Death Domain database
डेथ डोमेन डेटाबेस डेथ डोमेन सुपर फैमिली के प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन (पी. पी. आई.) का एक द्वितीयक डेटाबेस है। इस सुपरफ़ैमिली के सदस्य एपोप्टोसिस, सूजन, नेक्रोसिस और प्रतिरक्षा कोशिका संकेत मार्गों में प्रमुख खिलाड़ी हैं। नकारात्मक मृत्यु क्षेत्र अति-परिवार-मध्यस्थ संकेत घटनाओं के परिणामस्वरूप विभिन्न मानव रोग होते हैं जिनमें कैंसर, न्यूरोडीजेनेरेटिव रोग और प्रतिरक्षात्मक विकार शामिल हैं। डेथ डोमेन डेटाबेस बनाना बायोमेडिकल क्षेत्र के शोधकर्ताओं के लिए विशेष रुचि का विषय है क्योंकि यह डेथ डोमेन इंटरैक्शन में शामिल आणविक तंत्र की आगे की समझ को सक्षम बनाता है, साथ ही प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन नेटवर्क और जानकारी को दर्शाने वाले इंटरैक्शन मैप जैसे उपकरणों तक आसान पहुंच प्रदान करता है। वर्तमान में केवल एक डेटाबेस है जो विशेष रूप से मृत्यु डोमेन को देखता है लेकिन अन्य डेटाबेस और संसाधन हैं जिनके पास इस सुपरफ़ैमिली के बारे में जानकारी है। पबमेड के अनुसार, इस डेटाबेस को आज तक सात सहकर्मी-समीक्षा लेखों द्वारा उद्धृत किया गया है क्योंकि मृत्यु डोमेन और उनके पी. पी. आई. सारांशों पर इसकी व्यापक और विशिष्ट जानकारी है। डेथ डोमेन सुपरफ़ैमिली विकासवादी रूप से संरक्षित डेथ डोमेन सुपरफ़ैमिली को डेथ फोल्ड मोटिफ द्वारा परिभाषित किया जाता है जो कई प्रोटीन-इंटरैक्शन डोमेन द्वारा बनाया जाता है। डोमेन में छह-सात कसकर कुंडलित अल्फा-हेलिस होते हैं जिन्हें "ग्रीक-की फोल्ड" में व्यवस्थित किया जाता है। इस सुपर फैमिली को सबसे बड़े और सबसे अधिक अध्ययन किए गए प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन (पी. पी. आई.) नेटवर्क में से एक माना जाता है। डेथ डोमेन उप-परिवार चार प्रकार के होते हैंः डेथ इफेक्टर डोमेन (डी. ई. डी.), कैस्पेस रिक्रूटमेंट डोमेन (सी. ए. आर. डी.), पायरिन डोमेन (पी. वाई. डी.) और डेथ डोमेन (डी. डी.)। इन उप-परिवार क्षेत्रों को उनके अनुक्रम और संरचना में समानता के कारण एक साथ समूहीकृत किया गया है। हालांकि, समान होने के बावजूद, प्रत्येक डोमेन की अपनी परिभाषित संरचनात्मक विशेषता होती हैः डी. ई. डी. में एक आर. एक्स. डी. एल.-मोटिफ, कार्ड में एक बाधित, पहला हेलिक्स, पी. वाई. डी. में एक छोटा (या कभी-कभी अस्पष्ट) तीसरा हेलिक्स, और डी. डी. में एक अधिक उजागर, लचीला तीसरा हेलिक्स। इस उप-परिवार के सदस्य केवल एक ही प्रकार के उप-परिवार क्षेत्र के साथ समरूप बंधन बनाते हैं। उदाहरण के लिए, डी. ई. डी. केवल डी. ई. डी., कार्ड-कार्ड, पी. वाई. डी.-पी. वाई. डी. और डी. डी.