिल प्रश्न किए जा सकते हैं। हालाँकि, डेटा तक पहुँचने की इस विधि के साथ सीखने की अवस्था में वृद्धि हुई है। एस. पी. ए. आर. क्यू. एल. अंतिम बिंदु आर. डी. एफ. प्रारूप में परिणाम देता है जिसे शुरू में मेटाडेटा को ध्यान में रखते हुए बनाया गया था और इस प्रकार यह बायोएसडी की जरूरतों के अनुकूल है। विकास टीम ई. एम. बी. एल.-ई. बी. आई. में हेलेन पार्किंसन की टीम का एक हिस्सा है और इसमें सॉफ्टवेयर इंजीनियर और वेब डेवलपर शामिल हैं जिन्हें ऑन्टोलॉजिस्ट और जैव सूचना विज्ञानियों द्वारा डोमेन विशिष्ट ज्ञान के साथ सहायता प्रदान की जाती है। परियोजना में उपयोग की जाने वाली प्राथमिक प्रोग्रामिंग भाषा जावा प्रोग्रामिंग भाषा है। परियोजना के विकास में सहायता के लिए, विकास दल एकीकृत विकास वातावरण, इंटेलीजे आइडिया का उपयोग करते हैं जो जेटब्रेन्स द्वारा प्रदान किया जाता है। परियोजना में उपयोग किए जाने वाले अन्य उपकरणों में निरंतर एकीकरण और सॉफ्टवेयर रिलीज के प्रबंधन के लिए बांस शामिल हैं। इसके अतिरिक्त, योरकिट एक जावा प्रोफाइलर है जो बायोएसडी परियोजना में बग को अनुकूलित करने और समाप्त करने में मदद करता है। इस परियोजना को एक मुक्त स्रोत परियोजना के रूप में विकसित किया गया है जिसमें सभी स्रोत कोड गिटहब पर स्वतंत्र रूप से उपलब्ध हैं। वर्तमान में बायोएसडी डेटाबेस के विकास और रखरखाव के लिए प्राथमिक वित्त पोषण यूरोपीय आणविक जीव विज्ञान प्रयोगशाला (ई. एम. बी. एल.) के मुख्य बजट द्वारा प्रदान किया जाता है जो बदले में इसके 20 सदस्य देशों द्वारा वित्त पोषित होता है। यूरोपीय आयोग से भी कई अनुदानों के रूप में अतिरिक्त योगदान दिया गया है। वेलकम ट्रस्ट और मेडिकल रिसर्च काउंसिल और ई. बी. आई. एस. सी. इनोवेटिव मेडिसिन इनिशिएटिव द्वारा प्रदान की गई ह्यूमन इंड्यूस्ड प्लुरिपोटेंट स्टेम सेल इनिशिएटिव से आगे की फंडिंग आई है। यूरोपीय जैव सूचना विज्ञान संस्थान संदर्भ बाहरी लिंक कैम्ब्रिजशायर दक्षिण कैम्ब्रिजशायर जिले में जैव नमूने आनुवंशिकी डेटाबेस विज्ञान और प्रौद्योगिकी भी देखें।