-डी. डी. के साथ बंधेगा। ये समरूप अंतःक्रियाएँ एक ही क्षेत्र के केवल दो सदस्यों के साथ होती हैं (या दुर्लभ अवसरों पर अधिक के साथ) और यह सुझाव देने के लिए कोई सबूत नहीं मिला है कि इन क्षेत्रों में एक दूसरे के साथ विषमप्रकार की अंतःक्रियाएँ होती हैं। डेथ डोमेन उप-परिवार डेथ इफेक्टर डोमेन (डी. ई. डी.) डी. ई. डी. डोमेन कोर्डटा वंश में अत्यधिक संरक्षित हैं और इचिनोडर्माटा वंश और वायरस में छोटे प्रतिशत में भी पाए जा सकते हैं। डी. ई. डी. युक्त प्रोटीन कैस्पेस प्रोटीन अंतःक्रिया के साथ एपोप्टोसिस विनियमन से जुड़े होते हैं और स्तनधारियों में विशेष रूप से प्रलेखित किए गए हैं। डी. ई. डी. डोमेन को अन्य डोमेन के साथ बातचीत करने के लिए जाना जाता है और इसमें शामिल हैंः परमाणु स्थानीयकरण अनुक्रम (डी. ई. डी. डी. में), ट्रांसमेम्ब्रेन डोमेन (बी. ए. पी. 31 और बार में), न्यूक्लियोटाइड-बाइंडिंग डोमेन (डी. ए. पी. 3 में), एस. ए. एम. डोमेन (बार में), कॉइल्ड-कॉइल डोमेन (हिप और हिप्पी में), और ई. 2-बाइंडिंग रिंग डोमेन (बार में)। कैस्पेस रिक्रूटमेंट डोमेन (कार्ड) कार्ड डोमेन मुख्य रूप से कॉर्डेट्स में पाए जाते हैं, जिनमें से कई पशु साम्राज्य से हैं, और नेमाटोडा और इचिनोडर्माटा फाइला में छोटे प्रतिशत में पाए जाते हैं। कार्ड डोमेन वाले प्रोटीन मॉड्यूल एपोप्टोसिस से जुड़े होते हैं, कैस्पेस के विनियमन के माध्यम से जिनके साथ वे बातचीत कर रहे हैं, साथ ही एन. एफ.-कप्पा बी संकेत मार्गों में इसकी भागीदारी के माध्यम से सूजन प्रक्रियाओं में। पायरिन डोमेन (पी. वाई. डी.) पी. वाई. डी. डोमेन, जिसे डोमेन इन एपोप्टोसिस एंड इंटरफेरॉन रेस्पॉन्स (डी. ए. पी. आई. एन.) डोमेन के रूप में भी जाना जाता है, आमतौर पर कशेरुकी और वायरल प्रोटीन में पाया जाता है और एपोप्टोसिस, कैंसर और सूजन में शामिल होते हैं। डेथ डोमेन सुपर फैमिली के 4 सदस्यों में से इस समूह के कार्यों को सबसे कम समझा जाता है। डेथ डोमेन (डी. डी.) यह डोमेन मुख्य रूप से पशु साम्राज्य में पाया जाता है, विशेष रूप से स्तनधारियों में, जिनके पास कई अलग-अलग प्रकार के पी. पी. आई. वाले डेथ डोमेन हैं। स्मार्ट के गैर-अनावश्यक डेटाबेस के अनुसार, स्तनधारियों के पास लगभग 61 प्रतिशत ज्ञात डीडी-डोमेन हैं। डीडी युक्त प्रोटीन एपोप्टोसिस और सूजन से जुड़े होते हैं, जो कार्ड डोमेन के समान होते हैं। इसे जन्मजात प्रतिरक्षा से भी जोड़ा गया है। डी. डी. अन्य प्रकार के डोमेन के साथ भी पाए जा सकते हैं जिनमें एंकिरिन रिपीट्स, कैस्पेस जैसे फोल्ड्स, किनेज डोमेन, ल्यूसीन ज़िप्पर, ल्यूसीन-रिच रिपीट्स (एल. आर. आर.), टी. आई. आर. डोमेन और जेड. यू. 5 डोमेन शामिल हैं। अवलोकन Deathdomain.org शुरू में क्वोन एट अल द्वारा बनाया गया था। (2012) मृत्यु क्षेत्र सुपरफेमिली मध्यस्थ संकेत मार्ग में आगे के शोध को प्रोत्साहित करने के लिए। उनका डेटाबेस मैन्युअल रूप से क्यूरेट किया गया है और डेथ डोमेन सुपर फैमिली और इसके प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन पर विस्तृत जानकारी प्रदान करने पर केंद्रित है। क्वोन और उनकी टीम ने पी. पी. आई. मॉड्यूल और उनसे जुड़े मृत्यु क्षेत्रों पर केंद्रित 295 प्रकाशित सहकर्मी-समीक्षा अध्ययनों के शोध, संकलन और उपचार के साथ शुरुआत की। डेटाबेस अब उपयोगकर्ताओं को 311 सहकर्मी-समीक्षा अध्ययनों से जानकारी प्रदान करता है, जो मूल प्रकाशन से थोड़ी वृद्धि है। यह डेटाबेस प्रदान करता हैः डेथ डोमेन सुपरफ़ैमिली प्रोटीन और संबंधित पी. पी. आई. डेटा का व्यापक सारांश साहित्य, डोमेन संरचना और प्रयोगात्मक संसाधनों से प्रासंगिक विश्लेषणात्मक तरीकों पर जानकारी डेथ डोमेन सुपरफ़ैमिली (खोज इंजन, एक अंतःक्रिया मानचित्र, और अन्य डेटाबेस से जानकारी की तुलना करने के लिए लिंक) द्वारा मध्यस्थता किए गए सिग्नलिंग नेटवर्क पर सीखने और अनुसंधान की सुविधा के लिए सुविधाएँ और उपकरण डेटाबेस पबमेड डेटाबेस का निर्माण DeathDomain.org डेटाबेस में डेटा संग्रह के लिए उपयोग किया जाने वाला प्राथमिक स्रोत था। साइट के लेखकों ने यूनीप्रोटकेबी और एंट्रेज़ जीन से 99 डेथ डोमेन सुपरफ़ैमिली प्रोटीन के लिए पर्यायवाची शब्द ढूंढना शुरू किया। प्रोटीन नाम के साथ, समानार्थक शब्दों का उपयोग पुडमेड डेटाबेस में मृत्यु क्षेत्र प्रोटीन के लिए लेखों की खोज के लिए किया गया था जो अन्य प्रोटीन के साथ भौतिक बंधन में शामिल थे। डी. आई. पी., आई. एन. टी., एम. आई. एन. टी. और एस. टी. आर. आई. एन. टी. डेटाबेस पर आगे की खोज की गई ताकि यह सुनिश्चित किया जा सके कि अध्ययन में सभी प्रासंगिक लेख शामिल किए गए थे। लेखक 295 सहकर्मी-समीक्षित लेखों को खोजने और मैन्युअल रूप से क्यूरेट करने में सक्षम थे, जिसमें 99 डी. डी. सुपरफ़ैमिली प्रोटीनों के बीच 175 पी. पी. आई. जोड़े पर चर्चा की गई थी। 99 डी. डी. सुपरफेमिली प्रोटीनों के बीच 181 पी. पी. आई. जोड़े पर चर्चा करने वाले 311 सहकर्मी-समीक्षा पत्रों के मूल प्रकाशन के बाद से ये संख्या बढ़ गई है। साहित्य में डेटा को क्यूरेट करने के लिए, लेखकों ने विश्लेषणात्मक तरीकों, प्रयोगात्मक परिणामों, संसाधनों और नामकरण पर ध्यान केंद्रित करने का विकल्प चुना। यदि पत्रों में अपर्याप्त डेटा था, तो उपयोगकर्ता इन अनुभागों में "निर्दिष्ट नहीं" देखेंगे। डी. डी. सुपरफ़ैमिली और पी. पी. आई. सारांश इस सुविधा को रुचि के एक मृत्यु क्षेत्र को चुनकर और इस क्षेत्र वाले प्रोटीन को चुनने के लिए उप-टैब का उपयोग करके प्राप्त किया जा सकता है। यह उपयोगकर्ता को जानकारी के भंडार तक ले जाएगा जिसे बहुत विस्तार से देखा जा सकता है ("विस्तार से" टैब) या कम विस्तार से ("एक नज़र में" टैब) शीर्ष पर (चित्र। 1डी और 1सी, क्रमशः)। डेटा को आगे तीन श्रेणियों में विभाजित किया गया हैः अंतःक्रिया, लक्षण वर्णन और कार्यात्मक भूमिका। इन श्रेणियों को इसलिए चुना गया क्योंकि उनका उपयोग समान अध्ययनों में किया गया था। ज्यादातर मामलों में, प्रत्येक पी. पी. आई. के लिए, उपयोगकर्ता पबमेड आई. डी. पर क्लिक करके, शीर्षक, सार, लेखकों, लेख में उल्लिखित बातचीत और प्रकाशन के लिए एक लिंक सहित विवरण देकर उनके बारे में अधिक जान सकते हैं। अन्य उपशीर्षक टैब प्रोटीन की जानकारी तक पहुंच प्रदान करते हैं जिसमें प्रोटीन का पूरा नाम, वैकल्पिक नाम, कार्य और मृत्यु क्षेत्र उप-परिवार और सीमा क्षेत्र शामिल हैं। उत्तरार्द्ध आसानी से उपयोगकर्ताओं को यूनीप्रोटकेबी/स्विस-प्रोट और यूनीप्रोटकेबी/ट्राइएमबीएल डेटाबेस से एमिनो एसिड अनुक्रम और डोमेन सीमाओं को या तो एम्ब्ल, जेनबैंक या फास्टा प्रारूप में प्राप्त करने की अनुमति देता है। बाहरी डेटाबेस लिंक पर क्लिक करके, उपयोगकर्ता अन्य प्रजातियों में पाए जाने वाले डोमेन-युक्त प्रोटीन के लिए यह जानकारी प्राप्त कर सकते हैं। वे उपयुक्त पहचानकर्ता संख्या पर क्लिक करके समान डेटाबेस (यूनिप्रोट, डी. आई. पी., एस. टी. आर. आई. जी., के. ई. जी. जी., इंटैक्ट और एम. आई. एन. टी.) पर अधिक जानकारी प्राप्त कर सकते हैं। अंतिम दो टैब उपयोगकर्ताओं को "3-डी संरचना" टैब के तहत डाउनलोड करने योग्य 3-डी संरचना चित्र और "रोग" टैब के तहत शामिल प्राकृतिक उत्परिवर्तन और संबंधित रोग प्रदान करेंगे। 1ई)। सांख्यिकी सांख्यिकी पृष्ठ में डेटाबेस में उपयोग किए जाने वाले प्रकाशनों की एक सूची (प्रकाशन के वर्ष द्वारा अलग) होती है और इसे एक हाइपरलिंक के माध्यम से एक्सेस किया जा सकता है। यह पृष्ठ प्रति डोमेन पी. पी. आई. की संख्या का सारणीबद्ध सारांश भी प्रस्तुत करता है और उनके पी. पी. आई. सारांश पृष्ठ से हाइपरलिंक भी होता है। एक अन्य सारणीबद्ध विशेषता डेथ डोमेन डेटाबेस पर पाए जाने वाले डीडी सुपरफ़ैमिली मध्यस्थ पी. पी. आई. जोड़े की तुलना अन्य पी. पी. आई. डेटाबेस से है। यह पृष्ठ उपयोगकर्ताओं को बताता है कि उनके डेटाबेस में Deathbase.org की तुलना में अधिक पी. पी. आई. जोड़े हैं और इंटएक्ट और मिंट के समान संख्या है। अन्य संसाधन संदर्भ बाहरी लिंक http://www.deathdomain.org http://arquivo.pt/wayback/20160515224643/http:// डब्ल्यू. डब्ल्यू. डीथबेस. ओ. आर. जी./जैविक डेटाबेस प्रोटीन डोमेन